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中国部分地区艰难梭菌PCR-核糖体分型及毒素基因多态性研究 被引量:10
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作者 王晶 李春辉 +6 位作者 杜鹏程 曹波 陈晨 卢金星 李中杰 余宏杰 程颖 《中国感染控制杂志》 CAS 2014年第1期1-7,共7页
目的了解中国部分地区艰难梭菌聚合酶链反应(PCR)-核糖体型别分布及其A、B毒素基因多态性,为建立适宜中国的艰难梭菌分子检测和分子分型技术提供基础数据,同时在基因水平上为艰难梭菌感染导致的复杂临床表现提供依据。方法对中国3个城市... 目的了解中国部分地区艰难梭菌聚合酶链反应(PCR)-核糖体型别分布及其A、B毒素基因多态性,为建立适宜中国的艰难梭菌分子检测和分子分型技术提供基础数据,同时在基因水平上为艰难梭菌感染导致的复杂临床表现提供依据。方法对中国3个城市(北京、广州、济南)分离的64株艰难梭菌临床株进行PCR-核糖体分型,并对不同型别的26株代表菌株的A、B毒素基因进行扩增测序。结果 64株艰难梭菌中,毒素基因型以A+B+型(45株,70.31%)为主,A-B+型19株(29.69%)。共存在9种PCR-核糖体型别,以017型(21株,32.81%)为主要型别,其次为001型(13株,20.31%)、012型(11株,17.19%)。A-B+菌株中,14株(73.68%)是017型,1株是001型。A、B毒素基因呈现一定的多态性,其中有7种A毒素序列型别(TSTA),6种B毒素序列型别(TSTB),8种A、B毒素序列型别组合(TSTG)。结论我国部分地区的艰难梭菌可能以PCR-核糖体017型为主,A、B毒素基因在菌株间存在多态性,且核糖体型别与毒素基因多态性间存在相对应的关联。应进一步扩大菌株数量和范围,探寻适合我国的分子检测和分子分型方法,从而帮助医院更好地预防和控制艰难梭菌感染。 展开更多
关键词 艰难梭菌 艰难梭状芽孢杆菌 假膜性肠炎 核糖体分型 A毒素基因 B毒素基因 抗生素相关腹泻 医院感染
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PCR及核糖体基因分型法检测和鉴定脂环酸芽孢杆菌 被引量:5
2
作者 张宇霞 文朝慧 李儒 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第16期200-205,共6页
为实现对果汁生产中脂环酸芽孢杆菌从原料到成品的快速检测和鉴定,采用聚合酶链式反应(PCR)以及自动化核糖体基因分型RiboPrinter,对经过分离、筛选和纯化后的59株分离菌株进行鉴定。结果表明:自动化核糖体基因分型使得鉴定结果更加快... 为实现对果汁生产中脂环酸芽孢杆菌从原料到成品的快速检测和鉴定,采用聚合酶链式反应(PCR)以及自动化核糖体基因分型RiboPrinter,对经过分离、筛选和纯化后的59株分离菌株进行鉴定。结果表明:自动化核糖体基因分型使得鉴定结果更加快速、准确和可靠,最大化避免了其他因素对实验的影响,且在鉴定到种的基础上可以进一步分类,进行溯源分析。RiboPrinter分型结果为建立我国脂环酸芽孢杆菌分子分型数据库积累了一定的数据和经验,但由于菌株的来源地及数量有限,因此尚不能看出核糖体基因型是否有明显的地域分布特征。 展开更多
关键词 脂环酸芽孢杆菌 聚合酶链式反应 RiboPrinter 核糖体基因分型
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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究
3
作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页
目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多
关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 DNA序列分析 pcr扩增 间隔区 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床
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ERIC-PCR及全自动核糖体分型法鉴定不同来源的解朊金黄杆菌 被引量:3
4
作者 田敏 冯震 +3 位作者 曲瑞丹 黄静 戚稼禹 曹杰 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2020年第1期105-111,118,共8页
目的:为了建立一种高效分离筛选高产蛋白质谷氨酰胺酶的解朊金黄杆菌的筛选方法,采用肠道基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)和全自动核糖体分型方法对来自不同环境的33株解朊金黄杆菌(Chryseobacterium proteolyticum)进行分子分型研究。方... 目的:为了建立一种高效分离筛选高产蛋白质谷氨酰胺酶的解朊金黄杆菌的筛选方法,采用肠道基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)和全自动核糖体分型方法对来自不同环境的33株解朊金黄杆菌(Chryseobacterium proteolyticum)进行分子分型研究。方法:采用ERIC国际通用引物对33株解朊金黄杆菌进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,使用NTsys软件对电泳图进行聚类分析。同时,采用全自动核糖体分型方法对33株解朊金黄杆菌进行核糖体分型,采用Bionumeric软件对菌株进行聚类分析。结果:两种方法均可得到清晰的指纹图谱,可对33株解朊金黄杆菌进行分子分型。ERIC-PCR可扩增出3~9个100~10000 bp之间的条带,将菌株分为2个族群。全自动核糖体分型方法可将菌株分为2个亚型,每种亚型间菌株仍有细微差异。结论:同种菌株之间同源性达到99%以上,但仍在遗传进化关系上存在差异。来自同一地区的分离株有聚类成一类的趋势,且与菌株的产酶能力存在密切关联。研究结果表明聚类于族群Ⅱ的菌株基本都来自于河南,且该类群菌株的产酶能力明显高于族群Ⅰ。 展开更多
关键词 解朊金黄杆菌 ERIC-pcr 全自动核糖体分型 基因分型
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猪链球菌核糖体基因分型研究
5
作者 王凯 《中国猪业》 2010年第6期28-30,共3页
从青岛农业大学动物科技学院实验室分离培养的15株猪链球菌中提取基因组DNA,利用PstⅠ消化并进行电泳分析,将电泳分离的DNA片段转移至尼龙膜上并固定;以大肠杆菌C83907 16srDNA两侧保守区域设计引物,利用PCR扩增出16srRNA基因片段,用地... 从青岛农业大学动物科技学院实验室分离培养的15株猪链球菌中提取基因组DNA,利用PstⅠ消化并进行电泳分析,将电泳分离的DNA片段转移至尼龙膜上并固定;以大肠杆菌C83907 16srDNA两侧保守区域设计引物,利用PCR扩增出16srRNA基因片段,用地高辛标记制成探针;该探针与基因组DNA酶切片段进行杂交,通过对杂交带型分析,进而对猪链球菌进行核糖体基因分型。 展开更多
关键词 猪链球菌 16srRNA 核糖体基因分型
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艰难梭菌核糖体分型及腹泻发病危险因素研究 被引量:4
6
作者 杨富英 李萍 李永强 《护理学杂志》 2012年第17期1-3,共3页
目的探讨艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)发病危险因素及进行艰难梭菌核糖体分型,为针对性防护提供依据。方法选取449例抗生素相关性腹泻患者,其中92例诊断为CDAD;采用Logistic回归分析筛选CDAD发病危险因素;厌氧菌培养艰难梭菌再行PCR核糖体... 目的探讨艰难梭菌相关性腹泻(CDAD)发病危险因素及进行艰难梭菌核糖体分型,为针对性防护提供依据。方法选取449例抗生素相关性腹泻患者,其中92例诊断为CDAD;采用Logistic回归分析筛选CDAD发病危险因素;厌氧菌培养艰难梭菌再行PCR核糖体分型。结果CDAD发病的危险因素是鼻饲,多种慢性病,高APACHEⅡ评分,高超敏C反应蛋白,应用第三代头孢菌素、喹诺酮类抗生素及联用抗生素;使用糖肽类、硝基咪唑类抗生素降低CDAD发病(P<0.05,P<0.01)。20株艰难梭菌分为5个亚型即GZⅠ~GZⅣ型,其中GZⅢ型8株。结论住院患者CDAD发病率较高,需针对危险因素进行防护。 展开更多
关键词 艰难梭菌相关性腹泻 危险因素 抗生素相关性腹泻 抗生素 pcr核糖体基因分型 护理干预
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PCR-SSP技术对广东汉族人HLA-DR基因分型 被引量:13
7
作者 罗超权 陈汉奎 +1 位作者 杨英浩 伍新尧 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1998年第1期87-91,共5页
探索具有高分辨率、高特异性和简捷快速的方法对HLA-DR基因分型,为临床器官移植配型和疾病相关性分析提供实用的方法和基础资料.利用DR1~DRw18序列特异性的19组引物及1对内参照引物进行PCR扩增即PCR-SSP... 探索具有高分辨率、高特异性和简捷快速的方法对HLA-DR基因分型,为临床器官移植配型和疾病相关性分析提供实用的方法和基础资料.利用DR1~DRw18序列特异性的19组引物及1对内参照引物进行PCR扩增即PCR-SSP对HLA-DR进行基因分型,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳,溴乙锭染色,在紫外光下观察分型结果.每个被检个体的DR型别可由特异引物扩增出现的电泳谱带直接判断.双盲检测22例的结果100%正确.在102例中国广东地区汉族人中,DR9和DR2的基因频率最高,分别为0.2205和0.1912,DR10为最低(0.0098).与用PCR-SSO方法分型获得的结果比较,基因型别分布基本一致,但一些等位基因的频率有差异,表明HLA-DR基因频率的分布在不同地区、不同种族的人群间存在着差异.PCR-SSP法分辨率和特异性虽不及PCR-SSO法但比血清学方法精细,分型的全过程只需2~4h能满足临床器官移植配型的要求.基因频率调查结果为器官移植配型和疾病相关性分析提供了基础资料. 展开更多
关键词 HLA pcr 基因分型 基因频率 器官移植
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人核糖体蛋白S13(RPS13)编码基因的克隆及其正反义核酸转染胃癌细胞的初步研究 被引量:3
8
作者 翟惠虹 郭新宁 +4 位作者 时永全 王新 兰梅 杨力 樊代明 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2002年第11期785-789,共5页
目的:扩增人核糖体蛋白S13(RPS13)编码基因序列,构建其正、反义真核表达载体,分别转染胃癌细胞SGC7901及胃癌耐药细胞SGC7901/VCR,以进一步研究RPS13基因与胃癌多药耐药的关系。方法:采用RT-PCR法扩增RPS13cDNA片段编码区全长序列,利用... 目的:扩增人核糖体蛋白S13(RPS13)编码基因序列,构建其正、反义真核表达载体,分别转染胃癌细胞SGC7901及胃癌耐药细胞SGC7901/VCR,以进一步研究RPS13基因与胃癌多药耐药的关系。方法:采用RT-PCR法扩增RPS13cDNA片段编码区全长序列,利用DNA重组技术构建正、反义真核表达载体,经脂质体介导转染胃癌细胞SGC7901及胃癌耐药细胞SGC7901/VCR,筛选正、反义基因稳定转染细胞,RNA斑点杂交法检测正、反义稳定转染细胞mRNA水平的变化。结果:从高表达RPS13的SGC7901/VCR耐药细胞中提取细胞总RNA,RT-PCR法成功扩增了RPS13cDNA片段编码区全长序列,并经测序证实;目的基因按正、反两个方向亚克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+),并经酶切鉴定证实;经脂质体介导将正义真核表达载体转染SGC7901细胞,反义真核表达载体转染SGC7901/VCR细胞,G418筛选获得稳定转染细胞;RNA斑点杂交试验证实:正义稳定转染细胞RPS13mRNA水平上调,反义稳定转染细胞RPS13mRNA水平下调。结论:成功克隆了人RPS13编码基因序列,并构建了其正、反义真核表达载体。在胃癌细胞系SGC7901及长春新碱耐药细胞SGC7901/VCR中得到稳定转染细胞株,正义转染细胞中RPS13mRNA表达明显增加,反义转染细胞中表达明显受抑。 展开更多
关键词 核糖体蛋白S13 反转录pcr 基因转染 胃癌 基因克隆
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人类血小板抗原1~6和Gov系统的PCR-SSP同步基因分型 被引量:3
9
作者 朱培元 洪萍 +3 位作者 栾建凤 叶东 雷千红 严京梅 《医学研究生学报》 CAS 2007年第1期39-42,共4页
目的:采用序列特异性引物PCR(PCR—SSP)对人类血小板抗原(HPA)1-6、Gov系统进行同步基因分型,以确定中国大陆汉族人群中的HPA等位基因频率。方法:随机采集100名中国大陆汉族无偿献血者外周血标本,采用酚/氯仿方法提取基因组DN... 目的:采用序列特异性引物PCR(PCR—SSP)对人类血小板抗原(HPA)1-6、Gov系统进行同步基因分型,以确定中国大陆汉族人群中的HPA等位基因频率。方法:随机采集100名中国大陆汉族无偿献血者外周血标本,采用酚/氯仿方法提取基因组DNA。设计合成21条序列特异性引物,在相同的PCR循环条件下对HPA-1-6和Gov进行PCR-SSP同步基因分型。结果:100名随机供血者中观察到的基因频率分别是HPA-1a和1b为1.000和0.000,HPA-2a和26为0.995和0.005,HPA-3a和36为0.655和0.345,HPA-4a和46为1.000和0.000,HPA-5a和56为0.990和0.010,HPA-6a和66为0.980和0.020,Gov^a和Gov^b为0.515和0.485。中国人HPA—1.6、Gov的基因频率与亚洲其他人群相一致,HPA-3a/3b和Gov^a/Gov^b基因频率在包括高加索人在内的不同人群中基本相等。结论:中国大陆汉族人群中Gov和HPA-3等位基因分布有其自身特点。 展开更多
关键词 人类血小板抗原 pcr—SSP 同步基因分型 基因频率
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随机引物PCR法在变形链球菌基因分型中的初步应用 被引量:5
10
作者 刘加荣 边专 +1 位作者 樊明文 聂敏 《口腔医学研究》 CAS CSCD 2003年第2期92-94,共3页
目的 :研究利用随机引物PCR法来对口腔变形链球菌进行基因分型。方法 :采用两组针对变形链球菌的随机引物 ,于不同的反应体系中 ,对变形链球菌群 (血清型c、e、f、d、g)及 3个临床分离株进行PCR扩增 ,并对变形链球菌的电泳图谱进行分析 ... 目的 :研究利用随机引物PCR法来对口腔变形链球菌进行基因分型。方法 :采用两组针对变形链球菌的随机引物 ,于不同的反应体系中 ,对变形链球菌群 (血清型c、e、f、d、g)及 3个临床分离株进行PCR扩增 ,并对变形链球菌的电泳图谱进行分析 ,鉴定其基因型的多态性。结果 :运用两组随机引物均可鉴别不同血清型的变形链球菌 ,对同一血清型的链球菌还可鉴别其不同的基因型。结论 :两组随机引物均能对变形链球菌进行基因分型。随机引物PCR法简便、快速、分辨率较高 ,是鉴定变形链球菌基因型的有效方法。 展开更多
关键词 口腔变形链球菌 基因分型 随机引物pcr 电泳图谱
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PCR-RFLP与多引物对PCR乙肝病毒基因分型方法的比较 被引量:8
11
作者 彭亮 丁静娟 《复旦学报(医学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2004年第5期534-537,共4页
目的 PCR RFLP与多引物对PCR的乙肝病毒基因分型方法学比较。方法 自行设计利用限制性内切酶MboⅠ、BsTNⅠ、BsmAⅠ、HpaⅡ酶切S基因片段鉴定HBV基因型 (A~F)的PCR RFLP方法。分别利用该方法和多引物对PCR对贵州地区 14 9份HBsAg、HB... 目的 PCR RFLP与多引物对PCR的乙肝病毒基因分型方法学比较。方法 自行设计利用限制性内切酶MboⅠ、BsTNⅠ、BsmAⅠ、HpaⅡ酶切S基因片段鉴定HBV基因型 (A~F)的PCR RFLP方法。分别利用该方法和多引物对PCR对贵州地区 14 9份HBsAg、HBVDNA阳性血清进行病毒基因分型。结果  14 9份乙肝患者血清中PCR -RFLP方法成功分型 12 8份 (85 .91% ) ,多引物对PCR方法成功分型 10 8份 (72 .4 8% )。两种方法均能成功分型的标本 10 7份 ,其中B型 5 2份 ,C型 5 5份 ;两种方法分型结果完全一致。结论 本PCR RFLP基因分型方法与多引物对PCR方法的分型结果一致 ,但PCR RFLP方法的成功率及敏感度较高 ,图谱简单易读 。 展开更多
关键词 基因分型 乙肝病毒 pcr-RFLP 引物 临床应用 HBV基因 方法学比较 限制性内切酶 酶切 pcr方法
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人类UGT2B17基因缺失的多重PCR分型方法 被引量:1
12
作者 沈杰 谢海棠 +3 位作者 张伟 王果 贾元威 钟民 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1251-1253,共3页
目的建立一种快速有效的人类UGT2B17基因缺失型的PCR分型方法。方法针对人类基因组UGT2B17基因缺失型和外显子序列设计引物,采用多重PCR法进行分型。结果成功建立了一种多重PCR基因分型方法,并以普通PCR法和测序法验证。对安徽皖南地区... 目的建立一种快速有效的人类UGT2B17基因缺失型的PCR分型方法。方法针对人类基因组UGT2B17基因缺失型和外显子序列设计引物,采用多重PCR法进行分型。结果成功建立了一种多重PCR基因分型方法,并以普通PCR法和测序法验证。对安徽皖南地区健康人群UGT2B17基因分布进行了初步分析。结论所建立的多重PCR方法为一种有效便捷的UGT2B17基因缺失分型方法。 展开更多
关键词 UGT2B17 多态性缺失 基因分型 多重pcr 基因频率 安徽皖南
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RT-PCR结合限制性片段长度多态性分析对我国汉坦病毒进行基因分型的研究 被引量:1
13
作者 唐家琪 魏春宝 +5 位作者 陆承平 操敏 王长军 潘秀珍 朱进 李光富 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 1999年第4期281-284,299,共5页
用电脑软件分析HFRSV 囊膜糖蛋白编码基因的M 节段,寻找不同型别间病毒株M 节段的限制性内切酶酶切位点的差异。结果发现,HTN 型76118 株和SEO 型R22 株M 节段1199~1497 间的酶切位点,可用于进行... 用电脑软件分析HFRSV 囊膜糖蛋白编码基因的M 节段,寻找不同型别间病毒株M 节段的限制性内切酶酶切位点的差异。结果发现,HTN 型76118 株和SEO 型R22 株M 节段1199~1497 间的酶切位点,可用于进行限制性内切酶基因多态性分析,以确定HFRSV 的型别。根据上述结果,合成一对引物,建立RT/PCR 方法,分别用Rsal、Taq 1 和HindIII3 种内切酶对扩增片段进行酶切分型。用此方法分析了从我国不同地区、不同宿主分离的毒株19 株,及国际标准毒株1 株。结果表明,9 株可定为HTN 型,8 株可定为SEO 型,3 株无法确定其型别。此20 个毒株曾用血清学方法分型,仅11 株分型成功。分型成功率RTPCR/RFLP法与血清学方法分别为85% 和55% ,前者比后者高30 % 。 展开更多
关键词 肾综合征出血热 HFRSV 基因分型 RFLP pcr
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ARMS实时PCR基因分型特异性的研究 被引量:2
14
作者 郑薇薇 梁基选 李庆阁 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期135-139,共5页
以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,... 以原癌基因Kras基因12位密码子的4种基因型(野生型为GGT,突变型为AGT、TGT、CGT)质粒DNA为研究模型,采用SYBRGreenⅠ为实时PCR指示剂,进行ARMS实时PCR基因分型特异性的研究.结果表明:在和模板匹配的ARMS引物3′端附近引入故意错配碱基,将ARMS引物浓度稀释10倍,并对传统三步PCR循环进行改良,即根据目的产物和引物二聚体的熔点差异,在传统延伸步骤之后增加一步恒温80℃检测荧光步骤,可消除引物二聚体的影响,使ARMS引物的特异性增强,得到清晰的基因分型结果.实验表明这种基于SYBRGreenⅠ的ARMS实时PCR基因分型方法,无需合成探针,实验设计简单,是一种快速、简便、经济、特异性好的基因分型方法,可推广用于其他基因的分型,并可望成为应用于临床的基因诊断技术之一. 展开更多
关键词 基因分型 特异性 pcr 实时 Green 引物二聚体 基因诊断技术 SYBR 分型方法 RAS基因 质粒DNA 原癌基因 研究模型 引物浓度 模板匹配 实验设计 GGT 野生型 基因 密码子 12位 AGT 突变型 TGT 指示剂 R基因 传统 碱基 错配
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One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用
15
作者 张羽 张晓娟 +2 位作者 王胜宝 宋晓利 李小刚 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期136-142,共7页
nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR... nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。 展开更多
关键词 nested–pcr 单核苷酸多态性 基因分型
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基于新型高保真Taq酶的多重等位基因特异性PCR方法的建立与应用
16
作者 沈泽嘉 徐逸梦 +3 位作者 时景景 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期103-109,115,共8页
在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的... 在8号染色体存在部分替换片段的小鼠上挑选3个SNP位点进行初步方案检验,包括高保真Taq酶的特异性测试以及引物浓度对分型结果的影响,并评价该方法的灵敏度;之后应用该技术检测野生1号染色体替换系小鼠上的9个SNP的不同样本。对Taq酶的特异性研究表明:引物在未引入突变的前提下检测结果与测序结果保持一致;引物稀释实验说明浓度最低为0.003~0.006μmol/L,灵敏度的检测结果表示最低浓度检测限可达0.07 ng/μL以下。最后检测得到5种标准样本的基因型,其代表9个SNP的组合。成功验证并建立该新型高特异性Taq酶应用于多重等位基因特异性PCR实验的总体流程。提供一套具备高特异性、能够针对多个SNP位点进行检测的低成本方案,对多重等位基因特异性PCR技术的开发同样具有参考价值。 展开更多
关键词 等位基因特异性pcr 多重pcr 高保真Taq酶 基因分型 染色体替换系小鼠
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基于连接酶链式反应的EML4-ALK融合基因分型检测
17
作者 钱丽君 胡珊珊 +2 位作者 肖君华 李凯 周宇荀 《东华大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第5期69-77,共9页
针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针,优化连接探针长度及其浓度,建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案,并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明... 针对棘皮动物微管相关蛋白样4-间变性淋巴瘤激酶(EML4-ALK)融合基因变异体V1、V2、V3a、V3b设计引物、探针,优化连接探针长度及其浓度,建立基于连接酶链式反应的qPCR法检测方案,并对该方案的特异性、检出限、抗干扰性进行验证。结果表明:基于连接酶链式反应的qPCR法能对EML4-ALK融合基因进行有效分型;连接探针长度在30 nt(nucleotide)时检测灵敏度、特异性最高;连接探针终浓度在0.1~1.0 nmol/L较为合适;设计的引物、探针特异性好,只扩增靶RNA,对其他RNA无扩增;对EML4-ALK融合基因变异体V1、V2的检出限为10 copies/μL,变异体V3a、V3b的检出限为100 copies/μL;在EML4-ALK融合基因RNA标准品检测过程中加入100 ng的肺癌样本RNA作为干扰,检测结果未受到明显干扰。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 EML4-ALK融合基因 连接酶链式反应 基因分型检测 荧光定量pcr
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荧光定量PCR法和基因芯片分型法检测人乳头瘤病毒应用对照研究 被引量:2
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作者 席雅娟 肖海燕 李靖 《海南医学院学报》 CAS 2013年第5期696-698,701,共4页
目的:探讨荧光定量PCR法和基因芯片分型法对人乳头瘤病毒(HPV)的各自检测效果。方法:选择生殖系病变患者208例,采集其病变组织进行冻存,使用基因芯片分型法进行HPV的检查,并同时对使用基因芯片分型法检查阳性的182例患者的分泌物使用荧... 目的:探讨荧光定量PCR法和基因芯片分型法对人乳头瘤病毒(HPV)的各自检测效果。方法:选择生殖系病变患者208例,采集其病变组织进行冻存,使用基因芯片分型法进行HPV的检查,并同时对使用基因芯片分型法检查阳性的182例患者的分泌物使用荧光定量PCR法对HPV16,18型进行检测。结果:使用基因芯片分型法检查出的HPV阳性率为87.5%,荧光定量法对HPV18,18型的阳性检查率为79.67%,具有统计学差异;阳性检出率均以22~40岁的患者最多,且在宫颈癌患者中的阳性检出率最高。结论:基因芯片检查法对HPV具有高度的敏感性,荧光定量PCR法对HPV的敏感度较基因芯片检查法低。HPV阳性多发生于22~40岁及宫颈癌患者。 展开更多
关键词 荧光定量pcr 基因芯片分型 HPV
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双向等位基因特异性PCR技术在烟草SNP分型中的应用 被引量:1
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作者 林世锋 王仁刚 +8 位作者 潘飞 王自力 元野 李尊强 任学良 龙明锦 张吉顺 曾吉凡 史跃伟 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2022年第1期6-13,共8页
为提高抗PVY烟草品种的分子育种效率,本研究针对抗病种质资源半坤村晒烟中隐性抗病基因eIF4E1的SNP位点G149C建立一种简单快速的双向等位基因特异性PCR(Bi-directional PCR amplification of specific alleles,Bi-PASA)检测方法,并对该... 为提高抗PVY烟草品种的分子育种效率,本研究针对抗病种质资源半坤村晒烟中隐性抗病基因eIF4E1的SNP位点G149C建立一种简单快速的双向等位基因特异性PCR(Bi-directional PCR amplification of specific alleles,Bi-PASA)检测方法,并对该检测方法的特异性、准确度及实际应用效果进行验证。结果表明,建立的Bi-PASA检测方法能够在一个PCR反应中有效区分eIF4E1基因G149C位点3种基因型:野生型GG、杂合突变型GC、纯合突变型CC。利用Bi-PASA检测方法可以对K326×半坤村晒烟F2分离群体的基因型进行有效鉴别,且鉴定结果与普通的等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)以及直接测序法的鉴定结果一致。综上所述,本研究建立的Bi-PASA检测方法特异性强、准确度高、操作简便,可更好地应用于eIF4E1基因的分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 烟草 eIF4E1基因 双向等位基因特异性pcr SNP分型
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安捷伦科技推出新型PCR试剂盒——SureDirect血液PCR试剂盒可用于扩展的基因分型和病原体检测研究
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《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期715-715,共1页
安捷伦科技公司近日推出新型SureDirect血液PCR(聚合酶链反应)试剂盒.该试剂盒拓宽了公司PCR产品线,扩展了血源性疾病的基础和临床研究者在基因分型和病原体检测方法的应用.
关键词 pcr试剂盒 安捷伦科技公司 聚合酶链反应 病原体检测 基因分型 产品线
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