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基于ISSR分子标记的青梅品种群遗传多样性分析 被引量：1
1
作者 李刘敏 王雪颖 +3 位作者 沈孝鑫 滕诗羽 胡晓波 陈发兴 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第2期203-211,共9页
为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性... 为解决青梅品种群品种混淆杂乱、遗传关系复杂难辨的问题,采用简单重复序列区间(ISSR)分子标记技术对福建永泰、仙游、秀屿以及诏安4个地区的11个青梅品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从100条ISSR引物中筛选出22条多态性引物,共扩增得到91个基因位点,其中多态性位点72个,占79.12%。Popgene软件分析结果表明,11个青梅品种的Nei′s遗传多样性指数平均值为0.2576,有效等位基因数平均值为1.4257,Shannon′s信息多样性指数平均值为0.3933。非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,11个青梅品种可以分为3大类,第一大类包括‘灯架山1号’‘灯架山2号’‘小喜村3号’和‘白粉梅’;第二大类包括‘小喜村1号’‘小喜村2号’‘红梅’‘大水梅’‘青梅1号梨子叶’和‘翁种’;第三大类只有‘原生种’1个品种。11个青梅品种的遗传一致度为0.6154~0.8242,遗传距离为0.1934~0.4855。福建永泰‘小喜村1号’和‘小喜村2号’的遗传一致度最高,遗传距离最小,亲缘关系最近;福建永泰‘灯架山1号’与福建诏安元山‘大水梅’的遗传一致度最低,遗传距离最大,亲缘关系最远。 展开更多
关键词 青梅 简单重复序列区间 分子标记 亲缘关系 遗传多样性
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基于SSR分子标记的新疆83个常规陆地棉品种亲缘关系分析
2
作者 牛清东 杨延龙 《中国棉花》 2025年第7期32-37,共6页
采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0... 采用简单重复序列(simple repeated sequence,SSR)分子标记技术对2022―2024年新疆种业公司提交的83份样品(包括早熟品种、早中熟品种)进行亲缘关系分析,以期为棉花品种的管理和选择提供依据。使用农作物SSR数据比对软件(登记号:2025SR0343132)对样品SSR数据位点进行两两比较,分别利用Powermarker V3.25、NTSYSpc-2.10e、Structure 2.3.4、GenALEx 6.502进行SSR多态性分析、亲缘关系分析、群体结构分析和主成分分析。结果表明,60对SSR引物共扩增出153个等位变异,平均等位变异数为2.55,平均多态性信息含量为0.32。83份品种两两比较共产生了3403个组合,差异位点范围为0~47,位点差异大于2的组合有3290个,占组合数的96.7%。亲缘关系分析、群体结构分析和主坐标分析的分类结果基本一致,83份样品被划分为2个群体pop1和pop2,pop2包含pop2A和pop2B亚群。亲缘关系分析显示,棉种样品间的相似系数在0.503~1.000,平均值为0.690,说明棉种样品间遗传背景较窄、亲缘关系较近。主坐标分析结果显示:pop1共有样品15份,均为早熟品种;pop2A共有样品52份,其中含早熟品种29份、早中熟品种23份;pop2B共有样品16份,其中有早熟品种9份、早中熟品种7份,并没有明显的地理分类特征。这些结果可为新疆棉花品种选育和管理提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 简单重复序列(simple repeated sequence ssr) 分子标记 亲缘关系 近似品种 群体结构分析 主成分分析 多态性
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应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2
3
作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页
目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多
关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性
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大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：5
4
作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多
关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性
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镉胁迫对不同甜玉米自交系幼苗生长的影响及其相关简单重复序列分子标记初筛 被引量：3
5
作者 姜昊梁 黄允 +7 位作者 梁绍芳 谢梦晨 徐天成 宋芷婷 向文文 陈青春 万小荣 孙伟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第8期1582-1590,共9页
为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单... 为探究不同甜玉米自交系幼苗期对镉的响应差异,发掘与甜玉米苗期耐镉性状相关的分子标记位点,选取13份甜玉米自交系进行镉胁迫处理(Cd浓度为0.01 mol·L^(-1)),综合评价甜玉米幼苗生理指标差异,并寻找与甜玉米苗期耐镉性相关的简单重复序列(SSR)分子标记。结果显示,从耐镉性判断,KY188、M114A为敏感型自交系,T96-4、M3、T35和T8-1为耐受型自交系。与对照处理相比:KY188(敏感型)经过镉胁迫处理后,叶绿素含量随时间推进显著(P<0.05)降低,苗高、总根数、根长、地上部鲜重和干重、地下部鲜重和干重、总鲜重、总干重分别显著(P<0.05)降低了18.87%、24.32%、21.13%、58.86%、2.04%、33.77%、26.11%、47.11%、14.29%;T96-4(耐受型)经过镉胁迫处理后,上述指标无显著变化。通过相关性分析,共检测到9个与甜玉米苗期耐镉性状相关的SSR标记,分别位于第2、3、4、5、6、8、9、10号染色体上。 展开更多
关键词 镉胁迫 主成分分析 耐镉性 简单重复序列分子标记 甜玉米
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基于SSR标记分析108份金豆种质资源遗传多样性
6
作者 卢小转 周淑芬 +2 位作者 赵阳宇 王小安 田大刚 《福建农业学报》 北大核心 2025年第5期441-448,共8页
【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,... 【目的】评估金豆(Fortunella hindsii var.chintou)种质资源遗传多样性,为其育种亲本组合的合理配置提供科学依据,进而提高育种效率。【方法】以108份金豆种质为材料,调查13个农艺性状,并利用10对简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)引物进行遗传多样性分析。通过计算变异系数、多态信息含量(polymorphism information content,PIC)、遗传分化指数(genetic differentiation index,F_(st))等参数,结合聚类分析和分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA),解析其遗传变异特征。【结果】表型分析显示,金豆农艺性状变异系数10.51%~50.79%,表现出丰富的表型多样性。SSR标记分析共检测到41个等位基因,平均等位基因数4.1,PIC平均值为0.459(B18位点最高,达0.729),香农指数(shannon's information index,I)平均为0.945,观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)平均为0.324,期望杂合度(expected heterozygosity,He)平均为0.515,表明群体具有丰富的遗传多样性,但存在一定近交现象。聚类分析将种质划分为5个亚群,但未呈现地理分布相关性;AMOVA显示遗传变异主要来源于个体内(53%),其次为个体间(31%)。亚群间遗传分化从中等至高度分化(F_(st)=0.071~0.226),其中亚群Ⅰ与其他亚群的分化达到高度分化水平(F_(st)>0.18)。【结论】金豆种质资源具有较高的遗传多样性,SSR标记分析可为其种质保护与育种利用提供科学依据。 展开更多
关键词 金豆 表型变异 简单序列重复(ssr)标记 遗传多样性
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用物种专化DNA重复序列作分子标记检测导入小麦的大赖草染色质 被引量：2
7
作者 柴守诚 刘大钧 +2 位作者 陈佩度 齐莉莉 李万隆 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第6期641-645,共5页
pLrNAU344,pLrNAU426和pLrNAU647是我们新近从大赖草中克隆到的3个物种专化DNA重复序列。它们都大量存在于赖草属,而小麦中却很少。Southern杂交证明,pLrNAU426和pLrNAU647对导入小麦的8条不同的大赖草染色体(其中3条携带有小麦赤霉病... pLrNAU344,pLrNAU426和pLrNAU647是我们新近从大赖草中克隆到的3个物种专化DNA重复序列。它们都大量存在于赖草属,而小麦中却很少。Southern杂交证明,pLrNAU426和pLrNAU647对导入小麦的8条不同的大赖草染色体(其中3条携带有小麦赤霉病抗性基因)和两条染色体臂都有检测效果,据此可用其作为赖草属染色质的分子标记进一步研究和利用。 展开更多
关键词 DNA重复序列 分子标记 大赖草 巨大冰麦草 小麦
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水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析 被引量：1
8
作者 邢啸林 陈丹 +3 位作者 况勇 徐文娟 黄然 甘德芳 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1285-1296,共12页
水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水... 水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。 展开更多
关键词 水芹 简单重复序列(ssr)分子标记 聚类分析 遗传多样性
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狼尾草属叶绿体基因组特征与分子标记开发 被引量：1
9
作者 江转转 陈红 +1 位作者 鲍红艳 代雨童 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页
【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草... 【目的】利用4种已发布的狼尾草属Pennisetum植物叶绿体基因序列,分析其叶绿体基因组特征并开发相应的分子标记,为狼尾草属植物的进化及系统发育关系提供新的观点。【方法】基于美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库已发布的4种狼尾草属叶绿体完整基因组序列,利用生物信息学手段分析其重复序列、密码子偏好性、多态性、共线性并开发简单重复序列(SSR)分子标记。【结果】4种狼尾草属植物的叶绿体基因组长度及GC含量都较为接近且密码子偏倚程度不高;边界扩张分析显示各区域间收缩不显著;共线性分析表明4种狼尾草植物的种间共线性较强;基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明白草P.flaccidum和御谷P.glaucum、象草P.purpureum和狼尾草P.alopecuroides的亲缘关系最近。5对SSR分子标记在狼尾草属植物中有较高的实用性,引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。SSR1、SSR3和SSR4在4种狼尾草属植物中显示出较高的保守性,SSR1的种间保守性最高。【结论】4种狼尾草叶绿体基因组较为保守,且白草与御谷、象草与狼尾草的亲缘关系最为接近,同时引物SSR2是御谷和狼尾草的特异性引物,引物SSR5是御谷的特异性引物。 展开更多
关键词 狼尾草属 叶绿体基因组 分子标记 简单重复序列(ssr)
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简单序列重复(SSR)及其在农作物研究中的应用 被引量：24
10
作者 李汝玉 《山东农业科学》 1999年第4期45-49,共5页
ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类... ＳＳＲ是一类由１～５个核苷酸组成的短序列首尾相连重复多次构成的一段ＤＮＡ，广泛分布于真核生物基因组中。ＳＳＲ标记信息含量高，覆盖整个基因组，呈共显性遗传，可利用ＰＣＲ进行分析，重复性好。本文对主要农作物中ＳＳＲ的种类、数量、分布、分离及特性分析方法，ＳＳＲ多态性的检测，ＳＳＲ在品种鉴定与检测、种质资源及育种、基因组作图等方面的研究现状作了简要叙述，并对该技术的未来发展进行了预测。 展开更多
关键词 分子标记 基因组作图 PCR 农作物 简单序列重复
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基于转录组序列的万寿菊SSR标记开发及应用
11
作者 郭俊伟 马雪璟 +2 位作者 陈利文 唐道城 唐楠 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第22期23-30,共8页
万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和... 万寿菊(Tagetes erecta)是国内外广泛栽植的一年生草本花卉,具有重要的观赏、药用和经济价值。基于转录组测序结果挖掘万寿菊简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)位点信息,并对万寿菊属的2个品种、24个品系进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明,转录组测序共挖掘到10 182个SSR位点,出现频率为16.07%,平均6.15 kb出现1个SSR位点。SSR位点共出现259种基序重复类型,其中三核苷酸是主要重复类型(48.51%),其次是二核苷酸(27.05%),二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元分别为AG/CT(37.22%)、ATC/ATG(28.63%)。筛选出10个多态性位点用于万寿菊资源的遗传多样性分析,平均期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为0.361、0.364。26份万寿菊材料的平均Shannon息指数(Ⅰ)、期望杂合度(He)分别为0.642、0.475,遗传距离介于0.027~0.913之间,表明供试材料的遗传多样性较丰富。非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,26份万寿菊材料在相似系数0.69处可分为两大类,其中花色相同的万寿菊属品种(系)聚为一类。综上,万寿菊转录组中SSR的出现频率较高、类型丰富、多态性高,为万寿菊种质资源鉴别与利用、遗传图谱构建和分子标记辅助选择等提供了备用分子标记,研究结果为今后万寿菊核心种质的选择、新品种的选育奠定了理论基础。 展开更多
关键词 万寿菊 简单重复序列(ssr) 多态性引物 遗传多样性
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脆蜜金柑果肉转录组SSR分布及其序列特征分析
12
作者 黄秋岚 田程飘 +3 位作者 刘功德 毛立彦 邓小红 龙凌云 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期583-591,共9页
【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转... 【目的】分析脆蜜金柑果肉转录组中简单重复序列(SSR)的分布情况及序列特征,为金柑属的遗传多样性分析、SSR分子标记开发及分子辅助育种等提供参考依据。【方法】以脆蜜金柑为试验材料,通过DNBSEQ-G99高通量测序平台对其果肉组织进行转录组测序,高质量测序数据经严格过滤、拼接及组装后,使用MISA对转录组测序得到的Unigenes进行SSR位点检索,并分析其分布情况及序列特征。【结果】脆蜜金柑果肉转录组测序数据经质控及组装后共获得32257条Unigenes,Unigenes总长度为63342722 bp;经MISA搜索,鉴定出22447个SSR位点,分布在11119条Unigenes上,SSR发生频率为34.47%,平均分布距离为2.82 kb。在22447个SSR位点中,以单核苷酸重复类型数量最多(14002个),占62.38%;其次是二核苷酸重复类型(3949个)和三核苷酸重复类型(3980个),分别占17.59%和17.73%。从22447个SSR位点共搜索出116种重复基元种类,且以A/T、AG/CT和AT/AT这3种重复基元的数量占绝对优势(合计占73.99%);A/T是单核苷酸重复基元中的绝对优势基元,占59.41%;AG/CT是二核苷酸重复基元中的优势基元,占8.87%;AAT/ATT是三核苷酸重复基元中的优势基元,占4.55%。SSR重复基元出现频次从5次到44次均有分布,以出现频次大于10次的SSR重复基元数量最多(10395个,占46.31%),其次是出现频次为10次的SSR重复基元(4997个,占22.26%)。脆蜜金柑果肉转录组SSR位点的平均基序长度为29.63 bp,以基序长度在12~20 bp的SSR位点数量最多(12692个,占56.54%),呈中度多态性。采用Primer3设计SSR引物,共有17118个SSR位点可设计出引物,成功率为76.26%。【结论】脆蜜金柑果肉转录组SSR位点数量庞大,基元类型丰富,呈中度以上多态性,可用于开发SSR分子标记,为金柑及其他柑橘属植物的遗传图谱绘制、病害抗病分析及种质资源鉴定等研究提供技术支撑。 展开更多
关键词 脆蜜金柑 转录组 简单重复序列(ssr) 序列特征 重复基元
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酿酒葡萄品种遗传多样性的简单序列重复分析和分子身份证的建立 被引量：2
13
作者 马文瑞 严密 +5 位作者 刘业伟 江伟 全莉 王雪薇 武运 薛洁 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期232-238,共7页
以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分... 以10个红白酿酒葡萄品种为试材,采用简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术,对供试材料进行了遗传多样性分析及分子身份证的构建。根据SSR-PCR聚丙烯酰胺凝胶图谱显示,选用的12对SSR引物共扩增出213个片段,多态性百分率为100%。利用NTSYSpc2. 10e软件进行遗传相似性系数分析,所有品种间的遗传相似系数变化范围在0. 71~0. 85之间,平均遗传相似系数为0. 76。通过非加权类平均法(unweighted pair-group method with arithmetic mean,UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0. 73处,将10个葡萄品种分成了2个类群,在一定程度上揭示了红白酿酒葡萄之间的亲缘关系。将扩增片段图谱按大小赋值后利用6对引物构建了酿酒葡萄分子身份证编码,可区分所有试材。同时,选择多态性高,重复性好的Vr ZAG79、Vr ZAG62、VVMD27、VVMD5和VVS2引物构建了酿酒葡萄品种的SSR位点荧光图谱,这为鉴定和检测葡萄品种及葡萄酒真实性和纯度提供了参考依据。 展开更多
关键词 酿酒葡萄品种 简单序列重复(simple sequence repeats ssr) 遗传多样性分析 分子身份证编码 荧光图谱
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简单重复序列标记荧光染料检测和银染显影技术的比较 被引量：1
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作者 孙祺 张倩 +5 位作者 柳依 梁芬 邓译婷 程丽莎 汤文浩 张毅 《中南农业科技》 2023年第4期58-61,共4页
简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)标记具有数量丰富、多态性、共显性等优点,在遗传育种研究中被广泛应用。传统的SSR标记检测为聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染显影,该方法操作步骤繁琐且对环境造成较大污染,已逐渐被淘汰。开发... 简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)标记具有数量丰富、多态性、共显性等优点,在遗传育种研究中被广泛应用。传统的SSR标记检测为聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染显影,该方法操作步骤繁琐且对环境造成较大污染,已逐渐被淘汰。开发新的银染显影替代技术具有很好的实用价值。利用抗稻瘟病SSR标记Pi2检测48份水稻材料,分别采用荧光染料和银染显影技术显示SSR结果,基于相同的材料和引物对2种方法的检测结果进行比较,建立并优化了荧光染料检测技术。结果表明,与传统的银染显影法相比,荧光染料检测的灵敏度与银染显影法相当,但荧光染料检测技术克服了银染显影技术的不足,具有高效率、综合成本低、操作简便、可靠及环境友好等优点,减小了对人体、环境的毒害。与传统银染法相比,荧光染料检测技术在不危害人体健康,不威胁环境的情况下,应用更广泛。 展开更多
关键词 简单重复序列(Simple Sequence Repeat ssr) 荧光染料检测 银染显影技术 聚丙烯酰胺凝胶电泳 水稻
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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 被引量：15
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作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多
关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析
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黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发 被引量：21
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作者 尹跃 安巍 +3 位作者 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期422-428,共7页
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重... 分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5～33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。 展开更多
关键词 林木育种学 黑果枸杞 转录组 简单重复序列(ssr)
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光皮桦SSR分子标记体系的建立 被引量：6
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作者 尤卫艳 黄华宏 +2 位作者 程龙军 童再康 朱玉球 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期464-469,共6页
采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别... 采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度(max ident值)均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。 展开更多
关键词 林木育种学 光皮桦 简单重复序列(ssr)分子标记
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ISSR分子标记及其在树木遗传育种研究中的应用 被引量：31
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作者 杨玉玲 马祥庆 张木清 《亚热带农业研究》 2006年第1期18-24,共7页
在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域... 在比较ISSR和其它分子标记的原理和特点的基础上,综述了ISSR分子标记在树木遗传多样性研究、亲缘关系及系谱分析、优良种质和品种鉴定及遗传连锁图谱的构建等领域的研究进展,指出了目前ISSR分子标记在树木遗传改良和辅助育种等研究领域存在的问题,并提出今后的研究方向。 展开更多
关键词 简单序列重复间区(Issr) 分子标记 树木遗传育种
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通过简单重复序列标记分析41个苹果砧木品种的遗传多样性
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作者 黄琳琳 《中国果业信息》 2012年第4期54-54,共1页
据《Journal of the American Society for Horticul-tural Science》（2012年1月）中一篇研究报道,北京农林科学院林业果树研究所的研究人员通过简单重复序列（SSR）标记技术,对41个矮化、半矮化和早花苹果砧木品种进行了遗传多样性分析。
关键词 遗传多样性分析 简单重复序列 砧木品种 标记技术 苹果 果树研究所 农林科学院 研究人员
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SSR分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用 被引量：27
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作者 周岚 陈殿元 《中国种业》 北大核心 2005年第6期51-52,共2页
关键词 分子标记技术 随机扩增多态性DNA(RAPD) ssr 应用 种子鉴定 玉米 限制性片段长度多态性 DNA分子标记 简单序列重复 种子真实性 纯度鉴定 特异扩增 可靠性 酶切
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