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关于基因重组中OLC算法的改进研究
被引量：
1
1
作者
买阿丽
杨雯雯
《郑州大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2016年第2期34-39,46,共7页
针对基因组组装问题,从数据预处理,利用KMP算法在O(m+n)的时间上快速确定某两个碱基片段的最大重复度,将读长序列依据Overlap图连成Contigs链以及Contigs N50的确定4个环节,改进现有的OLC拼接技术,并给出优化后的模型和算法,较好地解决...
针对基因组组装问题,从数据预处理,利用KMP算法在O(m+n)的时间上快速确定某两个碱基片段的最大重复度,将读长序列依据Overlap图连成Contigs链以及Contigs N50的确定4个环节,改进现有的OLC拼接技术,并给出优化后的模型和算法,较好地解决了基因组组装问题.
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关键词
基因重组
KMP算法
overlap图
Contigs链
Contigs
N50
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职称材料
题名
关于基因重组中OLC算法的改进研究
被引量：
1
1
作者
买阿丽
杨雯雯
机构
运城学院应用数学系
出处
《郑州大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2016年第2期34-39,46,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(11526183)
山西省基础研究项目(2015021015)
+2 种基金
运城学院数学学科研究项目(XK-2014035
XK-2014030)
运城学院博士启动项目(YQ-2014011)
文摘
针对基因组组装问题,从数据预处理,利用KMP算法在O(m+n)的时间上快速确定某两个碱基片段的最大重复度,将读长序列依据Overlap图连成Contigs链以及Contigs N50的确定4个环节,改进现有的OLC拼接技术,并给出优化后的模型和算法,较好地解决了基因组组装问题.
关键词
基因重组
KMP算法
overlap图
Contigs链
Contigs
N50
Keywords
genetic recombination
KMP algorithm
overlap
figure
the chain of Contigs
ContigsN50
分类号
Q784 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
关于基因重组中OLC算法的改进研究
买阿丽
杨雯雯
《郑州大学学报（理学版）》
CAS
北大核心
2016
1
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引用分析
参考文献
引证文献
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