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苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析被引量：1: 1; 作者尹明华李文婷 +9 位作者欧阳茜王美暄徐子林张钦荣张牧彤黄添慧何凡凡乐芸张嘉欣柴桑雪《草业科学》北大核心 2025年第1期101-118,共18页; 为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plo... 展开更多; 关键词苏丹草叶绿体基因组简单序列重复 IR区边界结构中性绘图分析 ENC-plot分析 pr2-plot分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性分析: 2; 作者孙晓春黄文静李会容《山西农业科学》 2025年第1期35-47,共13页; 利用CodonW、EMBOSS在线程序分析白蜡树FcF6'H1基因的密码子偏好性,对芸香科、豆科、伞形科、木犀科以及模式植物拟南芥、烟草和番茄中F6'H1的基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,研究影响白蜡... 展开更多; 关键词白蜡树 FcF6'H1 密码子偏好性 ENC-plot pr2-plot 异源表达; 在线阅读下载PDF 职称材料

金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析被引量：5: 3; 作者尹明华胡佳欣 +2 位作者李瑶瑶刘曼情欧阳克蕙《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页; 本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码... 展开更多; 关键词金花菜叶绿体基因组中性绘图分析 ENC-plot分析 pr2-plot分析最优密码子系统发育分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

乳腺癌局部区域复发病灶受体状态检测及对后续治疗的指导价值被引量：2: 4; 作者陆裕杰金泽宇 +3 位作者李亚芬沈坤炜陈伟国陈小松《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1071-1076,1071,共6页; 目的·分析局部区域复发(loco-regional recurrence,LRR)乳腺癌患者原发灶和LRR 病灶雌激素受体(estrogen receptor, ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)、人类表皮生长因子受体-2(human epidermal growth factor receptor-... 展开更多; 关键词乳腺癌局部区域复发雌激素受体孕激素受体人类表皮生长因子受体-2 一致性分析治疗; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析被引量：1: 1; 作者尹明华李文婷欧阳茜王美暄徐子林张钦荣张牧彤黄添慧何凡凡乐芸张嘉欣柴桑雪; 机构上饶师范学院生命科学学院; 出处《草业科学》北大核心 2025年第1期101-118,共18页; 基金国家自然科学基金项目(31860084、31960079、32060092) 江西省现代农业产业技术体系建设专项(JXARS-13-赣东站)。; 文摘为了解析苏丹草(Sorghum sudanense)叶绿体基因组信息序列特征并确定其在高粱属的系统位置,通过DNBSEQ-T7测序平台对苏丹草叶绿体基因组进行测序,并对其基因组成、简单序列重复、长重复序列、IR区边界结构、中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和系统进化进行分析。结果表明,苏丹草叶绿体基因组为典型的四分体结构,长度为140754 bp,共注释了86个蛋白编码(CDS)基因、38个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA(rRNA)基因,缺失ccD和ycf1基因;在苏丹草叶绿体基因组中,简单序列重复(SSR)有27个,长重复序列(Longrepeat)有47个;大单拷贝(LSC)区和小单拷贝(SSC)区的核苷酸多态性显著高于反向重复(IR)区,LSC区的变异性大于SSC区和IR区,核苷酸多样性(Pi)变化范围为0~0.01852,通过Pi(≥0.01215)筛选出10个高变异区域,均位于LSC区;苏丹草及其11个近缘种叶绿体基因组密码子各位置GC含量不同,偏好以A/U结尾,平均ENC值为47.50,密码子偏性较弱;在苏丹草及其11个近缘种中,自然选择是影响其密码子使用偏性的主要因素,突变压力对其的影响较小;CAA、AAA、UUU、UAU、AUU、UAA、GCA、CCA、ACU、GUA、AGA、CGA、CUU、UCC、UCU共15个密码子是苏丹草叶绿体基因的最优密码子,均以A、U结尾;苏丹草与高粱双色亚种(S.bicolor subsp.drummondii)(MW999225)亲缘关系较近。研究结果能为苏丹草分子标记的开发、遗传多样性以及进一步研究高粱属植物的保护生物学和种群遗传学提供参考。; 关键词苏丹草叶绿体基因组简单序列重复 IR区边界结构中性绘图分析 ENC-plot分析 pr2-plot分析; Keywords Sorghum sudanense chloroplast genome simple-sequence repetition boundary structure of the IR region neutral graphic analysis ENC-plot analysis pr2-plot analysis; 分类号 S514 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性分析: 2; 作者孙晓春黄文静李会容; 机构陕西中医药大学陕西中药资源产业化省部共建协同创新中心/秦药特色资源研究开发国家重点实验室(培育) 玉溪师范学院化学生物与环境学院; 出处《山西农业科学》 2025年第1期35-47,共13页; 基金陕西省教育厅青年创新团队建设科研计划项目(21JP031) 陕西高校青年创新团队项目(陕教[2019]90号) +2 种基金云南省科技厅基础研究专项(202101AU070005)。; 文摘利用CodonW、EMBOSS在线程序分析白蜡树FcF6'H1基因的密码子偏好性,对芸香科、豆科、伞形科、木犀科以及模式植物拟南芥、烟草和番茄中F6'H1的基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENC-plot分析和PR2-plot偏倚分析,研究影响白蜡树FcF6'H1基因密码子偏好性形成的因素,通过FcF6'H1与模式生物的密码子使用频率比较获得最佳受体。结果表明,白蜡树FcF6'H1的GC、GC1、GC2、GC3和GC12含量分别为0.4312、0.5125、0.3490、0.4321和0.4308,CAI值为0.216,ENC值为57.84,表明白蜡树FcF6'H1基因的偏好性较弱;中性绘图、ENC-plot和PR2-plot偏倚分析结果表明,碱基突变和自然选择均会影响FcF6'H1密码子的偏好性;CDS进化树和RSCU值聚类分析结果不完全一致,但是均表明白蜡树FcF6'H1与木樨榄XM_023028611.1、XM_023036788.1、XM_023034893.1聚为一类,确定了F6'H1基因的6个最优密码子,分别是CUC、AUC、AAG、GAG、UCG和ACA;密码子使用频率分析表明,模式生物中番茄和烟草适合作为遗传转化受体,大肠杆菌表达系统适合作为FcF6'H1的异源表达载体。文章初步阐明了白蜡树FcF6'H1基因密码子的使用规律。; 关键词白蜡树 FcF6'H1 密码子偏好性 ENC-plot pr2-plot 异源表达; Keywords Fraxinus chinensis FcF6'H1 codon bias ENC-plot pr2-plot heterologous expression; 分类号 S792.41 [农业科学—林木遗传育种]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析被引量：5: 3; 作者尹明华胡佳欣李瑶瑶刘曼情欧阳克蕙; 机构上饶师范学院生命科学学院上饶农业技术创新研究院上饶市药食同源植物资源保护与利用重点实验室上饶市薯芋类作物种质保存与利用重点实验室江西农业大学动物科学技术学院; 出处《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期884-898,共15页; 基金国家自然科学基金资助目(31860084、31960079、32060092) 江西省科技厅重点研发计划一般项目(20202BBG73010) +2 种基金上饶市科技局平台载体建设项目(2020J001)。; 文摘本研究对金花菜(Medicago polymorpha,JHC,江苏)叶绿体基因组进行BGISEQ-500平台测序,对其基因进行Noveplastys组装和GeSeq注释,最后通过MISA、REPuter、Gview、VISTA tools、IRscope和DNADnaSP6.0等软件对其序列特征、基因种类、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果表明,JHC叶绿体基因组大小为124163 bp,无四分体结构,基因组总GC含量为34.09%,共注释出111个基因(76个CDS基因、30个tRNA基因、4个rRNA基因、1个假基因)、91个SSR位点和148个长重复序列;JHC叶绿体基因组的第三位密码子偏好以A和U作为末尾碱基,UUA、GCU、UAA、ACU、CCU、GAA、GUA、AUU、UGU、GGU、UUU、CUU为JHC叶绿体基因组的最优密码子;JHC与MZ772862(云南)亲缘关系较近,与MW971560(美国)、NC_042848(美国)关系较远,表明中国金花菜与美国金花菜的起源存在差异。; 关键词金花菜叶绿体基因组中性绘图分析 ENC-plot分析 pr2-plot分析最优密码子系统发育分析; Keywords Medicago polymorpha chloroplast genome neutral drawing analysis ENC-plot analysis pr2-plot analysis optimal codons phylogenetic analysis; 分类号 S542.9 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名乳腺癌局部区域复发病灶受体状态检测及对后续治疗的指导价值被引量：2: 4; 作者陆裕杰金泽宇李亚芬沈坤炜陈伟国陈小松; 机构上海交通大学医学院附属瑞金医院乳腺疾病诊治中心; 出处《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1071-1076,1071,共6页; 基金上海市教育委员会高峰高原学科建设计划（20172007）上海交通大学医学院附属瑞金医院“广慈卓越青年培养计划”(GCQN-2017-A18)~~; 文摘目的·分析局部区域复发(loco-regional recurrence,LRR)乳腺癌患者原发灶和LRR 病灶雌激素受体(estrogen receptor, ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)、人类表皮生长因子受体-2(human epidermal growth factor receptor-2,HER-2)和增殖细胞核抗原Ki67 状态的符合率及对后续治疗的影响。方法·回顾性分析2009 年1 月-2018 年9 月,在上海交通大学医学院附属瑞金医院乳腺疾病诊治中心接受乳腺癌手术治疗,随访发生单纯LRR 的乳腺癌患者。对原发灶和LRR 病灶进行ER、PR、HER-2 和 Ki67 状态检测,分析两者之间的一致性及后续治疗的选择。结果·在7 823 例接受手术乳腺癌患者中,有106 例发生单纯LRR,其中 56 例患者LRR 病灶检测了ER、PR、HER-2 和Ki67 状态,其阳性率分别为48.2%、25.0%、35.2%和81.5%,与原发灶的符合率分别为76.8%、76.8%、89.1%和77.8%,κ值分别为0.538、0.469、0.729 和0.402。共有18 例患者激素受体(ER 或PR)(14 例)和/或 HER-2(6 例)状态发生改变:9 例激素受体状态由阳性变为阴性,其中4 例未接受后续内分泌治疗;4 例患者HER-2 状态由阴性变为阳性,其中1 例接受后续抗HER-2 靶向治疗。结论·乳腺癌原发灶与LRR 病灶的ER、PR 和Ki67 存在中度一致性,而HER-2 的一致性较高;LRR 病灶受体状态的改变会影响其后续治疗方案的选择。; 关键词乳腺癌局部区域复发雌激素受体孕激素受体人类表皮生长因子受体-2 一致性分析治疗; Keywords breast cancer loco-regional recurrence estrogen receptor (ER) progesterone receptor (pr) human epidermal growth factor receptor-2 (HER-2) concordance analysis treatment; 分类号 R737.9 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	苏丹草叶绿体基因组特征及系统发育分析	尹明华李文婷欧阳茜王美暄徐子林张钦荣张牧彤黄添慧何凡凡乐芸张嘉欣柴桑雪	《草业科学》北大核心	2025	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	白蜡树FcF6′H1基因的密码子偏好性分析	孙晓春黄文静李会容	《山西农业科学》	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	金花菜叶绿体基因组特征及密码子偏好性分析	尹明华胡佳欣李瑶瑶刘曼情欧阳克蕙	《草业科学》 CAS CSCD 北大核心	2024	5	在线阅读下载PDF 职称材料
4	乳腺癌局部区域复发病灶受体状态检测及对后续治疗的指导价值	陆裕杰金泽宇李亚芬沈坤炜陈伟国陈小松	《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心	2019	2	在线阅读下载PDF 职称材料