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烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
1
作者
段新丽
张欣
雷鸣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期2491-2496,共6页
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并...
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.
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关键词
烟酰胺酶
脱氨
反应机理
qm/mm方法
分子动力学模拟
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职称材料
题名
烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
1
作者
段新丽
张欣
雷鸣
机构
化工资源有效利用国家重点实验室
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015年第12期2491-2496,共6页
基金
国家自然科学基金(批准号:21203006,21373023)资助~~
文摘
采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.
关键词
烟酰胺酶
脱氨
反应机理
qm/mm方法
分子动力学模拟
Keywords
Nicotinamidase
Deamination
Mechanism
Quantum mechanics/molecular mechanics （
qm/
mm
） method
Molecular dynamics simulation
分类号
O641 [理学—物理化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
段新丽
张欣
雷鸣
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2015
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