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结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP分型方法的建立 被引量：1
1
作者 徐啊慧 冯彩彩 +6 位作者 丰山旺 赵立卓 齐闻新 张雯 胡苏辉 王天奇 闫文朝 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期829-833,840,共6页
目的建立高效、特异的结肠小袋纤毛虫遗传亚型分析方法。方法选择限制性内切酶ApoI和PflMI对结肠小袋纤毛虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2的PCR扩增产物进行酶切分析,建立PCR-RFLP分型方法,利用建立的PCR-RFLP方法对猪源、羊源和豚鼠源临床粪便... 目的建立高效、特异的结肠小袋纤毛虫遗传亚型分析方法。方法选择限制性内切酶ApoI和PflMI对结肠小袋纤毛虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2的PCR扩增产物进行酶切分析,建立PCR-RFLP分型方法,利用建立的PCR-RFLP方法对猪源、羊源和豚鼠源临床粪便样品进行遗传亚型分析。结果基于ApoI和PflMI的PCR-RFLP方法可以准确区分结肠小袋纤毛虫遗传变异型A和B,用PflMI可以进一步将遗传变异型B细分为B-c和B-t两个亚型。与镜检和测序结果比较,建立的PCR-RFLP方法具有良好的特异性和更高的灵敏性,不仅可以鉴定临床样品中结肠小袋纤毛虫单个亚型,而且可以鉴别单个样品中结肠小袋纤毛虫多个亚型的混合感染。结论本研究成功建立了结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP方法,可用于结肠小袋纤毛虫遗传多态性鉴定和分子流行病学研究。 展开更多
关键词 结肠小袋纤毛虫 pcr-rflp分析 猪 羊 豚鼠
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幽门螺杆菌vacA基因PCR-RFLP分型 被引量：1
2
作者 代丽萍 王凯娟 +1 位作者 张建中 闫素清 《中国人兽共患病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期947-950,共4页
目的为幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,简称Hp)的基因分型提供一种可选择的指标,并通过分型与空泡毒素(vacuolatingcytotoxingeneAproduct,VacA)表达情况分析HpvacA基因的多态性。方法用自行设计的引物对18株Hp的vacA基因进行扩增,用7... 目的为幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,简称Hp)的基因分型提供一种可选择的指标,并通过分型与空泡毒素(vacuolatingcytotoxingeneAproduct,VacA)表达情况分析HpvacA基因的多态性。方法用自行设计的引物对18株Hp的vacA基因进行扩增,用7种限制性内切酶对基因扩增产物进行限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)分析;通过细胞测毒法对18株HpVacA活性进行检测。结果18株Hp的vacA扩增产物为2.75kb左右,但长度有差异;只有HeaⅢ可将vacA基因切出整齐的谱型,18株Hp被分为12种谱型。未发现VacA表达相关的谱型。结论HpvacA基因具有一定的多态性,而vacA基因的PCR产物经HeaⅢ酶切的RFLP分型可作为Hp基因分型的较理想选择指标。为Hp分子流行病学调查提供一种有效方法。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 VACA基因 pcr-rflp分型 分子流行病学
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江苏省肠出血性大肠埃希菌O157的基因PCR-RFLP分型研究 被引量：2
3
作者 钱慧敏 朱叶飞 +2 位作者 董晨 张平平 朱凤才 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期983-986,共4页
目的对历年从江苏省不同地区分离的肠出血性大肠埃希菌O157(以下简称:O157)进行分型分析。方法采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法对108株O157分子分型,比较不同地区、不同年份菌型差异。结果根据EcoRV限制性酶... 目的对历年从江苏省不同地区分离的肠出血性大肠埃希菌O157(以下简称:O157)进行分型分析。方法采用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法对108株O157分子分型,比较不同地区、不同年份菌型差异。结果根据EcoRV限制性酶切图谱可将菌株分成JS01-JS10十个不同的型别。主要菌型JS01占64.9%,JS02型与JS01型菌株酶切图谱相似度很高,JS03和JS04型菌株数目较少(12株),但近一半属于人源菌株。从时间方面看,1999年分离的菌型最多;从地区方面看,铜山县分离到的菌株型别最为多样化。结论不同菌型之间的致病性存在差异,菌株与地理来源的关系密切。PCR-RFLP方法操作简便、重复性好,为O157的流行病学研究提供了一条全新途径。 展开更多
关键词 大肠埃希菌O157 限制性酶切 pcr-rflp 分子分型
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副猪嗜血杆菌tbpA基因PCR-RFLP分型 被引量：6
4
作者 李军星 姜平 +4 位作者 王艳 李玉峰 陈闻 王先玮 李鹏 《中国动物传染病学报》 CAS 2009年第1期45-50,共6页
副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPs)是目前影响世界养猪业的重要病原之一。本试验利用针对HPs转铁蛋白基因tbpA的PCR-RFLP分型方法,对2003～2008年分离自江苏、上海、广西、浙江、江西和安徽等6省市的57个HPs分离株及15个参考菌株... 副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,HPs)是目前影响世界养猪业的重要病原之一。本试验利用针对HPs转铁蛋白基因tbpA的PCR-RFLP分型方法,对2003～2008年分离自江苏、上海、广西、浙江、江西和安徽等6省市的57个HPs分离株及15个参考菌株进行PCR-RFLP分析。结果显示,15个血清型参考菌株分为9种基因型,57个HPs流行分离株分为15种基因型,其中在我国最为流行的基因型分别为DBN(38%),ABN(18%)与DBP(12%)。本研究表明副猪嗜血杆菌在我国猪群中普遍存在,并至少有15个RFLP基因亚型,从而为我国HPs病的防治提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 tbpA基因 pcr-rflp 基因型
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副猪嗜血杆菌病原检测及aroA基因PCR-RFLP分型 被引量：1
5
作者 彭昊 谢宇舟 +8 位作者 李军 禤雄标 马春霞 胡帅 杨威 许力干 谢永平 陈泽祥 潘艳 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第11期90-94,共5页
本试验应用PCR方法及PCR-RFLP技术对aroA基因在副猪嗜血杆菌病原检测及基因分型中的作用进行探讨。以针对aroA基因的PCR引物成功检测出18株来自广西各地区猪场的副猪嗜血杆菌,敏感性检测结果表明,该PCR方法可检测的最低菌数为102个。对... 本试验应用PCR方法及PCR-RFLP技术对aroA基因在副猪嗜血杆菌病原检测及基因分型中的作用进行探讨。以针对aroA基因的PCR引物成功检测出18株来自广西各地区猪场的副猪嗜血杆菌,敏感性检测结果表明,该PCR方法可检测的最低菌数为102个。对该18株副猪嗜血杆菌进行aroA基因的序列测定,并进行aroA基因的酶切位点分析,筛选出HindⅢ和FokⅠ两种限制性内切酶,利用PCR-RFLP技术对1株血清5型参考菌株与本研究中18株广西菌株aroA基因的完整编码序列进行HindⅢ和FokⅠ限制酶谱分析,结果显示可分为与毒力相关的3种谱型。本研究结果表明,应用PCR方法及PCR-RFLP技术对副猪嗜血杆菌进行检测分析有助于更好地研究副猪嗜血杆菌的生物学特性及aroA基因的功能。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 病原检测 pcr-rflp
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禽腺病毒-Ⅰ群PCR-RFLP分型方法的建立 被引量：1
6
作者 江之瑶 王守春 +2 位作者 栾庆东 尹燕博 王建琳 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第11期22-24,27,共4页
为快速确定临床禽腺病毒-Ⅰ群(FAdVs)的血清型,本研究根据FAdVs的Hexon基因设计引物,对12个血清型FAdVs标准毒株进行PCR扩增,并根据扩增目的片段进行酶切位点分析和相应酶切反应研究,建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP... 为快速确定临床禽腺病毒-Ⅰ群(FAdVs)的血清型,本研究根据FAdVs的Hexon基因设计引物,对12个血清型FAdVs标准毒株进行PCR扩增,并根据扩增目的片段进行酶切位点分析和相应酶切反应研究,建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法。结果显示,利用该引物可同时扩增12个血清型FAdVs标准毒株,扩增片段大小为894 bp;扩增片段酶切位点分析显示,Eco130Ⅰ、Pf123Ⅱ、MluⅠ、PsyⅠ和BgⅡ为主要酶切位点,这5种酶切反应结果显示12个血清型FAdVs标准毒株可以得到不同的酶切图谱,且能区分12种血清型FAdVs;应用该酶切方法对本实验室保存的2株已知血清型的分离株进行分析,其结果与已确定的血清型一致。表明本试验建立的PCR-RFLP方法简便、特异性和区分度好,可用于12个血清型FAdVs的分型。 展开更多
关键词 禽腺病毒-Ⅰ群 pcr-rflp 限制性内切酶 分型 HEXON
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脊柱结核一种新分型方法的设计及可信度检验和治疗探讨 被引量：1
7
作者 舒钧 许南 +11 位作者 杨雪能 寸新华 郭立民 赵刚 王志华 袁勇 张伟 陈应东 王卫东 杨子斌 刘勇 杨曙 《中国脊柱脊髓杂志》 北大核心 2025年第5期459-469,共11页
目的:回顾性分析多中心收治的脊柱结核患者临床资料,筛选能反映脊柱结核及临床诊疗的特征指标,提出一种新的分型方法;总结本组术后随访1年以上且资料完整的患者手术资料,评估手术疗效。方法:统计2007年1月~2022年12月间多中心诊治且资... 目的:回顾性分析多中心收治的脊柱结核患者临床资料,筛选能反映脊柱结核及临床诊疗的特征指标,提出一种新的分型方法;总结本组术后随访1年以上且资料完整的患者手术资料,评估手术疗效。方法:统计2007年1月~2022年12月间多中心诊治且资料完整的358例脊柱结核患者的临床资料,其中男性189例,女性169例,年龄35.5±28.9岁;活动性脊柱结核346例,静止型结核12例;颈椎37例,颈胸椎24例,胸椎126例,胸腰椎79例,腰椎63例,腰骶椎29例;病灶累及椎体数为1~12个(3.1±1.9个);临床表现包括疼痛、活动受限、发热、血沉增快、椎体和椎间盘破坏吸收、寒性脓肿、死骨等。256例合并脊柱后凸畸形,66例表现为不同程度脊髓神经功能损害。采用专家组讨论和意见征询方法,筛选出能反映脊柱结核特征的指标,将脊柱后凸程度与相关指标进行相关性分析,以特征指标为基础设计一种新的脊柱结核综合分型(ASM分型)并进行可重复性评估和可信度检验。同时,收集术后随访1年以上且资料完整的117例的临床资料,采用疼痛视觉模拟量表(visual analogue scale,VAS)评分、脊髓神经功能检查,通过X线和CT检查测量脊柱后凸Cobb角和评估植骨融合情况等,评估手术疗效。结果:论证结果,脊柱结核的病理阶段、发病部位、累及的椎体数、合并的后凸畸形和脊髓神经功能损害是较为重要的特征指标,其他指标如椎体破坏程度、节段不稳、死骨的数量及大小、寒性脓肿等的特征性不强;相关性分析结果表明,更具特征性的指标脊柱后凸畸形与病程、部位、节段、有无脊髓神经损害等之间具有明显的相关性(P<0.05)。根据论证结果,提出了一种新的脊柱结核综合指标分型:以病灶内结核活动性情况分为活动型脊柱结核(Ⅰ型)和静止型脊柱结核(Ⅱ型)两种主要类型,其中Ⅰ型又分为四种亚型:A型为早期脊柱结核;B型为进展期脊柱结核;C型和D型为特殊类型,分别为跳跃型脊柱结核和脊柱附件结核;Ⅱ型又分为畸形静止型(A型)和畸形进展型(B型)两种亚型;同时,将脊柱结核四项重要指标包括病灶部位、受累椎体数、合并的后凸畸形及程度以及有无脊髓神经功能损害作为辅助指标;可信度分析结果显示,新分型具有较好的一致性和重复性。随访1年以上资料完整的117例患者中,12例颈椎结核采用了前路手术,104例颈胸交界区及以下的脊柱结核患者均采用了单纯经后路手术,1例胸腰椎结核在后路手术同时,采用入路对侧腹部小切口行寒性脓肿清除。随访结果显示:VAS评分为1.9±0.3分(1~3分);脊柱后凸Cobb角为15.6°±8.4°(4°~40°);脊髓神经功能异常者,末次随访时已完全恢复至正常,上述指标与术前相比,差异均具有统计学意义(P<0.05)。111例患者获得临床治愈、CT影像显示达到骨性融合;6例患者结核复发,其中5例因植骨不融合,出现内固定失败,再次行手术治疗。结论:新分型(ASM)能反映脊柱结核患者的病情特点,便于临床诊疗和交流。对颈胸交界区以下的脊柱结核患者采用单纯经后路手术是一种具有优势的手术选择。 展开更多
关键词 脊柱结核 分型 可信度检验 手术治疗
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妊娠患者ABO疑难血型基因分型及输血策略探讨
8
作者 冯晨晨 陈青 +4 位作者 韦晓 史丽莉 张若洋 赵芳 肖建宇 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第2期538-545,共8页
目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方... 目的:应用基因分型技术鉴定妊娠患者ABO疑难定型样本的血型,并结合临床探讨输血策略。方法:收集2021年1月至2022年12月本中心疑难血型基因检测开放平台接收的各地临床机构送检的36例ABO血型疑难的妊娠患者样本,利用血清学和基因检测方法鉴定血型表型及基因型。结果:36例样本共检出ABO亚型20例,包括10例BA/O,3例cisAB/O,2例A/Bw,1例A2/B,1例Aw/B,1例BA/B,1例BA/A,1例Bw/O;12例ABO基因测序后未发现与异常表型相关的特异性变异;检出4例类孟买血型。结论:ABO亚型干扰妊娠患者的ABO血型鉴定,同时妊娠状态也会影响血型表型。利用基因检测技术精准确定血型基因型能够指导妊娠患者临床输血,保障母婴安全。 展开更多
关键词 ABO亚型 基因分型 输血安全 产前筛查
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昆明天气分型及其与臭氧污染日的关联分析
9
作者 谢屹然 陈云波 +2 位作者 段玮 龚元均 樊雯璇 《北京大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期290-300,共11页
运用自组织映射神经网络聚类(SOM)方法,对昆明市2017—2019年间的大气环流进行大规模样本的客观分型研究。结合地面观测的臭氧浓度及臭氧日污染数据,分析不同天气类型的气象条件及环流形势特点。结果显示,昆明的大气环流场大致可分为9... 运用自组织映射神经网络聚类(SOM)方法,对昆明市2017—2019年间的大气环流进行大规模样本的客观分型研究。结合地面观测的臭氧浓度及臭氧日污染数据,分析不同天气类型的气象条件及环流形势特点。结果显示,昆明的大气环流场大致可分为9种类型,各天气型的出现概率及季节变化存在显著差异。在不同的天气类型下,昆明市臭氧污染日(O_(3)-8h≥160μg/m^(3))的出现频率具有明显的倾向性差异。在所有臭氧污染日中,T2型(滇西北高压脊型)和T6型(西行台风型)的出现频率最高,分别占臭氧污染总日数的30.8%和38.5%,属于“污染天气型”;T4,T7和T8型天气未出现过臭氧污染日,属于“偏清洁天气型”;T1,T3,T5和T9型则为“偏污染天气型”。T2与T6型在环流形势上具有明显差异。在T2型天气控制下,昆明及整个云南地区都受高压脊前西风的支配,而T6型天气为台风外围东风影响所致。这两种环流形势下,昆明及云南地区均处于高压环流控制之下,均易形成高温、低湿和强辐射等有利于臭氧浓度超标的气象条件。 展开更多
关键词 昆明 客观天气分型 臭氧污染 关联
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任意维度重建磁共振对骶管囊肿进行精准分型对于指导微创手术和康复的意义
10
作者 孙建军 马千权 +11 位作者 尹晓亮 杨辰龙 张嘉 陈素华 吴超 谢京城 韩芸峰 林国中 司雨 杨军 邬海博 赵强 《北京大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期303-308,共6页
目的:运用任意维度重建磁共振对骶管囊肿进行精准分型,有效指导患者的微创手术和术后个性化康复。方法:2021年3—12月,应用任意维度重建磁共振评估骶管囊肿患者的围手术期状况,根据神经根或漏口轨迹重建出囊肿内神经根走行和囊肿漏口情... 目的:运用任意维度重建磁共振对骶管囊肿进行精准分型,有效指导患者的微创手术和术后个性化康复。方法:2021年3—12月,应用任意维度重建磁共振评估骶管囊肿患者的围手术期状况,根据神经根或漏口轨迹重建出囊肿内神经根走行和囊肿漏口情况,对骶管囊肿进行精准分型并精准设计手术切口和骶管后壁骨窗范围。于显微镜下验证术前分型的准确性,指导对应术式治疗不同类型的骶管囊肿。术后复查神经根水肿情况、术腔是否有积液等,制定患者个性化的康复方案,便于患者顺利康复。结果:92例骶管囊肿患者中,58例(63.0%)为内含神经根囊肿,29例(31.5%)为内无神经根囊肿,5例(5.4%)为混合型骶管囊肿。58例内含神经根囊肿的患者中,手术显微镜下复核影像临床分型的准确度可达96.6%(56/58),只有2例较大的单发囊肿、神经根在囊肿上极闪现被误认为内无神经根型。29例内无神经根的骶管囊肿患者中,显微镜下复核影像的准确度达100%。对12例复发骶管囊肿内部的神经根和漏口情况的判断准确度达到100%。术后1个月发现迟发性术腔积液2例,予以艾灸、泡澡等康复治疗,患者术后4~6个月积液消失。结论:任意维度重建磁共振在术前可准确判断骶管囊肿的临床分型,指导手术精准执行,并个性化改善患者的康复效果。 展开更多
关键词 骶管囊肿 临床分型 脊神经根 磁共振成像 图像重建
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子宫颈腺癌基于病因学分类、Silva分型与临床预后相关性研究
11
作者 夏林 葛巧云 +2 位作者 平国强 王聪 徐祎 《临床与实验病理学杂志》 北大核心 2025年第3期352-358,共7页
目的根据WHO(第5版)子宫颈腺癌(endocervical adenocarcinoma,ECA)分类和Silva浸润模式分型,探讨病因学分类与Silva分型对ECA临床治疗和预后预测的价值。方法收集112例子宫颈浸润性腺癌的临床病理特征,采用HE形态学分类、免疫组化检测... 目的根据WHO(第5版)子宫颈腺癌(endocervical adenocarcinoma,ECA)分类和Silva浸润模式分型,探讨病因学分类与Silva分型对ECA临床治疗和预后预测的价值。方法收集112例子宫颈浸润性腺癌的临床病理特征,采用HE形态学分类、免疫组化检测和浸润模式的Silva分型,对相关要素与患者预后生存进行统计学分析。结果112例患者中位年龄46.5岁(30~80岁),肿瘤最大径0.35~9.0 cm,平均3.2 cm,多数患者临床表现为接触后阴道出血。HPV相关腺癌(HPV-associated adenocarcinoma,HPVA)89例;非HPV相关腺癌(non HPV-associated adenocarcinoma,NHPVA)18例;其他类型腺癌5例,包括子宫内膜样型腺癌4例,浆液性腺癌1例。浸润方式Silva A、B、C型分别为5例(4.5%)、30例(26.8%)、77例(68.7%)。随访患者112例,中位时间34个月(15~78个月),16例死亡,20例转移。NHPVA无进展生存期(progression-free survival,PFS)(P<0.001)和总生存期(overall survival,OS)(P=0.001)均显著低于HPVA。Silva A、B型预后良好,均无瘤生存,Silva C型中16例复发后死亡;C型患者的PFS、OS均低于Silva A、B型患者(P<0.05)。结论WHO(第5版)ECA分类具有更好的病因学与形态学的相关性,Silva分型对精确预测患者预后、指导治疗具有重要意义。 展开更多
关键词 子宫颈肿瘤 腺癌 HPV WHO分型 Silva分型 预后
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分子分型对子宫内膜癌诊治和预后判断的临床价值及意义
12
作者 高敏 宋坤 《实用妇产科杂志》 北大核心 2025年第4期271-275,共5页
子宫内膜癌(endometrial cancer)是一种常见的妇科恶性肿瘤,近年来在全球范围内的发病率和死亡率均呈上升趋势。大多数患者早期确诊,总体预后相对较好。然而,约20%的患者疾病为晚期或存在复发高风险,预后较差。因此,识别高风险患者,实... 子宫内膜癌(endometrial cancer)是一种常见的妇科恶性肿瘤,近年来在全球范围内的发病率和死亡率均呈上升趋势。大多数患者早期确诊,总体预后相对较好。然而,约20%的患者疾病为晚期或存在复发高风险,预后较差。因此,识别高风险患者,实施适当的干预改善患者预后,是当前子宫内膜癌领域的主要挑战之一[1]。 展开更多
关键词 分子分型 子宫内膜癌 临床价值 诊治 预后判断
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圈养野生动物源产气荚膜梭菌分离株的MLST分型及毒力基因分析
13
作者 徐春忠 徐锋 王建 《野生动物学报》 北大核心 2025年第3期674-680,共7页
为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A... 为了解上海地区动物园流行的产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的ST型,探讨其可能的遗传进化关系和潜在致病性,通过细菌基因组框架图测序对10株产气荚膜梭菌进行回顾性研究,对菌株MLST分型和致病性进行分析。结果显示:10株菌均为A型产气荚膜梭菌,分属于6个新的ST型,并携带有大量的毒力基因,包括plc(α毒素)、pfoA(θ毒素)等16种主要的毒力因子,以及hlyⅢ、hlyB等22种可能来源于其他菌属的毒力基因。研究发现,动物园的产气荚膜梭菌以A型为主,但存在遗传多样性、宿主多样性等特点,同时携带大量的毒力因子对人和动物均存在较大的风险。 展开更多
关键词 动物园 产气荚膜梭菌 多位点序列分型 致病性
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南美白对虾多密度高通量液相分型技术芯片设计与评估
14
作者 刘名扬 刘平平 +5 位作者 曾启繁 徐振媛 杨志辉 王师 胡景杰 包振民 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2025年第1期175-184,共10页
针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记... 针对南美白对虾育种研究中开展大规模全基因组重测序成本非常昂贵的问题,本研究对来自两个人工选择品种和四个市场领先公司的共180只南美白对虾进行全基因组重测序及全基因组单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)标记开发,并设计了12k、46k和92k三种密度规格的高通量液相分型技术芯片。对三款芯片性能进行评估的结果显示,三款芯片分别覆盖了11618、20055和20056个基因,基因覆盖度分别为43.50%、75.08%和75.09%;位于基因区位点分别为11618、35071和65138,占芯片总位点93.15%、76.24%和70.80%。次等位基因频率(Minor allele frequency,MAF)分别为0.27±0.11、0.34±0.12和0.27±0.12。三款芯片的位点在染色体上均匀分布,其中51.11%、76.63%和93.87%的位点平均间距范围为1~50 kB,均覆盖了MAPK、mTOR、Wnt和NOD-like受体等多个参与生长免疫功能的信号通路。本研究为南美白对虾HD-Marker体系建立提供了基础,从而为全基因组选择育种、种质资源评估、数量性状位点(Quantitative trait locus,QTL)定位和全基因组关联分析(Genome-wide association study,GAWS)提供技术支持。 展开更多
关键词 南美白对虾 高通量液相分型技术 靶向分型 基因组选择 单核苷酸多态性
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2021-2022年全国多中心沙门菌血清分型及耐药性分析
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作者 李佥勍 牛亚楠 +10 位作者 秦璞 魏宏莲 王洁 强翠欣 杨靖 李志荣 王伟刚 赵敏 霍秋月 段凯璇 赵建宏 《协和医学杂志》 北大核心 2025年第5期1120-1130,共11页
目的 分析全国多中心临床分离的沙门菌血清型分布及耐药情况。方法 回顾性收集2021年1月1日至2022年12月31日全国26个省市/自治区的53所医院分离获得的非重复沙门菌菌株,采用质谱法对所有菌株进行复核,并采用血清凝集试验进行血清分型... 目的 分析全国多中心临床分离的沙门菌血清型分布及耐药情况。方法 回顾性收集2021年1月1日至2022年12月31日全国26个省市/自治区的53所医院分离获得的非重复沙门菌菌株,采用质谱法对所有菌株进行复核,并采用血清凝集试验进行血清分型、微量肉汤稀释法进行药敏试验。结果 共纳入605株沙门菌,鉴定出42种血清型,其中鼠伤寒沙门菌(37.7%)和肠炎沙门菌(34.0%)为优势血清型。药敏结果显示,605株沙门菌对氨苄西林耐药率最高(80.8%),对左氧氟沙星(8.8%)、亚胺培南(1.2%)、厄他培南(0.8%)和美罗培南(0.5%)的耐药率均低于10%。血清分型方面,鼠伤寒沙门菌对氨苄西林(88.6%)、环丙沙星(11.8%)、左氧氟沙星(7.5%)、氯霉素(52.6%)、头孢他啶(16.7%)、头孢曲松(32.9%)、米诺环素(62.3%)、复方新诺明(45.2%)的耐药率高于肠炎沙门菌。年龄方面,6~17岁人群分离株对氨苄西林/舒巴坦(59.1%)和米诺环素(45.5%)的耐药率较高,65岁以上人群分离株对亚胺培南(5.1%)和厄他培南(3.4%)的耐药率较高。标本类型方面,粪便来源菌株对氨苄西林(82.5%)、氯霉素(40.8%)、米诺环素(41.0%)和复方新诺明(37.8%)的耐药率高于其他标本来源。科室来源方面,血液内科分离株对左氧氟沙星的耐药率最高(22.2%)。地理区域方面,华中地区分离菌株对环丙沙星的耐药率最高(19.0%),华南地区对氯霉素(59.6%)和米诺环素(59.6%)耐药率最高,华东地区对复方新诺明的耐药率最高(51.2%)。沙门菌总体多重耐药率为44.8%(271/605)。结论 我国临床分离的沙门菌血清型分布多样,以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主要优势型别,且整体耐药水平较高,多重耐药现象普遍。不同年龄、标本类型、科室及地区来源的菌株对常用抗菌药物的耐药率存在差异,临床应依据药敏结果合理选用抗菌药物,以减缓耐药性发展。 展开更多
关键词 沙门菌 流行病学 血清分型 耐药性
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三十四株猪源多杀性巴氏杆菌的分型及耐药性分析
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作者 马彩萍 祝瑶 +10 位作者 刘红道 周光斌 许秋 林龙华 柴霁芸 侯杰 孙宏飞 杜素素 范翠龙 夏利宁 张万江 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第8期4074-4085,共12页
旨在了解我国猪源多杀性巴氏杆菌(Pm)的流行特征和耐药情况。本研究对来自黑龙江、辽宁、吉林、内蒙古、陕西、宁夏、河南的病死猪脏器进行细菌分离培养,经16S rRNA测序和kmt基因鉴定,利用荚膜分型、脂多糖基因型分型、多位点序列分型(M... 旨在了解我国猪源多杀性巴氏杆菌(Pm)的流行特征和耐药情况。本研究对来自黑龙江、辽宁、吉林、内蒙古、陕西、宁夏、河南的病死猪脏器进行细菌分离培养,经16S rRNA测序和kmt基因鉴定,利用荚膜分型、脂多糖基因型分型、多位点序列分型(MLST)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法对Pm进行分型;通过微量肉汤稀释法分析Pm对8种抗生素的敏感性;通过Illumina PE 150对细菌全基因组测序,采用ResFinder数据库分析细菌的耐药基因,最后通过小鼠致病性试验确定分离菌株的毒力。结果显示,分离菌在血平板上形成表面光滑、湿润、中央微凸、半透明的菌落;革兰染色可见呈红色、球状或短杆状的细菌;共获得34株Pm,荚膜A型19株(占55.88%),荚膜D型14株(占41.18%)和荚膜F型1株(2.94%);脂多糖基因型L3有8株,脂多糖基因型L6有26株。MLST分析得到8个MLST型,ST11为优势基因型,占比为35.29%。可将Pm分为21个PFGE谱型,菌株间具有明显的多样性。耐药性结果显示,34株Pm对多黏菌素B、四环素、氟苯尼考、氯霉素、头孢噻呋、环丙沙星、卡那霉素的耐药率分别为38.23%、35.29%、23.53%、14.71%、11.76%、8.82%、2.94%,对庆大霉素不耐药;耐药基因检测结果显示,18株Pm携带9种耐药基因,分别为tet(B)、tet(C)、tet(L)、floR、aadA14、sul2、aph(6)-Id、aph(3″)-Ib和aph(3′)-Ia。Pm荚膜A型菌株毒力强于荚膜D型菌株,经腹腔注射31.5 CFU·mL^(-1) PmA1菌株后的试验组小鼠死亡率为100%。综上表明,34株猪源Pm中流行血清型为荚膜A型和D型,MLST型为ST11,荚膜A型菌株毒力较荚膜D型菌株强,且PFGE分型表明菌株间存在多样性,本研究为多杀性巴氏杆菌病的疫苗研发及防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 多杀性巴氏杆菌 荚膜分型 MLST分型 PFGE 耐药性
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新疆巴州地区某奶牛场隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子分型、耐药特征和毒力基因检测 被引量：1
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作者 蔡依龙 吴自豪 +2 位作者 池昊明 刘士哲 陈伟 《中国兽医杂志》 北大核心 2025年第2期10-17,共8页
为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其... 为调查新疆维吾尔自治区巴州地区奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的分子流行特征,本试验于2020年5月从巴州某奶牛场采集40份隐性乳房炎奶牛乳样进行细菌分离鉴定,对分离株进行多位点序列分型(MLST)和葡萄球菌A蛋白(spa)分型,同时检测其药物敏感性、毒力基因携带情况和生物被膜形成能力。结果显示,从40份乳样中得到34株金黄色葡萄球菌,MLST分型共18种,spa分型共7种,其主要流行克隆为ST5405-t189和ST5406-t705。34株金黄色葡萄球菌分离株对红霉素的耐药率最高(50.0%,17/34),并检测到4株(11.8%)耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,6株(17.6%)金黄色葡萄球菌具有多重耐药表型;34株金黄色葡萄球菌携带14种毒力基因,其中,clfB(94.1%,32/34)、clfA(88.2%,30/34)、hlb(85.3%,29/34)、cna(79.4%,27/34)和hla(67.6%,23/34)的检出率较高;23株(67.6%)金黄色葡萄球菌具有生物被膜形成能力。结果表明,本试验分离到的34株金黄色葡萄球菌分子分型多样,部分菌株具有多重耐药性和生物被膜形成能力,并携带多种毒力基因,提示应加强对奶牛隐性乳房炎源金黄色葡萄球菌的检测和监管。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 分子分型 耐药性 生物被膜 毒力基因
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基于技术匹配与分型优化的企业研发合作伙伴推荐方法研究
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作者 赵展一 钟永恒 +2 位作者 李贞贞 刘佳 席崇俊 《情报学报》 北大核心 2025年第1期48-60,共13页
从众多创新主体中为企业精准推荐与其需求相匹配的合作伙伴,有利于降低创新风险、攻克关键核心技术。为提高研发合作伙伴推荐结果的精准性和可解释性,本文提出一种基于技术匹配与分型优化的企业研发合作伙伴推荐方法。该方法以技术匹配... 从众多创新主体中为企业精准推荐与其需求相匹配的合作伙伴,有利于降低创新风险、攻克关键核心技术。为提高研发合作伙伴推荐结果的精准性和可解释性,本文提出一种基于技术匹配与分型优化的企业研发合作伙伴推荐方法。该方法以技术匹配度(包括技术相似度和互补度)为依据,通过机器学习算法识别大规模潜在合作组对,利用波士顿矩阵从技术相似度和互补度两个维度对伙伴类型进行细分,并结合创新实力、合作偏好、邻近程度和品牌效应等指标,对分型结果进行评价,最终筛选出最佳伙伴。以燃料电池领域为例进行实证应用,结果表明,类别-语义维度的识别算法F1值为93%,比基于类别维度、语义维度的识别算法F1值分别高出2个和4个百分点,可以准确反映创新主体间的技术匹配程度;支持将合作伙伴细分为优先合作型、重点关注型、变革补充型和多元扩张型4类;优化后的结果可为企业提供并有效区分多样化的选择,提升合作成功概率。 展开更多
关键词 研发合作 技术匹配 技术相似 技术互补 分型优化
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基于深度学习的低级别胶质瘤多组学数据整合稳健分型
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作者 杜港 贾聪聪 +4 位作者 赵鑫 田雅昕 房瑞玲 张岩波 曹红艳 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第2期185-190,共6页
目的 多组学数据的高噪稀疏性以及存在异常值,易导致多组学数据整合分型稳健性不足,本研究提出将深度学习中的自编码器与最优化稳健伪极大似然估计器(optimally tuned robust improper maximum likelihood estimator, OTRIMLE)结合的方... 目的 多组学数据的高噪稀疏性以及存在异常值,易导致多组学数据整合分型稳健性不足,本研究提出将深度学习中的自编码器与最优化稳健伪极大似然估计器(optimally tuned robust improper maximum likelihood estimator, OTRIMLE)结合的方法,并将其应用于低级别胶质瘤(lower-grade gliomas, LGG)患者分型。方法 采用自编码器对LGG的miRNA、mRNA和甲基化数据进行非线性降维,串联后采用OTRIMLE方法进行稳健分型。对最终的分型结果,利用Cox比例风险模型分析不同分型的预后风险,使用差异表达分析筛选出DEmiRNAs(differentially expressed miRNAs),DEmRNAs(differentially expressed mRNAs)和DMGs(differentially methylated genes),对DEmiRNAs的靶基因、DEmRNAs和DMGs三者的重合基因进行GO富集分析,最后对不同分型的患者进行免疫细胞浸润与通路活性分析。结果 将LGG患者分为四型,其中分型4患者的死亡风险是分型3患者的5.903倍。筛选出8个DEmiRNAs, 2890个DEmRNAs和46个DMGs,联合分析得到的658个重合基因富集于423条GO生物项。筛选出13条活性存在差异的通路以及4种存在差异的免疫浸润细胞。结论 基于深度学习的OTRIMLE方法对多组学数据高噪稀疏性和存在异常点时具有稳健性,有效实现了LGG患者的稳健分型,并筛选出了具有统计学差异的免疫细胞与通路等,可为LGG后续针对性治疗提供理论依据。 展开更多
关键词 稳健分型 深度学习 多组学数据 低级别胶质瘤
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建立基于qPCR技术的红细胞Diego、MNS、Kell血型基因分型方法及初步应用
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作者 张兵 徐罡 +2 位作者 胡文健 洪小珍 许先国 《中国实验血液学杂志》 北大核心 2025年第5期1429-1434,共6页
目的:建立基于实时荧光定量PCR(qPCR)技术的Diego、MNS、Kell血型基因分型方法,并初步应用于献血者稀有血型筛查。方法:利用血型血清学方法和基于测序分型的PCR-SBT法,制备包含各等位基因杂合子和纯合子的血型基因标准品。设计血型基因... 目的:建立基于实时荧光定量PCR(qPCR)技术的Diego、MNS、Kell血型基因分型方法,并初步应用于献血者稀有血型筛查。方法:利用血型血清学方法和基于测序分型的PCR-SBT法,制备包含各等位基因杂合子和纯合子的血型基因标准品。设计血型基因特异性扩增引物和杂交探针,摸索建立qPCR检测Diego、MNS、Kell血型基因型的方法。利用建立的qPCR法对186例献血者进行血型鉴定。结果:建立了基于qPCR技术鉴定Dia/Dib、S/s、K/k血型抗原的方法,基因标准品检测分型结果与血清型及PCR-SBT检测的基因型完全一致。采用qPCR法检测186份献血者样本,发现11例DI A/B杂合型,19例GYPB S/s杂合型,其余均为DI B/B、GYPB s/s、KEL 02/02纯合型,未发现DI A/A、GYPB S/S、KEL 01.01/01.01稀有血型。结论:建立的qPCR方法适用于Diego、MNS、Kell血型基因分型,可用于献血者批量筛查和稀有血型建库。 展开更多
关键词 实时荧光定量PCR Diego血型 MNS血型 Kell血型 基因分型
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