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辣椒SEP亚家族基因鉴定及CaSEP3表达分析
1
作者 梁心仪 汤冰倩 +2 位作者 张新昊 邹学校 刘峰 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第4期15-24,共10页
利用ST-8樟树港辣椒全基因组鉴定得到6个SEPALLATA(SEP)亚家族蛋白编码基因,对其理化性质、染色体定位、编码蛋白保守基序和保守结构域进行分析;将辣椒SEP基因与拟南芥、番茄、水稻和玉米的SEP基因共同构建系统进化树;探究CaSEP3的组织... 利用ST-8樟树港辣椒全基因组鉴定得到6个SEPALLATA(SEP)亚家族蛋白编码基因,对其理化性质、染色体定位、编码蛋白保守基序和保守结构域进行分析;将辣椒SEP基因与拟南芥、番茄、水稻和玉米的SEP基因共同构建系统进化树;探究CaSEP3的组织表达水平及编码蛋白的亚细胞定位。结果表明:辣椒SEP基因分布于5条染色体上,编码蛋白都含有MADS结构域(MADS_MEF2_like)和K结构域(K-box);辣椒SEP基因可分为2类,即SEP3和SEP1/2/4,这与番茄和拟南芥SEP基因的进化树类似。辣椒CaSEP3是拟南芥AtSEP3的同源蛋白,定位于细胞核中,CaSEP3在花蕾、胎座和果皮中高表达,推测其参与辣椒花器官和肉质果实的发育。常见激素和非生物胁迫处理后(0~24h),脱落酸(ABA)、H_(2)O_(2)、NaCl可使CaSEP3表达量上调,其余处理下CaSEP3在叶片和根部的表达量变化不明显。 展开更多
关键词 辣椒 花发育 sepallata亚家族 生物信息学 表达分析
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谷子SiNF-YA亚家族基因的生物信息学分析与抗旱基因挖掘
2
作者 王春芳 张霈涵 +3 位作者 史慎奎 杨佳怡 王玉芳 祁东梅 《河北大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期82-90,共9页
为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析... 为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析,探究谷子SiNF-YA5亚家族基因在干旱敏感品种、耐旱品种各组织中的表达量差异.结果表明,谷子SiNF-YA亚家族基因分布在4条染色体上,主要定位于细胞核和胞外分泌中,其启动子区含有与非生物胁迫响应相关的顺式作用元件.同时该基因亚家族成员与抗旱性具有很强的相关性,并且谷子SiNF-YA5亚家族基因在PEG处理前后,叶片和根部的表达量具有显著性差异.本研究为谷子抗旱品种的育种提供理论支持. 展开更多
关键词 谷子 SiNF-YA亚家族基因 抗旱 生物信息学分析 单倍型分析
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木本油料作物星油藤LAV亚家族成员鉴定及再生相关基因PvoLEC2的功能初探
3
作者 邓诗玲 莫金辉 +4 位作者 俞璟菁 陈英达 马世涛 卢源东 王翊 《热带作物学报》 北大核心 2025年第6期1330-1340,共11页
LEC2是植物B3超家族中LAV亚家族的重要成员,在胚胎发育以及分生组织维持等过程中起着重要的调控作用。为了探究LEC2基因在星油藤细胞再生过程中的作用,本研究通过系统进化等生物信息学分析和分子生物学技术克隆星油藤PvoLEC2的基因组序... LEC2是植物B3超家族中LAV亚家族的重要成员,在胚胎发育以及分生组织维持等过程中起着重要的调控作用。为了探究LEC2基因在星油藤细胞再生过程中的作用,本研究通过系统进化等生物信息学分析和分子生物学技术克隆星油藤PvoLEC2的基因组序列(gPvoLEC2),利用本氏烟草验证gPvoLEC2促进植物再生的功能,并且对星油藤毛状根中的gPvoLEC2的功能进行研究。系统进化和基因结构分析表明,星油藤等大戟科植物与拟南芥、水稻、杨树的LAV亚家族中LEC2-ABI3亚群比较保守。表达分析显示,PvoLEC2仅在星油藤种子发育晚期(50~65 DAP)微弱表达,且B3结构域的基序及关键氨基酸位点保守。过表达gPvoLEC2导致转基因本氏烟草植株矮化、主茎难以长高、叶片发育畸形,同时gPvoLEC2转基因本氏烟草器官离体培养的再生能力明显高于野生型,但低于阳性对照——ZmWUS2&STM转基因本氏烟草,而在星油藤毛状根中过表达gPvoLEC2导致其缩短、增粗。本研究结果表明星油藤PvoLEC2的基因组序列是一段具有促进植物再生的功能序列,但同时也会导致植物发育畸形。 展开更多
关键词 星油藤 PvoLEC2 LAV亚家族 植物再生 本氏烟草
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干旱胁迫下外源ABA对香樟R2R3-MYB亚家族转录因子表达的影响
4
作者 关信 郑洋群 +2 位作者 张亚东 王毅 郑元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期51-63,共13页
R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模... R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,R2R3-MYB亚家族基因结构相似,功能多样,大多数基因与抗旱通路和植物激素反应相关;基于转录组数据基因表达谱分析,在干旱胁迫下CcMYB2、CcMYB9、CcMYB21、CcMYB46、CcMYB63、CcMYB84等通过正调控参与香樟抗旱物质的合成;结合顺式作用元件中参与涉及干旱诱导性的MYB结合位点,CcMYB16、CcMYB51、CcMYB52可能通过ABA信号通路中的去磷酸化过程,参与干旱胁迫调控,CcMYB2、CcMYB21、CcMYB22、CcMYB61、CcMYB63可能与干旱胁迫下ABA介导的气孔运动相关。 展开更多
关键词 香樟 外源ABA 干旱胁迫 R2R3-MYB亚家族 转录因子 基因表达
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苹果TIPs亚家族成员鉴定与干旱胁迫响应分析 被引量：3
5
作者 刘河 卢世雄 +2 位作者 梁国平 毛娟 陈佰鸿 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期1083-1093,共11页
【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性... 【目的】鉴定并分析苹果液泡膜内在蛋白(TIP)亚家族成员,探究该亚家族成员在苹果干旱胁迫下的表达模式,为研究苹果抗旱性基因资源挖掘和利用提供参考。【方法】通过生物信息学方法对苹果MdTIPs全基因组进行鉴定,分析其家族成员的理化性质、基因结构、保守基序、顺式作用元件、系统进化树等,并结合实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析其在干旱胁迫下不同器官中的表达模式。【结果】在苹果基因组中,共检索到13个MdTIP基因,大部分成员亚细胞定位预测在质膜上,分布于10条染色体上,且每条染色体定位有1~3个成员;该基因家族成员的启动子区域包含多种响应激素和逆境胁迫的应答元件;qRT-PCR显示,MdTIPs亚家族成员在根中除MdTIP1;1外其余均受上调表达,且MdTIP1;3和MdTIP1;4与对照相比,分别上调表达了5.27倍和5.69倍,表明其是参与调控干旱胁迫的关键基因。【结论】鉴定并提供了MdTIPs亚家族成员信息,10个MdTIPs亚家族成员在根、茎、叶中差异表达,12个亚家族成员在根中高表达。 展开更多
关键词 苹果 水通道蛋白 TIPs亚家族基因 水分运输 生物信息学
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甜橙AP2亚家族转录因子的鉴定与分析
6
作者 赵鑫悦 谢婧蘅 +6 位作者 王天 杨莉 胡威 宋杰 匡柳青 刘勇 刘德春 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1490-1503,共14页
【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用... 【目的】AP2亚家族转录因子具有调控植物种子、叶、花、根、茎等器官发育和响应非生物及生物胁迫的功能。对甜橙AP2亚家族进行基因鉴定、生物信息学分析和表达分析,为深入研究甜橙AP2亚家族基因的生物学功能提供理论基础。【方法】利用生物信息学分析方法,对甜橙AP2亚家族基因进行筛选与鉴定,通过qRT-PCR分析基因在不同组织部位以及不同非生物胁迫下的表达模式。【结果】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,不均等分布在6条染色体上,其编码蛋白均为不稳定的亲水性蛋白。甜橙AP2亚家族基因在根、茎、叶中的表达存在差异,且多数基因可以被干旱和高盐胁迫诱导表达。【结论】鉴定出14个甜橙AP2亚家族基因,它们可能在甜橙响应非生物胁迫过程中起重要作用。 展开更多
关键词 甜橙 AP2亚家族 基因鉴定 非生物胁迫 生物信息学 表达分析
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甘蓝β-淀粉酶基因家族的鉴定及其响应低温胁迫的表达分析
7
作者 山溪 陶美奇 +4 位作者 潘永飞 秦文斌 张振超 姚悦梅 戴忠良 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第2期345-354,共10页
β-淀粉酶(BAM)是植物水解淀粉的重要酶类,在植物应对非生物胁迫响应中有重要作用。本研究基于甘蓝BRAD参考基因组的全基因组序列,分离鉴定得到20个BolBAM基因,并对其家族成员进行系统发育分析、蛋白质特征分析、基因结构分析、不同器官... β-淀粉酶(BAM)是植物水解淀粉的重要酶类,在植物应对非生物胁迫响应中有重要作用。本研究基于甘蓝BRAD参考基因组的全基因组序列,分离鉴定得到20个BolBAM基因,并对其家族成员进行系统发育分析、蛋白质特征分析、基因结构分析、不同器官/组织中的相对表达量分析、低温(2℃)胁迫下的基因表达模式分析。结果表明,从甘蓝中共鉴定得到20个BolBAM蛋白,BolBAM蛋白的氨基酸序列长度范围是193 aa(BolBAM3c)~678 aa(BolBAM7);甘蓝BAM蛋白家族成员兼有弱酸性、弱碱性蛋白质;除BolBAM11、BolBAM12、BolBAM14外,其他BolBAM蛋白均为亲水性蛋白质。RNA-Seq(转录组)分析结果表明,BolBAM1b、BolBAM5a、BolBAM9b在7个组织/器官中的相对表达量均较高,在花中BolBAM1b的相对表达量最高,在角果中BolBAM5a的相对表达量最高,在愈伤组织中BolBAM9b的相对表达量最高。本研究还发现,在甘蓝耐冷材料923、冷敏材料D9中,14个BolBAM基因受到低温诱导表达;冷敏材料D9中BolBAM3a的相对表达量在低温处理6 h时高于耐冷材料923,但在低温处理24 h时,其相对表达量显著低于923;耐冷材料923中BolBAM3b的相对表达量在低温处理6 h、24 h时均显著高于冷敏材料D9。本研究结果为后续开展BolBAM3a、BolBAM3b基因调控甘蓝应对低温胁迫的研究提供了重要参考。 展开更多
关键词 甘蓝 BAM基因家族 低温胁迫 亚细胞定位
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桑小头木虱FAR基因家族鉴定及其功能预测分析
8
作者 林雅婷 郝阳洋 +3 位作者 韦红显 耿涛 王树昌 卢芙萍 《热带作物学报》 北大核心 2025年第6期1502-1513,共12页
桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化... 桑小头木虱(PaurocephalasauteriEnderlein)是热带亚热带桑树重要害虫,主要为害桑树顶芽和嫩叶,导致叶片卷曲,难以展开,同时可分泌蜡质,诱发煤烟病,导致桑叶产量和质量显著下降;为害小苗,可致其全株死亡,严重威胁热带蚕桑产业的多元化发展。脂酰辅酶A还原酶(FAR)存在于各种生物体内,参与脂肪酸衍生物的生物合成,进而参与繁殖、两性信息识别与交流、蜡质合成等多项生命活动过程。本研究共筛选到23个桑小头木虱FAR基因,蛋白分析表明,其中大多数为碱性蛋白,具有亲水性;亚细胞定位预测发现,17个FAR蛋白定位于细胞质,1个定位于线粒体,1个定位于细胞核,4个定位于质膜,说明PsmFAR基因发挥功能的主要场所是细胞质。结合其他已知昆虫FAR基因的功能,以及桑小头木虱若虫、雌成虫、雄成虫体内及不同部位FAR基因的表达分析发现,桑小头木虱FAR基因可能参与发育、繁殖、蜡质合成、体表角质层合成、信息素合成及解毒等多个生物学功能,除7个基因可能仅参与蜡质合成功能外,其余16个基因可能参与多个生物学功能,涉及繁殖的有16个(69.56%),涉及蜡质合成的亦有16个(69.56%),与其体表角质层合成相关的有12个(52.17%),与发育相关的有9个(39.13%),与解毒相关的有5个(21.74%),与信息素合成相关的有4个(17.39%)。本研究在转录组测序分析的基础上对桑小头木虱FAR基因家族进行鉴定、序列组成及表达分析,探究FAR基因在桑小头木虱生命活动中的功能,为其高效防控技术和针对性药剂的研发和应用提供理论依据。后续功能的进一步验证将为以FAR基因为靶标的精准防控药剂的研发提供依据。 展开更多
关键词 桑小头木虱 FAR基因家族 亚细胞定位 基因表达 功能预测分析
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谷子果胶甲酯酶抑制子PMEI基因家族鉴定及其对非生物胁迫的响应分析
9
作者 李新妮 李俊怡 +6 位作者 马雪华 何卫 李佳丽 于佳 曹晓宁 乔治军 刘思辰 《生物技术通报》 北大核心 2025年第7期150-163,共14页
【目的】PMEI(pectin methylesterase inhibitor)是控制细胞壁结构与特性的重要组成部分,在植物逆境胁迫响应方面发挥重要作用。探究谷子PMEI基因在非生物胁迫下的响应机制,为谷子的抗逆机理研究提供理论基础。【方法】运用生物信息学... 【目的】PMEI(pectin methylesterase inhibitor)是控制细胞壁结构与特性的重要组成部分,在植物逆境胁迫响应方面发挥重要作用。探究谷子PMEI基因在非生物胁迫下的响应机制,为谷子的抗逆机理研究提供理论基础。【方法】运用生物信息学方法对谷子PMEI基因家族进行鉴定,采用实时荧光定量PCR技术对其家族成员在低温、干旱、MeJA、ABA胁迫下的表达模式进行分析。【结果】谷子基因组中共鉴定出68个SiPMEI基因家族成员,不均匀地分布在9条染色体上,大多数成员定位于细胞壁或叶绿体上。SiPMEI家族成员主要有2种结构域,PMEI结构域和pectinesteras+PMEI结构域,含有同一结构域的成员间理化性质、亚细胞定位和基因结构均较相似。启动子顺式作用元件分析表明SiPMEI基因家族成员含有多种非生物胁迫和激素响应元件。本研究选择了8个含有2种以上胁迫响应元件且含数量较多的SiPMEI家族成员进行实时荧光定量表达分析。结果表明,SiPMEI在谷子的根、茎、叶和穗中差异表达;非生物胁迫(低温、干旱)和激素胁迫(MeJA、ABA)处理下,SiPMEI基因的表达量在0-24 h内整体呈现上升趋势,含PMEI结构域且定位于细胞壁上的成员SiPMEI30、SiPMEI32、SiPMEI36、SiPMEI63在胁迫下响应的最高表达量集中于8-24 h。亚细胞定位于叶绿体上的成员SiPMEI22、SiPMEI31、SiPMEI38、SiPMEI47最高表达量分布较为分散,且上调位点较多。【结论】SiPMEI在低温、ABA和MeJA的胁迫下均具有正向响应,并在干旱和MeJA胁迫下具有类似的表达趋势。这些差异表达表明SiPMEI可能通过不同的分子机制响应非生物胁迫。 展开更多
关键词 谷子 PMEI基因家族 干旱胁迫 低温胁迫 茉莉酸甲酯胁迫 脱落酸胁迫 亚细胞定位 结构域
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赤桉CCoAOMT亚家族的基因克隆及可变剪接分析 被引量：7
10
作者 谷振军 章怀云 +6 位作者 张党权 谢耀坚 何含杰 陈丽莉 彭宽 刘果 杨丹 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第5期62-69,共8页
通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF... 通过同源克隆策略和RACE技术获得赤桉CCoAOMT亚家族2个成员的全长cDNA序列。CCoAOMT1基因的全长cDNA序列为1 020 bp,其中可读框ORF长度为738 bp,5’-UTR为106 bp,3’-UTR为176 bp;CCoAOMT2基因的全长cDNA序列为1 047 bp,其中可读框ORF长度为741 bp,5’-UTR为125 bp,3’-UTR为158bp。CCoAOMT1和CCoAOMT2基因都由5个外显子组成,主要的区别在于前者第1个内含子存在5’端可变剪接位点,形成2条不同长度的mRNA,一条的ORF长度为738 bp,而另一条比前者缺失了42 bp,但不影响其余氨基酸的读码框顺序。赤桉CCoAOMT1基因在茎段中可变剪接发生在5—9月间,是桉树一年中树高和直径增长最快的阶段,这个可变剪接可能与组织器官生长发育有关。蛋白质三维结构分析表明,CCoAOMT能形成正确的酶活性中心与底物结合位点。抑制CCoAOMT基因表达,降低桉树木质素对于减少制浆造纸工业污染具有重要意义。 展开更多
关键词 桉树 木质素 CCoAOMT亚家族 基因克隆 可变剪接 生物信息学注释
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家蚕蛹和成虫期GOBP/PBP亚家族基因簇基因定位与表达分析 被引量：8
11
作者 张升祥 张瑶 +4 位作者 徐世清 王更先 胡增娟 赵春晓 崔为正 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1069-1076,共8页
昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding p... 昆虫的气味结合蛋白(odorant binding proteins,OBPs)在昆虫与外界环境化学信息交流过程中起着重要作用,对昆虫觅食、求偶、繁殖具有重要意义。普通气味结合蛋白/性信息素结合蛋白(general odorant binding protein/pheromone binding protein,GOBP/PBP)是鳞翅目昆虫OBP家族的一个重要单系群。为进一步明确家蚕Bombyx moriGOBP/PBP基因的结构、表达及功能,本研究利用染色体定位及半定量表达分析方法对其进行了分析。染色体定位分析显示,这些基因以基因簇的形式存在于第19染色体的nscaf3052上,基因结构相似,转录方向一致,表明这些基因可能由同源基因复制产生,并具有类似功能。对家蚕蛹和成虫不同发育阶段的雌、雄虫多种组织中进行表达分析发现,这些基因的表达在不同发育时期和不同组织间差异明显(P<0.05),相对表达量均以触角中为最高,其他非嗅觉组织中也多有表达,性别间差异不大,说明了该基因簇基因除了具有嗅觉相关的功能外,很可能具有其他尚未被发现的功能。 展开更多
关键词 家蚕 气味结合蛋白 PBP1-GOBP2亚家族 基因簇 表达分析 染色体定位
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普通烟草CESA基因家族成员的鉴定、亚细胞定位及表达分析 被引量：17
12
作者 徐宗昌 孔英珍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期512-524,共13页
纤维素合成酶蛋白(cellulose-synthase proteins,CESA)是一类质膜定位蛋白,以蛋白复合体的形式存在于质膜上合成纤维素,在细胞壁建成和植物生长发育过程中起着非常重要的作用。本研究利用CESA蛋白保守域序列PF03552检索普通烟草(Nicotia... 纤维素合成酶蛋白(cellulose-synthase proteins,CESA)是一类质膜定位蛋白,以蛋白复合体的形式存在于质膜上合成纤维素,在细胞壁建成和植物生长发育过程中起着非常重要的作用。本研究利用CESA蛋白保守域序列PF03552检索普通烟草(Nicotiana tabacum L.)蛋白序列,并通过拟南芥(Arabidopsis thaliana)10个CESA蛋白序列在普通烟草基因组数据库中利用TBLASTN程序进行比对,共获得21条NtCESA基因候选序列,对这些序列进行蛋白序列理化性质分析、系统进化树构建、基因结构分析、保守结构域及跨膜区分析和组织表达模式分析,并对NtCESA9和NtCESA14两个蛋白进行了亚细胞定位实验。结果表明:获得的21条NtCESA蛋白序列的理化性质相似;系统进化分析将21个NtCESA基因和10个At CESA基因分成5个分支,每一个分支各成员之间的进化相对保守,基因结构类似,不同分支之间的基因结构差异也较小;NtCESA蛋白结构域相对保守,都含有CESA蛋白典型的N端锌指结构、C端跨膜区和DDD-QXXRW保守功能域;组织表达分析结果表明,大部分NtCESA基因在幼苗和成熟期烟草的根、叶、胚芽和愈伤组织中都有表达,同一个分支中的基因表达模式基本一致,并且NtCESA基因参与初/次生细胞壁纤维素的合成与该基因编码蛋白的跨膜区数目存在关联,表明NtCESA基因家族成员功能上的复杂性;亚细胞定位结果证实NtCESA9和NtCESA14为质膜定位蛋白。本研究为烟草CESA基因家族功能的深入研究奠定了基础。 展开更多
关键词 普通烟草 CESA基因家族 基因表达 亚细胞定位
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二斑叶螨多重抗性品系最优内参基因的筛选及CYP392A亚家族基因的表达分析 被引量：8
13
作者 周兴隆 杨顺义 +3 位作者 郝雨 王进军 张新虎 沈慧敏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1229-1236,共8页
【目的】筛选出二斑叶螨Tetranychus urticae Koch抗甲氰菊酯、阿维菌素及螺螨酯混剂的实时定量PCR最优内参基因。【方法】选取5.8S rRNA,α-tubulin,TBP,β-actin,ELFn,RPL13a,GAPDH和SDHA 8个候选内参基因,以Ge Norm,Best Keeper和Nor... 【目的】筛选出二斑叶螨Tetranychus urticae Koch抗甲氰菊酯、阿维菌素及螺螨酯混剂的实时定量PCR最优内参基因。【方法】选取5.8S rRNA,α-tubulin,TBP,β-actin,ELFn,RPL13a,GAPDH和SDHA 8个候选内参基因,以Ge Norm,Best Keeper和Normfinder 3个软件分析这8个基因在二斑叶螨多重抗性品系中的表达稳定性,并以筛选的内参基因分析二斑叶螨P450酶系CYP392A亚家族基因的表达水平。【结果】经Ge Norm,Best Keeper和Normfinder 3个软件综合评价确定ELFn基因为二斑叶螨敏感品系(susceptible strain,SS)和多重抗性品系(multipesticide resistant strain,Mp-R)各发育阶段的最优内参基因。以ELFn为内参基因对二斑叶螨CYP392A亚家族16个基因表达量进行分析,结果表明:经多重抗性选育40代后,Mp-R品系卵期CYP392A1表达量显著上调;CYP392A16基因在各发育阶段表达量极显著高于SS品系相应发育阶段;其他基因表达量在敏感品系和抗性品系之间差异不显著。【结论】筛选出了SS和Mp-R品系中各发育阶段最佳内参基因为EFLn;Mp-R品系CYP392A亚家族16个基因的表达量在幼螨和若螨阶段低于卵与成螨阶段,其中CYP392A16基因在二斑叶螨多重抗性的形成中起主要作用。该结果为二斑叶螨多重抗性研究奠定了一定基础。 展开更多
关键词 二斑叶螨 多重抗性 内参基因 CYP392A亚家族 基因表达量 RT-q PCR
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正常人外周血和脐血中TCRVβ亚家族sjTRECs的检测情况 被引量：5
14
作者 尹青松 李扬秋 +3 位作者 陈少华 杨力建 卢育洪 张学利 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期477-479,共3页
目的:检测TCR23个Vβ亚家族sjTRECs在正常人外周血中的存在特点,从而进一步了解正常人胸腺近期各Vβ亚家族初始T细胞的输出情况。方法:采用半巢式PCR对4例胸腺、10例脐血和10例正常人外周血分别在2×105、5×104、1×104和1... 目的:检测TCR23个Vβ亚家族sjTRECs在正常人外周血中的存在特点,从而进一步了解正常人胸腺近期各Vβ亚家族初始T细胞的输出情况。方法:采用半巢式PCR对4例胸腺、10例脐血和10例正常人外周血分别在2×105、5×104、1×104和1×103个单个核细胞中的23个Vβ亚家族sjTRECs进行扩增。结果:在细胞数相同的情况下,各Vβ-Dβ1sjTRECs的检出率胸腺细胞最高,其次是脐血,正常人最低。当细胞数为2×105、5×104和1×104时,正常人Vβ2、Vβ4、Vβ7、Vβ11和Vβ19亚家族sjTRECs的检出率以及检出sjTRECs的亚家族数量均显著低于脐血。当细胞数为2×105和5×104时,正常人可检测到绝大多数Vβ亚家族的sjTRECs,随着细胞数的降低,部分Vβ亚家族的sjTRECs则检测不到,而少部分Vβ亚家族的sjTRECs则在1000个细胞时仍能检测到。结论:成功建立了半定量检测23个Vβ亚家族sjTRECs的检测方法;在2×105细胞中约可以检测到80%左右的Vβ亚家族初始T细胞,而在5×104细胞中约有半数的Vβ亚家族初始T细胞可检测到,提示不同Vβ亚家族初始T细胞的出现频率有所差异。 展开更多
关键词 T细胞受体 T细胞受体重排删除环 VΒ亚家族
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中华按蚊CYP6Y亚家族基因的鉴定和生物信息学分析 被引量：8
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作者 唐尧 乔梁 +3 位作者 张玉娟 车燕飞 洪瑞 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期663-672,共10页
【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis CYP6Y亚家族基因,分析它们的结构和特征,推测其可能的功能。【方法】以冈比亚按蚊An.gambiae CYP6Y1作为询问序列,通过双向Blast方法检索中华按蚊转录组中CYP6Y亚家族基因,并通过生物信息学方... 【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis CYP6Y亚家族基因,分析它们的结构和特征,推测其可能的功能。【方法】以冈比亚按蚊An.gambiae CYP6Y1作为询问序列,通过双向Blast方法检索中华按蚊转录组中CYP6Y亚家族基因,并通过生物信息学方法分析基因结构、特征及可能的功能。【结果】从中华按蚊转录组测序数据中鉴定出2条CYP6Y亚家族基因,分别命名为AsCYP6Y1(GenBank登录号:KF709397)和AsCYP6Y2(GenBank登录号:KF709398)。序列分析显示,AsCYP6Y1和AsCYP6Y2全长分别为1 713 bp和1 815 bp,分别编码502和526个氨基酸。基因结构分析显示,该亚家族基因仅含有1个相位1型内含子并与其他P450基因形成保守的共线性分布。蛋白结构分析显示,这2个基因编码的蛋白含P450特有的5个特征序列和6个底物结合位点,且均不存在信号肽,其亚细胞定位为细胞质。3D结构分析显示,AsCYP6Y1有18条α螺旋和13股反向平行的β折叠,AsCYP6Y2有19条α螺旋和11股反向平行的β折叠。通过同样的方法,在达林按蚊An.darlingi中也鉴定出2个CYP6Y亚家族基因。系统进化分析显示,AsCYP6Y1和AsCYP6Y2分别与其他3种按蚊的CYP6Y1和CYP6Y2聚成一支,Bootstrap值均大于90%。替换率分析显示,中华按蚊AsCYP6Y1和AsCYP6Y2与其他3种按蚊同源基因的Ka/Ks均小于1。相对进化速率分析显示,中华按蚊CYP6Y和CYP6M亚家族的相对进化速率均显著快于CYP6P亚家族,而CYP6Y和CYP6M亚家族之间没有显著差异。【结论】在中华按蚊和达林按蚊中存在2个CYP6Y亚家族基因,之前在冈比亚按蚊和不吉按蚊An.funestus中也发现2个CYP6Y亚家族基因,表明CYP6Y亚家族基因可能在按蚊属广泛存在,且可能为按蚊属昆虫所特有。 展开更多
关键词 中华按蚊 CYP6Y亚家族 基因序列 生物信息学分析 基因结构 相对进化速率
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脐血中TCRVβ亚家族T细胞的分布和克隆性分析 被引量：15
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作者 陈少华 李扬秋 +2 位作者 杨力建 张玉平 黎清 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期662-665,共4页
目的 :了解正常脐血中TCRVβ亚家族T细胞的分布和克隆性。 方法 :利用RT -PCR分别扩增 13例正常脐血单个核细胞的TCRVβ 2 4个亚家族基因的CDR3,了解各Vβ亚家族的表达情况。阳性的PCR产物进一步经荧光素标记和基因扫描分析产物的CDR3长... 目的 :了解正常脐血中TCRVβ亚家族T细胞的分布和克隆性。 方法 :利用RT -PCR分别扩增 13例正常脐血单个核细胞的TCRVβ 2 4个亚家族基因的CDR3,了解各Vβ亚家族的表达情况。阳性的PCR产物进一步经荧光素标记和基因扫描分析产物的CDR3长度 ,了解T细胞克隆性。 10例正常人外周血和T细胞株Molt- 4及Jurkat作为对照。结果 :正常脐血T细胞仅选择性表达 2 4个Vβ亚家族的 38 78%± 16 2 6 % ,以Vβ 3、5、8、9和 13为多见 ,而正常人外周血T细胞则表达全部 2 4个Vβ亚家族。基因扫描显示正常脐血和正常人外周血的全部PCR产物均呈多峰图象。结论 :正常脐血存在不完全TCRVβ亚家族T细胞 。 展开更多
关键词 脐血 TCR Vβ亚家族T细胞 RT-PCR方法 基因扫描分析 抗宿主病 T细胞受体 造血干细胞移植
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基因扫描分析B-CLL的TCR Vβ亚家族T细胞的表达和克隆性 被引量：6
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作者 李扬秋 汪明春 +3 位作者 杨力建 陈少华 SiegertW SchmidtCA 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 1998年第3期210-213,共4页
利用RT-PCR扩增12例B-CLL外周血单个核细胞的TCR Vβ基因24个亚家族的互补决定区3(CDR3),以了解T细胞的表达情况。PCR产物进一步经基因扫描分析CDR3长度而确定T细胞的克隆性。结果显示:12例B-CLL共表达13个TCRVβ亚家族T细胞,每例病人... 利用RT-PCR扩增12例B-CLL外周血单个核细胞的TCR Vβ基因24个亚家族的互补决定区3(CDR3),以了解T细胞的表达情况。PCR产物进一步经基因扫描分析CDR3长度而确定T细胞的克隆性。结果显示:12例B-CLL共表达13个TCRVβ亚家族T细胞,每例病人仅表达3-9个Vβ亚家族,主要为Vβ2,Vβ3,Vβ6,Vβ7,Vβ17或Vβ19,9例病人的一个或两个Vβ3家族T细胞里克隆性生长。提示B-CLL选择性地表达TCR VβT细胞,大部分B-CLL出现克隆性增殖T细胞,这可能是对白血病细胞相关抗原的免疫反应。 展开更多
关键词 基因扫描 B慢性淋巴细胞白血病 TCR VΒ亚家族 T细胞克隆性
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CML细胞和K562细胞诱导TCR Vβ亚家族T细胞克隆性增殖和杀伤性的研究 被引量：2
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作者 张玉平 李扬秋 +3 位作者 陈少华 杨力建 罗更新 张学利 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期234-238,共5页
了解CML细胞和K562细胞体外诱导CML细胞特异性T细胞的TCRVβ亚家族利用、克隆性增殖和杀伤性情况。方法:采用混合淋巴细胞/白血病细胞培养法(MLTC)体外将CML细胞和K562细胞与脐血和成人外周血MNC混合培养和扩增,运用RT-PCR-基因扫描技... 了解CML细胞和K562细胞体外诱导CML细胞特异性T细胞的TCRVβ亚家族利用、克隆性增殖和杀伤性情况。方法:采用混合淋巴细胞/白血病细胞培养法(MLTC)体外将CML细胞和K562细胞与脐血和成人外周血MNC混合培养和扩增,运用RT-PCR-基因扫描技术分析其TCRVβ亚家族的利用和克隆性特点,以及应用间接荧光单抗标记技术和LDH法分析诱导增殖的T细胞免疫表型和杀伤性。结果:CML细胞和K562细胞可以诱导出呈寡克隆或寡克隆趋势生长的Vβ亚家族T细胞,并具有识别和杀伤CML细胞的功能。结论:CML细胞和K562细胞可在体外诱导出异体CML细胞特异性CTL,该CTL可能为优势表达的Vβ亚家族克隆性T细胞。 展开更多
关键词 慢性粒细胞白血病 T细胞受体 VΒ亚家族 克隆性 基因扫描
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整合素β1亚家族与肝癌粘附转移的相关研究进展 被引量：4
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作者 郑继军 王阁 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2005年第24期1428-1431,共4页
整合素家族是一类由一个α亚单位和一个β亚单位通过非共价键连接而成的异二聚体跨膜糖蛋白。整合素β1亚家族是整合素家族中最重要的一类。在正常肝脏中某些不表达或低表达的整合素β1亚家族,在肝癌中高表达,从而介导细胞与细胞外基质(... 整合素家族是一类由一个α亚单位和一个β亚单位通过非共价键连接而成的异二聚体跨膜糖蛋白。整合素β1亚家族是整合素家族中最重要的一类。在正常肝脏中某些不表达或低表达的整合素β1亚家族,在肝癌中高表达,从而介导细胞与细胞外基质(ECM)的粘附,接受并传导级联信号以调节肝癌细胞存活、凋亡、粘附运动等,在肝癌的粘附、转移中起着重要作用。 展开更多
关键词 肝癌 整合素β1亚家族 粘附转移
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急性早幼粒细胞白血病病人外周血TCR Vβ亚家族T细胞的表达特点 被引量：2
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作者 陈少华 李扬秋 +1 位作者 杨力建 祁明芳 《暨南大学学报（自然科学与医学版）》 CAS CSCD 2000年第2期10-11,共2页
关键词 TCR VΒ基因 T细胞亚家族 急性早幼粒细胞白血病
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