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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量:1
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作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL ssr分子标记
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基于SSR标记的67个苜蓿品种遗传多样性及群体结构分析 被引量:1
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作者 赵凌平 刘佳皓 +1 位作者 杨智博 孙平 《中国草地学报》 北大核心 2025年第3期74-81,共8页
本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多... 本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多态性信息含量、Shannon′s遗传多样性信息指数和Nei′s基因多样性指数平均值为0.73、0.38和0.24,表明所选引物的多态性较高。UPGMA聚类分析将67个品种分为四大类,聚类结果与品种的地理来源无明显相关性。基于Structure软件的群体遗传结构分析将67个品种分为2个亚群和1个混合型群体,与67个苜蓿品种的主坐标分析(PCoA)结果一致,其中大多数品种(85.07%)显示出单一的遗传背景,而混合型群体表现出基因渗透现象,具有较为复杂的遗传背景。 展开更多
关键词 苜蓿 遗传多样性 群体遗传结构 ssr标记
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基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存对云南地方稻种等位变异的影响
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作者 董超 汤翠凤 +5 位作者 阿新祥 甘树仙 张斐斐 杨雅云 冒嘉伟 戴陆园 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1390-1402,共13页
【目的】基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存下云南地方稻种等位变异,以期分析农家保护与种质库保存方式对水稻种质资源多样性的影响,为地方稻种遗传多样性的有效保护及其保护途径选择提供理论依据。【方法】以种质库保存的12份... 【目的】基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存下云南地方稻种等位变异,以期分析农家保护与种质库保存方式对水稻种质资源多样性的影响,为地方稻种遗传多样性的有效保护及其保护途径选择提供理论依据。【方法】以种质库保存的12份地方稻种(命名为品种名-1)与其对应农家保护的地方稻种(命名为品种名-2)为试验材料,利用72个SSR分子标记对这24份地方稻种材料(共12组)进行遗传多样性及等位变异分析。【结果】供试24份地方稻材料共检测出等位基因数490个,变幅4~12个,平均6.8个,Nei’s基因多样性指数0.337~0.910,平均为0.769。农家保护的地方稻种较种质库保存的地方稻种等位基因数量、特有等位基因数量、有效等位基因数量均略低,但Nei’s基因多样性指数略高,表明农家保护的地方稻种遗传多样性略有降低。农家保护的小白糯-2和烂地谷-2分别在标记RM333和RM213上未检测出等位变异位点,小白糯-2、老粳糯-2和老鼠牙-2分别在标记RM349、RM18和RM333上检测出纯合等位变异位点,表明农家保护下部分等位位点流失。12组地方稻种材料间的遗传相似性系数为0.222~0.917,其中香谷的遗传相似性系数最高,小白糯的最低,在遗传相似系数为0.205处可将供试地方稻种材料聚类为籼、粳两大类,每组对应地方稻种材料均对应聚在一小类,表明供试对应地方稻种具有较高的遗传相似性且对应程度较高。24份地方稻种材料共检测出等位变异位点数260个,变幅6~57个,其中28个位点与抗逆相关,25个与育性相关,33个与抗病虫相关,26个与产量及营养相关,且农家保护下理论产量提高,表明农家保护下产生遗传变异可能是向着提高适应性来增加产量的方向发展。【结论】在农家保护下地方稻种的部分等位基因纯合与流失是其遗传多样性降低的内在原因,而其在育性、抗病虫、抗逆、产量及营养高效等功能连锁标记上产生大量的遗传变异,并呈株高降低、产量增加的变化趋势,增强了地方稻种应对自然生态环境和社会环境压力变化的能力,说明农家保护是地方稻种资源多样性保护的有效途径之一。 展开更多
关键词 地方稻种 ssr标记 等位变异 农家保护 遗传多样性
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基于SSR标记的葡萄种质指纹图谱构建和遗传多样性分析
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作者 牛锐敏 黄小晶 +3 位作者 沈甜 徐美隆 许泽华 陈卫平 《种子》 北大核心 2025年第4期106-114,共9页
以119份酿酒葡萄和砧木种质资源为试验材料,采用SSR分子标记技术进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,9对引物共扩增出165个等位基因,各引物扩增出的等位基因数为15~21个,多态性信息含量变化范围为0.81~0.90,平均为0.86。每... 以119份酿酒葡萄和砧木种质资源为试验材料,采用SSR分子标记技术进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,9对引物共扩增出165个等位基因,各引物扩增出的等位基因数为15~21个,多态性信息含量变化范围为0.81~0.90,平均为0.86。每对引物可以区分14~35个品种,除了同一品种的不同品系用9对引物也无法进行区分外,其余种质用VVMD28+VVMD7+VVMD27等3对引物可以完全区分,最终采用3对SSR引物构建了119份葡萄种质的指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.827处,119份种质可分为三大类:第Ⅰ大类包含欧亚种、欧美杂种、毛葡萄、山葡萄及其衍生酿酒品种共99份葡萄种质;第Ⅱ大类包含河岸葡萄、以河岸葡萄为母本的砧木以及山葡萄为母本、父本含有河岸葡萄的砧木共12份葡萄种质;第Ⅲ大类包含8份以冬葡萄为母本的砧木。聚类结果基本反映了种质间的遗传关系,其中亲缘关系较远的不同类别间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。 展开更多
关键词 葡萄 ssr标记 指纹图谱 遗传多样性
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基于SSR标记的54个大蒜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建
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作者 帅正彬 孙悦 +4 位作者 郭江洪 张怡 黄志 孙勃 柴丹 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期267-277,285,共12页
【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13... 【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13个,平均有效等位基因数(Ne)为1.4791;Shannon信息指数(I)在0.1453~0.6903之间,平均值为0.4359;基因多样性指数(H)变幅在0.0640~0.4971之间,平均值为0.2853,表明供试材料具有较为丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析结果表明,54份大蒜在遗传相似系数0.63处被分为3个类群,第一类群包含7份种质;第二亚类仅包含3份种质;第三亚类包含44份种质,在遗传相似系数0.828分成了10个亚类。聚类结果与PCoA分析结果基本一致。此外,利用筛选的SSR引物构建了54份大蒜种质的指纹图谱二维码。【结论】结果为大蒜种质资源的鉴定、保护与利用提供了有力支撑,为分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 大蒜 ssr标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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基于SCoT、SRAP和SSR分子标记的220份辣椒种质资源遗传多样性分析
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作者 裴红霞 汪露瑶 +1 位作者 李生梅 高晶霞 《生物技术通报》 北大核心 2025年第8期165-174,共10页
【目的】深入解析保存在宁夏农林科学院辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为辣椒种质资源的引进、保护和应用提供重要的理论依据。【方法】采用SCoT、SRAP和SSR 3种分子标记技术,对收集于全国15个地区的220份辣椒种质资源进行遗传多... 【目的】深入解析保存在宁夏农林科学院辣椒种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为辣椒种质资源的引进、保护和应用提供重要的理论依据。【方法】采用SCoT、SRAP和SSR 3种分子标记技术,对收集于全国15个地区的220份辣椒种质资源进行遗传多样性分析。【结果】6个SCoT标记分别扩增出1-4条条带,14个SRAP标记分别扩增出2-4条条带,3个SSR标记分别扩增出2-5条条带,且所有标记均表现出100%的多态性条带百分比。进一步分析发现,SSR标记的平均多态性信息指数(PIC)最高,达到0.77,显著高于SCoT(0.55)和SRAP(0.55),表明SSR标记在遗传多态性检测中更具优势,其中,HpmsE088为最优SSR标记。聚类分析、主坐标分析和群体遗传结构分析将15个地区的种质划分为两大类群(Group 1和Group 2),其中Group 1包含中国四川、中国辽宁、中国新疆、中国山东、中国宁夏和中国湖南的种质,Group 2则包括中国(云南、江苏、河南、甘肃、北京和安徽)、荷兰、日本和美国的种质。此外,83.2%的种质表现出较高的纯合性。果形特征与聚类分组存在一定的相关性,Group 1中线形果实的辣椒种质比例显著高于Group 2,而所有短牛角形果实的辣椒种质均被归入Group 2。【结论】保存在宁夏农林科学院的辣椒种质资源具有较高的遗传多样性,根据遗传信息主要可以被划分为2组。 展开更多
关键词 辣椒 遗传多样性 SCoT标记 SRAP标记 ssr标记
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杏与扁桃属间远缘杂交后代的SSR标记亲子鉴定
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作者 张俊环 张美玲 +4 位作者 杨丽 姜凤超 王玉柱 于文剑 孙浩元 《中国果树》 2025年第1期28-34,共7页
杏(Armeniaca vulgaris)与扁桃(Amygdalus communis)进行远缘杂交育种,开放式授粉获得的杂种纯度较低,为了提高育种效率,需要在苗期对杂交子代进行鉴定。以母本为龙王帽、父本不完全确定的3个疑似来源于杏与扁桃远缘杂交的子代个体为对... 杏(Armeniaca vulgaris)与扁桃(Amygdalus communis)进行远缘杂交育种,开放式授粉获得的杂种纯度较低,为了提高育种效率,需要在苗期对杂交子代进行鉴定。以母本为龙王帽、父本不完全确定的3个疑似来源于杏与扁桃远缘杂交的子代个体为对象,选用了15个多态性和扩增效率较高的SSR(Simple Sequence Repeat)位点,通过荧光修饰引物结合毛细管电泳分型技术,对3个亲本和3个子代进行基因分型,并计算了等位基因频率、亲权指数和亲子关系概率(RCP)。结果发现,15个SSR位点在6份材料中共检测到78个等位基因,各位点的等位基因数介于4~7个之间。子代A1和B1与其疑似亲本间的累积RCP值均高于99.99%,并由此断定远缘杂交后代A1是来源于父本蒙特瑞(Monterey)扁桃,而辛普森(Thompson)是子代B1的真实父本。15个位点中子代B2均未出现其假定父本扁桃2号的等位基因,从而排除它们之间有亲缘关系。亲子鉴定结果与聚类分析显示的亲缘关系相符合。另外,通过分析SSR位点的数量与累积RCP值之间的关系发现,基于这些SSR位点对杏与扁桃远缘杂交后代进行亲子鉴定时,需要选用9个以上的位点。此方法可用来鉴定杏与扁桃属间远缘杂交后代的所有个体。 展开更多
关键词 扁桃 远缘杂交 ssr标记 亲子鉴定
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基于SSR分子标记的紫椴遗传多样性分析和指纹图谱构建
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作者 高磊 刘丹 《北京林业大学学报》 北大核心 2025年第3期28-37,共10页
【目的】紫椴是重要的经济树种和国家重点保护的濒危树种,基于SSR分子标记,分析不同种源紫椴遗传多样性,构建指纹图谱,旨在为紫椴居群的保护、全国紫椴种质资源的收集保存以及资源库建设提供参照。【方法】从国内5个省11个市采集16个种... 【目的】紫椴是重要的经济树种和国家重点保护的濒危树种,基于SSR分子标记,分析不同种源紫椴遗传多样性,构建指纹图谱,旨在为紫椴居群的保护、全国紫椴种质资源的收集保存以及资源库建设提供参照。【方法】从国内5个省11个市采集16个种源的173份紫椴样品,采用SSR分子标记进行PCR扩增,分析紫椴的遗传多样性;利用分子方差分析和种群聚类分析探究居群间的遗传分化;根据筛选的引物构建紫椴的指纹图谱。【结果】(1)从12组引物中筛选出了8组表现出高度多态性和良好重复性的引物,这些引物总共识别出101个等位基因,平均每个多态性位点上分布有12.6个等位基因。多态信息含量在不同位点间的变动区间为0.506~0.897,平均值达到0.739。(2)仅需4对引物(C110、C840、D150、TC5)即可有效区分所有紫椴个体,并构建紫椴指纹图谱。(3)紫椴种源的遗传多样性较为丰富,有效等位基因数为4.937,Shannon’s信息指数达到1.777,Nei’s基因多样性则为0.771。(4)分子方差分析结果表明,91%的遗传变异来源于紫椴群体内。(5)根据遗传距离构建进化树,将16个种源划分为5个亚类,多数地理距离较近的种源聚到一起,表现出较相近的遗传关系。【结论】紫椴群体总体遗传多样性水平较高,遗传分化处于中等水平,群体内遗传变异占主导地位。16个居群中,吉林省汪清种源(JWQ3)、黑龙江种源(HDN7、HDN8、HDN9)和河北承德市种源(HCD15)遗传多样性水平低,应进行原地保护,重点持续关注;种群JWQ2、JWQ4、JHL5、HNA10、LDD12和LFX13等的遗传多样性水平较高,可重点收集资源和保存培育。研究结果为深入研究中国紫椴的居群分布、进化和保护提供科学依据。 展开更多
关键词 紫椴 ssr标记 遗传多样性 遗传分化 DNA指纹图谱 聚类分析
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中国水稻品种鉴定标准SSR标记的基因组特征研究 被引量:1
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作者 何雨欣 于清涛 +3 位作者 谭瑗瑗 舒庆尧 刘乃新 刘振 《中国稻米》 北大核心 2025年第2期6-12,共7页
在我国各级水稻新品种区域试验和审定流程中,主要依据《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》判别参试品种在试验周期内的一致性及其与已审定品种的差异性。鉴于SSR(简单重复序列)标记开发初期,水稻基因组学研究尚处于起步阶段,这些标记主... 在我国各级水稻新品种区域试验和审定流程中,主要依据《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》判别参试品种在试验周期内的一致性及其与已审定品种的差异性。鉴于SSR(简单重复序列)标记开发初期,水稻基因组学研究尚处于起步阶段,这些标记主要基于有限品种的SSR多态性分析结果来确定,因此对于采用该48个SSR作为品种区分依据的有效性和科学性,实际上缺乏足够的认识。本研究通过引物序列比对分析,精确定位了这48个SSR标记在水稻基因组中的具体位置,旨在探讨这些SSR标记在水稻基因组上的分布特征,并评估其变异可能引发的生物学效应。我们利用SSR标记引物对公共基因组组装数据进行扩增,并分析扩增序列标记,测定了这些标记在籼、粳亚种群体中的多态性。结果表明,这48个标记在水稻的12条染色体上呈不均匀分布。其中,35个标记位于基因内部或上下游2.0 kb内,3个标记位于基因的外显子区,但SSR重复单元的增减并未导致移码突变的发生。在分析的193份亚洲代表性栽培稻品种中,有3个标记在粳稻群体(58个品种)中未表现出多态性,多态性信息含量(PIC)为0,另有8个标记在粳稻群体中的多态性低(PIC<0.25);同样,在籼稻群体(135个品种)中,也有5个标记多态性低(PIC<0.25)。此外,在扩增区段内,除重复单元外,还观察到了单核苷酸变异以及插入、缺失变异。本研究不仅揭示了这48个SSR标记的基因组学特征,还明确指出,在代表性群体中,少数SSR标记仍缺乏足够的品种鉴别能力,同时,我们还发现了SSR标记内部重复序列外的核苷酸变异,这为优化现有SSR标记开发新的水稻品种鉴定SSR标记,以及科学认识现有SSR标记在品种鉴别中的局限性提供了重要方向和启示。 展开更多
关键词 水稻 ssr标记 基因组特征 多态性 品种区试 品种审定
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基于表型性状和SSR标记的樟子松核心种质构建 被引量:1
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作者 尹明宇 吴波 +2 位作者 乌云塔娜 庞营军 张学利 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第6期182-190,共9页
【目的】基于表型性状和SSR标记构建樟子松核心种质,为樟子松种质资源有效管理和利用奠定基础。【方法】以科尔沁沙地31年生517份樟子松种质为材料,探究其表型性状(胸径、树高、枝下高、冠幅、单株材积、冠形、干形和分枝)变异规律,应... 【目的】基于表型性状和SSR标记构建樟子松核心种质,为樟子松种质资源有效管理和利用奠定基础。【方法】以科尔沁沙地31年生517份樟子松种质为材料,探究其表型性状(胸径、树高、枝下高、冠幅、单株材积、冠形、干形和分枝)变异规律,应用12对SSR引物分析其遗传多样性。结合表型和SSR数据,依据等位基因数目最大化策略与表型极值和稀有等位基因优先原则构建核心种质。通过表型变异和遗传多样性相关参数差异检验以及主坐标分析评价核心种质的代表性和有效性。【结果】樟子松种质资源具有丰富的表型变异和遗传多样性,各性状变异系数为13.01%~48.21%,表型多样性指数(H′)为0.913~2.064;12个SSR位点共检测到97个等位基因(Na),各位点有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener多样性指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)的平均值分别为3.324、1.189、0.511、0.556和0.512。以8.90%的取样比例得到46份核心种质,其均值差异百分率(MD)、方差差异百分率(VD)、极差符合率(CR)和变异系数变化率(VR)分别为1.42%、46.33%、100.00%、135.34%;核心种质的H′、Ne、I、He和PIC均显著高于原有种质且在原有种质中呈均匀分布。应用11个SSR位点构建了46份核心种质的唯一性DNA指纹图谱。【结论】构建的46份樟子松核心种质,能够有效代表樟子松种质资源的表型变异和遗传多样性。 展开更多
关键词 樟子松 核心种质 表型 ssr标记 DNA指纹图谱
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新疆主要酿酒葡萄种质资源的SSR标记分析及数字指纹构建 被引量:1
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作者 王季姣 王世伟 +4 位作者 李亚兰 杨涛 李树德 王宝庆 潘越 《西北农业学报》 北大核心 2025年第1期63-75,共13页
新疆酿酒葡萄种质资源丰富,存在遗传背景复杂及品种混杂等问题,为有效区分和合理利用新疆主栽酿酒葡萄种质资源,汇集新疆110份种质为试材,利用筛选出多态性好的SSR引物进行PCR扩增,对多态性、遗传多样性和遗传距离进行分析,并构建种质... 新疆酿酒葡萄种质资源丰富,存在遗传背景复杂及品种混杂等问题,为有效区分和合理利用新疆主栽酿酒葡萄种质资源,汇集新疆110份种质为试材,利用筛选出多态性好的SSR引物进行PCR扩增,对多态性、遗传多样性和遗传距离进行分析,并构建种质数字指纹。结果表明:从76对SSR引物中筛选出30对多态性丰富的引物,共扩增出等位基因位点391个,多态率高达97.164%,其中引物VVIV67条带数最多,为22条。各位点平均观测杂合度(Ho)为0.671,期望杂合度(He)为0.790,Shannon多样性指数(I)在1.142~2.627,PIC平均值为0.766。遗传距离变化主要在0.500~1.000,占整体的92.399%。聚类树将供试材料分为6组,其中第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组多来源于由法国、苏联、美国、意大利等国家引进的酿酒葡萄品种,第Ⅳ、Ⅴ组多来源于中国山葡萄品种种间和种内杂交种;第Ⅵ组基本为中国自主选育的山葡萄品种。数字指纹能够将各种质进行准确鉴定,其中‘11-22-16’和‘12-10-60’‘克里木波西’和‘赤霞珠170’‘盖吾沙’和‘塔夫里斯’‘紫晶梦露’和‘1-5-7’可能存在同物异名。新疆主栽酿酒葡萄SSR位点丰富,可用性较强,试材具有丰富的遗传多样性,可为酿酒葡萄种质资源利用和品种选育提供参考依据。 展开更多
关键词 酿酒葡萄 ssr标记 遗传多样性 种质资源 数字指纹
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雌性榧树种实性状和SSR标记的遗传变异 被引量:1
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作者 李柯豫 陈荣 +5 位作者 刘琏 蔡晓郡 姜郑楚 谢前丹 俞晨良 喻卫武 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第1期94-102,共9页
【目的】探究不同种群雌性榧树Torreya grandis种实性状,基于简单重复序列标记(SSR)引物对榧树的种群遗传变异进行分析,比较榧树种群间、种群内种实表型、品质及遗传多样性的差异。【方法】以浙江富阳、嵊州、临安、建德及安徽黄山种群... 【目的】探究不同种群雌性榧树Torreya grandis种实性状,基于简单重复序列标记(SSR)引物对榧树的种群遗传变异进行分析,比较榧树种群间、种群内种实表型、品质及遗传多样性的差异。【方法】以浙江富阳、嵊州、临安、建德及安徽黄山种群雌性榧树为材料,通过方差分析、主成分分析对榧树叶片及种实表型进行比较;以浙江富阳、嵊州、临安、淳安及安徽黄山种群雌性榧树为材料,通过SSR分子标记对榧树遗传多样性进行比较。【结果】榧树种实分析发现:叶质量、叶形指数、种实质量、种形指数、种核质量、核形指数、假种皮厚、种壳厚等8个指标在种群间和种群内个体差异极显著(P<0.01);脂肪相对含量及可溶性糖质量分数在种群间差异极显著(P<0.01),脂肪相对含量为29.36%~42.35%,榧树种实外观和种仁品质变异丰富。SSR引物分析发现:榧树种群的Nei’s遗传多样性指数(H)均值为0.400,Shannon’s信息指数(I)均值为0.650,多态性信息含量(P_(IC))均值为0.400。淳安种群的遗传多样性(H=0.410,I=0.658)最高,嵊州种群(H=0.369,I=0.565)最低。92%总遗传变异存在于种群内。【结论】榧树种实的表型、品质在种群间和种群内存在遗传变异,淳安种群遗传多样性最高,且种群内遗传变异大于种群间。 展开更多
关键词 榧树 不饱和脂肪酸 可溶性糖 ssr标记 遗传变异
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基于SSR标记的青海蚕豆品种亲缘关系分析与指纹图谱构建
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作者 郑栋 周仙莉 +3 位作者 滕长才 侯万伟 张红岩 刘玉皎 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期79-90,共12页
为明确青海蚕豆育成品种、高代品系和骨干亲本的群体结构与亲缘关系,本研究利用46对多态性和稳定性好、重复性高的SSR引物对36个青海蚕豆主栽品种(品系)进行群体遗传学分析并构建了指纹图谱。结果表明,通过毛细管电泳检测,在46对引物中... 为明确青海蚕豆育成品种、高代品系和骨干亲本的群体结构与亲缘关系,本研究利用46对多态性和稳定性好、重复性高的SSR引物对36个青海蚕豆主栽品种(品系)进行群体遗传学分析并构建了指纹图谱。结果表明,通过毛细管电泳检测,在46对引物中检测到262个等位位点,各引物检测的多态性等位位点数(Na)为2~15,平均等位位点数为5.696个,平均每个位点检测到的有效等位基因数为2.988个,范围为1.180~9.257;Shannon指数的变化范围为0.287~2.444,均值为1.210;多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值变化范围为0.141~0.883,均值为0.553,揭示了青海蚕豆品种丰富的遗传多样性。系统聚类将36份材料划分为4个亚群,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亚群分别包括24、4、7、1份材料;群体结构与主坐标分析将材料划分为2个亚群,亚群Ⅰ和亚群Ⅱ分别包括17和19份材料,与聚类分类结果有一定程度的交叉重合,厘清了青海蚕豆主栽品种的群体遗传结构与亲缘关系。在此基础上,筛选出4对核心引物,构建了36份材料的指纹图谱,并将相关信息储存在二维码中。青海蚕豆主栽品种指纹图谱的构建不仅为青海蚕豆品种鉴定提供了有效工具,也为今后青海蚕豆品种亲本选配和新品种权保护提供了技术支撑。 展开更多
关键词 蚕豆 青海 主栽品种 ssr标记 亲缘关系 指纹图谱
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基于SSR标记淡黄金花茶的遗传多样性和遗传结构研究 被引量:1
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作者 向盈盈 唐绍清 卢永彬 《广西植物》 北大核心 2025年第4期654-666,共13页
淡黄金花茶(Camellia flavida)是分布于广西西南部的国家二级保护植物,具有重要的观赏价值。了解珍稀濒危物种的遗传多样性和遗传结构,可为其种质资源的保护和管理提供理论依据。该研究基于14对微卫星(SSR)引物对已知分布区内的12个淡... 淡黄金花茶(Camellia flavida)是分布于广西西南部的国家二级保护植物,具有重要的观赏价值。了解珍稀濒危物种的遗传多样性和遗传结构,可为其种质资源的保护和管理提供理论依据。该研究基于14对微卫星(SSR)引物对已知分布区内的12个淡黄金花茶自然种群进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:(1)14对引物共检测到63个等位基因;SSR位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.691,显示出高度遗传多态性。(2)12个种群的平均等位基因数(N_(a))为4.476,平均有效等位基因数(N e)为2.720,平均观测杂合度(H_(o))为0.590,平均期望杂合度(H_(e))为0.575,而种群间遗传分化系数(F_(ST))为0.212。(3)AMOVA分析结果显示,种群间的分子变异为21.19%(P<0.05),种群间存在高水平的遗传分化,该结果得到了STRUCTURE分析和UPGMA分析的支持。(4)Mantel检验结果表明种群间的遗传距离与地理距离存在显著正相关(R 2=0.177,P<0.05)。该研究认为淡黄金花茶群体维持着一定水平的遗传多样性,而且种群间存在高水平的遗传分化,建议加强对淡黄金花茶自然种群的保护,以及夏石种群的保护。 展开更多
关键词 淡黄金花茶 遗传多样性 遗传分化 遗传结构 ssr标记
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基于荧光SSR标记的杧果控制授粉实生后代父本鉴定
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作者 闫锦源 郑斌 +4 位作者 王松标 马小卫 许文天 谢坤良 武红霞 《果树学报》 北大核心 2025年第6期1190-1199,共10页
【目的】利用荧光SSR标记对杧果控制授粉实生后代进行父本鉴定,为杧果种质创新和新品种选育提供参考依据。【方法】以113株杧果控制授粉实生后代及12个亲本为试验材料,利用笔者课题组前期基于杧果参考基因组开发的10对荧光SSR引物结合... 【目的】利用荧光SSR标记对杧果控制授粉实生后代进行父本鉴定,为杧果种质创新和新品种选育提供参考依据。【方法】以113株杧果控制授粉实生后代及12个亲本为试验材料,利用笔者课题组前期基于杧果参考基因组开发的10对荧光SSR引物结合毛细管电泳技术在苗期对实生后代单株进行父本鉴定。【结果】10对荧光SSR引物在125份杧果资源中检测到54个等位基因,平均每个标记检测到5.4个等位基因;香农信息指数(I)变化范围为0.926~1.428,平均为1.185;观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)均值分别为0.689和0.632;多态性信息含量(PIC)变化范围为0.452~0.677,平均为0.575;113株后代中有95个子代成功鉴定出最优父本,鉴定成功率为84.07%,且置信度均超过80%。其中,杂交后代80株,占比84.21%;自交后代15株,占比15.79%。在置信度达到95%时,47株子代成功鉴定出最优父本,鉴定成功率为41.59%,其中杂交后代44株,占比93.62%;自交后代3株,占比6.38%。【结论】荧光SSR分子标记技术能快速准确鉴定控制授粉杧果实生后代的父本,可作为分子标记辅助育种手段用于杂交苗的早期系谱分析。 展开更多
关键词 杧果 父本鉴定 ssr荧光标记 毛细管电泳
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基于表型性状与SSR分子标记的木薯种质资源遗传多样性分析
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作者 丘鸿 王明 +7 位作者 肖鑫辉 李开绵 叶剑秋 应东山 杨延青 孟俊霖 袁爱娟 朱莹 《南方农业学报》 北大核心 2025年第8期2490-2500,共11页
【目的】分析114份木薯种质资源的遗传多样性,为木薯种质资源保存、评价与利用提供理论参考。【方法】对114份国内外木薯种质的株高、主茎高、节间长、株型、单株块根数、主茎粗、主茎外皮颜色、主茎内皮颜色、块根表皮等12个表型性状... 【目的】分析114份木薯种质资源的遗传多样性,为木薯种质资源保存、评价与利用提供理论参考。【方法】对114份国内外木薯种质的株高、主茎高、节间长、株型、单株块根数、主茎粗、主茎外皮颜色、主茎内皮颜色、块根表皮等12个表型性状进行遗传多样性分析,并结合SSR荧光分子标记和毛细管电泳方法,评估木薯遗传多样性水平。【结果】12个表型性状的变异系数为15.73%~81.74%,平均为39.86%,其中单株鲜薯重的变异系数最大,主茎粗的变异系数最小;12个表型性状的Shannon-Wiener多样性指数为0.5671~2.0059,平均为1.4202,表明供试种质的遗传多样性较高。从12个表型性状中初步筛选出变异系数和Shannon-Wiener多样性指数较高的4个表型性状,分别为主茎高、单株鲜薯重、主茎粗、主茎外皮颜色。基于12个表型性状的聚类结果显示,114份木薯种质在欧式距离为20时被分为六大类,Ⅰ~Ⅲ类分别包含62、38和5份种质,第Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ类均包含3份种质。通过28对SSR核心引物对114份木薯种质进行PCR扩增,结果显示,等位基因数(Na)为168个,每对引物检测到的Na为3~14个,平均为6个;有效等位基因数(Ne)为1.5777~7.1136个,每对引物平均检测到的Ne为3.1217个;香农指数(I)为0.6418~2.1958,平均为1.2712;观测杂合度(Ho)为0.2280~0.8070,平均为0.5877;期望杂合度(He)为0.3661~0.8594,平均为0.6444;多态性信息含量(PIC)为0.3205~0.8472,平均为0.5978,表明114份木薯种质资源具有较高的遗传多样性。基于SSR分子标记的聚类结果显示,114份木薯种质分为九大类群,Ⅰ~Ⅸ类群分别包含1、1、13、4、11、7、9、15、53份种质。表型性状聚类结果与SSR分子标记聚类结果不一致,均未表现出明显的地理来源规律。【结论】主茎高、单株鲜薯重、主茎粗和主茎外皮颜色是木薯种质资源鉴定和核心种质筛选的重要表型性状,可用于木薯种质资源评价、品种创新和优良种质筛选。114份木薯种质具有较高的遗传多样性,筛选出的28对SSR核心引物能有效分析木薯的遗传多样性,可用于鉴定种质间的亲缘关系。 展开更多
关键词 木薯 表型性状 ssr荧光标记 聚类分析 遗传多样性分析
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辣椒果实颜色性状与SSR分子标记的关联分析及指纹图谱构建
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作者 段敏杰 李怡斐 +3 位作者 王春萍 黄任中 黄启中 张世才 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期81-94,共14页
【目的】对辣椒种质材料进行遗传多样性分析,挖掘与果实颜色性状关联的分子标记。【方法】以57份辣椒种质为供试材料,利用7个果实颜色性状与20个SSR标记进行遗传多样性分析,使用Tassel 5.0软件的一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进... 【目的】对辣椒种质材料进行遗传多样性分析,挖掘与果实颜色性状关联的分子标记。【方法】以57份辣椒种质为供试材料,利用7个果实颜色性状与20个SSR标记进行遗传多样性分析,使用Tassel 5.0软件的一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进行SSR标记和性状的关联分析,并构建种质指纹图谱。【结果】7个果实颜色性状遗传多样性指数变幅为1.58(果皮L值)-2.08(果肉a值),变异系数变幅为9.07%-51.84%,果实色价与果皮和果肉的Lab值之间存在一定的相关性。20个SSR标记检测出107个多态性位点,平均每个标记5.1个;引物多态性信息含量(PIC)变幅为0.221-0.864,平均0.624;香农信息指数(I)和Nei’s遗传多样性指数(H)平均值分别为1.3和0.646;57份辣椒种质遗传相似性系数变幅为0.069-0.9151,平均0.294。系统聚类将57份种质划分为2个亚族,亚族Ⅰ和亚族Ⅱ分别包含28和29份种质,群体结构分析将种质划分为2个亚群,亚群Ⅰ和亚群Ⅱ分别有33和24份种质,与聚类分析结果交叉重叠度较高。利用GLM和MLM两种模型共检测到与辣椒果实颜色性状相关的16个标记,表型解释率为6.6%-13.8%;标记SSR4与果实色价极显著关联(P<0.01),标记SSR6、SSR9和SSR17在2种模型中均被检测到与同一性状显著关联。利用9对核心引物构建了57份辣椒种质的指纹图谱。【结论】对57份辣椒果实色价和Lab值的遗传多样性和基于SSR标记的遗传多样性进行综合分析,并构建种质指纹图谱,为辣椒种质资源鉴定、优异种质筛选及分子辅助育种提供了一定的理论依据。 展开更多
关键词 辣椒 果实颜色性状 ssr标记 遗传多样性 关联分析 指纹图谱
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基于SSR标记的牡丹品种鉴定技术标准体系的构建
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作者 张雨婷 于雪丹 +5 位作者 郑勇奇 张川红 黄金锋 赵国栋 李伟 李丰钰 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期174-187,共14页
【目的】建立牡丹品种鉴定的简单重复序列(SSR)标记标准技术体系,筛选出多态性高、重复性好的牡丹SSR核心引物和参照品种,并确定品种差异判定标准,为牡丹品种的精准快速鉴定及新品种权审查提供技术支持。【方法】以9个野生牡丹种和5个... 【目的】建立牡丹品种鉴定的简单重复序列(SSR)标记标准技术体系,筛选出多态性高、重复性好的牡丹SSR核心引物和参照品种,并确定品种差异判定标准,为牡丹品种的精准快速鉴定及新品种权审查提供技术支持。【方法】以9个野生牡丹种和5个具有代表性品种群、9种花型及11种花色的48个常见栽培品种为试验材料,通过收集引物信息、核对DNA序列信息、重新设计引物、分析位点多态性,筛选出SSR核心引物和参照品种,并对SSR位点组合的品种鉴别力进行分析与评价。【结果】在10个SSR位点中,9个野生种和48个品种共检测到84个等位基因。等位基因数为4~12个;多态性信息含量为0.572~0.837,均值为0.712。SSR位点组合的品种鉴别能力分析结果显示:当差异位点为1个时,至少需要5对引物才可完全区分48个品种;而当差异位点为2个时,至少需要8对引物才能完全区分48个品种。【结论】筛选出的17个参照品种和10个SSR位点在所有牡丹品种群中均表现出良好的鉴别能力。最终确定了以1个差异位点为鉴定标准的牡丹品种SSR标记技术体系。 展开更多
关键词 牡丹 ssr标记 品种鉴定 分子身份证 品种鉴别力
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基于SSR标记分析108份金豆种质资源遗传多样性
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作者 卢小转 周淑芬 +2 位作者 赵阳宇 王小安 田大刚 《福建农业学报》 北大核心 2025年第5期441-448,共8页
【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,... 【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)引物进行遗传多样性分析。通过计算变异系数、多态信息含量(polymorphism information content,PIC)、遗传分化指数(genetic differentiation index,F_(st))等参数,结合聚类分析和分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA),解析其遗传变异特征。【结果】表型分析显示,金豆农艺性状变异系数10.51%~50.79%,表现出丰富的表型多样性。SSR标记分析共检测到41个等位基因,平均等位基因数4.1,PIC平均值为0.459(B18位点最高,达0.729),香农指数(shannon's information index,I)平均为0.945,观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)平均为0.324,期望杂合度(expected heterozygosity,He)平均为0.515,表明群体具有丰富的遗传多样性,但存在一定近交现象。聚类分析将种质划分为5个亚群,但未呈现地理分布相关性;AMOVA显示遗传变异主要来源于个体内(53%),其次为个体间(31%)。亚群间遗传分化从中等至高度分化(F_(st)=0.071~0.226),其中亚群Ⅰ与其他亚群的分化达到高度分化水平(F_(st)>0.18)。【结论】金豆种质资源具有较高的遗传多样性,SSR标记分析可为其种质保护与育种利用提供科学依据。 展开更多
关键词 金豆 表型变异 简单序列重复(ssr)标记 遗传多样性
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基于QTL相关SSR标记分析北方春大豆品种的遗传多样性
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作者 郝爱静 王桂梅 +4 位作者 刘飞 冯钰 丁婉 李梦蛟 邢宝龙 《核农学报》 北大核心 2025年第6期1110-1118,I0001,I0002,共11页
为充分了解北方春大豆品种资源的遗传多样性,提高育种利用效率,本研究利用经过筛选的19个与数量性状基因座(QTL)相关的简单重复序列(SSR)标记对100份北方春大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,所有标记均具有多态性,19个SS... 为充分了解北方春大豆品种资源的遗传多样性,提高育种利用效率,本研究利用经过筛选的19个与数量性状基因座(QTL)相关的简单重复序列(SSR)标记对100份北方春大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,所有标记均具有多态性,19个SSR标记共检测出129个等位变异,变幅为2~18,平均每个标记检测出6.7895个变异。香农指数变幅为0.5233~2.5217,均值为1.2653。多态性信息含量(PIC)变幅为0.2822~0.8877,均值为0.5669(PIC≥0.5),多态性达到高度水平。遗传分化系数(Fst)平均为0.1150,介于0.05~0.15之间,表明群体间存在中等程度的遗传分化。按地理来源进行遗传多样性分析发现,亚群多态性信息含量变幅为0.3849(辽宁)~0.5522(吉林),说明部分亚群遗传多样性相对较高。主坐标分析结果表明,同一个地理来源的品种具有一定集中度,但整体较分散。群体遗传结构分析将参试材料分为4个类群,且大部分品种有不同程度的混血,遗传基础丰富。本研究结果为北方春大豆育种的亲本选择和改良提供了理论参考。 展开更多
关键词 大豆 ssr标记 遗传多样性 北方
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