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55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 被引量：9
1
作者 程池 刘光全 +1 位作者 李金霞 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期20-24,共5页
采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S r... 采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S rRNA基因序列扩增,PCR产物纯化后直接进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA3.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:55株枯草芽孢杆菌中有52株菌种与原鉴定结果一致,有3株菌种与原鉴定结果存在差异,其中2株鉴定结果为巨大芽孢杆菌(B.megaterium),另1株鉴定结果为地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 16s RRNA基因 TD-PCR 序列分析 系统发育树
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81株铜绿假单胞菌16S rRNA基因序列测定及系统发育学分析 被引量：7
2
作者 曾晓琮 周露 +2 位作者 苏妙贞 韩志杰 陈丹霞 《食品与机械》 CSCD 北大核心 2016年第11期21-24,89,共5页
采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增... 采用16SrRNA基因序列分析法对2015年7-9月广东省食品检验所桶装水专项抽检中筛查所得的81株铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）进行复核鉴定。菌株经纯化培养后提取总DNA,采用细菌16SrRNA通用引物进行16SrRNA基因序列扩增,PCR扩增产物经2%琼脂糖凝胶电泳后,进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA5.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果 表明：81株铜绿假单胞菌与原鉴定结果一致。其中,编号24-3-QY、100-5-JM、106-3-JM菌株形成一个分支,28-1-WD单独为一支,其余77株野生菌和铜绿假单胞菌标准菌株ATCC27853聚为一群。该研究是2015年5月24日中国开始实施GB 19298—2014《食品安全国家标准包装饮用水》以来,广东省首次对水源性铜绿假单胞菌进行的研究,为下一步菌种污染朔源等研究提供依据。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 16s RRNA基因 序列分析 系统发育树
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暗纹东方鲀线粒体DNA16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用 被引量：9
3
作者 邵爱华 杜建 +1 位作者 陈葵 朱江 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第2期15-19,共5页
以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板，按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组... 以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板，按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组成分别为：胸腺嘧啶（T）22．1％，胞嘧啶（C）23．6％，腺瞟呤（A）35．2％，鸟嘌呤（G）19．0％。运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析，分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树。结果显示，同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73．6％～87．4％之间，同属间的核苷酸相似性高达约99．0％。在属间、科级、亚目级水平上，利用较长的16S rRNA序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似，各枝的支持率较高。而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致，但各枝的支持率不太高。因此认为，16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系。 展开更多
关键词 暗纹东方鲀 线粒体DNA 16s RRNA基因 克隆 序列测定 系统发育分析
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牙鲆与大菱鲆病原迟钝爱德华氏菌生物学特性及系统发育学分析 被引量：17
4
作者 陈翠珍 房海 +1 位作者 张晓君 战文斌 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期82-88,共7页
对从7起牙鲆(Bastard halibut,Paralichthys olivaceus L.)、3起大菱鲆(Turbot,Scophthalmus maximus L.)病害的病(死)鱼中分离到的相应病原菌较系统地进行了形态特征、理化特性等表观分类学指征的鉴定及代表菌株DNA中G+Cmol%的测定.同... 对从7起牙鲆(Bastard halibut,Paralichthys olivaceus L.)、3起大菱鲆(Turbot,Scophthalmus maximus L.)病害的病(死)鱼中分离到的相应病原菌较系统地进行了形态特征、理化特性等表观分类学指征的鉴定及代表菌株DNA中G+Cmol%的测定.同时,择代表菌株进行了16S rRNA基因的分子鉴定,测定了16S rRNA基因序列,分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树.结果表明,分离鉴定的148株菌均为爱德华氏菌属(Edwardsiella Ewing and McWhorter 1965)的迟钝爱德华氏菌(E.tarda),其中128株为迟钝爱德华氏菌野生型(E.tarda wild type)菌株,20株暂定为迟钝爱德华氏菌吲哚阴性变异株.代表菌株(HC010907-1及HC010830-1)的16S rRNA基因序列,与GenBank数据库中的迟钝爱德华氏菌的同源性均在99%. 展开更多
关键词 牙鲆 大菱鲆 迟钝爱德华氏菌 生物学特性 系统发育学 系统发育学分析 16srRNA基因序列 病原菌 Paralichthys GENBANK数据库
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鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株生物学特性及其免疫原S1基因的克隆与序列分析
5
作者 刘明春 江国托 +2 位作者 刘思国 赵玉军 李雪梅 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 2000年第S1期174-,共1页
本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究，同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区... 本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究，同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明，分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１，且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等，是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物，经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因，得到预期的约１．７Ｋｂ片段；并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点，在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定，证实为阳性重组质粒，利用末端双脱氧链终止法对其测序，得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ，包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析，结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比，无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低，均未达到８０％。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 生物学特性 s1基因 RT-PCR 克隆 序列分析
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鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析 被引量：2
6
作者 冯笑艳 胡明雪 +10 位作者 林雨萌 刘长军 李凯 祁小乐 崔红玉 高立 王素艳 陈运通 王笑梅 张艳萍 高玉龙 《中国家禽》 北大核心 2024年第2期52-58,共7页
为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群... 为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。 展开更多
关键词 鸡传染性贫血病毒 血清学检测 病原学检测 病毒分离鉴定 VP1基因序列分析
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番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因片段的克隆及序列分析 被引量：22
7
作者 胡奇林 林锋强 +7 位作者 陈少莺 林天龙 陈仕龙 程晓霞 朱小丽 江斌 李怡英 程由铨 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期22-25,共4页
参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovyduckreovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT＿PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序。结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反... 参考GenBank番鸭呼肠孤病毒(muscovyduckreovirus,MDRV)S1基因序列设计合成一对引物,对番鸭呼肠孤病毒MW9710株S1基因进行RT＿PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序。结果显示扩增产物为300bp,与预期的目的片段大小一致,经PCR、酶切反应鉴定后克隆到pGEM＿Teasy载体中,核苷酸序列经BLAST软件分析表明:番鸭呼肠孤病毒MW9170株S1基因的目的片段与番鸭呼肠孤病毒法国89026株同源性为91 7%,与鸡关节炎病毒S2基因同源性为68 7%,结果提示番鸭呼肠孤病毒MW9710株与鸡关节炎病毒亲缘距离较远。 展开更多
关键词 番鸭呼肠孤病毒 s1基因 基因克隆 序列分析 双链RNA
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12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析 被引量：14
8
作者 任岗 章群 +2 位作者 钱开诚 徐忠能 林小涛 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期48-52,共5页
分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Ju... 分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。 展开更多
关键词 石鲈科 线粒体16s RRNA基因 RNA二级结构 序列分析 系统发育
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两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析 被引量：10
9
作者 尚辉琴 李琳 +3 位作者 陈瑞爱 刘红波 梁梅兰 贺东生 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第8期1963-1972,共10页
为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对... 为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株（CK/CH/GX/NN11-3）与基因型Ⅰ毒株（GX-NN-6）在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1 620bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ（类QX型）;两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 分离 鉴定 s1基因 序列分析
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传染性支气管炎病毒广西分离株S1基因克隆与序列分析 被引量：4
10
作者 陈丽 薛瑜 +3 位作者 李广伟 陈峰 孙宝丽 谢青梅 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2014年第3期68-72,共5页
近年来,鸡传染性支气管炎(IB)在我国广西地区相继暴发,流行十分广泛,给养禽业带来巨大损失。为及时了解传染性支气管炎病毒(IBV)的变异情况,从而进行更有效的防控,本研究对2012年分离自广西的8株IBV的S1基因进行了序列测定与分析。参考N... 近年来,鸡传染性支气管炎(IB)在我国广西地区相继暴发,流行十分广泛,给养禽业带来巨大损失。为及时了解传染性支气管炎病毒(IBV)的变异情况,从而进行更有效的防控,本研究对2012年分离自广西的8株IBV的S1基因进行了序列测定与分析。参考NCBI上的IBV S1基因序列,设计合成了一对扩增S1基因全长序列的引物。采用RT-PCR方法对8株IBV分离株(GX1-GX8)的S1基因进行克隆测序。序列分析结果表明,8株IBV分离株S1基因全长均为1620bp,且集中分布在2个分支,GX1-GX4属于第Ⅴ分支,其裂解位点均为RRFRR;GX5-GX8属于第Ⅰ分支,其裂解位点均为HRRRR,为IBV中国毒株所特有。同时,这些分离株进化趋势与其分离时间之间显示出一定的相关性;潜在糖基化位点(PGS)分析结果显示,GX1-GX4的PGS分布一致且与GX5-GX8的分布显示出一定的差异;核苷酸同源性分析结果表明,位于同一分支的毒株间同源性较高,所有分离毒株与我国使用的常规Mass型疫苗毒株的同源性均偏低。这暗示目前广西IBV分离毒株与我国广泛使用的IB疫苗毒株的遗传进化距离较远,常规Mass型疫苗可能起不到很好的免疫保护作用。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 s1基因 序列分析
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安徽IBV地方株AH1-99株S2基因的克隆与序列分析 被引量：2
11
作者 何长生 刘胜旺 +4 位作者 魏建忠 朱良强 詹松鹤 江定丰 郑举 《动物医学进展》 CSCD 2006年第8期98-101,共4页
用RT-PCR技术扩增出IBV AH1-99株的S2基因cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析。结果表明,该分离株S2基因全长共1 881个核苷酸,编码625个氨基酸;与GenBank中登录的IBVS2基因核苷酸的同源性为72.5%~88.9%,氨基酸的同源性为... 用RT-PCR技术扩增出IBV AH1-99株的S2基因cDNA,并将其克隆到pMD18-T载体中进行序列测定和分析。结果表明,该分离株S2基因全长共1 881个核苷酸,编码625个氨基酸;与GenBank中登录的IBVS2基因核苷酸的同源性为72.5%~88.9%,氨基酸的同源性为70.3%~88.0%;在895 nt^900 nt处插入了GCG ACT 6个碱基,在1 441 nt^1 446 nt处缺失了AT-TACT 6个碱基。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 AH1—99株 s2基因 克隆 序列分析
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鸡传染性支气管炎病毒合肥分离株S1基因序列及致病性分析 被引量：2
12
作者 胡晓苗 盛豪 +5 位作者 郑忠毅 卞希一 张丹俊 周继勇 廖敏 潘孝成 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2021年第6期22-27,共6页
从安徽合肥一养殖户送检的临床样品中分离到一株鸡传染性支气管炎病毒,命名为HF200702。分离株在鸡胚盲传3代过程中可引起典型的侏儒胚现象;基于分离株S1基因序列对毒株进行分型结果显示,分离株属于目前流行的QX型,与H120、M41、4/91、Q... 从安徽合肥一养殖户送检的临床样品中分离到一株鸡传染性支气管炎病毒,命名为HF200702。分离株在鸡胚盲传3代过程中可引起典型的侏儒胚现象;基于分离株S1基因序列对毒株进行分型结果显示,分离株属于目前流行的QX型,与H120、M41、4/91、QX等疫苗株的同源性分别为76.1%、75.6%、78.3%、95.0%;用分离株第10代鸡胚尿囊液感染1日龄SPF雏鸡,对雏鸡的致死率为41.6%,感染鸡出现精神沉郁、张口呼吸、气管啰音等临床症状以及气管纤毛摆动停滞、肾脏肿大、尿酸盐沉积等病理变化。感染鸡从感染后第2 d开始持续向外界排毒直至感染后28 d。该研究数据表明,从安徽合肥某养鸡场疑似发生传染性支气管炎的鸡群中分离到QX型的IBV,该毒株对雏鸡有较强的致病作用,研究结果为了解该地区IBV的流行情况提供了参考数据。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 合肥分离株 s1基因序列分析 致病性
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30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析 被引量：3
13
作者 谢志勤 谢芝勋 吕华刚 《西南农业学报》 CSCD 2008年第6期1733-1736,共4页
利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸... 利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 s1基因 RT-PCR 序列分析
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猪呼吸道冠状病毒S1基因的克隆与序列分析 被引量：1
14
作者 邱深本 王磊 +3 位作者 苏丹萍 黄爱芳 罗映霞 贺东生 《中国动物检疫》 CAS 2009年第6期36-38,共3页
以猪呼吸道冠状病毒(PRCV)AR310毒株为研究对象,观察PRCV在两种不同细胞中的生长繁殖情况,在猪肾原代细胞中生长良好,在PK15细胞中未见生长。参考GenBbank中已发表的基因序列,设计和合成一对引物,通过RT-PCR扩增出PRCVAR310株的S1基因,... 以猪呼吸道冠状病毒(PRCV)AR310毒株为研究对象,观察PRCV在两种不同细胞中的生长繁殖情况,在猪肾原代细胞中生长良好,在PK15细胞中未见生长。参考GenBbank中已发表的基因序列,设计和合成一对引物,通过RT-PCR扩增出PRCVAR310株的S1基因,克隆到pMD18-T载体中并测序。结果表明与PRCVDQ811787核苷酸同源性为100%,与M94096、M94097的同源性分别为95.2%和95.0%;氨基酸序列分析表明,试验测序的PRCVS1基因氨基酸序列与Genebank中DQ811787同源性为100%,与M94096、M94097的同源性较高分别为95.2%和95.6%。 展开更多
关键词 PRCV s1基因 克隆 序列分析
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鸡传染性支气管炎病毒澳大利亚T株S1全基因的克隆与序列分析 被引量：1
15
作者 陈红英 李新生 +4 位作者 崔保安 张红英 夏平安 崔沛 廖仲磊 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2008年第2期12-16,共5页
【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒（IBV）澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术，对IBVT株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明，IBVT株S1基因大小为1739bp。与Gen—Bank中的29株IBV S1基因进行比较发现，I... 【目的】研究鸡传染性支气管炎病毒（IBV）澳大利亚T株S1基因全序列。【方法】采用RT-PCR技术，对IBVT株S1基因进行扩增、克隆和测序。【结果】测序结果表明，IBVT株S1基因大小为1739bp。与Gen—Bank中的29株IBV S1基因进行比较发现，IBVT株与吉林疫苗株（JAAS）S1基因核苷酸同源性为99．8％，有4个核苷酸的差异，其中有3个碱基发生非同义突变，氨基酸同源性为99．4％；与其余28株IBVs1基因核苷酸同源性为73．8％～84．4％，氨基酸同源性为66．8％～85．9％。进化分析发现T株与JAAS株之间的亲缘关系很近，与其他IBV株的亲缘关系均较远。【结论】JAAS株是T株的变异病毒，IBVT株的变异病毒在我国存在。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 澳大利亚T株 s1基因 序列分析
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鸡病毒性关节炎病毒B-98株S1基因的克隆与序列分析 被引量：1
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作者 张晓凤 常继涛 +4 位作者 关平原 李海念 乌日罕 马立峰 菊花 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2007年第6期6-8,共3页
本试验对鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)包头地区分离株(B-98株)进行总RNA的提取。参考GenBank中ARV-S1133株S1基因组序列设计两对引物,应用RT-PCR技术特异性地扩增病毒的S1基因的cDNA片段,将S1基因cDNA克隆到pGEM-TEasy载体后进行测序。ARV... 本试验对鸡病毒性关节炎病毒(AVAV)包头地区分离株(B-98株)进行总RNA的提取。参考GenBank中ARV-S1133株S1基因组序列设计两对引物,应用RT-PCR技术特异性地扩增病毒的S1基因的cDNA片段,将S1基因cDNA克隆到pGEM-TEasy载体后进行测序。ARV S1基因包含3个开放阅读框(ORF1,ORF2和ORF3),分别编码P10、P17和SigmaC蛋白。应用计算机软件把所测得的序列与参考毒株ARV-176,ARV-138,ARV-S1133,Muscovy duck reovirus strain YJL(MDRV-YJL)的S1基因3个阅读框的核苷酸序列进行比较分析。结果表明:AVAV B-98株与ARV-176株P10、P17和SigmaC蛋白的核苷酸序列的同源性最高,与ARV-S1133株、MDRV-YJL株的同源性次之,与ARV-138株的同源性最低。 展开更多
关键词 鸡病毒性关节炎病毒 s1基因 克隆 序列分析
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鸡传染性支气管炎分离株S1基因的序列分析 被引量：1
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作者 崔德凤 张永红 +4 位作者 阮文科 杨天耀 袁雪琴 甄晶晶 夏春 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2008年第9期85-87,共3页
关键词 鸡传染性支气管炎 s1基因 序列分析 分离株 传染性支气管炎病毒 冠状病毒属 纤突蛋白
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鸡传染性支气管炎病毒分离株与疫苗株抗原相关性和S1基因序列分析 被引量：1
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作者 任海松 张秀美 +4 位作者 崔言顺 许传田 杨少华 李建亮 胡北侠 《山东农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2012年第1期74-78,共5页
本实验挑选8株近年来山东省IBV分离株与疫苗株H120和491,利用SPF鸡分别制备了高免阳性血清,进行鸡胚交叉中和试验,计算其抗原相关系数,鉴定其血清型,并结合S1基因序列分析,研究其血清型和基因型之间的关系。结果显示:SDWF0608、SDLY0612... 本实验挑选8株近年来山东省IBV分离株与疫苗株H120和491,利用SPF鸡分别制备了高免阳性血清,进行鸡胚交叉中和试验,计算其抗原相关系数,鉴定其血清型,并结合S1基因序列分析,研究其血清型和基因型之间的关系。结果显示:SDWF0608、SDLY0612、SDLY0701与疫苗株H120同属Mass血清型的不同亚型,其它5个分离株与H120和491不属于同一个血清型。结合S1基因序列分析发现,S1基因序列分析与血清中和结果二者不具有明显的相关性,8个分离株分属三个基因群,其中SDTA06111与H120等同属一个基因群,但血清中和实验显示它们不属于一个血清型;CK/CH/SD09/005与一个参考株独自构成一个基因群,其S1基因变异程度较大,并且能够与两个疫苗株发生交叉中和实验,但不属于一个血清型,它可能是一个基因重组后病毒。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎 s1基因序列分析 血清中和实验 抗原相关系数(R)
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鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析 被引量：1
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作者 张秀美 成进 +3 位作者 沙依兰古丽 夏俊 汪萍 陆桂丽 《动物医学进展》 CSCD 2008年第7期1-7,共7页
根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点... 根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。 展开更多
关键词 鸡传染性支气管炎病毒 KIBVXJ株 s1基因 序列分析
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鸡肾型传染性支气管炎病毒广东分离株s1基因的序列分析
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作者 蔡曼珊 谢青梅 +1 位作者 舒鼎铭 杨纯芬 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期207-208,211,共3页
采用特异性RT-PCR方法,对9株广东传染性支气管炎病毒分离株的s1基因进行序列扩增、测定,应用DNAStar、MEGA4.1等分析软件将这些分离毒株与常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株的s1基因序列进行同源性和进化关系分析。研究结... 采用特异性RT-PCR方法,对9株广东传染性支气管炎病毒分离株的s1基因进行序列扩增、测定,应用DNAStar、MEGA4.1等分析软件将这些分离毒株与常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株的s1基因序列进行同源性和进化关系分析。研究结果表明:9个分离毒株都属于类4/91分支,与疫苗株H120和Ma5的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 鸡 肾型传染性支气管炎病毒 s1基因 序列分析
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