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题名白三叶转录组SSR位点特征分析及引物开发
被引量：6
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作者
张婷婷
张鹤山
宋康杰
赵泽宇
许本波
刘洋
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机构
长江大学生命科学学院
动物胚胎及分子育种湖北重点实验室/湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
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出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期2266-2275,共10页
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基金
动物胚胎及分子育种湖北重点实验室开放课题项目(KLAEMB-2022-04)。
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文摘
本研究旨在了解白三叶(Trifoliumrepens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T(24.85%)、AG/CT(16.48%)和AAG/CTT(8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4~21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12~35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
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关键词
多态性引物
指纹图谱
碱基重复特征
ssr序列特征
转录组数据
分子鉴定
ssr引物设计
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Keywords
polymorphic primers
fingerprint
base repeat characteristics
ssr sequence features
transcriptome sequencing
molecular identification
ssr primer design
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分类号
S541.2
[农业科学—作物学]
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