了解OFP卵型家族蛋白(OVATE family proteins)在木豆中的特征,为木豆OFP基因的应用提供参考。利用生物信息学方法对木豆OFP蛋白基因进行全基因组鉴定及表达模式分析。结果表明,木豆含有21个OFP蛋白基因,家族成员间理化特性差异不大,均...了解OFP卵型家族蛋白(OVATE family proteins)在木豆中的特征,为木豆OFP基因的应用提供参考。利用生物信息学方法对木豆OFP蛋白基因进行全基因组鉴定及表达模式分析。结果表明,木豆含有21个OFP蛋白基因,家族成员间理化特性差异不大,均属于不稳定亲水性蛋白,且均含有保守基序;进化树分析中木豆和拟南芥二者的OFP蛋白相互交错聚类在一起,亲缘关系较近的OFP蛋白可能具有相似的功能;启动子顺式响应元件分析表明木豆OFP基因可能在逆境胁迫响应、激素调节和生长发育方面发挥重要作用;蛋白二级和三级结构均以α-螺旋和无规则卷曲结构为主要组成成分;组织特异性表达表明OFP基因在顶芽中的表达量较大,在根和叶中的表达量较小,具有组织表达差异;启动子顺式响应元件结合热胁迫表达分析表明,高温胁迫下CcOFP1表达量上调,CcOFP9、CcOFP11表达量下调。研究结果为探索OFP蛋白基因在木豆生长发育和非生物胁迫响应方面的生物学功能提供依据。展开更多
为了解OFP(Ovate family proteins)基因家族在高粱基因组中的特征,本研究利用生物信息学方法对高粱OFP基因家族进行了家族成员鉴定,进化关系分析,基因定位,保守motif分析,基因结构、功能启动子元件、基因共线性以及盐胁迫条件下的表达...为了解OFP(Ovate family proteins)基因家族在高粱基因组中的特征,本研究利用生物信息学方法对高粱OFP基因家族进行了家族成员鉴定,进化关系分析,基因定位,保守motif分析,基因结构、功能启动子元件、基因共线性以及盐胁迫条件下的表达特征进行了分析。结果表明:高粱中鉴定得到37个OFP基因,编码139~543个氨基酸,分子量大小在15.37988~60.05564 kD之间,等电点为4.49~11.62,均为亲水蛋白;通过系统发育分析发现,该家族基因可分为三大类,分别包含高粱OFP家族13、8、16个基因;该家族成员在高粱10条染色体上呈不均匀分布,其中3号染色体上分布最多,含有10个SbOFP基因;该家族蛋白保守结构域基本由Motif1和Motif2组成,有13个基因同时具有干旱诱导响应元件(MBS)、脱落酸响应元件(ABRE)和茉莉酸甲酯响应元件(CGTCA-motif和TGACG-motif);高粱内部有20对共线性基因,与水稻、谷子和玉米共线性基因个数分别为27、27、32。胁迫发现SORBI3005G042800、SORBI3003G227000、SORBI3003G010700和SORBI3006G187600共4个基因的表达与盐胁迫关系密切。本研究结果将有助于了解高粱OFP基因家族,为高粱OFP基因家族成员的深入研究奠定理论基础。展开更多
OFP(OVATE Family Protein)在植物调控响应逆境过程有重要作用。本研究基于核桃全基因组数据对其OPF基因家族成员进行筛选鉴定,并对其成员结构进行生物信息分析,同时对该家族成员进行时空转录水平分析。结果表明,核桃OFP基因家族包含21...OFP(OVATE Family Protein)在植物调控响应逆境过程有重要作用。本研究基于核桃全基因组数据对其OPF基因家族成员进行筛选鉴定,并对其成员结构进行生物信息分析,同时对该家族成员进行时空转录水平分析。结果表明,核桃OFP基因家族包含21个成员,编码21条蛋白,均为亲水性蛋白;均含有典型的DUF623结构域;系统进化发现,该基因家族成员分为4个亚组。冷胁迫后经转录组分析,21个成员对冷胁迫均具有不同程度的响应,并在不同组织中存在特异性表达。本研究为进一步解析核桃OPF基因家族成员在响应冷胁迫过程中的分子机制提供了理论支撑。展开更多
文摘了解OFP卵型家族蛋白(OVATE family proteins)在木豆中的特征,为木豆OFP基因的应用提供参考。利用生物信息学方法对木豆OFP蛋白基因进行全基因组鉴定及表达模式分析。结果表明,木豆含有21个OFP蛋白基因,家族成员间理化特性差异不大,均属于不稳定亲水性蛋白,且均含有保守基序;进化树分析中木豆和拟南芥二者的OFP蛋白相互交错聚类在一起,亲缘关系较近的OFP蛋白可能具有相似的功能;启动子顺式响应元件分析表明木豆OFP基因可能在逆境胁迫响应、激素调节和生长发育方面发挥重要作用;蛋白二级和三级结构均以α-螺旋和无规则卷曲结构为主要组成成分;组织特异性表达表明OFP基因在顶芽中的表达量较大,在根和叶中的表达量较小,具有组织表达差异;启动子顺式响应元件结合热胁迫表达分析表明,高温胁迫下CcOFP1表达量上调,CcOFP9、CcOFP11表达量下调。研究结果为探索OFP蛋白基因在木豆生长发育和非生物胁迫响应方面的生物学功能提供依据。
文摘为了解OFP(Ovate family proteins)基因家族在高粱基因组中的特征,本研究利用生物信息学方法对高粱OFP基因家族进行了家族成员鉴定,进化关系分析,基因定位,保守motif分析,基因结构、功能启动子元件、基因共线性以及盐胁迫条件下的表达特征进行了分析。结果表明:高粱中鉴定得到37个OFP基因,编码139~543个氨基酸,分子量大小在15.37988~60.05564 kD之间,等电点为4.49~11.62,均为亲水蛋白;通过系统发育分析发现,该家族基因可分为三大类,分别包含高粱OFP家族13、8、16个基因;该家族成员在高粱10条染色体上呈不均匀分布,其中3号染色体上分布最多,含有10个SbOFP基因;该家族蛋白保守结构域基本由Motif1和Motif2组成,有13个基因同时具有干旱诱导响应元件(MBS)、脱落酸响应元件(ABRE)和茉莉酸甲酯响应元件(CGTCA-motif和TGACG-motif);高粱内部有20对共线性基因,与水稻、谷子和玉米共线性基因个数分别为27、27、32。胁迫发现SORBI3005G042800、SORBI3003G227000、SORBI3003G010700和SORBI3006G187600共4个基因的表达与盐胁迫关系密切。本研究结果将有助于了解高粱OFP基因家族,为高粱OFP基因家族成员的深入研究奠定理论基础。
文摘OFP(OVATE Family Protein)在植物调控响应逆境过程有重要作用。本研究基于核桃全基因组数据对其OPF基因家族成员进行筛选鉴定,并对其成员结构进行生物信息分析,同时对该家族成员进行时空转录水平分析。结果表明,核桃OFP基因家族包含21个成员,编码21条蛋白,均为亲水性蛋白;均含有典型的DUF623结构域;系统进化发现,该基因家族成员分为4个亚组。冷胁迫后经转录组分析,21个成员对冷胁迫均具有不同程度的响应,并在不同组织中存在特异性表达。本研究为进一步解析核桃OPF基因家族成员在响应冷胁迫过程中的分子机制提供了理论支撑。
