基于PacBio Iso-Seq构建低温胁迫后中华蜜蜂工蜂全长转录组 被引量：1

1

作者 姚丹 周文才 +4 位作者 詹洪平 于瀛龙 贺兴江 万炜 韦小平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期611-621,共11页

【目的】中华蜜蜂Apis cerana cerana是东方蜜蜂Apis cerana在中国地区分布最广泛的亚种,在地理适应和生态多样性方面有显著优势。中华蜜蜂的低温适应性优于西方蜜蜂A.mellifera,可用于高海拔高山地区和冬季蜜源的采集,该性能在生产方... 【目的】中华蜜蜂Apis cerana cerana是东方蜜蜂Apis cerana在中国地区分布最广泛的亚种,在地理适应和生态多样性方面有显著优势。中华蜜蜂的低温适应性优于西方蜜蜂A.mellifera,可用于高海拔高山地区和冬季蜜源的采集,该性能在生产方面有重要作用,探究中华蜜蜂低温耐受性可有助于优良品系的筛选,为农业经济创造更大价值。【方法】收集分别在常温(25.0±0.2)℃(对照)和低温(4.0±0.2)℃下处理6 h时的中华蜜蜂3,10和21日龄工蜂6组样本,进行转录组二代测序(Illumina RNA-Seq)和全长转录组三代测序(PacBio Iso-Seq),利用二代测序数据对三代测序数据进行校正,基于高质量的测序数据对比NR,NT,Pfam,KOG/COG,Swiss-Prot,KEGG和GO数据库,对新转录本和新基因进行功能注释。【结果】中华蜜蜂工蜂6组样本全长转录组测序分别获得71.17,42.76,58.82,53.45,40.33和42.79 Gb读段,平均N50达到205895 bp,质控后得到164194条一致性序列;通过比对到东方蜜蜂参考基因组可获得21519条新转录本,与中华蜜蜂物质代谢、神经系统和信号转导等密切相关,且不同日龄中华蜜蜂受低温胁迫后,物质代谢、细胞发育、寿命及神经发育等受到影响,同时还鉴定到28647条长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),其中lincRNA和sense_intronic两种类型LncRNA的占比最多,分别为35%和45%。【结论】本研究利用矫正后的中华蜜蜂工蜂PacBio Iso-Seq转录组数据鉴定到大量未注释的新基因和新转录本,并对其进行了功能注释,分析了LncRNA的数量和类型,研究结果完善了东方蜜蜂参考基因组,为中华蜜蜂抗寒机制的探究提供了良好的数据背景。 展开更多

关键词 中华蜜蜂 低温 转录组 参考基因组 发育阶段 pacbio测序

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三代测序PacBio在转录组研究中的应用 被引量：9

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作者 钟伟民 张兴坦 +2 位作者 赵茜 马东娜 唐海宝 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第5期524-529,共6页

本文介绍了PacBio测序在转录组学研究中的一些应用及PacBio测序数据分析常用的方法流程,根据PacBio测序的发展综述了PacBio测序经常遇到的一些问题及相应解决方案,并就PacBio测序技术所面临的挑战和未来的发展进行讨论.

关键词 pacbio测序 pacbio应用 pacbio流程

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基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装 被引量：3

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作者 薛倩 邢伟杰 +6 位作者 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3869-3881,共13页

【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试... 【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。 展开更多

关键词 汶上芦花鸡 基因组组装 pacbio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽

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基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装 被引量：3

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作者 司诚 钟启文 杨世鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期180-190,共11页

香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段... 香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库。利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14 179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16%;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11%,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22%的重复序列,41 571个基因,99.06%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4 360个tRNA、5 677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因。香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA。 展开更多

关键词 香瓜茄 基因组 pacbio三代测序技术 基因注释

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自然发酵酸马奶对人体肠道菌群的影响——基于PacBio SMRT测序技术 被引量：7

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作者 温永平 侯强川 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期4-7,共4页

采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在... 采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在大量的"肠道核心微生物群",饮用酸马奶会使志愿者肠道中硬壁菌门的相对含量升高。在种的水平上,饮用酸马奶可以促进部分有益生菌如柔嫩梭菌群、多形拟杆菌的生长,这可能是酸马奶具有众多益生作用的原因之一。 展开更多

关键词 酸马奶 肠道菌群 pacbioSMRT测序技术

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PacBio测序分析开菲尔发酵过程中细菌演替 被引量：2

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作者 史大伟 邢军 +4 位作者 马龙 李安 于红 古丽加马力·艾萨 张瑞 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2021年第2期19-23,共5页

利用PacBio SMRT测序技术,对采集自新疆喀什地区牧民家中的开菲尔进行0~96 h发酵过程中细菌群落的结构演替进行分析。研究结果如下:在整个发酵过程中芽孢杆菌(Bacillus)、肠杆菌属(Enterobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)是开菲尔发酵过... 利用PacBio SMRT测序技术,对采集自新疆喀什地区牧民家中的开菲尔进行0~96 h发酵过程中细菌群落的结构演替进行分析。研究结果如下:在整个发酵过程中芽孢杆菌(Bacillus)、肠杆菌属(Enterobacter)和气单胞菌属(Aeromonas)是开菲尔发酵过程中的优势菌属。在发酵过程中鉴定到种约有6种。在整个发酵过程中,开菲尔中的细菌多样性呈现降低趋势,pH值与发酵过程中的大多数物种呈正相关关系;乳酸含量与发酵过程中的大多数物种呈负相关关系。 展开更多

关键词 开菲尔 微生物多样性 pacbio测序 菌群演替

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基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌转录因子、融合基因及RNA编辑事件的鉴定 被引量：2

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作者 许雅静 吴鹰 +9 位作者 余岢骏 孙明会 刘佳美 郭意龙 徐细建 鲍佳益 康育欣 陈大福 郭睿 付中民 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期63-72,共10页

【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息... 【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息,并为进一步探究它们的功能提供理论依据。【方法】利用BLASTx工具将AaM和AaS的全长转录本序列比对到Nr,Swiss-Prot和KEGG数据库以获得一致性最高的蛋白序列,再利用hmmscan软件将上述蛋白序列比对到Plant TFdb数据库以获得TF的分类及注释信息。采用TOFU软件中的fusion_finder.py程序进行融合基因的预测,进而分析融合基因的序列和位置信息。使用SAMtools预测AaM和AaS中的RNA编辑事件,再利用ANNOVAR软件对RNA编辑事件进行注释,进而采用相关生物信息学软件对RNA编辑位点基因进行GO功能和KEGG通路注释。【结果】在AaS中共鉴定到17个TF家族的213个TF,其中C2H2家族包含的TF成员最多。在AaM和AaS中分别鉴定到921和510个融合基因,二者共有的融合基因为510个,特有的融合基因分别为411和0个。在AaM和AaS中分别鉴定到547和191次RNA编辑事件,其中AaM中同义单核苷酸突变的数量最多,AaS中非同义单核苷酸突变的数量最多。此外,在AaM中鉴定到12种碱基替换类型,其中发生C->T的RNA编辑事件数量最多,达到158次;在AaS中鉴定到9种碱基替换类型,其中发生C->T和G->T的RNA编辑事件数量最多,均有42次。AaM和AaS中RNA编辑位点基因分别涉及19和24个GO功能条目;此外还能注释到11和20条KEGG通路。【结论】蜜蜂球囊菌的菌丝和孢子中含有丰富的TF、融合基因和RNA编辑位点;转录因子C2H2家族与蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长发育和细胞活动具有潜在关联;RNA编辑事件的碱基替换类型在蜜蜂球囊菌和其他物种中具有物种特异性;RNA编辑可能在蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长和代谢中发挥作用。 展开更多

关键词 蜜蜂球囊菌 pacbio测序 RNA编辑 转录因子 融合基因

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基于PacBio平台的黄颡鱼全长转录组测序及分析 被引量：2

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作者 王家琪 熊阳 +2 位作者 韩庆庆 皇培培 梅洁 《湖北农业科学》 2023年第4期194-201,共8页

为进一步丰富黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)信息数据库,采用PacBio测序平台对黄颡鱼的肝脏、肾、背部肌肉、脑、脾、心脏、皮肤、血液、鳃、性腺等组织进行全长转录组混样测序。共获得685574个全长非嵌合(Full-length non-chimeric r... 为进一步丰富黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)信息数据库,采用PacBio测序平台对黄颡鱼的肝脏、肾、背部肌肉、脑、脾、心脏、皮肤、血液、鳃、性腺等组织进行全长转录组混样测序。共获得685574个全长非嵌合(Full-length non-chimeric read,FLNC)序列,通过与黄颡鱼基因组比对分析,共获得72509个非冗余isoforms,平均长度为2918 bp。共鉴定到3169个LncRNA、45872个可变剪接事件、4881个基因存在可变多聚腺苷酸化位点和304个融合基因。将12492个新基因与NR、GO、KEGG、KOG和Swwassprot 5个公共数据库进行比对,成功注释了7233个isoforms。GO分析发现,新基因主要集中于细胞过程(Cellular process)、细胞组分(Cell)和结合功能(Binding)。KEGG pathway分析显示,新基因主要在信号转导(Signal transduction)和免疫系统(Immune system)信号通路中得到富集,此外,涉及黄颡鱼生殖与繁殖相关的内分泌系统代谢途径包括催产素信号通路、雌二醇信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟、促性腺激素释放激素信号通路和卵巢类固醇合成。 展开更多

关键词 黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco) pacbio 全长转录组 可变剪接 信号通路

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基于PacBio三代测序的茯茶加工过程真菌群落分析 被引量：2

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作者 白亚妮 冯璞阳 +2 位作者 秦涛 冯志珍 陈卫锋 《中国茶叶加工》 2023年第1期63-68,共6页

茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象... 茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象,采用PacBio三代测序技术分析原毛茶、渥堆期、发花期、干燥期和陈化期真菌群落多样性及组成。结果表明样品测序获得的序列数范围从12771到13110,获得序列的平均长度分别为554 bp。样品香农指数随着序列数的增加趋于平稳,覆盖率均达到1,测序结果反映了实际的群落组成,且测序深度已经基本覆盖到样品中的所有物种。从茯茶原毛茶到渥堆期,再到发花期,真菌群落多样性不断减少,干燥期和陈化期群落多样性和组成与发花期基本相似,原毛茶时期表征真菌群落多样性的香农指数高达1.99,渥堆期降为1.06,而发花期、干燥期和陈化期分别为0.15、0.11和0.21。在群落组成方面,原毛茶比发酵茯茶含有相对丰度较高的节担菌纲种群(Wallemiomycetes),相对丰度约为27.3%。在渥堆期,银耳纲(Tremellomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)和锤舌菌纲(Leotiomycetes)相比其他时期丰度增加。在随后的生产过程中,包括发花期、干燥期、陈化期,主要优势菌种是冠突散囊菌(Eurotiomycetes)中的曲霉属(Aspergillus),相对丰度达到98%以上,是这三个时期的生物标记种群。以上研究结果为茯茶标准化生产中微生物控制提供了数据基础。 展开更多

关键词 茯茶 加工时期 pacbio测序技术 真菌群落 散囊菌

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基于第三代测序和纯培养技术解析不同类型大曲细菌群落结构

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作者 王文航 蔡文超 +4 位作者 余培荣 陈炜 单春会 郭壮 王玉荣 《中国酿造》 北大核心 2025年第5期146-153,共8页

为探究高温、中高温大曲细菌群落结构差异,该研究采用第三代测序技术对两种大曲细菌群落结构进行解析,对细菌菌群相关性及基因功能进行分析,并采用微生物纯培养及分子生物学技术对菌株进行分离鉴定。结果表明,两种大曲的优势细菌门(平... 为探究高温、中高温大曲细菌群落结构差异,该研究采用第三代测序技术对两种大曲细菌群落结构进行解析,对细菌菌群相关性及基因功能进行分析,并采用微生物纯培养及分子生物学技术对菌株进行分离鉴定。结果表明,两种大曲的优势细菌门(平均相对丰度>1%)有厚壁菌门(Firmicutes)等,优势细菌属有克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)等,优势细菌种有象牙色克罗彭斯特德菌(Kroppenstedtia eburnea)等;主坐标分析(PCoA)及线性判别分析效应大小(LEfSe)分析结果 表明,2种类型大曲细菌群落结构之间存在明显差异,高温放线菌科(Thermoactinomycetaceae)和迪茨氏菌科(Dietziaceae)可分别作为高温和中高温大曲的生物标志物;相关性分析结果表明,中高温大曲细菌群落的稳定性更高;功能预测结果表明,中高温大曲在碳水化合物的运输和代谢、细胞壁膜/囊膜生物合成、细胞运动性和信号传导机制这3个功能的平均相对丰度明显高于高温大曲。从两种大曲样品中共分离鉴定得到114株菌,隶属于9个属,17个种,主要菌种为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)。 展开更多

关键词 高温大曲 中高温大曲 pacbio SMRT测序 细菌群落 分离鉴定

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第三代测序技术实现肿瘤患者类孟买血型深入鉴定

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作者 王娜 余秀蓉 陈玉娟 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第2期148-153,共6页

目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进... 目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进一步采用Pacific Biosciences(PacBio)单分子实时测序与Sanger测序分析ABO、FUT1和FUT2基因型。结果血清学和分子生物学方法证实8例类孟买血型,FUT1基因型分别是:5例h1h1(551_552delAG纯合突变)、3例h1h2(551_552delAG和880_882delTT杂合突变);FUT2基因型分别是:2例Se^(357)/Se^(357),716,4例Se^(357)/Se^(357)。其中1例样本ABO基因第7外显子中发现818C>T是杂合新变异,PacBio测序确认显示该突变位于O单倍体上。结论PacBio测序技术突显其在分析类孟买血型基因单倍体上的优势,将有利于疑难血型鉴定体系,为肿瘤患者精准输血提供新依据。 展开更多

关键词 类孟买血型 pacbio测序 FUT1基因

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喀斯特森林不同菌根类型乔木根际真菌群落组成及根系水力性状差异

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作者 王炳超 许黎明 +2 位作者 罗龙德 李旗霞 蒋国凤 《广西植物》 北大核心 2025年第6期1046-1059,共14页

为解释喀斯特森林乔木根际土壤共生菌根真菌及其关联类群,探究不同菌根类型乔木根系的抗旱性,该文主要通过PacBio三代测序和测定压力-容积曲线的方法,对广西河池市木论国家级自然保护区内17个树种的根系及根际土壤真菌进行了研究。结果... 为解释喀斯特森林乔木根际土壤共生菌根真菌及其关联类群,探究不同菌根类型乔木根系的抗旱性,该文主要通过PacBio三代测序和测定压力-容积曲线的方法,对广西河池市木论国家级自然保护区内17个树种的根系及根际土壤真菌进行了研究。结果表明:(1)从85个土壤样品中共检测并聚类得到8 028个真菌OTUs,真菌群落以子囊菌门(Ascomycota,相对丰度70.76%)、担子菌门(Basidiomycota,相对丰度13.17%)和未分类真菌为主(unclassified fungi,相对丰度10.41%)。(2)喀斯特植物根际土壤真菌群落的多样性主要受到丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi, AMF)、外生菌根真菌(ectomycorrhizal fungi, EMF)和病原菌(pathogen)相对丰度的影响,其中AMF相对丰度显著高于EMF(1.691%>0.698%,P<0.01),并且共生菌根真菌与其他真菌类群相对丰度均无显著相关性。(3)选取AMF、EMF占比较高的典型树种进行比较分析,发现AM植物类群根系的饱和渗透势(Ψ_(sft))、膨压丧失点水势(Ψ_(tlp))和膨压丧失点相对含水量(RWC_(tlp))均显著低于EM植物类群(P<0.05)。综上,喀斯特森林乔木根际土壤中的AMF优势程度高于EMF;根际土壤真菌群落中其他重要的组成菌群对共生菌根真菌没有造成直接影响;表明喀斯特森林中AM植物根系的抗旱性比EM植物根系更强。该研究有助于后续菌根真菌的分离和鉴定,为石漠化治理的树种选择和菌根生物技术应用提供了科学依据。 展开更多

关键词 喀斯特 根际土壤真菌 多样性 共生菌根 pacbio三代测序 水力性状

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保留非全长读段的ISO-seq数据转录组表达分析 被引量：2

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作者 刘学军 瞿锡垚 张礼 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2019年第4期594-604,共11页

近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在... 近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在保留非全长读段的基础上提出了两个能同时预测异构体结构和计算其表达比例的模型基于狄利克雷采样的异构体探测与预测(Dirichletsampling for isoform detection and prediction,DSIDP)和基于马尔科夫链的异构体探测与预测(Markovchain for isoform detection and predition,MCIDP)。两个模型均从全长读段中建立异构体预测集,并采用全长读段和非全长读段计算异构体表达比例。DSIDP将所有读段比对至异构体预测集,并使用Dirichlet采样解决多源映射问题,MCIDP使用马尔科夫链模拟基因外显子之间的选择性剪切,该模型还能预测出数据中没有全长读段的异构体。本文采用模拟数据和真实数据验证了两个模型的有效性。 展开更多

关键词 pacbio ISO-seq 转录组表达 第三代测序技术 新型异构体检测 多源映射

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摩洛哥发酵橄榄汁中乳酸菌的分离鉴定及其多样性研究 被引量：2

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作者 刘文俊 韩菲 +4 位作者 史迪 刘琛 柳青 郭琳 李瑜 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第9期108-113,共6页

为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离... 为了分离、保藏自然发酵食品中乳酸菌资源,丰富自然发酵食品中乳酸菌多样性信息,本文采用纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对采集自摩洛哥的2份自然发酵橄榄汁中的乳酸菌进行分离鉴定和多样性研究。结果表明:2份样品中共分离鉴定出52株乳酸菌,分属于3个属、4个种,其中乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)为摩洛哥卡萨布兰卡地区发酵橄榄汁中的优势菌种,占总分离株的42.31%,同时还分离到植物乳杆菌和肠球菌;利用PacBio SMRT16S rRNA测序技术,将橄榄汁中的细菌归为5个门、40个属和80个种,优势菌种同样为Lactococcus lactis,其次还检测到干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)和植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。 展开更多

关键词 发酵橄榄汁 纯培养方法 分离鉴定 pacbio SMRT 乳酸菌

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低温胁迫下巴西橡胶树三倍体全长转录组测序分析 被引量：3

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作者 毛常丽 李玲 +3 位作者 张凤良 李小琴 杨湉 吴裕 《热带农业科技》 2022年第1期1-6,共6页

低温寒害是制约我国橡胶树种植业发展的关键因素,为了增加国内橡胶自给率,培育抗寒能力强的无性系以扩大种植面积是有效途径之一。本研究以云南培育的三倍体无性系“云研77-4”为材料,采用PacBio测序技术对不同时间低温胁迫处理的混合... 低温寒害是制约我国橡胶树种植业发展的关键因素,为了增加国内橡胶自给率,培育抗寒能力强的无性系以扩大种植面积是有效途径之一。本研究以云南培育的三倍体无性系“云研77-4”为材料,采用PacBio测序技术对不同时间低温胁迫处理的混合样进行全长转录组测序及分析,共产出41.85 Gb的clean data数据,分析得到高质量转录本154484条,平均每条序列长度为2181 bp,其中新转录本70055条。经对新发现转录本的SSR、编码区序列预测、lncRNA及转录因子分析,并对新转录本进行功能注释,共发现80432个SSRs,66182个ORF,66684个功能基因,预测到转录因子12064个,其中包含了与抗逆性相关的MYB、C3H转录因子。本研究可为进一步筛选抗寒性相关的转录因子和抗寒三倍体育种提供参考。 展开更多

关键词 巴西橡胶树 三倍体无性系 RNA-SEQ pacbio测序

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哺乳动物Y染色体的测序进展

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作者 滑留帅 王璟 +3 位作者 汪聪勇 师志海 施巧婷 王二耀 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第2期49-54,共6页

哺乳动物的性染色体由一对常染色体演化而来,其中X染色体在物种间相对保守,而Y染色体则存在很大的变异,包括染色体的大小、结构和基因数量等。研究Y染色体的遗传结构与变异,对于理解哺乳动物的起源进化、性别决定以及动物繁殖都具有重... 哺乳动物的性染色体由一对常染色体演化而来,其中X染色体在物种间相对保守,而Y染色体则存在很大的变异,包括染色体的大小、结构和基因数量等。研究Y染色体的遗传结构与变异,对于理解哺乳动物的起源进化、性别决定以及动物繁殖都具有重要意义。因此,文章综述了哺乳动物Y染色体的结构与变异,以及Sanger测序技术、二代测序技术、三代测序技术在Y染色体测序中的应用,并展望了基于CRISPR-dCas9可视化系统的流式染色体分离技术,以及高精度的三代测序技术在Y染色体测序中的应用前景。 展开更多

关键词 Y染色体 测序 CRISPR-dCas9 pacbio CCS

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单分子实时测序技术的原理与应用 被引量：45

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作者 柳延虎 王璐 于黎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期259-268,共10页

单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。... 单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。与Sanger测序法和下一代测序技术相比,SMRT测序具有超长读长、测序周期短、无需模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点,为研究人员提供了新选择。同时,SMRT测序的低准确率备受争议(约85%),其中约93%的错误是插入缺失,因此,其数据应用于基因组组装前需先对数据进行纠错处理。目前,SMRT测序在小型基因组从头测序和完整组装中已有良好应用,并且已经或将在表观遗传学、转录组学、大型基因组组装等领域发挥其优势,促进基因组学的研究。 展开更多

关键词 单分子测序 pacbio SMRT测序

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阿尤恩地区自然发酵牛乳中乳酸菌分离鉴定及多样性研究 被引量：6

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作者 史迪 党娜 +3 位作者 武岳 马腾 刘文俊 张和平 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2021年第3期4-9,41,共7页

为了分离、保藏自然发酵乳中乳酸菌菌种,丰富自然发酵乳中乳酸菌多样性信息。本文采用传统的纯培养分离方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对阿尤恩地区自然发酵牛乳的乳酸菌多样性进行研究。纯培养结果表明:5份自然发酵牛乳中共分离出... 为了分离、保藏自然发酵乳中乳酸菌菌种,丰富自然发酵乳中乳酸菌多样性信息。本文采用传统的纯培养分离方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术对阿尤恩地区自然发酵牛乳的乳酸菌多样性进行研究。纯培养结果表明:5份自然发酵牛乳中共分离出111株乳酸菌,鉴定为5个属10个种,其中Lactococcus lactis,占总分离株的45.95%;宏基因组测序结果发现,5份样品中的细菌归属于8个门、66个属和131个种,其中优势菌门为Firmicutes(69.63%),优势菌属为Lactococcus(31.80%),优势菌种同样为Lactococcus lactis(22.95%),另外还检测到含量较高的Streptococcus thermophilus(17.12%)、Lactobacillus helveticus(14.44%)等菌种。通过分析发现,Lactococcus lactis为阿尤恩地区5份自然发酵牛乳样品的优势菌种,并且自然发酵牛乳样品中细菌种类丰富,样品间细菌组成存在相似性和差异性。 展开更多

关键词 乳酸菌 自然发酵 纯培养方法 pacbio SMRT

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传统清香型白酒发酵过程中细菌群落演替及自组装机理 被引量：8

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作者 乔美灵 任宇婷 +5 位作者 张桂莲 杨玉珍 刘梦宇 孙子羽 陈忠军 满都拉 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第22期139-148,共10页

基于PacBio SMRT测序技术对传统清香型白酒发酵过程中细菌物种组成和群落结构开展研究,进一步利用iCAMP模型探究发酵过程中细菌群落自组装机制。结果表明,在发酵过程中细菌多样性随发酵过程呈现先降低后升高趋势,其中乳杆菌属(Lactobaci... 基于PacBio SMRT测序技术对传统清香型白酒发酵过程中细菌物种组成和群落结构开展研究,进一步利用iCAMP模型探究发酵过程中细菌群落自组装机制。结果表明,在发酵过程中细菌多样性随发酵过程呈现先降低后升高趋势,其中乳杆菌属(Lactobacillus)、醋酸菌属(Acetobacter)、片球菌属(Pediococcus)和魏斯氏菌属(Weissella)等为优势属,桥乳杆菌(L. pontis)、类消化乳杆菌(L. paralimentarius)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)和耐酸乳杆菌(L. acetotolerans)等为优势种。根据不同发酵时间细菌群落间差异,可将整个发酵过程分为阶段Ⅰ(0 d)、阶段Ⅱ(3~10 d)和阶段Ⅲ(12~28 d)。其中,苹果醋杆菌(A. malorum)、L. paralimentarius和L. pontis分别是阶段Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ的差异菌种,且不同阶段差异菌种之间呈显著负相关,同一发酵阶段差异菌种之间呈显著正相关。此外,替换是细菌群落变化的主要过程,随机性过程中的漂移是驱动细菌群落自组装的最重要过程。同时,淀粉含量、温度和水分含量可能是发酵过程中细菌群落自组装的主要影响因素。以上结果深入揭示传统清香型白酒发酵过程中细菌物种组成,群落演替规律及自组装机制,可为调节清香型白酒发酵过程中微生物群落及进一步优化多种微生物在混合发酵过程中的作用提供基础理论。 展开更多

关键词 清香型 酒醅 pacbio SMRT 群落演替 群落自组装

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摩洛哥自然发酵驼乳中乳酸菌分离鉴定及特性研究 被引量：8

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作者 柳青 史迪 +1 位作者 刘文俊 张和平 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期85-95,137,共12页

为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究... 为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究。由纯培养结果可知:4份样品中分离乳酸菌株包含3个属、8个种,共82株乳酸菌,其中58.54%为Lactococcus lactis;根据宏基因组测序结果可知:4份样品中分离的细菌分属于7个门、78个属和147个种,Proteobacteria(54.64%)和Firmicutes(41.77%)是样品中的优势菌门,Lactococcus(31.87%)及Lactococcus lactis(22.95%)占比较高,是样品中优势菌属及菌种。通过比较不同乳酸菌在相同环境下的生长情况及产酸速率,从样品中分离得到的48株Lactococcus lactis中筛选得到2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。2株菌最适生长温度为37℃,pH值为5.5~7.5,且有一定的盐耐受性,NaCl质量分数小于6%时生长不会受到明显抑制。2种菌株在37℃发酵18 h后其OD600可达到2.5218和2.5172。研究结果表明:摩洛哥阿尤恩地区自然发酵驼乳中包含多类细菌,Lactococcus lactis是其中的优势菌种,并从其中筛选出2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。 展开更多

关键词 乳酸菌 自然发酵驼乳 pacbio SMRT测序技术 生物多样性 生物学特性

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