期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
1
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
被引量：
3
1
作者
王晶晶
刘翠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期142-148,共7页
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的...
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.
展开更多
关键词
原子与键电负性均衡方法
分子
力
场
oplsaa固定电荷力场
GA88
GB88蛋白
分子动
力
学模拟
动
力
学性质
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
被引量：
3
1
作者
王晶晶
刘翠
杨忠志
机构
辽宁师范大学化学化工学院
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第1期142-148,共7页
基金
国家自然科学基金重点项目(批准号:21133005
21073080)资助
文摘
将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσπ浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσπ和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定;回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的'电致紧缩'现象;氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.
关键词
原子与键电负性均衡方法
分子
力
场
oplsaa固定电荷力场
GA88
GB88蛋白
分子动
力
学模拟
动
力
学性质
Keywords
Atom-bond electronegativity equalization method/molecular mechanics
OPLS-AA fixed-pointcharge force field
Protein GA88/Ga88
Molecular dynamics simulation
Dynamic property
分类号
O641 [理学—物理化学]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
ABEEM_(σπ)和OPLS-AA力场对蛋白质G_A88/G_B88的分子动力学模拟
王晶晶
刘翠
杨忠志
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
