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中国与美国RFLP 1-4-4 lineage1C变异株同一分支PRRSV的全基因组序列分析 被引量：12
1
作者 许浒 李超 +13 位作者 相丽润 汤艳东 赵静 龚帮俊 李宛生 付军 彭金美 王倩 周国辉 冷超粮 安同庆 蔡雪辉 张洪亮 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期202-207,共6页
2020年美国报道了高致病性的RFLP 1-4-4 lineage 1C PRRSV变异株,其对猪的致死率达到17.5%。为了分析美国1-4-4 lineage1C PRRSV变异株与中国当前流行的PRRSV的关系,本研究对中国不同基因亚型的PRRSV与美国新发1-4-4 lineage1C PRRSV变... 2020年美国报道了高致病性的RFLP 1-4-4 lineage 1C PRRSV变异株,其对猪的致死率达到17.5%。为了分析美国1-4-4 lineage1C PRRSV变异株与中国当前流行的PRRSV的关系,本研究对中国不同基因亚型的PRRSV与美国新发1-4-4 lineage1C PRRSV变异株进行遗传演化分析,结果显示,中国类NADC34 PRRSV与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株关系密切;其Nsp2推导氨基酸序列比对结果显示,中国类NADC34 PRRSV与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株在Nsp2区域存在相同的分子特征,即100个氨基酸(aa328~aa427)的连续缺失。PRRSV基因重组分析结果显示,美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株是以类NADC34 IA14737-2016株为母本毒株,并由IA/2014/NADC34和NADC30病毒株提供重组基因片段的重组病毒,而中国早期的类NADC34 PRRSV是以IA/2014/NADC34株为母本毒株的重组病毒。美国早期的类NADC34 PRRSV对仔猪的致病力差异较大,而中国早期的类NADC34 PRRSV对仔猪多为中、低致病力。此外,中国HLJZD22-1812株与美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株具有类似的重组模式、相同的Nsp2缺失特征、相同的1-4-4 ORF5限制性片段长度多态性(RFLP)模式,且均属于lineage1C分支。本研究结果首次表明美国RFLP 1-4-4 lineage1C PRRSV变异株与中国类NADC34(PRRSV)属于同一亚型分支,且具有一致的分子特征,提示类NADC34 PRRSV在我国的流行及演化情况需高度关注。 展开更多
关键词 1-4-4 prrsv变异株 类NADC34 prrsv 100个氨基酸缺失 重组病毒
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2017年我国输入性北美1-7-4分支PRRSV的基因组序列分析 被引量：13
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作者 张洪亮 张文立 +10 位作者 相丽润 刘春晓 宋帅杰 汤艳东 冷超粮 彭金美 王倩 安同庆 童光志 蔡雪辉 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期875-879,共5页
为揭示我国猪场中的新发猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因组特征及起源,本研究对辽宁省两个发病猪场检测到的两株1-7-4分支PRRSV (LNWK96和LNWK130)进行遗传演化及测序分析。遗传演化分析显示,两株1-7-4分支PRRSV在我国PRRSV基因分... 为揭示我国猪场中的新发猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因组特征及起源,本研究对辽宁省两个发病猪场检测到的两株1-7-4分支PRRSV (LNWK96和LNWK130)进行遗传演化及测序分析。遗传演化分析显示,两株1-7-4分支PRRSV在我国PRRSV基因分群中属于一个新亚群,即第7亚群。对LNWK96株进行了全基因组序列分析显示,与我国分离的PRRSV株的核苷酸同源性为82.3%～84.9%,与美国分离的1-7-4分支IA/2014/NADC34株的同源性最高为96.1%。重组分析显示LNWK96株是以1-7-4分支的病毒为母本株,ISU30和NADC30病毒株提供重组片段的重组病毒。推测该两株PRRSV极有可能是来自北美的输入性1-7-4分支PRRSV。本研究首次报道1-7-4分支的PRRSV在我国出现,该类病毒株在我国的流行趋势值得关注,其致病性及当前疫苗的保护效果需要进一步研究。 展开更多
关键词 prrsv 1-7-4 重组 输入 分子特征
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猪繁殖与呼吸综合征病毒RFLP 1-4-4 L1C株的分离鉴定及其遗传演化分析 被引量：4
3
作者 田笑笑 黄昕怡 +4 位作者 夏大松 王海伟 田志军 蔡雪辉 安同庆 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期583-590,597,共9页
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)RFLP 1-4-4 lineage1C(L1C)变异株自2020年在美国出现以来,给养猪业造成了严重的经济损失。我国目前尚无RFLP 1-4-4 L1C变异株的报道。为了解我国PRRSV RFLP 1-4-4株的流行情况,本研究对我国15个省219份疑... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)RFLP 1-4-4 lineage1C(L1C)变异株自2020年在美国出现以来,给养猪业造成了严重的经济损失。我国目前尚无RFLP 1-4-4 L1C变异株的报道。为了解我国PRRSV RFLP 1-4-4株的流行情况,本研究对我国15个省219份疑似PRRSV感染的临床样品进行了PRRSV ORF5基因的RT-PCR检测与测序。结果显示,41份(18.72%)为PRRSV阳性样品,其中有1份来自黑龙江省样品中的PRRSV ORF5基因为1-4-4模式。将该样品经PAM分离病毒并经PCR和间接免疫荧光试验鉴定,结果显示分离到一株RFLP模式为1-4-4的PRRSV,命名为HLJ-80。采用PCR对分离病毒的全基因组分段扩增并测序拼接后显示其基因组全长15013 nt,利用MegAlign软件分析分离病毒与PRRSV 6株代表株的全基因组序列、ORF基因序列的同源性及其NSP2的氨基酸序列;利用MEGA6.0软件分析分离株ORF5基因序列并绘制其系统发生树(ML法);采用RDP4分析分离株全基因组序列的重组事件。全基因组序列的同源性分析结果显示,HLJ-80株与NADC30株的同源性最高,为93.3%,与其他代表株的同源性均低于90%。除ORF2基因外,其余基因序列均与NADC30株同源性最高(90.6%~99.3%)。ORF5基因的遗传进化树显示,HLJ-80株属于RFLP 1-4-4 L1C株。NSP2氨基酸序列分析结果显示,与VR-2332株相比,HLJ-80株NSP2存在131个氨基酸(111+1+19)的不连续缺失,缺失位置与NADC30株一致。上述结果表明,HLJ-80株与NADC30株的亲缘关系较近。重组分析结果显示,HLJ-80株有可能与PRRSV 2014-81株、SD53-1603株高度同源的病毒株重组而来。将本研究中的41株分离株ORF5基因序列,及GenBank中1996年~2021年我国3125条共计3166条北美洲型PRRSV ORF5基因序列,按照PRRSV RFLP 1-4-4模式和L1C分支谱系分类,并分析我国RFLP 1-4-4 L1C株在时间和地理上的分布;将2016年~2021年GenBank中7个国家全部北美洲型PRRSV ORF5基因序列(共计1918条),按照PRRSV RFLP分类,分析2016年以来我国与不同国家之间PRRSV RFLP的模式特点。结果显示,我国PRRSV RFLP 1-4-4自2003年首次出现,至今已累计达260株(8.2%),其中217株属于L1C分支(83.46%),其余为L8和L1A分支。PRRSV的RFLP分类结果显示,1918条PRRSV ORF5基因共有36种RFLP模式。其中RFLP 1-7-4模式的数量最多占25.96%,RFLP 1-4-4分布最广泛,除越南和印度外,该模式在其余5个国家均有分布,其在我国的数量最多。本研究为了解我国PRRSV RFLP 1-4-4株的流行情况提供了重要参考数据。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 限制性酶切片段长度多态性 分支谱系 rflp 1-4-4 L1C
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