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MiR-4772通过调控卵巢癌免疫相关基因改变肿瘤免疫微环境
被引量：
3
1
作者
赵爱月
苏云霞
傅德强
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期1638-1645,共8页
目的运用生物信息学分析miR-4772对卵巢癌肿瘤免疫微环境的影响,并深入挖掘其潜在作用机制。方法基于TCGA数据库的294例卵巢癌患者数据,计算并获得肿瘤组织PD-L1表达最佳阈值;筛选PD-L1高、低表达组之间的差异表达基因(DEG),采用相关性...
目的运用生物信息学分析miR-4772对卵巢癌肿瘤免疫微环境的影响,并深入挖掘其潜在作用机制。方法基于TCGA数据库的294例卵巢癌患者数据,计算并获得肿瘤组织PD-L1表达最佳阈值;筛选PD-L1高、低表达组之间的差异表达基因(DEG),采用相关性分析获得重要DEG,运用WGCNA分析从DEG筛选出权重基因和PD-L1相关miRNA,重要DEG和权重基因交集获得核心基因;通过ssGSEA分析探讨PD-L1表达和miR-4772表达对卵巢癌肿瘤免疫格局的影响;KEGG法分析核心基因所涉及的信号通路;PPI网络分析核心基因相互作用;采用生存分析确定生存相关的核心基因。采用GEO数据库的399例卵巢癌患者数据,结合miR-4772模拟物和抑制物转染SKOV3细胞并进行基因表达谱测序验证。结果卵巢癌肿瘤组织PD-L1表达最佳阈值1.31582,即90%分位数;基于PD-L1高、低表达组,筛选出840个差异表达基因,包括549个基因显著上调,291个基因显著下调,20个重要DEG与miR-4772表达密切相关;WGCNA分析筛选48个miR-4772表达相关的权重基因;12个核心基因共存于重要DEG和权重基因。ssGSEA分析显示,PD-L1和miR-4772高表达组展现更活跃的肿瘤组织免疫浸润和功能活性。KEGG功能分析结果显示12个核心基因主要涉及免疫相关信号通路,PPI分析显示12个核心基因存在密切相互作用,CD96和TBX21表达水平与卵巢癌患者生存预后密切相关。SKOV3细胞转染miR-4772模拟物和抑制物后,基因表达谱测序结果显示12个核心基因和PD-L1表达水平随着miR-4772表达水平变化出现相应改变。结论miR-4772通过作用于12个核心基因,对卵巢癌肿瘤免疫微环境结构组成发挥调控作用。
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关键词
卵巢癌
肿瘤免疫微环境
miR-4772
pd-l1表达最佳阈值
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职称材料
题名
MiR-4772通过调控卵巢癌免疫相关基因改变肿瘤免疫微环境
被引量：
3
1
作者
赵爱月
苏云霞
傅德强
机构
福建医科大学附属第二医院肿瘤内科
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期1638-1645,共8页
基金
泉州市科技计划项目(2018N015S,2020N041s)
吴阶平医学基金会临床科研专项资助基金(320.6750.2021-10-9)。
文摘
目的运用生物信息学分析miR-4772对卵巢癌肿瘤免疫微环境的影响,并深入挖掘其潜在作用机制。方法基于TCGA数据库的294例卵巢癌患者数据,计算并获得肿瘤组织PD-L1表达最佳阈值;筛选PD-L1高、低表达组之间的差异表达基因(DEG),采用相关性分析获得重要DEG,运用WGCNA分析从DEG筛选出权重基因和PD-L1相关miRNA,重要DEG和权重基因交集获得核心基因;通过ssGSEA分析探讨PD-L1表达和miR-4772表达对卵巢癌肿瘤免疫格局的影响;KEGG法分析核心基因所涉及的信号通路;PPI网络分析核心基因相互作用;采用生存分析确定生存相关的核心基因。采用GEO数据库的399例卵巢癌患者数据,结合miR-4772模拟物和抑制物转染SKOV3细胞并进行基因表达谱测序验证。结果卵巢癌肿瘤组织PD-L1表达最佳阈值1.31582,即90%分位数;基于PD-L1高、低表达组,筛选出840个差异表达基因,包括549个基因显著上调,291个基因显著下调,20个重要DEG与miR-4772表达密切相关;WGCNA分析筛选48个miR-4772表达相关的权重基因;12个核心基因共存于重要DEG和权重基因。ssGSEA分析显示,PD-L1和miR-4772高表达组展现更活跃的肿瘤组织免疫浸润和功能活性。KEGG功能分析结果显示12个核心基因主要涉及免疫相关信号通路,PPI分析显示12个核心基因存在密切相互作用,CD96和TBX21表达水平与卵巢癌患者生存预后密切相关。SKOV3细胞转染miR-4772模拟物和抑制物后,基因表达谱测序结果显示12个核心基因和PD-L1表达水平随着miR-4772表达水平变化出现相应改变。结论miR-4772通过作用于12个核心基因,对卵巢癌肿瘤免疫微环境结构组成发挥调控作用。
关键词
卵巢癌
肿瘤免疫微环境
miR-4772
pd-l1表达最佳阈值
Keywords
ovarian cancer
tumor immune microenvironment
miR-4772
optimal cutoff point of
pd-l
1
expression
分类号
R737.31 [医药卫生—肿瘤]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
MiR-4772通过调控卵巢癌免疫相关基因改变肿瘤免疫微环境
赵爱月
苏云霞
傅德强
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
3
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