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海岛棉H268 PPR蛋白家族基因鉴定及SNP/InDel分析
被引量：
2
1
作者
李枝玲
孔祥军
+3 位作者
郑杰
韦美玲
李斌
周瑞阳
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2614-2625,共12页
【目的】通过对海岛棉不育系H276A及其育性恢复材料H268进行三角状五肽重复蛋白(PPR)家族基因鉴定及比对分析,获得序列存在差异的PPR基因,为后续育性恢复基因(Rf)的发掘提供理论基础。【方法】通过生物信息学分析海岛棉PPR基因,并对其...
【目的】通过对海岛棉不育系H276A及其育性恢复材料H268进行三角状五肽重复蛋白(PPR)家族基因鉴定及比对分析,获得序列存在差异的PPR基因,为后续育性恢复基因(Rf)的发掘提供理论基础。【方法】通过生物信息学分析海岛棉PPR基因,并对其进行亚细胞定位预测与功能注释分析;采用Illumina HiSeq 4000高通量测序技术对海岛棉H276A及H268对PPR蛋白家族基因进行转录组测序,将筛选获得的PPR蛋白与其他植物具有育性恢复的PPR蛋白进行氨基酸序列同源比对并构建系统发育进化树。【结果】鉴定获得912个PPR基因,其中有846个在海岛棉H276A和H268间存在序列差异,且分别存在7226个SNP差异位点和301个InDel差异位点,其中作用于线粒体的PPR基因有2143个SNP差异位点和134个InDel差异位点。转录组测序结果显示,共检测到表达基因数量为68197个,其中已知基因56311个、新基因11886个,可满足后续数据分析。GO功能注释结果显示,PPR基因主要富集于生物学过程,富集于分子功能的PPR基因最少。50.0%PPR蛋白定位于线粒体,29.0%PPR蛋白定位于叶绿体,0.9%PPR蛋白定位于细胞核,20.0%PPR蛋白定位于胞外,0.1%PPR蛋白定位于细胞质膜。xp_016708712(LOC107923023)和xp_016710013(LOC107924193)与多个具有育性恢复功能的PPR蛋白氨基酸序列相似性达33%,说明二者亲缘关系较近,且亚细胞定位于线粒体。【结论】xp_016708712和xp_016710013 2个PPR蛋白可能与海岛棉不育系H276A育性恢复相关,可用于发掘海岛棉CMS的Rf基因。
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关键词
海岛棉
ppr蛋白家族基因
转录组测序
生物信息学分析
SNP
INDEL
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职称材料
题名
海岛棉H268 PPR蛋白家族基因鉴定及SNP/InDel分析
被引量：
2
1
作者
李枝玲
孔祥军
郑杰
韦美玲
李斌
周瑞阳
机构
广西大学农学院
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第11期2614-2625,共12页
基金
国家自然科学基金项目(31571719)。
文摘
【目的】通过对海岛棉不育系H276A及其育性恢复材料H268进行三角状五肽重复蛋白(PPR)家族基因鉴定及比对分析,获得序列存在差异的PPR基因,为后续育性恢复基因(Rf)的发掘提供理论基础。【方法】通过生物信息学分析海岛棉PPR基因,并对其进行亚细胞定位预测与功能注释分析;采用Illumina HiSeq 4000高通量测序技术对海岛棉H276A及H268对PPR蛋白家族基因进行转录组测序,将筛选获得的PPR蛋白与其他植物具有育性恢复的PPR蛋白进行氨基酸序列同源比对并构建系统发育进化树。【结果】鉴定获得912个PPR基因,其中有846个在海岛棉H276A和H268间存在序列差异,且分别存在7226个SNP差异位点和301个InDel差异位点,其中作用于线粒体的PPR基因有2143个SNP差异位点和134个InDel差异位点。转录组测序结果显示,共检测到表达基因数量为68197个,其中已知基因56311个、新基因11886个,可满足后续数据分析。GO功能注释结果显示,PPR基因主要富集于生物学过程,富集于分子功能的PPR基因最少。50.0%PPR蛋白定位于线粒体,29.0%PPR蛋白定位于叶绿体,0.9%PPR蛋白定位于细胞核,20.0%PPR蛋白定位于胞外,0.1%PPR蛋白定位于细胞质膜。xp_016708712(LOC107923023)和xp_016710013(LOC107924193)与多个具有育性恢复功能的PPR蛋白氨基酸序列相似性达33%,说明二者亲缘关系较近,且亚细胞定位于线粒体。【结论】xp_016708712和xp_016710013 2个PPR蛋白可能与海岛棉不育系H276A育性恢复相关,可用于发掘海岛棉CMS的Rf基因。
关键词
海岛棉
ppr蛋白家族基因
转录组测序
生物信息学分析
SNP
INDEL
Keywords
Gossypium barbadense
ppr
protein family
transcriptome sequencing
bioinformatics analysis
SNP
InDel
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
海岛棉H268 PPR蛋白家族基因鉴定及SNP/InDel分析
李枝玲
孔祥军
郑杰
韦美玲
李斌
周瑞阳
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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