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用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建
被引量：
1
1
作者
陈志森
黄子夏
+1 位作者
陈军
柯才焕
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期774-781,共8页
利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(P...
利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordiformis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列;其中189条序列能分辨出其带有的多重标签;插入的平均长度为348bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9%)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.
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关键词
转录组
roche
/
454
高通量
测
序
多重标签
PCR抑制效应
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职称材料
基于蓝藻全基因组原始数据的转座元件挖掘及组成分析
2
作者
肖鹏
李仁辉
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期654-660,共7页
二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的...
二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的全基因组序列,对在此之前的海量短片段序列后期处理及拼接仍是目前基因组研究的盲点,以转座元件为主的重复序列在拼接过程中也存在着不可避免的拼接误差或丢失,给转座元件系统的分析带来不确定。文章旨在建立一套分析流程,对铜绿微囊藻NIES 843全基因组构建的罗氏(Roche)公司454测序随机模拟原始数据集的转座元件(主要类型为插入序列:Insert sequence,IS)组成进行分析,结果表明,采用对核酸探针扫描后备选序列分成3组,并分设氨基酸检测阈值的方案分析得到的结果较为可靠,结果显示铜绿微囊藻NIES843的蓝藻转座元件占基因组比例的10.38%,归属于14个IS家族,66个IS亚家族。与之前基于完整拼接基因组数据的两套不同分析流程得到的结果相比,在丰度及家族/亚家族组成上无显著差异,在转座元件序列水平上也显示了高比例的相似性序列重叠,证实了本研究流程在基于高通量测序原始数据的转座元件分析方面具可靠性及实用性。
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关键词
蓝藻基因组
插入
序
列
IS家族
转座元件
roche454测序原始数据
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职称材料
题名
用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建
被引量：
1
1
作者
陈志森
黄子夏
陈军
柯才焕
机构
厦门大学海洋与地球学院
出处
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期774-781,共8页
基金
国家重点基础研究发展计划(973)项目(2010CB126403)
国家自然科学基金项目(40976093)
福建省青年科技人才创新项目(2008F3098)
文摘
利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordiformis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列;其中189条序列能分辨出其带有的多重标签;插入的平均长度为348bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9%)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.
关键词
转录组
roche
/
454
高通量
测
序
多重标签
PCR抑制效应
Keywords
transcriptome
roche
/4 5 4 pyroseqeuencing
multiplex identifier （MID）
PCR suppression
分类号
Q356.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
基于蓝藻全基因组原始数据的转座元件挖掘及组成分析
2
作者
肖鹏
李仁辉
机构
中国科学院水生生物研究所
中国科学院研究生院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第6期654-660,共7页
基金
淡水生态与生物技术国家重点实验室项目(编号:2011FB17)
国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号:2008CB418002)资助
文摘
二代测序技术及全基因组多样性比较是现代生物学及信息科学研究的热点,对基因组中转座元件(Transposable element)的分析已成为基因组比较分析的重要组成部分。目前对于转座元件的种类、数量和组成的挖掘和分析一般是基于完全拼接后的全基因组序列,对在此之前的海量短片段序列后期处理及拼接仍是目前基因组研究的盲点,以转座元件为主的重复序列在拼接过程中也存在着不可避免的拼接误差或丢失,给转座元件系统的分析带来不确定。文章旨在建立一套分析流程,对铜绿微囊藻NIES 843全基因组构建的罗氏(Roche)公司454测序随机模拟原始数据集的转座元件(主要类型为插入序列:Insert sequence,IS)组成进行分析,结果表明,采用对核酸探针扫描后备选序列分成3组,并分设氨基酸检测阈值的方案分析得到的结果较为可靠,结果显示铜绿微囊藻NIES843的蓝藻转座元件占基因组比例的10.38%,归属于14个IS家族,66个IS亚家族。与之前基于完整拼接基因组数据的两套不同分析流程得到的结果相比,在丰度及家族/亚家族组成上无显著差异,在转座元件序列水平上也显示了高比例的相似性序列重叠,证实了本研究流程在基于高通量测序原始数据的转座元件分析方面具可靠性及实用性。
关键词
蓝藻基因组
插入
序
列
IS家族
转座元件
roche454测序原始数据
Keywords
Cyanobacterial genome
insert sequence
IS family
transposable element
roche
454
sequencing original data
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
用于Roche/454高通量测序的12个多重标签转录组文库的构建
陈志森
黄子夏
陈军
柯才焕
《厦门大学学报（自然科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2012
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于蓝藻全基因组原始数据的转座元件挖掘及组成分析
肖鹏
李仁辉
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
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职称材料
已选择
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