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HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计 被引量:1
1
作者 赵海全 马文丽 +2 位作者 莫小阳 张亚莉 郑文岭 《山东医药》 CAS 北大核心 2005年第35期21-22,共2页
目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探... 目的设计单纯疱疹病毒2型(HSV-2)诊断芯片的O ligo探针。方法利用BLA ST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O ligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果获得13条60-m er O ligo探针。结论利用BLA ST系统和生物学软件O ligo6.0设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒2型 生物芯片 oligo探针 BLAST软件
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基于生物信息学分析方法设计HSV-1诊断芯片的通用寡核苷酸探针 被引量:1
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作者 崔智威 曾照芳 申崇标 《激光杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期63-64,共2页
目的:设计单纯疱疹病毒1型(HSV-1)诊断芯片的寡核苷酸(Oligo)探针;方法:利用BLAST软件对HSV-1的基因序列进行对比,得出对设计HSV-1探针有意义的特异序列,并通过生物学软件Oligo 6.0设计特异性高Tm值相近、长度均一的Oligo探针;结... 目的:设计单纯疱疹病毒1型(HSV-1)诊断芯片的寡核苷酸(Oligo)探针;方法:利用BLAST软件对HSV-1的基因序列进行对比,得出对设计HSV-1探针有意义的特异序列,并通过生物学软件Oligo 6.0设计特异性高Tm值相近、长度均一的Oligo探针;结果:获得在相同的杂交、清洗条件下可得到最佳杂交效果的10条30-mer的Oligo探针;结论:通过生物信息学方法设计出HSV-1诊断芯片的探针,可为后期制备成基因芯片,为进行HSV-1的检测打下良好的基础。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒1型 基因芯片 BLAST oligo探针
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HCMV 60-mer寡核苷酸诊断芯片的探针与微阵列设计
3
作者 张亚莉 马文丽 +2 位作者 赵海全 莫小阳 郑文岭 《山东医药》 CAS 北大核心 2006年第8期17-18,共2页
目的设计用于人巨细胞病毒(HCM V)诊断的60-m er长链寡核苷酸探针及微阵列。方法利用生物学软件A rray D es igner2.0,针对HCM V特异且保守的序列设计60-m er探针,利用BLA ST功能将设计探针在G enB ank数据库进行序列比对分析,筛选得到H... 目的设计用于人巨细胞病毒(HCM V)诊断的60-m er长链寡核苷酸探针及微阵列。方法利用生物学软件A rray D es igner2.0,针对HCM V特异且保守的序列设计60-m er探针,利用BLA ST功能将设计探针在G enB ank数据库进行序列比对分析,筛选得到HCM V特异性O ligo探针,根据各探针的属性特点设计芯片阵列。结果设计得到24条解链温度(Tm值)相近、长度均一的60-m er O ligo探针及其芯片阵列,拟打印成DNA芯片用于HCM V检测。结论利用病原体的生物信息学资料及A rray D es igner2.0生物软件,能有效的进行病毒检测芯片的设计。 展开更多
关键词 人巨细胞病毒 寡核苷酸序列分析 基因芯片 oligo探针 微阵列设计
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HSV-2的生物信息学分析及其探针设计的探讨
4
作者 张建华 王海涛 张芳琳 《山西医科大学学报》 CAS 2008年第7期582-584,共3页
目的利用生物信息学分析单纯疱疹病毒2型(HSV-2)基因序列的特点,设计HSV-2诊断芯片的Oligo探针。方法利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5对HSV-2序列进行分析,并通过BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件O... 目的利用生物信息学分析单纯疱疹病毒2型(HSV-2)基因序列的特点,设计HSV-2诊断芯片的Oligo探针。方法利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5对HSV-2序列进行分析,并通过BLAST软件对HSV-2的DNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果利用Matlab7.0和ANTHEPROTV5分析HSV-2二级结构的分布以及其理化性质,同时生物学软件Oligo6.0获得13条60-merOligo探针。结论通过生物信息学设计HSV-2诊断芯片的探针,可为后期打印成DNA芯片,用于HSV-2的检测打下基础。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒2型 MATLAB7.0 BLAST oligo探针
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