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整合多数据库分析NFKBIA在SKCM预后和免疫浸润中的价值
被引量：
1
1
作者
杨珺涵
徐刚林
+2 位作者
柳梦婷
黄谢平
杨珮珮
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期55-61,共7页
目的:探讨核因子κB抑制因子a(NFKBIA)表达与皮肤黑色素瘤(SKCM)患者预后及其与肿瘤微环境免疫浸润的相关性。方法:利用GEPIA2数据库分析正常皮肤和SKCM组织中NFKBIA的表达差异,GEPIA2和Ualcan数据库分析NFKBIA与SKCM预后关系,TIMER和TI...
目的:探讨核因子κB抑制因子a(NFKBIA)表达与皮肤黑色素瘤(SKCM)患者预后及其与肿瘤微环境免疫浸润的相关性。方法:利用GEPIA2数据库分析正常皮肤和SKCM组织中NFKBIA的表达差异,GEPIA2和Ualcan数据库分析NFKBIA与SKCM预后关系,TIMER和TISIDB数据库分析NFKBIA与SKCM中TIL和免疫调节基因的关系。选用TISCH和CancerSEA数据库从单细胞水平分析NFKBIA与SKCM细胞亚群及其相关的功能状态关联性。选取湖北省荆门市第二人民医院保存的14例SKCM患者的石蜡组织标本,通过免疫组织化学染色法验证SKCM组织和癌旁组织中NFKBIA蛋白的表达水平。结果:NFKBIA在SKCM组织中呈低表达,并且低表达的SKCM患者预后差(P<0.05)。NFKBIA表达与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和DC浸润水平呈正相关关系(均P<0.01)。NFKBIA表达与SKCM中TIL丰度和免疫调节基因呈正相关关系(均P<0.01)。NFKBIA在SKCM单细胞免疫细胞中表达,且与肿瘤微环境中细胞分化和炎症呈正相关关系(R=0.28、0.23,均P<0.05)。免疫组织化学染色结果证实,NFKBIA蛋白在SKCM组织中阳性表达率显著低于癌旁组织(35.71%vs 85.71%,P<0.05)。结论:NFKBIA在SKCM组织中呈低表达,与SKCM免疫细胞浸润相关,可作为SKCM预后的标志物及治疗靶点。
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关键词
皮肤黑色素瘤
核因子
κb
抑制因子α
肿瘤浸润淋巴细胞
预后
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职称材料
高通量测序分析肝移植急性排斥反应相关基因单核苷酸多态性位点的突变
2
作者
鲍远大
易述红
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期205-210,共6页
目的利用高通量测序分析肝移植术后急性排斥反应相关度最高的基因单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况。方法收集同种异体原位肝移植术的68例受体外周血样本,根据有否发生急性排斥反应分为急性排斥组(13例)和非排斥组(55例)。通过查阅文...
目的利用高通量测序分析肝移植术后急性排斥反应相关度最高的基因单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况。方法收集同种异体原位肝移植术的68例受体外周血样本,根据有否发生急性排斥反应分为急性排斥组(13例)和非排斥组(55例)。通过查阅文献,最终确定与排斥反应发生相关的44个SNP突变位点。以44个SNP位点作为检测靶点,用高通量测序分析对两组受体外周血样本进行检测,经生物信息学分析出与急性排斥反应发生相关基因SNP位点的突变率。结果急性排斥组中的白细胞介素(IL)-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的细胞趋化因子受体(CCR)5AG基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组,CCR5 GG基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的IL-4 CT基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组,IL-4 TT基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组;急性排斥组中核因子-κB抑制因子α(NF-κBIA)C等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中维生素D受体(VDR)CC基因型和C等位基因的SNP位点突变率明显低于非排斥组,差异均有统计学意义(均为P<0.05)。结论高通量测序分析发现肝移植术后急性排斥反应相关基因中,其SNP位点突变率较高的包括IL-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因,CCR5 GG基因型、AG基因型,IL-4 CT基因型、TT基因型,NF-κBIA C等位基因,VDR CC基因型和C等位基因。
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关键词
肝移植
急性排斥反应
高通量测序
单核苷酸多态性(SNP)
白细胞介素
细胞趋化因子受体
核因子-
κb
抑制因子α
维生素D受体
基因突变
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职称材料
题名
整合多数据库分析NFKBIA在SKCM预后和免疫浸润中的价值
被引量：
1
1
作者
杨珺涵
徐刚林
柳梦婷
黄谢平
杨珮珮
机构
荆门市第二人民医院荆楚理工学院附属中心医院皮肤科
出处
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期55-61,共7页
基金
荆门市科技计划资助项目(No.2022YFYB007)。
文摘
目的:探讨核因子κB抑制因子a(NFKBIA)表达与皮肤黑色素瘤(SKCM)患者预后及其与肿瘤微环境免疫浸润的相关性。方法:利用GEPIA2数据库分析正常皮肤和SKCM组织中NFKBIA的表达差异,GEPIA2和Ualcan数据库分析NFKBIA与SKCM预后关系,TIMER和TISIDB数据库分析NFKBIA与SKCM中TIL和免疫调节基因的关系。选用TISCH和CancerSEA数据库从单细胞水平分析NFKBIA与SKCM细胞亚群及其相关的功能状态关联性。选取湖北省荆门市第二人民医院保存的14例SKCM患者的石蜡组织标本,通过免疫组织化学染色法验证SKCM组织和癌旁组织中NFKBIA蛋白的表达水平。结果:NFKBIA在SKCM组织中呈低表达,并且低表达的SKCM患者预后差(P<0.05)。NFKBIA表达与B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和DC浸润水平呈正相关关系(均P<0.01)。NFKBIA表达与SKCM中TIL丰度和免疫调节基因呈正相关关系(均P<0.01)。NFKBIA在SKCM单细胞免疫细胞中表达,且与肿瘤微环境中细胞分化和炎症呈正相关关系(R=0.28、0.23,均P<0.05)。免疫组织化学染色结果证实,NFKBIA蛋白在SKCM组织中阳性表达率显著低于癌旁组织(35.71%vs 85.71%,P<0.05)。结论:NFKBIA在SKCM组织中呈低表达,与SKCM免疫细胞浸润相关,可作为SKCM预后的标志物及治疗靶点。
关键词
皮肤黑色素瘤
核因子
κb
抑制因子α
肿瘤浸润淋巴细胞
预后
Keywords
skin cutaneous melanoma
nf-κ
b
inhibitor
alpha
(
nfkbia
)
gene
tumor-infiltrating lymphocyte(TIL)
prognosis
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
R730.2 [医药卫生—肿瘤]
R730.7 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
高通量测序分析肝移植急性排斥反应相关基因单核苷酸多态性位点的突变
2
作者
鲍远大
易述红
机构
中山大学附属第三医院肝脏外科暨肝移植中心
出处
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第3期205-210,共6页
基金
广东省自然科学基金(2016A030313224)
广东省省级产业技术研究与开发专项资金项目(20169013)
文摘
目的利用高通量测序分析肝移植术后急性排斥反应相关度最高的基因单核苷酸多态性(SNP)位点的突变情况。方法收集同种异体原位肝移植术的68例受体外周血样本,根据有否发生急性排斥反应分为急性排斥组(13例)和非排斥组(55例)。通过查阅文献,最终确定与排斥反应发生相关的44个SNP突变位点。以44个SNP位点作为检测靶点,用高通量测序分析对两组受体外周血样本进行检测,经生物信息学分析出与急性排斥反应发生相关基因SNP位点的突变率。结果急性排斥组中的白细胞介素(IL)-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的细胞趋化因子受体(CCR)5AG基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组,CCR5 GG基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中的IL-4 CT基因型的SNP位点突变率明显高于非排斥组,IL-4 TT基因型的SNP位点突变率明显低于非排斥组;急性排斥组中核因子-κB抑制因子α(NF-κBIA)C等位基因的SNP位点突变率明显高于非排斥组;急性排斥组中维生素D受体(VDR)CC基因型和C等位基因的SNP位点突变率明显低于非排斥组,差异均有统计学意义(均为P<0.05)。结论高通量测序分析发现肝移植术后急性排斥反应相关基因中,其SNP位点突变率较高的包括IL-10 TT基因型、T等位基因、AA基因型、A等位基因,CCR5 GG基因型、AG基因型,IL-4 CT基因型、TT基因型,NF-κBIA C等位基因,VDR CC基因型和C等位基因。
关键词
肝移植
急性排斥反应
高通量测序
单核苷酸多态性(SNP)
白细胞介素
细胞趋化因子受体
核因子-
κb
抑制因子α
维生素D受体
基因突变
Keywords
Liver transplantation
Acute rejection
High-throughput sequencing
Single nucleotide polymorphism （SNP）
Interleukin
Cell chemokine receptor
Nuclear factor-kappa
b
inhibitor
alpha
Vitamin D receptor
gene
mutation
分类号
R617 [医药卫生—外科学]
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
整合多数据库分析NFKBIA在SKCM预后和免疫浸润中的价值
杨珺涵
徐刚林
柳梦婷
黄谢平
杨珮珮
《中国肿瘤生物治疗杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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下载PDF
职称材料
2
高通量测序分析肝移植急性排斥反应相关基因单核苷酸多态性位点的突变
鲍远大
易述红
《器官移植》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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职称材料
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