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云南重楼内生细菌的分离鉴定及系统发育树分析 被引量:16
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作者 魏娟 何冬旭 +1 位作者 李国红 张梁 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期165-169,共5页
利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生... 利用云南文山采集的人工栽培和野生云南重楼Paris polyphylla Smith var.yunnanensis(Franch)根茎,对其内生细菌进行了分离、纯化及鉴定。分离得到40和44株云南重楼内生细菌。经16S rDNA测序,在NCBI中比对,MEGA4建系统进化树,所得内生细菌分别鉴定为分属于6和8个属。其中,人工栽培云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和肠杆菌属(Enterobacter)分离频率分别为35%、27.5%,是其优势内生细菌群;野生云南重楼内生细菌中,芽孢杆菌属(Bacillus)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)分离频率分别为36.4%、20.4%,是其优势内生细菌群。本研究结果体现了人工栽培和野生云南重楼内生细菌分布的差异及云南重楼根中内生细菌的多样性,也为后续重楼内生菌的多样性开发提供了理论和实验基础。 展开更多
关键词 内生细菌 云南重楼 16S rDNA测序 系统发育分析
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一株淡色生赤壳菌的生防作用分析及系统发育树构建 被引量:4
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作者 陈秀玲 李景富 +2 位作者 张丽莉 张俊峰 王傲雪 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期184-189,共6页
保护地栽培面积的增加使果蔬病害的防治难度加大,生物防治手段越来越受到青睐。采用平板对峙法、扫描电镜法、5.8S rDNA-ITS序列分析及系统发育树构建对一株从草炭土中分离的菌株进行研究。该菌对番茄灰霉病、番茄叶霉病、番茄绵疫病、... 保护地栽培面积的增加使果蔬病害的防治难度加大,生物防治手段越来越受到青睐。采用平板对峙法、扫描电镜法、5.8S rDNA-ITS序列分析及系统发育树构建对一株从草炭土中分离的菌株进行研究。该菌对番茄灰霉病、番茄叶霉病、番茄绵疫病、番茄黄萎病、番茄枯萎病、杨树烂皮病、杨树枯萎病和黑穗醋栗叶斑病均有抑制作用。扫描电镜显示,该生防菌对番茄灰霉病具有明显抑制作用。5.8S rDNA-ITS序列分析及系统发育树构建表明该菌为淡色生赤壳菌,为果蔬病害的生物防治提供了新的选择。 展开更多
关键词 淡色生赤壳菌 5 8SrDNA-ITS 系统发育 番茄灰霉病
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不同寒热药性海洋中药在海洋生物系统发育树的分布规律及其关联关系分析 被引量:4
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作者 付先军 王振国 +3 位作者 王长云 李学博 王慧美 赵娇 《世界科学技术-中医药现代化》 2015年第11期2189-2196,共8页
目的:海洋中药是我国中药资源宝库的重要组成部分,海洋生物资源的开发为海洋中药的发展奠定了基础,如何快速客观评价海洋中药新资源的药性已成为制约海洋中药发展和临床应用的主要瓶颈问题之一。方法:本文以613味海洋中药涉及的1 091种... 目的:海洋中药是我国中药资源宝库的重要组成部分,海洋生物资源的开发为海洋中药的发展奠定了基础,如何快速客观评价海洋中药新资源的药性已成为制约海洋中药发展和临床应用的主要瓶颈问题之一。方法:本文以613味海洋中药涉及的1 091种海洋中药物种为研究对象,采用关联规则挖掘(Association Rules Mining)和系统发育树(Phylogenetic Tree)构建方法,分析不同寒热药性海洋中药在海洋生物系统发育树上的分布规律及其关联关系。结果:不同药性的海洋中药在发育树上的分布具有很高的聚集性,来源于相同科物种的海洋中药,其药性基本也一样,很多与同一药性关联程度高的规则分布在系统发育树的同一分支中,或者在发育树上的距离非常近,如与寒性关联程度比较高的绿藻门(Chlorophyta)、红藻纲(Florideophyceae)、褐藻纲(Phaeohpyceae)等海洋植物,与热性关联程度较高的十足目(Decapoda)、软甲纲(Malacostraca)、节肢动物门(Arthropoda)等海洋动物,和平性海洋中药相关程度较高的有鳞目(Squamata)海洋鱼类。结论:以上结果提示药性和海洋生物的门纲科属等亲缘关系信息具有一定的关联关系,来源于亲缘关系相同或相近海洋生物物种的海洋中药可能会具有相同或相近的中药药性,这为海洋中药新资源的药性预测和评价提供了新的评价指标和参考依据。 展开更多
关键词 海洋中药 寒热药性 系统发育 关联规则挖掘 药性评价
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O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型 被引量:2
4
作者 相磊 章振华 +4 位作者 胡国良 陈小玲 梁之昶 徐福洲 石岗 《动物医学进展》 CSCD 2007年第3期8-13,共6页
从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验... 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。 展开更多
关键词 O型口蹄疫病毒 基因型/拓扑型 系统发育 VP1基因
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用于构建生物系统发育树的古DNA序列 被引量:1
5
作者 唐先华 赖旭龙 《地质科技情报》 EI CAS CSCD 北大核心 2001年第3期35-40,共6页
主要综述了古 DNA研究进展以及结合古 DNA序列和基因库中的数据构建系统发育树。这些研究能解决许多有关演化生物学、考古学、人类演化及迁移、动植物的家养和驯化过程及早期农业的发展、考古点的动植物残骸的精确鉴定及地质演化等问题... 主要综述了古 DNA研究进展以及结合古 DNA序列和基因库中的数据构建系统发育树。这些研究能解决许多有关演化生物学、考古学、人类演化及迁移、动植物的家养和驯化过程及早期农业的发展、考古点的动植物残骸的精确鉴定及地质演化等问题。另外 。 展开更多
关键词 古DNA 系统发育 演化生物学
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黑素皮质激素受体1(MC1 R)基因系统发育树与犬的毛色 被引量:11
6
作者 杨前勇 叶俊华 +2 位作者 任军 谢爱芳 徐波 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期357-361,共5页
犬的驯养迄今约有1万多年,由于不同环境和不同目的人工选择形成了犬品种间或品种内极丰富的毛色多样性。经证实,这些犬的很多毛色类型与MC1R相关,MC1R在一些物种中有同源基因,文章阐述了犬MC1R多态性研究进展,并选择其他9个有代表性的... 犬的驯养迄今约有1万多年,由于不同环境和不同目的人工选择形成了犬品种间或品种内极丰富的毛色多样性。经证实,这些犬的很多毛色类型与MC1R相关,MC1R在一些物种中有同源基因,文章阐述了犬MC1R多态性研究进展,并选择其他9个有代表性的哺乳动物物种与犬MC1R同源基因进行了比较,以此建立系统发育树。结果显示,10个物种的MC1R基因的分子进化关系与物种的经典分类学地位基本相符。 展开更多
关键词 毛色 MC1R基因 系统发育
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系统发育树构建中用EM算法进行参数估计 被引量:1
7
作者 唐晓嗣 伍超标 《应用概率统计》 CSCD 北大核心 2010年第4期357-366,共10页
系统发育学研究物种之间的进化关系,其核苷酸替代模型通常假设序列进化没有数据的缺损和删失,而现实中这个假设条件是很难满足的.针对这种事实,本文将运用EM算法对存在插入或缺失但序列长度假设不变的观测序列构建系统发育树进行参数估... 系统发育学研究物种之间的进化关系,其核苷酸替代模型通常假设序列进化没有数据的缺损和删失,而现实中这个假设条件是很难满足的.针对这种事实,本文将运用EM算法对存在插入或缺失但序列长度假设不变的观测序列构建系统发育树进行参数估计,为含缺损数据序列构建良好的系统发育树作铺垫.重点在于运用EM算法做Jukes-Cantor模型、Kimura模型下含缺损数据的DNA序列构建有根树或无根树最佳分枝长度等的参数估计. 展开更多
关键词 系统发育 EM算法 Jukes-Cantor模型 Kimura模型 参数估计
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系统发育系统学——对现代系统生物学的理解与探讨(5)支序图、系统树及祖裔关系 被引量:3
8
作者 孟津 王晓鸣 《古脊椎动物学报》 CSCD 北大核心 1989年第4期306-312,共7页
在重建系统发育关系的研究中,对于祖裔关系的认识存在两种主要的不同派别,即传统的演化论学派和支序学派。传统的演化论学派认为,通过古生物资料来找到系统发育中的实际祖先类型是重建生物系统发育的一个基本内容,而祖先类型是有可能被... 在重建系统发育关系的研究中,对于祖裔关系的认识存在两种主要的不同派别,即传统的演化论学派和支序学派。传统的演化论学派认为,通过古生物资料来找到系统发育中的实际祖先类型是重建生物系统发育的一个基本内容,而祖先类型是有可能被认识到的(Bretsky,1979;Gingerich,1979)。支序学派并不迥避对祖-裔关系的讨论。 展开更多
关键词 系统发育 支序图 系统
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黄河湿地降解菌的分离鉴定及系统发育树的构建
9
作者 谢静 钟艳霞 +1 位作者 罗玲玲 李小宇 《广东农业科学》 CAS 2015年第3期153-157,共5页
采用富集培养法分离提纯出了6株降解菌,通过研究其降解能力,筛选出降解效果较高的两株菌H3和H6,利用16S rRNA基因克隆法鉴定其基因序列,同时将基因序列与NCBI数据库中已有细菌的16S rRNA序列进行相似性比较分析后构建系统发育树,最后结... 采用富集培养法分离提纯出了6株降解菌,通过研究其降解能力,筛选出降解效果较高的两株菌H3和H6,利用16S rRNA基因克隆法鉴定其基因序列,同时将基因序列与NCBI数据库中已有细菌的16S rRNA序列进行相似性比较分析后构建系统发育树,最后结合菌落的形态学特征和生理生化特征确定其生物学地位。结果表明,6株菌对污染物均有一定的降解能力,而且对CODcr的降解效果要优于对TP和NH3-N的;菌株H3和H6对CODcr、TP、NH3-N的去除率分别为50.2%、26.83%、44.89%及52.19%、25.16%、46.79%,降解能力较突出;菌株H3与荧光假单胞菌Pseudomonas fluorescens(NR_113647.1)亲缘性最近,同源性达99%;菌株H6与解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens(NR_075005.1)同源性达99%。分离所得到的荧光假单胞菌和解淀粉芽孢杆菌对生活污水具有一定的净化作用,且安全性有保障,可以应用于湖泊湿地水体的生态修复和生活污水处理中。 展开更多
关键词 降解菌 16S RRNA 系统发育 黄河湿地
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鲫鱼源杀鲑气单胞菌的分离鉴定及系统发育树分析 被引量:2
10
作者 王淑娴 许拉 +4 位作者 于晓清 刁菁 王晓璐 盖春蕾 叶海斌 《水产养殖》 CAS 2023年第2期50-51,54,共3页
鲫(Carassius auratus)是鲤科(Cyprinidae)、鲫属(Carassius),为淡水性鱼类。1000多年前,鲫在中国被驯化,于16世纪引入日本,之后又被引入欧洲和世界大部分地区。除西部高原地区外,鲫广泛分布于我国各地[1]。鲫肉质细嫩而鲜美,并且还具... 鲫(Carassius auratus)是鲤科(Cyprinidae)、鲫属(Carassius),为淡水性鱼类。1000多年前,鲫在中国被驯化,于16世纪引入日本,之后又被引入欧洲和世界大部分地区。除西部高原地区外,鲫广泛分布于我国各地[1]。鲫肉质细嫩而鲜美,并且还具有健脾利湿、和中开胃、活血通络、温中下气的功效,对脾胃虚弱、水肿、溃疡、气管炎、哮喘。 展开更多
关键词 健脾利湿 活血通络 温中 脾胃虚弱 杀鲑气单胞菌 系统发育分析 气管炎
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养殖大菱鲆烂鳍病病原菌的鉴定及系统发育学研究 被引量:15
11
作者 张正 王印庚 +1 位作者 韩文君 李秋芬 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期193-197,共5页
从山东半岛3个养殖场各分离到一株大菱鲆烂鳍病的病原菌,均为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛,有运动能力,菌落半透明。经常规生理生化特征测试和16SrRNA基因序列对比,表明它们都是同一种细菌。理化特征的结果显示这3株菌均与V.anguillarum... 从山东半岛3个养殖场各分离到一株大菱鲆烂鳍病的病原菌,均为革兰氏阴性,短杆状,极生鞭毛,有运动能力,菌落半透明。经常规生理生化特征测试和16SrRNA基因序列对比,表明它们都是同一种细菌。理化特征的结果显示这3株菌均与V.anguillarum的表性特征非常相似。对其16SrRNA基因序列进行分析,并构建了系统发育树,结果表明这些菌株与V.anguillarum亲缘关系最近。综合上述研究结果,将该菌鉴定为V.anguillarum。 展开更多
关键词 大菱鲆 烂鳍 16S RRNA 系统发育 VIBRIO ANGUILLARUM
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系统发育分析在古DNA研究中的应用 被引量:9
12
作者 张小雷 崔银秋 +1 位作者 吕慧英 周慧 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期696-701,共6页
介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础,阐述了各种分析方法在古DNA数据分析中的具体应用,并对各种方法的优缺点进行了评价.分析了系统发育分析的局限性和发展趋势,以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题.
关键词 系统发育分析 古DNA序列 分子进化 系统发育
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梭子蟹牙膏病病原菌——溶藻弧菌的鉴定及其系统发育分析 被引量:23
13
作者 刘淇 李海燕 +3 位作者 王群 刘萍 戴芳钰 李健 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第4期9-13,共5页
从山东潍坊池塘养殖的患有牙膏病的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)中分离到1株病原菌(PX25),经回接感染证实为该病的病原菌。经生理生化试验及形态结构观察显示,该菌株革兰氏阴性,短杆状,直或稍弯曲,两端钝圆;固体培养基上培养... 从山东潍坊池塘养殖的患有牙膏病的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)中分离到1株病原菌(PX25),经回接感染证实为该病的病原菌。经生理生化试验及形态结构观察显示,该菌株革兰氏阴性,短杆状,直或稍弯曲,两端钝圆;固体培养基上培养后进行染色具有周生侧毛,液体培养基中培养后进行鞭毛染色具一极生单鞭毛;悬滴法观察PX25菌株具有很强的运动性。对其16SrRNA基因进行PCR扩增、测序和系统发育分析。结果表明,该菌株与溶藻弧菌亲缘关系最近,相似性达99.35%。综合菌体在形态、生理生化、API20NE与API20E自动鉴定结果、16S rRNA同源性等方面的特性,确认PX25为溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)。 展开更多
关键词 梭子蟹 溶藻弧茵 牙膏病 16S RRNA 系统发育
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基于线粒体Cytb基因的10种石珊瑚的系统发育关系 被引量:8
14
作者 刘丽 陈育盛 +2 位作者 李晓娜 申玉春 刘楚吾 《广东海洋大学学报》 CAS 2011年第1期6-11,共6页
通过PCR扩增直接测序得到10种徐闻石珊瑚线粒体Cyt b基因部分序列,分析其碱基组成和变异频率,并采用Neighbor-Joining和Maximum Parsimony法构建系统发育树。结果显示:序列中A+T比例为61.0%,G+C比例为39.0%,前者明显高于后者,碱基替换... 通过PCR扩增直接测序得到10种徐闻石珊瑚线粒体Cyt b基因部分序列,分析其碱基组成和变异频率,并采用Neighbor-Joining和Maximum Parsimony法构建系统发育树。结果显示:序列中A+T比例为61.0%,G+C比例为39.0%,前者明显高于后者,碱基替换主要发生在密码子第3位;滨珊瑚科分类与传统分类存在一定差异,揭示传统形态学分类可能受珊瑚骨骼生长可塑性限制,造成分类不准确;刺柄珊瑚属与蜂巢珊瑚科各属亲缘关系较近。 展开更多
关键词 石珊瑚 CYTB基因 碱基比例 变异频率 系统发育
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基于线粒体COⅠ和Cytb基因序列的锯眼蝶亚科和眼蝶亚科的系统发育分析(鳞翅目:眼蝶科) 被引量:7
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作者 殷先兵 郝家胜 +4 位作者 许丽 朱国萍 黄敦元 潘鸿春 张小平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1263-1271,共9页
为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发... 为了阐明眼蝶科内一些存疑类群间的系统发生关系,本研究测定了其中最大的2个亚科锯眼蝶亚科和眼蝶亚科中分布于中国的9族17属21个种的COⅠ和Cytb基因的部分序列,并结合从GenBank中下载的2个国外种类的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析。序列分析结果显示:处理后的2基因总长度为1056bp,其中保守位点648个,可变位点408个,简约信息位点316个;A+T的平均含量为70.8%,明显高于C+G的平均含量29.2%。以蛱蝶科的2个物种为外群,通过邻接法、最大简约法和贝叶斯法重建了分子系统树,探讨了这两个亚科及其主要类群的系统发生关系,结果表明:眼蝶亚科、锯眼蝶亚科以及黛眼蝶族均为多系类群;眉眼蝶族和黛眼蝶族应从锯眼蝶亚科分离出来,归入眼蝶亚科;眼蝶族、白眼蝶族和莽眼蝶族可能具有较近的共同祖先;古眼蝶族、眉眼蝶族和矍眼蝶族三者之间具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 鳞翅目 眼蝶科 COI基因 CYTB基因 分子系统 系统发育
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55株芽孢杆菌16S rRNA基因序列测定与系统发育学分析 被引量:9
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作者 程池 刘光全 +1 位作者 李金霞 姚粟 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期20-24,共5页
采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S r... 采用16S rRNA基因序列分析法对中国工业微生物菌种保藏管理中心(CCIC)保藏的55株枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)进行复核鉴定。菌株经纯化培养,以改良CTAB法提取总DNA,采用细菌16S rRNA通用引物、TD-PCR方法(touchdown-PCR)进行16S rRNA基因序列扩增,PCR产物纯化后直接进行序列测定,序列经人工校对后用Clustal X进行比对分析,最后用MEGA3.1软件构建系统发育树。系统发育分析结果表明:55株枯草芽孢杆菌中有52株菌种与原鉴定结果一致,有3株菌种与原鉴定结果存在差异,其中2株鉴定结果为巨大芽孢杆菌(B.megaterium),另1株鉴定结果为地衣芽孢杆菌(B.licheniformis)。 展开更多
关键词 枯草芽孢杆菌 16S RRNA基因 TD-PCR 序列分析 系统发育
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基于28SrDNA的叩甲科分子系统发育关系研究 被引量:5
17
作者 江世宏 陈晓琴 +2 位作者 吴深健 孟子烨 李广京 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期74-83,共10页
【目的】通过对叩甲科(Elateridae)昆虫核糖体28SrDNA基因片段序列进行比较,从分子水平研究叩甲科昆虫的系统发育关系,并和传统分类结果相比较,为我罔叩甲科分类系统的论证和进一步修订奠定基础。【方法】将自测的我罔9种(含两个... 【目的】通过对叩甲科(Elateridae)昆虫核糖体28SrDNA基因片段序列进行比较,从分子水平研究叩甲科昆虫的系统发育关系,并和传统分类结果相比较,为我罔叩甲科分类系统的论证和进一步修订奠定基础。【方法】将自测的我罔9种(含两个地理种群)共10个叩甲科昆虫样品的28SrDNA基因片段序列与GenBank报道的32种叩甲科昆虫进行同一性比较,用DNAStarLasergenev7.1.0和MEGA4.0(NJ法、MP法和ME法)构建分子系统发育树。【结果】在获得的890bp的序列中,保守位点477个,占全部位点的56.1%;简约位点291个,占全部位点的34.2%;G+C的平均含量为63.9%,明显高于A+T的平均含量,碱基组成偏向G和C;转换(transition)稍高于颠换(transversion)。遗传距离分析表明叩甲科昆虫各亚科内各种问遗传距离在0.000~0.130之间变动,明显小于各亚科之间的遗传距离。不同的系统发育树都支持叩甲科为一单系群,并将10个亚科聚为4个聚类簇:聚类簇I为梳爪叩甲亚科(Melanotinae)+叩甲亚科(Elaterinae),聚类簇Ⅱ为槽缝叩甲亚科(Agrypninae)+萤叩甲亚科(Pyrophorinae)+单叶叩甲亚科(Conoderinae),聚类簇Ⅲ为小叩甲亚科(Negastriinae)+心盾叩甲亚科(Cardiophorinae),聚类簇Ⅳ为齿胸叩甲亚科(Denticollinae)+尖鞘叩甲亚科(Oxynopterinae)和异角叩甲亚科(Pityobiinae)。它们来源于2个支系,支系1包含聚类簇Ⅰ,支系2包含聚类簇Ⅱ、聚类簇Ⅲ和聚类簇Ⅳ,而Senodoniaquadricollis总是单独作为一支与其他叩甲分开。【结论】本研究证实了过去基于成虫和幼虫形态为基础的分类系统的基本合理性,一是叩甲科为一单系类群;二是叩甲科可明显地分为4个簇群;三是心盾叩甲亚科(Cardiophorinae)为一单系类群,但其他许多亚科存在并系的情况,特别是Senodoniaquadricollis的归属还需进一步论证。28SrDNA序列分析是一种很好的研究叩甲科从种级到科级各类群问的系统发育关系的方法。 展开更多
关键词 鞘翅目 叩甲科 28S RDNA 分子系统 系统发育
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基于RAPD分析的中国野桑蚕和家蚕遗传多样性和系统发育关系研究 被引量:24
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作者 鲁成 余红仕 向仲怀 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期198-203,共6页
对具代表性的中国 11个地区的野桑蚕Bombyxmandarina进行了随机引物扩增多态性DNA (RAPD)分析 ,结果表明 :不同地区的野桑蚕的遗传距离较大 ,最大为 0 46 5 (安康 镇江 ) ,最小的也有 0 2 0 9(武汉 合肥 ) ;同一地区不同个体野桑蚕... 对具代表性的中国 11个地区的野桑蚕Bombyxmandarina进行了随机引物扩增多态性DNA (RAPD)分析 ,结果表明 :不同地区的野桑蚕的遗传距离较大 ,最大为 0 46 5 (安康 镇江 ) ,最小的也有 0 2 0 9(武汉 合肥 ) ;同一地区不同个体野桑蚕的遗传距离也较大 ,最大为 0 318,最小的为 0 144。它们均远大于家蚕B .mori品种内个体间的遗传距离 (最大为0 0 6 8、最小为 0 0 15 ) ,甚至超过了家蚕品种间的遗传距离 (最大为 0 2 5 8、最小为 0 197)。这表明中国野桑蚕是一个十分混杂的、遗传多样性非常丰富的群体。另外 ,在大多数情况下野桑蚕的遗传距离表现出与空间距离正相关。遗传距离和系统发育分析结果显示陕西一带的野桑蚕成分复杂 ,有重要的演化意义。 展开更多
关键词 RAPD分析 中国野桑蚕 家蚕 系统发育 RAPD分析 分子系统 遗传距离 遗传多样性
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基于18Sr DNA的蝗总科分子系统发育关系研究及分类系统探讨 被引量:27
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作者 刘殿锋 蒋国芳 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期232-241,共10页
将自测的我国直翅目蝗总科7科7种和从GenBank中下载的17种直翅目昆虫的18S rDNA序列片段进行了同源性比较,用似然比检验的方法对序列比对结果进行了碱基替代模型的选择, 以蚱总科的 Paratettix cucullatus 和蜢总科的Stiphra robusta作... 将自测的我国直翅目蝗总科7科7种和从GenBank中下载的17种直翅目昆虫的18S rDNA序列片段进行了同源性比较,用似然比检验的方法对序列比对结果进行了碱基替代模型的选择, 以蚱总科的 Paratettix cucullatus 和蜢总科的Stiphra robusta作外群, 用NJ、MP、ML和贝叶斯法构建了分子系统树。在获得的1 849 bp的序列中, 有205个变异位点, 74个简约信息位点; A、T、C和G的碱基平均含量分别为23.9%、24.3%、23.8%和28.0%, 碱基组成基本上无偏异。分子系统树表明:所研究的内群聚为4支, 锥头蝗科、瘤锥蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科、槌角蝗科和剑角蝗科都不是单系。建议将蝗总科分为4科, 即锥头蝗科、大腹蝗科、癞蝗科和蝗科。 展开更多
关键词 直翅目 蝗总科 18S RDNA 分子系统 系统发育 分类系统
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利用ITS序列探讨谷精草属5个种的系统发育 被引量:4
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作者 张志翔 林善枝 薛娴 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1-6,共6页
以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草(Eriocaulon nepalense)、白药谷精草(E.cinereum)、高山谷精草(E.alperstre)、华南谷精草(E.sexangulare)、南亚谷精草(E.oryzetorum)等5个种为研究对象,通过PCR扩增技术获得了谷精草... 以谷精草属(Eriocaulon)的尼泊尔谷精草(Eriocaulon nepalense)、白药谷精草(E.cinereum)、高山谷精草(E.alperstre)、华南谷精草(E.sexangulare)、南亚谷精草(E.oryzetorum)等5个种为研究对象,通过PCR扩增技术获得了谷精草属5个种的内转录间隔区序列,并对ITS序列进行分析.结果发现,供试谷精草属植物的ITS区长度并不完全一致,其ITS1的长度范围为171~306 bp,G+C含量为38.24%~55.04%;ITS2的长度范围为184~288 bp,G+C含量为36.46%~57.02%.在此基础上,采用Clustal W version 1.7对所得的ITS序列进行排序与分析,以灯心草属(Juncus)的一个种J.dregeanus为外类群,并使用PAUP 4.0 10 b软件采用最大简约法分析获得最简约的系统发育树。结果表明,在检测的ITS序列的738个位点中稳定位点174个、变异位点564个(包括276个信息位点)。另外,从发育树上平行分出两个大的总分支,其中E.nepalense、E.oryzetorum、E.alpestre和E.cinereum(云南宣威)为一支;E.sexangulare为一支。上述二个分支与外类群聚在一起,bootstrap值为100%。 展开更多
关键词 谷精草属 ITS序列 系统发育 系统发育关系
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