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棉花miRNA表达量检测方法Stem-loop RT-PCR的建立 被引量:2
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作者 胡广 王乐 +4 位作者 张振楠 唐叶 周璐璐 彭清忠 吴家和 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2121-2127,共7页
为建立一套鉴定棉花miRNA表达丰度的分子技术,优化了Stem-loop RT-PCR方法,并通过分析棉花3个miRNA的表达谱来评价分析该技术体系的特性。首先设计3条引物(茎环特异性反转录引物、正向引物和通用反向引物),通过cDNA和RNA梯度稀释,分析... 为建立一套鉴定棉花miRNA表达丰度的分子技术,优化了Stem-loop RT-PCR方法,并通过分析棉花3个miRNA的表达谱来评价分析该技术体系的特性。首先设计3条引物(茎环特异性反转录引物、正向引物和通用反向引物),通过cDNA和RNA梯度稀释,分析引物的扩增效率和检测灵敏度。结果表明,Stem-loop RT-PCR方法中设计的引物具有较高的扩增效率和检测灵敏度,miR156和miR159扩增效率分别为102.0%和103.6%;并对不同miRNA分析其总RNA检测灵敏度,miR156和miR159的总RNA检测灵敏度差异较大,分别为20 ng和2 pg。同时,应用建立的棉花Stem-loop RT-PCR方法,成功地分析了Gh-miR156、Gh-miR159和Gh-miR5658在根茎叶中的表达量。由此可见,棉花Stem-loop RT-PCR方法具有灵敏度高、特异性强、成本较低和适用于一般实验室等优点,为棉花等植物miRNA相关研究提供了技术保证,加快了miRNA及其调控基因功能的研究步伐。 展开更多
关键词 stem-loop RT-PCR 棉花 MIRNA 茎环引物
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不同品种猪肌肉组织miR-1和miR-133基因的表达分析 被引量:14
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作者 习欠云 周莲莲 +8 位作者 李虹仪 韩东 束刚 王松波 高萍 朱晓彤 王修启 江青艳 张永亮 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期843-848,共6页
本研究旨在探讨猪miR-1和miR-133基因在不同品种猪肌肉组织中的表达情况。试验以180日龄的蓝塘猪、长白猪以及大花白猪的背最长肌为材料,采用Stem-loop实时定量RT-PCR法检测miR-1和miR-133在长白猪、大花白猪及蓝塘猪背最长肌组织中的... 本研究旨在探讨猪miR-1和miR-133基因在不同品种猪肌肉组织中的表达情况。试验以180日龄的蓝塘猪、长白猪以及大花白猪的背最长肌为材料,采用Stem-loop实时定量RT-PCR法检测miR-1和miR-133在长白猪、大花白猪及蓝塘猪背最长肌组织中的表达情况。结果表明,在蓝塘猪中,miR-1的表达量分别为长白猪和大花白猪的4.7和6.4倍,前者与后两者之间表达水平有显著的差异(P<0.05),而后两者之间表达量差异不显著(P>0.05);同样,miR-133在蓝塘猪中的表达量最高,其次为长白猪,两者分别是大花白猪的7.2和5.7倍,且差异显著(P<0.05),但蓝塘猪与长白猪之间差异不显著(P>0.05)。miR-1和miR-133在不同品种猪中存在特异性表达,提示可能与肌肉发育性状相关。 展开更多
关键词 stem-loop RT-PCR 肉质性状 MIR-1 miR-133 表达分析
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RNA二级结构预测SVMs模型研究 被引量:2
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作者 何静媛 何中市 陈自郁 《深圳大学学报(理工版)》 EI CAS 北大核心 2008年第4期403-408,共6页
扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识... 扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点. 展开更多
关键词 支持向量机 NSSEL标签 RNA二级结构 伪结 stem-loop结构
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miRNA qPCR检测方法研究进展及其应用 被引量:4
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作者 冯世鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期59-69,共11页
miRNA是目前国际研究的热点领域之一,而miRNA表达检测是miRNA研究的基础内容。针对miRNA序列短小的特点,开发出了多种检测方法,其中miRNA qPCR定量检测是应用最广泛的方法。就miRNA抽提,miRNA qPCR定量检测原理及miRNA qPCR定量检测流... miRNA是目前国际研究的热点领域之一,而miRNA表达检测是miRNA研究的基础内容。针对miRNA序列短小的特点,开发出了多种检测方法,其中miRNA qPCR定量检测是应用最广泛的方法。就miRNA抽提,miRNA qPCR定量检测原理及miRNA qPCR定量检测流程包括引物设计、反应体系设置、内参基因筛选等方面进行了深入探讨,并对miRNA定量检测研究方法的发展趋势进行了展望,以期为研究者进行miRNA qPCR定量检测提供参考。 展开更多
关键词 MIRNA stem-loop RT-PCR poly(A)加尾法RT-PCR 延伸法RT-PCR 数字PCR
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小发夹RNA在稀有鮈鲫胚胎中的表达 被引量:1
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作者 杨琳 汪亚平 +1 位作者 廖兰杰 朱作言 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期1031-1036,共6页
由小的干扰RNA(Small interfering RNA,siRNA)介导的RNA干扰(RNA interference,RNAi)是近年来快速发展的一种转录后基因沉默方法,已被广泛的应用于基因功能的研究,基因网络调控的探讨以及疾病的治疗等方面。多数的siRNA表达载体依赖RNA... 由小的干扰RNA(Small interfering RNA,siRNA)介导的RNA干扰(RNA interference,RNAi)是近年来快速发展的一种转录后基因沉默方法,已被广泛的应用于基因功能的研究,基因网络调控的探讨以及疾病的治疗等方面。多数的siRNA表达载体依赖RNA聚合酶Ⅲ启动子中的一种,操纵一段短发夹结构RNA(Small hairpin RNA,shRNA)在细胞或体内表达。这一类启动子主要包括人源和鼠源的U6启动子和人H1启动子等。为了探明鱼类自身的RNA聚合酶Ⅲ启动子是否能有效驱动shRNA在鱼体内表达,从而更好地利用RNAi进行鱼类基因功能和抗病毒研究,研究利用斑马鱼的H1和U6启动子以及草鱼的H1启动子,以草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)外衣壳蛋白VP7基因为靶基因,以增强型绿色荧光蛋白(eGFP)为报告基因,分别构建了三个shRNA表达载体:pZH1siGCRV-CMVeGFP、pZU6siGCRV-CMVeGFP和pCH1siGCRV-CMVeGFP。通过显微注射将三种表达载体分别导入稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)受精卵中。由于siRNA片段很短,其表达检测非常困难,研究采用stem-loop RT-PCR方法,对稀有鮈鲫胚胎发育不同时期的shRNA表达进行了检测。研究结果表明,采用的三种鱼类自身的RNA聚合酶Ⅲ启动子均能有效驱动GCRVsiRNA的表达;在取样的各个胚胎发育时期均能检测到GCRV siRNA的表达;stem-loop RT-PCR方法可以便捷检测siRNA的表达。研究构建的鱼类胚胎siRNA有效持续表达载体,建立的简易快捷siRNA检测方法,为进一步的抗GCRV转基因鱼研制以及siRNA的病毒复制干扰机制研究奠定了重要基础并提供有力的技术支撑。 展开更多
关键词 RNA干扰 小干扰RNA 小发夹RNA stem-loopRT-PCR 草鱼出血病病毒
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核糖开关与基因表达调控 被引量:5
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作者 韩祥东 刘薇 +1 位作者 吴存祥 冯永君 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1094-1100,共7页
核糖开关(riboswitch)是近几年基因表达调控研究的一个热点.核糖开关位于mRNA的非翻译区(untranslated regions,UTR),能够直接感受胞内外信号并引起自身二级结构的变化,在转录或后转录(翻译和mRNA稳定性)水平实现对下游相关基因的表达调... 核糖开关(riboswitch)是近几年基因表达调控研究的一个热点.核糖开关位于mRNA的非翻译区(untranslated regions,UTR),能够直接感受胞内外信号并引起自身二级结构的变化,在转录或后转录(翻译和mRNA稳定性)水平实现对下游相关基因的表达调控,该过程不依赖于包括蛋白质在内的其它任何因子的作用.根据现已发现的核糖开关所能识别的信号因子类型,可以将其分为4类,即小分子代谢物、金属离子、环境因素及空载tRNA敏感的核糖开关;其中,小分子代谢物敏感的核糖开关是发现和研究最多且最深入的一类.随着研究的深入,将会有更多的核糖开关被发现,这不仅有助于理解生物进化与环境适应性,而且在生物学基础研究,新型药物的开发以及工业生产领域都将发挥重要作用. 展开更多
关键词 核糖开关 基因表达调控 茎环结构 适体 配体
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猪miR-101表达特性分析 被引量:2
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作者 杨秀芹 万洪宇 +3 位作者 王金奎 韩丽鑫 杜欣 禚建树 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期74-80,共7页
miRNA是一类长20~25 nt内源性、单链、非编码小分子RNA,通过调控靶基因转录后表达参与机体各项生命活动。人类miR-101是重要疾病相关miRNA,参与维持机体健康、抵御疾病。目前有关猪miR-101研究尚不多见,为确定其在猪抗病毒免疫反应... miRNA是一类长20~25 nt内源性、单链、非编码小分子RNA,通过调控靶基因转录后表达参与机体各项生命活动。人类miR-101是重要疾病相关miRNA,参与维持机体健康、抵御疾病。目前有关猪miR-101研究尚不多见,为确定其在猪抗病毒免疫反应中作用,研究利用stem-loop RT-PCR方法构建猪miR-101组织表达谱和poly(I:C)诱导表达谱。结果表明,猪miR-101在肝脏组织中表达量最高,高浓度poly(I:C)能有效抑制猪miR-101转录表达。为深入阐明miR-101在猪抗病毒免疫反应中作用奠定基础,为培育高抗病性猪品种(系)提供参考。 展开更多
关键词 miR-101 poly(I:C) STEM LOOP RT-PCR 表达
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基于实时荧光定量反转录PCR技术的动物miRNA表达分析策略 被引量:3
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作者 宋嘉哲 孙福伯 +1 位作者 庄开歌 薛恺 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第9期109-113,共5页
在人体内有约60%的蛋白质编码基因受到到miRNA调控。近年来,miRNA参与调控的与动物生长相关的细胞周期、发育、分化和新陈代谢等多种生物学过程也越来越受到关注。目前针对miRNA表达检测的常用方法有很多,其中基于反转录PCR(RT-PCR)的... 在人体内有约60%的蛋白质编码基因受到到miRNA调控。近年来,miRNA参与调控的与动物生长相关的细胞周期、发育、分化和新陈代谢等多种生物学过程也越来越受到关注。目前针对miRNA表达检测的常用方法有很多,其中基于反转录PCR(RT-PCR)的放大检测技术是应用范围最广,实施手段最灵活的一种研究策略。主要包括miRNA的全定量PCR法(miR-Q)、基于茎环引物的实时荧光定量PCR法、Poly(A)加尾性通用反转录法、miRNA表达谱的高通量RT-PCR分析和miRNA扩增谱系(mRAP)法。作者对这几种基于实时荧光定量RT-PCR技术的动物miRNA表达分析策略分别进行了介绍,对其原理、方法和应用范畴进行了概括性总结。 展开更多
关键词 动物miRNA 实时荧光定量PCR miRNA的全定量PCR 茎-环引物 miRNA扩增谱系
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SV40PolyA顺式活化基因元件中不完整茎环结构的发现和序列研究 被引量:1
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作者 王红钢 马欢 +4 位作者 李珠 张彬 景向阳 张媛 吕占军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期337-346,共10页
研究室的前期工作发现,Alu串连序列插入pEGFP-C1质粒的GFP基因下游,瞬时转染HeLa细胞抑制GFP基因表达,2F2R(来自SV40PolyA反序5′端的第2个60 bp)插入GFP和Alu串连序列之间可以解除Alu序列对GFP基因的抑制作用。文章通过删减2F2R发现,45... 研究室的前期工作发现,Alu串连序列插入pEGFP-C1质粒的GFP基因下游,瞬时转染HeLa细胞抑制GFP基因表达,2F2R(来自SV40PolyA反序5′端的第2个60 bp)插入GFP和Alu串连序列之间可以解除Alu序列对GFP基因的抑制作用。文章通过删减2F2R发现,45R(2F2R 5′端的45 bp)、30R和22R可以活化基因,且二串连体活化基因作用高于单体。Secloop(2F2R近中部的22 bp)和Poly4(2F2R 3′端的30 bp)不能活化基因。30R与Poly4用9碱基连接形成30R-Poly4,其活化基因作用低于2F2R,两个22R之间连接碱基数对活化GFP基因作用没有明显的影响。22R(5′-GTGAAAAAAATGCTTTATTTGT-3′)含有不完整的回文序列,可以形成不完整的茎环结构,包括一个3碱基loop、3 bp第一茎、2碱基泡和3 bp第二茎。改变22R茎环结构的碱基突变明显影响其活化GFP基因的作用,过多互补和过少互补的茎环结构均不利于活化基因,提示适当的不完整茎环结构与活化基因有关。 展开更多
关键词 非编码序列 GFP 茎环结构 ALU SV40PolyA
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cRNA布谷鸟搜索算法的桥式吊车PID控制 被引量:5
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作者 朱笑花 王宁 《浙江大学学报(工学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1397-1404,共8页
为了提高算法的全局搜索能力,受RNA二级结构的启发,设计RNA茎环交叉算子,采用基于进化代数的自适应步长策略,提出RNA交叉操作布谷鸟搜索算法(cRNA-CS).将cRNA-CS算法用于对5个典型测试函数进行寻优.测试结果表明,cRNA-CS算法的搜索能力... 为了提高算法的全局搜索能力,受RNA二级结构的启发,设计RNA茎环交叉算子,采用基于进化代数的自适应步长策略,提出RNA交叉操作布谷鸟搜索算法(cRNA-CS).将cRNA-CS算法用于对5个典型测试函数进行寻优.测试结果表明,cRNA-CS算法的搜索能力和寻优精度相对于CS算法和其他改进的CS算法有了明显提高.将cRNA-CS算法用于桥式吊车系统PID控制器参数的优化整定.仿真实验结果表明,与CS算法、单纯形算法和PSO算法相比,采用cRNA-CS算法优化的PID控制器能够实现桥式吊车系统更好的消摆和定位控制. 展开更多
关键词 布谷鸟搜索算法(CS) RNA茎环交叉算子 自适应步长 PID控制器 桥式吊车系统
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猪繁殖与呼吸综合征病毒5'非翻译区中一顺式结构因子对病毒感染必要性的分析 被引量:2
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作者 高飞 陆嘉琦 +1 位作者 袁世山 童光志 《中国动物传染病学报》 CAS 2012年第1期1-9,共9页
人们广泛认为动脉炎病毒的基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)在病毒基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录和蛋白翻译过程中发挥关键作用,然而其结构与功能仍然在很大程度上不为人知。现基于2型猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒(Porc... 人们广泛认为动脉炎病毒的基因组5'非翻译区(untranslated region,UTR)在病毒基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录和蛋白翻译过程中发挥关键作用,然而其结构与功能仍然在很大程度上不为人知。现基于2型猪繁殖与呼吸综合征病毒弱毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染性克隆pAPRRS的基础,构建了一系列5'UTR的5'末端缺失突变体,利用RNA和DNA转染,分析了拯救病毒的遗传学与病毒学特征,发现拯救病毒的5'末端突变位点被一些不知来源的AU-rich外源序列所修复。基于T7启动子与CMV启动子转录起始位点的不同,我们人为引入一段GC-rich的序列以研究病毒的自我修复是否为模板依赖性,结果发现病毒的外源序列修复机制是非模板依赖的。通过二级结构预测分析发现,在PRRSV5'UTR中的第一个茎环结构是病毒感染性必不可少的。 展开更多
关键词 非翻译区 茎环结构 回复突变体 RNA/DNA导策
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PRV感染PK-15细胞对prv-miR-LLT11a表达时相的影响 被引量:1
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作者 杨利 石昂 +6 位作者 李新果 李双双 时庆贺 郑关民 王玉国 陈陆 王川庆 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第6期120-124,共5页
为研究伪狂犬病病毒(PRV)的致病机制,将PRV QBA株按0.5个感染复数(MOI)的剂量接种PK-15细胞,分别在感染后0、1、2、4、6、8、12、24 h收取细胞并提取microRNA(miRNA),采用茎环引物实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测prv-miR-LLT11a的表达时... 为研究伪狂犬病病毒(PRV)的致病机制,将PRV QBA株按0.5个感染复数(MOI)的剂量接种PK-15细胞,分别在感染后0、1、2、4、6、8、12、24 h收取细胞并提取microRNA(miRNA),采用茎环引物实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测prv-miR-LLT11a的表达时相。RT-q PCR扩增结果显示,熔解曲线峰值单一,扩增曲线拐点清晰。RT-q PCR检测结果表明,PRV QBA株感染PK-15细胞1 h后,prv-miR-LLT11a表达量极显著升高,随后表达量下调,在感染6 h后表达量降至最低,感染8 h后表达量持续急剧升高。 展开更多
关键词 伪狂犬病病毒 prv-miR-LLT11a 茎环RT-q PCR 表达时相
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河东沙区侧柏树干液流与蒸腾驱动因子的时滞效应研究 被引量:15
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作者 韩磊 展秀丽 +2 位作者 王芳 孙兆军 黄菊莹 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1417-1423,共7页
树干液流传导反映树木蒸腾过程是估算林木耗水量的重要基础,忽视液流的时滞现象则会造成显著误差。以宁夏河东沙区防护林树种——侧柏(Platycladus orientalis)为研究对象,利用热扩散茎流计监测林木生长旺季的树干液流(J_s)日变化格局,... 树干液流传导反映树木蒸腾过程是估算林木耗水量的重要基础,忽视液流的时滞现象则会造成显著误差。以宁夏河东沙区防护林树种——侧柏(Platycladus orientalis)为研究对象,利用热扩散茎流计监测林木生长旺季的树干液流(J_s)日变化格局,采用时间错位对比法分析侧柏树干液流与蒸腾驱动因子之间的时滞效应,旨在为准确理解液流时滞和冠层蒸腾的关系,提高预测森林蒸腾耗水的准确度提供依据。结果表明:典型晴天下,侧柏树干液流与蒸腾驱动因子太阳辐射(E_s)、饱和水汽压亏缺(D)、大气温度(θ_a)均呈现"迟滞回环"的关系,液流密度J_s对D、θ_a的响应回环过程呈顺时针方向,而J_s与E_s间响应回环过程则为逆时针。采用高斯方程拟合E_s、D、θ_a、潜在蒸散(E_p)及J_s日变化过程,结果表明Js峰值时刻明显滞后于E_s和E_p,提前于θ_a和D;E_s与E_p日变化过程和峰值时刻同步,但明显早于θ_a和D。错位对比法分析得出,典型晴天下侧柏树干液流与主要驱动因子E_s、D、θ_a的实际时滞分别为0.75、-0.75和-0.25 h。侧柏树干液流与E_s之间的时滞ΔJ_s-E_s与日间耗水量(W_d)和日平均水汽压饱和亏缺(D)显著相关;与D之间的时滞ΔJ_s-D与W_d、日间太阳辐射总量(E_(sT))、D显著相关,且对侧柏树干液流时滞具有促进作用。 展开更多
关键词 显著相关 且对侧柏树干液流时滞具有促进作用.树干液流 迟滞回环 时滞 侧柏
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Has-miRNA-96在宫颈癌组织中的表达及其临床意义 被引量:1
14
作者 周雯 郝辰珺 关婷 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期405-408,共4页
目的:探讨Has-miRNA-96(miR-96)在宫颈癌组织中的表达情况及其与临床病理特征间的关系。方法: 采用茎环Real time RT-PCR方法检测52例宫颈癌、28例正常宫颈组织中Has-miRNA-96的表达,分析Has-miRNA-96表达与宫颈癌常见的临床病理... 目的:探讨Has-miRNA-96(miR-96)在宫颈癌组织中的表达情况及其与临床病理特征间的关系。方法: 采用茎环Real time RT-PCR方法检测52例宫颈癌、28例正常宫颈组织中Has-miRNA-96的表达,分析Has-miRNA-96表达与宫颈癌常见的临床病理特征的关系。结果:Has-miRNA-96在宫颈癌组织中的相对表达量(127.045±235.424)高于正常宫颈组织(0.995±0.236),差异有统计学意义(P=0.000);在中、低分化癌的表达(137.778±249.981)高于高分化癌中的表达(75.766±147.237),差异有统计学意义(P=0.005);在腺癌中相对表达量为(196.213±172.519),明显高于鳞癌(110.576±246.910),(P=0.004);临床Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ~Ⅳ期子宫颈癌患者组织中Has-miRNA-96表达水平分别为(22.614±25.828)、(122.493±78.043)、(672.902±476.169),Ⅲ~Ⅳ期高于Ⅰ期、Ⅱ期(P=0.000、P=0.001),Ⅱ期高于Ⅰ期,差异有统计学意义(P=0.000);有淋巴结转移组表达为(142.537±104.673)明显高于无淋巴结转移组(19.787±26.204,P=0.000);浸润深度:≥1/2间质表达为(75.323±94.822),高于<1/2间质者(27.449±49.728,P=0.025);而与患者年龄无明显关系(P=0.385)。结论:Has-miRNA-96在宫颈癌组织中存在异常高表达, 提示其可能在宫颈癌的发生发展中发挥致癌基因的作用,并且与宫颈癌的演进及不良预后密切相关。 展开更多
关键词 Has-miRNA-96(miR-96) 宫颈癌 茎环Real time PCR 临床意义
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茎环结构DNA循环放大技术测定水样中的痕量银离子 被引量:4
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作者 杜平 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期666-671,共6页
利用茎环结构DNA的循环杂交放大作用和碱基C与Ag^+之间的稳定结构,设计了一种高灵敏性的表面增强拉曼生物传感器用于水样中Ag^+的检测。首先制备了携带有大量拉曼信号分子的纳米金生物条码作为拉曼信号探针。然后通过酰胺键将捕获DNA固... 利用茎环结构DNA的循环杂交放大作用和碱基C与Ag^+之间的稳定结构,设计了一种高灵敏性的表面增强拉曼生物传感器用于水样中Ag^+的检测。首先制备了携带有大量拉曼信号分子的纳米金生物条码作为拉曼信号探针。然后通过酰胺键将捕获DNA固载在磁珠表面上,利用C-Ag^+-C形成的稳定结构和链式循环杂交反应放大技术,将含有大量拉曼信号DNA分子的纳米金颗粒通过生物素和链霉亲和素的特异性结合到磁珠上,最后通过SERS技术实现了溶液中Ag^+的检测。最佳实验条件下,当固定磁珠捕获DNA浓度为1.0×10^(-7)M,Tris-HCl缓冲溶液为pH7.4,37℃下杂交反应2.5 h后,Ag^+的浓度与拉曼信号强度呈良好的线性关系,测定线性范围为1.0×10^(-7)~1.0×10^(-12)M,检测限1.0×10^(-12)M(S/N=3)。该传感器用于海产品中Ag^+的测定,测定值与ICP-AES的测定值基本一致。 展开更多
关键词 茎环结构DNA 杂交循环放大表面增强拉曼技术 AG^+
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单股正链RNA病毒基因组3'非编码区功能 被引量:1
16
作者 刘长龙 袁世山 《中国动物传染病学报》 CAS 2010年第3期76-81,共6页
单股正链RNA病毒数量众多,对人、动物和植物造成很大的危害。病毒基因组3'末端都具有一段非编码区,基因组3'非编码区在病毒的复制过程中发挥着重要的作用。本文简单介绍了单股正链RNA病毒基因组3'非编码区结构的预测、测定... 单股正链RNA病毒数量众多,对人、动物和植物造成很大的危害。病毒基因组3'末端都具有一段非编码区,基因组3'非编码区在病毒的复制过程中发挥着重要的作用。本文简单介绍了单股正链RNA病毒基因组3'非编码区结构的预测、测定和功能的研究方法,并重点概括了不同单股正链RNA病毒3'非编码区一级序列、茎-环结构、假结体、TLS等结构在病毒基因组的复制、转录和翻译中的调控作用以及目前存在的问题。 展开更多
关键词 3'非编码区(3'UTR) RNA复制 亚基因组RNA转录 翻译 茎-环结构 假结体
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多肉植物红心莲茎腐病尖孢镰刀菌LAMP快速检测技术的建立 被引量:3
17
作者 姚锦爱 黄鹏 +2 位作者 陈汉鑫 侯翔宇 余德亿 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期863-868,共6页
【目的】建立一种景天科多肉植物红心莲茎腐病菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)快速、简便、灵敏的LAMP可视化检测方法,在茎腐病发生初期实现病原菌的快速准确检测,为病害的早期监测、诊断及防治提供依据。【方法】以EF-1a(Elongation ... 【目的】建立一种景天科多肉植物红心莲茎腐病菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)快速、简便、灵敏的LAMP可视化检测方法,在茎腐病发生初期实现病原菌的快速准确检测,为病害的早期监测、诊断及防治提供依据。【方法】以EF-1a(Elongation factor-1α)基因序列为靶序列,设计LAMP(Loopmediated isothermal amplification)特异性引物;以红心莲尖孢镰刀菌DNA为模板,优化反应温度和反应时间,建立LAMP检测反应体系,开展特异性和灵敏度验证及田间病株检测。【结果】建立的LAMP反应体系可有效检测出多肉植物红心莲茎腐病尖孢镰刀菌,最佳反应温度、反应时间分别为65℃,60 min;特异性验证表明红心莲尖孢镰刀菌DNA呈绿色阳性反应,灵敏度验证表明LAMP检测最小质量浓度是10 fg·μL^-1,比常规PCR提高了10倍;采用LAMP法对15份疑似红心莲茎腐病田间样本进行快速检测,检出率为100%。【结论】本研究建立的多肉植物红心莲茎腐病菌LAMP快速检测方法不仅特异性强、灵敏度高,而且检测结果可视、假阳性低,适合田间尖孢镰刀菌引起的红心莲茎腐病的快速检测。 展开更多
关键词 红心莲 茎腐病 尖孢镰刀菌 环介导等温核酸扩增技术(LAMP) 检测
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盐芥miRNAs耐盐表达研究
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作者 刘冉 周立敬 +4 位作者 周宜君 高飞 马亭亭 隋欣 刘楠 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期665-669,共5页
以盐生植物盐芥为实验材料,选择经过Solexa测序筛选的盐芥tsa-miR172a和tsa-miR398b为目标基因,采用茎环的反转录PCR(stem-loop RT-PCR)方法分析其在盐芥根中的耐盐表达模式,以探讨盐芥miRNAs的stem-loop RT-PCR验证体系。结果显示,经过... 以盐生植物盐芥为实验材料,选择经过Solexa测序筛选的盐芥tsa-miR172a和tsa-miR398b为目标基因,采用茎环的反转录PCR(stem-loop RT-PCR)方法分析其在盐芥根中的耐盐表达模式,以探讨盐芥miRNAs的stem-loop RT-PCR验证体系。结果显示,经过300mmol.L-1 NaCl处理72h后,与对照相比,盐芥根中的tsa-miR172a上调表达,tsa-miR398b下调表达。用stem-loop RT-PCR方法进行tsa-miR172a和tsa-miR398b扩增,对其电泳图进行光密度分析结果显示,盐胁迫处理与对照的比值分别为1.8和0.55,Solexa测序结果分别为2.00和0.44,说明两种方法所得结果基本一致。表明该研究建立了盐芥miRNAs的stem-loop RT-PCR验证体系:每个miRNA设计3个引物(miRNA stem-loop引物、miRNA正向引物和miRNA通用反向引物);扩增条件为94℃2min,94℃15s,55℃45s,23个循环。 展开更多
关键词 盐芥 MIRNAS 茎环的反转录PCR 盐胁迫
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猪繁殖与呼吸综合征病毒基因表达调控序列的初步解析
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作者 高飞 孙志 +7 位作者 郑海红 袁海峰 刘长龙 陆嘉琦 刘萍 尹扬 袁世山 童光志 《中国动物传染病学报》 CAS 2011年第6期65-70,共6页
猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是世界养猪业的一个巨大的威胁。近年来,此病给各国养猪业造成了巨大的经济损失。本文立足于反向遗传操作技术,介绍了调控PRRS病毒粒子的感染性、基因组RNA复... 猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是世界养猪业的一个巨大的威胁。近年来,此病给各国养猪业造成了巨大的经济损失。本文立足于反向遗传操作技术,介绍了调控PRRS病毒粒子的感染性、基因组RNA复制、亚基因组mRNA转录以及翻译等重要过程的顺式调控元件的一级序列和高级结构的最新研究进展。 展开更多
关键词 非翻译区 茎环结构 假结
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用定点突变技术研究转录终止——rpoBC操纵子上~tL7茎环结构的作用研究
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作者 马涧泉 刘强 《生物化学杂志》 CSCD 1990年第4期314-320,共7页
E.coli RNA聚合酶ββ'亚单位编码的基因rpoBC与核糖核蛋白基因rplJL共同构成rpoBC操纵子。rpl-rpo间区转录终止信号~tL7的转录产物RNA有两组富含C-G的反向对称结构及一串寡聚U;反向对称区可形成1:2和3:4茎环或单一5:6茎环。 用M13m... E.coli RNA聚合酶ββ'亚单位编码的基因rpoBC与核糖核蛋白基因rplJL共同构成rpoBC操纵子。rpl-rpo间区转录终止信号~tL7的转录产物RNA有两组富含C-G的反向对称结构及一串寡聚U;反向对称区可形成1:2和3:4茎环或单一5:6茎环。 用M13mp11噬菌体插入~tL7的112bp片段重组M13mp11-490,在此基础上用定点突变技术建立~tL7的七核苷酸缺失突变体,从而破坏1:2茎环,建成M13mp11-85。 分别把原型~tL7及缺失型~tL7~v克隆到表达质粒pHR24中,构建成pHR37(P_ftsQ^tL7-galk)及pHR24-9(p_ftsQ-~tL7~v-galk)。测定galk基因产物半乳糖激酶活性,推算转录的终止效率。结果表明:~tL7终止效率为50%,~tL7~v为20%。说明仅有3:4茎环及寡聚U,即具终止作用; 1:2茎环通过某种方式加强3:4茎环从而提高终止效率。 展开更多
关键词 定点突变 转录终止 rpoBC操纵子
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