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巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的克隆及生物信息学分析
1
作者
林标声
张浣星
+2 位作者
何玉琴
罗茂春
林占熺
《湖北农业科学》
2020年第3期147-153,共7页
研究巨菌草(Pennisetum giganteum)内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的生物学信息,对GN02菌株nifH基因进行克隆及完整性验证,并采用多种生物学在线软件对其进行生物信息学预测和分析。结果表明,GN02菌株nifH基因具有完整的...
研究巨菌草(Pennisetum giganteum)内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的生物学信息,对GN02菌株nifH基因进行克隆及完整性验证,并采用多种生物学在线软件对其进行生物信息学预测和分析。结果表明,GN02菌株nifH基因具有完整的ORF,长度882 bp,编码293个氨基酸,NCBI GenBank登录号为MK131264。生物信息学分析表明,GN02菌株nifH基因具有高度保守性,与其他物种来源的nifH基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性均达到95%以上。nifH蛋白总相对分子量为31 970.73、理论等电点pI为4.72;跨膜模型倾向N-末端向外的由内到外的跨膜、整个多肽链表现为亲水性;有2个糖基化位点但无分泌信号肽,有可能存在螺旋卷曲结构;二级结构预测表明α-螺旋和无规则卷曲是其多肽链中的主要结构元件,延伸链散布于整个蛋白质中;在数据库中能对该蛋白进行三维同源建模。
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关键词
巨菌草(Pennisetum
giganteum)
内生固氮菌
klebsiella
variicola
NIFH基因
克隆
生物信息学
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职称材料
绿色荧光蛋白基因标记的固氮菌DX120E在甘蔗植株内的定殖
被引量:
11
2
作者
魏春燕
邢永秀
+4 位作者
莫遥
林丽
杨丽涛
胡春锦
李杨瑞
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期1132-1139,共8页
为了探索甘蔗固氮菌DX120E菌株侵入根的方式以及菌株在甘蔗植株内的定殖规律,确定人工接种固氮菌适宜的侵染浓度和定殖特点,采用绿色荧光蛋白(GFP)标记的固氮菌DX120E接种甘蔗组培苗,以荧光显微镜观察其侵染和定殖情况,以抗生素抗性标...
为了探索甘蔗固氮菌DX120E菌株侵入根的方式以及菌株在甘蔗植株内的定殖规律,确定人工接种固氮菌适宜的侵染浓度和定殖特点,采用绿色荧光蛋白(GFP)标记的固氮菌DX120E接种甘蔗组培苗,以荧光显微镜观察其侵染和定殖情况,以抗生素抗性标记法和平板分离计数法测定DX120E菌株的种群动态。结果表明,菌株DX120E在2个甘蔗品种的根、叶鞘和叶内均能定殖,定殖菌量依次均为根>叶鞘>叶;不同接种浓度下,最大定殖数量无显著差异,1×102CFU mL–1的接种量足够侵入甘蔗并积累定殖。DX120E从甘蔗根表面的裂隙、主根和侧根发生处及根的断裂处均可侵入,主要在根表面细胞间隙和细胞内大量定殖,同时也可迁移到叶片的叶肉细胞和维管束细胞中定殖。
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关键词
固氮菌(
klebsiella
sp
)
甘蔗
接种浓度
细菌数量
定殖
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职称材料
质粒pMC73A从催娩克氏菌到相思根瘤菌的接合转移
被引量:
1
3
作者
王小东
康丽华
+3 位作者
毛慧玲
江业根
马海滨
张希涛
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2007年第3期669-670,共2页
用接合转移的方法把质粒pMC73A转入相思根瘤菌MZ,接合转移的频率为8.0×10-8。实验表明:pMC73A能在接合子中稳定存在。
关键词
质粒
接合转移
耐氨固氨菌
相思根瘤菌
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职称材料
茄子叶际固氮菌的分离鉴定·培养特性及抑菌活性
被引量:
2
4
作者
幸翀
郭青云
《安徽农业科学》
CAS
2023年第10期1-4,共4页
采用Ashby无氮培养基从茄子叶际分离得到1株具有高效固氮性能的自生固氮菌QZ-1,经16S rDNA序列鉴定,该菌株与克雷伯氏菌属各菌株同源性高达99%以上,初步鉴定为克雷伯氏菌(Klebsiella sp.),其在酵母粉为碳源、pH为5.0时生长最好。菌株QZ-...
采用Ashby无氮培养基从茄子叶际分离得到1株具有高效固氮性能的自生固氮菌QZ-1,经16S rDNA序列鉴定,该菌株与克雷伯氏菌属各菌株同源性高达99%以上,初步鉴定为克雷伯氏菌(Klebsiella sp.),其在酵母粉为碳源、pH为5.0时生长最好。菌株QZ-1具有广谱抗真菌活性,对油菜菌核病、葡萄炭疽病、番茄灰霉病抑制效果可达40%以上。自生固氮菌QZ-1具有固氮和生防作用,可为进一步研发优良的叶际固氮菌肥提供微生物资源。
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关键词
茄子
叶际固氮菌
克雷伯氏菌
分离鉴定
培养特性
抑菌活性
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职称材料
芦竹属菌草内生固氮菌nifH基因的表达研究
被引量:
1
5
作者
李曼
李巧琪
+3 位作者
廖真
林标声
鲁国东
林占熺
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1776-1780,共5页
【目的】检测5种芦竹属菌草绿洲成熟期根样本内生固氮菌的丰度及nifH基因的表达,为nifH基因的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)分析...
【目的】检测5种芦竹属菌草绿洲成熟期根样本内生固氮菌的丰度及nifH基因的表达,为nifH基因的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)分析根样本内生固氮菌nifH基因的拷贝数及相对表达量。【结果】5种芦竹属菌草成熟期根样本内生固氮菌nifH基因表达量及拷贝数均有较大的差异。其中,绿洲2号nifH基因相对表达量最高,呈过表达水平,且绿洲2号样本差异达显著水平(P<0.05),其余各样本差异不显著;固氮基因nifH的拷贝数呈逐步递减,其中绿洲1号样本nifH基因的拷贝数最高,达8.84×10^(11)/g;绿洲5号最低,达1.54×10^(11)/g,各样本的差异均达到显著水平。【结论】基于实时荧光定量PCR对固氮基因nifH的定量及定性分析,可为nifH基因的定量检测及表达情况提供理论依据。
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关键词
芦竹属菌草
内生固氮菌
固氮基因
相对表达量
拷贝数
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职称材料
题名
巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的克隆及生物信息学分析
1
作者
林标声
张浣星
何玉琴
罗茂春
林占熺
机构
龙岩学院生命科学学院
福建农林大学生命科学学院
奥兰多(杭州)实业有限公司
国家菌草工程技术研究中心
出处
《湖北农业科学》
2020年第3期147-153,共7页
基金
中央引导地方科技发展专项(2018L3003)。
文摘
研究巨菌草(Pennisetum giganteum)内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的生物学信息,对GN02菌株nifH基因进行克隆及完整性验证,并采用多种生物学在线软件对其进行生物信息学预测和分析。结果表明,GN02菌株nifH基因具有完整的ORF,长度882 bp,编码293个氨基酸,NCBI GenBank登录号为MK131264。生物信息学分析表明,GN02菌株nifH基因具有高度保守性,与其他物种来源的nifH基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性均达到95%以上。nifH蛋白总相对分子量为31 970.73、理论等电点pI为4.72;跨膜模型倾向N-末端向外的由内到外的跨膜、整个多肽链表现为亲水性;有2个糖基化位点但无分泌信号肽,有可能存在螺旋卷曲结构;二级结构预测表明α-螺旋和无规则卷曲是其多肽链中的主要结构元件,延伸链散布于整个蛋白质中;在数据库中能对该蛋白进行三维同源建模。
关键词
巨菌草(Pennisetum
giganteum)
内生固氮菌
klebsiella
variicola
NIFH基因
克隆
生物信息学
Keywords
Pennisetum giganteum
endophytic
nitrogen
-
fixing
bacteria
klebsiella
variicola
nifH gene
cloning
bioinformatics
分类号
S543.9 [农业科学—作物学]
Q939.113 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
绿色荧光蛋白基因标记的固氮菌DX120E在甘蔗植株内的定殖
被引量:
11
2
作者
魏春燕
邢永秀
莫遥
林丽
杨丽涛
胡春锦
李杨瑞
机构
广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室
广西农业科学院/中国农业科学院甘蔗研究中心/农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室/广西甘蔗遗传改良生物技术重点开放实验室
广西农业科学院微生物研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第6期1132-1139,共8页
基金
国家高技术研究发展计划(863计划)项目(2013AA102604)
国家自然科学基金项目(31171504
+8 种基金
31101122)
广西八桂学者
特聘专家专项经费
广西自然科学基金创新团队项目(2011GXNSFF018002)
广西自然科学基金(2013GXNSFAA019082)资助
广西科学研究与技术开发计划项目(桂科产1123008-1
桂科攻1222009)
广西农科院博士后研究专项(86420)
广西农科院团队项目(桂农科2011YT01)
文摘
为了探索甘蔗固氮菌DX120E菌株侵入根的方式以及菌株在甘蔗植株内的定殖规律,确定人工接种固氮菌适宜的侵染浓度和定殖特点,采用绿色荧光蛋白(GFP)标记的固氮菌DX120E接种甘蔗组培苗,以荧光显微镜观察其侵染和定殖情况,以抗生素抗性标记法和平板分离计数法测定DX120E菌株的种群动态。结果表明,菌株DX120E在2个甘蔗品种的根、叶鞘和叶内均能定殖,定殖菌量依次均为根>叶鞘>叶;不同接种浓度下,最大定殖数量无显著差异,1×102CFU mL–1的接种量足够侵入甘蔗并积累定殖。DX120E从甘蔗根表面的裂隙、主根和侧根发生处及根的断裂处均可侵入,主要在根表面细胞间隙和细胞内大量定殖,同时也可迁移到叶片的叶肉细胞和维管束细胞中定殖。
关键词
固氮菌(
klebsiella
sp
)
甘蔗
接种浓度
细菌数量
定殖
Keywords
nitrogen fixing bacteria (klebsiella sp.)
Sugarcane
Inoculation levels
bacteria
quantites
Colonization
分类号
S566.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
质粒pMC73A从催娩克氏菌到相思根瘤菌的接合转移
被引量:
1
3
作者
王小东
康丽华
毛慧玲
江业根
马海滨
张希涛
机构
中国林业科学院热带林业研究所
南昌大学生命科学学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2007年第3期669-670,共2页
基金
国家中试星火项目
文摘
用接合转移的方法把质粒pMC73A转入相思根瘤菌MZ,接合转移的频率为8.0×10-8。实验表明:pMC73A能在接合子中稳定存在。
关键词
质粒
接合转移
耐氨固氨菌
相思根瘤菌
Keywords
Plasmid
Conjunctional transfer
bacteria
fixing
nitrogen
of Ammonia-resistant
Acacia Rhizobium
sp.
分类号
Q343.37 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
茄子叶际固氮菌的分离鉴定·培养特性及抑菌活性
被引量:
2
4
作者
幸翀
郭青云
机构
赣南医学院医学信息工程学院
赣南师范大学生命科学学院
出处
《安徽农业科学》
CAS
2023年第10期1-4,共4页
基金
国家自然科学基金项目(32160314)。
文摘
采用Ashby无氮培养基从茄子叶际分离得到1株具有高效固氮性能的自生固氮菌QZ-1,经16S rDNA序列鉴定,该菌株与克雷伯氏菌属各菌株同源性高达99%以上,初步鉴定为克雷伯氏菌(Klebsiella sp.),其在酵母粉为碳源、pH为5.0时生长最好。菌株QZ-1具有广谱抗真菌活性,对油菜菌核病、葡萄炭疽病、番茄灰霉病抑制效果可达40%以上。自生固氮菌QZ-1具有固氮和生防作用,可为进一步研发优良的叶际固氮菌肥提供微生物资源。
关键词
茄子
叶际固氮菌
克雷伯氏菌
分离鉴定
培养特性
抑菌活性
Keywords
Solanum melongena L.
nitrogen
-
fixing
bacteria
from phyllo
sp
here
klebsiella
sp.
Isolation and identification
Cultural characteristic
Antifungal activity
分类号
S182 [农业科学—农业基础科学]
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职称材料
题名
芦竹属菌草内生固氮菌nifH基因的表达研究
被引量:
1
5
作者
李曼
李巧琪
廖真
林标声
鲁国东
林占熺
机构
福建农林大学生命科学学院
国家菌草工程技术研究中心
龙岩学院生命科学学院
福建农林大学植物保护学院
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第8期1776-1780,共5页
基金
中央引导地方科技发展专项资金项目“菌草固氮菌肥的开发及应用”(2018L003)。
文摘
【目的】检测5种芦竹属菌草绿洲成熟期根样本内生固氮菌的丰度及nifH基因的表达,为nifH基因的快速定量检测及实时监测提供技术手段。【方法】采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative reverse transcription PCR,qRT-PCR)分析根样本内生固氮菌nifH基因的拷贝数及相对表达量。【结果】5种芦竹属菌草成熟期根样本内生固氮菌nifH基因表达量及拷贝数均有较大的差异。其中,绿洲2号nifH基因相对表达量最高,呈过表达水平,且绿洲2号样本差异达显著水平(P<0.05),其余各样本差异不显著;固氮基因nifH的拷贝数呈逐步递减,其中绿洲1号样本nifH基因的拷贝数最高,达8.84×10^(11)/g;绿洲5号最低,达1.54×10^(11)/g,各样本的差异均达到显著水平。【结论】基于实时荧光定量PCR对固氮基因nifH的定量及定性分析,可为nifH基因的定量检测及表达情况提供理论依据。
关键词
芦竹属菌草
内生固氮菌
固氮基因
相对表达量
拷贝数
Keywords
Arundo
sp.
Endophytic
nitrogen
-
fixing
bacteria
nitrogen
-
fixing
genes
Relative expression
Copy number
分类号
S543.9 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的克隆及生物信息学分析
林标声
张浣星
何玉琴
罗茂春
林占熺
《湖北农业科学》
2020
0
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职称材料
2
绿色荧光蛋白基因标记的固氮菌DX120E在甘蔗植株内的定殖
魏春燕
邢永秀
莫遥
林丽
杨丽涛
胡春锦
李杨瑞
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
11
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职称材料
3
质粒pMC73A从催娩克氏菌到相思根瘤菌的接合转移
王小东
康丽华
毛慧玲
江业根
马海滨
张希涛
《安徽农业科学》
CAS
北大核心
2007
1
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职称材料
4
茄子叶际固氮菌的分离鉴定·培养特性及抑菌活性
幸翀
郭青云
《安徽农业科学》
CAS
2023
2
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职称材料
5
芦竹属菌草内生固氮菌nifH基因的表达研究
李曼
李巧琪
廖真
林标声
鲁国东
林占熺
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021
1
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