分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测,初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒,设计引物对分离到的病...分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测,初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒,设计引物对分离到的病毒进行PCR检测,通过重叠PCR方法进行全基因组扩增测序。将分离病毒各蛋白氨基酸序列两两比对,同时选取GenBank数据库中微RNA病毒代表毒株序列绘制系统进化树,并对主要蛋白P1、2C、3D序列比对分析。结果显示:共分离到三株微RNA病毒,分别命名为21101株、21016株和21075株(GenBank登录号:OQ927377~OQ927379)。基因组长度分别为7445、7445和7447 bp,均包含一个编码2141个氨基酸的开放阅读框(ORF),可划分为P1、P2、P3三个部分,符合微RNA病毒序列特征。基于全基因组序列遗传进化分析发现,三株分离病毒与本实验室前期分离的Duck/FC22/China/2017(GenBank登录号:MN102111)毒株及上海兽医研究所分离的Duck/AH15/CHN/2015(GenBank登录号:MT681985)位于同一分支,与鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)遗传距离最近。分离的三株鸭源微RNA病毒进行全基因组测序及遗传进化分析发现,与目前已知的两株微RNA毒株为同一类新型鸭源微RNA病毒。展开更多
文摘分离新型鸭源微RNA病毒进行全基因组测序并进行遗传进化分析。对本实验室2021年不同来源的种鸭和肉鸭病料进行PCR检测,初步确定存在一种未知分类的新型微RNA病毒感染。取病死鸭病料组织处理后接种SPF鸡胚分离病毒,设计引物对分离到的病毒进行PCR检测,通过重叠PCR方法进行全基因组扩增测序。将分离病毒各蛋白氨基酸序列两两比对,同时选取GenBank数据库中微RNA病毒代表毒株序列绘制系统进化树,并对主要蛋白P1、2C、3D序列比对分析。结果显示:共分离到三株微RNA病毒,分别命名为21101株、21016株和21075株(GenBank登录号:OQ927377~OQ927379)。基因组长度分别为7445、7445和7447 bp,均包含一个编码2141个氨基酸的开放阅读框(ORF),可划分为P1、P2、P3三个部分,符合微RNA病毒序列特征。基于全基因组序列遗传进化分析发现,三株分离病毒与本实验室前期分离的Duck/FC22/China/2017(GenBank登录号:MN102111)毒株及上海兽医研究所分离的Duck/AH15/CHN/2015(GenBank登录号:MT681985)位于同一分支,与鸭甲型肝炎病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)遗传距离最近。分离的三株鸭源微RNA病毒进行全基因组测序及遗传进化分析发现,与目前已知的两株微RNA毒株为同一类新型鸭源微RNA病毒。
