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lincRNA-BBOX1-2在胃癌组织中的表达及临床意义 被引量:2
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作者 孙颖 胡梅洁 +3 位作者 顾玮 李健 王吉 郑雄 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1178-1182,共5页
目的·研究胃癌组织细胞中长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)lincRNA-BBOX1-2的表达对于胃癌诊断及预后判断的价值。方法·实时定量PCR检测45例胃癌组织及癌旁正常组织中lincRNA-BBOX1-2的表达水平,分析lincRNAB... 目的·研究胃癌组织细胞中长链非编码RNA(long-chain non-coding RNA,lncRNA)lincRNA-BBOX1-2的表达对于胃癌诊断及预后判断的价值。方法·实时定量PCR检测45例胃癌组织及癌旁正常组织中lincRNA-BBOX1-2的表达水平,分析lincRNABBOX1-2的表达水平与胃癌患者临床病理特征及预后的关系。结果·胃癌组织中lincRNA-BBOX1-2的表达水平高于癌旁正常组织(3.291±0.274 vs 1.125±0.075,P=0.000);胃癌组织中lincRNA-BBOX1-2的表达水平与肿瘤有/无淋巴结转移(P=0.005,r=0.172)及TNM分期(P=0.013,r=0.137)呈正相关。受试者工作特征曲线分析结果显示:lincRNA-BBOX1-2在预测胃癌发生时,其曲线下面积(area under the curve,AUC)值为0.916(95%CI 0.859~0.972);lincRNA-BBOX1-2在预测胃癌有/无淋巴结转移时,其AUC值为0.720(95%CI 0.565~0.875)。结论·胃癌组织中lincRNA-BBOX1-2的表达水平上调与胃癌的临床病理特征密切相关。lincRNA-BBOX1-2可能成为一个新的胃癌诊断分子标志物。 展开更多
关键词 长链非编码rna lincrna-BBOX1-2 胃癌 TNM分期
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乏情和发情初产母猪下丘脑–垂体–卵巢轴中lincRNAs表达谱比较分析 被引量:3
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作者 任巧玲 张家庆 +7 位作者 陆东锋 王璟 陈俊峰 马强 白献晓 郭红霞 高彬文 邢宝松 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期388-402,共15页
初产母猪断奶后能否正常发情对养猪生产影响重大,也是初产母猪被淘汰的主要原因。本研究以乏情和发情初产母猪为研究对象,首次利用RNA-seq技术对其下丘脑-垂体-卵巢轴中的基因间长链非编码RNAs(long intergenic noncoding RNAs,lincRNAs... 初产母猪断奶后能否正常发情对养猪生产影响重大,也是初产母猪被淘汰的主要原因。本研究以乏情和发情初产母猪为研究对象,首次利用RNA-seq技术对其下丘脑-垂体-卵巢轴中的基因间长链非编码RNAs(long intergenic noncoding RNAs,lincRNAs)进行筛选比较,得到lincRNAs的表达图谱,并对其特征和功能进行了初步分析。结果显示,在乏情和发情初产母猪下丘脑–垂体–卵巢轴中鉴定得到3519个lincRNAs,以发情组为对照共有17个lincRNAs存在差异表达,其中12个表达上调,5个表达下调(FC≥2,P<0.05)。选择4个差异表达的lincRNAs经qRT-PCR验证,其表达水平与测序结果基本一致。对这17个差异表达的lincRNAs进行GO分析、KEGG通路分析及lincRNA-mRNA共表达网络分析,发现这些lincRNAs主要与猪卵母细胞减数分裂成熟、卵巢细胞分化及颗粒细胞凋亡等生殖活动相关。本研究结果丰富了猪lincRNAs数据资源,为进一步深入研究初产母猪的生殖机能提供了理论依据。 展开更多
关键词 lincrnas 乏情 发情 初产母猪 下丘脑–垂体–卵巢轴
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绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联LincRNA uc431+的表达研究 被引量:11
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作者 李生强 许惠娟 +3 位作者 陈娟 谢丽华 谢冰颖 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期966-971,共6页
目的探讨lincRNA uc431+与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,POP)肾阴虚证的关系及其二级结构特征。方法在前期研究证实了CLCF1是POP肾阴虚证的重要关联基因,并在血液lncRNA芯片检测中筛选了POP肾阴虚证的特异lincRNAs,本... 目的探讨lincRNA uc431+与绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,POP)肾阴虚证的关系及其二级结构特征。方法在前期研究证实了CLCF1是POP肾阴虚证的重要关联基因,并在血液lncRNA芯片检测中筛选了POP肾阴虚证的特异lincRNAs,本文采用blat软件对靶基因为CLCF1的lncRNA进行分析;采用分析软件RNAfold对lncRNA及其二级结构进行预测;随机选择绝经后骨质疏松症患者,中医辨证分型为肾阴虚证组25例,健康绝经后妇女25例设为正常对照组。用定量PCR技术检测绝经后骨质疏松症肾阴虚证组、对照组外周血lincRNA uc431+及CLCF1的表达水平。结果 blat软件预测lincRNA uc431+的靶基因为CLCF1,相关系数为-0.8192(P=0.0069);RNAfold软件预测发现lincRNA uc431+有多个茎环结构;实时荧光定量PCR结果表明,POP肾阴虚证组CLCF1 mRNA表达水平明显低于对照组(P<0.01),lincRNA uc431+在POP肾阴虚证组中表达出现降低,与对照组相比,差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 lincRNA uc431+的表达下调可能与绝经后骨质疏松症肾阴虚证相关联。 展开更多
关键词 中医中药 绝经后骨质疏松症 肾阴虚证 lincrna
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有氧运动介导lincRNA-ROR靶向Wnt/β-catenin信号通路对脑缺血后神经血管单元的机制研究 被引量:3
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作者 张宇 陈伟 +1 位作者 毛海峰 陈嘉勤 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2019年第2期47-53,共7页
为检测lincRNA-ROR在脑缺血后脑组织中的基因表达,并探讨有氧运动干预下lincRNA-ROR通过Wnt/β-catenin通路对脑缺血后神经血管单元的改善作用机制,构建慢性脑缺血模型小鼠20只,随机分成有氧运动跑台组(TM)和模型组(M),并设假手术组(SO)... 为检测lincRNA-ROR在脑缺血后脑组织中的基因表达,并探讨有氧运动干预下lincRNA-ROR通过Wnt/β-catenin通路对脑缺血后神经血管单元的改善作用机制,构建慢性脑缺血模型小鼠20只,随机分成有氧运动跑台组(TM)和模型组(M),并设假手术组(SO),每组10只。通过神经行为学评估、ELISA酶联免疫法、Nissl染色及qRT-PCR技术研究有氧运动介导下小鼠脑缺血后神经血管单元的变化。神经行为学评估显示构模小鼠脑组织损伤得分显著增加(P<0.01);运动干预后,脑组织损伤得分M>TM>SO。M组血清中NSE和S100B含量显著增加(P<0.01); TM组BDNF含量上升(P<0.01)。M组脑组织神经元结构出现大面积损伤,核固缩、空泡、核深染严重,TM组优于M组。相比M组,TM组中Wnt5a和β-catenin mRNA表达上升; GSK-3β及lincRNA-ROR mRNA明显下降(P<0.01)。说明有氧运动干预能抑制linc-ROR高表达,促进Wnt/β-catenin信号通路发挥调控作用,调节神经元分化和微血管发生,缓解或减轻缺血后脑损伤症状。 展开更多
关键词 有氧运动 长链非编码rna WNT/Β-CATENIN 脑缺血 神经血管单元
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LincRNA-p21敲减对胃癌细胞生长和转移的影响及其作用机制 被引量:2
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作者 徐建国 曹洪涛 +4 位作者 张子龙 冀保妍 王春秋 李生栋 刘国庆 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期266-273,共8页
目的:探讨LincRNA-p21敲减对胃癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响,并阐明其作用机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测胃癌组织、癌旁组织以及3种胃癌细胞(MGC-803、MKN-45和SGC-790)和正常胃黏膜上皮细胞GES-1中LincRNA-... 目的:探讨LincRNA-p21敲减对胃癌细胞增殖、迁移与侵袭的影响,并阐明其作用机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)法检测胃癌组织、癌旁组织以及3种胃癌细胞(MGC-803、MKN-45和SGC-790)和正常胃黏膜上皮细胞GES-1中LincRNA-p21 mRNA表达水平。以MGC-803细胞作为研究对象,实验分为sh-NC组、sh-LincRNA-p21组和AG490+sh-LincRNA-p21组。sh-NC组MGC-803细胞采用慢病毒感染sh-NC;sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞采用慢病毒感染sh-LincRNA-p21;AG490+sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞采用慢病毒感染sh-LincRNA-p21后,再采用10μg·L^-1 AG490处理细胞。采用5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(EdU)掺入法检测各组MGC-803细胞EdU掺入百分比,CCK-8法检测各组MGC-803细胞活性,Transwell法检测各组MGC-803细胞迁移数和侵袭数,Western blotting法检测sh-NC组和sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞中p-JAK1、p-STAT3和p-STAT5蛋白表达水平。将sh-NC组和sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞移植入BALB/c裸鼠颈部皮下成瘤,检测瘤体体积和质量。结果:与癌旁组织比较,胃癌组织中LincRNA-p21 mRNA表达水平明显降低(P<0.01);与GES-1细胞比较,MGC-803、MKN-45和SGC-790细胞中LincRNA-p21表达水平均明显降低(P<0.01)。与sh-NC组比较,sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞EdU掺入百分比、细胞活性、细胞迁移数和侵袭数、p-JAK1、p-STAT3和p-STAT5蛋白表达水平均明显升高(P<0.05或P<0.01);与sh-LincRNA-p21组小鼠比较,AG490+sh-LincRNA-p21组MGC-803细胞活性、细胞迁移数和侵袭数均明显降低(P<0.05或P<0.01)。裸鼠成瘤实验,与sh-NC组比较,sh-LincRNA-p21组小鼠瘤体体积和质量均明显增加(P<0.05或P<0.01)。结论:敲减LincRNA-p21可明显促进胃癌细胞的生长与转移,且该促进作用可能与其促进JAK-STAT信号通路活性有关。 展开更多
关键词 lincrna-p21 胃肿瘤 JAK-STAT信号通路 细胞增殖 细胞迁移 细胞侵袭
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miRNAs调控lincRNAs的生物信息学预测与功能分析 被引量:3
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作者 樊春燕 魏强 +1 位作者 郝志强 李广林 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1226-1234,共9页
基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚... 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚不清楚。Micro RNAs(mi RNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水平介导基因沉默的21 nt左右的内源性单链小非编码RNAs分子,通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。目前mi RNAs的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因,而对于靶标为非编码RNAs的研究较少,尤其在植物中的研究更为少见。为了系统挖掘植物中linc RNAs的功能,文章整合mi RNAs数据、c DNAs数据和降解组数据,利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana)337个成熟mi RNAs在2708个linc RNAs上的可能结合位点,构建了mi RNAs-m RNAs-linc RNAs调控网络,并根据竞争性内源(ce RNA)假说预测linc RNAs的功能,为进一步阐明植物中mi RNAs对linc RNAs的调控机制以及linc RNAs的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 微小rnaS 基因间长链非编码rnas 降解组 靶标
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乙型肝炎功能性治愈新药:聚焦反义寡核苷酸和小干扰RNA 被引量:1
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作者 梁携儿 刘智泓 侯金林 《临床肝胆病杂志》 北大核心 2025年第1期7-14,共8页
在乙型肝炎治疗领域,现有的核苷(酸)类似物以及聚乙二醇干扰素在功能性治愈方面的疗效较为有限。最近,反义寡核苷酸与小干扰RNA等小核酸药物以全新的作用机制和令人瞩目的早期临床研究疗效,为乙型肝炎的功能性治愈带来了前所未有的突破... 在乙型肝炎治疗领域,现有的核苷(酸)类似物以及聚乙二醇干扰素在功能性治愈方面的疗效较为有限。最近,反义寡核苷酸与小干扰RNA等小核酸药物以全新的作用机制和令人瞩目的早期临床研究疗效,为乙型肝炎的功能性治愈带来了前所未有的突破性进展。反义寡核苷酸和小干扰RNA等小核酸药物可降低HBsAg水平甚至HBsAg转阴。随着HBsAg的减少,可能部分恢复机体的乙型肝炎特异性免疫功能,并可能将单纯的HBsAg清除进一步转化为减少乙型肝炎相关肝脏事件等具有临床价值的硬终点。紧密结合新药背景下HBsAg的动态变化轨迹,进一步优化联合治疗的策略与方案,有望将乙型肝炎功能性治愈转化为提升患者生存率及显著改善其生活质量的最终目标。 展开更多
关键词 乙型肝炎 寡核苷酸类 反义 rna 小分子干扰 乙型肝炎表面抗原 功能性治愈
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lncRNA FGD5-AS1调节miR-133a-3p/SPAG5轴对胃癌细胞迁移和侵袭的影响 被引量:1
8
作者 陈远航 何朗 +2 位作者 谭卯 徐毅 李霞 《中国医科大学学报》 北大核心 2025年第5期401-406,共6页
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)FGD5-AS1调节miR-133a-3p/SPAG5轴对胃癌细胞迁移和侵袭的影响。方法用实时定量PCR检测胃癌组织和邻近非肿瘤组织、正常人胃上皮细胞系GES-1及胃癌细胞系(MKN-28和NCI-N87、HGC-27、AGS)中FGD5-AS1、miR-1... 目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)FGD5-AS1调节miR-133a-3p/SPAG5轴对胃癌细胞迁移和侵袭的影响。方法用实时定量PCR检测胃癌组织和邻近非肿瘤组织、正常人胃上皮细胞系GES-1及胃癌细胞系(MKN-28和NCI-N87、HGC-27、AGS)中FGD5-AS1、miR-133a-3p、SPAG5 mRNA表达水平;用CCK-8法、EdU染色检测细胞增殖;用Transwell实验检测细胞侵袭;用划痕实验检测细胞迁移能力;用Western blotting检测增殖蛋白Ki-67、SPAG5、迁移侵袭增强子因子1(MIEN1)、基质金属蛋白酶(MMP)-9蛋白表达水平;用双萤光素酶实验验证miR-133a-3p与FGD5-AS1、SPAG5的关系。结果在胃癌组织及胃癌细胞系中,FGD5-AS1、SPAG5 mRNA表达水平明显升高,miR-133a-3p则明显降低(P<0.05)。干扰FGD5-AS1可上调miR-133a-3p表达,下调SPAG5表达,抑制MKN-28细胞恶性行为;抑制miR-133a-3p表达逆转了干扰FGD5-AS1对MKN-28细胞恶性行为的作用。结论干扰lnc-RNA FGD5-AS1通过上调miR-133a-3p/SPAG5轴抑制胃癌细胞迁移和侵袭。 展开更多
关键词 长链非编码rna FGD5-AS1 miR-133a-3p/SPAG5轴 胃癌 迁移 侵袭
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昆虫中纳米颗粒介导的RNA干扰:研究进展与展望 被引量:1
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作者 刘吉升 林显锋 陈伟健 《昆虫学报》 北大核心 2025年第6期849-861,共13页
RNA干扰(RNA interference,RNAi)由于其高度保守、特异性强、操作简单和沉默高效等优点,已广泛应用于昆虫的基因功能研究和选择性控制农业害虫的新生物策略开发中。但是RNAi在害虫防治的实际应用中也面临了挑战,其中RNAi效率是最主要的... RNA干扰(RNA interference,RNAi)由于其高度保守、特异性强、操作简单和沉默高效等优点,已广泛应用于昆虫的基因功能研究和选择性控制农业害虫的新生物策略开发中。但是RNAi在害虫防治的实际应用中也面临了挑战,其中RNAi效率是最主要的制约因素。本综述对RNAi分子机制的3个主要通路、核酸酶对双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)稳定性和RNAi效率的影响以及利用纳米颗粒材料包裹与递送dsRNA的研究进展进行了归纳与探讨,对通过抑制昆虫体内核酸酶活性并结合目标基因的dsRNA来进一步提高RNAi效率进行了展望,以期为基于纳米颗粒的害虫生物防治和绿色杀虫剂开发提供参考。dsRNA的稳定性是限制昆虫中RNAi效率的主要因素之一,将dsRNA与不同纳米颗粒结合形成聚合物,可增加dsRNA在昆虫体内的稳定性,提高RNAi效率。在RNAi应用中,不同纳米颗粒为RNAi提供了多种dsRNA递送方式。纳米颗粒以其安全、低毒、成本低廉、生物相容性好和RNAi效率高等优点,已经成为国内外研究的热点,被越来越多地应用于昆虫的RNAi研究中,在害虫防治与绿色杀虫剂开发中展现出巨大的潜力和价值。今后,应加强纳米材料功能化设计、低成本生产工艺研发及生态风险评估体系构建,以推动RNAi技术在农业中的实际应用与可持续发展。 展开更多
关键词 昆虫 基因沉默 rna干扰 双链rna 纳米颗粒 害虫防治
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LincRNA AC027700.1在小鼠蜕膜化中的表达研究 被引量:2
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作者 谭丽萍 高茹菲 +4 位作者 尹鑫 陈雪梅 李方方 袁柳 何俊琳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期168-177,共10页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于200 nt、不具有蛋白编码潜能的RNA分子。在细胞生长发育、物质代谢以及疾病等的发生发展过程中起关键调控作用,但在蜕膜化相关领域研究报道较少。为了探究lincRNA AC027700.1... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度大于200 nt、不具有蛋白编码潜能的RNA分子。在细胞生长发育、物质代谢以及疾病等的发生发展过程中起关键调控作用,但在蜕膜化相关领域研究报道较少。为了探究lincRNA AC027700.1在早孕小鼠子宫内膜中的表达规律,初步探讨AC027700.1在小鼠蜕膜化中的作用,本研究利用qRT-PCR检测AC027700.1在小鼠孕第6 d胚胎着床点及着床旁子宫组织中的表达;构建了假孕小鼠体内人工诱导蜕膜化模型和原代小鼠子宫内膜基质细胞体外诱导蜕膜化模型,qRT-PCR检测AC027700.1在人工诱导蜕膜化的组织和细胞中的表达;通过分离细胞核、细胞质RNA,qRT-PCR检测AC027700.1在胞核和胞质中的相对表达水平;利用GOseq和KOBAS软件对AC027700.1下游靶基因进行GO和KEGG分析。结果表明,AC027700.1在小鼠孕第6 d着床点子宫组织中的表达显著高于着床旁;AC027700.1在成功诱导蜕膜化的子宫内膜组织及细胞中的表达显著高于未诱导的组织及细胞;AC027700.1主要定位于细胞核内;AC027700.1下游靶基因主要富集于自噬通路、细胞周期以及RNA转运等通路。本研究初步揭示了lincRNA AC027700.1可能与早孕子宫内膜蜕膜化有关,但具体作用及调节机制还有待进一步研究。 展开更多
关键词 lincrna AC027700.1 蜕膜化 子宫内膜 着床
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lincRNA-p21通过STAT3信号抑制结直肠癌HCT116细胞增殖 被引量:2
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作者 朱克祥 张正聪 +2 位作者 袁得峰 吕鹏飞 白小平 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期797-803,共7页
目的:研究基因间区长链非编码RNA-p21(lincRNA-p21)通过STAT3信号通路对结直肠癌HCT116细胞生长抑制的影响。方法:通过细胞转染法构建lincRNA-p21过表达的人结直肠癌细胞株HCT116,转染空载体pcDNA3.1作为阴性对照组。转染后采用RT-qPCR... 目的:研究基因间区长链非编码RNA-p21(lincRNA-p21)通过STAT3信号通路对结直肠癌HCT116细胞生长抑制的影响。方法:通过细胞转染法构建lincRNA-p21过表达的人结直肠癌细胞株HCT116,转染空载体pcDNA3.1作为阴性对照组。转染后采用RT-qPCR法检测细胞中lincRNA-p21的水平,分别采用MTT法和平板集落形成实验检测细胞的活力和增殖情况,采用Western blot法测定细胞中STAT3和磷酸化STAT3(p-STAT3)的蛋白水平。用STAT3信号通路激活剂SD19处理lincRNA-p21过表达的HCT116细胞,Western blot检测STAT3和p-STAT3的蛋白水平,MTT法检测细胞活力的变化,流式细胞术检测细胞凋亡情况。结果:与control组和pcDNA组相比,pcDNA-lincRNA-p21组细胞中lincRNA-p21的表达明显上调,细胞生长受到抑制,STAT3和p-STAT3的蛋白水平降低(P<0.05)。STAT3激活剂SD19处理过表达lincRNA-p21的HCT116细胞后,与pcDNA-lincRNA-p21组相比,pcDNA-lincRNA-p21+SD19组细胞中STAT3和p-STAT3的蛋白水平升高,细胞活力升高,细胞凋亡率降低(P<0.05)。结论:lincRNA-p21过表达可以抑制结直肠癌HCT116细胞的生长;激活STAT3信号通路可促进HCT116细胞的生长;lincRNA-p21可通过抑制STAT3信号激活而抑制HCT116细胞的增殖。 展开更多
关键词 基因间区长链非编码rna-p21 结直肠癌 STAT3信号通路 细胞增殖 细胞凋亡
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5-甲基胞嘧啶RNA甲基化在非肿瘤性肾脏疾病中的研究进展
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作者 张晨 赵自霞 +2 位作者 吴私 栾军军 周华 《中国医学科学院学报》 北大核心 2025年第1期86-94,共9页
RNA甲基化修饰是基因表达转录后水平表观遗传学调控的关键过程。5-甲基胞嘧啶(m^(5)C)是RNA甲基化修饰的一种类型,是真核生物mRNA和其他非编码RNA中常见的转录后修饰,主要调控转运RNA稳定性,核糖体RNA组装和mRNA成熟、稳定性与翻译等生... RNA甲基化修饰是基因表达转录后水平表观遗传学调控的关键过程。5-甲基胞嘧啶(m^(5)C)是RNA甲基化修饰的一种类型,是真核生物mRNA和其他非编码RNA中常见的转录后修饰,主要调控转运RNA稳定性,核糖体RNA组装和mRNA成熟、稳定性与翻译等生物学过程。m^(5)C RNA甲基化修饰是动态可逆的,受甲基转移酶、去甲基化酶和甲基化识别蛋白的调控。研究证实,m^(5)C RNA甲基化修饰异常与非肿瘤性肾脏疾病的发生相关。本文总结了m^(5)C RNA甲基化相关酶与非肿瘤性急慢性肾脏疾病之间的研究进展,有望为这类疾病的诊断和治疗提供潜在的靶点。 展开更多
关键词 表观遗传学 rna甲基化修饰 rna 5-甲基胞嘧啶 肾脏疾病
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子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA的表达谱分析
13
作者 李瑞 郭依琳 +4 位作者 王璐 许星月 卢富华 李梦琦 赵虎 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第3期223-229,共7页
目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序... 目的:筛选子宫颈癌淋巴结转移相关环状RNA(circRNA)的差异表达谱,分析其功能和作用机制。方法:收集40例子宫颈癌患者[有淋巴结转移20例(转移组)、无淋巴结转移20例(未转移组)]的癌组织标本。在两组中随机各选取3例标本,采用高通量测序技术分析circRNA表达谱,并对差异表达circRNA来源的母基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,行数据库预测构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。对差异表达最显著的circRNA分析其与临床病理特征的关系,行子宫颈癌细胞系转染circRNA小干扰RNA(siRNA),分为circ RNA敲低组和阴性对照(si-NC)组,并采用活细胞计数(CCK-8)方法检测子宫颈癌SiHa细胞和HeLa细胞的增殖情况。结果:①共检测到2039个差异表达circRNA,差异表达circRNA来源的母基因主要富集在泛素介导的蛋白质水解、MAPK信号通路、内吞作用、细胞凋亡等信号通路。②筛选出转移组中差异倍数较高的4个显著上调的circRNA,即hsa_circ_0067492、hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718。qRT-PCR技术验证显示,hsa_circ_0004904、hsa_circ_0085465、hsa_circ_0007718在淋巴结转移的子宫颈癌组织中均高表达(P<0.01)。hsa_circ_0004904可与hsa-miR-3916等微小RNA(miRNA)相互作用、hsa_circ_0085465可与hsa-miR-4659b-3p等miRNA相互作用、hsa_circ_0007718可与hsa-miR-127-5p等miRNA相互作用。③hsa_circ_0004904的高表达与低表达在有无淋巴结转移和脉管癌栓中差异有统计学意义(P<0.05)。与si-NC组相比,沉默hsa_circ_0004904转染24、48、72 h后,SiHa细胞和HeLa细胞的增殖能力均明显降低(P<0.05)。结论:伴有淋巴结转移的子宫颈癌中存在差异表达的circRNA,沉默后可显著抑制子宫颈癌细胞的增殖,其可能参与了淋巴结转移的发生发展,有望成为淋巴结转移的特异性生物标志物。 展开更多
关键词 子宫颈癌 环状rna 淋巴结转移 竞争性内源性rna 非编码rna
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非编码RNA在中耳胆脂瘤中的研究进展
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作者 王建涛 朱庆文 王宝山 《中华耳科学杂志》 北大核心 2025年第4期597-602,共6页
中耳胆脂瘤是耳鼻喉科常见疾病,近年来,其临床重要性日益凸显。数据显示,该病的年发病率为10/10万。目前临床上尚无有效的非手术治疗方法,且术后复发率高达40%。若未及时诊断和干预,可导致各种颅内、外并发症。胆脂瘤形成的发病机制研... 中耳胆脂瘤是耳鼻喉科常见疾病,近年来,其临床重要性日益凸显。数据显示,该病的年发病率为10/10万。目前临床上尚无有效的非手术治疗方法,且术后复发率高达40%。若未及时诊断和干预,可导致各种颅内、外并发症。胆脂瘤形成的发病机制研究多聚焦于细胞增殖、细胞凋亡及骨破坏等方面。多种非编码RNA因其在基因表达、细胞周期调节和疾病发生发展中的关键作用而备受关注,其中microRNA、长链非编码RNA和环状RNA的研究尤为深入。本文对非编码RNA在中耳胆脂瘤中的作用机制研究进展作一综述。 展开更多
关键词 中耳胆脂瘤 非编码rna MICROrna 环状rna 长链非编码rna
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多发性骨髓瘤和慢性淋巴细胞白血病患者血浆lncRNA MALAT1、LincRNA-p21和GAS5的表达水平及其诊断意义 被引量:6
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作者 黄琦 沙辉 +6 位作者 陈龙 吕龙龙 徐声鸣 张泽天 赵松 靳凤艳 牛丰 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期339-345,共7页
目的:探讨多发性骨髓瘤(MM)和慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者血浆长链非编码RNA(lncRNA)MALAT1、LincRNA-p21和GAS5相对表达水平的差异,阐明3种lncRNA在MM与CLL鉴别诊断中的意义。方法:选取60例MM患者(MM组)、60例CLL患者(CLL组)和60名健... 目的:探讨多发性骨髓瘤(MM)和慢性淋巴细胞白血病(CLL)患者血浆长链非编码RNA(lncRNA)MALAT1、LincRNA-p21和GAS5相对表达水平的差异,阐明3种lncRNA在MM与CLL鉴别诊断中的意义。方法:选取60例MM患者(MM组)、60例CLL患者(CLL组)和60名健康体检者(对照组)作为研究对象,对3组研究对象血浆lncRNA MALAT1、LincRNA-p21和GAS5的表达水平进行检测和比较。结果:MM组患者血浆lncRNA MALAT1和GAS5相对表达水平明显高于其他2组(P<0.05)。CLL组患者血浆LincRNA-p21相对表达水平明显低于其他2组(P<0.05)。血浆LincRNA-p21诊断CLL的受试者工作特征曲线(ROC)下面积(AUC)为0.850,95%可信区间(CI)为0.780~0.921;血浆lncRNA MALAT1和GAS5在MM诊断中的AUC分别为0.898和0.815,95%CI分别为0.836~0.959和0.740~0.890;血浆lncRNA MALAT1、LincRNA-p21和GAS5在CLL和MM鉴别诊断中的AUC分别为0.878、0.778和0.805,95%CI分别为0.814~0.942、0.691~0.865和0.727~0.882。结论:血浆lncRNA MALAT1和GAS5的高表达与MM的发病有关,而血浆LincRNA-p21低表达与CLL的发病有关,上述3种lncRNA的血浆相对表达水平可作为MM和CLL诊断中的辅助指标。 展开更多
关键词 多发性骨髓瘤 慢性淋巴细胞白血病 血浆 长链非编码rna
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基于转录组学分析受外源褪黑素诱导调控羊绒生长的mRNA和lncRNA的可变剪接
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作者 贾纯琰 孙燕勇 +2 位作者 包永红 张文广 杜晨光 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3165-3177,共13页
【目的】分析转录后水平绒山羊皮肤中被外源褪黑素诱导参与调控绒生长发生可变剪接(alternative splicing, AS)的mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),为探究AS调节对褪黑素促山羊绒生长的影响提供参考。【方法】选取6只... 【目的】分析转录后水平绒山羊皮肤中被外源褪黑素诱导参与调控绒生长发生可变剪接(alternative splicing, AS)的mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),为探究AS调节对褪黑素促山羊绒生长的影响提供参考。【方法】选取6只罕山白绒山羊,随机分为2组:对照组和埋植组,每组3个重复。以自然年为试验周期,每月采集皮肤样本进行转录组测序,使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析差异表达mRNA(differentially expressed mRNA,DE-mRNA)和差异表达lncRNA (differentially expressed lncRNA,DE-lncRNA),使用rMATS软件识别绒山羊皮肤转录组mRNA和lncRNA差异可变剪接事件(differential alternative splicing events, DASE)。【结果】筛选到1~12月组间DE-mRNA(FDR≤0.05)数目分别为23、93、43、652、1 178、194、353、357、435、36、55和52个,DE-lncRNA(FDR≤0.05)数目分别为15、20、10、40、191、50、63、33、79、7、9和5个。mRNA和lncRNA发生组间DASE共715和569个;外显子跳跃(skipping exon, SE)和互斥外显子(mutually exclusive exons, MXE)为mRNA最主要的AS方式,SE、内含子保留(retained intron, RI)和3′-可变剪接位点(alternative 3′-splice site, A3SS)为lncRNA最主要的AS方式。染色体上mRNA的DASE数目排名前三为Chr1、Chr5和Chr10/Chr11(并列),lncRNA的DASE数目排名前三为Chr1、Chr19和Chr10。绒山羊皮肤中许多mRNA和lncRNA存在2个或多个剪接异构体,确定了443个DAS-mRNA和271个DAS-lncRNA,DAS-mRNA数目排名前三为10、6和5月,DAS-lncRNA数目排名前三为5、4和8月。DE-mRNA和DE-lncRNA中分别有67和7个发生了DASE。在外源褪黑素诱导下,绒山羊皮肤中发生AS的mRNA和lncRNA与皮尔逊相关系数(Pearson’s correlation coefficient, PCC)排名前十(PCC>0.800)的334个DE-mRNA和8个DE-lncRNA组成AS调控网络。【结论】绒山羊皮肤中存在丰富的ASE,除SE外,mRNA偏爱MXE,而lncRNA偏爱RI的AS方式;与mRNA相比,lncRNA的DASE在染色体上的分布具有特异性。受外源褪黑素诱导,山羊绒生长旺盛期和生长前期是mRNA发生AS的主要时期,而山羊绒生长前期和生长期是lncRNA发生AS的主要时期。试验构建了发生AS的DE-mRNA和DE-lncRNA在绒山羊皮肤转录组的潜在互作网络,DE-mRNA和DE-lncRNA在转录后水平通过AS方式参与调控山羊绒生长,为进一步研究AS调节对褪黑素促进山羊绒生长的影响提供参考。 展开更多
关键词 绒山羊 皮肤 褪黑素 转录组测序 长链非编码rna 可变剪接
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根皮素对新型冠状病毒RNA聚合酶抑制活性的实验研究及类似物活性预测
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作者 邸琨 谢小华 +5 位作者 赵田华 吴巧娜 王宇佳 苏彦雷 孙殿兴 岑山 《中华中医药学刊》 北大核心 2025年第11期28-31,I0005,共5页
目的探索根皮素对新型冠状病毒RNA聚合酶的抑制活性,并预测3种根皮素类似物小分子的靶酶抑制活性。方法运用分子对接手段研究根皮素与RNA聚合酶活性位点处的结合模式;利用细胞水平的新型冠状病毒RNA聚合酶nsp7/nsp8/nsp12催化反应体系... 目的探索根皮素对新型冠状病毒RNA聚合酶的抑制活性,并预测3种根皮素类似物小分子的靶酶抑制活性。方法运用分子对接手段研究根皮素与RNA聚合酶活性位点处的结合模式;利用细胞水平的新型冠状病毒RNA聚合酶nsp7/nsp8/nsp12催化反应体系检测根皮素对RNA聚合酶的抑制活性。选择3种与根皮素结构类似的中药小分子进行靶酶抑制活性预测,应用分子对接方法研究它们与靶酶活性位点间的结合模式。结果根皮素及其类似物均可较好地结合于RNA聚合酶的活性位点处,占据NTPs通道而阻碍核苷酸底物的进入,进而抑制RNA聚合酶主导的核酸复制。细胞水平上的抑制RNA聚合酶活性测试实验结果表明,根皮素对新型冠状病毒RNA聚合酶具有明显的抑制活性,虽然活性弱于瑞德西韦,但其细胞毒性亦低于瑞德西韦;同时,预测根皮素类似物亦可抑制RNA聚合酶而具有抗新型冠状病毒药理作用。结论研究证实根皮素具有RNA聚合酶抑制活性,并预测根皮素类似物小分子亦具有RNA聚合酶抑制活性,结果可进一步为抗新型冠状病毒药物研发提供参考。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 rna聚合酶 根皮素 类似物 分子对接 活性测试
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肺癌A549细胞源性外泌体中lncRNA DUXAP8对肺癌细胞生长和肿瘤免疫逃逸的作用及其机制
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作者 何小双 徐丽娜 +6 位作者 崔梅 赵宇 王蓓 黄征 王玉超 辛雯艳 邬超 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期958-967,共10页
目的:探讨肺癌A549细胞源性外泌体(Exo)中长链非编码RNA(lncRNA)DUXAP8对肺癌细胞生长和免疫逃逸的影响,并阐明其作用机制。方法:培养人肺癌细胞系A549细胞,提取其Exo并鉴定。采用PKH67标记的Exo处理A549细胞,观察A549细胞摄取Exo情况... 目的:探讨肺癌A549细胞源性外泌体(Exo)中长链非编码RNA(lncRNA)DUXAP8对肺癌细胞生长和免疫逃逸的影响,并阐明其作用机制。方法:培养人肺癌细胞系A549细胞,提取其Exo并鉴定。采用PKH67标记的Exo处理A549细胞,观察A549细胞摄取Exo情况。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测Exo处理前后A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平。将A549细胞分为对照组(不处理)、Exo组(Exo处理A549细胞)、Exo+sh-NC组(Exo处理A549细胞后,转染sh-NC至A549细胞)和Exo+sh-DUXAP8组(Exo处理A549细胞后,转染sh-DUXAP8至A549细胞)。RT-qPCR法检测各组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平,平板集落形成实验检测各组A549细胞克隆形成能力,5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(EdU)法检测各组A549细胞增殖能力。各组A549细胞与人外周血淋巴细胞共培养后,流式细胞术检测各组人外周血淋巴细胞中活化的CD8+T淋巴细胞百分率,3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)法检测各组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率。结果:Exo囊泡直径为50~150 nm,且分化簇63(CD63)、分化簇9(CD9)、肿瘤易感基因101(TSG101)和热休克蛋白70(HSP70)外泌体特异性标志物蛋白表达阳性,说明Exo提取成功。A549细胞能够很好地摄取PKH67标记的Exo。RT-qPCR法,与单独培养的A549细胞比较,Exo处理后,A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平升高(P<0.05)。与对照组比较,Exo组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平升高(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中lncRNA DUXAP8表达水平降低(P<0.05),Exo+sh-NC组lncRNA DUXAP8表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。平板集落形成实验,与对照组比较,Exo组A549细胞中集落形成数增加(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中集落形成数减少(P<0.05),Exo+sh-NC组A549细胞中集落形成数差异无统计学意义(P>0.05)。EdU染色,与对照组比较,Exo组A549细胞中EdU阳性细胞率升高(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组A549细胞中EdU阳性细胞率降低(P<0.05),Exo+sh-NC组A549细胞中EdU阳性细胞率差异无统计学意义(P>0.05)。流式细胞术,与对照组比较,Exo组人外周血淋巴细胞中活化CD8+T淋巴细胞百分率降低(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组人外周血淋巴细胞中活化CD8+T淋巴细胞百分率升高(P<0.05),Exo+sh-NC组人外周血淋巴细胞中活化的CD8+T淋巴细胞百分率差异无统计学意义(P>0.05)。MTT法,与对照组比较,Exo组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率降低(P<0.05);与Exo组比较,Exo+sh-DUXAP8组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率升高(P<0.05),Exo+sh-NC组人外周血淋巴细胞对A549细胞的杀伤率差异无统计学意义(P>0.05)。结论:肺癌A549细胞源性Exo lncRNA DUXAP8促进肺癌细胞增殖和肿瘤免疫逃逸。 展开更多
关键词 肺肿瘤 外泌体 长链非编码rna DUXAP8 细胞增殖 免疫逃逸
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基于MS2噬菌体的西尼罗病毒装甲RNA质控品的制备
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作者 刘丹 高建帅 +7 位作者 张博源 李慧彤 蒋卉 范学政 张广智 丁家波 熊涛 沈青春 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第6期2762-2771,共10页
【目的】目前国内外西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的核酸检测中缺乏安全、稳定的RNA标准参考样品,对检测结果的精确度和可信度造成一定的影响。本研究旨在研制一种安全稳定的WNV核酸检测质控品,为西尼罗热监测提供技术支持。【方法】... 【目的】目前国内外西尼罗病毒(West Nile virus,WNV)的核酸检测中缺乏安全、稳定的RNA标准参考样品,对检测结果的精确度和可信度造成一定的影响。本研究旨在研制一种安全稳定的WNV核酸检测质控品,为西尼罗热监测提供技术支持。【方法】将WNV核酸检测靶基因、MS2噬菌体外壳蛋白CP及成熟酶蛋白A基因序列插入到表达载体得到重组质粒pET-CPA-WN,经转化、表达、纯化后,制备WNV装甲RNA质控品,并对其进行实时荧光定量PCR和数字PCR定量、均匀性及稳定性分析,评估其作为标准物质的可能性。【结果】PCR检测、双酶切和基因测序结果均显示已成功构建重组质粒pET-CPA-WN,表达纯化后得到了大小均一、直径为23~28 nm的病毒样颗粒。核酸酶消化后实时荧光定量PCR检测结果显示,颗粒溶液中几乎无核酸残余且形成了包封靶基因的装甲RNA;其定植结果为8.80×10~9拷贝/mL。稳定性试验结果表明,该装甲RNA可在37℃稳定保持20 d,随机抽取10个样本进行均匀性检验证明其均匀性良好。【结论】本研究基于MS2噬菌体制备的装甲RNA拷贝数高,均匀性和稳定性良好,可为WNV分子检测提供安全、稳定的参考样品。 展开更多
关键词 西尼罗病毒(WNV) MS2噬菌体 装甲rna
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外泌体miRNA差异表达可作为诊断慢性心力衰竭合并高尿酸血症患者新型分子标志物及靶基因功能分析 被引量:1
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作者 陈志亮 杨永刚 +6 位作者 黄霞 成彦 瞿媛 衡琪琪 符羽佳 李可薇 顾宁 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第1期43-51,共9页
目的分析慢性心力衰竭(CHF)合并高尿酸血症(HUA)患者血清外泌体miRNA的差异表达,探讨其作为CHF合并HUA新型诊断分子标志物的可能性,并对差异miRNA进行靶基因功能分析,分析作用靶点。方法以2020年9月~2023年9月南京中医药大学附属南京中... 目的分析慢性心力衰竭(CHF)合并高尿酸血症(HUA)患者血清外泌体miRNA的差异表达,探讨其作为CHF合并HUA新型诊断分子标志物的可能性,并对差异miRNA进行靶基因功能分析,分析作用靶点。方法以2020年9月~2023年9月南京中医药大学附属南京中医院心血管病科收治的CHF合并HUA患者为观察组(n=30),选择同期健康志愿者为对照组(n=30)。两组各选取6例样本,采用高通量测序分析血清外泌体中的差异表达miRNA,采用RT-PCR检测对未作高通量测序的观察组和对照组样本(n=24)进行验证,使用R软件进行GO、KEGG富集分析,预测差异表达miRNA的作用靶点,并通过动物实验验证临床筛查的差异miRNA。结果高通量测序分析显示,观察组患者共检测到42个差异表达的miRNA(18个上调,24个下调),其中miR-27a-5p上调(P<0.001),miR-139-3p下调(P<0.001)。RT-PCR检测显示,观察组患者血清外泌体中miR-27a-5p表达量上调(P=0.004)、miR-139-3p表达量下调(P=0.005);ROC曲线下面积(AUC)分析发现,miR-27a-5p、miR-139-3p预测CHF合并HUA发病的AUC分别是0.708(95%CI:0.562-0.855)和0.734(95%CI:0.593-0.876),两者联合预测CHF与HUA发病的AUC为0.899(95%CI:0.812-0.987)。对差异基因进行GO富集分析发现,细胞自噬是富集程度最高的靶点;KEGG功能注释显示,激活AMPK-mTOR信号通路可能是差异表达的miR-27a-5p和miR-139-3p作用靶点之一。进一步动物实验得到了相同的验证。结论血清外泌体中miR-27a-5p上调和miR-139-3p下调可作为精准诊断CHF合并HUA的新型分子标志物,激活AMPK-mTOR信号通路后促进心肌细胞的自噬反应可能是差异表达的miR-27a-5p、miR-139-3p的作用靶点之一。 展开更多
关键词 慢性心力衰竭 高尿酸血症 外泌体 微小rna AMPK MTOR 自噬
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