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欧拉羊角性状相关RXFP2基因SNPs检测及分析
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作者 张强龙 吴森 +2 位作者 多杰才让 唐燕花 马杰 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期200-208,共9页
旨在分析有角和无角欧拉羊群体RXFP2基因对犄角表型的调控作用及相关SNP分子标记,以期为欧拉羊的遗传改良、品种培育提供技术支持。通过采集青海省河南县健康成年欧拉羊母羊血液样品100份,其中有角、无角各50份,提取DNA,随机选取有角、... 旨在分析有角和无角欧拉羊群体RXFP2基因对犄角表型的调控作用及相关SNP分子标记,以期为欧拉羊的遗传改良、品种培育提供技术支持。通过采集青海省河南县健康成年欧拉羊母羊血液样品100份,其中有角、无角各50份,提取DNA,随机选取有角、无角样品各15份开展全基因组测序,随后采用多重PCR扩增全部血样验证RXFP2基因SNP。全基因组检测结果表明,包含RXFP2基因在内的欧拉羊10号染色体存在强选择信号,最强选择信号出现在RXFP2基因区段;多重PCR检测验证了全基因组重测序筛查到的4个编码区SNP的准确性,并检测到7个欧拉羊RXFP2基因内含子区域高频SNPs(29508704G>A、29509428A>C、29509766G>A、29512170G>A、29512176G>A、29514968T>A、29521377C>A);经统计检验,该7个SNP位点的基因型在犄角有无表型上表现出分离,纯合子基因型均100%表现为无角或有角,杂合子基因型89.66%表现为无角,10.34%表现为有角;突变等位基因频率小于野生等位基因频率,群体表现为哈代温伯格不平衡状态,受到人工选择强度大,但多态信息含量中等,选育改良潜力仍较大。综上,确认了RXFP2基因在欧拉羊群体中对犄角有无的强调控作用,并筛选出了欧拉羊RXFP2基因的7个犄角有无表型的分子标记,相关结果可作为欧拉羊无角性状群体的遗传改良的分子标记。 展开更多
关键词 欧拉羊 RXFP2基因 snps多态性位点 犄角性状 分子标记
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中华绒螯蟹MIH基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联分析 被引量:1
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作者 丁秀芳 冯文荣 +2 位作者 李建林 苏胜彦 唐永凯 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1053-1059,共7页
为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单... 为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单倍型与生长性状之间的相关性。结果显示,在中华绒螯蟹幼蟹MIH基因中共筛选鉴定出5个SNP位点,其中3个位点(C640G、C2529T和G2595T)与中华绒螯蟹生长性状具有相关性;3个相关位点中共检测到5种单倍型,其中H1单倍型(GCG)的占比最高(68.8%),为优势单倍型;H3单倍型(GTT)个体的生长性状指标最高,显著高于H2单倍型(CCG)。本研究得到的中华绒螯蟹MIH基因上3个与生长性状相关的SNP位点,可作为候选分子标记用于中华绒螯蟹优质品种选育。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 MIH基因 单核苷酸多态性(snp)位点 单倍型 生长性状
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海南黑山羊IGF2基因SNPs检测与生长性状的关联性分析
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作者 管凇 周汉林 +3 位作者 荣光 徐铁山 孙卫平 胡海超 《热带农业工程》 2021年第6期16-19,共4页
以IGF2基因作为影响海南黑山羊生长性状的候选基因,采用直接测序和SnaPshot分型方法检测基因是否存在单核苷酸多态性,探讨不同基因型与海南黑山羊生长性状之间的相关性。结果只在IGF2基因第一外显子115 bp处检测到一个SNP多态性位点,突... 以IGF2基因作为影响海南黑山羊生长性状的候选基因,采用直接测序和SnaPshot分型方法检测基因是否存在单核苷酸多态性,探讨不同基因型与海南黑山羊生长性状之间的相关性。结果只在IGF2基因第一外显子115 bp处检测到一个SNP多态性位点,突变位点G→A转换,属于同义突变,没有导致氨基酸改变。突变位点有效等位基因数(Ne)为1.166,观测杂合度(Ho)为0.135,期望杂合度(He)0.142,平均多态信息含量(PIC)为0.132,多态位点有三种基因型GG、GA、AA,GG基因型89个,GA基因型14个,AA基因型1个,基因型与与体长,体高,体重的关联性分析显示差异不显著。 展开更多
关键词 海南黑山羊 IGF2基因 snp多态性位点
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南江黄羊ARHGAP11A基因SNPs筛选及其与生长性状的关联分析 被引量:1
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作者 王嘉欣 张德鹏 +5 位作者 谭永乾 冯静 宋天增 陈愉 张红平 李利 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期91-99,共9页
【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位... 【目的】探讨ARHGAP11A基因与南江黄羊生长性状的关联。【方法】以南江黄羊(母羊,n=243)为试验材料,采用PCR产物直接测序筛选ARHGAP11A基因的SNP位点并分析其与性状之间的关联。【结果】在南江黄羊群体中共发现ARHGAP11A基因16个SNPs位点。g.3483A>G和g.3621G>A的纯合突变具有增加南江黄羊体重(2月龄、6月龄和12月龄)以及胸围(6月龄)指标的趋势(P>0.05),而在g.3525A>G位点AG型羊初生重、12月龄体重和12月龄胸围显著高于GG型个体(P<0.05)。AAGT单倍型山羊体重体尺均高于AGGT和GGAT个体(P>0.05)。【结论】南江黄羊母羊群体中ARHGAP11A基因突变与生长发育密切相关,进一步验证其功能后在选育中可考虑其作为辅助选择标记。 展开更多
关键词 南江黄羊 ARHGAP11A基因 单核苷酸多态性位点(snp) 生长性能 关联分析
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南江黄羊肉髯相关的候选基因单核苷酸多态性及其与体重、体尺和繁殖性能的相关分析
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作者 聂露 谭永乾 +7 位作者 李利 张红平 陈瑜 陈勇 苗斌 王定国 刘金鑫 周立新 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2018年第3期428-436,共9页
【目的】寻找与山羊肉髯相关的基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析肉髯性状与体重、体尺和繁殖性能的相关性。【方法】以南江黄羊为试验材料,对肉髯性状候选基因区域(Chr10:25 Mb^28 Mb)的15个SNP位点进... 【目的】寻找与山羊肉髯相关的基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析肉髯性状与体重、体尺和繁殖性能的相关性。【方法】以南江黄羊为试验材料,对肉髯性状候选基因区域(Chr10:25 Mb^28 Mb)的15个SNP位点进行检测分析;测量肉髯长度和周长,观察肉髯切片的组织形态;进一步比较分析有肉髯个体和无肉髯个体之间的体重体尺性状(包括体重、体长、体高和胸围)和繁殖性状(包括初产和经产母羊产羔率)的差异。【结果】南江黄羊Chr 10:25 Mb^28 Mb区域内,仍未发现与肉髯性状显著相关的SNP位点。两侧肉髯的长度之间、周长之间均呈显著正相关(P<0.01),但单侧肉髯长度与周长并无显著性相关(P>0.05)。在生长发育早期,肉髯个体的体长和体高较小(P<0.01),到成年后差异不显著(P>0.05);同时,肉髯个体的体重和胸围也更小(P<0.01),尤其是在6月龄至成年后。而有肉髯和无肉髯初产和经产母羊的产羔率差异均不显著(P>0.05)。【结论】在山羊肉髯性状候选基因区域内未发现与肉髯性状显著相关的SNP位点;有肉髯山羊的体重和体尺均小于无肉髯山羊,但肉髯对母羊产羔率无显著影响。 展开更多
关键词 山羊肉髯 单核苷酸多态性位点(snp) 生长性状 产羔率
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F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因多态性与生长性状的关联性 被引量:3
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作者 许家利 许厚强 +4 位作者 阮涌 赵佳福 倪萌萌 孙金魁 石鹏飞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期969-976,共8页
【目的】筛选出F_(3)代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的... 【目的】筛选出F_(3)代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的方法对164头F_(3)代香苏杂交猪群体DKK1基因进行SNPs鉴定,采用Excel 2017计算不同基因型的基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC),以卡方(χ;)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并在此基础上分析F_(3)代香苏杂交猪SNPs位点与生长性状的关联性。【结果】在F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因的Exon-3,4区域发现6个SNPs位点,分别是A2010T、G2012C、C2014T、A2040C、C2042A和G2044C。6个SNPs位点的Ho均高于He,其中,A2010T、G2012C、A2040C、C2042A和G2044C等5个SNPs位点的PIC处于中度多态水平,C2014T位点的PIC则处于低度多态水平。χ;检验结果表明,仅C2042A位点处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),其他5个SNPs位点(A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点的不同基因型在体高、胸围、管围、胸深和腿臀围方面表现出差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)。【结论】F_(3)代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点不同基因型与体高、胸围、管围、胸深和腿臀围呈显著或极显著相关,可作为培育新品系的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。 展开更多
关键词 香苏杂交猪 DKK1基因 单核苷酸多态性位点(snps) 生长性状 关联性
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滇陆猪Nramp1基因多态性对其在组织中表达的影响 被引量:3
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作者 张斌 韩敏 +5 位作者 相德才 刘韶娜 沙茜 张桂生 赵智勇 赵彦光 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期202-208,共7页
【目的】明确自然抵抗相关巨噬细胞蛋白1基因(Nramp1)多态性对其在滇陆猪群体各组织中表达的影响,从分子遗传学角度阐述滇陆猪不同基因型个体对疫病免疫的遗传差异,为其抗病育种选育提供参考依据。【方法】采用PCR对27头滇陆猪Nramp1基... 【目的】明确自然抵抗相关巨噬细胞蛋白1基因(Nramp1)多态性对其在滇陆猪群体各组织中表达的影响,从分子遗传学角度阐述滇陆猪不同基因型个体对疫病免疫的遗传差异,为其抗病育种选育提供参考依据。【方法】采用PCR对27头滇陆猪Nramp1基因进行扩增,以DNASTAR 5.0进行序列比对分析及多态性(SNP)位点检测;同时利用实时荧光定量PCR检测Nramp1基因在滇陆猪各组织中的相对表达量,并运用SPSS 19.0分析Nramp1基因多态性对其在滇陆猪群体各组织中表达的影响。【结果】在滇陆猪Nramp1基因第5外显子、第5内含子和第6外显子上分别发现SNP1(T→C)、SNP2(A→G)和SNP3(G→A)等3个SNPs位点,都只存在2种基因型,且SNP1位点和SNP3位点在试验猪群体中属于低度多态[多态信息含量(PIC)/杂合度(He)<0.25)],SNP2位点属于中度多态(0.25肝脏>脾脏>心脏;此外,Nramp1基因在不同基因型滇陆猪群体中表现出的组织差异表达也不同,尤其是Nramp1基因在SNP2位点纯合群体肝脏中的相对表达量显著低于在杂合群体肝脏中的相对表达量,说明Nramp1基因多态性变异对其在滇陆猪组织中的表达有显著影响。【结论】Nramp1基因SNP位点变异能影响Nramp1基因在滇陆猪各组织中的表达变化,从而影响机体的免疫应答反应,其中SNP2位点可作为滇陆猪抗病育种的分子标记。 展开更多
关键词 滇陆猪 自然抵抗相关巨噬细胞蛋白1基因(Nramp1) 多态性位点(snps) 基因型 组织差异表达
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河流型水牛热休克蛋白70(HSP70)基因CDS序列的多态性分析 被引量:3
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作者 李显 龙开旭 +6 位作者 俸祥仁 潘堂峰 李铭 李芳芳 李美珍 江明生 王国利 《上海畜牧兽医通讯》 2019年第5期2-8,共7页
为了研究河流型水牛HSP70基因CDS序列的多态性,试验首先从摩拉水牛、尼里/拉菲水牛、槟榔江水牛、地中海水牛冷冻精液中抽提基因组DNA,以基因组DNA为模板扩增获得河流型水牛HSP70基因,对其进行基因克隆,测序,序列分析;其次对26头摩拉水... 为了研究河流型水牛HSP70基因CDS序列的多态性,试验首先从摩拉水牛、尼里/拉菲水牛、槟榔江水牛、地中海水牛冷冻精液中抽提基因组DNA,以基因组DNA为模板扩增获得河流型水牛HSP70基因,对其进行基因克隆,测序,序列分析;其次对26头摩拉水牛、43头尼里/拉菲水牛HSP70基因CDS序列进行测序、高分辨率熔解曲线检测分析。结果显示:河流型水牛的HSP70基因CDS序列长度为1927bp,4个品种HSP70基因CDS序列相似度高达99%以上;摩拉、尼里/拉菲种公牛HSP70基因CDS序列存在相同的SNP位点,分别是C602T、A708T、A1284G,并产生不同的基因型。摩拉公牛HSP70基因CDs区602bp位点、尼里/拉菲602bp位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态。试验结果说明了HSP70基因在进化上具有高度保守性,但在同一群体中存在多态性。 展开更多
关键词 河流型水牛 HSP70基因CDS序列 保守性 多态性位点(snp位点)
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大豆生物量与产量组分间的相关及关联分析 被引量:20
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作者 晁毛妮 郝德荣 +6 位作者 印志同 张晋玉 宋海娜 张怀仁 褚姗姗 张国正 喻德跃 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期7-16,共10页
生物量与后期的籽粒产量存在紧密联系,是决定作物经济产量的主要因素之一。本研究利用自然群体中的1142 SNP在2年环境下通过全基因组关联分析检测大豆基因组中与生物量及产量组分显著关联的SNP。结果表明:(1)生物量、百粒重和单株籽粒... 生物量与后期的籽粒产量存在紧密联系,是决定作物经济产量的主要因素之一。本研究利用自然群体中的1142 SNP在2年环境下通过全基因组关联分析检测大豆基因组中与生物量及产量组分显著关联的SNP。结果表明:(1)生物量、百粒重和单株籽粒产量在自然群体中存在广泛的表型及遗传变异,并存在极显著的正相关,其中生物量与单株籽粒产量之间的相关略高于与百粒重;(2)两年环境下共检测到41、56和29个SNP分别与生物量、百粒重和单株籽粒产量显著关联,其中仅有6、19和1个SNP在2个环境中都被检测到;(3)共检测到15个SNP同时控制2个或2个以上性状,其中位于第19染色体上的BARC-029051-06057位点被检测到同时与生物量、百粒重和单株籽粒产量3个性状显著关联,表明有共同的遗传基础,同时也解释了性状间相关的遗传原因;(4)鉴定到的多个SNP与先前我们对叶绿素荧光参数及多个环境下产量相关性状的定位结果共位。这些显著关联SNP位点的鉴定,有助于理解生物量及产量相关性状的遗传机制,从而促进利用分子标记辅助选择聚合有利基因,实现未来大豆高产育种计划。 展开更多
关键词 单核苷酸位点多态性(snp) 光合作用 产量 大豆 自然群体
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乌拉尔图小麦PBF基因克隆及其序列分析 被引量:3
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作者 胡喜贵 吴晓军 +4 位作者 姜小苓 王玉泉 李淦 胡铁柱 茹振钢 《江苏农业科学》 2018年第13期22-26,共5页
醇溶蛋白盒结合因子(prolamin-box binding factor,PBF)是胚乳组织特异的基因表达调控因子,主要调控籽粒蛋白基因表达效率进而影响面粉的加工品质。本研究采用同源克隆方法从2份乌拉尔图小麦(Triticum urartu Tum.)中克隆得到2个PBF基因... 醇溶蛋白盒结合因子(prolamin-box binding factor,PBF)是胚乳组织特异的基因表达调控因子,主要调控籽粒蛋白基因表达效率进而影响面粉的加工品质。本研究采用同源克隆方法从2份乌拉尔图小麦(Triticum urartu Tum.)中克隆得到2个PBF基因(Gen Bank登录号分别为MF547409和MF547410)。与已报道不同来源PBF基因比对分析发现,乌拉尔图小麦PBF存在丰富变异位点,高达45个单核苷酸多态性位点(SNPs)。其推导的PBF蛋白具有典型DOF结构特征,存在22个氨基酸变异位点,尤其第22位A→S和第23位G→A变异形成特有酪氨酸激酶Ⅱ磷酸化位点(CK2-phospho-site)。该结果表明乌拉尓图小麦PBF基因具有较高遗传多样性,也暗示了氨基酸变异位点可能对其PBF蛋白的调控功能产生影响。同时,聚类分析显示乌拉尓图小麦与普通小麦的PBF蛋白聚在1个亚组,进一步证实了二者亲缘关系较近。 展开更多
关键词 乌拉尔图小麦 PBF基因 序列分析 单核苷酸多态性位点(snps)
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