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利用群体特异性参考基因组鉴定中国瘤牛SNPs的优势
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作者 李艾欣 李紫阳 +4 位作者 陈文洁 田雨阳 雷初朝 李志钢 陈宁博 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期4963-4972,共10页
本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中... 本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中国瘤牛群体特异性参考基因组(雷琼牛参考基因组:ASM3988116v1)进行SNPs的鉴定和比较。针对利用ARS-UCD1.2基因组检测到的多等位SNPs,构建基因组之间的坐标映射链式文件,将其转换为ASM3988116v1基因组坐标下的双等位SNPs,并开展深度注释分析。结果表明,在分析中国瘤牛群体遗传变异时,利用ASM3988116v1群体特异性参考基因组相较于ARS-UCD1.2基因组具有显著优势:1)可以更全面地鉴定内含子和非翻译区变异,提升低频和罕见变异的检测灵敏度;2)可以降低由于参考偏倚造成的变异鉴定过程中出现的假阳性;3)实现将部分由于基因组参考偏倚过滤掉的多等位SNPs转换为双等位SNPs,这些SNPs共注释到8352个基因,其中包含与瘤牛生长发育及环境适应性相关的重要基因,如肌肉发育(CTNNA1)、免疫(SIL1)、血液循环(VPS13A)、肌肉发育和光周期(EYA3)等。针对我国地方黄牛群体的特异性参考基因组能够提升变异检测灵敏度,降低基因组参考偏倚,并挖掘更多具有重要意义的功能位点,为群体遗传学研究和畜禽精准育种提供了高置信度的数据基础,具有重要的理论与实际意义。 展开更多
关键词 群体特异性参考基因组 单核苷酸多态性 参考偏倚 双等位/多等位基因snps 功能基因
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绵羊基因SNPs与卵泡囊肿疾病的相关性分析
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作者 王昊天 赵瑞霞 张天闻 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第9期81-87,共7页
为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结... 为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结果显示,在GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因均发现1个酶切SNPs,即HpaII、PvuII、Hin6I、AvaII、Hpy166II SNPs。GHR-HpaII SNPs属于外显子突变,在患病敖汉细毛羊群体中多态信息含量(polymorphism information content,PIC)表现为中度多态,在健康敖汉细毛羊群体中表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病显著相关(P<0.05)。GH-PvuII SNPs属于内含子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。PROP1-Hin6I SNPs属于外显子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。FecB-AvaII SNPs属于编码区突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。GDF9-Hpy166II SNPs属于启动子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。研究结果表明,GHR-HpaII SNPs与敖汉细毛羊的卵泡囊肿疾病相关,可作为敖汉细毛羊繁殖生产和预防生殖疾病工作中的关键分子标记。 展开更多
关键词 敖汉细毛羊 snps 卵泡囊肿疾病 繁殖生产 生殖疾病预防
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全基因组SNPs揭示井冈黑掌鹅种质资源特性与遗传多样性特征
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作者 缪俊杰 张日泉 +9 位作者 吴厚义 游新明 黄奕雯 黄小英 郭震洋 刘建林 肖卫华 郭田华 陈浩 康冬柳 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3199-3209,共11页
旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6... 旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6个地方家鹅品种的120只个体的基因组重测序数据(12×),使用GATK和SnpEff软件对重测序基因组的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行检测与注释。基于常染色体SNP,构建系统进化树(neighbour-joining tree,NJ tree),进行主成分分析(principal component analysis,PCA)聚类和Admixture分析,评估中国家鹅的群体结构和遗传多样性。研究结果显示,JGG群体中检测到5955261个SNPs,变异主要富集在基因间区(46.39%)和内含子区(34.56%),外显子区(1.38%)变异较少。NJ tree、PCA和Admixture的结果显示,JGG种群单独聚类,其遗传分化受地理隔离、体型和羽色选育的驱动,显示出与兴国灰鹅、丰城灰鹅以及狮头鹅较近的亲缘关系。JGG的遗传多样性较低,常见SNP为3414168个,多肽位点比例(proportion of polypeptide sites,Pn)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、实际杂合度(observed heterozygosity,Ho)、近交系数(inbreeding coefficient,F)、种群内遗传距离(intra-population genetic distance,DST)以及纯合性片段长度(runs of homozygosity,ROH)分别为0.83、0.26、0.23、0.33±0.09、0.224±0.022和12.87±8.27。该研究结果系统解析了中国家鹅及井冈黑掌鹅的群体遗传结构和基因组特征,结果表明井冈黑掌鹅作为独立的地方品种鹅,其遗传分化主要受地理隔离和表型选育的影响,但其遗传多样较低,种群特征存在丧失的风险,亟需加强对该地方品种的保护与利用。 展开更多
关键词 井冈黑掌鹅 中国家鹅 全基因组snps 遗传多样性 种质资源
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中国汉族人群BSG基因SNPs发掘与连锁不平衡分析 被引量:1
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作者 郑杰 李慕鹏 +3 位作者 孙涛 呼晓雷 李元建 陈小平 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1208-1216,共9页
目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外... 目的:探讨健康中国汉族人群中basigin(BSG)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)发生情况。方法:随机收集48例健康、无亲缘关系的中国汉族人外周血液并提取基因组DNA,设计引物对所有个体BSG基因的启动子区、外显子区和外显子内含子交界区的序列进行PCR扩增和正反向测序,通过判读测序峰图,明确SNPs的发生情况及其频率;通过Hardy-Weinberg平衡分析、单倍型推测和连锁不平衡分析,确定BSG基因位点的单倍型标签SNPs(haplotype tag SNPs,htSNPs);中性理论检验查明该基因位点SNPs频率分布是否符合选择中性。结果:共发现19个SNPs,其中包括2个新发现的SNPs;所有SNPs位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡。该基因位点共推测出4种常见单倍型域,确定9个SNPs为htSNPs。中性理论检验结果提示健康中国汉族人群BSG基因的SNPs分布符合中性进化假说。结论:首次对中国健康汉族人群BSG基因的SNPs进行了发掘,确定了其9个单倍型标签SNPs,为在汉族人群中研究该基因的遗传多态性与疾病易感性或药物反应性个体差异奠定了基础。 展开更多
关键词 BSG CD147 单核苷酸多态性(snps) 单倍型标签snps(tagsnps) 连锁不平衡(LD) 中国汉族人群
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藏鸡IGF-I基因的SNPs检测及与生长性状的关联分析 被引量:20
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作者 李长春 李进 +7 位作者 李奎 强巴央宗 莫德林 纪素玲 朱志明 徐日福 钟强 刘榜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1111-1116,共6页
通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突... 通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突变,从而在2群体中分别产生了3种基因型,而出现了8种单倍型组合。单倍型组合的χ2检验结果表明,2个品种间存在极显著差异(P<0.01)。方差分析结果显示,品种对所分析的17个生长发育性状都有显著影响(P<0.05或P<0.01),性别对6个生长发育性状有显著影响(P<0.05或P<0.01),而基因型或单倍型组合对5个生长发育性状(初生重、2周龄体重和胫围、7周龄体斜长以及16周龄胫围)有显著影响(P<0.05或P<0.01)。同时,基因型或单倍型组合与品种之间的互作对鸡的部分生长发育性状也有一定的影响。另外,基因型CT在鸡初生重和7周龄体斜长上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于基因型CC和TT,而单倍型组合A+T/C+T在鸡初生重、2周龄体重和胫围以及16周龄胫围上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于其它6种单倍型组合。 展开更多
关键词 藏鸡 隐性白羽鸡 IGF-I基因 snps检测 生长发育性状 关联分析 RFLP
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荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析 被引量:16
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作者 何峰 孙东晓 +2 位作者 俞英 王雅春 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期326-331,共6页
根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连... 根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明:SNP1对乳蛋白率有显著影响(P<0.05);SNP2对产奶量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量、乳蛋白量有显著影响(P<0.05);单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量有显著影响(P<0.05)。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合(P<0.01)。结果提示:STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 STAT5A基因 产奶性状 snps 单倍型PCR-SSCP
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4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs多态性与生长发育性状的相关性分析 被引量:14
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作者 黄丹丽 陈仁金 +5 位作者 杨章平 毛永江 李云龙 田黛君 陈亮 赵晓勇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1640-1646,共7页
利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。... 利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。外显子3上,存在G271A;C316A;G387T位点。外显子3上的SNPs使编码的氨基酸发生变化。统计分析表明A99G、C150T和A99G+C150T位点与生长发育性状存在相关性。在A99G位点,Aa基因型初生质量、日增质量、体高、胸围和尻宽指标上均高于AA基因型,初生质量、日增质量和体高指标差异显著(P<0.05),胸围和尻宽指标差异极显著(P<0.01)。C150T和A99G+C150T位点结果一致,突变基因型日增重、体高、体长、胸围和尻宽指标均高于野生基因型,差异显著(P<0.05)。 展开更多
关键词 绵羊 LEPTIN基因 snps 生长发育性状
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检测线粒体DNA SNPs的快速测定法——引物延伸—飞行时间质谱法 被引量:9
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作者 许传超 蔡贵庆 +4 位作者 伍新尧 邓慧敏 赵方 童大跃 李建金 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期90-92,共3页
用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16... 用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16093的T C多态性进行频率调查。结果为广州地区汉族人群的mtDNAHVⅠ区多态位点nt16093T型的频率为89 6%,C型的频率为10 4%。并且发现3例异质性。 展开更多
关键词 飞行时间质谱 引物延伸 snps 异质性 线粒体DNA 广州地区 汉族人群
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优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究 被引量:12
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作者 周艳 刘益平 +2 位作者 蒋小松 杜华锐 朱庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1164-1170,共7页
为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1... 为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,SNP3)。关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响。最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B2B2个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05)。双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合。H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低。初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记。 展开更多
关键词 MEF2A基因 snps 单倍型 屠宰性状
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大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析 被引量:18
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作者 全迎春 马冬梅 +3 位作者 白俊杰 刘浩 李胜杰 刘海涌 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1128-1134,共7页
为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录... 为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNa Pshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性(P<0.05),可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。 展开更多
关键词 转录组测序(RNA-Seq) 大口黑鲈 单核苷酸多态(snps) 生长性状
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中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析 被引量:12
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作者 田璐 岳文斌 +4 位作者 李姣 袁峥嵘 高雪 李俊雅 许尚忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期785-789,共5页
本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与... 本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P<0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P<0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。 展开更多
关键词 中国西门塔尔牛 CAPN1基因 snps 经济性状 关联分析
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Myf5基因8个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析 被引量:10
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作者 唐莹 王金玉 +5 位作者 张跟喜 樊庆灿 陈学森 张涛 魏岳 施会强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期863-870,共8页
旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9... 旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9种单倍型。最小二乘分析结果显示,在生长性状方面,单倍型组合H1H5对8和12周龄体重影响显著(P<0.05),单倍型组合H2H6则对12和14周龄体重影响显著(P<0.05);在繁殖性状方面,单倍型组合H1H5在开产体重上为优势单倍型组合,显著高于单倍型组合H1H4和H2H4(P<0.05),极显著高于单倍型组合H1H3(P<0.01)。就300d蛋重均值来说,单倍型组合H1H3为劣势单倍型组合;对300d的产蛋数数据分析显示,单倍型组合H1H3的300d产蛋数极显著高于H1H4(P<0.01)。因此,京海黄鸡Myf5基因外显子的多态性对其生长和繁殖性状都有一定影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供了参考资料。 展开更多
关键词 京海黄鸡 Myf5基因 生长和繁殖性状 snps 单倍型
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秦川牛IGF2基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性 被引量:16
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作者 韩瑞华 昝林森 +1 位作者 杨大鹏 郝荣超 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1579-1584,共6页
采用PCR-SSCP方法对186头24月龄秦川牛IGF2基因进行了SNPs多态性检测,并将其与部分胴体和肉质性状进行关联分析。在IGF2基因120碱基处发现C→T突变,在279碱基处发现A→G突变。方差分析结果表明:BB、DD两个位点与胴体性状中与宰前活重、... 采用PCR-SSCP方法对186头24月龄秦川牛IGF2基因进行了SNPs多态性检测,并将其与部分胴体和肉质性状进行关联分析。在IGF2基因120碱基处发现C→T突变,在279碱基处发现A→G突变。方差分析结果表明:BB、DD两个位点与胴体性状中与宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、眼肌面积显著相关(P<0.05),其中背部皮下脂肪厚达到差异极显著(P<0.01);与肉质性状大理石花纹、嫩度、pH24(牛肉排酸24h后的酸度值)显著相关(P<0.05)。但是在胴体深、系水力指标中差异不显著(P>0.05)。A、D等位基因是群体中的优势等位基因,AA、DD基因型是优势基因型,而含有B、D等位基因的个体的胴体和肉质性状优于其他个体。 展开更多
关键词 IGF2基因 秦川牛 PCR—SSCP snps
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秦川牛脂联素基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性 被引量:17
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作者 杨彦杰 昝林森 王洪宝 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1006-1012,共7页
利用PCR-SSCP结合测序技术对405头24月龄秦川牛脂联素基因SNPs位点进行检测,运用SPSS统计程序中的GLM模型将检测到的SNPs位点与部分胴体及肉质性状的相关性进行了分析。结果检测到AA、AB、BB、CC、CD5种基因型,其中AB、BB型个体在脂联... 利用PCR-SSCP结合测序技术对405头24月龄秦川牛脂联素基因SNPs位点进行检测,运用SPSS统计程序中的GLM模型将检测到的SNPs位点与部分胴体及肉质性状的相关性进行了分析。结果检测到AA、AB、BB、CC、CD5种基因型,其中AB、BB型个体在脂联素基因第2外显子64bp处发现G→C突变,CD型个体第3外显子50bp处发现C→T的突变,G→C导致谷氨酸(GGA)转化为谷氨酰胺(GCA),C→T导致丝氨酸(TCA)转化为亮氨酸(TTA)。方差分析结果表明:AA型个体的宰前活重、胴体重、眼肌面积显著高于BB型(P<0.05),而在胴体腿臀围方面,AA型个体极显著高于AB型、BB型个体(P<0.01)。CD型个体的宰前活重、胴体腿臀围、皮下脂肪厚、背膘厚、嫩度都显著优于CC型个体(P<0.05)。脂联素基因该位点可能是影响秦川牛胴体及肉质性状的主效QTL或与之紧密连锁,可作为秦川牛高档牛肉生产的候选分子标记。 展开更多
关键词 脂联素基因 snps 胴体性状 肉质性状 秦川牛
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秦川牛DKK1基因SNPs检测及其与体尺、肉质性状的关联分析 被引量:6
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作者 高建斌 昝林森 +7 位作者 杨宁 李耀坤 皇甫一凡 郝瑞杰 马向辉 付常振 姜碧杰 成功 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期376-386,共11页
旨在对秦川牛DKK1基因进行SNPs检测,并研究其与秦川牛体尺、肉质性状的相关性。本研究随机选择相近饲养条件下447头18~24月龄的秦川牛母牛,采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法进行DKK1基因全区段遗传变异检测。运用SPSS16.0程序中... 旨在对秦川牛DKK1基因进行SNPs检测,并研究其与秦川牛体尺、肉质性状的相关性。本研究随机选择相近饲养条件下447头18~24月龄的秦川牛母牛,采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法进行DKK1基因全区段遗传变异检测。运用SPSS16.0程序中最小二乘法拟合线性模型对DKK1基因不同基因型与秦川牛体尺(体斜长、体高、腰高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和坐骨端宽)和肉质性状(背膘厚、眼肌面积和肌间脂肪含量)进行关联分析。经DNA测序发现秦川牛DKK1基因存在5个突变位点,分别为第一内含子G523A突变;第二内含子A999G和A1 169G突变;第三内含子C1858T突变;第四外显子A2355G突变,其为第247位氨基酸Cys→Arg的错义突变。PCR-SSCP方法检测得到G523A和A2355G位点仅存在2种基因型;A999G、A1169G和C1858T位点存在3种基因型。卡方检验显示,G523A、A1169G和A2355G位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),而A999G和C1858T位点于检测群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析表明,秦川牛DKK1基因不同突变位点的不同基因型与体斜长、体高、腰高、尻长、坐骨端宽和背膘厚、眼肌面积、肌间脂肪含量差异显著相关(P<0.05或P<0.01)。DKK1基因对秦川牛部分体尺、肉质性状有显著的影响,可以尝试作为秦川肉牛新品系培育的主效候选基因。 展开更多
关键词 秦川牛 DKK1基因 snps PCR-SSCP 体尺性状 肉质性状
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大通牦牛MyoD1基因3′UTR SNPs多态性及其与生长性状相关性的研究 被引量:9
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作者 褚敏 阎萍 +5 位作者 梁春年 郭宪 裴杰 丁学智 包鹏甲 朱新书 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第2期111-113,共3页
利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3′UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3′UTR 1976bp处检测到1个新突变,突变由C→T的... 利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3′UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3′UTR 1976bp处检测到1个新突变,突变由C→T的转换造成,由此产生3种基因型:CC、CT、TT。利用最小二乘分析研究了该位点不同基因型对大通牦牛体尺性状的影响。结果表明,CC基因型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体(P<0.05),CC、CT基因型个体的体斜长显著高于TT基因型个体(P<0.05),3种基因型对体高及管围的影响差异不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 MyoD1基因 snps 牦牛 生长性状
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抑郁症患者单核苷酸多态性(SNPs)分布特征的潜在类别分析 被引量:15
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作者 裴磊磊 郭小玲 +3 位作者 张岩波 张克让 徐勇 孙宁 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2010年第1期7-10,共4页
目的介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义。方法采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析。结果通过潜在类别分析把... 目的介绍潜在类别模型的原理及技术,应用此技术分析抑郁性疾病的单核苷酸多态性位点SNPs的潜在分布,探讨潜在类别间的差异与含义。方法采用Mplus软件,对抑郁患者单核苷酸多态性7个SNPs检测数据进行潜在类别分析。结果通过潜在类别分析把7个SNPs检测数据分为两个类别,类别1以杂合子为主,类别2以纯合子为主,结合个体特质应对特征发现,类别1具有消极应对高倾向性,而类别2具有消极应对低倾向性。结论潜在类别模型综合了结构方程模型与对数线性模型的思想,形成了自身的优势,其目的在于以最少的潜在类别数目来解释显变量之间的关联,由此提示我们潜在类别模型可以推广应用于基因组学与基因治疗等新兴领域。 展开更多
关键词 潜在类别模型 抑郁症 单核苷酸多态性(snps)
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猪BPI基因部分cSNPs检测及其对蛋白结构功能的影响 被引量:5
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作者 吴正常 王靖 +5 位作者 朱世平 赵乔辉 刘璐 訾臣 吴圣龙 包文斌 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期1000-1007,共8页
本试验以98头苏太猪为研究对象,检测BPI基因部分编码区的单核苷酸多态性(SNPs),并预测分析碱基突变对BPI蛋白结构和功能的影响。利用PCR-SSCP和PCR-RFLP结合测序的方法检测BPI基因外显子1、4和10的SNPs,运用生物信息学比较分析原蛋白和... 本试验以98头苏太猪为研究对象,检测BPI基因部分编码区的单核苷酸多态性(SNPs),并预测分析碱基突变对BPI蛋白结构和功能的影响。利用PCR-SSCP和PCR-RFLP结合测序的方法检测BPI基因外显子1、4和10的SNPs,运用生物信息学比较分析原蛋白和突变型蛋白的理化性质和结构。结果表明,以BPI基因cDNA序列作为参照,BPI外显子1、4和10存在6个SNPs,3个同义突变(c.24A>G、c.54T>C和c.522C>T)和3个错义突变(c.433C>T(Arg145Trp)、c.1060A>G(Thr354Ala)和c.1151T>G(Leu384Arg))。3种错义突变未改变BPI蛋白的理化性质、信号肽、跨膜区、糖基化位点以及二、三级结构,但是导致磷酸化位点的改变或存在其他潜在功能位点区域。Western blot试验发现,BPI蛋白的分子量为53ku,苏太猪F18大肠杆菌抗性型猪的BPI蛋白表达量显著高于敏感型猪。猪BPI外显子4和10的碱基突变不同程度影响到蛋白功能,并可能对机体疾病的抗性/易感性产生影响。 展开更多
关键词 BPI基因 snps 生物信息学 蛋白结构和功能
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湖羊NR5A1基因SNPs筛选及其与产羔数的关联分析 被引量:6
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作者 李隐侠 张俊 +4 位作者 钱勇 孟春花 王慧利 钟声 曹少先 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期124-132,共9页
为探讨NR5A1基因能否作为湖羊产羔性状的候选基因,同时寻找与湖羊繁殖性能相关的分子标记,以高繁殖力湖羊为研究对象,采用DNA池结合测序方法筛选NR5A1基因在湖羊中的SNPs位点,并利用PCR-RFLP和AS-PCR方法进行多态位点分型,利用SPSS软件... 为探讨NR5A1基因能否作为湖羊产羔性状的候选基因,同时寻找与湖羊繁殖性能相关的分子标记,以高繁殖力湖羊为研究对象,采用DNA池结合测序方法筛选NR5A1基因在湖羊中的SNPs位点,并利用PCR-RFLP和AS-PCR方法进行多态位点分型,利用SPSS软件分析不同基因型与湖羊产羔数的相关性。结果表明,在湖羊NR5A1基因中检测到6个SNPs位点,分析发现g.6052A/G位点为Taq I酶切位点,其余5个位点处没有酶切位点存在。在湖羊群体中,g.3362G/C(GG、GC、CC)、g.4342G/A(GG、GA、AA)、g.4666C/T(CC、CT、TT)、g.6052A/G(GG、AG、AA)和g.6991T/G(TT、TG、GG)位点均检测到3种基因型,而g.5699C/G位点在湖羊群体中仅发现2种基因型GG和GC。6个位点的多态信息含量(PIC)从0.306到0.375不等,均属于中度多态(0.25<PIC<0.50),杂合度(He)从0.377到0.500,在这6个SNPs位点中,仅g.6052A/G位点处于Hardy-Weinberg平衡状态。连锁分析发现,g.3362G/C和g.6052A/G 2位点在湖羊群体中紧密连锁,二者共构建了8种单倍型组合,AAGG为主要的单倍型,占总数的35.90%,AGCG和AACG次之,分别占总数的20.30%和18.75%。关联分析发现g.6052A/G位点GG型湖羊的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)和AG型(P<0.05),其余位点的各基因型在湖羊的头胎产羔数、二胎产羔数、三胎产羔数和平均产羔数间差异均不显著。AAGG单倍型和AACG单倍型的二胎产羔数比AGCG单倍型的二胎产羔数分别多0.40(P<0.05)和0.53(P<0.01),差异显著。说明,NR5A1基因对湖羊产羔数有一定的影响,g.6052A/G位点、g.3362 G/C和g.6052A/G连锁可作为湖羊繁殖性能的有效遗传标记,用于湖羊的分子选育。 展开更多
关键词 湖羊 NR5A1基因 snps PCR-RFLP AS-PCR 关联分析
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狐狸Agouti基因SNPs筛查及其与毛色关联性分析 被引量:5
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作者 李英杰 刘铮铸 +7 位作者 巩元芳 徐桂利 张磊 唐家明 段玲欣 刘谢荣 郭秀玲 陆奇玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1692-1696,共5页
旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G&g... 旨在探究狐狸刺豚鼠基因(Agouti)多态性及其与狐狸被毛颜色之间的关系。本研究采用PCR和直接测序的方法对中国5个狐种58只狐狸的Agouti基因部分序列进行了SNPs筛查和单倍型分析。结果表明,在已测序的58只狐狸中首次发现6个SNPs(g.269G>T、g.295C>T、g.325T>G、g.518G>A、g.608C>A和g.846G>A),它们全部存在于内含子2上。狐属的所有个体(25只)在6个位点全部为纯合子基因型,依次为GG、CC、TT、GG、CC和GG型,而北极狐属的所有个体(33只)在这6个位点则均为另一种纯合子基因型,依次为TT、TT、GG、AA、AA和AA型。6个SNPs形成两种单倍型:单倍型Ⅰ(H1:GCTGCG)和单倍型Ⅱ(H2:TTGAAA),分布频率分别为42.1%和57.9%。单倍型Ⅰ(H1)分布于狐属3个狐种的所有受试个体中,单倍型Ⅱ(H2)分布于北极狐属两个狐种的所有受试个体中。进一步分析没有发现6个SNPs及其单倍型与狐狸毛色的明显关联性,但推测它们是区分狐属和北极狐属的重要功能位点和重要单倍型。 展开更多
关键词 狐狸 Agouti基因 snps 单倍型 毛色
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