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福建山樱花PEBP基因家族鉴定及FT基因功能预测
1
作者 余燕华 傅成杰 +1 位作者 陈剑勇 周显臻 《森林与环境学报》 北大核心 2025年第6期664-672,共9页
为探明蔷薇科植物早花性状的遗传基础及开花调控机制,以东亚特有的早花观赏树种福建山樱花为研究对象,采用全基因组比对、系统发育分析、保守基序与顺式作用元件分析、加权基因共表达网络分析等方法对其PEBP基因家族进行系统研究。结果... 为探明蔷薇科植物早花性状的遗传基础及开花调控机制,以东亚特有的早花观赏树种福建山樱花为研究对象,采用全基因组比对、系统发育分析、保守基序与顺式作用元件分析、加权基因共表达网络分析等方法对其PEBP基因家族进行系统研究。结果表明,福建山樱花PEBP基因家族在成员组成和基序结构上与近缘物种高度保守,且枝-位点模型未检测到正选择信号,推测其家族成员未发生明显功能分化。表达分析结果显示,PcamFT基因在花组织中特异性高表达,其启动子区域富含G-box光响应元件,缺失AE-box和GT1等负调控元件,提示该基因易受光周期调控。共表达网络分析鉴定出33个表达模块,其中模块25与花组织高度相关,PcamFT基因正属于该模块,并与AP1、SEP3、AGL1等关键开花调控因子共表达。蛋白互作网络预测进一步显示,PcamFT基因可能通过与这些MADS-box因子形成转录复合体,参与花分生组织的身份确立及花器官发育。 展开更多
关键词 福建山樱花 pebp基因家族 FT基因 早花性状 花期调控
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甘薯PEBP基因家族鉴定以及影响甘薯块根发育候选PEBP基因的鉴定 被引量：1
2
作者 黄哲瑞 辛曙丽 +2 位作者 赵添 刘永华 朱国鹏 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期459-472,共14页
磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)在植物中广泛存在,在调控开花、种子休眠以及地下储藏器官(如马铃薯块茎和洋葱鳞茎)形成中发挥着重要作用。但目前有关甘薯(Ipomoea batatas)PEBP基因家族成员的研究较少,且尚未有研究系统揭示调控甘薯块根... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)在植物中广泛存在,在调控开花、种子休眠以及地下储藏器官(如马铃薯块茎和洋葱鳞茎)形成中发挥着重要作用。但目前有关甘薯(Ipomoea batatas)PEBP基因家族成员的研究较少,且尚未有研究系统揭示调控甘薯块根发育的关键PEBP家族成员。本研究首先通过生物信息学分析对甘薯基因组中PEBP基因家族成员的数量和种类进行鉴定,然后通过PEBP基因表达的组织特异性分析、PEBP基因在不同发育时期块根中表达水平的动态变化及其与糖转运蛋白SWEET基因表达水平之间的相关性分析,系统筛选出调控甘薯块根发育的候选PEBP基因家族成员并初步揭示其可能的调控机制。结果如下:(1)从甘薯基因组中共鉴定出15个PEBP基因,聚类分析将其分为4个亚家族:5个FT-like成员(IbFT1~5)、6个TFL1-like成员(IbTFL1~6)、2个MFT-like成员(IbMFT1~2)和2个PEBP-like成员(IbPEBP1~2)。(2)聚类分析结果表明,IbFT5可能会促进甘薯块根发育,而IbTFL3可能会抑制其块根发育。(3)甘薯PEBP基因表达的组织特异性分析表明,在根系高表达的PEBP基因中,只有IbFT5、IbTFL4和IbTFL6不仅在根系的表达水平高于在其他组织中的表达水平,而且和根系中其他PEBP家族成员的表达水平相比,这3个基因的表达水平也是最高的,因此推测这3个PEBP基因可能会促进块根膨大。(4)对上述2种方法得到的4个候选PEBP基因(IbFT5、IbTFL3、IbTFL4和IbTFL6)在不同发育时期块根(定植后30、60、90、120 d)中的表达水平测定结果表明,随着块根的发育,IbFT5、IbTFL4、IbTFL6的表达水平显著上升,特别是在块根快速膨大期(60~90 d),而IbTFL3的表达水平在块根快速膨大期(60~90 d)则快速下降。因此,IbFT5、IbTFL4、IbTFL6可能促进块根发育,而IbTFL3则可能抑制块根发育。(5)伴随着IbFT5、IbTFL4、IbTFL6的表达水平的升高,块根中高表达的5个SWEET基因中有4个(IbSWEET4、IbSWEET11、IbSWEET16和IbSWEET19)的表达水平均呈现不断下降的趋势,这与马铃薯的研究结果相似,表明甘薯PEBP基因可能也是通过抑制SWEET蛋白活性,从而促进糖分通过更高效率的共质体转运途径向块根进行运输最终促进块根发育。综上,本研究不仅确定了甘薯基因组中PEBP基因家族成员的数量和种类,而且还筛选出4个可能影响甘薯块根发育的候选PEBP基因,为进一步提高我国甘薯的产量提供理论依据。 展开更多
关键词 甘薯 pebp基因家族 生物信息学 组织表达特异性 块根发育
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大豆PEBP基因家族的初步分析 被引量：11
3
作者 张礼凤 徐冉 +4 位作者 张彦威 戴海英 王彩洁 李伟 张军 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期151-157,共7页
磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP,phosphatidyl ethanolamine-binding protein)基因家族在动物、植物和微生物中广泛存在,在控制植物开花和种子休眠中起重要作用。本研究对大豆PEBP基因家族进行了分析,发现了27个大豆PEBP基因的候选序列,其... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP,phosphatidyl ethanolamine-binding protein)基因家族在动物、植物和微生物中广泛存在,在控制植物开花和种子休眠中起重要作用。本研究对大豆PEBP基因家族进行了分析,发现了27个大豆PEBP基因的候选序列,其中16个具有完整PEBP结构域的全长序列被认为是大豆Gm PEBP家族基因。Gm PEBP基因分布在9条染色体上,基因结构高度保守。通过系统发生分析,可将大豆Gm PEBP基因家族成员分为FT-like、TFL1-like和MFT-like 3个亚族,并且发现Gm PEBP家族成员数目按照大豆物种特异性的方式进行了扩张。对重复基因的Ks分析表明,绝大多数重复基因主要由5900万年前和1300万年前的大豆基因组复制所致。 展开更多
关键词 大豆 pebp基因家族 进化分析
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桃PEBP基因家族全基因组鉴定及桃TFL1基因功能分析 被引量：6
4
作者 谭彬 魏鹏程 +7 位作者 栗焕楠 连晓东 陈谭星 郑先波 程钧 王伟 王小贝 冯建灿 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期1443-1454,共12页
【目的】通过生物信息学分析明确磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)家族在桃基因组中的分布、结构及进化特征,并解析桃PEBP蛋白家族成员PpTFL1基因功能,为后续利用分子手段调控桃开花时间提供理... 【目的】通过生物信息学分析明确磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine-binding proteins,PEBP)家族在桃基因组中的分布、结构及进化特征,并解析桃PEBP蛋白家族成员PpTFL1基因功能,为后续利用分子手段调控桃开花时间提供理论依据。【方法】以拟南芥6个PEBP蛋白的氨基酸序列为参考序列,检索桃基因组中的PEBP基因家族成员,并对其进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测PpTFL1基因在桃不同组织中的表达量,构建PpTFL1过表达载体转化拟南芥。【结果】从桃全基因组鉴定出5个PEBP蛋白家族基因,均由4个外显子和3个内含子组成。5个桃PEBP蛋白中都包含PEBP保守基序和决定FT/TFL1功能的关键氨基酸位点;桃PEBP蛋白基因家族可分为TFL1-like、MFT-like和FT-like三个亚族。克隆获得PpTFL1基因编码序列(CDS),片段大小为519 bp;qRT-PCR结果表明,PpTFL1在‘中油桃14号’茎尖的表达量最高;与野生型相比,5个转PpTFL1的转基因拟南芥阳性株系均表现花期推迟;PpTFL1在5个转基因植株中均有表达,但不同单株间表达量有差异。【结论】PpTFL1基因过表达导致拟南芥花期推迟,表明PpTFL1基因参与花期调控。 展开更多
关键词 桃 pebp基因家族 TFL1 基因功能 开花时间
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基于转录组的金花茶PEBP基因家族的鉴定及分析 被引量：2
5
作者 刘合霞 刁慧玲 +7 位作者 舒杨 谭肖玲 韦晓晓 李妍 龙开芸 苏雅萍 赵娇妹 李博 《安徽农业科学》 CAS 2021年第13期103-107,共5页
磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)在花的形态建成中具有重要作用,为了解该基因家族在金花茶开花过程中的调控作用,通过对金花茶的花瓣转录组测序数据进行生物信息学分析,从转录组数据库中筛选金花... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)在花的形态建成中具有重要作用,为了解该基因家族在金花茶开花过程中的调控作用,通过对金花茶的花瓣转录组测序数据进行生物信息学分析,从转录组数据库中筛选金花茶(Camellia nitidissima)PEBP基因,并对其蛋白质性质、功能结构域、进化关系及开花过程中的表达模式进行了分析。结果表明,金花茶花瓣转录组中共含有9个PEBP基因家族成员,可以分为FT-like、TFL1-like、MFT-like、PEBP-like 4个亚基因家族;该蛋白家族主要由酸性、亲水的稳定蛋白构成,定位于细胞核中;该基因家族Motif具有一定的保守型,且所包含的保守基序数目及种类存在一定差异。在金花茶开花过程中,CnPEBP 4基因的表达量不断增高,该基因可能对金花茶花瓣形态建成具有一定的调控作用;而其他基因家族成员在金花茶花瓣组织中表达量较低或不表达。鉴定获得了金花茶PEBP基因家族成员的序列和部分功能信息,为研究金花茶开花调控提供了理论参考,为金花茶开花调控机理的研究奠定基础。 展开更多
关键词 pebp基因家族 金花茶 保守基序 进化分析 表达量分析
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PEBP家族基因在植物中功能的研究进展 被引量：10
6
作者 朱岩 彭振英 +1 位作者 张斌 毕玉平 《山东农业科学》 2013年第2期139-145,共7页
主要介绍了磷脂酰乙醇胺结合蛋白(PEBP)家族的成员、进化关系以及各亚家族基因在植物中功能的研究进展。
关键词 pebp家族基因 FT—LIKE亚家族基因 TFL—LIKE亚家族基因 MFT—LIKE亚家族基因
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薯蓣茎生珠芽发生相关的转录组和PEBP家族基因表达特性分析 被引量：1
7
作者 孙玲 王月 +3 位作者 陈闽 孙小芹 杭悦宇 张艳梅 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期8-19,共12页
以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的... 以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的叶腋部位4组样品进行转录组测序,并以‘铁棍山药’不同发育期茎生珠芽的叶腋部位为样品进行qRT-PCR分析,以期明确与薯蓣茎生珠芽发生相关的调控基因。结果显示:从2个品种不同部位的4组样品中共获得77981个All-unigenes,长度主要集中于300~3000 bp,占总量的99.44%;All-unigenes的平均长度为1050 bp,N50值为1764 bp,GC含量为42.66%;转录组unigenes与油棕(Elaeis guineensis Jacq.)和海枣(Phoenix dactylifera Linn.)的同源性较高。对具茎生珠芽叶腋样品与3组无茎生珠芽叶腋样品的差异unigenes进行功能注释和表达量比较。结果显示:经过GO注释分析,3组转录组分别有6098、8840和9141个差异unigenes注释在细胞组分、分子功能和生物过程3大类43个亚类中,其中,注释在代谢过程亚类的差异unigenes数分别占对应注释unigenes总数的10.6%、10.5%和10.7%;3组转录组分别有11182、13552和15918个差异unigenes注释在KEGG代谢通路,且主要集中在代谢和遗传信息处理;表达量均上调的unigenes有3531个,表达量均下调的unigenes有1084个;在具茎生珠芽叶腋部位中特异性表达的unigenes有235个,而在无茎生珠芽叶腋部位中均特异性表达的unigene仅1个。从转录组中共鉴定出11个PEBP家族成员,且在系统演化树上这些PEBP家族基因主要分布在TFL 1-like和FT-like分支上,其中位于TFL 1-like分支的Unigene40804_All与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕中已知功能的TFL 1基因高度同源,被命名为DpTFL 1,且DpTFL 1基因仅在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位表达。qRT-PCR分析结果显示:随‘铁棍山药’茎生珠芽发育,DpTFL 1基因的表达量逐渐升高,在发育成熟期达到最高。综合分析结果表明:与淀粉合成相关的SUS等基因以及与激素和糖代谢相关的基因可能参与‘铁棍山药’茎生珠芽发育的调控;DpTFL 1基因在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位特异性表达,其可能与薯蓣茎生珠芽发生有关。 展开更多
关键词 薯蓣 茎生珠芽 转录组 pebp家族基因 TFL 1-like 相对表达量
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花生AhTFL1基因的克隆与功能分析
8
作者 齐飞艳 石磊 +7 位作者 孙子淇 郑峥 苗丽娟 田梦迪 张忠信 黄冰艳 董文召 张新友 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期728-734,共7页
栽培花生(Arachis hypogaea L.)连续开花亚种和交替开花亚种的开花时间、分枝模式和分枝数量均不同,这与PEBP蛋白家族基因时空表达差异有关。本研究从花生品种豫花25号的幼嫩腋芽组织中克隆到AhTFL1基因,属PEBP基因家族,比对参考基因组... 栽培花生(Arachis hypogaea L.)连续开花亚种和交替开花亚种的开花时间、分枝模式和分枝数量均不同,这与PEBP蛋白家族基因时空表达差异有关。本研究从花生品种豫花25号的幼嫩腋芽组织中克隆到AhTFL1基因,属PEBP基因家族,比对参考基因组显示其位于18号染色体。AhTFL1基因开放阅读框为543 bp,编码180个氨基酸,拥有PEBP蛋白家族的保守的D-P-D-x-P和G-x-H-R结构域,91、115、145、147和159位的氨基酸与拟南芥TFL1保守的His88、Glu112、Ser142、Asp144和Asp156残基相同,系统进化树显示其属于TFL1-like亚家族。基于AhTFL1基因与拟南芥TFL1基因序列同源,所以利用拟南芥tfl1突变体进行功能互补试验验证其功能。35S::AhT⁃FL1互补拟南芥tfl1突变体表现为主茎增高、侧枝变长、荚果数增加、主茎侧枝数增多、莲座侧枝数减少,基本恢复至野生型性状。转化拟南芥野生型和tfl1突变体的35S::AhTFL1阳性株系都表现开花延迟,说明AhTFL1基因功能为促进营养生长,延迟营养生长向生殖生长的转变。 展开更多
关键词 栽培花生 pebp基因家族 TFL1基因 基因功能 营养生长
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