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云南大花香水月季居群遗传多样性的SSR分析
被引量：
17
1
作者
邱显钦
唐开学
+4 位作者
蹇洪英
王其刚
李树发
邵珠华
张颢
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第3期300-304,共5页
利用简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）分子标记技术对云南省分布的8个大花香水月季天然居群遗传性进行了分析，结果表明：所选用的12对SSR引物，共扩增出72个位点，其中多态性位点70个，占总条带数的97．22％；在物种水平...
利用简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）分子标记技术对云南省分布的8个大花香水月季天然居群遗传性进行了分析，结果表明：所选用的12对SSR引物，共扩增出72个位点，其中多态性位点70个，占总条带数的97．22％；在物种水平上，总居群的Nei’s基因多样性指数（He）和香农指数（I）分别为0．3012和0．4600，说明云南地区大花香水月季居群的遗传多样性较高；大花香水月季居群内遗传变异（69．49％）大于居群间遗传变异（30．51％），说明居群内变异是其居群的主要变异来源；利用Popgene计算出两两居群间的Nei＇s遗传一致度（I）和遗传距离（D），其范围分别为0．7615～O．9348和0．0674～O．2724，再依据遗传距离进行聚类分析，结果表明居群遗传距离与地理位置无显著的相关性。
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关键词
大花香水月季
遗传多样性
简单重复序列(SSR)
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职称材料
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
被引量：
2
2
作者
向贵生
张颢
+5 位作者
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期769-779,共11页
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.1...
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
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关键词
长尖叶蔷薇
大花香水月季
MLO基因
抗白粉病
生物信息学
QRT-PCR
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职称材料
题名
云南大花香水月季居群遗传多样性的SSR分析
被引量：
17
1
作者
邱显钦
唐开学
蹇洪英
王其刚
李树发
邵珠华
张颢
机构
云南省农业科学院花卉研究所/云南省花卉育种重点实验室/云南花卉技术工程研究中心
华中农业大学园艺林学学院/教育部园艺植物生物学重点实验室
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第3期300-304,共5页
基金
国家自然科学基金项目(30660117)
国家"863"计划子课题项目(2006AA100109)
+2 种基金
国家科技支撑计划子课题项目(2006BAD01A1805)
公益性行业(农业)科研专项(200903020)
云南省科技创新强省计划项目(2007C0003Z)
文摘
利用简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）分子标记技术对云南省分布的8个大花香水月季天然居群遗传性进行了分析，结果表明：所选用的12对SSR引物，共扩增出72个位点，其中多态性位点70个，占总条带数的97．22％；在物种水平上，总居群的Nei’s基因多样性指数（He）和香农指数（I）分别为0．3012和0．4600，说明云南地区大花香水月季居群的遗传多样性较高；大花香水月季居群内遗传变异（69．49％）大于居群间遗传变异（30．51％），说明居群内变异是其居群的主要变异来源；利用Popgene计算出两两居群间的Nei＇s遗传一致度（I）和遗传距离（D），其范围分别为0．7615～O．9348和0．0674～O．2724，再依据遗传距离进行聚类分析，结果表明居群遗传距离与地理位置无显著的相关性。
关键词
大花香水月季
遗传多样性
简单重复序列(SSR)
Keywords
rosa odorata sweet var. gigantea rehd. et wils.
gen
et
ic diversity
simple sequence repeat
分类号
S685.12 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
被引量：
2
2
作者
向贵生
张颢
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
机构
云南省农业科学院花卉研究所
云南大学生命科学学院
国家观赏园艺工程技术研究中心
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第4期769-779,共11页
基金
国家自然科学基金(31560565
31160403)
+4 种基金
国家科技支撑计划项目(2015BAD10B01)
云南省应用基础研究计划项目(2014FB158)
领军人才项目(2016HA005)
云南省中青年学术技术带头人后备人才培养项目(2015HB078)
云南省重大科技专项(2016ZA005)
文摘
在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLO unigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157~0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5~9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15~50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过q RT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。
关键词
长尖叶蔷薇
大花香水月季
MLO基因
抗白粉病
生物信息学
QRT-PCR
Keywords
rosa
longicuspis Bertol.
R.
odorata
(Andr.)
sweet
var
.
gigantea
(Crep.)
rehd
.
et
wils
.
MLO genes
powdery mildew resistance
bioinformatics
qRT-PCR
分类号
S685.12 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
云南大花香水月季居群遗传多样性的SSR分析
邱显钦
唐开学
蹇洪英
王其刚
李树发
邵珠华
张颢
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
17
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于长尖叶蔷薇与大花香水月季转录组数据的MLO unigenes生物信息学及表达分析
向贵生
张颢
王其刚
晏慧君
周宁宁
陈敏
唐开学
邱显钦
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
2
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