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基于多重PCR的SNP基因分型及其在辣椒种质遗传多样性及关联分析中的应用
1
作者 黄月琴 陈学军 +5 位作者 方荣 周坤华 雷刚 李歌歌 方钰 袁欣捷 《植物遗传资源学报》 北大核心 2026年第1期132-151,I0047-I0054,共28页
利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布... 利用简化基因组测序数据,开发了一套基于多重PCR的SNP基因分型panel,包含170个核心SNP标记。利用该SNP panel及30个表型性状对202份辣椒种质进行分析,解析其遗传多样性,发掘辣椒优良表型性状的关联位点。结果表明,170个核心SNP标记分布于12条染色体上,香农指数平均为0.616,多态性信息含量平均为0.334,基因多样性平均值0.428,说明供试材料遗传多样性较好。基于SNP标记的聚类分析、群体结构分析和主成分分析结果较为一致,均将供试材料划分为5个类群,各类群与地理来源和果实形态有一定相关性。30个表型性状变异系数在7.00%~87.88%之间、平均为34.85%,ShannonWiener多样性指数在0.03~2.07之间、平均为1.19,其中单果重的变异系数最大,商品果纵径的Shannon-Wiener多样性指数最大,花冠颜色变异系数和Shannon-Wiener多样性指数均最小;表型性状间大部分存在显著或极显著相关性。进一步对表型性状、SNP标记进行关联分析,结果表明,GLM和MLM两种方法共检测到53个SNP关联位点,与12个表型性状显著关联;GLM和MLM分别可以解释4.83%~48.41%和10.86%~19.19%的表型变异,其中位于4号染色体的980-003标记对花冠颜色的表型变异解释率最高;53个关联位点里有4个位点被两种方法同时检测到。本研究所开发的SNP基因分型panel是一种通量高、准确性好且成本低的基因型鉴定方法,可应用于辣椒遗传结构分析、分子标记辅助育种、品种鉴定等研究。此外,本研究还构建了202份辣椒种质表型性状和基因型数据库,有效地建立了表型与基因型的对应关系,为辣椒优异基因发掘、种质创新和品种遗传改良提供理论指导和材料基础。 展开更多
关键词 辣椒 SNP基因分型 多重pcr 遗传多样性 关联分析
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猪肠道病毒和猪捷申病毒双重荧光RT-PCR检测方法的建立
2
作者 莫玲 于新友 +5 位作者 吕素芳 毕艳丽 张颖 李天芝 Ashenafi Kiros Wubshet 王文秀 《动物医学进展》 北大核心 2026年第2期49-53,共5页
为建立同时检测猪肠道病毒(PEV)和猪捷申病毒(PTV)的荧光RT-PCR方法,根据NCBI中PEV VP1(NCBI AF363453)和PTV VP1(NCBI GQ293092)基因序列,分别设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和扩增程序,建立了一种无需提取核酸即可同时检测PEV... 为建立同时检测猪肠道病毒(PEV)和猪捷申病毒(PTV)的荧光RT-PCR方法,根据NCBI中PEV VP1(NCBI AF363453)和PTV VP1(NCBI GQ293092)基因序列,分别设计特异性引物和探针,通过优化反应体系和扩增程序,建立了一种无需提取核酸即可同时检测PEV和PTV的双重荧光RT-PCR检测方法,对该方法的特异性、敏感性及重复性进行评估,并对临床样品进行检测。结果表明,20μL体系中各引物和探针最适加入量为:PEV-F 0.8μL、PEV-R 1.3μL、PEV-P 0.6μL、PTV-F 1.2μL、PTV-R 1.4μL和PTV-P 0.7μL,优化后的扩增程序为:90℃3 min;60℃反转录5 min;95℃5 s,52℃退火延伸20 s(此处收集荧光),共计40个循环。该对猪常见病原均无扩增,对PEV和PTV检测敏感性分别为5.13 TCID 50/100μL和3.47 TCID 50/100μL,对135份临床样品检测结果与传统核酸提取法结果一致。成功建立了PEV和PTV的免提取核酸双重荧光RT-PCR方法,特异性好,敏感性高,可用于临床两种疑似病例的快速检测。 展开更多
关键词 猪肠道病毒 猪捷申病毒 免提取核酸 荧光pcr
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黄芪根腐病菌锐顶镰刀菌的实时荧光定量PCR快速检测方法
3
作者 祖未希 赵丽梅 +2 位作者 赵雪姣 王雪 高芬 《河南农业科学》 北大核心 2026年第3期107-117,共11页
锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)是黄芪根腐病的重要病原菌之一。为实现锐顶镰刀菌的快速检测和准确定量,建立了一种实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,并对其在黄芪植株和土壤样本检测中的实用性进行验证。结果表明,基于锐顶镰刀菌EF-1... 锐顶镰刀菌(Fusarium acuminatum)是黄芪根腐病的重要病原菌之一。为实现锐顶镰刀菌的快速检测和准确定量,建立了一种实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,并对其在黄芪植株和土壤样本检测中的实用性进行验证。结果表明,基于锐顶镰刀菌EF-1α序列设计的引物Fae F4/Fae R4特异性强,所建方法对黄芪和土壤中锐顶镰刀菌的检测灵敏度分别为DNA质量浓度2.56×10^(-3)ng/μL和分生孢子1×10^(2)个/g,标准曲线的相关系数分别为0.9997和0.9838,扩增效率分别为1.07和0.87。重复性评价显示方法可靠、稳定。利用该方法检测发现,黄芪样本接种锐顶镰刀菌1 h后即可检测到病菌存在,且侵染量随时间逐渐上升;田间疑似根腐发病样本的锐顶镰刀菌阳性检出率为100%;田间发病和未发病土壤样本中,病菌阳性检出率也为100%,且相同种植年限的发病土带菌量显著高于未发病土。因此,所建qPCR检测方法可用于黄芪植株和土壤中锐顶镰刀菌的检测,为黄芪根腐病的精准监测和及时防控提供可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 黄芪 根腐病 锐顶镰刀菌 实时荧光定量pcr 检测
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机场道面承载能力ACR-PCR评价方法及其改进方向
4
作者 袁捷 李杰 +2 位作者 马鲁宽 凌建明 姜昌山 《同济大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第2期255-263,共9页
道面承载能力评价是保障飞机安全运行的重要工作之一。在回顾飞机分类号-道面分类号(aircraft classification number-pavement classification number,ACN-PCN)评价方法基本原理并总结其局限性的基础上,阐述了飞机分类等级-道面分类等... 道面承载能力评价是保障飞机安全运行的重要工作之一。在回顾飞机分类号-道面分类号(aircraft classification number-pavement classification number,ACN-PCN)评价方法基本原理并总结其局限性的基础上,阐述了飞机分类等级-道面分类等级(aircraft classification rating-pavement classification rating,ACR-PCR)评价方法的优化内容;明确了ACR和PCR的计算方法,并通过算例对比分析了2种方法,同时提出了改进方向。结果表明,ACR-PCR评价方法优化了标准道面结构、当量单轮胎压等参数,更新了道面结构破坏模式的控制准则及力学响应计算方法,实现了与现行设计方法的统一;ACR值不能简单地用10倍的ACN值表示,并且ACR-PCR评价方法对刚性道面承载能力提出了更高要求;建议在优化标准结构的基础上,提出针对无机结合料稳定类基层道面的ACR计算方法以及刚性道面上加铺层复合道面承载能力ACR-PCR评价方法。 展开更多
关键词 机场工程 机场道面 承载能力 ACR-pcr评价方法
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猴痘病毒荧光定量PCR检测方法的建立
5
作者 孙健 赵柏林 《山东畜牧兽医》 2026年第1期8-12,共5页
猴痘病毒(Monkeypox virus,MPXV)作为一种重要的人畜共患病毒,其在全球范围内传播和蔓延引起了广泛关注,尤其是在近年来的疫情中,及时有效的检测方法显得尤为重要。为建立一种快速诊断MPXV的检测方法,根据2022年公布的MPXV的靶基因片段F... 猴痘病毒(Monkeypox virus,MPXV)作为一种重要的人畜共患病毒,其在全球范围内传播和蔓延引起了广泛关注,尤其是在近年来的疫情中,及时有效的检测方法显得尤为重要。为建立一种快速诊断MPXV的检测方法,根据2022年公布的MPXV的靶基因片段F3L(462 bp,GenBank登录号AF380138.1)保守区域,设计了1对特异性的引物和1条探针,建立了猴痘病毒荧光定量PCR检测方法。结果显示,本方法仅能有效检测MPXV,与牛结节皮肤病病毒、非洲猪瘟病毒VP72片段质粒、圆环病毒Ⅱ型标准品均无交叉反应;对重组质粒标准品的最低检测限为5.1 copies/μL;批内与批间的重复试验变异系数均小于6%。结果表明,本试验方法具有较强的敏感性、特异性和稳定性,可以用于猴痘病毒的快速鉴别诊断。 展开更多
关键词 猴痘病毒 荧光定量 pcr 检测方法
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2024年河南省部分猪场PCV2及PCV3的血清病原学PCR调查
6
作者 王老七 张哲玮 +3 位作者 杨树 魏雨鹏 王军建 刘丽娟 《现代畜牧科技》 2026年第5期9-12,共4页
对来自河南省范围内的403份送检血清样品进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的PCR检测,研究结果表明,PCV3在河南省猪群中的感染程度较高,其阳性检出率为32.5%,PCV2的阳性检出率为21.3%,同时存在PCV3与PCV2的共同感染问题,共... 对来自河南省范围内的403份送检血清样品进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的PCR检测,研究结果表明,PCV3在河南省猪群中的感染程度较高,其阳性检出率为32.5%,PCV2的阳性检出率为21.3%,同时存在PCV3与PCV2的共同感染问题,共感率为6.4%。该研究为河南省猪圆环病毒的防控提供了重要数据支撑,对于阻止PCV2、PCV3在河南省内的传播,降低病毒的感染率,促进养猪业的健康发展具有重要的参考意义。 展开更多
关键词 圆环病毒 血清学检查 pcr
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牛星状病毒和诺如病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
7
作者 姜玲玲 罗文菊 +4 位作者 艾蓉 周景瑞 张琴 冯明祥 余波 《贵州农业科学》 2026年第3期116-123,共8页
【目的】建立一种同时快速检测牛星状病毒(BAstV)和诺如病毒(BNoV)的方法,为及时制定相关疫情防控方案提供技术指导。【方法】根据BAstV中ORF2基因和BNoV中RdRp基因的保守区域分别设计特异性引物,建立能同时检测BAstV和BNoV的双重TaqMa... 【目的】建立一种同时快速检测牛星状病毒(BAstV)和诺如病毒(BNoV)的方法,为及时制定相关疫情防控方案提供技术指导。【方法】根据BAstV中ORF2基因和BNoV中RdRp基因的保守区域分别设计特异性引物,建立能同时检测BAstV和BNoV的双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法,对该方法的敏感性、特异性、重复性及临床样品进行试验检测。【结果】建立的双重TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法可扩增BAstV和BNoV核酸,未能扩增牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛环曲病毒(BToV)、牛冠状病毒(BCoV)核酸,特异性强;对BAstV和BNoV的最低检测量分别为1.19 pg/μL和0.82 pg/μL,敏感性高;重复性试验检测中,变异系数均小于1%,重复性好;临床检测213份样品,BAstV和BNoV的阳性检出率分别为23.94%和7.98%,明显高于单一SYBR Green染料法。【结论】牛星状病毒和诺如病毒双重荧光PCR方法敏感性高、特异性强,用便携式荧光定量PCR仪可在60 min内完成检测,适用于养殖场BAstV和BNoV感染的快速检测。 展开更多
关键词 牛 牛星状病毒 牛诺如病毒 犊牛腹泻 双重感染 实时荧光定量RT-pcr
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奶牛乳腺炎致病菌三重qPCR检测方法的建立
8
作者 康新华 赵雯 牛琼 《中国牛业科学》 2026年第1期29-37,共9页
为建立奶牛乳腺炎主要致病菌的快速检测方法,选择大肠埃希氏菌(Escherichia coli)phoA基因、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)mdh基因、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)femA基因以及内标基因ACtB的保守区序列设计合成特异性... 为建立奶牛乳腺炎主要致病菌的快速检测方法,选择大肠埃希氏菌(Escherichia coli)phoA基因、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)mdh基因、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)femA基因以及内标基因ACtB的保守区序列设计合成特异性引物探针,建立了奶牛乳腺炎大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯菌的三重荧光PCR检测方法。该方法可特异性检出3种常见的奶牛乳腺炎致病菌,与无乳链球菌、停乳链球菌、牛支原体、沙门氏菌等常见病原无交叉反应,特异性强;对phoA、mdh和femA的最低检出限分别为16.9、16.7和20.4拷贝/μL,且组内和组间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。用该方法对90份奶牛乳腺炎生乳样本进行检测,检测结果与单一荧光PCR方法一致。表明所建立的奶牛乳腺炎大肠埃希氏菌、肺炎克雷伯菌和金黄色葡萄球菌三重荧光定量PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、操作简单的特点,适用于奶牛乳腺炎的临床诊断检测。 展开更多
关键词 奶牛乳腺炎 大肠埃希氏菌 肺炎克雷伯菌 金黄色葡萄球菌 三重荧光qpcr
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猪肉中常见的人畜共患细菌和寄生虫多重荧光PCR检测方法的建立与初步应用
9
作者 韩亚星 赵格 +7 位作者 赵建梅 宋时萍 高玉斌 刘娜 黄秀梅 王琳 王君玮 黄娟 《动物医学进展》 北大核心 2026年第4期54-63,共10页
为了建立快速、敏感、可同时检测猪肉中多种病原的多重荧光定量PCR,本研究针对猪肉中13种重要病原的特异基因保守序列,分别设计了引物及不同荧光基团标记的TaqMan探针,构建了含有目的基因的重组质粒,并用其进行反应体系优化,以及敏感性... 为了建立快速、敏感、可同时检测猪肉中多种病原的多重荧光定量PCR,本研究针对猪肉中13种重要病原的特异基因保守序列,分别设计了引物及不同荧光基团标记的TaqMan探针,构建了含有目的基因的重组质粒,并用其进行反应体系优化,以及敏感性、特异性和重复性验证。结果显示,建立的3组三重与1组四重荧光定量PCR法能够在同一反应条件下2 h内完成对13种病原的特异性检测,反应体系中的多条引物探针间不发生交叉反应;最低检出限:致病性大肠埃希氏菌、沙门氏菌均为1拷贝/μL,单增李斯特菌为10拷贝/μL,结肠弯曲杆菌、金黄色葡萄球菌、志贺菌均为10~2拷贝/μL,住肉孢子虫、猪丹毒杆菌、弓形虫、囊尾蚴、蜡样芽胞杆菌、产气荚膜梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌均为10~3拷贝/μL;重复性试验变异系数均在2.33%以下。多重荧光PCR和普通PCR法对30份猪肉样品的病原总体检出率分别为83%(25/30)和56.7%(17/30),二者总体符合率达到66.7%~100%。猪肉中常见13种病原的三重/四重荧光定量PCR检测方法的成功建立,为猪肉病原学检测和流行病学调查提供技术支撑,有助于保障猪肉食品安全。 展开更多
关键词 猪肉 病原菌 寄生虫 病原检测 多重荧光定量pcr
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基于直接PCR的转基因种子纯度快速检测方法
10
作者 翟杉杉 李俊 +4 位作者 肖芳 李允静 武玉花 高鸿飞 吴刚 《中国油料作物学报》 北大核心 2026年第1期168-181,共14页
种子纯度检测对于保证种子质量,提高作物产量具有重要意义。建立快速、准确、低成本的转基因种子纯度检测技术将为推进生物育种产业化发展提供有力支撑。本研究基于直接PCR技术提出了一种转基因种子纯度快速检测方案,包括:(1)利用自主... 种子纯度检测对于保证种子质量,提高作物产量具有重要意义。建立快速、准确、低成本的转基因种子纯度检测技术将为推进生物育种产业化发展提供有力支撑。本研究基于直接PCR技术提出了一种转基因种子纯度快速检测方案,包括:(1)利用自主研发的快速提取试剂,在常温下实现单粒种子研磨、提取同步进行,2分钟内一步式实现核酸提取,提取液无需纯化、直接作为模板进行实时荧光PCR扩增;(2)配制PCR反应体系;(3)样品分板;(4)高通量检测;(5)种子纯度计算。利用本方法对3种转基因大豆中黄6106、DBN9004、SHZD3201种子样品进行纯度检测,15份样品从制样到结果鉴定一个工作日内全部完成。该方法简化了现有纯度检测技术的操作步骤,显著缩短了分析时间,为转基因种子纯度检测提供了一种可靠的单粒快速检测新方法。 展开更多
关键词 转基因种子 纯度检测 DNA快速提取 直接pcr
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槲树不同器官及盐胁迫下qRT-PCR的内参基因筛选及验证
11
作者 蒋萌 白晓宁 +4 位作者 王文波 赵亚洲 胡增辉 苏淑钗 冷平生 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2026年第1期211-220,234,共11页
[目的]筛选在不同器官及盐胁迫下表达稳定的槲树内参基因,验证所选内参基因在qRT-PCR中的适用性和稳定性,为精准评价槲树目标基因表达量提供理论依据。[方法]从槲树盐胁迫转录组中筛选出10个高表达传统管家基因作为候选内参基因(TUBA、T... [目的]筛选在不同器官及盐胁迫下表达稳定的槲树内参基因,验证所选内参基因在qRT-PCR中的适用性和稳定性,为精准评价槲树目标基因表达量提供理论依据。[方法]从槲树盐胁迫转录组中筛选出10个高表达传统管家基因作为候选内参基因(TUBA、TUBA、GAPDH、Actin、EIF2B5、UBE2W、ADCK、EEF1B、UBE2J1和EIF5A),采用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件和ΔCt程序对候选基因在槲树中的表达稳定性进行分析。以槲树6个器官(根、茎、叶、叶芽、花序、种子)及盐胁迫下4个不同处理时期(CK、3 h、24 h、96 h)的叶片为样品,通过qRT-PCR技术,结合候选内参基因,验证过氧化氢酶基因QdCAT2在槲树不同器官及盐胁迫下的表达模式以及候选内参基因的表达稳定性。[结果]10个候选内参基因中,EIF5A和UBE2W的表达稳定性最高,综合排名位居前列,EIF2B5为最不稳定内参基因。QdCAT2基因在槲树叶片中表达量最高,且随着盐胁迫时间的延长,表达量呈先升高后降低的趋势,在处理3 h后达到高峰,使用EIF5A、UBE2W及EIF5A+UBE2W组合作为内参基因得到的相对表达结果基本一致,表明EIF5A和UBE2W为槲树各器官及盐胁迫最适合的内参基因。[结论]成功筛选出了2个稳定内参基因,并验证了EIF5A、UBE2W及EIF5A+UBE2W组合均适合作为槲树不同器官及盐胁迫下qRT-PCR的内参基因,为槲树不同器官及盐胁迫下基因表达分析提供了参考,并为后续槲树分子生物学研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 槲树 实时荧光定量pcr 内参基因筛选 盐胁迫 表达分析
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H10亚型禽流感病毒TaqMan探针实时荧光定量反转录PCR检测方法的建立和应用
12
作者 周婉婷 张雅馨 +6 位作者 彭程 刘朔 杨吉喆 李金平 侯广宇 刘华雷 蒋文明 《中国兽医杂志》 北大核心 2026年第5期45-50,共6页
为建立可同时检测H10亚型禽流感病毒(AIV)北美谱系和欧亚谱系的检测方法,本试验根据H10亚型AIV的血凝素(HA)基因分别设计引物和探针,优化反应条件,建立同时检测这2个谱系的实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RTqPCR)检测方法,绘制标准曲... 为建立可同时检测H10亚型禽流感病毒(AIV)北美谱系和欧亚谱系的检测方法,本试验根据H10亚型AIV的血凝素(HA)基因分别设计引物和探针,优化反应条件,建立同时检测这2个谱系的实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(RTqPCR)检测方法,绘制标准曲线,验证该方法的特异性、敏感性和重复性,并进行临床样品检测。结果显示,引物和探针浓度分别为0.40和0.20μmol/L、退火温度为59℃时,反应结果最佳;建立的RT-qPCR检测欧亚谱系和北美谱系H10亚型AIV具有良好的线性关系(R^(2)=1.000或R^(2)=0.999);该方法具有高度特异性,与其他亚型AIV和其他常见禽源性病毒均无交叉反应;对欧亚谱系和北美谱系H10亚型AIV的最低检测限分别为5.58×10^(2)和1.57×10^(2)copies/μL;组内和组间重复试验的变异系数均小于2%,重复性较好;36份H10亚型AIV临床样品检测结果显示,34份欧亚谱系和2份北美谱系的H10亚型AIV样品均为阳性。结果表明,本试验建立的TaqMan探针RT-qPCR检测方法具有良好的特异性、敏感性和重复性,能够同时检测H10亚型AIV北美谱系和欧亚谱系,有助于提高对H10亚型AIV临床检测和监测的能力。 展开更多
关键词 H10亚型禽流感病毒(AIV) 北美谱系 欧亚谱系 TAQMAN探针 实时荧光定量反转录pcr HA基因
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暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及其杂交F_(1)代的荧光PCR鉴定技术的建立
13
作者 赵昕 车帅 +4 位作者 王焕 孙侦龙 尤颖哲 柳淑芳 庄志猛 《渔业科学进展》 北大核心 2026年第1期37-47,共11页
暗纹东方鲀(Takifugu obscurus♀)×红鳍东方鲀(T.rubripes♂)的杂交F_(1)代具备双亲诸多优良性状,市场前景较好。但杂交F_(1)代的形态特征与其亲本难以区分,为河鲀种质资源保护和开发利用带来了困扰,迫切需要开发有效的分子鉴定方... 暗纹东方鲀(Takifugu obscurus♀)×红鳍东方鲀(T.rubripes♂)的杂交F_(1)代具备双亲诸多优良性状,市场前景较好。但杂交F_(1)代的形态特征与其亲本难以区分,为河鲀种质资源保护和开发利用带来了困扰,迫切需要开发有效的分子鉴定方法对杂交F_(1)代及其亲本进行精准判别。为实现杂交F_(1)代及其亲本的快速准确鉴定,本研究根据核基因SH3PX3多态性SNP位点,设计荧光PCR扩增引物及探针,优化了荧光PCR参数,建立了暗纹东方鲀、红鳍东方鲀及其杂交F_(1)代的荧光PCR鉴定方法,并对该方法进行了验证。结果显示:杂交F_(1)代的COI序列与母本暗纹东方鲀的序列相似度为100%,在NJ进化树中聚为一支,无法实现杂交F_(1)代和母本的区分;SH3PX3基因荧光PCR体系最佳退火温度为48℃;荧光PCR扩增后,暗纹东方鲀仅FAM通道有Ct值,ΔCt值大于20,红鳍东方鲀FAM信号通道比HEX通道的Ct值高2~5,杂交F_(1)代的FAM通道与HEX通道的Ct值接近,二者之差小于2;基于上述方法对17份暗纹东方鲀、21份红鳍东方鲀和53份杂交F_(1)代样品进行验证,鉴定准确率为100%。本研究建立的荧光PCR鉴定方法不仅具有结果准确、易判读等优点,还避免了测序等繁琐流程,可实现高通量检测,显著提高了检测效率,为河鲀种质资源鉴定与保护、杂交育种和遗传多样性研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 暗纹东方鲀 红鳍东方鲀 杂交F_(1)代 SH3PX3基因 荧光pcr 物种鉴定
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16SrⅡ组槟榔黄化植原体巢式PCR检测方法的建立
14
作者 林兆威 唐庆华 +2 位作者 于少帅 龙仕达 宋薇薇 《热带作物学报》 北大核心 2026年第3期694-701,共8页
在中国,引起槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,AYLD)的植原体主要有16SrⅠ组、16SrⅡ组及16SrXXXⅡ组3个种群,但目前的检测技术主要针对16SrⅠ组或3个种群的共同检测,缺乏对16SrⅡ组植原体的特异性识别手段。为了对16SrⅡ组... 在中国,引起槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,AYLD)的植原体主要有16SrⅠ组、16SrⅡ组及16SrXXXⅡ组3个种群,但目前的检测技术主要针对16SrⅠ组或3个种群的共同检测,缺乏对16SrⅡ组植原体的特异性识别手段。为了对16SrⅡ组槟榔黄化植原体进行特异性检测,本研究基于16SrⅡ组植原体核糖体蛋白(rp)基因序列,设计并筛选特异性巢式PCR引物,并对该方法的特性及其应用效果进行评估。结果显示,在准确性方面,该方法能准确区分出阳性和阴性样品;在敏感性比较中,该方法敏感性高于16S rRNA和tuf基因的通用巢式PCR检测;在特异性评估中,16SrⅠ组和16SrXXXⅡ组植原体、供试的槟榔病原及内生菌均对本方法未造成干扰;在应用中,从海南文昌采集的22份槟榔样品检测出4份阳性样品,并且可检测出属于16SrⅡ组的银胶菊丛枝植原体、皱子鸟足菜丛枝植原体及花生丛枝植原体,表现出较好的适用性。综上,本研究建立的基于rp基因的巢式PCR方法对16SrⅡ组槟榔黄化植原体检测具有较好的特异性,可为16SrⅡ组槟榔黄化植原体的田间诊断、病情监测提供技术参考。 展开更多
关键词 槟榔 槟榔黄化病 植原体检测 巢式pcr
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弓形虫和钩端螺旋体双重荧光定量PCR方法的建立
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作者 栾扬 张亚 +5 位作者 李志敏 王蕾 毕振威 钱晶 熊富强 谭业平 《中国动物检疫》 2026年第1期118-123,130,共7页
为建立快速准确的弓形虫和钩端螺旋体检测方法,以弓形虫529 bp重复序列和钩端螺旋体LigB基因保守区域为靶标分别设计特异性引物和TaqMan MGB探针,进行双重荧光定量PCR反应体系和条件优化以及敏感性、特异性、重复性试验和临床样品检测... 为建立快速准确的弓形虫和钩端螺旋体检测方法,以弓形虫529 bp重复序列和钩端螺旋体LigB基因保守区域为靶标分别设计特异性引物和TaqMan MGB探针,进行双重荧光定量PCR反应体系和条件优化以及敏感性、特异性、重复性试验和临床样品检测。结果显示,该方法对弓形虫核酸检测限为1 copy/μL,钩端螺旋体核酸检测限为10 copies/μL;可特异性检测弓形虫和钩端螺旋体,与犬细小病毒、犬腺病毒II型、猫疱疹病毒、隐孢子虫、猫细小病毒等病原核酸无交叉反应;组内变异系数小于3.16%,组间的变异系数小于2.23%;临床样品检测验证该方法阳性检出率高于普通PCR方法,两种方法具有良好一致性。结果表明,所建立的双重荧光定量PCR方法具有敏感、特异、稳定等特性,可用于弓形虫和钩端螺旋体临床检测。 展开更多
关键词 弓形虫 钩端螺旋体 荧光定量pcr
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非洲猪瘟病毒B646L/I177L基因双重荧光PCR鉴别检测方法的建立和初步应用
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作者 赵凯 胡永新 +6 位作者 郑东霞 邹艳丽 刘珊 蔡其刚 李金明 吴晓东 王志亮 《中国动物检疫》 2026年第1期101-109,共9页
为监测越南上市使用的非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)I177L基因缺失疫苗株传入我国的情况,聚焦国内流行的ASFV毒株类型,基于I177L基因设计特异性引物和探针,同时结合国家标准推荐的B646L基因荧光PCR检测方法,优化并建立... 为监测越南上市使用的非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)I177L基因缺失疫苗株传入我国的情况,聚焦国内流行的ASFV毒株类型,基于I177L基因设计特异性引物和探针,同时结合国家标准推荐的B646L基因荧光PCR检测方法,优化并建立了一种能够区分我国流行的野毒株与I177L基因人工缺失毒株的双重荧光PCR检测方法。进一步,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证。结果显示:此方法对两种基因的最低检测限均为5 copies/μL,具有较高敏感性;与其他猪病病原无交叉反应,显示出强特异性;组内与组间重复性试验的变异系数均小于5%,重复性良好;可有效检出我国不同类型的ASFV流行株,具有良好的通用性;对100份临床样品核酸进行检测,本方法检测结果与国标方法一致。结果表明,本研究建立的ASFV(B646L/I177L)双重荧光PCR检测方法可用于I177L基因缺失株的精准检测,为临床上ASFV野毒株与I177L基因缺失株的鉴别检测提供了技术支撑。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 双重荧光pcr B646L基因 I177L基因
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苹果软枝病毒2实时荧光定量PCR检测技术的建立及应用
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作者 刘成龙 李凯杰 +5 位作者 范旭东 任芳 崔亚伟 张凤娟 董雅凤 胡国君 《中国果树》 2026年第3期97-104,共8页
苹果软枝病毒2(apple rubbery wood virus 2,ARWV-2)隶属Phenuiviridae科Rubodvirus属,与苹果软枝病的发生有关。根据ARWV-2的L、Ma和Sa链基因组序列分别设计了2对引物,验证后3条链各保留1对用于荧光定量PCR(qPCR)扩增,即AR-2L-F2/R2、A... 苹果软枝病毒2(apple rubbery wood virus 2,ARWV-2)隶属Phenuiviridae科Rubodvirus属,与苹果软枝病的发生有关。根据ARWV-2的L、Ma和Sa链基因组序列分别设计了2对引物,验证后3条链各保留1对用于荧光定量PCR(qPCR)扩增,即AR-2L-F2/R2、AR-2Ma-F2/R2和AR-2Sa-F1/R1。体系优化及灵敏度测定结果显示:3对引物的最佳退火温度均为59.0℃;用量为0.4μL;扩增效率分别为92.1%、92.6%和92.1%;相关系数分别为0.996、0.996和0.998;检测灵敏度分别为10^(4)、10^(4)和10^(5),是普通PCR的100倍,且AR-2Sa-F1/R1为最优引物。随机选取150株田间苹果样品进行检测,结果显示,普通PCR对ARWV-2的检出率为12.67%,而qPCR为22.00%。建立的ARWV-2 TB Green染料法qPCR检测技术特异性强、灵敏度高,可用于田间样品的检测。 展开更多
关键词 苹果 苹果软枝病毒2 实时荧光定量pcr 检测
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欧亚类禽H1亚型猪流感病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 王飞飞 黄凯伦 +5 位作者 宋祖晨 田昌海 杨焕良 乔传玲 陈化兰 陈艳 《中国预防兽医学报》 北大核心 2026年第2期139-144,共6页
为建立欧亚类禽H1亚型猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的快速检测方法,本研究根据EA H1N1 SIV HA基因保守区序列,采用Primer5.0软件设计特异性引物和探针,采用矩阵法优化各反应条件后建立了检测EA H1N1 SIV的荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。采... 为建立欧亚类禽H1亚型猪流感病毒(EA H1N1 SIV)的快速检测方法,本研究根据EA H1N1 SIV HA基因保守区序列,采用Primer5.0软件设计特异性引物和探针,采用矩阵法优化各反应条件后建立了检测EA H1N1 SIV的荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。采用本研究建立的Taq Man RT-qPCR方法分别检测EA H1N1 SIV、甲型H1亚型SIV、经典型H1亚型SIV、H3亚型SIV、猪瘟病毒、高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒,评估该方法的特异性;以1×10~2拷贝/μL~1×10~8拷贝/μL的质粒标准品p MD18-T-HA作为模板,采用本研究建立RT-qPCR扩增,评估该方法的敏感性;分别以1×10~3拷贝/μL~1×10~5拷贝/μL的质粒标准品作为模板,利用该RT-qPCR方法在同一时间和不同时间检测,进行重复性试验,评估该方法的重复性。结果显示,该方法仅能检测到EA H1N1SIV,其他猪常见病毒均为阴性;对重组质粒标准品的检测限为1×10~2拷贝/μL;批内和批间重复性试验的变异系数CV值均小于5%。采用该RT-qPCR方法及常规病毒分离鉴定方法同时检测100份临床阴性猪鼻拭子样品和130份病毒分离鉴定为EA H1N1 SIV阳性的猪鼻拭子临床样品。结果显示该RT-qPCR方法对130份猪鼻拭子阳性样品均检测为阳性,对100份临床样品均检测为阴性,与病毒分离鉴定方法的符合率达100%,上述结果表明,本研究建立的Taq Man RTqPCR方法特异性强、敏感性高、重复性与稳定性较好,为EA H1N1 SIV临床样品的检测及流行病学调查提供快速便捷的技术支持。 展开更多
关键词 欧亚类禽H1亚型猪流感病毒 荧光定量RT-pcr 检测方法
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基于HSP90基因的羊吕氏泰勒虫PCR检测方法的建立与评价
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作者 翟斌涛 郑红飞 +5 位作者 李甲 包碧波 孙万奎 王义军 王耀东 张继瑜 《中国草食动物科学》 北大核心 2026年第3期85-90,共6页
吕氏泰勒虫是一种严重危害养羊业的血液原虫,建立快速、准确的检测方法对其防控至关重要。为开发一种以羊吕氏泰勒虫热休克蛋白90基因(HSP90)为新靶标的PCR检测方法,本研究根据吕氏泰勒虫HSP90基因序列设计特异性引物,通过梯度PCR优化... 吕氏泰勒虫是一种严重危害养羊业的血液原虫,建立快速、准确的检测方法对其防控至关重要。为开发一种以羊吕氏泰勒虫热休克蛋白90基因(HSP90)为新靶标的PCR检测方法,本研究根据吕氏泰勒虫HSP90基因序列设计特异性引物,通过梯度PCR优化反应条件,并对方法的敏感性、特异性和重复性进行系统评价。结果表明,本研究建立的PCR检测方法的最佳退火温度为60.5℃,退火时间为30 s。对该方法进行的性能评价结果表明,其敏感性高,最低可检测到32.4 pg/μL的基因组DNA(敏感性较18S rRNA靶标提高了3倍以上);特异性强,与豆状囊尾蚴、多房棘球蚴、弓形虫及球虫的DNA均无交叉反应;重复性好,在不同批次和批内试验中结果稳定。对现场采集的羊血液样品的检测结果表明,18份样品的阳性检出率为27.78%,测序结果表明扩增产物为吕氏泰勒虫。本研究成功建立了基于HSP90基因的羊吕氏泰勒虫PCR检测方法。该方法具有高效、灵敏、特异和可靠的优点,不仅为吕氏泰勒虫的流行病学调查和精准诊断提供了新的有效工具,而且由于HSP90在泰勒虫应激生存和致病中的关键作用,本研究也为后续探索其基因功能、开发靶向药物奠定了坚实基础。 展开更多
关键词 羊 吕氏泰勒虫 HSP90基因 pcr 检测方法
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荧光定量PCR检测珍珠鸡Tva与ALV-A gp85基因方法的建立及应用
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作者 宁宇航 李喜月 +7 位作者 王扬扬 马晨曦 李鑫鹏 荣晴 何雷 余祖华 丁轲 陈建 《中国家禽》 北大核心 2026年第1期70-78,共9页
研究旨在探讨体内水平下珍珠鸡各组织器官中A亚群禽白血病病毒(ALV-A)组织载量与维生素_(B12)(V_(B12))的含量、Tva基因转录水平之间的关系。试验通过建立检测珍珠鸡ALV-A gp85和Tva基因的荧光定量PCR方法,定量感染ALV-A的珍珠鸡不同组... 研究旨在探讨体内水平下珍珠鸡各组织器官中A亚群禽白血病病毒(ALV-A)组织载量与维生素_(B12)(V_(B12))的含量、Tva基因转录水平之间的关系。试验通过建立检测珍珠鸡ALV-A gp85和Tva基因的荧光定量PCR方法,定量感染ALV-A的珍珠鸡不同组织中ALV-A gp85基因和Tva基因表达水平,并通过ELISA测定珍珠鸡组织中V_(B12)浓度,分析ALV-A gp85表达水平与V_(B12)组织含量和Tva基因表达水平之间的关系。结果显示:研究建立的珍珠鸡Tva基因荧光定量PCR方法灵敏度较常规PCR提升1个数量级(10倍),ALV-A gp85基因检测灵敏度提高2个数量级(100倍),仅靶基因出现特异性扩增且批内及批间变异系数均小于2%,血浆样本ALV-A阳性检出率明显高于PCR和ELISA方法,具有良好的灵敏度、特异性和稳定性。皮尔逊相关性分析显示,珍珠鸡组织器官中V_(B12)浓度与ALV-A gp85转录水平均呈负相关,而ALV-A gp85与Tva基因转录水平整体上符合正相关关系,推测V_(B12)可能通过占据Tva受体干扰ALV-A感染宿主细胞。研究表明,试验成功建立一种定量检测珍珠鸡ALV-A gp85基因和Tva基因的方法,并确定珍珠鸡中V_(B12)组织含量与ALV-A组织载量以及Tva基因表达水平之间的关系,为禽白血病的防控奠定基础。 展开更多
关键词 A亚群禽白血病病毒 TVA gp85 QRT-pcr 珍珠鸡 维生素B_(12)
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