铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序 被引量：9

1

作者 张克斌 金晓琳 +3 位作者 朱军民 胡晓梅 饶贤才 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期378-380,共3页

目的　对新分离的铜绿假单胞菌dsDNA溶原性噬菌体PaP3进行基因组测序。方法　用CsCl梯度离心纯化噬菌体PaP3颗粒 ,提取噬菌体基因组DNA ,建立shot-gun随机文库 ,从文库中随机挑取克隆进行测序并完成序列组装 ,同时通过限制性内切酶图谱... 目的　对新分离的铜绿假单胞菌dsDNA溶原性噬菌体PaP3进行基因组测序。方法　用CsCl梯度离心纯化噬菌体PaP3颗粒 ,提取噬菌体基因组DNA ,建立shot-gun随机文库 ,从文库中随机挑取克隆进行测序并完成序列组装 ,同时通过限制性内切酶图谱结合酶切片段的变性、复性实验分析基因组末端。结果　共进行了 778条序列的测定与拼接 ,测序量达到 1 3 5倍覆盖率 ,得到一条长为 4 42 4 9bp的重叠群 ,此重叠群错误率为 9 4 6ERR 1 0KB ,测序结果和酶切图谱分析表明该PaP3基因组是一 4 42 4 9bp长的线性平端dsDNA分子。其碱基组成为A =2 4 2 4 % ,G =2 6 1 8% ,T =2 3 6 3% ,C =2 5 94 % ;稀有碱基 =0 ;A +T =4 7 87% ,C +G=52 1 3%。结论　噬菌体PaP3基因组是由 4 42 4 9bp组成的线性平端双链DNA分子。测序完成为生物信息学分析和功能基因研究奠定了基础。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌 噬菌体 基因组测序 pap3

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铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的密码使用偏嗜性与tRNA基因 被引量：2

2

作者 张克斌 金晓琳 +3 位作者 陈志瑾 朱军民 饶贤才 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期385-388,共4页

目的　检索分析铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的遗传密码使用偏嗜性及其tRNA基因的关系。方法　利用生物信息学软件和网上生物信息学工具 ,检索分析PaP3的遗传密码使用偏嗜性 ;并与铜绿假单胞菌PAO1的遗传密码使用偏嗜性进行对比分析 ;检索PaP... 目的　检索分析铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的遗传密码使用偏嗜性及其tRNA基因的关系。方法　利用生物信息学软件和网上生物信息学工具 ,检索分析PaP3的遗传密码使用偏嗜性 ;并与铜绿假单胞菌PAO1的遗传密码使用偏嗜性进行对比分析 ;检索PaP3基因组中tRNA基因并分析其与遗传密码使用偏嗜性的关系。结果　遗传密码偏嗜性分析发现噬菌体PaP3和铜绿假单胞菌优势码一致的氨基酸有F uuc ,I auc ,V guc ,A gcc ,Y uac ,H cac ,N aac ,K aag和T acc ;PaP3单独具有偏嗜性密码的氨基酸有A gcu ,G ggu ,T acu和V gua ;铜绿假单胞菌PAO1单独具有偏嗜性密码的氨基酸有L cug ,V gug ,P ccg ,V gcg ,Q cag ,D gac ,E gag ,C ugc ,R cgc ,S agc和G ggc。tRNA基因查询发现了PaP3基因组中存在三段tRNA编码序列 ,分别编码tRNAAsn,tRNAAsp,tRNAPro;它们的反密码子分别为“gtt” ,“gtc”和“tgg” ,分析结果没有表明这三个tRNA基因与优势转运氨基酸有关。结论　铜绿假单胞菌PAO1的遗传密码偏嗜性更为明显 ,而PaP3的遗传密码偏嗜性相对较弱 ,两者在遗传密码偏嗜性方面并未表现出一致性 ; 展开更多

关键词 噬菌体 pap3 基因组 密码偏嗜性 TRNA基因 铜绿假单胞菌

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铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶大亚单位DNA结合能力的测定 被引量：2

3

作者 申晓冬 张克斌 +6 位作者 李明 周莹冰 蹇锐 胡晓梅 陈志瑾 饶贤才 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第22期2205-2208,共4页

目的检测铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶大亚单位与噬菌体基因组末端cos位点的结合能力。方法通过PCR扩增出末端酶大亚单位编码基因tls,经pMD-T18载体克隆至表达载体pQE31上,IPTG诱导表达,获得包涵体蛋白,用包涵体裂解液溶解包涵体,通过N... 目的检测铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶大亚单位与噬菌体基因组末端cos位点的结合能力。方法通过PCR扩增出末端酶大亚单位编码基因tls,经pMD-T18载体克隆至表达载体pQE31上,IPTG诱导表达,获得包涵体蛋白,用包涵体裂解液溶解包涵体,通过Ni-NTA亲和层析,分离出重组目的蛋白rTLS,透析复性后,与生物素标记的基因组末端cos片段进行结合反应,通过EMSA检测DNA滞后现象。结果成功构建了表达载体pQE-tls,获得了纯化的具有生物学活性的重组末端酶大亚单位rTLS,EMSA结果证实结合rTLS后的cos片段与无蛋白加入的对照组相比明显滞后。结论重组噬菌体PaP3末端酶大亚单位在体外可与基因组末端cos片段发生特异性结合,为进一步研究该蛋白的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 末端酶大亚单位 噬菌体pap3 EMSA 蛋白表达

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推定铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶小亚单位的DNA结合能力检测 被引量：2

4

作者 申晓冬 张克斌 +4 位作者 李明 胡晓梅 周莹冰 陈志瑾 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期379-382,共4页

目的检测理论推定的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶小亚单位(pap3p01基因)编码蛋白对特异性DNA的结合能力。方法通过PCR从噬菌体PaP3基因组扩增出pap3p01基因,克隆至表达载体pQE31,转化入大肠杆菌JM109后,IPTG诱导表达目的蛋白,超声裂菌... 目的检测理论推定的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3末端酶小亚单位(pap3p01基因)编码蛋白对特异性DNA的结合能力。方法通过PCR从噬菌体PaP3基因组扩增出pap3p01基因,克隆至表达载体pQE31,转化入大肠杆菌JM109后,IPTG诱导表达目的蛋白,超声裂菌后发现目的蛋白质H6-PaP3P01存在于上清中,进而利用Ni-NTA亲合层析纯化蛋白。利用PCR与酶切方法获取可能含有末端酶小亚单位结合位点的DNA片段,并对其3′端进行生物素标记。最后采用凝胶迁移率改变实验检测H6-PaP3P01的DNA结合能力。结果成功构建了pQE-PaP3P01表达载体,获得的融合蛋白H6-PaP3P01表达量较高且全部存在于菌体超声后的上清中。经亲和层析初步纯化及脱盐处理后,H6-PaP3P01可与263 bp特异性DNA片段结合。结论成功构建并表达了推定的PaP3末端酶小亚单位重组蛋白H6-PaP3P01,并且检测到了该蛋白质对特异DNA的结合能力,初步证实了理论推定的正确性,为完善PaP3噬菌体包装机制的研究奠定了基础。 展开更多

关键词 末端酶小亚单位 噬菌体pap3 EMSA 蛋白表达

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噬菌体PaP3推定基因tls核酸内切酶活性的初步验证 被引量：2

5

作者 申晓冬 胡福泉 +3 位作者 李明 胡晓梅 周莹冰 张克斌 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期196-198,共3页

目的对BLAST推定的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的tls基因功能进行实验验证。方法采用PCR方法从噬菌体PaP3基因组扩增出tls基因,克隆至pMD18-T载体中,再经酶切纯化后将目的基因插入表达载体pQE31,转化入大肠杆菌JM109,IPTG诱导表达目的蛋白,... 目的对BLAST推定的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的tls基因功能进行实验验证。方法采用PCR方法从噬菌体PaP3基因组扩增出tls基因,克隆至pMD18-T载体中,再经酶切纯化后将目的基因插入表达载体pQE31,转化入大肠杆菌JM109,IPTG诱导表达目的蛋白,超声裂菌后收集包涵体,并用裂解缓冲液溶解包涵体蛋白。然后利用Ni-NTA亲合层析纯化蛋白,通过透析使H6-TLS复性。最后构建含有末端酶大亚基酶切位点的底物质粒pMD-cos,检测复性蛋白活性。结果通过上述方法,成功构建了pQE-tls表达载体,融合蛋白H6-TLS表达量占菌体总量的30%。同时成功构建了目的蛋白的底物质粒pMD-cos。经由亲和层析初步纯化及透析复性后,H6-TLS可检测出核酸内切酶的活性,能将底物质粒部分线性化。结论成功地获得了具有内切酶活性的H6-TLS融合蛋白,为tls基因的认证提供了实验证据,为进一步鉴定和利用该基因奠定了基础。 展开更多

关键词 末端酶大亚单位 细菌噬菌体pap3 基因表达

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铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的溶原化条件及稳定性研究 被引量：2

6

作者 王琳 饶贤才 +5 位作者 胡福泉 李明 朱军民 陈志瑾 但云婕 谭银玲 《医学研究生学报》 CAS 2009年第11期1131-1135,共5页

目的:溶原性噬菌体在宿主菌基因组中的整合和切割作用介导基因在宿主菌间的水平转移。文中研究铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的溶原化机制及生物学特性,为阐明噬菌体介导的基因转移和由此而产生的生物多样性提供实验依据。方法:在不同的条件... 目的:溶原性噬菌体在宿主菌基因组中的整合和切割作用介导基因在宿主菌间的水平转移。文中研究铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的溶原化机制及生物学特性,为阐明噬菌体介导的基因转移和由此而产生的生物多样性提供实验依据。方法:在不同的条件下利用该噬菌体感染其宿主菌-铜绿假单胞菌PA3,制备溶原菌基因组DNA,用在噬菌体基因组中没有酶切位点的PstⅠ进行酶切,通过脉冲场电泳图谱确定最佳的溶原化条件。并通过噬菌体效价测定噬菌体PaP3对温度、pH值、离子强度及柠檬酸钠浓度等理化因素的敏感性。结果:噬菌体PaP3的最佳溶原化培养条件为37℃,在NZYM培养基培养铜绿假单胞菌PA3 10 h后,以20∶1(宿主菌数目∶噬菌体数目)的比例加入噬菌体PaP3感染24 h。噬菌体PaP3对温度有一定的耐受性,对pH的适应范围较广,Ca2+与Mg2+可使PaP3的效价增加,而柠檬酸钠可抑制噬菌体生长。结论:通过溶原菌基因组DNA的酶切确定了噬菌体PaP3的最佳的溶原化条件,并在基因水平上证明PaP3为溶原性噬菌体,在不同的理化因素下具有不同的稳定性。 展开更多

关键词 铜绿假单胞菌噬菌体pap3 溶原化条件 噬菌体稳定性

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辣椒花器官发育PAP3基因和PDS基因VIGS载体的构建及鉴定 被引量：4

7

作者 马宁 刘辰 +1 位作者 王茹芳 沈火林 《中国瓜菜》 CAS 2014年第1期10-12,24,共4页

以辣椒恢复系121C为材料,采用RT-PCR技术从121C花药中克隆得到控制花器官发育B类基因PAP3的部分序列,片段长379 bp,阳性对照八氢番茄红素脱氢酶基因(phytoene desaturae,PDS),片段长323 bp,然后通过酶切分别连接pTRV2质粒,获得重组载体p... 以辣椒恢复系121C为材料,采用RT-PCR技术从121C花药中克隆得到控制花器官发育B类基因PAP3的部分序列,片段长379 bp,阳性对照八氢番茄红素脱氢酶基因(phytoene desaturae,PDS),片段长323 bp,然后通过酶切分别连接pTRV2质粒,获得重组载体pTRV2-pPAP3和pTRV2-PDS。利用PCR进行初步鉴定后进行序列测定。结果表明,辣椒PAP3基因和PDS基因已插入到pTRV2载体上,VIGS载体构建成功。该研究为下一步分析基因沉默和辣椒花器官的发育提供了试验基础。 展开更多

关键词 辣椒 pap3 病毒诱导基因沉默 花器官发育

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辣椒花器官发育相关PAP3基因的克隆与生物信息学分析 被引量：2

8

作者 马宁 鲍顺淑 +1 位作者 连青龙 沈火林 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第7期52-54,共4页

AP3基因属于MADS-box基因家族中控制花器官发育的B类基因,与PI基因一起参与控制植物花瓣和雄蕊的形成。克隆到了辣椒控制花器官发育的PAP3基因(Gen Bank登录号:HM104635),该基因全长929 bp,编码226个氨基酸,具有典型的MADS结构域和K结构... AP3基因属于MADS-box基因家族中控制花器官发育的B类基因,与PI基因一起参与控制植物花瓣和雄蕊的形成。克隆到了辣椒控制花器官发育的PAP3基因(Gen Bank登录号:HM104635),该基因全长929 bp,编码226个氨基酸,具有典型的MADS结构域和K结构域;与其他6种植物同源基因比对显示,它们的氨基酸序列相似性在82%~91%之间;系统进化树分析表明,PAP3属于MADS-box基因家族中的AP3/PI亚族成员,与辣椒花器官发育相关。 展开更多

关键词 辣椒 pap3基因 花器官发育 生物信息学

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PaP3噬菌体53×10^3蛋白编码基因的确定

9

作者 朱军民 金晓琳 +3 位作者 饶贤才 黄建军 张克斌 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期51-53,共3页

目的　确认PaP3噬菌体 5 3× 10 3 蛋白的编码基因。方法　用PEG沉淀结合CsCl梯度密度离心分离、纯化噬菌体颗粒 ,通过SDS PAGE电泳分析该噬菌体的结构性蛋白带 ,转印PVDF膜后 ,对 5 3× 10 3 蛋白进行N 端氨基酸测序 ,进而从P... 目的　确认PaP3噬菌体 5 3× 10 3 蛋白的编码基因。方法　用PEG沉淀结合CsCl梯度密度离心分离、纯化噬菌体颗粒 ,通过SDS PAGE电泳分析该噬菌体的结构性蛋白带 ,转印PVDF膜后 ,对 5 3× 10 3 蛋白进行N 端氨基酸测序 ,进而从PaP3全基因组的 2 5 2个ORFs中确认该蛋白质的编码基因及其对应的氨基酸序列。结果　PaP3噬菌体的结构性蛋白共发现有 8个 ,其中 5 3× 10 3 蛋白是由ORF2 9893编码的。 5 3× 10 3 蛋白编码基因全长 15 2 4bp ,G +C =5 4 92 %,编码 5 0 8个氨基酸。该蛋白分子质量为 5 3 7× 10 3 ,等电点 (PI)为 7 2 0 7。结论　 5 3× 10 3 蛋白是由噬菌体基因组中ORF2 9893编码的 ,共由 5 0 8个氨基酸组成。 展开更多

关键词 pap3噬菌体 结构性蛋白 编码基因

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噬菌体PaP3末端酶大亚单位的克隆表达

10

作者 申晓冬 李明 +3 位作者 饶贤才 胡晓梅 胡金川 胡福泉 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2004年第5期79-79,共1页

关键词 噬菌体 pap3 末端酶 克隆 表达 基因组

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铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组的初步注释 被引量：7

11

作者 张克斌 金晓琳 +3 位作者 朱军民 胡晓梅 饶贤才 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期381-384,共4页

目的　对已完成测序的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组进行初步注释。方法　利用生物信息学软件和网上工具对噬菌体PaP3进行开发阅读框 (Openreadingframe ,ORFs)检索 ;编码序列鉴定 ;对公共数据库进行BLAST查询 ,分析基因的可能功能 ;对... 目的　对已完成测序的铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组进行初步注释。方法　利用生物信息学软件和网上工具对噬菌体PaP3进行开发阅读框 (Openreadingframe ,ORFs)检索 ;编码序列鉴定 ;对公共数据库进行BLAST查询 ,分析基因的可能功能 ;对存在高度同源性序列的推定蛋白进行多重序列比对和系统发生树分析。结果　利用生物信息学软件在PaP3基因组中检索到2 5 2个大于 10 0bp的ORFs ,其中有 69个ORFs可确认为推定基因 ;核苷酸对核苷酸的BLASTn分析未发现有意义的同源性核苷酸序列 ;核苷酸对蛋白质的BLASTx分析共发现了 4个在公共数据库中有高度同源性序列的ORFs ,根据其同源性蛋白的功能推定ORF13 0 5 2 14 761编码产物为引物酶 解旋酶 ,ORF40 2 80 4172 8编码产物为末端酶大亚单位 ,ORF4172 8 42 2 2 5编码产物为溶菌酶 ,ORF16912 185 49编码产物为DNA聚合酶 ;绘制出了上述这四种蛋白的系统发生树。结论　噬菌体PaP3具有 2 5 2个大于 10 0bp的ORFs ,其中 69个为推定基因 ,有 4个推定基因的功能被确认为分别编码引物酶 解旋酶 ,末端酶大亚单位 ,溶菌酶及DNA聚合酶。 展开更多

关键词 噬菌体 基因组 一级注释 铜绿假单胞菌

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CRM的客户价值分类及应用

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作者 王晓芳 陈汉蓉 《商业时代》 北大核心 2009年第17期29-30,共2页

客户关系管理(CRM)是一种管理理念,更是一种应用技术。从提出到实践,对CRM的研究一直处在争论之中。本文力图在已有研究结论的基础上,通过对CRM基本概念的梳理,从CRM系统的核心概念与应用类型策略两方面作进一步的分析,提出基于3PAP分... 客户关系管理(CRM)是一种管理理念,更是一种应用技术。从提出到实践,对CRM的研究一直处在争论之中。本文力图在已有研究结论的基础上,通过对CRM基本概念的梳理,从CRM系统的核心概念与应用类型策略两方面作进一步的分析,提出基于3PAP分类的顾客价值应用策略框架。 展开更多

关键词 客户价值 3PAP 组合矩阵 客户识别 客户互动

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