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题名蛋白质天然构象预测的研究进展
被引量：4
- 1
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作者
方慧生
吴梧桐
王旻
余江河
郑珩
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机构
中国药科大学生命科学与技术学院生物信息学教研室
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出处
《中国药科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第3期195-200,共6页
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文摘
继人类基因组计划完成后,如何弄清相应的基因序列的功能及其之间的关系,即比较彻底地解开生命的奥秘成为后基因组计划的主要任务。基因的功能最终主要通过蛋白质来完成,因此,如何根据已知的氨基酸序列来预测相应的蛋白质天然构象成为后基因组计划中最重要的组成部分之一,这为比较彻底界定其功能奠定分子生物学基础。本文从以下几个方面进行了详细地介绍:(1)组成蛋白质天然构象预测方法的基本元素即序列比对方法、构象空间搜索方法及有关的蛋白质数据库;(2)结构预测方法的评估与分类;(3)描述预测性能较好及有比较发展前景的预测方法;(4)天然构象预测的前景等。
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关键词
蛋白质天然构象预测
CASP
从头预测
折叠识别法
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Keywords
prediction of the native state of protein
CASP
Ab initio prediction
Folding recognition
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分类号
Q51
[生物学—生物化学]
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题名蛋白质结构预测的理论方法及阶段
被引量：6
- 2
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作者
孙侠
殷志祥
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机构
安徽理工大学数理系
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出处
《生物学杂志》
CAS
CSCD
2007年第1期16-17,15,共3页
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基金
国家自然科学基金资助项目(60274026
30570431)
+2 种基金
安徽省教育厅自然科学重点项目
安徽省优秀青年基金(06042088)
安徽理工大学博士基金联合资助
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文摘
一直以来,蛋白质结构预测都是人们研究的焦点,综述了蛋白质结构预测的几种理论方法和不同阶段。
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关键词
蛋白质结构预测
理论预测方法
预测阶段
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Keywords
protein structure prediction
theoretic prediction methods
prediction states
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分类号
Q51
[生物学—生物化学]
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题名应用优化的隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构
被引量：1
- 3
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作者
石鸥燕
杨惠云
杨晶
田心
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机构
天津医科大学生物医学工程系
天津医科大学基础医学院
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出处
《高技术通讯》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第7期738-742,共5页
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基金
国家自然科学基金(30770545)资助项目
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文摘
针对3-状态隐马尔可夫模型(HMM)预测蛋白质二级结构准确率不高的问题,提出了7-状态和15-状态 HMM。研究对象为 CB513数据集合中筛选出的492条蛋白质序列,将其随机均分7组。分别应用7-状态和15-状态 HMM 对以上数据集进行二级结构预测,对预测准确率进行了7-交叉验证,并将预测结果与应用3-状态 HMM 的预测结果进行了比较。结果表明,应用7-状态 HMM,Q_3准确率提高3.11%,SOV 提高6.15%,Q_E提高6.49%;应用15-状态 HMM,Q_E比7-状态 HMM 又提高5.74%。在15.状态 HMM 预测中加入序列的同源信息后,Q_3准确率比单序列15-状态 HMM 增加8.76%。结果表明,7-状态HMM 预测能力优于3-状态 HMM,15-状态 HMM 总体预测能力和7-状态 HMM 相当,但β折叠预测能力强于7-状态 HMM。
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关键词
蛋白质二级结构预测
隐马尔可夫模型(HMM)
7-状态
15-状态
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Keywords
protein secondary structure prediction, hidden Markov model （HMM）, 7-state, 15-state
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分类号
Q51-3
[生物学—生物化学]
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