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蛋白质中RNA-结合残基预测的随机森林模型
被引量：
10
1
作者
马昕
郭静
孙啸
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期50-54,共5页
构建了用于预测蛋白质序列中RNA-结合残基的分类模型.在模型的特征提取方面,除了与功能相关的结构特征和序列正交编码信息以外,还提出了一个新颖的特征PSSM-PP.该特征不仅包含蛋白质序列的进化保守特征,还包含与蛋白质和RNA结合有关的...
构建了用于预测蛋白质序列中RNA-结合残基的分类模型.在模型的特征提取方面,除了与功能相关的结构特征和序列正交编码信息以外,还提出了一个新颖的特征PSSM-PP.该特征不仅包含蛋白质序列的进化保守特征,还包含与蛋白质和RNA结合有关的氨基酸理化特征.在设计模型时,考虑到样本数据量大的问题,选用了快速的随机森林算法.该预测模型总体预测准确率达到87.02%,特异性达到95.62%,敏感性达51.16%,Matthew相关系数为0.533 6.此外,还构建了RNA结合残基的预测平台.
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关键词
随机森林
位置特异性矩阵
嵌套式交叉验证
RNA-结合残基
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职称材料
均衡数据法提高蛋白质二级结构预测
被引量：
1
2
作者
李伟
赵亚欧
陈月辉
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009年第6期219-220,239,共3页
传统蛋白质二级结构预测,由于氨基酸序列中三种结构数量的差异,易造成不均衡训练,使得对三种结构的预测准确率差别较大。为改善这种缺陷,受装袋原理的启发,对传统方法进行改进,缩小训练时三种结构数量的差距。在实验中,采用数据集CB396...
传统蛋白质二级结构预测,由于氨基酸序列中三种结构数量的差异,易造成不均衡训练,使得对三种结构的预测准确率差别较大。为改善这种缺陷,受装袋原理的启发,对传统方法进行改进,缩小训练时三种结构数量的差距。在实验中,采用数据集CB396,结果表明该方法能够显著提高对折叠的预测正确率,而且在总的预测正确率上达到77.3%,可以较好地进行蛋白质二级结构预测。
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关键词
pssm
矩阵
BP神经网络
CB396数据集
蛋白质二级结构
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职称材料
题名
蛋白质中RNA-结合残基预测的随机森林模型
被引量：
10
1
作者
马昕
郭静
孙啸
机构
东南大学生物电子学国家重点实验室
南京审计学院金审学院
出处
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期50-54,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(61073141
60971099)
文摘
构建了用于预测蛋白质序列中RNA-结合残基的分类模型.在模型的特征提取方面,除了与功能相关的结构特征和序列正交编码信息以外,还提出了一个新颖的特征PSSM-PP.该特征不仅包含蛋白质序列的进化保守特征,还包含与蛋白质和RNA结合有关的氨基酸理化特征.在设计模型时,考虑到样本数据量大的问题,选用了快速的随机森林算法.该预测模型总体预测准确率达到87.02%,特异性达到95.62%,敏感性达51.16%,Matthew相关系数为0.533 6.此外,还构建了RNA结合残基的预测平台.
关键词
随机森林
位置特异性矩阵
嵌套式交叉验证
RNA-结合残基
Keywords
random forest
position
specific
scoring
matrix
（pssm
）
nested cross-validation
RNA-binding residue
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
均衡数据法提高蛋白质二级结构预测
被引量：
1
2
作者
李伟
赵亚欧
陈月辉
机构
济南大学信息科学与工程学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009年第6期219-220,239,共3页
基金
国家自然科学基金~~
文摘
传统蛋白质二级结构预测,由于氨基酸序列中三种结构数量的差异,易造成不均衡训练,使得对三种结构的预测准确率差别较大。为改善这种缺陷,受装袋原理的启发,对传统方法进行改进,缩小训练时三种结构数量的差距。在实验中,采用数据集CB396,结果表明该方法能够显著提高对折叠的预测正确率,而且在总的预测正确率上达到77.3%,可以较好地进行蛋白质二级结构预测。
关键词
pssm
矩阵
BP神经网络
CB396数据集
蛋白质二级结构
Keywords
position special scoring matrix （pssm）
BP neural network
CB396
protein secondary prediction
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质中RNA-结合残基预测的随机森林模型
马昕
郭静
孙啸
《东南大学学报（自然科学版）》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012
10
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
均衡数据法提高蛋白质二级结构预测
李伟
赵亚欧
陈月辉
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009
1
在线阅读
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职称材料
已选择
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参考文献
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