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基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用
被引量:
2
1
作者
李雪松
孙达锋
+4 位作者
刘绍雄
张俊波
岳万松
李建英
华蓉
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期84-93,共10页
以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供...
以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。
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关键词
大球盖菇
基因组
ssr分子标记开发
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职称材料
题名
基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用
被引量:
2
1
作者
李雪松
孙达锋
刘绍雄
张俊波
岳万松
李建英
华蓉
机构
中华全国供销合作总社昆明食用菌研究所
云南省食用菌产业发展研究院
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第1期84-93,共10页
基金
云南省科技人才与平台计划(202205AD160042)
云南省乡村振兴科技专项(202204BP090012)
云南省重大科技专项计划(202002AE320003)。
文摘
以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。
关键词
大球盖菇
基因组
ssr分子标记开发
Keywords
Stropharia rugosoannulata
genome
ssr
molecular markers development
分类号
S646 [农业科学—蔬菜学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用
李雪松
孙达锋
刘绍雄
张俊波
岳万松
李建英
华蓉
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024
2
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