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桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析
被引量：
6
1
作者
方荣俊
戚金亮
+8 位作者
扈冬青
赵卫国
汪伟
张林
刘利
潘刚
沈兴家
潘一乐
杨永华
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期581-586,共6页
基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克...
基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。
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关键词
桑树
CDNA文库
rna转录5′末端转换
表达序列标签
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职称材料
柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序
被引量：
5
2
作者
夏润玺
李玉萍
+5 位作者
王欢
李喜升
刘彦群
秦利
姜德富
鲁成
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期528-532,共5页
采用RNA转录5′末端转换（SMART）技术构建了柞蚕（Antheraea pernyi）蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×10^5个独立克隆,插入片段长800-2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签（EST）测...
采用RNA转录5′末端转换（SMART）技术构建了柞蚕（Antheraea pernyi）蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×10^5个独立克隆,插入片段长800-2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签（EST）测序,有效序列为250条,根据EST测序结果计算文库重组率达95%。经序列拼接得到175个unigenes,通过序列比对发现其中97个unigenes与GenBank中的已知基因高度同源,且有88条全长序列,基因的完整性比率达90%。在随机EST测序中获得了具有5′端和3′端非编码区的延伸因子-1α基因（Gen-Bank登录号：FJ788508）,该基因cDNA全长1743 bp,有一个1392 bp的开放阅读框,编码含463个氨基酸残基的蛋白,蛋白的理论分子质量为50.4 kD,等电点8.96。EST测序分析表明,柞蚕蛹cDNA文库符合构建基因文库的质量要求,该文库的构建将有助于柞蚕功能基因的克隆和研究。
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关键词
柞蚕
CDNA文库
rna转录5′末端转换
表达序列标签
延伸因子-1α(EF-1α)
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职称材料
题名
桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析
被引量：
6
1
作者
方荣俊
戚金亮
扈冬青
赵卫国
汪伟
张林
刘利
潘刚
沈兴家
潘一乐
杨永华
机构
江苏科技大学生物与环境工程学院
中国农业科学院蚕业研究所
南京大学生命科学学院
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第4期581-586,共6页
基金
国家科技基础条件平台工作子项目(编号2005DKA21002-09)
国家"十一五"科技支撑计划项目(编号2006BAD06-B03)
+2 种基金
博士后科学基金项目(编号20060400926
0602004-C)
公益性行业(农业)科研专项(编号nyhyzx07-020-02)
文摘
基于为鉴定和克隆桑树功能基因提供基础信息的目的,采用RNA转录5′末端转换(SMART)法构建了桑树幼叶全长cDNA文库。该文库容量为1.02×106pfu/mL,重组率95%,符合构建基因文库的质量要求。从构建的桑树幼叶cDNA文库中随机挑取48个克隆进行表达序列标签(EST)测序,有效序列为32条,经UniGene数据库归并后为32条,UniGene比率为100%;与NCBI核酸数据库进行比对、查询和注释,在32条序列中有29条序列具有同源性,其中16条为全长序列,完整性比率为55.2%;初步发现具有已知功能基因的ESTs 6个,具有推测功能基因的ESTs 5个,未命名或未知功能基因的ESTs 21个。
关键词
桑树
CDNA文库
rna转录5′末端转换
表达序列标签
Keywords
Morus L
cDNA library
SMART method
Expressed sequence tags
分类号
S888.2 [农业科学—特种经济动物饲养]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序
被引量：
5
2
作者
夏润玺
李玉萍
王欢
李喜升
刘彦群
秦利
姜德富
鲁成
机构
沈阳农业大学生物科学技术学院
辽宁省蚕业科学研究所
西南大学农业部蚕桑学重点开放实验室
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第3期528-532,共5页
基金
国家自然科学基金项目(编号30800803)
现代农业产业技术体系建设专项
+2 种基金
公益性行业(农业)科研专项(编号nyhyzx07-02-017)
辽宁省教育厅高校科研项目(编号2008643)
沈阳农业大学青年教师科研基金项目(编号20070112)
文摘
采用RNA转录5′末端转换（SMART）技术构建了柞蚕（Antheraea pernyi）蛹的全长cDNA文库。所构建cDNA文库的容量为5×10^5个独立克隆,插入片段长800-2500 bp,且90%的插入片段大于1 kb。随机挑取288个克隆进行表达序列标签（EST）测序,有效序列为250条,根据EST测序结果计算文库重组率达95%。经序列拼接得到175个unigenes,通过序列比对发现其中97个unigenes与GenBank中的已知基因高度同源,且有88条全长序列,基因的完整性比率达90%。在随机EST测序中获得了具有5′端和3′端非编码区的延伸因子-1α基因（Gen-Bank登录号：FJ788508）,该基因cDNA全长1743 bp,有一个1392 bp的开放阅读框,编码含463个氨基酸残基的蛋白,蛋白的理论分子质量为50.4 kD,等电点8.96。EST测序分析表明,柞蚕蛹cDNA文库符合构建基因文库的质量要求,该文库的构建将有助于柞蚕功能基因的克隆和研究。
关键词
柞蚕
CDNA文库
rna转录5′末端转换
表达序列标签
延伸因子-1α(EF-1α)
Keywords
Antheraea pernyi
cDNA library
Switching mechanism at
5′
end of
rna
transcript
Expressed sequence tag
Elongation factor-1α（EF-1α）
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
桑树幼叶cDNA文库的构建及部分表达序列标签分析
方荣俊
戚金亮
扈冬青
赵卫国
汪伟
张林
刘利
潘刚
沈兴家
潘一乐
杨永华
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2008
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
柞蚕蛹全长cDNA文库的构建和随机EST测序
夏润玺
李玉萍
王欢
李喜升
刘彦群
秦利
姜德富
鲁成
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2009
5
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职称材料
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