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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量：1
1
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 slaf-seq 遗传图谱 炭疽病 QTL SSR分子标记
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基于SLAF-seq技术的湿加松遗传多样性和遗传结构分析 被引量：1
2
作者 王哲 邓乐平 +5 位作者 龙永彬 谢威 曾明 欧阳曦 郭文冰 李义良 《林业与环境科学》 2025年第1期1-8,共8页
为了分析湿加松Pinus elliottii×P.caribaea育种群体的遗传多样性和遗传结构,并构建核心种质,辅助湿加松高世代育种,研究以台山市红岭种子园内湿加松初级种子园的50个无性系和湿加松育种园的66个优良个体为材料,通过SLAF-seq技术开... 为了分析湿加松Pinus elliottii×P.caribaea育种群体的遗传多样性和遗传结构,并构建核心种质,辅助湿加松高世代育种,研究以台山市红岭种子园内湿加松初级种子园的50个无性系和湿加松育种园的66个优良个体为材料,通过SLAF-seq技术开发126365个高质量SNP标记。遗传多样性分析结果显示,湿加松育种群体期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)分别为0.2806、0.2103,Nei多样性指数(H)、多态性信息含量(PIC)和香浓-维纳指数(I)分别为0.2819、0.2323和0.4419。系统发育树将所有样本分为3个大分支,群体结构最佳类群数量K=6,其中类群Q4包含的种子园样本最少。评选出了23份材料构建核心种质,遗传多样性覆盖度超过99%,分别来自6个类群,其中只有7个来自初级种子园。该研究表明湿加松育种群体具有中等的遗传多样性和多源的遗传结构,揭示了湿加松初级种子园相较于整个育种群体在遗传结构方面存在一定的缺陷。 展开更多
关键词 湿加松 slaf-seq 遗传多样性 遗传结构
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基于SLAF-Seq的燕麦种质资源遗传多样性分析和群体结构分析
3
作者 康佳惠 郑敏娜 +2 位作者 杨富 王力 张知 《草地学报》 北大核心 2025年第10期3185-3193,共9页
为了解不同群体间的遗传多样性及群体变异关系,为燕麦(Avena sativa L.)种质创新提供遗传背景依据,本研究以不同地理来源的98份燕麦种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(Specific Length Amplified Fragment Sequencing,SLAF... 为了解不同群体间的遗传多样性及群体变异关系,为燕麦(Avena sativa L.)种质创新提供遗传背景依据,本研究以不同地理来源的98份燕麦种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(Specific Length Amplified Fragment Sequencing,SLAF-Seq)在全基因组范围筛选单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分子标记。结果表明:基于1470.85 Mb高质量测序数据,共检测到626992个SLAF标签(平均测序深度10.81x),开发出516005个多态性位点,筛选获得8109634个高质量群体SNP,整体杂合率达2.82%;SNP标记在27条染色体上非随机分布,其中,第4号和第5号染色体存在显著富集区;群体结构分析显示本研究中燕麦群体遗传多样性水平较高,群体间遗传分化程度较大,除S_(9)(‘张莜15号’)与S_(8)(‘白燕2号’)、S_(17)(‘白燕20号’)、S_(23)(‘固燕1号’)具有中高水平的近亲关系,S_(70)(‘青海444’)与S_(83)(201430-8-1)、S_(69)(‘饲草10号’)、S_(82)(201406-12)具有中高水平的近亲关系,其余各种质资源间的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 燕麦 slaf-seq SNP 遗传多样性分析 群体结构分析
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基于SLAF-seq的广西八角种质资源遗传多样性分析
4
作者 李金梅 钟雨 +7 位作者 陈建桦 明如宏 姚绍嫦 李良波 谭勇 黄荣韶 姚春 黄鼎 《广西植物》 北大核心 2025年第4期730-740,共11页
八角作为广西重要的特色经济林木之一,其遗传多样性较为丰富。为揭示广西八角种质资源遗传多样性,该研究运用SLAF-seq技术,对源自广西不同地理区域的53份八角居群样本及42份人工筛选的优良种质样本的单核苷酸多态性(SNP)位点进行了深入... 八角作为广西重要的特色经济林木之一,其遗传多样性较为丰富。为揭示广西八角种质资源遗传多样性,该研究运用SLAF-seq技术,对源自广西不同地理区域的53份八角居群样本及42份人工筛选的优良种质样本的单核苷酸多态性(SNP)位点进行了深入挖掘;基于SNP多态性,对这些八角样本进行了群体遗传结构和遗传多样性分析。结果表明:(1)从95份八角样本中,共获得1588 Mb测序数据和643690个SLAF标签,其中包含74434个多态性SLAF标签,经过滤后得到2690564个群体SNP。(2)95份八角样本可分为2个类群,其中桂北、桂西及部分桂中部地区居群样本聚为类群Ⅰ;42份人工筛选优良种质与桂南、桂东及部分桂中地区的居群样本聚为类群Ⅱ。(3)桂北地区居群的遗传多样性最高,其次依次为桂东、桂中、桂西和桂南地区居群样本,而人工筛选的八角优良种质的遗传多样性最低。综上认为,该研究基于SLAF-seq开发的SNP分子标记,能够有效地分析广西不同地区居群样本及人工筛选的优良种质的遗传多样性,为广西八角的种质资源保护、利用及优良种质筛选提供了重要的理论参考。 展开更多
关键词 八角 slaf-seq SNP 遗传结构 遗传多样性
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基于SLAF-Seq技术的高粱分子标记开发及遗传多样性分析
5
作者 陈小翠 李辉 +3 位作者 段明禹 陈浪 舒中兵 杨通文 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第19期103-112,共10页
为开展酱香型酒用糯高粱种质资源创新与利用,分析了不同高粱种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为酱香型酒用高粱新品种选育奠定基础。以91份高粱种质资源及诱变突变体材料为基础,利用简化基因组测序技术(SLAF-Seq)对其进行高通量测序,开... 为开展酱香型酒用糯高粱种质资源创新与利用,分析了不同高粱种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为酱香型酒用高粱新品种选育奠定基础。以91份高粱种质资源及诱变突变体材料为基础,利用简化基因组测序技术(SLAF-Seq)对其进行高通量测序,开发分子标记,开展遗传多样性分析。结果表明,从91份高粱种质中共获得410.43 Mb reads读长数据,测序平均Q30为93.12%,平均GC含量为46.52%。通过生物信息学分析,共开发478 270个SLAF标签,928 938个群体SNP。进一步进行遗传进化和多样性分析表明,91份高粱种质资源多样性较低,红缨子和红珍珠诱变材料与贵州当地资源合计76份存在进化分类相互交叉情况,说明通过诱变方式开展材料创制对材料的遗传进化影响不大,可较好地保存当地资源的遗传背景;外引资源14份被分在了同一分支上,多样性比较丰富,说明了遗传进化与地理分布的密切关系,外引资源可在资源创制与遗传改良上多加应用。本研究从基因组水平揭示了高粱不同种质资源及诱变材料之间的遗传进化关系,为高粱种质资源的保护和遗传改良提供参考。 展开更多
关键词 高粱 slaf-seq 遗传多样性 SNP
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基于SLAF-seq技术开发长穗偃麦草染色体特异分子标记 被引量：31
6
作者 陈士强 秦树文 +5 位作者 黄泽峰 戴毅 张璐璐 高营营 高勇 陈建民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期727-734,共8页
长穗偃麦草1E及7E染色体上带有重要的抗赤霉病基因,开发大量相关染色体特异分子标记有助于准确定位抗性基因及获得可用于辅助育种紧密连锁的标记。基于SLAF-seq技术,获得了368个长穗偃麦草1E染色体特异片段,随机选取80个特异片段设计引... 长穗偃麦草1E及7E染色体上带有重要的抗赤霉病基因,开发大量相关染色体特异分子标记有助于准确定位抗性基因及获得可用于辅助育种紧密连锁的标记。基于SLAF-seq技术,获得了368个长穗偃麦草1E染色体特异片段,随机选取80个特异片段设计引物,开发了20个长穗偃麦草1E染色体特异分子标记、2个长穗偃麦草基因组特异分子标记及26个其他特异分子标记,效率达60%。用这些特异标记能稳定检测出不同小麦-长穗偃麦草衍生材料中的1E染色体或片段。通过标记与优良性状的共分离特性,获得与相关基因紧密连锁的标记,将为小麦抗性育种中的分子标记辅助选择提供依据。 展开更多
关键词 长穗偃麦草 slaf-seq技术 染色体特异分子标记 小麦赤霉病 分子标记辅助选择
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基于SLAF-seq技术构建亚麻高密度遗传图谱 被引量：10
7
作者 高凤云 斯钦巴特尔 +6 位作者 张辉 贾霄云 伊六喜 周宇 李强 叶应福 侯建华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期334-341,共8页
为大量开发SNP用于构建亚麻高质量的连锁遗传图谱,以亚麻品系R43为母本,LH-89为父本,通过杂交构建F2群体,采用SLAF-seq技术,对两个亲本和F2群体100个个体进行高通量测序、SNP标记的开发及亚麻高密度遗传图谱的构建。对参考基因组进行电... 为大量开发SNP用于构建亚麻高质量的连锁遗传图谱,以亚麻品系R43为母本,LH-89为父本,通过杂交构建F2群体,采用SLAF-seq技术,对两个亲本和F2群体100个个体进行高通量测序、SNP标记的开发及亚麻高密度遗传图谱的构建。对参考基因组进行电子酶切预测,最终确定使用HaeⅢ和RsaⅠ酶,酶切片段大小在314~414bp的序列定义为SLAF标签。其次,对基因组DNA进行酶切和SLAF文库构建。最后通过高通量测序获得测序数据,进行多态性SLAF的鉴定和SNP标记的发掘,采用High Map软件构建亚麻高密度遗传图谱。通过高通量测序,共获得196.29M reads,平均质量Q30为81.95%,平均GC含量为38.64%。通过生物信息学分析,共获得260 380个SNP标记,其中有4 547个SNP为高质量SNP标签,用于标记的定位和图谱的构建。共构建15个连锁群,总图距为2 632.94c M,标记间的平均距离为0.92c M。这是在亚麻中首次应用SNP标记构建的高密度遗传图谱,为亚麻的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多
关键词 亚麻 slaf-seq技术 高通量测序 SNP标记 高密度遗传图谱
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基于SLAF-seq技术鉴定甘蓝型油菜叶缘裂刻性状候选基因 被引量：10
8
作者 涂玉琴 张洋 +3 位作者 辛佳佳 涂伟凤 汤洁 戴兴临 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期426-435,共10页
叶缘裂刻性状是甘蓝型油菜遗传育种的理想形态标记。叶缘裂刻性状变异材料的创建对丰富甘蓝型油菜叶片形态和优良品种改良至关重要。本研究以甘蓝型油菜常规品种中双11和甘蓝型油菜叶缘裂刻新品系Y176为亲本(通过甘蓝型油菜与菜远缘杂... 叶缘裂刻性状是甘蓝型油菜遗传育种的理想形态标记。叶缘裂刻性状变异材料的创建对丰富甘蓝型油菜叶片形态和优良品种改良至关重要。本研究以甘蓝型油菜常规品种中双11和甘蓝型油菜叶缘裂刻新品系Y176为亲本(通过甘蓝型油菜与菜远缘杂交获得),从F2群体中分别挑选出叶缘裂刻和正常叶形的植株各50株,构建了两个极端性状混池DNA文库,借助SLAF-seq-BSA技术,挖掘甘蓝型油菜叶缘裂刻性状相关候选基因。共开发出177941个SLAF标签,通过分析SLAF标签的多态性,共获得150168个SNP,其中亲本间共获得128200个SNP。对ED方法和SNP-index方法得到的关联区域进行综合分析,获得1个与目标性状紧密关联的候选区域,位于甘蓝型油菜A10染色体上的14528149～17353693区域,总长度为2.83 Mb,约有666个编码基因。与前人研究定位在同一染色体上,但本研究定位的区间与前人研究不同,说明本研究存在控制叶缘裂刻新基因的可能性大。并对该区域内基因进行功能注释,其中666个注释到NR数据库;517个注释到SwissProt数据库;587个注释到GO数据库;151个注释到KEGG通路;258个注释到COG数据库,对候选基因进行注释有助于进一步分离相关基因。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 叶缘裂刻 slaf-seq 候选基因
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基于SLAF-seq技术的金花茶SNP标记开发及遗传分析 被引量：14
9
作者 刘凯 李开祥 +2 位作者 韦晓娟 梁文汇 王坤 《经济林研究》 北大核心 2019年第3期79-83,共5页
为了解金花茶种质的遗传关系,利用SLAF-seq测序技术对在不同地区收集的25份金花茶种质与山茶科其他5份种质进行测序。以猕猴桃基因组为参照,对金花茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库,利用SLAFseq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开... 为了解金花茶种质的遗传关系,利用SLAF-seq测序技术对在不同地区收集的25份金花茶种质与山茶科其他5份种质进行测序。以猕猴桃基因组为参照,对金花茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库,利用SLAFseq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析,在多态性SLAF标签上开发特异性SNP位点,最后根据SNP位点构建25份金花茶种质与山茶科其他5份种质的进化树。最终共开发1471113个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有69597个;共得到443819个群体SNP位点,其中高一致性的群体SNP位点119452个。遗传分析结果表明,金花茶种群的遗传多样性水平较高,可分成2个大的类群,其中第2类群包含了全部收集的金花茶种质,其又可分为3个亚族,这3个亚族的分化有明显的地域特征。第1亚族主要是来源于越南的金花茶品系,第2亚族由2个越南的金花茶品系和5个中国的金花茶品系组成,第3亚族全部由来源于中国的金花茶品系组成。研究结果从基因组水平揭示不同地区金花茶种质之间的遗传关系,所开发的SNP位点可进一步用于金花茶种群的进化分析、重要性状的关联分析等。 展开更多
关键词 金花茶 slaf-seq SNP 遗传分析
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基于SLAF-seq技术的甘薯种质资源群体遗传进化分析 被引量：7
10
作者 李慧峰 黄咏梅 +4 位作者 李彦青 滑金锋 吴翠荣 范继征 陈天渊 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第12期2390-2396,共7页
基于简化基因组测序技术对122份甘薯种质资源进行分析,开发SNP位点并将其应用于种质资源群体结构和遗传进化分析。结果表明,从122份甘薯种质资源中共获得563.18 Mb读长,不同材料的读长数量在1 419 809~8 392 785范围之间。测序质量值Q30... 基于简化基因组测序技术对122份甘薯种质资源进行分析,开发SNP位点并将其应用于种质资源群体结构和遗传进化分析。结果表明,从122份甘薯种质资源中共获得563.18 Mb读长,不同材料的读长数量在1 419 809~8 392 785范围之间。测序质量值Q30在90.61%~96.82%之间,平均Q30为92.78%。测序获得的GC含量在36.46%~40.33%之间,平均GC含量为38.17%,对照GC含量为40.72%。根据测序结果共开发出高质量的SLAF标签2388759个,平均测序深度为17.45’。其中,多态性的SLAF标签77761个,占SLAF标签总数的3.26%。根据所获得多态性SLAF标签统计SNP位点信息,共计获得129 063个群体SNP位点。遗传进化分析表明122份种质资源可以分为3个大类,分类结果与它们的地理来源无直接关系,聚类结果可为甘薯育种亲本组配和杂种优势利用提供科学依据。 展开更多
关键词 甘薯 种质资源 slaf-seq 遗传进化分析
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基于SLAF-seq技术的山西省地方梨品种的SNP分析 被引量：5
11
作者 白牡丹 郝国伟 +2 位作者 张晓伟 杨盛 郭黄萍 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1020-1027,共8页
利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序对30个山西省地方梨品种群体结构与亲缘关系进行分析,旨在为梨育种及其资源利用提供参考。通过序列分析,获得603177个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签302703个,共得到2140079个群体SNP。利用这些SNP... 利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序对30个山西省地方梨品种群体结构与亲缘关系进行分析,旨在为梨育种及其资源利用提供参考。通过序列分析,获得603177个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签302703个,共得到2140079个群体SNP。利用这些SNP标签分析可得30个梨品种可以分为两大类。通过构建进化树发现,‘金梨’与‘大黄梨’虽田间性状比较相似,但在进化树上显示两者亲缘关系较远,可以断定二者为不同梨品种。 展开更多
关键词 梨 slaf-seq SNP 群体结构 进化树
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基于SLAF-seq技术的红心火龙果SNP位点开发及遗传分析 被引量：12
12
作者 俞超 陈煜 +2 位作者 汪财生 陈佳怡 金从标 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第4期591-596,共6页
为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得... 为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得到多态SLAF标签,在此标签基础上进一步开发特异性SNP位点,最后建立14种红心火龙果品种的进化树。本研究共开发159 560个SLAF标签,样品的平均测序深度为5.26×;共得到120 294个群体SNP,其中高一致性的群体SNP 51 859个。12种红心火龙果聚类结果发现,样品1、2、6、8、10同缘关系相近;样品3、5、7、9同缘关系相近;样品4、14同缘关系相对较近。研究表明应用SLAF-seq技术开发分子标记的效率比ISSR、RAPD、AFLP等常规技术更高。12种红心火龙果的聚类结果从基因组水平揭示不同地区品种之间的遗传分化关系,为火龙果种质的保护和遗传改良提供参考。 展开更多
关键词 红心火龙果 slaf-seq SNP位点 遗传分析
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基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱 被引量：4
13
作者 董辉 杨莉 +5 位作者 李莉 张建军 范婧芳 宋世佳 杨雷 李海山 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第6期52-57,共6页
为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F1群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通... 为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F1群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序,共获得565919066 reads,平均质量Q30为95.36%,平均GC含量为39.68%,样本GC分布正常。通过生物信息学分析,共获得717881个SLAF标签,2136939个SNP标记,其中有56237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群,总图距为4022.16 cM,该图SNP标记14412个,完整度为99.84%,标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培草莓的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。 展开更多
关键词 栽培草莓 slaf-seq SNP标记 高密度遗传图谱
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基于SLAF-seq技术的乔木柳SNP位点开发 被引量：4
14
作者 李敏 郭聪 +3 位作者 王莹 李玉娟 谈峰 张健 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期891-895,共5页
【研究意义】采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义。【方法】本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因... 【研究意义】采用SLAF-seq测序技术开发乔木柳SNP位点对乔木柳育种发展有重大意义。【方法】本研究根据两亲本和杂交的F1代遗传群体经亲本鉴定195株为研究对象,利用SLAF-seq测序技术进行测序。选择同科基因组大小相似的三角叶杨的基因组作为参考基因组,通过电子酶切预测,最终选择Hae III和Hpy166 II两种酶进行酶切试验,长度在314~364 bp之间的酶切片段序列定义为SLAF标签,预测可得SLAF标签126 008个,位于重复序列区的SLAF标签比例为1.60%。为进一步评估酶切方案的有效性与酶切效率,以水稻的测序数据为对照,通过SOAP软件比对水稻基因组(大小为382M)的测序reads与三角叶杨的基因组。【结果】通过研究得到双端比对效率为96.67%,酶切效率为92.06%,SLAF建库正常。采用本次研究中开发得到的SLAF标签277 333个,按照等位基因数和基因序列之间的差异,共获得99 526个多态性SLAF标签,比例达到35.89%。按照遗传学通用等位编码规则,成功编码了58 763个多态性SLAF标签。为构建遗传图谱进一步对SLAF标签进行过滤,最终获得6744个SLAF标签,进一步进行SNP位点的开发,在各连锁群上共开发得到9488个SNP位点。【结论】SLAF-seq技术可以很好地应用于乔木柳SNP位点的开发,可利用所开发的SNP标记,联系群体中不同个体的表型,关联定位与某性状紧密连锁的分子标记,进而可以实现优良基因的精细定位。 展开更多
关键词 乔木柳 slaf-seq技术 SNP位点
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基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发 被引量：8
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作者 耿广东 陈立杰 张素勤 《经济林研究》 北大核心 2019年第2期7-12,共6页
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因... 为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。 展开更多
关键词 古茶树 slaf-seq SNP位点 高通量测序 分子标记
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基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究 被引量：1
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作者 刘有春 李嘉琦 +11 位作者 魏鑫 杨艳敏 张舵 王兴东 孙斌 杨玉春 王升 高树清 王宏光 徐艺格 袁兴福 刘成 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1534-1545,共12页
【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特... 【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记,分析其遗传变异,了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构,为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上,进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据,平均Q_(30)值94.99%,包含172 513个多态性SLAF标签,筛选到高质量SNP标记4 133 595个,均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系,反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著,供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生,但野生种到栽培种存在单向的基因流;栽培品种类群存在明显的亚群结构,亚群间存在普遍的基因交流;半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类,矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品种间基因交流频繁、同质性高、遗传基础狭窄,野生种具有独立的遗传背景,但存在野生种到栽培种的单向基因流,应加大野生资源发掘利用以拓宽越橘遗传基础。 展开更多
关键词 越橘 slaf-seq技术 SNP 遗传群体结构
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基于SLAF-seq技术的油茶SNP位点开发及杂交后代早期鉴定 被引量：4
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作者 刘凯 王东雪 +4 位作者 江泽鹏 莫健芳 曾雯珺 张乃燕 梁国校 《广西林业科学》 2018年第1期13-17,共5页
为了开发大量的分子标记用于油茶(Camellia oleifera)亲本杂交后代的早期鉴定,本研究采用SLAF-seq(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing)技术对9个油茶样品(包括5个亲本及其4个子代单株)进行测序并开发SNP标记。最终根据多态... 为了开发大量的分子标记用于油茶(Camellia oleifera)亲本杂交后代的早期鉴定,本研究采用SLAF-seq(Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing)技术对9个油茶样品(包括5个亲本及其4个子代单株)进行测序并开发SNP标记。最终根据多态性SLAF标签,开发得到1 644 616个群体SNP。基于群体SNP的亲子关系分析结果表明,岑软(Cenxi soft-branch C.oleifera)ZJ11为岑软2号与岑软11号的杂交后代,岑软ZJ14为岑软11号与岑软22号的杂交后代,岑软ZJ24为岑软11号与岑软24号的杂交后代,优31则是岑软11号与岑软23号的杂交后代。 展开更多
关键词 油茶 slaf-seq 分子标记 SNP
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基于SLAF-seq技术的黑棘鲷微卫星标记开发及其在鲷科鱼类中的通用性研究 被引量：4
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作者 吴仁协 肖瑶 +4 位作者 牛素芳 翟云 张浩冉 陈伟勇 黎晓 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期365-377,共13页
黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq... 黑棘鲷(Acanthopagrusschlegelii)是广泛分布于西北太平洋的暖温性中下层经济鱼类,也是我国沿海重要的海洋捕捞鱼类和增养殖对象。然而,目前有关黑棘鲷的微卫星标记研究报道较少,难以对其种质资源状况作出精确评估。本研究采用SLAF-seq技术测序共获得22489个二至六碱基重复的黑棘鲷微卫星序列,短重复序列(二、三碱基)占总微卫星序列的90.8%,长重复序列(四至六碱基)占有9.2%。经过157对随机合成引物的多态性筛选,开发出49个高多态性的黑棘鲷微卫星标记,其中短重复序列位点有25个,长重复序列位点有24个。每个位点的等位基因数(Na)为2—20(均值为8.3),观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.097—0.938和0.122—0.922(均值分别为0.663和0.701),多态信息含量(PIC)为0.118—0.897(均值为0.655)。经Bonferroni校正后,有47个位点符合哈迪-温伯格平衡(HWE),各位点间未检测到连锁不平衡现象,仅2个位点偏离HWE。结果表明,所开发的大部分微卫星标记具有高多态性,蕴含的遗传信息含量较为丰富,能够为黑棘鲷的种群遗传资源评估提供数量充足、类型多样的有效分子标记。跨物种扩增结果显示,有43个黑棘鲷微卫星标记可在9种鲷科鱼类中成功扩增,其中28个标记在太平洋棘鲷(Acanthopagruspacificus)、黄鳍棘鲷(Acanthopagruslatus)和澳洲棘鲷(Acanthopagrusaustralis)中具有较好的通用性,2个标记在平鲷(Rhabdosargussarba)、蓝点赤鲷(Pagruscaeruleostictus)、真赤鲷(Pagrusmajor)、二长棘犁齿鲷(Evynnis cardinalis)及黄牙鲷(Dentex hypselosomus)中具有通用性。这些通用性标记可为阐明鲷科属、种间的系统进化关系和棘鲷属鱼类的群体遗传学分析提供新的标记来源和研究角度。 展开更多
关键词 黑棘鲷 slaf-seq技术 微卫星标记 跨物种扩增
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利用SLAF-Seq结合BSA方法分子标记‘小白冬麦’抗白粉病基因mlxbd 被引量：5
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作者 金彦龙 李艳军 +2 位作者 张新宇 孙杰 薛飞 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期914-921,共8页
白粉病严重威胁着小麦的产量和品质,地方品种‘小白冬麦’对白粉病具有良好的抗性。为进一步精细定位‘小白冬麦’抗白粉病基因,利用SLAF测序,结合BSA方法将抗病基因mlxbd定位在小麦7BL染色体上总长度19.26Mb的候选区域内[参照小麦CSS(C... 白粉病严重威胁着小麦的产量和品质,地方品种‘小白冬麦’对白粉病具有良好的抗性。为进一步精细定位‘小白冬麦’抗白粉病基因,利用SLAF测序,结合BSA方法将抗病基因mlxbd定位在小麦7BL染色体上总长度19.26Mb的候选区域内[参照小麦CSS(Chromosome survey sequence)基因组(IWGSC,2014)]。将候选区域对应到‘中国春’IWGSC RefSeqv1.0基因组(IWGSC,2018)7BL染色体上,位置为611088744~723157603。在抗感材料间,定位于染色体候选区间内的SNP和InDel分别有788个和47个。利用已经报道的与mlxbd和mlmz基因连锁标记,进一步将候选区域缩小,基因mlxbd进一步定位于染色体700631952~711234115。基因功能参照IWGSC RefSeqv1.0(IWGSC,2018)注释,筛选出9个含有NBS或者LRR抗病结构域的基因。利用已有小麦转录组数据库对候选基因分析发现,候选区域内有5个基因受小麦白粉病菌诱导。 展开更多
关键词 slaf-seq BSA 白粉病 小麦 抗病基因
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梁山慈竹体细胞突变体No.30的SLAF-seq特异分子标记分析 被引量：3
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作者 王懋林 胡尚连 +4 位作者 曹颍 卢学琴 徐刚 黄艳 龙志坚 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期596-602,共7页
梁山慈竹体细胞突变体No.30具有纤维素含量高、木质素含量高、纤维细胞长度长、纤维细胞长宽比大等特点,但由于梁山慈竹主要进行无性繁殖,不易获得纯合植株,突变体No.30的分子水平鉴定一直无法进行,严重阻碍了该突变体的推广利用。对梁... 梁山慈竹体细胞突变体No.30具有纤维素含量高、木质素含量高、纤维细胞长度长、纤维细胞长宽比大等特点,但由于梁山慈竹主要进行无性繁殖,不易获得纯合植株,突变体No.30的分子水平鉴定一直无法进行,严重阻碍了该突变体的推广利用。对梁山慈竹体细胞突变体No.30进行特异分子标记分析,并初步确定其性状变异来源。本研究利用SLAF-seq技术分别对突变体No.30以及同地区野生型梁山慈竹群体(CK)的基因组进行了简化基因组测序。经过了测序、建库、多态位点开发、特异多态性位点筛选等过程,最后对特异多态性位点筛选结果进行注释分析。结果发现突变体No.30的GC含量、纯合InDel数低于野生型梁山慈竹,而检测到的InDel总数以及杂合InDel数却高于野生群体。对SLAF-seq得到的InDel、SNP位点进行特异性筛选,获得了突变体No.30中稳定存在的特异InDel/SNP标签,包括特异C-T转换9381个、特异A-G转换9472个、特异InDel 329个。通过对这些特异SLAF标签进行注释,发现有6个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维素合成相关,3个特异SNP标签与木质素合成相关,以及4个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维细胞形态建成有关。这些结果表明突变体No.30在体细胞培养的过程中在基因组水平上发生了突变,并初步确定了其性状变异来源。但这些特异SLAF标签与突变体No.30在纤维素含量和木质素含量,以及纤维细胞发育等性状方面的相关性仍需进一步验证。 展开更多
关键词 克隆植物 突变体鉴定 梁山慈竹 体细胞无性系 slaf-seq
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