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三代测序技术在弱D表型家系调查分析中的应用
1
作者 马玲 刘太香 +3 位作者 史丽莉 冯晨晨 张若洋 赵芳 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第4期1199-1202,共4页
目的:对一例表型为弱D的标本及家系成员进行分子机制研究。方法:常规血清学方法鉴定Rh表型;对先证者及家系成员RHD外显子1-10进行一代测序并检测其RHD合子型;进一步采用三代测序技术进行RHD基因单倍型分析。结果:先证者血清学表现为弱D... 目的:对一例表型为弱D的标本及家系成员进行分子机制研究。方法:常规血清学方法鉴定Rh表型;对先证者及家系成员RHD外显子1-10进行一代测序并检测其RHD合子型;进一步采用三代测序技术进行RHD基因单倍型分析。结果:先证者血清学表现为弱D,一代测序发现外显子5存在c.787G>A点突变。家系调查结果显示,先证者与其妹具有相同的血清学表型及分子机制,其父携带该基因突变,其母与其弟均正常。RHD合子型分析未检测到杂合box,提示家系成员不存在RHD基因全缺失的单倍型。三代测序结果显示,先证者与其妹分别遗传来自父亲的弱D等位基因及母亲的非功能性等位基因RHD-CE(3-9)-D。结论:三代测序技术能对RHD基因进行单倍型分析,适用于RHD/RHCE大片段基因杂交合并其他突变等复杂基因型检测。 展开更多
关键词 三代测序 弱D 基因型
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基于三代测序技术高温和中高温大曲真菌多样性解析及酵母菌的分离鉴定 被引量：3
2
作者 崔梦君 王玉荣 +4 位作者 侯强川 张海波 田龙新 叶明波 郭壮 《食品工业科技》 北大核心 2025年第2期175-183,共9页
为明确不同类型大曲真菌多样性及可培养酵母菌的差异,本研究采用三代测序技术对高温和中高温大曲的真菌类群进行了解析,并结合传统微生物纯培养方法和分子生物学技术对其蕴含的酵母菌资源进行挖掘。α多样性分析结果表明,2种类型大曲真... 为明确不同类型大曲真菌多样性及可培养酵母菌的差异,本研究采用三代测序技术对高温和中高温大曲的真菌类群进行了解析,并结合传统微生物纯培养方法和分子生物学技术对其蕴含的酵母菌资源进行挖掘。α多样性分析结果表明,2种类型大曲真菌群落丰富度和多样性上存在显著差异(P<0.05);种属分析结果表明,高温大曲主要以疏棉状嗜热霉(Thermomyces lanuginosus)为主,平均相对含量为73.81%,中高温大曲主要以多育曲霉(Aspergillus proliferans)为主,平均相对含量为52.58%;β多样性分析结果表明,高温和中高温大曲真菌群落结构存在非常显著的差异(P<0.01);LEfSe分析表明,嗜热真菌属(Thermomyces)和曲霉科(Aspergillaceae)可以分别作为高温和中高温大曲的生物标志物;纯培养技术结果表明,从10份大曲样品中共分离得到18株酵母菌,高温和中高温大曲的优势分离株均为扣囊复膜孢酵母(Saccharomycopsis fibuligera)。由此可见,高温和中高温大曲真菌多样性上存在明显差异。 展开更多
关键词 高温大曲 中高温大曲 三代测序技术 真菌类群
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基于第三代测序技术分析云南鹤庆猪肝鲊微生物多样性
3
作者 王高 魏光强 《食品科学》 北大核心 2025年第13期124-132,共9页
采用第三代测序技术对猪肝鲊中细菌和真菌分别进行16S全长和内部转录间隔全长测序,分析云南鹤庆猪肝鲊中细菌和真菌多样性,并注释到种水平。猪肝鲊微生物群落呈现复杂多样性,门水平上,优势细菌和真菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌... 采用第三代测序技术对猪肝鲊中细菌和真菌分别进行16S全长和内部转录间隔全长测序,分析云南鹤庆猪肝鲊中细菌和真菌多样性,并注释到种水平。猪肝鲊微生物群落呈现复杂多样性,门水平上,优势细菌和真菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)和子囊菌门(Ascomycota);属水平上,优势细菌属为四联球菌属(Tetragenococcus),真菌属为米勒酵母属(Millerozyma);种水平上,优势细菌为嗜盐四联球菌(Tetragenococcus_halophilus),优势真菌为粉状米勒酵母(Millerozyma_farinosa),参与发酵的真菌种类多于细菌。由群落热图可知,ZGZ201、ZGZ202、ZGZ302样品的细菌和真菌组成最为相似。鹤庆猪肝鲊微生物群落构成以真菌为主,细菌为辅,注释出嗜盐四联球菌和粉状米勒酵母,可为后续潜在发酵菌株的筛选、发酵剂的研发以及产业发展提供参考。 展开更多
关键词 猪肝鲊 第三代测序技术 种水平 微生物多样性
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靶向二代测序技术对无痰肺结核患者的诊断效能评估
4
作者 杨泽亮 马子淳 +4 位作者 尚媛媛 石金 荆玮 逄宇 秦林 《中国防痨杂志》 北大核心 2025年第7期878-883,共6页
目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar l... 目的:评估靶向二代测序(targeted next generation sequencing, tNGS)技术对无痰肺结核患者的诊断效能。方法:收集2023年12月至2024年3月在首都医科大学附属北京胸科医院就诊的149例无痰肺结核患者的支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)标本,分别进行BECTEC MGIT 960液体培养(简称“培养”)、GeneXpert MTB/RIF(简称“Xpert”)和tNGS检测。分别以微生物学参考标准(microbiological reference standard, MRS)和临床参考标准(clinical reference standard, CRS)为标准,对比3种检测方法的肺结核诊断效能。结果:培养、Xpert和tNGS技术的阳性检出率分别为47.0%(70/149)、53.0%(79/149)和89.3%(133/149)。以MRS作为诊断标准,tNGS的敏感度为100.0%(81/81),与Xpert的97.5%(79/81)相比,差异无统计学意义(χ^(2)=2.025,P=0.155),高于培养的86.4%(70/81),差异有统计学意义(χ^(2)=11.801,P=0.001)。将CRS作为诊断标准后,tNGS的敏感度和特异度分别为96.3%(131/136)和84.6%(11/13),敏感度高于Xpert的59.6%(81/136)和培养的51.5%(70/136),差异均有统计学意义(χ^(2)=53.459,P<0.001;χ^(2)=70.921,P<0.001)。结论:tNGS技术对无痰肺结核患者的BALF标本具有良好的诊断效能,可以用于疑似肺结核患者的早期诊断。 展开更多
关键词 结核 肺 痰 支气管肺泡灌洗液 诊断技术和方法 靶向二代测序
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基于二代测序技术的肉瘤分子特征及其在诊疗中的潜在应用 被引量：1
5
作者 范晓雯 张军良 +3 位作者 高子凡 凌冬冬 施鑫 周幸 《医学研究与战创伤救治》 北大核心 2025年第3期258-262,共5页
目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其... 目的对肉瘤患者的基因突变特征进行系统分析,并探索这些特征在疾病诊断、预后评估及个性化治疗中的潜在应用价值。方法使用二代测序技术(NGS)对50例肉瘤患者的肿瘤样本进行了基因组分析,重点分析了与肉瘤发生、发展相关的基因突变及其在不同组织学亚型中的差异性。结果研究发现TP53、PTEN、CDKN2A、MYC等基因在肉瘤中突变频率较高,且不同组织学亚型的基因突变谱存在显著差异。骨肉瘤中存在大量的基因融合和拷贝数变异,特别是TP53基因的多种突变类型揭示了其复杂的突变机制,并与不良预后密切相关。RB1通路相关基因的高突变率进一步证明了其在肉瘤发生中的关键作用。此外,该队列中存在21.9%的可操作的突变基因,与先前的研究结果一致,突出了NGS检测对识别潜在可操作突变的重要个性化治疗。结论为肉瘤的分子特征提供了全面的图谱,揭示了其异质性和复杂的突变机制,为肉瘤的精准医学提供了重要基础。 展开更多
关键词 肉瘤 基因突变 二代测序技术
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三代测序和单细胞转录组测序技术在家畜雄性生殖领域的研究进展 被引量：1
6
作者 王兴东 郭宪 《中国草食动物科学》 CAS 北大核心 2024年第3期59-65,共7页
雄性家畜优良的繁殖性能可以提高养殖效益,促进家畜种群的改良和生产性能的提升,而睾丸正常发育是雄性哺乳动物精子发生及有效繁殖力的先决条件。近年来,高通量测序技术已广泛应用于哺乳动物睾丸发育及精子发生的各项研究中。其中三代... 雄性家畜优良的繁殖性能可以提高养殖效益,促进家畜种群的改良和生产性能的提升,而睾丸正常发育是雄性哺乳动物精子发生及有效繁殖力的先决条件。近年来,高通量测序技术已广泛应用于哺乳动物睾丸发育及精子发生的各项研究中。其中三代测序和单细胞转录组测序技术已经成为深入研究家畜雄性生殖及精子发生机制的有效工具。文章综述了雄性睾丸发育,三代测序和单细胞转录组测序技术及其在睾丸发育中的应用和研究进展,揭示出与雄性生殖发育相关的关键基因和途径,为提高家畜的繁殖效率及研究生殖疾病的病因提供参考依据。 展开更多
关键词 三代测序 单细胞转录组 雄性生殖
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宏基因二代测序技术对胸内淋巴结结核的诊断价值 被引量：1
7
作者 齐齐 蔡青山 +2 位作者 陈园园 周丽红 周建英 《中国防痨杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第S01期4-8,共5页
目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核... 目的:探讨宏基因二代测序技术(metagenomic next-generation sequencing,m NGS)在胸内淋巴结结核中的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法,搜集2020年12月至2023年9月浙江省中西医结合医院结核病诊疗中心收治的122例疑似胸内淋巴结结核患者临床资料,所有患者均行支气管内超声引导下经支气管针吸活检术(endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration,EBUS-TBNA)。穿刺标本同时进行mNGS、Gene Xpert MTB/RIF(简称“Xpert”)、PCR-荧光探针法(简称“RT-PCR”)、RNA恒温扩增荧光实时检测技术(简称“TB-SAT”)、BACTEC MGIT 960分枝杆菌全自动快速液体培养(简称“MGIT 960”)和涂片抗酸染色(简称“涂片”),比较6种方法对胸内淋巴结结核的诊断效能。结果:根据诊断标准,122例疑似患者中,最终89例诊断为胸内淋巴结结核,33例为非胸内淋巴结结核患者。以综合诊断结果为参照标准,m NGS对胸内淋巴结结核诊断的敏感度为89.9%(95%CI:81.7%~95.3%)、特异度为87.9%(95%CI:71.8%~96.6%)、准确率为89.3%(95%CI:82.5%~94.2%),AUC值为0.889(95%CI:0.819~0.939),明显高于Xpert、RT-PCR、TB-SAT、MGIT 960和涂片对胸内淋巴结结核检测的敏感度(68.5%、61.8%、33.7%、49.4%和11.2%)、特异度(93.9%、97.0%、97.0%、100.0%和100.0%)、准确率(75.4%、71.3%、50.8%、63.1%和35.2%)和AUC(0.812、0.794、0.747、0.653和0.556)。结论:m NGS检测对胸内淋巴结结核具有较高的临床诊断价值,尤其在其他结核病相关检测均阴性时,该技术可给临床诊断提供重要参考,但与传统的病原学检测手段相比较,特异度仍偏低,尤其在鉴别疾病良恶性时,需结合病理结果进行综合分析。 展开更多
关键词 宏基因组二代测序 结核 胸内淋巴结 诊断技术和方法 对比研究
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基于Pacbio第三代测序技术的厚朴基因组测序分析 被引量：4
8
作者 尹彦棚 丁乔娇 +4 位作者 罗加伟 林新娜 张敏 彭成 高继海 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1251-1262,共12页
厚朴为著名的传统药用植物,归于木兰科、木兰属,于我国广泛种植,其树皮、根皮、枝皮、叶片、花、果实均能入药或食用。为获取厚朴全基因组序列信息,该文以厚朴叶片DNA为材料,采用Pacbio Sequel第三代测序技术构建厚朴全基因组数据库,并... 厚朴为著名的传统药用植物,归于木兰科、木兰属,于我国广泛种植,其树皮、根皮、枝皮、叶片、花、果实均能入药或食用。为获取厚朴全基因组序列信息,该文以厚朴叶片DNA为材料,采用Pacbio Sequel第三代测序技术构建厚朴全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明:(1)原始测序数据过滤后获得140.91 Gb三代数据,Read N50约为13784 bp,经过组装得到厚朴基因组大小为1.68 Gb,Contig N50约为222069 bp,单拷贝基因完整性为81.0%。(2)组装后的序列通过与NR、KOG、KEGG等功能数据库比对,共有98.40%的基因得到了功能注释,其中KOG功能注释结果发现厚朴的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明厚朴的基因集中在细胞组分及生物学过程;KEGG分析发现厚朴参与代谢通路的基因占主要地位。(3)通过与葡萄、拟南芥、水稻、杨树、银杏、无油樟、茶树及牛樟基因组的比对分析,发现厚朴23424个基因中有20801个基因可以分类到12129个家族,其中有515个基因家族为厚朴所特有,而厚朴与牛樟(樟科)亲缘关系较近,两者的分化时间约在122.5百万年前(mya)。该研究首次利用第三代测序技术对厚朴全基因组解析,有利于对其进一步进行深入的开发与利用,也为研究其他药用植物全基因组奠定了基础。 展开更多
关键词 厚朴 基因组 第三代测序技术 基因注释 药用植物
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宏基因组测序技术在动物源微生物耐药性方面的应用研究进展
9
作者 方雅红 孙冰清 +6 位作者 张亦菲 田恺 姜芹 张妤 蔡煜婷 商军 黄士新 《中国动物检疫》 2025年第6期55-63,共9页
抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境... 抗微生物药物耐药性(antimicrobial resistance,AMR)的全球蔓延对人类和动物健康构成严重威胁。动物源微生物作为抗微生物药物耐药基因(antimicrobial resistance genes,ARGs)的重要储存库,对其监测对于遏制AMR从动物传播到人类和环境具有重要意义。随着高通量测序技术的发展,宏基因组测序技术在动物源微生物的AMR研究中得到广泛应用。本文总结分析了基于二代测序与三代测序的宏基因组学在AMR研究中的优势与局限,归纳了基于宏基因组测序的AMR研究方向,整合了畜禽、水生动物及伴侣动物中ARGs的分布特征与传播机制,讨论了该技术面临的挑战及应用前景,以期为AMR的精准控制提供理论支撑。 展开更多
关键词 宏基因组测序 抗微生物药物耐药性 二代测序 三代测序
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基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装 被引量：3
10
作者 薛倩 邢伟杰 +6 位作者 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3869-3881,共13页
【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试... 【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。 展开更多
关键词 汶上芦花鸡 基因组组装 pacbio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽
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基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装 被引量：2
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作者 司诚 钟启文 杨世鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期180-190,共11页
香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段... 香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库。利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14 179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16%;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11%,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22%的重复序列,41 571个基因,99.06%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4 360个tRNA、5 677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因。香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA。 展开更多
关键词 香瓜茄 基因组 pacbio三代测序技术 基因注释
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基于第三代基因测序对地中海贫血基因检测的研究进展 被引量：1
12
作者 陈彦君 徐志红 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期634-638,共5页
地中海贫血是世界上分布最广泛的单基因常染色体隐性遗传病,其临床表现从无症状到需要持续输血来维系生命的严重贫血,这对社会及家庭造成了严重的经济负担,因此,在产前进行相应的筛查与诊断很有必要。常规的检测方法大多只能检测出常见... 地中海贫血是世界上分布最广泛的单基因常染色体隐性遗传病,其临床表现从无症状到需要持续输血来维系生命的严重贫血,这对社会及家庭造成了严重的经济负担,因此,在产前进行相应的筛查与诊断很有必要。常规的检测方法大多只能检测出常见的地中海贫血基因型,对于罕见的基因变异容易造成误诊或漏诊,这对于临床遗传咨询造成一定困难。第三代基因测序(Third-generation sequencing,TGS)目前已应用于地中海贫血基因的检测,相较于常规检测方法,其更加准确、可靠,更具有优越性。本文就第三代基因测序技术在地中海贫血基因检测方面的最新研究进展作一综述。 展开更多
关键词 地中海贫血 第三代基因测序 地中海贫血的基因分析 单分子实时测序 长分子测序
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胚胎植入前遗传学检测结合三代测序在阻断遗传性痉挛性截瘫中的成功应用
13
作者 齐淇 周征 +2 位作者 马金召 姚兵 陈莉 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期2184-2191,共8页
目的结合三代测序技术(TGS)与胚胎植入前遗传学检测(PGT)成功阻断一个由SPAST基因突变引起的遗传性痉挛性截瘫(HSP),探讨PGT-M与TGS在遗传性痉挛性截瘫中的应用价值。方法选取一个遗传性痉挛性截瘫家系进行全外显子检测(WES),发现SPAST... 目的结合三代测序技术(TGS)与胚胎植入前遗传学检测(PGT)成功阻断一个由SPAST基因突变引起的遗传性痉挛性截瘫(HSP),探讨PGT-M与TGS在遗传性痉挛性截瘫中的应用价值。方法选取一个遗传性痉挛性截瘫家系进行全外显子检测(WES),发现SPAST基因c.1699G>T突变,对该家系中先证者的SPAST基因突变位点c.1699G>T进行Sanger测序验证,同时应用三代测序技术在该家系SPAST基因突变位点两侧选择单核苷酸多态性(SNP)位点作为遗传连锁标记,进而构建携带基因突变的家系SNP单体型。行拮抗剂方案刺激卵巢以获取卵母细胞,并进行卵细胞质内单精子注射(ICSI)及胚胎培养,对囊胚滋养层细胞进行活检。应用PGT-M技术后,选择其中不携带致病基因的胚胎进行移植。结果本周期共获取卵母细胞20枚,其中正常受精18枚,最后形成可供活检的囊胚12枚。基因检测结果显示,12枚囊胚均成功扩增,且均为整倍体,12枚囊胚中8枚不携带父源突变,4枚胚胎携带父源突变。挑选其中1枚不携带父源突变的优质整倍体胚胎进行冻融胚胎移植(FET),成功妊娠后羊水检测显示胎儿不携带父源突变后产下一健康女婴。结论对于家系不全的遗传病案例,应用三代测序及PGT-M技术可有效阻断SPAST基因突变向子代垂直传递,也可避免非整倍体胚胎妊娠导致的流产,帮助常染色体显性遗传性痉挛性截瘫家庭获得健康子代。 展开更多
关键词 遗传性痉挛性截瘫 SPAST基因 植入前遗传学诊断 第三代基因测序技术 单核苷酸多态性
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克氏原螯虾的三代转录组测序分析
14
作者 张明达 王丽媛 +2 位作者 蔺思函 李倩倩 杜志强 《江苏农业科学》 北大核心 2024年第12期187-194,共8页
为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的转录组信息,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(SMRT),对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序,获得克氏原... 为探究在病原刺激情况下克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的转录组信息,采用PacBio平台的单分子实时测序技术(SMRT),对使用弧菌刺激下的克氏原螯虾的血淋巴、肝胰腺、鳃、肠、淋巴器官和肌肉的混合组织样进行全长转录组测序,获得克氏原螯虾的全长转录本文库。首先,使用TRIzol法提取总RNA合成双链cDNA用于SMRTbell建库和测序,利用SMRT分析套件进行插入片段识别,Reads分类、聚类和校正,利用BUSCO单拷贝同源数据库对其进行组装的完整性评价,通过使用CD-HIT软件,将序列进行去冗余分析,最后利用公共数据库NR、NT、SwissProt、KOG、GO、Pfam及KEGG对克氏原螯虾转录本进行功能注释。全长转录组得到改良后一致序列149213个,序列平均长度为2213 bp。BUSCO单拷贝同源数据库完整性评价,约有95.8%完整基因元件,说明大多数保守基因组装较完整,组装结果较可靠。在NR数据库注释得到110181条序列,分别比对到1373个物种,其中与美洲海螯虾(Homarus americanus)基因相似的序列最多,为48433条。与GO数据库进行匹配,统计注释到结合和催化活性功能最多,分别为14327和13344个。KOG功能注释分为25个功能组分,其中,一般功能预测最多,为20269个。KEGG注释结果发现,信号转导的代谢通路注释的基因数最多,为12277个。本研究过程中组装并获得完整良好的序列,与功能数据库比对得出序列的功能特性,可为探究克氏原螯虾的功能基因、免疫响应和相关代谢通路等提供可靠的基因组资源。 展开更多
关键词 克氏原螯虾 转录组 三代测序 功能注释
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第三代测序技术在遗传性耳聋基因拷贝数变异检测的临床应用 被引量：7
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作者 王秋权 黄莎莎 +4 位作者 袁永一 康东洋 吴婕 张昕 戴朴 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第2期227-231,共5页
目的应用第三代测序技术(TGS)明确一例伴内耳畸形的男性聋儿的分子病因,并探讨TGS用于临床检测遗传性耳聋基因CNVs的可行性。方法应用基于纳米孔测序技术的TGS平台(Oxford Nanopore)对先证者行全基因组结构变异检测,对于检测到的基因组C... 目的应用第三代测序技术(TGS)明确一例伴内耳畸形的男性聋儿的分子病因,并探讨TGS用于临床检测遗传性耳聋基因CNVs的可行性。方法应用基于纳米孔测序技术的TGS平台(Oxford Nanopore)对先证者行全基因组结构变异检测,对于检测到的基因组CNVs应用Sanger测序进行家系验证。结果TGS检测提示患儿Xq21.1(chrX:81079396-84457540)区域存在约3.38Mb、包含POU3F4基因的半合子缺失变异,确定了其准确的断点位置。经Sanger测序验证,且明确变异来源于母亲。通过排除其他基因致病性,最终确定POU3F4基因缺失为致病原因。结论TGS能够有效提供基因拷贝数变异信息及精确定位断点,可为遗传性耳聋分子诊断及进一步遗传咨询提供更有价值的信息,对耳聋出生缺陷的预防具有临床指导意义。 展开更多
关键词 遗传性耳聋 内耳畸形 拷贝数变异 三代测序 POU3F4
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三代测序与靶向捕获技术联用进行高分辨HLA基因分型及MHC区域单倍体型精细鉴定 被引量：4
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作者 陈佳 舒明月 +6 位作者 里进 付爱思 杨帆 王邹 李一荣 邓子新 刘天罡 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期337-348,共12页
人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探... 人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)的高分辨率、精准分型对于组织配型以及HLA相关疾病研究具有重要意义。本研究以12位原发性肝细胞癌病人的外周血为供试样本,分析二、三代测序数据用于高分辨率HLA分型的优劣势,同时结合探针捕获与三代测序技术对YH、HeLa标准细胞系以及一个原发性肝细胞癌病人的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域进行靶向分析,探究长读长测序技术对于整个MHC区域精细分析的潜力。研究表明:(1)二、三代测序技术均能实现6～8位高分辨HLA分型,且两者分型结果一致。但是三代数据的覆盖均一度显著优于二代,不会出现明显的"断层"现象;(2)超长的三代数据可直接跨越整个扩增子,对于基因单倍体型的判定(phasing)具有明显优势。样本中92.79%的HLA基因能够得到准确的单倍体分型结果,远高于二代的75.65%;(3)长读长的三代测序数据不但能实现对MHC区域的更好组装,还具有对整个MHC共计3.6 Mb区域进行phasing的能力,而这将有助于明确各个突变位点、等位基因、非编码区等基因原件在每个MHC单倍体型上的定位与相互连锁信息,为免疫等相关疾病的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 HLA MHC 三代测序 HLA单倍体分型 NimbleGen探针捕获技术
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基于三代测序技术的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)高通量候选基因关联分析方法的建立 被引量：4
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作者 李碧瀚 于洋 +2 位作者 刘桂嘉 罗正 李富花 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1255-1264,共10页
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是世界也是我国的主导对虾养殖品种,产业的发展离不开良种的支撑,分子育种被认为是加快良种选育的最有效途径,而目标性状相关分子标记的开发是发展分子育种的基础。研究主要目的是建立一种适用于凡纳... 凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)是世界也是我国的主导对虾养殖品种,产业的发展离不开良种的支撑,分子育种被认为是加快良种选育的最有效途径,而目标性状相关分子标记的开发是发展分子育种的基础。研究主要目的是建立一种适用于凡纳滨对虾等水产经济物种的高通量候选基因关联分析方法,并在抗弧菌相关标记筛选中进行应用。首次将三代靶向测序技术用于对虾候选基因的基因分型,在抗弧菌性状候选基因LvPI3K的全长序列上发掘到91个SNP位点,通过关联分析鉴定到21个与抗弧菌性状显著相关的SNP标记(P<0.05),利用Sanger测序证实了三代靶向测序技术分型结果准确可靠。所建立的基于三代测序的靶向分型方法为凡纳滨对虾等水产动物提供了一种高效、低成本的基因分型方法,所发掘的抗弧菌性状相关位点对开展凡纳滨对虾抗弧菌性状分子育种具有一定指导意义。 展开更多
关键词 三代靶向测序 基因分型 抗弧菌性状 关联分析 凡纳滨对虾
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基于第三代纳米孔测序技术的东方蜜蜂微孢子虫全长转录组构建及注释 被引量：16
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作者 陈华枝 杜宇 +10 位作者 范小雪 祝智威 蒋海宾 王杰 范元婵 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 陈大福 郭睿 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1461-1472,共12页
【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴... 【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr,Swiss-Prot,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库,获得相应注释信息。分别利用蛋白结构域分析方法CPC,CNCI,CPAT和Pfam对长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)进行预测,获得高可信度lncRNA。利用CPM(counts per million)法计算每一条全长转录本的表达量。【结果】利用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫转录组测序共测得6988795条raw reads,经质控获得6953469条clean reads,其中包含5143999条全长转录本。共鉴定到10243条非冗余全长转录本,N50和平均读长分别为1042 bp和894 bp,最大读长为4855 bp。有9342,4038,4283,2569,4859和3450条全长转录本分别注释到Nr,KOG,eggNOG,Pfam,GO和KEGG数据库。注释到东方蜜蜂微孢子虫、蜜蜂微孢子虫Nosema apis和家蚕微孢子虫Nosema bombycis的全长转录本数量最多。共鉴定到87条高可信度lncRNA,包含49条正义链lncRNA(sense lncRNA)、25条反义链lncRNA(anti-sense lncRNA)和13条基因间区lncRNA。本研究的测序量足以检测到全部表达的全长转录本,全长转录本的表达量(CPM)范围在0.1到10000以上。【结论】本研究构建和注释了东方蜜蜂微孢子虫的高质量全长转录组数据,可为病原的比较转录组分析、转录本的可变剪接和可变腺苷酸化分析、简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点挖掘、基因结构优化以及基因全长序列克隆及功能研究提供关键基础。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 全长转录组 长链非编码RNA 第三代测序技术 纳米孔测序
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应用第三代测序技术检测Y连锁遗传性耳聋家系的复杂重组结构研究 被引量：1
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作者 吴萧男 关静 +3 位作者 兰兰 王洪阳 王大勇 王秋菊 《中华耳科学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第2期205-210,共6页
目的 研究Y连锁遗传性耳聋家系患者的Y染色体上存在的复杂重组结构的插入片段及断点。方法应用第三代测序技术中的Nanopore技术,对Y连锁遗传性耳聋家系中1名先证者及家系外正常男性进行测序,并将测序结果对比分析,研究此复杂重组结构各... 目的 研究Y连锁遗传性耳聋家系患者的Y染色体上存在的复杂重组结构的插入片段及断点。方法应用第三代测序技术中的Nanopore技术,对Y连锁遗传性耳聋家系中1名先证者及家系外正常男性进行测序,并将测序结果对比分析,研究此复杂重组结构各插入片段在正常男性中的存在情况。结果 通过Nanopore技术检测,发现先证者Y染色体Yp11.2区存在一段长约793kb的复杂重组结构,由9段1号染色体及Y染色体不相连片段组成。通过对比分析,证明在正常男性中不存在此复杂重组结构。结论 第三代测序技术能够凭借其长读长的特点跨越染色体重复区域断点,对Y染色体的复杂拷贝数变异区域进行测序。 展开更多
关键词 Y染色体 遗传性耳聋 第三代测序技术 拷贝数变异
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三代测序技术及其应用研究进展 被引量：21
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作者 马丽娜 杨进波 +1 位作者 丁逸菲 李颖康 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第8期2246-2256,共11页
通过DNA测序不仅可以更好地认识生命的本质,了解生物的差异性、进化及发展史,而且为重组DNA的研究提供了方向,在疾病诊断及基因分型方面具有非常重要的实用价值。首先从发现DNA是遗传物质开始,简要回顾了第一、二和三代测序技术的整个... 通过DNA测序不仅可以更好地认识生命的本质,了解生物的差异性、进化及发展史,而且为重组DNA的研究提供了方向,在疾病诊断及基因分型方面具有非常重要的实用价值。首先从发现DNA是遗传物质开始,简要回顾了第一、二和三代测序技术的整个发展历程,以及各自的优缺点和主要测序技术或平台;其次,重点介绍了由PacBio公司开发的第三代测序典型技术——单分子实时测序技术(SMRT)和ONT纳米孔测序技术的原理、方法和技术流程,并总结了第三代测序技术的应用领域,包括基因组重测序、do novo测序、转录组研究、甲基化检测、与疾病相关的结构变异检测,以及流行病学中病毒准种分析等应用;再次,比较了三代测序技术在转录组测序和表观遗传学研究中的技术优势,第三代测序技术在基因组重复区域或结构变异等研究领域具有非常明显的优势,对多种疾病的研究意义重大,已成为未来重要的精准诊断工具,此外,凭借对重要经济物种遗传信息的解析,育种工作者通过建立基因与性状的关联,对持有优良性状基因的个体进行人工选育,大大缩短了育种年限;最后,对第三代测序技术在医疗、农业、环境等领域的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 第三代测序 单分子测序 长读长 结构变异
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