基于T2T基因组鉴定大豆R2R3-MYB基因家族及干旱和盐胁迫下的表达分析

1

作者 李志强 罗正乾 +4 位作者 徐琳黎 周国慧 屈丝雨 刘恩良 顼东婷 《生物技术通报》 北大核心 2025年第5期141-152,共12页

【目的】R2R3-MYB转录因子在植物响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用,旨在对大豆R2R3-MYB转录因子进行完整鉴定以及研究大豆R2R3-MYB基因在逆境胁迫中的作用。【方法】利用大豆无gap端粒到端粒(T2T)基因组对大豆R2R3-MYB家族基因进行系... 【目的】R2R3-MYB转录因子在植物响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用,旨在对大豆R2R3-MYB转录因子进行完整鉴定以及研究大豆R2R3-MYB基因在逆境胁迫中的作用。【方法】利用大豆无gap端粒到端粒(T2T)基因组对大豆R2R3-MYB家族基因进行系统鉴定和进化分析,并使用RT-qPCR对该家族的基因在干旱和盐胁迫下进行表达分析。【结果】大豆基因组中包含324个R2R3-MYB基因,新鉴定到77个,分布在20条染色体上。进化分析结果显示大豆R2R3-MYB家族基因可分为4个亚组,共线性基因对在进化树的分支上距离更近。通过启动子分析发现,与ABA和抗旱相关的顺式作用元件最多。通过表达分析,推测10个基因参与了大豆耐盐过程,其中GmMYB19和GmMYB76已被报道,GmMYB89和GmMYB214是首次鉴定并发现可能与大豆抗旱耐盐性有关。【结论】在大豆中鉴定到321个R2R3-MYB家族基因,通过干旱和盐胁迫诱导的表达模式分析确定了10个抗旱耐盐的候选基因。 展开更多

关键词 大豆 r2r3-myb基因家族 生物信息学分析 干旱和盐胁迫 表达分析 T2T

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紫薇R2R3-MYB基因家族鉴定及其外源激素响应表达分析

2

作者 刘子依 王景芸 +1 位作者 续言 蔡明 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第4期947-960,共14页

【目的】旨在探究紫薇R2R3-LiMYB基因家族的特征及其在外源激素响应中的作用,为紫薇芳香品种的分子育种提供理论基础。【方法】以三年生紫薇‘Whit III’盆栽苗为试验材料,基于紫薇基因组,采用生物信息学方法对R2R3-LiMYB家族进行全基... 【目的】旨在探究紫薇R2R3-LiMYB基因家族的特征及其在外源激素响应中的作用,为紫薇芳香品种的分子育种提供理论基础。【方法】以三年生紫薇‘Whit III’盆栽苗为试验材料,基于紫薇基因组,采用生物信息学方法对R2R3-LiMYB家族进行全基因组鉴定,并通过qPCR技术检测分析17个在开花期表达的R2R3-LiMYBs基因在茉莉酸甲酯(0.25%)和水杨酸(0.4,0.7,1.5 g/L)处理下的表达模式。【结果】(1)在紫薇基因组中共鉴定出207个R2R3-LiMYBs基因,其不均匀分布于24条染色体上,主要定位于细胞核、线粒体和叶绿体。系统进化分析将紫薇与拟南芥的R2R3-MYBs分为21个亚组,其中3个进化枝仅包含R2R3-AtMYBs基因。(2)顺式作用元件分析表明,R2R3-LiMYBs基因的启动子区域含有大量光响应、非生物胁迫响应及激素响应元件,且不同成员具有不同的元件组合。(3)表达模式分析显示,多数R2R3-LiMYBs基因在紫薇初开期和盛开期高表达;qPCR结果表明12个R2R3-LiMYBs经过0.25%MeJA处理后下调表达,但其表达量有差异;只有Lin_chr3_1451和Lin_chr10_0902在3个质量浓度的SA处理下表达量均下调,其余R2R3-LiMYBs经过SA处理后上调表达,但不同基因对不同质量浓度的SA的响应模式各异,其中6个基因在0.7 g/L处理下表达量最高。【结论】R2R3-LiMYBs基因在花发育过程中呈现阶段特异性表达,并对植物激素信号(如茉莉酸甲酯和水杨酸)表现出动态响应,其表达水平受激素质量浓度调控。R2R3-LiMYBs基因可能参与紫薇对MeJA和SA的复杂响应机制。 展开更多

关键词 紫薇 r2r3-myb基因家族 生物信息学 外源激素响应 表达模式

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海岛棉R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在黄萎病胁迫下的表达分析

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作者 胡欣贵 赵杰银 +2 位作者 陆佳欣 陈全家 曲延英 《山东农业科学》 北大核心 2025年第6期1-14,共14页

R2R3-MYB转录因子在植物响应胁迫过程中发挥着重要作用。本研究基于海岛棉基因组数据,系统鉴定了海岛棉R2R3-MYB基因家族成员,利用生物信息学方法对海岛棉R2R3-MYB家族基因进行了系统进化、结构、理化性质和启动子顺式作用元件分析,利... R2R3-MYB转录因子在植物响应胁迫过程中发挥着重要作用。本研究基于海岛棉基因组数据,系统鉴定了海岛棉R2R3-MYB基因家族成员,利用生物信息学方法对海岛棉R2R3-MYB家族基因进行了系统进化、结构、理化性质和启动子顺式作用元件分析,利用转录组表达谱筛选出5个抗黄萎病候选基因,并通过实时荧光定量PCR对各候选基因在黄萎病、水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导下的表达规律进行分析。结果显示,海岛棉基因组中包含98个R2R3-MYB基因,分布于25条染色体上;进化树结果表明,在海岛棉中R2R3-MYB基因家族成员可分成3个亚组,在进化上相对保守;启动子分析发现多个响应植物激素和胁迫相关的顺式作用元件;黄萎病胁迫后的表达模式分析发现,海岛棉R2R3-MYB基因在黄萎病胁迫后均存在不同程度的差异表达,筛选得到5个海岛棉抗黄萎病候选基因(GbMYB-21、GbMYB-34、GbMYB-39、GbMYB-76和GbMYB-83),它们均受到黄萎病胁迫以及SA和MeJA诱导表达。总之,本研究表明海岛棉R2R3-MYB基因家族在棉花抗病方面具有重要作用,该结论可为进一步研究海岛棉R2R3-MYB基因功能和棉花抗黄萎病的分子机制提供理论依据。 展开更多

关键词 海岛棉 r2r3-myb基因家族 生物信息学分析 黄萎病胁迫 表达分析

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铁十字秋海棠R2R3-MYB基因家族的鉴定及表达分析 被引量：1

4

作者 刘雅芝 邓惠敏 +2 位作者 彭嘉慧 余义勋 刘娟旭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2665-2678,共14页

【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供... 【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供理论参考。【方法】以铁十字秋海棠3个关键生长发育时期的叶片为试验材料,参考拟南芥R2R3-MYB家族蛋白序列,利用生物信息学方法从铁十字秋海棠基因组数据库中鉴定出R2R3-MYB基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、系统发育、基因结构、保守基序及启动子顺式作用元件等进行预测分析,并通过实时荧光定量PCR检测7个BmaMYBs基因在铁十字秋海棠3个生长发育期中叶斑区和非叶斑区的表达模式。【结果】从铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,该基因家族成员的氨基酸数量为128~870个,分子量为14660.85~97435.93 Da,理论等电点(pI)为4.92~10.10,成员之间差异较大,大部分为不稳定的疏水性蛋白,均定位在细胞核。110个R2R3-MYB家族基因在15条染色体上均有分布,部分基因在同一染色体上集中分布,形成基因簇;BmaMYBs含有0~10个内含子;约94%的成员含有Motif1、Motif2和Motif3基序;R2R3-MYB基因家族成员启动子均含有大量光响应元件;BmaMYB10、BmaMYB18、BmaMYB38、BmaMYB53、BmaMYB97、BmaMYB99和BmaMYB109基因在叶片发育过程中叶斑区与非叶斑区均有表达,叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量较非叶斑区高达19.41~131.99倍。【结论】在铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,叶斑区与非叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量差异最大,推测该基因是调控铁十字秋海棠叶斑形成的关键基因。 展开更多

关键词 铁十字秋海棠 r2r3-myb基因家族 花青苷 叶斑

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百香果(Passiflora edulis)R2R3-MYB基因家族的结构和功能分析 被引量：2

5

作者 张丹 郑平 +8 位作者 邓彪 柴改凤 安昌 邓考 张文斌 陆宇明 卢翔宇 王小媚 秦源 《果树学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期12-29,共18页

【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法... 【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法】基于百香果全基因组数据,通过HMM搜索对R2R3-MYB家族成员进行筛选鉴定,并利用实时荧光定量PCR分析其在百香果花不同组织中的表达模式。【结果】从百香果基因组中鉴定出99个R2R3-MYB基因,根据系统进化分析将其分为36个亚组。99个R2R3-PeMYB基因随机分布在9条百香果染色体上。基序和基因结构分析表明,R2R3-PeMYB在同一亚组中具有相对保守的结构特征。共线性分析表明,片段复制事件促进了百香果R2R3-MYB家族的扩张。基于转录组数据和qRT-PCR分析,发现R2R3-PeMYB基因在百香果花的不同组织的不同发育阶段中表现出差异的表达模式,说明R2R3-PeMYB基因在花不同组织和果实的发育过程中发挥重要作用,尤其是PeMYB62和PeMYB63在百香果果皮转色期的高表达,说明其可能参与百香果花青素的合成。同时8个R2R3-PeMYB基因在非生物胁迫(冷、热、盐和渗透压)下也表现出不同的反应,说明R2R3-PeMYB基因还受到非生物胁迫的诱导。【结论】鉴定了99个R2R3-PeMYB基因家族成员,发现其在百香果花果发育和胁迫诱导方面发挥重要作用,为今后研究百香果R2R3-MYB基因在花果发育中的功能和进化提供了有价值的线索。 展开更多

关键词 百香果 r2r3-myb转录因子 系统发育分析 花果发育

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假俭草R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在干旱胁迫下的表达模式分析 被引量：4

6

作者 蒋宇佳 于元平 +4 位作者 孙向一 周敏 吴春妍 李玉华 刘明稀 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2628-2641,共14页

R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析;... R2R3-MYB家族是植物中最大的转录因子家族之一,广泛参与各种生理响应和分子调控。本研究利用假俭草(Eremochloa ophiuroides(Munro.))基因组数据和生物信息学手段鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对系统进化、结构、顺式作用元件等进行分析;同时对R2R3-MYB转录因子响应干旱胁迫的表达模式进行分析。结果显示,假俭草中有113个R2R3-MYB成员;蛋白二级结构和三级结构都表明R2R3-MYBs蛋白都含有螺旋-转角-螺旋结构;顺式作用元件分析发现启动子区含有大量植物激素响应和胁迫响应元件,为R2R3-MYB基因进化分析提供了依据。基因表达模式分析表明,与野生型相比,抗旱突变体叶中有39个基因、根中有58个基因在一个或多个干旱时期表达量提高,推测这些R2R3-MYB基因在响应干旱胁迫过程中发挥着重要作用。本研究结果为进一步深入研究假俭草R2R3-MYB基因家族的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 假俭草 r2r3-myb基因家族 生物信息学 干旱胁迫 表达模式

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菠萝R2R3-MYB基因家族鉴定与表达分析 被引量：10

7

作者 陈哲 胡福初 +3 位作者 阮城城 范鸿雁 郭利军 张治礼 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第10期1958-1971,共14页

R2R3-MYB转录因子参与植物众多生命活动的调控,在植物生长发育中至关重要。本研究采用生物信息学分析方法,从菠萝基因组中筛选鉴定R2R3-AcMYB转录因子,并对其基因结构、编码蛋白和系统进化进行了分析;基于转录组数据和荧光定量PCR分析,... R2R3-MYB转录因子参与植物众多生命活动的调控,在植物生长发育中至关重要。本研究采用生物信息学分析方法,从菠萝基因组中筛选鉴定R2R3-AcMYB转录因子,并对其基因结构、编码蛋白和系统进化进行了分析;基于转录组数据和荧光定量PCR分析,研究了乙烯利处理后菠萝顶端分生组织MYB基因的表达模式。研究结果显示,菠萝基因组含有103个R2R3-AcMYB转录因子,其中67个的基因结构组成为3(外显子)+2(内含子),17个为2(外显子)+1(内含子)。103个R2R3-AcMYB蛋白中,有31个偏碱性,55个显酸性和17个呈中性。亚细胞定位预测显示,有67个编码蛋白定位于细胞质,20个定位于细胞核。保守基序分析发现,有91个R2R3-AcMYB的序列包含SANT结构的motif 1和motif 2。系统进化树分析表明,81个R2R3-AcMYB转录因子可以分别被归入18个亚组,其余22个R2R3-AcMYB转录因子则未能进行明确归类。基于转录组数据和荧光定量PCR分析结果,发现菠萝顶端分生组织中多个MYB基因的表达受到乙烯利的诱导或抑制,暗示这些基因可能参与了乙烯利诱导条件下菠萝生长发育(包括开花诱导等)调控。这些研究结果为进一步挖掘菠萝激素响应、生长发育和开花调控等基因,揭示菠萝生长发育调控机制提供了数据支持。 展开更多

关键词 菠萝 r2r3-myb 生物信息学 乙烯利 基因表达

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菜豆R2R3-MYB基因家族鉴定及其在BCMV侵染后的表达分析 被引量：1

8

作者 王古悦 唐慕宁 +1 位作者 牛静雅 冯雪 《山西农业科学》 2023年第9期1020-1033,共14页

为了明确菜豆R2R3-MYB基因家族的成员及受到BCMV侵染后的表达情况,利用生物信息学方法对菜豆R2R3-MYB基因家族成员进行鉴定和系统分析,同时利用BCMV侵染菜豆后在显症期的转录组数据筛选可能与BCMV侵染调控相关的R2R3-MYB基因家族成员,... 为了明确菜豆R2R3-MYB基因家族的成员及受到BCMV侵染后的表达情况,利用生物信息学方法对菜豆R2R3-MYB基因家族成员进行鉴定和系统分析,同时利用BCMV侵染菜豆后在显症期的转录组数据筛选可能与BCMV侵染调控相关的R2R3-MYB基因家族成员,并对这些基因在病毒侵染不同阶段的表达模式进行实时荧光定量PCR分析。结果表明,菜豆R2R3-MYB基因家族共有159个成员,不均匀分布于菜豆11条染色体上,多含有2个内含子,编码184~554个氨基酸,均为亲水性蛋白。系统进化关系将菜豆R2R3-MYB基因家族成员分为32个亚组(P1~P32),同一亚组成员具有高度保守的基因结构和基序。菜豆基因组内共线性分析表明,片段复制事件和串联复制事件均进行了纯化选择。转录组数据显示,BCMV侵染前后菜豆接种叶和系统叶分别有20、33个差异表达基因;qRT-PCR分析表明,这些基因在病毒侵染后表达均有变化,其中,PvMYB18、PvMYB33、PvMYB92、PvMYB93在侵染早期和显症期均呈现先升高后降低的趋势,而PvMYB29、PvMYB97、PvMYB124、PvMYB128、PvMYB134仅在侵染早期剧烈响应,这些基因的表达特点揭示其可能参与了菜豆对BCMV侵染不同阶段应答反应的调控。 展开更多

关键词 菜豆 r2r3-myb基因家族 BCMV 表达分析

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绿豆R2R3-MYB转录因子家族鉴定及其类黄酮合成调控基因的筛选 被引量：1

9

作者 郭飞翔 李春霞 +3 位作者 周爽 郭彬彬 张均 马超 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期117-133,共17页

R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺... R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺式作用元件及基因结构做了预测分析;此外,转录组数据和实时荧光定量PCR(QuantitativeReal-timePCR,RT-PCR)分析该转录因子在不同组织、逆境胁迫下的表达模式;并基于相关分析及蛋白互作网络,筛选到可能参与调控绿豆类黄酮生物合成的R2R3-MYB成员。结果表明,共鉴定到168个R2R3-MYB成员,其中145个分布于11条染色体, 23个成员染色体信息未知;大多数R2R3-MYB含有3个外显子,编码99~1645个氨基酸,均为亲水性蛋白;系统进化将绿豆R2R3-MYB基因家族分为30个亚组(V1~V30),不同亚组成员的基因结构存在差异;共线性分析表明,片段复制事件均进行了纯化选择;启动子顺式作用元件分析表明,绿豆R2R3-MYB基因启动子区含有大量激素响应、胁迫响应及少量的类黄酮合成响应等元件;基因表达分析表明,在叶片、叶柄、下胚轴和籽粒种皮中表达量较高的成员分别占15.5%、16.1%、16.1%和10.7%。RT-PCR分析发现,几乎所有的R2R3-MYB家族成员在低温胁迫下的相对表达量显著下调,不同成员对逆境胁迫有不同的响应模式。蛋白互作与相关性分析可知,VrMYB6、VrMYB77、VrMYB93这3个基因可能参与了绿豆类黄酮生物合成的调控。 展开更多

关键词 绿豆 r2r3-myb转录因子 转录因子家族分析 类黄酮合成调控基因

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干旱胁迫下外源ABA对香樟R2R3-MYB亚家族转录因子表达的影响

10

作者 关信 郑洋群 +2 位作者 张亚东 王毅 郑元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期51-63,共13页

R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模... R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,R2R3-MYB亚家族基因结构相似,功能多样,大多数基因与抗旱通路和植物激素反应相关;基于转录组数据基因表达谱分析,在干旱胁迫下CcMYB2、CcMYB9、CcMYB21、CcMYB46、CcMYB63、CcMYB84等通过正调控参与香樟抗旱物质的合成;结合顺式作用元件中参与涉及干旱诱导性的MYB结合位点,CcMYB16、CcMYB51、CcMYB52可能通过ABA信号通路中的去磷酸化过程,参与干旱胁迫调控,CcMYB2、CcMYB21、CcMYB22、CcMYB61、CcMYB63可能与干旱胁迫下ABA介导的气孔运动相关。 展开更多

关键词 香樟 外源ABA 干旱胁迫 r2r3-myb亚家族 转录因子 基因表达

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红花R2R3-MYB转录因子家族鉴定及组织表达分析

11

作者 吴瑶 李丹丹 +2 位作者 龙添添 李开杰 余浪 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第9期15-24,共10页

筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红... 筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红花R2R3-MYB基因,蛋白氨基酸数目为163~996个,理论等电点在4.52~9.55之间,不稳定指数为35.51~76.26,亲水系数为-1.131~-0.448,蛋白相对分子质量为6 092.20~110 047.15 u,所有蛋白均为亲水性蛋白;蛋白二级结构分析发现红花R2R3-MYB蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;通过将其与拟南芥MYB构建系统进化树,发现有91个红花R2R3-MYB转录因子聚类于22个拟南芥R2R3-MYB亚组中,17个红花R2R3-MYB转录因子聚类于2个C亚组中。基于转录组数据的组织表达模式分析筛选在根、茎、叶、花及种子不同组织中优势高表达的MYB基因,发现在根、花及种子中优势表达的MYB基因数目较多,花中特异高表达的R2R3-MYB基因有13个,其中CtMYB6和CtMYB19分别与拟南芥具有调节花青素合成功能的位于S6和S7亚组的基因聚为一类,预测其为参与红花花中有效成分红花黄色素累积的重要候选基因。本研究对红花R2R3-MYB转录因子家族进行了系统鉴定及组织表达谱分析,为后续红花MYB转录因子调节次生代谢成分累积等功能研究奠定基础。 展开更多

关键词 红花 r2r3-myb转录因子 生物信息分析 组织表达

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太子参R2R3-MYB转录因子鉴定及表达分析

12

作者 黄以书 何华 +5 位作者 周涛 潘琪 刘红霞 徐娇 欧小宏 江维克 《广西植物》 北大核心 2025年第5期931-942,共12页

R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中... R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中鉴定到15个R2R3-MYB转录因子,利用生物信息学方法对其理化性质、保守基序和系统进化关系进行分析,并运用qRT-PCR对其组织表达和激素脱落酸(abscisic acid,ABA)诱导的表达模式进行研究。结果表明:(1)15个PhR2R3-MYB蛋白亚细胞定位于细胞核,大部分PhR2R3-MYB蛋白为亲水性不稳定蛋白。与拟南芥R2R3-MYB蛋白一同构建系统进化树,可将PhR2R3-MYB蛋白分为8个亚组,其中6个亚组能分别与拟南芥R2R3-MYB转录因子聚类。(2)PhR2R3-MYB基因在太子参植物中具有组织表达特异性,其中2个基因——PhMYB 4和PhMYB 8在块根韧皮部中特异性高表达。相关性分析显示,PhMYB 4和PhMYB 8基因表达量与太子参中环肽B含量及prePhHB基因表达量均呈显著正相关,推测PhMYB4和PhMYB8可能参与了太子参中环肽B的生物合成调控。(3)ABA处理后,PhMYB 4基因呈现出先降低后升高再降低的表达趋势,而PhMYB 8基因的表达受到了抑制,表明PhMYB 4和PhMYB 8基因均响应ABA信号。该研究结果为后续探究PhR2R3-MYB基因的功能奠定了基础,为研究PhR2R3-MYB转录因子调控环肽B生物合成的分子机制提供了理论依据。 展开更多

关键词 太子参 r2r3-myb转录因子 环肽B 生物信息学分析 表达分析

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基于百脉根两代基因组的LjR2R3-MYB家族比较鉴定

13

作者 罗雪 黄友闻 +2 位作者 王一凡 杨仕梅 宋莉 《贵州农业科学》 CAS 2024年第3期109-120,共12页

【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转... 【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转录因子进行鉴定分析,研究其成员组成、进化特征、基因结构、蛋白性质、空间结构、染色体定位、顺式作用元件等。【结果】在SGS和TGS版本中,LjR2R3-MYB家族分别有96个和135个成员,TGS的基因序列比SGS多3条保守基序;家族成员均属于14个亚族,TGS获得的独有序列比SGS多39条;SGS中有86条基因含有UTR,TGS中有78条,二者的LjR2R3-MYB成员motif类型存在差异;所有LjR2R3-MYB基因编码蛋白均为亲水性蛋白,不含信号肽,定位于细胞核,二级结构组成基本一致;SGS的0号染色体上分布有25条R2R3-MYB基因,TGS含有6条染色体且无0号染色体;LjR2R3-MYB基因启动子含有逆境胁迫、防御、激素以及生长发育响应等顺式作用元件。【结论】同SGS相比较,从TGS数据中获得的基因信息量更完整丰富,百脉根TGS组装质量高于SGS。 展开更多

关键词 百脉根 Ljr2r3-myb转录因子 基因特征 功能预测 二代测序 三代测序

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黄瓜R2R3-MYB亚家族鉴定及生物信息学分析 被引量：3

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作者 郭玉婷 杜长霞 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期286-296,共11页

【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质... 【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195~552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现:大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。 展开更多

关键词 黄瓜 r2r3-myb 转录因子 全基因组鉴定

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拟南芥R2R3-MYB家族第22亚族的结构与功能 被引量：27

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作者 樊锦涛 蒋琛茜 +1 位作者 邢继红 董金皋 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期985-994,共10页

拟南芥R2R3-MYB转录因子在拟南芥生长发育、代谢及响应生物和非生物胁迫的调控网络中具有重要作用。根据保守的氨基酸序列,R2R3-MYB转录因子被分为25个亚族,其中第22亚族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4个基因,主要响应生物... 拟南芥R2R3-MYB转录因子在拟南芥生长发育、代谢及响应生物和非生物胁迫的调控网络中具有重要作用。根据保守的氨基酸序列,R2R3-MYB转录因子被分为25个亚族,其中第22亚族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4个基因,主要响应生物和非生物胁迫。文章从基因功能的相似性、基因表达的一致性和基因结构的保守性3方面综述了第22亚族的4个基因,并综合讨论了其在结构与功能上的冗余性和多样性。 展开更多

关键词 拟南芥 r2r3-myb转录因子 22亚族 结构与功能

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阳桃R2R3-MYB家族成员鉴定及其在木质素合成过程中的表达 被引量：6

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作者 赵亚梅 陈蕾 +4 位作者 吴春梅 秦思 翟俊文 任惠 吴沙沙 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1746-1761,共16页

MYB家族已被证实在植物生长发育、类黄酮合成、环境胁迫、木质素生物合成等多个生理方面发挥着重要的作用。为探究阳桃MYB家族在木质素生物合成过程中的作用,本研究基于全基因组数据,对阳桃(Averrhoa carambola L.)R2R3-MYB转录因子进... MYB家族已被证实在植物生长发育、类黄酮合成、环境胁迫、木质素生物合成等多个生理方面发挥着重要的作用。为探究阳桃MYB家族在木质素生物合成过程中的作用,本研究基于全基因组数据,对阳桃(Averrhoa carambola L.)R2R3-MYB转录因子进行了全面的生物信息学分析,并采用RT-qPCR技术,对8个阳桃R2R3-MYB基因在阳桃小枝3个发肓时期(T1、T3、T6)、果和叶的表达情况进行了验证。结果显示,阳桃基因组中共包含57个1R-MYB、100个R2R3-MYB、4个3R-MYB,100个阳桃R2R3-MYB(AcMYBs)基因不均匀地分布在11条染色体上,被分为24个亚组,相同亚组的基因具有相似但不完全相同的基因结构和保守基序。片段重复和串联重复在阳桃MYB家族的扩张中发挥了重要的作用,且重复产生的基因都经历了纯化选择。同时,阳桃R2R3-MYB家族与拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh.)及毛果杨(Populus trichocarpa Torr.&A.Gray)都具有较强的共线性关系。RT-qPCR结果表明,除AcMYB05外,AcMYB41、AcMYB65、AcMYB84、AcMYB87、AcMYB92、AcMYB97和AcMYB100都在T3和T6时期呈现出较高的表达,在T1和果、叶中几乎不表达。本研究表明,7个AcMYBs的表达具有明显组织特异性,其可能参与了阳桃木质素生物合成,为进一步研究MYB家族对木质素生物合成的影响提供了重要的参考价值。 展开更多

关键词 阳桃 木质素 r2r3-myb转录因子 全基因组鉴定 表达模式

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紫花苜蓿R2R3-MYB亚家族鉴定与干旱胁迫下的表达分析 被引量：12

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作者 任明辉 张雨蓬 +2 位作者 许涛 朱慧森 岑慧芳 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期972-983,共12页

MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族是最大的转录因子家族之一,R2R3-MYB亚家族在植物胁迫响应、次级代谢、生长和发育等过程发挥重要作用。本研究利用紫花苜蓿(Medicago sativa‘Zhongmu No.1’)基因组和转录... MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族是最大的转录因子家族之一,R2R3-MYB亚家族在植物胁迫响应、次级代谢、生长和发育等过程发挥重要作用。本研究利用紫花苜蓿(Medicago sativa‘Zhongmu No.1’)基因组和转录组数据,通过生物信息学方法鉴定了R2R3-MYB转录因子,并对其序列特征、系统进化、染色体分布、基因结构、顺式作用元件及干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果显示,紫花苜蓿中有121个R2R3-MYB亚家族成员,各成员均具有两个典型的MYB结构域,理化性质变化较大。系统进化分析将121个成员分为33个组,各成员无规律地定位在8条染色体上。基因结构和顺式作用元件分析发现,同一分组具有相同或相似的外显子数和顺式作用元件。响应干旱胁迫表达模式分析和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明干旱胁迫下MsMYB12,MsMYB45,MsMYB52,MsMYB73,MsMYB88,MsMYB124,MsMYB149,MsMYB189,MsMYB268基因的表达量显著上调,可作为后期紫花苜蓿响应干旱胁迫机制研究的潜在靶点。 展开更多

关键词 紫花苜蓿 r2r3-myb 生物信息学分析 干旱胁迫 表达模式

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马尾松R2R3-MYB基因特征及进化和表达分析 被引量：2

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作者 孙爽 胡颖 +2 位作者 陆晶宇 杨章旗 陈虎 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期580-594,共15页

MYB类转录因子在植物生长发育、代谢、应答生物胁迫和非生物胁迫的响应等生物过程发挥重要作用。为探究马尾松R2R3-MYB基因结构及功能,该研究以转录组数据为研究区域,从中筛选获得了17个马尾松R2R3-MYB基因,利用生物信息学对基因进行理... MYB类转录因子在植物生长发育、代谢、应答生物胁迫和非生物胁迫的响应等生物过程发挥重要作用。为探究马尾松R2R3-MYB基因结构及功能,该研究以转录组数据为研究区域,从中筛选获得了17个马尾松R2R3-MYB基因,利用生物信息学对基因进行理化性质、系统进化树等分析,同时利用荧光定量PCR技术分析基因的组织特异性以及在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式。结果表明:(1)17个PmMYBs亚细胞定位于细胞核,均无跨膜结构,且均含有Motif1、Motif2保守基序。系统发育进化树将马尾松PmMYBs划分为9个亚家族,且与火炬松、白云杉等裸子针叶植物关系较近。(2)17个基因均属于组成型表达,但在不同组织的表达量不同;所有基因均参与了花发育和非生物胁迫,不同基因在花发育不同时期的表达存在差异,有7个基因可能参与了雌雄性状转变;大部分基因响应非生物胁迫上调表达,但响应胁迫的时间存在差异;少数基因在胁迫中下调表达,尤其是PmMYB11基因在所有胁迫中均明显下调表达。该研究较系统地分析了马尾松R2R3-MYB基因的结构特征、系统进化及其在花发育时期和非生物胁迫下的表达模式,为深入探究马尾松R2R3-MYB基因的功能及逆境响应机制提供了参考。 展开更多

关键词 马尾松 r2r3-myb 生物信息学分析 非生物胁迫 基因表达

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黄花蒿R2R3-MYB转录因子全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量：2

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作者 李琦 王怡超 +1 位作者 刘畅 谭何新 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期65-74,共10页

MYB家族转录因子广泛参与植物的各种生物过程,其中R2R3-MYB数量最多、功能最广泛,有研究表明黄花蒿R2R3-MYB转录因子能调控分泌性腺毛的发育及青蒿素的生物合成,但相关研究还较少。以黄花蒿基因组数据为基础,通过本地BLAST和HMMsearch... MYB家族转录因子广泛参与植物的各种生物过程,其中R2R3-MYB数量最多、功能最广泛,有研究表明黄花蒿R2R3-MYB转录因子能调控分泌性腺毛的发育及青蒿素的生物合成,但相关研究还较少。以黄花蒿基因组数据为基础,通过本地BLAST和HMMsearch的方法,获得黄花蒿R2R3-MYB转录因子序列132条,并对其保守结构域进行分析,同时构建了与拟南芥R2R3-MYB转录因子的系统进化树,结合BLAST2GO软件的注释结果进行功能预测;此外,本研究还通过转录组数据库分析了R2R3-MYB基因在不同组织的表达模式。综合以上生物信息学分析数据获得了可能参与青蒿素生物合成的R2R3-MYB转录因子基因,同时为参与关键生物过程的R2R3-MYB转录因子基因的筛选提供依据。 展开更多

关键词 黄花蒿 r2r3-myb转录因子 基因组 转录组 生物信息学

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银杏GbR2R3-MYB1基因的克隆及非生物胁迫应答分析 被引量：1

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作者 骆鹰 谭智 +3 位作者 王帆 刘晓霞 罗小芳 何福林 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期184-194,共11页

R2R3-MYB转录因子是MYB家族中成员数量较多的亚家族成员之一,在植物生长发育、激素信号传导、次生代谢产物形成及逆境胁迫调控等方面具有重要的作用。以银杏为材料,克隆获得GbR2R3-MYB1基因,并利用生物信息学方法分析GbR2R3-MYB1蛋白理... R2R3-MYB转录因子是MYB家族中成员数量较多的亚家族成员之一,在植物生长发育、激素信号传导、次生代谢产物形成及逆境胁迫调控等方面具有重要的作用。以银杏为材料,克隆获得GbR2R3-MYB1基因,并利用生物信息学方法分析GbR2R3-MYB1蛋白理化性质、结构与功能;通过构建pCAMBIA1300-R2R3MYB1-GFP融合表达载体及农杆菌介导烟草浸染实验,观察GbR2R3-MYB1基因亚细胞定位情况;利用RT-qPCR方法检测GbR2R3-MYB1基因在非生物逆境胁迫下的表达水平。结果表明,GbR2R3-MYB1基因编码区全长为819 bp,共编码272个氨基酸;蛋白质理论等电点为6.59,相对分子量大小为30001.60 Da,此蛋白为不稳定亲水蛋白,其二级结构中含有28.31%的α-螺旋、4.78%的β-转角、61.03%的无规卷曲和5.88%的延伸链;GbR2R3-MYB1蛋白与火炬松、白云杉R2R3-MYB蛋白的氨基酸序列相似性较高,亲缘关系较近,与系统发育树进化分析结果基本相符;亚细胞定位检测发现GbR2R3-MYB1蛋白定位于细胞核。RT-qPCR分析表明,GbR2R3-MYB1基因对盐、干旱、低温及高温胁迫均有响应,其相对表达量在盐和干旱胁迫下出现先上升后下降的波动,而低温和高温胁迫下表现出先下降后上升再下降的趋势。GbR2R3-MYB1基因的克隆及功能分析可为进一步阐述银杏抗逆分子机理及其他植物的品种改良提供资源和依据。 展开更多

关键词 银杏 Gbr2r3-myb1基因 克隆 亚细胞定位 非生物胁迫 表达分析

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