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杂草稻nrDNA ITS片段的PCR扩增条件优化及测定 被引量:1
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作者 刘志文 韩旭 +3 位作者 周索童 王丽 李宪臻 陈温福 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期168-170,共3页
对杂草稻的nrDNA ITS片段的PCR扩增条件进行了优化并测定,建立的PCR最优体系为:20μL反应体系含1μL模板DNA,0.125 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L正反向引物,1 UTaq酶,2.0μL 10×TaqPCR Buffer;退火温度为57℃。这样的条件下充分保证了I... 对杂草稻的nrDNA ITS片段的PCR扩增条件进行了优化并测定,建立的PCR最优体系为:20μL反应体系含1μL模板DNA,0.125 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L正反向引物,1 UTaq酶,2.0μL 10×TaqPCR Buffer;退火温度为57℃。这样的条件下充分保证了ITS PCR产物的质量和纯度要求,直接测序结果为600 bp左右,与网上结果十分类似,表明结果准确可靠。这些ITS片段的系统学信息将为杂草稻的起源进化提供有力的分子水平证据。 展开更多
关键词 杂草稻 NRDNA ITS pcr扩增条件 测序
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杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件优化 被引量:1
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作者 刘志文 周索童 +5 位作者 韩旭 曲佐寅 王占久 孙之音 李宪臻 陈温福 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期718-721,共4页
对杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件进行了优化,建立的最优体系为:20μL反应体积含1μL模板DNA,0.125mM dNTPs,0.5μM正反向引物,1U Taq酶,2.0μL 10×Taq PCR buffer;退火温度为61℃,在此条件下充分保证了psbA-trnH PCR产... 对杂草稻叶绿体psbA-trnH片段的PCR扩增条件进行了优化,建立的最优体系为:20μL反应体积含1μL模板DNA,0.125mM dNTPs,0.5μM正反向引物,1U Taq酶,2.0μL 10×Taq PCR buffer;退火温度为61℃,在此条件下充分保证了psbA-trnH PCR产物的质量和纯度要求。对该片段进行了直接测序,结果为510bp左右,在NCBI中比较分析表明其测序结果准确可靠,经ClustW分析表明含有丰富的系统学信息。 展开更多
关键词 杂草稻 叶绿体psbA-trnH pcr扩增条件 测序
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正交设计微卫星PCR扩增条件的探讨 被引量:13
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作者 孙伟 《草食家畜》 2001年第2期4-5,共2页
综述了影响微卫星PCR扩增的因素及正交设计原理 ,并以TaqDNA聚合酶、模板DNA、引物、Mg2 +等 4种因素 3种水平为例 ,利用正交表L9( 34 )对扩增体系的优化进行探讨。
关键词 微卫星 正交设计 pcr扩增条件 优化模型
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岩陀ITS2片段PCR扩增条件优化及物种鉴别研究 被引量:1
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作者 方强强 王燕 《现代园艺》 2019年第5期31-34,共4页
以岩陀植物叶片为材料,利用试剂盒提取方法提取植物叶片中的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增条件优化并对ITS2序列鉴别物种能力进行考察;通过单因素实验分别研究退火温度、DNA模板量、循环次数等因素对岩陀DNA条形码鉴别中所选的ITS2序列扩... 以岩陀植物叶片为材料,利用试剂盒提取方法提取植物叶片中的DNA,对ITS2序列进行PCR扩增条件优化并对ITS2序列鉴别物种能力进行考察;通过单因素实验分别研究退火温度、DNA模板量、循环次数等因素对岩陀DNA条形码鉴别中所选的ITS2序列扩增反应的影响,并对扩增体系进行优化,采用Seqman7.1软件对测序峰图进行校对拼接,应用MEGA计算种内种间遗传距离,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树;结果表明:优化后的PCR扩增反应体系总体积为25μL,含TaqPCR Master Mix 12.5μL、DNA模板量5ng、上下游引物(10mol/L)各1μL、dd H2O 9.5μL,ITS2序列在退火温度设置为60℃,循环次数为30次的条件下进行PCR扩增,获得清晰单一的电泳条带,ITS2测序成功率100%,比对后的序列长度475bp,GC含量约50%,种内种间变异存在重叠,没有明显的Barcoding gap;结论:通过试剂盒提取岩陀植物叶片DNA,在优化后的PCR扩增反应体系对ITS2序列进行扩增,可以满足后续对鬼灯檠属多基原植物岩陀的亲缘关系、物种鉴别和遗传多样性等领域的研究,但ITS2序列不适合岩陀种DNA条形码鉴别。 展开更多
关键词 岩陀 DNA提取 核糖体ITS2 pcr扩增条件 测序 分子鉴别
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桤木群体遗传分化研究I.DNA提取和PCR条件的建立 被引量:7
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作者 卓仁英 孟现东 陈益泰 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2003年第1期117-122,共6页
Taking China’s endemic tree species Alnus cremastogyne and other 5 Alnus species as test materials, the DNA extraction of genome and the amplification of PCR were studied. Two methods were tested, i.e. freezi... Taking China’s endemic tree species Alnus cremastogyne and other 5 Alnus species as test materials, the DNA extraction of genome and the amplification of PCR were studied. Two methods were tested, i.e. freezing treatment+5% CTAB and liquid nityrogen+5% CTAB. It is proved that the optimum PCR program is as follows: predenaturating under 94 ℃ for 3 min., denaturating under 94 ℃ for 18 seconds, annealing under 36 ℃ for 80 seconds and extending under 72 ℃ for 120 seconds. After 40 cycles, the sample is reacted for 10 minutes under 72 ℃. PCR system includes buffer 2.5 μL, dNTP 2.5 μL, primer (s60+s155) 2 mmol·L-1, Mg2+ 3.0 mmol·L-1, Tap enzyme 1 U, DNA 40 mg, then adding ddH2O to 20 μL. This study may provide some references for the application of RAPD technique in genetic research of alder tree species. 展开更多
关键词 群体遗传分化 桤木 RAPD分子标记 pcr扩增条件 DNA提取方法
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