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The design of aided software for osmotic stress responding genes mining in plant genome
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作者 LU Yanmin MENG Fanjiang LI Yong LIU Bei 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2007年第3期256-259,共4页
A software and algorithm which based on random sequence model uses osmotic stress responding cis elements from existing information sources of biology was designed. It can infer the genic downstream function of Arabid... A software and algorithm which based on random sequence model uses osmotic stress responding cis elements from existing information sources of biology was designed. It can infer the genic downstream function of Arabidopsis thaliana through analyzing its promoter region, and can offer effective aided analysis to mine osmotic stress responding genes in Arabidopsis thatiana genome. The practical application proves that this software can aid to analyze vast genic data and offer important data evidence. 展开更多
关键词 plant genome BIOINFORMATICS gene mining p value
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利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对 被引量:2
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作者 高建召 胡刚 +1 位作者 王奎 崔家峰 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第32期5-8,221,共5页
蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有... 蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有:利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量;结构距离服从参数为μ=94.7697,σ=41.5837,ξ=0.1925的广义的极值分布;和其他结构比对算法相比,该算法比CTSS的搜索结果要好。 展开更多
关键词 蛋白质结构比对 广义极值分布 二面角序列 动态时间规整 pvalue
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