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烟草抗感南方根结线虫品种根部差异表达mRNA的PPI网络分析
1
作者
陈小翔
张文军
+4 位作者
翟争光
徐志强
刘化冰
钟永健
江智敏
《浙江农业科学》
2024年第2期395-400,共6页
基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Bio...
基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Biological Process分析与KEGG通路分析)对差异表达基因进行生物学功能注释,并找出PPI网络中的重要基因以及作用通路一致的基因,并对这些基因加以解析,以明确抗南方根结线虫烟草品种抗性机制,为研究烟草抗南方根结线虫的分子机制提供理论依据。结果表明,差异表达基因主要在细胞代谢、胞内体转运、RNA介导的基因沉默等9条与抗感染相关的通路中显著富集,并且筛选出Fab1b、Fab1c、Fab1d、Glu1、Dcl1、Dcl2、Dcl4共7个同时构成PPI网络的关键基因。
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关键词
烟草
南方根结线虫
ppi网络分析
GO分类
关键基因
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职称材料
胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化
被引量：
5
2
作者
丁西平
毛玉娣
+2 位作者
汪朝靓
周欢
程前
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2019年第3期402-407,共6页
目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路...
目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。
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关键词
炎症恶化
胃癌
萎缩性胃炎
基因表达谱
GO
分析
KEGG信号通路
ppi网络分析
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职称材料
题名
烟草抗感南方根结线虫品种根部差异表达mRNA的PPI网络分析
1
作者
陈小翔
张文军
翟争光
徐志强
刘化冰
钟永健
江智敏
机构
浙江中烟工业有限责任公司技术开发分公司
湖南省烟草公司长沙市公司
出处
《浙江农业科学》
2024年第2期395-400,共6页
基金
中国烟草总公司河南省公司重点项目(2021410000240021)
河南省烟草公司许昌市公司重点项目(2020411000240069)
+3 种基金
贵州省烟草公司贵阳市公司重点项目(2020-07)
湖南省烟草公司长沙市公司重点项目(21-23A04)
广西壮族自治区烟草公司百色市公司(202145100020165)
福建省烟草公司南平市公司(NYK2021-09-03)。
文摘
基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Biological Process分析与KEGG通路分析)对差异表达基因进行生物学功能注释,并找出PPI网络中的重要基因以及作用通路一致的基因,并对这些基因加以解析,以明确抗南方根结线虫烟草品种抗性机制,为研究烟草抗南方根结线虫的分子机制提供理论依据。结果表明,差异表达基因主要在细胞代谢、胞内体转运、RNA介导的基因沉默等9条与抗感染相关的通路中显著富集,并且筛选出Fab1b、Fab1c、Fab1d、Glu1、Dcl1、Dcl2、Dcl4共7个同时构成PPI网络的关键基因。
关键词
烟草
南方根结线虫
ppi网络分析
GO分类
关键基因
Keywords
tobacco
Meloidogyne incongnita(Kofold&White)Chitwood
protein protein interaction
gene ontology(GO)functional classification analysis
key genes
分类号
S572 [农业科学—烟草工业]
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职称材料
题名
胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化
被引量：
5
2
作者
丁西平
毛玉娣
汪朝靓
周欢
程前
机构
中国科学技术大学附属第一医院(安徽省立医院)老年消化科
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2019年第3期402-407,共6页
基金
安徽省自然科学基金(编号:1808085MH304)
安徽省公益性技术应用研究联动计划项目(编号:1604f0804018)
文摘
目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。
关键词
炎症恶化
胃癌
萎缩性胃炎
基因表达谱
GO
分析
KEGG信号通路
ppi网络分析
Keywords
inflammation malignant
gastric carcinoma
atrophic gastritis
gene expression profile
GO analysis
KEGG pathway
ppi
network analysis
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
R573.32 [医药卫生—消化系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
烟草抗感南方根结线虫品种根部差异表达mRNA的PPI网络分析
陈小翔
张文军
翟争光
徐志强
刘化冰
钟永健
江智敏
《浙江农业科学》
2024
0
在线阅读
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职称材料
2
胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化
丁西平
毛玉娣
汪朝靓
周欢
程前
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2019
5
在线阅读
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职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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