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PRAM和LARPBS模型上的近似串匹配并行算法 被引量:19
1
作者 钟诚 陈国良 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2004年第2期159-169,共11页
近似串匹配技术在网络信息搜索、数字图书馆、模式识别、文本挖掘、IP路由查找、网络入侵检测、生物信息学、音乐研究计算等领域具有广泛的应用.基于CREW-PRAM(parallel random access machine with concurrent read and exclusive wri... 近似串匹配技术在网络信息搜索、数字图书馆、模式识别、文本挖掘、IP路由查找、网络入侵检测、生物信息学、音乐研究计算等领域具有广泛的应用.基于CREW-PRAM(parallel random access machine with concurrent read and exclusive write)模型,采用波前式并行推进的方法直接计算编辑距离矩阵D,设计了一个允许k-差别的近似串匹配动态规划并行算法,该算法使用(m+1)个处理器,时间复杂度为O(n),算法理论上达到线性加速;采取水平和斜向双并行计算编辑距离矩阵D的方法,设计了一个使用a(m+1)个处理器和O(n/a+m)时间的、可伸缩的、允许k-差别的近似串匹配动态规划并行算法,+<11mna.基于分治策略,通过灵活拆分总线和合并子总线动态重构光总线系统,并充分利用光总线的消息播送技术和并行计算前缀和的方法,实现了汉明距离的并行计算,设计了两个基于LARPBS(linear arrays with reconfigurable pipelined bus system)模型的通信高效、可扩放的允许k-误配的近似串匹配并行算法,其中一个算法使用n个处理器,时间为O(m);另一个为常数时间算法,使用mn个处理器. 展开更多
关键词 近似串匹配 并行算法 CREW-pram(parallel random access machine with concurrent read and EXCLUSIVE write) 可重构光总线系统 编辑距离 汉明距离
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基于PRAM模型的二叉树A序列并行算法的研究 被引量:1
2
作者 孙玉强 顾玉宛 +1 位作者 张聪品 张英丽 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2009年第3期256-257,294,共3页
运用并行计算的PRAM模型研究二叉树A序列问题,提出了二叉树的A序列的一种并行算法,并以应用实例对并行算法的过程进行详细描述和验证性分析。二叉树A序列的并行算法,为应用到二叉树序列遍历的系统与应用程序的并行化问题的解决提供借鉴... 运用并行计算的PRAM模型研究二叉树A序列问题,提出了二叉树的A序列的一种并行算法,并以应用实例对并行算法的过程进行详细描述和验证性分析。二叉树A序列的并行算法,为应用到二叉树序列遍历的系统与应用程序的并行化问题的解决提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 A序列 二叉树 并行算法 pram模型
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PRAM模型模拟RMESH模型的2种方案 被引量:1
3
作者 陈鹏 张立昂 《北京大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第3期465-475,共11页
给出用PRAM模拟RMESH的2种方案:用n个处理器的PRAM CRCW模型模拟n×n个处理器的RMESH模型的时间复杂度为O(nlogn) ,用n2 个处理器的PRAM CRCW模型模拟n×n个处理器的RMESH模型的时间复杂度为O(logn) ,同时也给出了PRAM CREW和PR... 给出用PRAM模拟RMESH的2种方案:用n个处理器的PRAM CRCW模型模拟n×n个处理器的RMESH模型的时间复杂度为O(nlogn) ,用n2 个处理器的PRAM CRCW模型模拟n×n个处理器的RMESH模型的时间复杂度为O(logn) ,同时也给出了PRAM CREW和PRAM EREW模型模拟的时间复杂度。 展开更多
关键词 pram RMESH 模拟
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将基于PRAM模型的算法转换为基于LogP模型的算法的一种方法
4
作者 焦进 张晓云 +1 位作者 姜殿启 张德富 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 1997年第6期27-33,共7页
本文提出了一种将基于PRAM模型的并行算法转换为基于LogP模型的并行算法的方法,并通过在算法的通信结构有向无环图上进行线性分组的方法。
关键词 pram LOG 有向无环图 并行计算机 算法
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通过基因表达芯片数据库研究PRAM1基因表达特征及其临床意义
5
作者 吕娜 钱坤 +3 位作者 刘静 王莉莉 李永辉 于力 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期368-374,共7页
目的:研究PRAM1基因在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的临床表型及其预后价值。方法:以486例急性髓系白血病患者的基因表达芯片为研究平台,结合临床资料总结PRAM1基因在多种AML亚型中的表达特征。利用正常人干细胞表达芯... 目的:研究PRAM1基因在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的临床表型及其预后价值。方法:以486例急性髓系白血病患者的基因表达芯片为研究平台,结合临床资料总结PRAM1基因在多种AML亚型中的表达特征。利用正常人干细胞表达芯片,研究PRAM1基因在各阶段血细胞分化过程中的表达规律。通过急性髓系白血病细胞系验证临床样本表达芯片结果,并找到可以上调PRAM1基因的药物。结果:首先发现PRAM1基因在inv(16)AML中表达最高,在t(15;17)M3中表达最低,在其他类型中表达基本一致。依据美国NCCN指南,利用基因突变分类,PRAM1基因在伴发CEBPAdm突变的AML(cytogenetically normal AML,CN-AML)中高表达,而且PRAM1基因的高低表达可以对CN-AML进一步分层,且无事件生存率(event-free survival,EFS)有统计学意义;其次PRAM1基因在成熟细胞和粒单祖细胞中表达较高。地西他滨和西达本胺可以上调PRAM1基因,其中西达本胺的效果较好。结论:PRAM1基因在急性髓系白血病中有一定表达规律,在t(15;17)M3中表达最低,PRAM1基因高表达是CN-AML预后较好的标志。PRAM1基因在成熟粒细胞中表达较高,而且西达本胺可以上调该基因的表达,因而可作为治疗靶点。 展开更多
关键词 pram1 急性髓系白血病 t(15 17)M3 西达本胺
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基于PRAM模型的CFGs并行识别与语法分析的扩充算法
6
作者 孙玉强 周蕾 +2 位作者 刘三阳 王洪元 张英丽 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2005年第8期203-204,208,共3页
本文介绍了一种PRAM模型上的上下文无关文法的并行识别和改进的并行语法分析方法——金字塔结构,并对该方法进行了修改和补充,使其对非Chomsky规范形式,即文法的产生式右部候选式(即规则)有两个以上的非终结符连接的,或者候选式中既有... 本文介绍了一种PRAM模型上的上下文无关文法的并行识别和改进的并行语法分析方法——金字塔结构,并对该方法进行了修改和补充,使其对非Chomsky规范形式,即文法的产生式右部候选式(即规则)有两个以上的非终结符连接的,或者候选式中既有非终结符,又有终结符的情况,扩充的算法也能识别和分析。 展开更多
关键词 上下文无关文法 语法分析 算法 扩充 pram模型 语法分析方法 并行识别 非终结符 金字塔结构 规范形式
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基于SRAM和PRAM混合主存设计
7
作者 姚英彪 陈越佳 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2016年第13期69-75,共7页
由于DRAM芯片超高的静态功耗,使得利用DRAM构建高性能计算机系统中的大容量主存遇到能耗过大问题,这激发了对新型大容量主存结构的研究。针对上述问题,设计了一种基于SRAM和PRAM的混合主存系统,该系统将SRAM作为PRAM的专用写缓存,并将... 由于DRAM芯片超高的静态功耗,使得利用DRAM构建高性能计算机系统中的大容量主存遇到能耗过大问题,这激发了对新型大容量主存结构的研究。针对上述问题,设计了一种基于SRAM和PRAM的混合主存系统,该系统将SRAM作为PRAM的专用写缓存,并将改进后的LRFU算法应用到SRAM写缓存,从而在对主存系统性能影响不大的前提下,有效降低主存系统的能耗和延长PRAM的可用时间。仿真结果显示,所设计的混合存储结构的能耗-延时积(EDP)为纯DRAM存储结构的40%;此外,与纯PRAM存储结构相比,可使PRAM的写操作次数下降28.5%,与将SRAM作为Cache相比,PRAM写次数下降13%。 展开更多
关键词 混合存储器 pram存储器 SRAM写缓存 低功耗 写操作次数 替换算法
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PRAM和LARPBS模型上有向序列翻转距离并行算法(英文)
8
作者 沈一飞 陈国良 张强锋 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2007年第11期2683-2690,共8页
分别在两种重要并行计算模型中给出计算有向基因组排列的反转距离新的并行算法.基于Hannenhalli和Pevzner理论,分3个主要部分设计并行算法:构建断点图、计算断点图中圈数、计算断点图中障碍的数目.在cREW-PRAM模型上,算法使用O(n^2)处理... 分别在两种重要并行计算模型中给出计算有向基因组排列的反转距离新的并行算法.基于Hannenhalli和Pevzner理论,分3个主要部分设计并行算法:构建断点图、计算断点图中圈数、计算断点图中障碍的数目.在cREW-PRAM模型上,算法使用O(n^2)处理器,时间复杂度为D(log^2n);在基于流水光总线的可重构线性阵列系统(linear array with a reconfigurable pipelined bus system,LARPBS)模型上,算法使用O(n^3)处理器,计算时间复杂度为D(logn). 展开更多
关键词 并行算法 光总线并行模型 反转距离 基因组重排 序列比较 CREW-pram模型
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PRAM,BSP和LogP并行模型之间的关系及其比较 被引量:6
9
作者 刘久星 孙永强 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 1999年第11期824-827,共4页
本文详细讨论了PRAM,BSP和LogP三种并行模型.我们提出用一个五元组(P, G, O, L, S)来概括这三种模型,并指出它们之间的关系.本文还讨论了这三种模型各自的优缺点。
关键词 BSP pram LOGP 并行计算模型 并行计算机
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Multisets排序的最优并行算法 被引量:9
10
作者 钟诚 陈国良 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2003年第2期336-341,共6页
排序是一个既有十分重要的理论意义又有广泛的实际应用价值的问题 ,其中 ,Multisets排序问题是指对只有k个不同关键字值的n个数据 (记录 )进行排序 ,0 <k <n 基于“中值的中值”思想和“筛选”原理 ,通过在递归过程中不断地“筛... 排序是一个既有十分重要的理论意义又有广泛的实际应用价值的问题 ,其中 ,Multisets排序问题是指对只有k个不同关键字值的n个数据 (记录 )进行排序 ,0 <k <n 基于“中值的中值”思想和“筛选”原理 ,通过在递归过程中不断地“筛选”掉某些具有相同关键字值的数据 ,以及自适应地动态分配处理器以平衡计算负载的方法 ,设计一种确定的稳定的Multisets排序并行算法 在具有 p =n1-ε(0 <ε<1)个处理器的共享存储并行机器上 ,对于CREWPRAM模型 ,算法的时间复杂度为O((n/ p +pε)logk) ,获得最优执行代价O(nlogk) ;对于EREWPRAM模型 ,算法所需时间为O((n/ p+pε+logp)logk) ,当 plogp≤n时 ,其执行代价也是最优的 展开更多
关键词 Multisets排序 最优并行算法 pram 计算机科学
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并行计算模型对比分析 被引量:7
11
作者 王欢 都志辉 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2005年第12期142-145,共4页
随着集群式系统的发展,并行计算模型在估计和评价系统的性能、引导集群的体系结构以及指导并行算法和程序的设计等方面都显得越来越重要。对于目前已有的并行计算模型的设计思想和原理的了解和分析,非常有利于新的模型的设计与研究。本... 随着集群式系统的发展,并行计算模型在估计和评价系统的性能、引导集群的体系结构以及指导并行算法和程序的设计等方面都显得越来越重要。对于目前已有的并行计算模型的设计思想和原理的了解和分析,非常有利于新的模型的设计与研究。本文首先介绍了目前比较常见的5种并行计算模型,接着在同步性、通信方式和参数等3个方面分析比较了它们的异同和优缺点,最后得出结论,指出了下一代并行计算模型的发展趋势是与具体应用相关的并行计算模型。 展开更多
关键词 pram BSP POSTAL Model LOGP QSM 并行计算模型
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Most Care与FloTrac/Vigileo系统在监测脊柱外科手术患者术中循环容量的对比研究 被引量:10
12
作者 杨继光 杨改生 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2016年第6期944-946,共3页
目的:对比Most Care与Flo Trac/Vigileo系统在监测脊柱手术患者术中循环容量的相关性。方法:选取50例行腰椎后路椎间植骨融合术患者为研究对象,同时使用Most Care和Flo Trac/Vigileo系统进行监测,在麻醉诱导前(T1)、诱导后摆动手术体位... 目的:对比Most Care与Flo Trac/Vigileo系统在监测脊柱手术患者术中循环容量的相关性。方法:选取50例行腰椎后路椎间植骨融合术患者为研究对象,同时使用Most Care和Flo Trac/Vigileo系统进行监测,在麻醉诱导前(T1)、诱导后摆动手术体位前(T2)、俯卧位后(T3)、失血300 m L时(T4)、失血600 m L时(T5)、失血900 m L时(T6)、失血1 200 m L时(T7)、失血1 500 m L时(T8),采集所测的心排量(CO)、心脏指数(CI)及其他参数。结果:二者在各时点所测CO变化一致,各时点CI差值的偏倚范围分别为:0.05±0.42、0.03±0.50、0.06±0.50、0.07±0.46、0.04±0.39、0.07±0.41、0.02±0.45、0.02±0.48,二者测到的SVV在各时点的相关性差。结论:二者在心排血量监测方面有很好的一致性,在SVV的监测方面一致性差。 展开更多
关键词 MOST CARE pram技术 FLOTRAC/VIGILEO 血流动力学 循环容量
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关联维数的并行求解算法 被引量:1
13
作者 蒋廷耀 李庆华 杨景华 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2004年第7期169-170,F004,共3页
关联维数的求解是分形理论中的一个重要问题,标准算法由于其巨大的计算量,不能满足实时任务的需要。过去的改进算法集中在串行地减少求解多个关联维数时的重复计算量,并未从根本上降低O(N^2)次的向量距离计算、距离比较和求和次数.其应... 关联维数的求解是分形理论中的一个重要问题,标准算法由于其巨大的计算量,不能满足实时任务的需要。过去的改进算法集中在串行地减少求解多个关联维数时的重复计算量,并未从根本上降低O(N^2)次的向量距离计算、距离比较和求和次数.其应用范围和性能改善程度是有限的。本文给出了两个并行算法:基于PRAM模型的花费O(N^2/p+logp)时间p个处理机的算法,和基于LARPBS模型的花费O(N^2/p)时间p个处理机的算法。相对纯理论的PRAM算法,LARPBS算法是实际可行的,它是目前时间复杂度最低的算法,并且是最优可扩展和成本最优的。 展开更多
关键词 关联维数 并行算法 分形理论 pram模型 LARPBS模型
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稀疏图上有效的MST多边更新并行算法
14
作者 郁松年 《上海大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1995年第1期98-104,共7页
MST(最小生成树MinimumSpanningTree之略)多边更新(updating)问题定义如下:给定一个赋权图G(V,E)和G的一棵最小生成树T(V,ET),其中|V|=n,ET是树边集合,(1)给G添加K条... MST(最小生成树MinimumSpanningTree之略)多边更新(updating)问题定义如下:给定一个赋权图G(V,E)和G的一棵最小生成树T(V,ET),其中|V|=n,ET是树边集合,(1)给G添加K条新边,或者(2)在图G上改变K条边的权后重新为G寻找一棵最小生成树,1≤K<n.本文基于SIMDCREWPRAM共享存贮模型,运用“进-退”策略,并把这一特殊手段与已有的平行算法组合起来,为一类稀疏图(|E—ET|=O(K))找到了一种有效的MST多边更新算法.该算法需要O(lognlogK)时间和O(max{n,uK/lognlogK})处理机. 展开更多
关键词 多边更新 最小生成树 并行算法 pram模型 稀疏图
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基于AQWA计算规则波中新型海工船的运动响应 被引量:1
15
作者 陈振纬 严宁 蔡倩雯 《船舶力学》 EI CSCD 北大核心 2017年第z1期258-264,共7页
本文应用三维势流理论的水动力软件AQWA分析一种新型工程船舶在波浪中的运动响应,新型船为改造的波兰中型集装箱船B-573,设计搭载Pram型艉和POD吊舱式推进系统的新型海工船.本文计算此船在规则波中不同浪向角条件下的六个自由度的频域... 本文应用三维势流理论的水动力软件AQWA分析一种新型工程船舶在波浪中的运动响应,新型船为改造的波兰中型集装箱船B-573,设计搭载Pram型艉和POD吊舱式推进系统的新型海工船.本文计算此船在规则波中不同浪向角条件下的六个自由度的频域和时域的运动响应,得到在不同浪向角下船体的响应振幅算子RAO,计算船舶顺浪下不同船速的垂荡RAO以及纵荡、垂荡和纵摇三个自由度的一阶、二阶波浪力,分析结果显示该新船型具有良好的耐波性. 展开更多
关键词 船舶耐波性 AQWA 响应振幅算子RAO pram型艉 POD推进器
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并行计算模型研究 被引量:6
16
作者 王庆先 孙世新 +1 位作者 尚明生 刘宴兵 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2004年第9期128-131,共4页
并行计算模型是并行计算机基本特征的抽象,是并行算法设计和分析的基础,其重要性类似于顺序计算的存储程序模型,因而受到广泛的关注。虽然提出了大量的并行计算模型,但是仍无一通用模型。本文概述了并行计算模型的一些基本概念,介绍了... 并行计算模型是并行计算机基本特征的抽象,是并行算法设计和分析的基础,其重要性类似于顺序计算的存储程序模型,因而受到广泛的关注。虽然提出了大量的并行计算模型,但是仍无一通用模型。本文概述了并行计算模型的一些基本概念,介绍了理想计算模型的特征,讨论了一些典型的并行计算模型,综述了目前并行计算模型在异构计算环境的发展情况。 展开更多
关键词 并行计算模型 异构计算 存储程序 并行计算机 并行算法 通用模型 顺序 基本特征 基本概念 重要性
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并行图论算法研究进展 被引量:13
17
作者 陈国良 梁维发 沈鸿 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 1995年第9期1-16,共16页
在这篇综述文章中,我们将重点介绍并行图论算法近年来的发展概况及主要成果,并给出一些可能的发展方向。具体内容包括:基于共享存储模型上的图搜索技术、连通分支及最小生成树算法、增值并行图论算法、最短路径算法、极大独立集算法... 在这篇综述文章中,我们将重点介绍并行图论算法近年来的发展概况及主要成果,并给出一些可能的发展方向。具体内容包括:基于共享存储模型上的图搜索技术、连通分支及最小生成树算法、增值并行图论算法、最短路径算法、极大独立集算法、极大匹配与最大匹配算法、图着色算法、求欧拉回路及哈密尔顿回路算法、图同构算法、图k连通算法以及最大流最小割算法等。 展开更多
关键词 并行图论 算法 图论
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∑树结构与更新最小生成树的并行算法
18
作者 江正 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期239-247,共9页
更新最小生成树问题,即已知图的最小生成树,当图的某条边的赋值被改变,如何快速有效的求新出的最小生成树.本文引进了∑-树结构,并以此获得了一个快速有效的更新最小生成树的并行算法,并行时间为O(logn),处理器个数为O(n^(4/(?)),计算... 更新最小生成树问题,即已知图的最小生成树,当图的某条边的赋值被改变,如何快速有效的求新出的最小生成树.本文引进了∑-树结构,并以此获得了一个快速有效的更新最小生成树的并行算法,并行时间为O(logn),处理器个数为O(n^(4/(?)),计算模型为CREW-PRAM.其中n 为图的顶点个数,而且,进行预处理所需的时问也只需O(log^2n),处理器个数为O(n^(?)),存贮数据所需的空间为O(n^(?)). 展开更多
关键词 并行计算 pram模型 最小生成树
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几乎最快与渐近最优的并行分枝界限算法(英文)
19
作者 武继刚 计永昶 陈国良 《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2000年第12期1572-1580,共9页
分枝界限算法是求解组合优化问题的技术之一 ,它被广泛地应用在埃运筹学与组合数学中 .对共享存储的最优优先一般并行分枝界限算法给出了运行时间复杂度下界Ω ( m / p +hlogp ) ,其中 p为可用处理器数 ,h为扩展的结点数 ,m为状态空间... 分枝界限算法是求解组合优化问题的技术之一 ,它被广泛地应用在埃运筹学与组合数学中 .对共享存储的最优优先一般并行分枝界限算法给出了运行时间复杂度下界Ω ( m / p +hlogp ) ,其中 p为可用处理器数 ,h为扩展的结点数 ,m为状态空间中的活结点数 .通过将共享存器设计成 p个立体堆 ,提出了 PRA M- EREW上一个新的一般并行分枝界限算法 ,理论上证明了对于 h<p2 p ,该算法为最快且渐近最优的并行分枝界限算法 .最后对 0 - 展开更多
关键词 分枝界限算法 组合优化问题 并行算法 渐近最优 几乎最快
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