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牛轮状病毒微滴式数字RT-PCR检测方法的建立及初步应用
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作者 谢世斌 郑辉 +6 位作者 沙洲 房琳琳 尼博 张慧 董雅琴 魏荣 崔进 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期44-49,共6页
本研究旨在建立更加灵敏的牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)检测方法,为BRV的病原学调查及畜牧养殖行业疫病防控提供更加准确和灵敏的技术支持。根据BRV VP6基因组序列,利用Oligo7.56软件设计并合成特异性引物与探针,通过优化反应条件... 本研究旨在建立更加灵敏的牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)检测方法,为BRV的病原学调查及畜牧养殖行业疫病防控提供更加准确和灵敏的技术支持。根据BRV VP6基因组序列,利用Oligo7.56软件设计并合成特异性引物与探针,通过优化反应条件,建立检测BRV的微滴式数字RT-PCR方法,同时开展特异性、敏感性和重复性试验,并将建立的方法应用于14份临床样品的检测。结果表明,本研究所建方法的最低检测限为1.83 copies/μL,具有良好的可重复性,与牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛冠状病毒、牛呼吸道合胞体病毒和牛副流感病毒3型均无交叉反应。对14份临床样品进行检测,共检测出4份阳性样品,阳性率为28.57%,检测结果与实时荧光定量RT-PCR检测结果的符合率为100.00%。综上说明,本研究建立的BRV微滴式数字RT-PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,可应用于临床样本的检测,为BRV的诊断和流行病学调查提供了技术支持。 展开更多
关键词 牛轮状病毒 VP6基因 微滴式数字rt-pcr
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蓝舌病新疆分离株VP7蛋白编码基因序列分析及一步法RT-PCR方法的建立
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作者 马晓菁 谷文喜 +5 位作者 叶锋 刘帅 刘丽娅 谢彩云 钟旗 易新萍 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期253-259,共7页
【目的】分析蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,建立蓝舌病新疆分离株一步法RT-PCR方法,为新疆BTV分子流行病学调查及防控提供技术支持。【方法】采用二代测序技术获得新疆分离株S7基因序列,登陆GenBank对序列进行同源性Blas... 【目的】分析蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,建立蓝舌病新疆分离株一步法RT-PCR方法,为新疆BTV分子流行病学调查及防控提供技术支持。【方法】采用二代测序技术获得新疆分离株S7基因序列,登陆GenBank对序列进行同源性Blast比对,用软件MEGA 5.0分析序列差异,根据蓝舌病新疆分离株编码VP7蛋白S7基因保守序列,运用软件Oligo6.0设计引物,对蓝舌病新疆分离株S7基因进行RT-PCR扩增,并验证该方法的特异性及敏感性。【结果】蓝舌病中国新疆分离株编码VP7蛋白S7基因序列与哈尔滨报道BTV分离株S7基因片段相似度较高为89.64%,与中国云南报道BTV-29型分离株、蒙古国BTV分离株S7基因片段相似度分别为87.49%和87.39%;与德国BTV分离株S7基因片段相似度为80.70%,其余均无同源性序列。中国新疆分离株S7基因片段序列与4条同源序列间存在26处核苷酸差异,9处氨基酸差异。【结论】建立的蓝舌病中国新疆分离株S7基因片段一步法RT-PCR方法具有良好的特异性,仅BTV中国新疆分离株扩增获得目的条带,该方法的敏感性为4.0×10^(3)copies/mL。 展开更多
关键词 蓝舌病 VP7蛋白 rt-pcr
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山羊地方性鼻内肿瘤病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用 被引量:2
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作者 李鹏飞 高桂琴 +6 位作者 周广青 吴锦艳 颜新敏 曹小安 何继军 袁莉刚 尚佑军 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2259-2266,共8页
山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在... 山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在,对山羊养殖业造成严重的经济损失。为建立快速、准确且能定量分析ENTV-2的检测方法,本研究根据GenBank上发布的ENTV-2 env基因(MT254061.1)保守区域设计引物和TaqMan探针,建立ENTV-2 TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、重复性与临床检测效果进行验证。结果显示,重组质粒标准品模板浓度为6.30×10^(2)~6.30×10^(7) copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.996 5,扩增效率为110%,线性方程的斜率为-2.953,最低检测限度为6.30×10^(1) copies·μL^(-1);组内变异系数和组间变异系数均小于2%,重复性好;与口蹄疫病毒((foot-and-mouth disease virus, FMDV)、小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus, PPRV)、蓝舌病毒(bluetongue virus)、羊内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses)等均无交叉反应,表明该方法具有很好的特异性。利用本研究所建立的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法对29份临床样品进行检测,该方法较普通PCR方法的检出率更高。综上表明,本研究成功建立了ENTV-2 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法,为ENTV-2的快速诊断和流行病学调查提供技术手段。 展开更多
关键词 山羊地方性鼻内肿瘤病毒 羊内源性逆转录病毒 TAQMAN 荧光定量rt-pcr
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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量rt-pcr方法
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猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法的建立
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作者 于浩洋 王彩霞 +5 位作者 仇松寅 刘晓飞 景宏丽 吴绍强 冯春燕 林祥梅 《中国动物检疫》 CAS 2024年第1期95-101,共7页
猪Linda病毒能引起仔猪先天性震颤,严重危害养猪业的发展,目前在我国暂未发现感染病例。本研究根据猪Linda病毒Core-E~(ms)基因序列,设计并合成巢式RT-PCR引物,通过对退火温度、引物浓度等进行优化,建立了猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方... 猪Linda病毒能引起仔猪先天性震颤,严重危害养猪业的发展,目前在我国暂未发现感染病例。本研究根据猪Linda病毒Core-E~(ms)基因序列,设计并合成巢式RT-PCR引物,通过对退火温度、引物浓度等进行优化,建立了猪Linda病毒巢式RT-PCR检测方法。结果显示,该方法具有良好的特异性,与非洲猪瘟病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪圆环病毒2型均无交叉反应;敏感性好,对慢病毒阳性对照品的最低检出限为10~1 copies/μL,比普通RT-PCR灵敏10倍。使用该方法检测模拟病毒样品,发现最低检出限为10~1 TU/mL,与荧光定量RT-PCR方法一致。本研究首次建立了可检测猪Linda病毒的巢式RT-PCR方法,其特异性强、灵敏度高,为在口岸以及条件有限的场地对猪Linda病毒进行精准且快速的检测提供了有效技术手段,也为防范Linda病毒传入提供了有力技术支撑。 展开更多
关键词 猪Linda病毒 巢式rt-pcr 检测方法 非典型瘟病毒
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非洲马瘟病毒和西尼罗病毒双重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 钱佳豪 刘丹 +8 位作者 周师众 张博源 高建帅 蒋卉 范学政 张广智 丁家波 王春凤 沈青春 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期5873-5879,共7页
本研究旨在建立一种可同时检测非洲马瘟病毒(African horse sickness virus,AHSV)和西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法。根据AHSV VP 7基因序列和WNV Poly Protein基因的高度保守区域设计特异性引物和探针,... 本研究旨在建立一种可同时检测非洲马瘟病毒(African horse sickness virus,AHSV)和西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的双重荧光定量RT-PCR检测方法。根据AHSV VP 7基因序列和WNV Poly Protein基因的高度保守区域设计特异性引物和探针,优化反应条件及体系,绘制标准曲线,对其特异性、敏感性和重复性进行测定,并采用该方法对临床样品进行检测验证。结果显示:该方法能够同时检测AHSV和WNV,且特异性良好,与马动脉炎病毒、马疱疹病毒1型、马传染性贫血病毒、马腺疫链球菌、马流感病毒等马病核酸均无交叉反应;敏感性高,AHSV和WNV最低检测限均为10 copies·μL^(-1);组内变异系数为0.04%~0.93%,组间变异系数为0.17%~4.83%,重复性良好;使用该方法对30份马全血样品进行检测,结果均为阴性。本试验建立的检测方法对马属动物检疫、非洲马瘟和西尼罗热的监测与防控具有重要意义。 展开更多
关键词 双重荧光定量rt-pcr 非洲马瘟病毒 西尼罗病毒
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赤羽病病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 李超 王素春 +5 位作者 隋金钰 潘俊慧 魏世萌 祁倩 周凯钰太 王楷宬 《中国动物检疫》 CAS 2024年第9期111-117,共7页
为建立一种快速、灵敏的赤羽病病毒(Akabanediseasevirus,AKAV)核酸检测方法,以AKAV S基因为靶基因,设计特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应体系和条件,建立了AKAV荧光定量RT-PCR检测方法,随后开展了敏感性、特异性及重复性评估,并... 为建立一种快速、灵敏的赤羽病病毒(Akabanediseasevirus,AKAV)核酸检测方法,以AKAV S基因为靶基因,设计特异性引物和Taq Man探针,通过优化反应体系和条件,建立了AKAV荧光定量RT-PCR检测方法,随后开展了敏感性、特异性及重复性评估,并利用该方法与AKAV检疫行业标准推荐方法同时对临床采集的80份牛羊血液样品进行检测,以检验方法的临床应用效果。结果显示:本研究建立的检测方法敏感性较高,最低检测限为13.4 copies/μL;特异性良好,与口蹄疫病毒、牛冠状病毒、牛结节性皮肤病病毒、牛病毒性腹泻病毒、传染性牛鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒、牛白血病病毒等均无交叉反应;组内试验变异系数为0.93%~2.47%,组间试验为1.25%~2.76%,重复性良好;利用建立的方法从80份临床样品中检出AKAV阳性样品21份,该检测结果与AKAV检疫行业标准推荐方法的符合率为98.75%。结果表明,本研究建立的AKAV荧光定量RT-PCR检测方法敏感性高,特异性及重复性好,适用于赤羽病临床检测,为赤羽病病原学监测和诊断技术标准开发提供了技术支撑。 展开更多
关键词 赤羽病病毒 实时荧光定量rt-pcr 方法建立 初步应用
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韦塞尔斯布朗病病毒RT-PCR快速检测方法的建立及应用
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作者 王奕婷 张风荣 +5 位作者 冯之航 郁蕾 薛俊欣 陈翔 王艳 赵光伟 《中国动物检疫》 CAS 2024年第10期96-101,共6页
为实现对韦塞尔斯布朗病病毒(Wesselsbron virus,WSLV)的快速检测,根据WSLV NS5基因保守序列,设计特异性扩增引物和探针,建立WSLV的TaqMan荧光定量RT-PCR和RT-PCR检测方法,并验证方法的敏感性、特异性及临床可行性。结果显示:所建立的... 为实现对韦塞尔斯布朗病病毒(Wesselsbron virus,WSLV)的快速检测,根据WSLV NS5基因保守序列,设计特异性扩增引物和探针,建立WSLV的TaqMan荧光定量RT-PCR和RT-PCR检测方法,并验证方法的敏感性、特异性及临床可行性。结果显示:所建立的两种方法的核酸检测下限分别为10、100 copies/μL,对日本脑炎病毒、西尼罗病毒和坦布苏病毒核酸均无交叉反应;分别利用建立的两种检测方法对100份入境马匹样品进行检测,未检出WSLV阳性,与南非参考实验室提供的双重荧光RT-PCR检测方法结果一致。结果说明,所建的两种方法敏感性高、特异性强,可用于临床样本检测,为韦塞尔斯布朗病的出入境检验检疫、流行病学调查及防控提供了技术支撑。 展开更多
关键词 韦塞尔斯布朗病病毒 荧光定量rt-pcr rt-pcr 快速检测
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猪支原体肺炎RT-PCR诊断方法的建立和应用 被引量:2
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作者 汪志恒 王景成 +1 位作者 佘志成 王凯 《现代畜牧科技》 2024年第1期6-9,共4页
目的:建立一种猪支原体肺炎RT-PCR诊断方法。方法:选择云南省大理地区患有猪支原体肺炎疾病的60只猪作为研究对象,针对猪肺炎支原体的保守序列p36基因设计了引物和探针,建立猪支原体肺炎RT-PCR检测反应体系,并对其灵敏度、特异性、重复... 目的:建立一种猪支原体肺炎RT-PCR诊断方法。方法:选择云南省大理地区患有猪支原体肺炎疾病的60只猪作为研究对象,针对猪肺炎支原体的保守序列p36基因设计了引物和探针,建立猪支原体肺炎RT-PCR检测反应体系,并对其灵敏度、特异性、重复性进行分析及临床样本验证。结果:RT-PCR检测灵敏度为10^(2)拷贝、与PRRSV、PPV、FMDV、PCV、CSFV、APP等无交叉反应,批内和批间变异系数均小于2.00%,肺组织样本检出阳性数26例(86.67%),鼻拭子样本检出阳性数19例(63.33%)。结论:该研究成功建立了一种猪支原体肺炎RT-PCR诊断方法,具有较高的检测灵敏度和特异性,重复性能良好,这为后期MPS的临床精准诊断和疫病科学防控提供试验依据。 展开更多
关键词 猪支原体肺炎 rt-pcr 灵敏度 特异性
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百合无症病毒的RT-PCR和IC-RT-PCR检测 被引量:43
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作者 王继华 瞿素萍 +2 位作者 孔宝华 陆琳 余朝秀 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第2期148-150,173,共4页
应用DAS-ELISA,RT-PCR和IC-RT-PCR技术检测百合无症病毒(LSV)。结果表明:RT-PCR和IC-RT-PCR分别可从2ng和200ng百合叶片组织中检测出LSV,分别是DAS-ELISA敏感度的1000倍和10倍。百合鳞茎的不同取样部位对PCR检测结果的影响较大,RT-PCR... 应用DAS-ELISA,RT-PCR和IC-RT-PCR技术检测百合无症病毒(LSV)。结果表明:RT-PCR和IC-RT-PCR分别可从2ng和200ng百合叶片组织中检测出LSV,分别是DAS-ELISA敏感度的1000倍和10倍。百合鳞茎的不同取样部位对PCR检测结果的影响较大,RT-PCR难以从鳞片和根部检测出病毒,但IC-RT-PCR可以检测出病毒。 展开更多
关键词 百合 无症病毒 rt-pcr IC-rt-pcr DAS—ELISA 检测技术 切花
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牦牛轮状病毒VP6基因序列分析及RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:36
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作者 周芳 岳华 +3 位作者 张斌 李凡 陈曦 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1465-1473,共9页
轮状病毒(rotavirus,RV)VP6基因是RV的主要分子检测靶点,但该基因的点突变会影响RV的分子检测。本试验的目的是在研究牦牛RVVP6基因遗传变异的基础上,建立检测牦牛RV的RT-PCR方法并应用于临床样本检测。采用Prime 5.0设计引物,从30个牦... 轮状病毒(rotavirus,RV)VP6基因是RV的主要分子检测靶点,但该基因的点突变会影响RV的分子检测。本试验的目的是在研究牦牛RVVP6基因遗传变异的基础上,建立检测牦牛RV的RT-PCR方法并应用于临床样本检测。采用Prime 5.0设计引物,从30个牦牛腹泻样本中扩增得到14个位于931—1 338bp牦牛RVVP6基因片段。序列分析结果发现,与牛轮状病毒(bovine rotavirus,BRV)相比,牦牛RVVP6基因在931—1 110bp间出现多处点突变,而在1 100—1 338bp之间序列高度保守。据此设计检测引物,成功建立了检测牦牛RV的RTPCR方法,具有良好的特异性和稳定性,只扩增出牦牛RV及BRV的特异片段,对其他无关病原无扩增;检测下限为0.45pg·μL^(-1),灵敏性较好。所建立方法对牦牛RV的检出率明显优于现有检测BRV的RT-PCR方法,为牦牛RV病的诊断和流行病学调查提供了可靠的方法;对BRV的检出也与其他方法具有很好的符合率,也可以用于BRV的检测。对234份犊牦牛腹泻粪便样本的RV检出率:西藏为60.00%(36/60)、青海为95.00%(57/60);四川为85.19%(46/54);云南为90.00%(54/60),证明牦牛RV感染是当前导致犊牦牛腹泻的重要原因。 展开更多
关键词 牦牛 轮状病毒 VP6基因 点突变 rt-pcr
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SYBR Green I荧光RT-PCR方法检测禽流感病毒 被引量:13
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作者 刘丽玲 姜永萍 +2 位作者 王秀荣 陈化兰 魏萍 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1189-1193,共5页
为建立检测禽流感病毒(AIV)的SYBR Green I荧光RT-PCR方法,根据AIV的M基因保守区的核苷酸序列设计引物。用4株不同亚型的AIV感染MDCK细胞,收集感染6、12、24、48、72 h的病毒。另外采取169份鸡的泄殖腔拭子和咽喉拭子。对上述样品的M基... 为建立检测禽流感病毒(AIV)的SYBR Green I荧光RT-PCR方法,根据AIV的M基因保守区的核苷酸序列设计引物。用4株不同亚型的AIV感染MDCK细胞,收集感染6、12、24、48、72 h的病毒。另外采取169份鸡的泄殖腔拭子和咽喉拭子。对上述样品的M基因进行检测,试图建立快速检测AIV的SYBR Green I荧光RT-PCR方法,并与普通RT-PCR方法和传统的病毒滴定方法进行比较。结果表明:此次建立的检测AIV的SYBRGreen I荧光RT-PCR方法能检测到感染MDCK细胞后72 h的AIV,对169份泄殖腔拭子和咽喉拭子中的AIV检出率为5.33%(9/169),而普通RT-PCR方法检出率为6.51%(11/169),病毒滴定检出率为5.62(9/160)。对其他病毒(NDVI、BDVI、BV、VA)则未检测到,且整个检测过程只需4 h,表明该方法特异、准确、快速。 展开更多
关键词 禽流感病毒 SYBR Green rtpcr rtpcr 病毒滴定 检测
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RT-PCR方法检测烟草环斑病毒的研究 被引量:21
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作者 孔宝华 蔡红 +3 位作者 陈海如 唐慧 沐咏民 刘进元 《云南农业大学学报》 CAS CSCD 2001年第1期13-15,共3页
根据烟草环斑病毒 (TRSV)外壳蛋白基因非编序列设计的引物P1,P2 ,用感病及健康组织总RNA为模板 ,进行cDNA合成和PCR试验 ,感病组织中扩增出了 6 0 0bp的目的片段 ,而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件 ,建立了RT -PCR检测烟草环... 根据烟草环斑病毒 (TRSV)外壳蛋白基因非编序列设计的引物P1,P2 ,用感病及健康组织总RNA为模板 ,进行cDNA合成和PCR试验 ,感病组织中扩增出了 6 0 0bp的目的片段 ,而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件 ,建立了RT -PCR检测烟草环斑病毒 (TRSV)的方法。 展开更多
关键词 烟草 环斑病毒 rt-pcr 检测方法 外壳蛋白基因非编序列设计
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定量RT-PCR及其在植物学研究中的应用 被引量:15
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作者 胡丹丹 顾金刚 +1 位作者 姜瑞波 董金皋 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期520-525,共6页
定量RT-PCR(Quantitative reverse transcriptase-PCR)是在反转录和定量PCR的基础上发展起来的一种特异性检测基因表达的技术。主要包括相对定量RT-PCR(Relative quantitative RT-PCR)、竞争性定量RT-PCR(Competitive quan-titative RT-... 定量RT-PCR(Quantitative reverse transcriptase-PCR)是在反转录和定量PCR的基础上发展起来的一种特异性检测基因表达的技术。主要包括相对定量RT-PCR(Relative quantitative RT-PCR)、竞争性定量RT-PCR(Competitive quan-titative RT-PCR)、比较定量RT-PCR(Comparative quantitative RT-PCR)和实时定量RT-PCR(Real time quantitative RT-PCR)四种。目前定量RT-PCR在植物学研究中的应用越来越广泛,如植物营养学研究、植物发育学研究、植物抗逆机理研究、转基因植物的检测、病原菌的检测、植物与微生物互作机理研究、植物抗病性检测等方面。本文综述了定量RT-PCR的原理及在植物学中的应用。 展开更多
关键词 相对定量rtpcr 竞争性定量rt-pcr 比较定量rt-pcr 实时定量rt-pcr 植物学
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用RT-PCR法检测食品中诺沃克样病毒 被引量:9
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作者 陈广全 饶红 +2 位作者 张惠媛 付溥博 冯骞 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期106-112,共7页
使用RTPCR法对贝类样品中的诺沃克样病毒进行了检测。对食品中不同的病毒富集方法进行了研究,评价了CHCl3和Frezon去除RTPCR抑制剂的效果,筛选出最佳的病毒富集方法即2次PEG6000(终浓度12%PEG6000,03mol/LNaCl)沉降病毒,并使用CHCl3除去... 使用RTPCR法对贝类样品中的诺沃克样病毒进行了检测。对食品中不同的病毒富集方法进行了研究,评价了CHCl3和Frezon去除RTPCR抑制剂的效果,筛选出最佳的病毒富集方法即2次PEG6000(终浓度12%PEG6000,03mol/LNaCl)沉降病毒,并使用CHCl3除去RTPCR抑制剂。此富集方法的回收率为135%。另外,对不同的RNA提取方法的灵敏度进行了比较,最终确认硅胶膜法为简便、快速、有效的RNA提取方法。并且,使用了Superscript反转录酶进行反转录,提高了检测的灵敏度。选用了289和290混合引物进行食品中NLVs的检测,这一引物组合可同时检测Ⅰ型和Ⅱ型NLVs,扩增出1个319bp的特异性片段。通过以上条件的优化,建立了通过RTPCR检测贝类中NLVs的有效方法。该方法的NLVs最低检出限为10×103RT-PCR50/15g。对32件贝类样品进行了NLVs的检测,其中2份毛蚶中被检出NLVs。 展开更多
关键词 诺沃克样病毒 rt-pcr CHC 检出 抑制剂 食品 检测 贝类 RNA提取方法 引物
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马Toll样受体表达水平SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立 被引量:12
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作者 赵一萍 白东义 +3 位作者 李蓓 黄金龙 张宇宏 芒来 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期220-227,共8页
旨在建立一种检测马Toll样受体(TLRs)mRNA表达水平的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR(Rverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)方法。参照GenBank中马TLRs的基因序列保守区设计特异性引物,以马β肌动蛋白(β-actin)mRNA为内参,建... 旨在建立一种检测马Toll样受体(TLRs)mRNA表达水平的SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR(Rverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)方法。参照GenBank中马TLRs的基因序列保守区设计特异性引物,以马β肌动蛋白(β-actin)mRNA为内参,建立荧光定量RT-PCR方法。结果,扩增曲线在1×102~1×108copies.μL-1范围内有很好的线性关系,扩增相关系数在0.990以上,扩增效率在1.0左右。熔解曲线分析表明,产物为特异单峰,无引物二聚体,具有较高的特异性和灵敏度。重复性结果表明,该方法的组内、组间变异系数均小于3.50%,重复性较好。临床样品检测结果表明,TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR6、TLR7、TLR8和TLR9在骨髓中均有表达,其中TLR4mRNA表达水平最高,TLR9mRNA表达水平最低。本研究建立的检测方法能够成功用于临床样品的检测,为研究马匹TLRs在mRNA水平的定量分析提供技术平台。 展开更多
关键词 TOLL样受体 骨髓 SYBR Green 荧光定量rt-pcr
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兔出血症病毒RT-PCR检测方法的建立及其临床应用 被引量:15
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作者 胡波 魏后军 +5 位作者 王芳 范志宇 徐鹏 徐为中 薛家宾 何孔旺 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1442-1446,共5页
本研究旨在建立检测兔群鼻拭子中兔出血症病毒(RHDV)的RT-PCR方法,研究健康免疫兔群是否存在携带RHDV现象。根据GenBank上公布的RHDVvp60基因保守序列,设计了1对特异性引物,经cDNA的合成和PCR扩增,目的片段大小为591bp。结果表明该方法... 本研究旨在建立检测兔群鼻拭子中兔出血症病毒(RHDV)的RT-PCR方法,研究健康免疫兔群是否存在携带RHDV现象。根据GenBank上公布的RHDVvp60基因保守序列,设计了1对特异性引物,经cDNA的合成和PCR扩增,目的片段大小为591bp。结果表明该方法能检出最小RNA浓度为2.40ng·μL-1,敏感性为血凝试验(HA)的8×103倍。通过对自5个省采集的168份健康免疫兔鼻拭子样品进行检测,结果显示,阳性样品为22份,阳性率为13.09%。试验表明:RT-PCR方法能快速、敏感地从健康免疫兔鼻拭子样品中检出RHDV,提示健康免疫兔群存在携带RHDV的现象,该方法适合临床进行大规模病原学检测和兔群携带病毒的调查,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 兔出血症病毒 rt-pcr 鼻拭子 病毒携带
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猪瘟病毒实时荧光定量RT-PCR的建立及其对人工感染猪体内猪瘟病毒的检测 被引量:11
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作者 赵建军 成丹 +6 位作者 李娜 史子学 孙元 赵和平 朱庆虎 涂长春 仇华吉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期685-693,共9页
本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在10^8-10^... 本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。该方法在10^8-10^1范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10拷贝/μL的病毒核酸,与本实验室建立的RT-套式PCR(RT-nPCR)具有相近的敏感性,二者对152份不同样品检测符合率达94.7%。应用本方法对人工感染10^6TCID50猪瘟石门强毒的猪只感染后0-14 d全血中猪瘟病毒RNA进行了定量检测,揭示了猪瘟病毒在猪体内复制的动态变化,证实了感染猪临床表现与病毒滴度存在明显的时间相关性。此外发现,在同居感染猪出现猪瘟临床症状前3-4 d可从其全血中检出病毒RNA。 展开更多
关键词 猪瘟病毒 荧光定量rt-pcr TaqMan荧光探针 rt-npcr
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实时RT-PCR检测存活于乳中的单核细胞增多性李斯特菌 被引量:15
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作者 闫冰 姜毓君 +3 位作者 曲妍妍 毕宇涵 相丽 赵凤 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第2期292-296,共5页
单增李斯特菌是一种可在低温下生长、能引起人畜共患病的食源性致病菌。为克服传统PCR检测的假阳性问题,有效的检测单增李斯特活菌,本研究提取单增李斯特菌的总RNA并进行反转录,以单增李斯特菌的必要毒力基因hlyA为靶基因,设计特异性引... 单增李斯特菌是一种可在低温下生长、能引起人畜共患病的食源性致病菌。为克服传统PCR检测的假阳性问题,有效的检测单增李斯特活菌,本研究提取单增李斯特菌的总RNA并进行反转录,以单增李斯特菌的必要毒力基因hlyA为靶基因,设计特异性引物和TaqMan探针进行实时PCR检测,研究了检测的特异性和灵敏度,考查了对人工污染牛乳进行检测的应用性。结果表明,所用引物和探针能较好的扩增目的基因,而对其他食源性致病菌无交叉反应。单增李斯特菌经1h增菌,可检出3×102CFU/ml。而经3h增菌,活菌检测限可达30CFU/ml。人工污染牛乳样品经6h增菌,检测限为17CFU/ml。此方法可应用于乳中单增李斯特菌的快速检测和污染状况调查。 展开更多
关键词 实时rt-pcr 单增李斯特菌 hlyA 人工污染乳 活菌
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荧光定量RT-PCR检测鸡CD4、CD8基因表达水平 被引量:9
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作者 岳华 黄兴 +4 位作者 杨发龙 李明义 范根成 马莉 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期784-790,共7页
白细胞分化抗原CD4和CD8在机体免疫应答及其信号传递过程中发挥着重要作用。本试验建立了定量检测鸡CD4和CD8 mRNA表达水平的SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)方法,并采用该方法对26-50日龄商品鸡外周血淋巴细胞(PBL)中CD4... 白细胞分化抗原CD4和CD8在机体免疫应答及其信号传递过程中发挥着重要作用。本试验建立了定量检测鸡CD4和CD8 mRNA表达水平的SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)方法,并采用该方法对26-50日龄商品鸡外周血淋巴细胞(PBL)中CD4和CD8 mRNA表达水平进行了检测。结果显示:所建立的RRT-PCR对CD4和CD8 mRNA的扩增效率分别为93%和91%;线性范围分别在10^-4-10^-9和10^-3-10^-9;相关系数分别为0.998 0和0.999 9;最低分别能检测105和120拷贝;熔解曲线分别在78.2和86.7℃附近出现1个单特异峰;组内变异系数分别在1.13%-2.15%和1.17%-3.68%,组间变异系数分别在1.16%-3.25%和1.66%-2.86%。26-50日龄鸡PBL CD4和CD8的mRNA表达水平有小幅波动,与采用流式细胞术检测结果的报道一致。本试验建立的RRT-PCR方法敏感性高、稳定性和再现性好,为检测鸡CD4、CD8基因表达水平提供了精确定量的新方法。 展开更多
关键词 荧光定量rt-pcr CD4 CD8 MRNA
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