梅花PmSOC1-like基因的克隆与表达分析 被引量：8

1

作者 李玉舒 杨炜茹 +2 位作者 程堂仁 王佳 张启翔 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期78-85,共8页

SOC1/TM3(Suppressor of overexpression of constans 1/Tomato MADS-box gene 3)是MADS-box家族一员,它能够整合多条开花途径的开花信号,调节植物由营养生长向生殖生长的转变。为了解梅花成花转变过程的分子机理,采用RT-PCR的方法从梅... SOC1/TM3(Suppressor of overexpression of constans 1/Tomato MADS-box gene 3)是MADS-box家族一员,它能够整合多条开花途径的开花信号,调节植物由营养生长向生殖生长的转变。为了解梅花成花转变过程的分子机理,采用RT-PCR的方法从梅花长蕊绿萼中克隆到3个SOC1的同源基因,分别命名为Pm SOC1-1、Pm SOC1-2和PmSOC1-3,并采用荧光定量PCR对3个基因的表达模式进行了分析。序列分析表明,3个基因的编码区长度分别为645 bp(Pm SOC1-1)、654 bp(Pm SOC1-2)和660 bp(Pm SOC1-3);编码的氨基酸长度分别为214,217,219 aa。系统进化结果显示,Pm SOC1-1、Pm SOC1-2和Pm SOC1-3分别与拟南芥SOC1/TM3亚家族中的SOC1、AGL42/71/72和AGL14/19聚为一组。实时荧光定量分析结果表明,3个Pm SOC1-like基因均在茎、叶等营养器官中表达量较高,在花、果实和种子等生殖器官中表达量较低;在梅花花芽分化过程中,3个Pm SOC1-like基因的表达量整体呈下降趋势,推测PmSOC1-like基因可能在诱导梅花由营养生长向生殖生长转变过程中起重要作用。 展开更多

关键词 梅花 PmSOC1-like 基因克隆 表达分析

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萼脊兰SeAP1-like基因的克隆与表达载体构建 被引量：4

2

作者 蒋素华 袁秀云 +3 位作者 王洁琼 武振江 张国付 崔波 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2015年第1期105-109,共5页

根据NCBI网站上萼脊兰AP1-like全长基因序列设计引物,采用RT-PCR法从萼脊兰花瓣中扩增Se AP1-like基因,对扩增产物进行克隆和测序。结果表明,获得的萼脊兰Se AP1-like基因为743 bp,编码247个氨基酸。将Se AP1-like基因插入p CAMBIA1304... 根据NCBI网站上萼脊兰AP1-like全长基因序列设计引物,采用RT-PCR法从萼脊兰花瓣中扩增Se AP1-like基因,对扩增产物进行克隆和测序。结果表明,获得的萼脊兰Se AP1-like基因为743 bp,编码247个氨基酸。将Se AP1-like基因插入p CAMBIA1304载体中,经PCR、双酶切鉴定,证实重组表达质粒中含有目的片段,表明成功构建了高效植物表达载体p CAMBIA1304-Se AP1。对Se AP1-like基因的结构域和所表达蛋白质的亲水性进行了分析,并预测了该基因所表达蛋白的二维结构。结果显示,该基因包含MADS-box和K-box保守域,属于MADS-box基因家族,该蛋白分子属于亲水性蛋白。二级结构分析表明,其包含57.49%的α螺旋、6.07%的延伸链、36.44%的不规则折叠。 展开更多

关键词 萼脊兰 SE AP1-like基因 克隆 载体构建

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小麦NPR1-like基因的克隆及赤霉菌诱导下的表达分析 被引量：7

3

作者 杨在东 马信 +5 位作者 吴世文 王宏伟 孙鑫 冀宪领 李安飞 孔令让 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1775-1782,共8页

AtNPR1是拟南芥系统获得性抗病反应中的关键基因,对拟南芥的广谱抗性起重要调控作用。从赤霉菌诱导的小麦抗、感赤霉病近等基因系RNA差异表达谱中获得3个与AtNPR1类似的EST片段,据此检索相应序列信息并设计引物,从小麦中克隆得到3个cDN... AtNPR1是拟南芥系统获得性抗病反应中的关键基因,对拟南芥的广谱抗性起重要调控作用。从赤霉菌诱导的小麦抗、感赤霉病近等基因系RNA差异表达谱中获得3个与AtNPR1类似的EST片段,据此检索相应序列信息并设计引物,从小麦中克隆得到3个cDNA全长序列,分别命名为TaNPR1、TaNPR2和TaNPR3,其开放阅读框分别编码580、607和601个氨基酸残基。序列分析表明,这3个小麦NPR1-like蛋白都含有保守的BTB/POZ、ANK和NPR1_like_C结构域及功能氨基酸,但仅TaNPR1具有2个对NPR1寡聚体形成十分必要的保守半胱氨酸残基。蛋白质聚类分析表明,TaNPR1与TaNPR2和TaNPR3的同源性均较低,其中TaNPR1与NPR1蛋白聚为一类,而TaNPR2和TaNPR3均与NPR1同源蛋白聚为一类。实时荧光定量PCR分析结果显示,TaNPR1、TaNPR2和TaNPR3基因都可被植物抗病相关信号分子水杨酸和茉莉酸甲酯诱导。与感病材料Apogee相比,抗病近等基因系Apogee73S2中TaNPR1和TaNPR3能够更早地响应赤霉菌的诱导并显著上调表达;而TaNPR2在感、抗材料中对赤霉菌侵染的响应都较为缓慢且变化不明显。这些结果表明,TaNPR1和TaNPR3可能在小麦对赤霉菌的防御反应中起重要作用。 展开更多

关键词 小麦 NPR1-like基因 赤霉病 基因表达分析

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玉米BEL1-like基因家族的鉴定、表达和调控分析 被引量：5

4

作者 曹征 李曼菲 +2 位作者 孙伟 张丹 张祖新 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1632-1639,共8页

BEL1-like(BELL)家族蛋白是植物中普遍存在的一类具有同源异型结构域的转录因子。拟南芥中BELL家族蛋白能与KNOTTED1-like蛋白互作形成异源二聚体,并结合到特异顺式作用元件来调控基因的表达,从而影响植物生长发育进程。本文采用隐马可... BEL1-like(BELL)家族蛋白是植物中普遍存在的一类具有同源异型结构域的转录因子。拟南芥中BELL家族蛋白能与KNOTTED1-like蛋白互作形成异源二聚体,并结合到特异顺式作用元件来调控基因的表达,从而影响植物生长发育进程。本文采用隐马可夫(HMM)模型,在玉米基因组中鉴定到15个BELL家族基因(Zm BELL),分布于7条玉米染色体。通过与拟南芥BELL基因的序列比较将这些基因分为两大类。在玉米8种组织中Zm BELL有不同的表达模式,具有明显的组织表达特异性。基于基因共表达分析及BELL-like蛋白特异结合的顺式元件分析,预测到86个可能受Zm BELL调控的下游靶标基因。这86个基因和12个Zm BELL表达模式相同,并且在基因启动子区存在与BEL1-like蛋白结合的顺式元件。这些结果为进一步解析玉米BELL家族基因的功能和作用机制积累了有价值的资料。 展开更多

关键词 BEL1-like基因家族 基因表达 系统发育分析 顺式作用元件

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谷子Hd1-like基因的克隆及其与农艺性状的关联分析 被引量：5

5

作者 袁玺垒 戴凌峰 +2 位作者 张小梅 郁飞燕 贾小平 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第6期24-30,共7页

为揭示谷子光周期敏感性分子机制和拓宽谷子育种选择范围,对光周期途径关键基因进行研究。选择11个谷子品种鉴定了抽穗日数、株高、穗粗、穗粒质量、码粒数、千粒质量等9个农艺性状,利用同源克隆法克隆了这些谷子品种CO(CONSTANS)基因... 为揭示谷子光周期敏感性分子机制和拓宽谷子育种选择范围,对光周期途径关键基因进行研究。选择11个谷子品种鉴定了抽穗日数、株高、穗粗、穗粒质量、码粒数、千粒质量等9个农艺性状,利用同源克隆法克隆了这些谷子品种CO(CONSTANS)基因的同源基因Hd1-like基因,初步进行了基因突变位点与表型性状的关联分析。结果表明:多数性状在11个谷子品种间存在显著差异,表现出丰富的表型多样性;抽穗日数、株高与多个穗部性状存在显著或极显著正相关,反映了这2个性状对谷子产量潜能存在重要影响;Hd1-like基因编码区内共检测到43个突变位点,全部为SNP,主要为A/G、T/C替换,连锁不平衡分析发现,有2组最大的连锁不平衡结构,一组包括位点71、1023、1117、1406、1875、2073,另一组包括位点134、185、921、1131、1187、2098;对11个谷子品种Hd1-like基因推定的蛋白质序列分析发现,该蛋白质N端具有明显的锌指结构,C端具有明显的CCT域,Hd1蛋白在11个谷子品种间存在15处氨基酸替换突变,其中第44个氨基酸酪氨酸和半胱氨酸之间替换、第334个氨基酸精氨酸和甘氨酸之间替换,分别位于锌指区域和CCT域内,而位于锌指区的氨基酸替换可能导致了郑州12对光周期敏感度减弱;关联分析检测出12个与表型性状关联的位点,其中7个位点与千粒质量关联,1个位点与抽穗日数关联,2个位点与株高关联,2个位点与穗粗关联,说明该基因可能是一个多效基因。 展开更多

关键词 谷子 光周期 HD 1-like基因 关联分析

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褐飞虱两个dynamin-1-like基因的克隆、多克隆抗体制备及表达定位 被引量：3

6

作者 赵晨星 俞叶微 +1 位作者 许益鹏 俞晓平 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期345-354,共10页

【目的】研究dynamin-1-like的两个基因NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱中的生物学功能。【方法】通过聚合酶链式反应扩增褐飞虱dynamin-1-like的两个基因,并对其生物信息学进行分析。通过荧光定量PCR技术(qPCR)检测了这两个基因在褐飞虱... 【目的】研究dynamin-1-like的两个基因NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱中的生物学功能。【方法】通过聚合酶链式反应扩增褐飞虱dynamin-1-like的两个基因,并对其生物信息学进行分析。通过荧光定量PCR技术(qPCR)检测了这两个基因在褐飞虱不同组织和不同发育阶段中的相对表达量。构建原核表达载体,在表达菌株Rosetta中诱导重组目的蛋白的表达。通过Ni柱亲和层析纯化目的蛋白,并将纯化得到的蛋白免疫新西兰大白兔,得到多克隆抗体,并用ELISA检测抗体效价,Western blotting检测抗体特异性。利用上述抗体,通过免疫荧光实验观察目的蛋白在褐飞虱卵巢中的表达和定位。【结果】克隆并鉴定了两个dynamin-1-like基因,分别命名为NlDNM1L-1和NlDNM1L-2(Gen Bank登录号分别为KY082900、KY082901)。系统进化树表明,NlDNM1L-1和NlD NM1L-2在半翅目昆虫中较为保守。蛋白结构预测和基因时空表达分析说明,NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱中可能有着不同的功能。ELISA和Western blotting结果表明,制备的NlDNM1L-1和NlDNM1L-2多克隆抗体效价高、特异性好。免疫荧光实验结果显示,NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱卵巢滤泡细胞中普遍表达,可能与褐飞虱卵巢发育和成熟有关,它们也可能与类酵母共生菌入侵褐飞虱卵巢有关。【结论】获得了NlDNM1L-1和NlDNM1L-2基因序列,了解了其基本的生物信息,并阐明了其时空表达特征;成功制备其多克隆抗体,并初步了解了NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱卵巢中的表达和定位。这些结果为深入研究NlDNM1L-1和NlDNM1L-2在褐飞虱中的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 褐飞虱 Dynamin-1-like 基因克隆 表达模式 原核表达 多克隆抗体 表达定位

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油松FT/TFL1-like基因表达模式与调控分析 被引量：2

7

作者 刘洋 李帮同 +4 位作者 杜桂华 黄东旭 周先清 钮世辉 李伟 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期60-66,共7页

【目的】PEBP基因家族的FT-like与TFL1-like亚基因家族在被子植物生殖发育调控网络中处于核心调控节点,而在针叶树中,仅存在未分化的FT/TFL1-like亚基因家族。研究表明针叶树FT/TFL1-like可能在生殖发育、生长节律及休眠过程中发挥重要... 【目的】PEBP基因家族的FT-like与TFL1-like亚基因家族在被子植物生殖发育调控网络中处于核心调控节点,而在针叶树中,仅存在未分化的FT/TFL1-like亚基因家族。研究表明针叶树FT/TFL1-like可能在生殖发育、生长节律及休眠过程中发挥重要功能。然而,目前关于针叶树FT/TFL1-like基因系统的表达模式与不同环境因子对其表达的调控仍然缺乏深入认识。【方法】本研究从油松中分离得到两个FT/TFL1-like基因,分别命名为Pt TFL1与Pt TFL2,对它们在不同组织、不同发育阶段雌雄球花、休眠与解除休眠过程中针叶、深冬相对高温、不同光质与光周期处理中的表达水平进行了系统分析。【结果】Pt TFL1仅在花粉中特异表达,在其他组织中只有痕量表达或不表达。而Pt TFL2表达范围非常广泛,且在芽组织中的表达丰度显著高于其他组织,二者在快速增殖的愈伤组织中均无明显表达;另外,对Pt TFL2在不同环境下表达水平进行分析发现,Pt TFL2在芽、针叶休眠时期大量积累,且随着休眠解除表达量水平持续降低;在不足以打破休眠的相对高温处理下,Pt TFL2的表达受到极显著的抑制;短日照下远红光处理可以高效诱导Pt TFL2的表达。【结论】由此可知,Pt TFL1在油松生殖发育进程中的特异性可能与花粉成熟过程相关,而Pt TFL2可能参与更多其他发育调控,但二者均不是维持细胞活性所必须的基因;秋季环境条件非常利于Pt TFL2在针叶、芽中大量表达,其表达模式与休眠过程高度相关,但Pt TFL2对温度响应过于敏感,其在针叶、雌雄球花中的表达模式很可能是对温度响应的结果,这表明Pt TFL2自身的表达可能并不足以维持休眠,也并不作为球花发育调控中的控制因子,而很可能只是作为一个温度、短日照远红光信号的感受与传递因子。本研究为深入理解FT/TFL1-like基因在油松生殖与休眠等重要发育过程中的功能,揭示不同环境因子对其表达的调控作用提供了重要依据。 展开更多

关键词 FT/TFL1-like基因 PtTFL2 表达模式 表达调控 油松

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烟草基因NtTTG1-like全长cDNA的克隆与序列分析 被引量：1

8

作者 王元琮 李宝燕 +1 位作者 王云鹏 董汉松 《江苏农业科学》 CSCD 北大核心 2010年第1期23-26,共4页

以烟草(Nicotiana tabacum)NC89品种为材料,使用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RACE)技术,成功克隆了烟草表皮毛相关基因NtTTG1-like(Nicotiana tabacum Transparent Testa Glabra 1-like),GenBank登录号:FJ795022... 以烟草(Nicotiana tabacum)NC89品种为材料,使用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合cDNA末端快速扩增(RACE)技术,成功克隆了烟草表皮毛相关基因NtTTG1-like(Nicotiana tabacum Transparent Testa Glabra 1-like),GenBank登录号:FJ795022,并对该基因进行了生物信息学分析。NtTTG1-like全长共1 379 bp,共含6个开放阅读框(ORF),其中最长的为1 029 bp,预测其编码的蛋白质序列存在4个WD40重复的结构域,表明NtTTG1-like有与其他蛋白质结合的能力。蛋白序列同源性比对结果显示,NtTTG1-like与其他的表皮毛相关蛋白以及矮牵牛(Petunia hybrida)中调控花冠色素合成的蛋白AN11有较高的同源性,由此推测NtTTG1-like与烟草表皮毛的生物学功能或花冠色素的合成有关。 展开更多

关键词 NtTTG1-like基因 烟草表皮毛 RACE

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拟南芥NDR1基因介导的广谱抗病性研究进展 被引量：1

9

作者 龚前园 张超 +1 位作者 李为民 张永强 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期29-33,共5页

抗病基因的研究是抗病育种及防治植物病害的基础。拟南芥NDR1(Non-race-specific disease resistance 1)基因,编码一个质膜定位蛋白,在R基因介导的抗性中具有重要作用。NDR1能与CC-NB-LRR(卷曲螺旋核酸结合或富亮氨酸重复)类抗病蛋白相... 抗病基因的研究是抗病育种及防治植物病害的基础。拟南芥NDR1(Non-race-specific disease resistance 1)基因,编码一个质膜定位蛋白,在R基因介导的抗性中具有重要作用。NDR1能与CC-NB-LRR(卷曲螺旋核酸结合或富亮氨酸重复)类抗病蛋白相互作用。以拟南芥抗病基因NDR1及其蛋白结构的研究进展为基础,综述了NDR1的广谱抗病性和抗病分子机理。 展开更多

关键词 抗病基因 ndr1 CC-NB/LRR

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绿豆Alfin1-like基因家族的鉴定与干旱胁迫下的表达分析 被引量：2

10

作者 周旭旭 刘金洋 +7 位作者 陈新 薛晨晨 陈景斌 林云 闫强 吴然然 朱月林 袁星星 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2022年第5期1179-1187,共9页

Alfin1-like(AL)转录因子家族在对非生物胁迫的反应中具有重要调控作用。为了探究绿豆[Vigna radiata(L.)Wilczek]AL基因家族成员在干旱胁迫下的表达情况,本研究在前期以苏绿1号为试验材料完成全基因组测序和盐胁迫下转录组测序的基础上... Alfin1-like(AL)转录因子家族在对非生物胁迫的反应中具有重要调控作用。为了探究绿豆[Vigna radiata(L.)Wilczek]AL基因家族成员在干旱胁迫下的表达情况,本研究在前期以苏绿1号为试验材料完成全基因组测序和盐胁迫下转录组测序的基础上,采用同源比对的方法鉴定绿豆AL转录因子(VrAL)家族基因,分析其生物学特性;用1/2浓度Hoagland营养液培养绿豆幼苗,对照组(CK)无聚乙二醇(PEG 6000)、处理组含有20%PEG 6000,采用qRT-PCR方法探索VrAL基因家族成员在干旱胁迫下基因表达的差异。结果表明:(1)共鉴定到10个VrAL基因,根据其在染色体上的位置依次命名为VrAL1~VrAL10,其编码区长度范围为717~765 bp。(2)10个VrAL基因均含有4个内含子和5个外显子,其中8个VrAL基因的启动子区域存在抗逆和植物激素响应元件。(3)qRT-PCR分析结果表明,处理组根中VrAL1、VrAL5、VrAL7和VrAL9上调表达,叶中VrAL8、VrAL9和VrAL10上调表达,它们在绿豆对干旱胁迫响应中发挥了重要的作用。 展开更多

关键词 绿豆 Alfin1-like基因家族 干旱胁迫

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G1-like与F/98-like进化谱系的P B2、M基因在H5N6亚型禽流感病毒重配中的竞争优势研究

11

作者 刘娇 郝小利 +7 位作者 李秀丽 刘东 石磊 陈凯彪 刘开拓 王晓泉 顾敏 刘秀梵 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1087-1093,共7页

为评价不同H9N2亚型病毒供体在H5N6亚型禽流感病毒(AIV)重配中的作用,本研究选取全套内部基因与S基因型H9N2 AIV高度同源的3株H5N6 AIV流行株MZ34、YB0597和JT131,利用反向遗传学技术在MZ34的8基因重组质粒基础上另外添加F/98-like来源... 为评价不同H9N2亚型病毒供体在H5N6亚型禽流感病毒(AIV)重配中的作用,本研究选取全套内部基因与S基因型H9N2 AIV高度同源的3株H5N6 AIV流行株MZ34、YB0597和JT131,利用反向遗传学技术在MZ34的8基因重组质粒基础上另外添加F/98-like来源的PB2和M质粒,即以MZ34(8)+F/98(PB2+M)的10质粒组合(Group 1)共转染细胞进行重组H5N6病毒的竞争性拯救;PCR扩增经3轮空斑纯化后PCR扩增拯救病毒的PB2和M基因并测序鉴定。同时,为排除来源于同一母本病毒的8质粒易于自我组合包装的可能干扰,又将MZ34的PB2和M质粒替换为YB0597或JT131来源的质粒,构成另外的2种10质粒组合Group 2:MZ34(6)+YB0597(PB2+M)+F/98(PB2+M)和Group 3:MZ34(6)+YB0597(PB2)+JT131(M)+F/98(PB2+M),经共染获得拯救病毒,对其PB2和M基因PCR扩增后测序鉴定。结果显示,从Group1、Group 2和Group 3中拯救获得的重组H5N6病毒中PB2基因的构成情况S∶H分别为41∶23、48∶15以及37∶19,M基因的构成情况S∶H分别为40∶24、31∶32以及25∶31,而PB2和M基因的组合情况SS∶SH∶HS∶HH分别为27∶14∶13∶10、26∶22∶5∶10以及17∶20∶8∶11。表明相较于H型的F/98-like PB2与M基因,S型的G1-like PB2基因在各10质粒转染组的拯救的H5N6病毒重配中具有更显著的竞争优势,而G1-like M基因仅在Group 1组拯救的重组病毒中表现出优势,但G1-like PB2与M基因间的竞争优势叠加效应不明显。本研究为解析S基因型H9N2 AIV作为H7N9、H10N8等新型重组流感病毒内部基因供体的相关机制提供重要参考。 展开更多

关键词 H5N6亚型禽流感 H9N2内部基因 竞争优势 G1-like PB2和M

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棉花GaLMI1-like基因功能及其启动子表达分析

12

作者 杨小贝 陈二永 李成伟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第3期27-36,共10页

LMI1基因是叶片锯齿状结构发育调控的关键基因。为了研究棉花鸡脚叶发育的机理,通过PCR扩增技术从A基因组棉花亚洲棉石溪亚1号中克隆出GaLMI1-like基因及其启动子序列,大小分别为681,1439 bp。结构域分析发现,GaLMI1-like蛋白含有与陆... LMI1基因是叶片锯齿状结构发育调控的关键基因。为了研究棉花鸡脚叶发育的机理,通过PCR扩增技术从A基因组棉花亚洲棉石溪亚1号中克隆出GaLMI1-like基因及其启动子序列,大小分别为681,1439 bp。结构域分析发现,GaLMI1-like蛋白含有与陆地棉中同源基因一样的homeobox结构域,进一步构建了GaLMI1-like基因过表达载体p6MYC-GaLMI1-like,转化拟南芥后验证了GaLMI1-like基因具有调控叶片缺刻表型发育的功能。对启动子序列进行顺式作用元件分析,发现其除了具有CACA-box和TATA-box等基本作用元件外,还具有光响应及根、茎和叶肉特异性表达相关元件。构建了GaLMI1-like启动子的GUS融合表达载体并转化拟南芥,GUS染色结果显示,该启动子能够驱动GUS基因在根中柱、茎和叶片中表达,其中在叶片中染色较深。上述结果表明,GaLMI1-like基因具有调控缺刻叶形成的功能,且此调控棉花叶形发育的功能是通过GaLMI1-like启动子调控其在叶片中强表达实现的。 展开更多

关键词 棉花 GaLMI1-like基因 叶形 启动子 顺式作用元件 转基因拟南芥 GUS染色分析

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芫荽NPR1-like家族全基因组鉴定及分析

13

作者 王葆生 庞杰 +3 位作者 廉勇 刘晓蕊 扈顺 刘湘萍 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第13期103-111,共9页

为研究芫荽NPR1-like基因家族的进化和功能,利用生物信息学手段,从芫荽全基因组中鉴定出7个NPR1-like基因,将其命名为CsNPR1~7,并对其理化性质、系统发生关系、保守结构域、基因结构、启动子区顺式作用元件和表达模式进行预测和分析。... 为研究芫荽NPR1-like基因家族的进化和功能,利用生物信息学手段,从芫荽全基因组中鉴定出7个NPR1-like基因,将其命名为CsNPR1~7,并对其理化性质、系统发生关系、保守结构域、基因结构、启动子区顺式作用元件和表达模式进行预测和分析。结果表明,芫荽7个NPR1-like基因家族成员在进化上分为CladeⅠ、CladeⅡ和CladeⅢ共3个分支,序列中有典型的BTB/POZ和锚蛋白重复结构域,含有1~3个内含子。芫荽NPRs不仅在蛋白序列中涉及构象变化、核定位及水杨酸(SA)结合等核心功能位点与拟南芥高度保守,而且在基因结构上也与拟南芥NPRs相似,暗示着二者可能具有类似的功能。CsNPRs基因启动子区域含有与激素响应、逆境胁迫和植物生长发育相关的顺式作用元件。基因表达分析结果显示,CsNPRs的表达部位和时期各不相同,暗示着芫荽NPR1-like基因家族成员可能在调控芫荽不同组织和不同时期生长发育过程中发挥不同作用。 展开更多

关键词 芫荽 NPR1-like 基因家族 生物信息学

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一个棉花微管结合蛋白基因GhSP1L5的克隆及表达分析 被引量：1

14

作者 李榕 寇伟 +3 位作者 谭兰 贺怡 梁卓 李鸿彬 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期82-87,共6页

利用RT-PCR技术从处于快速伸长发育时期的棉花纤维组织中克隆得到Spiral1-Like(SP1L5)基因(GhSP1L5),其开放读码框为315 bp,编码105个氨基酸的蛋白质,生物信息学分析表明,GhSP1L5蛋白N端和C端较为保守,并含有SCOP结构域,是典型的微管结... 利用RT-PCR技术从处于快速伸长发育时期的棉花纤维组织中克隆得到Spiral1-Like(SP1L5)基因(GhSP1L5),其开放读码框为315 bp,编码105个氨基酸的蛋白质,生物信息学分析表明,GhSP1L5蛋白N端和C端较为保守,并含有SCOP结构域,是典型的微管结合蛋白。进化树分析表明该基因与SP1L5家族基因的亲缘关系较近。构建原核表达载体pET28a-GhSP1L5,转化大肠杆菌BL21(DE3)并进行体外诱导表达,通过SDS-PAGE检测目的蛋白的表达,获得分子质量约为12 kD的重组蛋白。QRTPCR结果分析表明GhSP1L5基因在开花后15和20 dpa的纤维组织中表达量较高,在棉纤维发育的其他时期及根、茎、叶组织中表达量较低。 展开更多

关键词 棉花纤维 Spiral1-like5基因 微管结合蛋白 表达

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棉花GhSP1L基因克隆与表达分析

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作者 李榕 寇伟 +2 位作者 梁卓 谢全亮 李鸿彬 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1569-1575,共7页

【目的】棉花Spiral1-LIKE(SP1L)基因(Gh SP1L)的克隆、功能序列分析及原核表达。【方法】通过RT-PCR从棉纤维中克隆Gh SP1L基因,进行Gh SP1L蛋白的功能结构域分析,构建原核表达载体p ET28a-GhSP1L,进行蛋白体外诱导表达,SDS-PAGE分析... 【目的】棉花Spiral1-LIKE(SP1L)基因(Gh SP1L)的克隆、功能序列分析及原核表达。【方法】通过RT-PCR从棉纤维中克隆Gh SP1L基因,进行Gh SP1L蛋白的功能结构域分析,构建原核表达载体p ET28a-GhSP1L,进行蛋白体外诱导表达,SDS-PAGE分析蛋白的表达情况;RT-PCR检测Gh SP1L基因的表达特征。【结果】从陆地棉纤维组织中克隆得到Gh SP1L基因的全长c DNA,其开放读码框为318 bp,编码106个氨基酸的蛋白质,理论分子质量为11.76 k Da。对氨基酸序列进行生物信息学分析,其N端和C端较为保守,含有SCOP结构域,属于SP1L家族蛋白,能够在其他微管蛋白协助下与微管结合,SPR1的定位可能与其结合的微管结合蛋白相关。构建了p ET28a-Gh SP1L原核表达载体,并通过体外诱导表达后获得分子质量约为12 k Da左右的重组蛋白Gh SP1L;半定量RT-PCR结果表明,Gh SP1L基因开花后3 d的纤维组织中表达量较高。【结论】Gh SP1L基因的克隆、序列分析和表达,重组蛋白的诱导表达,为深入研究该基因在棉纤维发育中的作用奠定了基础。 展开更多

关键词 棉花纤维 Spiral1-like基因 微管结合蛋白 表达

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黄曲霉ste20-like基因功能鉴定及与ste20基因功能的比较 被引量：3

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作者 马龙雪 李旭 邢福国 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2660-2671,共12页

为了鉴定ste20-like基因在黄曲霉生长、分生孢子形成、菌核形成中的作用以及其侵染性,并比较其与ste20基因功能的差异,以A.flavus NRRL3357为研究对象,对两个基因进行相似度比对和生物信息学分析,根据同源重组策略获得单基因缺失菌株Δs... 为了鉴定ste20-like基因在黄曲霉生长、分生孢子形成、菌核形成中的作用以及其侵染性,并比较其与ste20基因功能的差异,以A.flavus NRRL3357为研究对象,对两个基因进行相似度比对和生物信息学分析,根据同源重组策略获得单基因缺失菌株Δste20、Δste20-like和双基因缺失菌株Δdouble(Δste20-like&ste20),并分析基因敲除对菌株生长、分生孢子形成、菌核形成、黄曲霉毒素B1(AFB1)生物合成和侵染功能的影响。应用pyrG的双向遗传筛选成功获得Δste20、Δste20-like和Δdouble;与野生型相比,单基因缺失和双基因缺失突变株的生长速率、分生孢子量、菌核数量以及侵染能力都显著降低,在毒素合成方面,Δste20、Δste20-like和Δdouble菌株分别降低约76%、93%和72%;突变株之间比较发现,ste20-like缺失对生长速率的影响大于ste20基因;突变株之间的分生孢子产生量无显著差异;Δste20无菌核产生而Δste20-like还有少量菌核产生;Δste20-like菌株产生的毒素显著低于Δste20和Δdouble菌株。ste20-like基因正调控黄曲霉生长、分生孢子生成、菌核形成、AFB1生物合成,并影响黄曲霉分生孢子对粮油种子的侵染能力。与ste20基因功能相比,ste20-like基因在调控黄曲霉生长、毒素合成方面对菌株的影响方面较显著,而在菌核形成方面ste20的基因调控作用更显著。 展开更多

关键词 黄曲霉 黄曲霉毒素B1(AFB1) ste20-like ste20 基因功能

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花生中UDP-葡萄糖基转移酶基因的克隆及在非生物胁迫下的表达研究 被引量：19

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作者 陈娜 胡东青 +6 位作者 潘丽娟 迟晓元 陈明娜 王通 王冕 杨珍 禹山林 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期308-315,共8页

通过RACE技术从花生叶片cDNA中克隆到了UDP-葡萄糖基转移酶的基因,命名为AhUGT83A1-like(GenBank注册号为KF411463)。该基因全长为1 530bp,ORF为1 380bp,编码460个氨基酸。序列比对与进化分析结果表明,该序列有保守的UDPGT结构域,并且... 通过RACE技术从花生叶片cDNA中克隆到了UDP-葡萄糖基转移酶的基因,命名为AhUGT83A1-like(GenBank注册号为KF411463)。该基因全长为1 530bp,ORF为1 380bp,编码460个氨基酸。序列比对与进化分析结果表明,该序列有保守的UDPGT结构域,并且与其它植物的UGT蛋白同源性较高。荧光定量PCR结果表明,AhUGT83A1-like基因在高盐和低温处理的花生根和叶片中均上调表达;在干旱处理时,根中表达也受到显著上调,但叶片中表达量则有明显下降。以上结果表明AhUGT83A1-like可能参与了花生对干旱、低温和高盐的抗性调控。ABA处理结果表明,AhUGT83A1-like在花生根中对ABA响应明显,但在叶片中对ABA没有明显响应,表明该基因在花生根中对非生物胁迫的调控可能是以依赖ABA的方式发挥作用的。 展开更多

关键词 花生 AhUGT83A1-like 基因克隆 非生物胁迫 荧光定量PCR

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棉花NHL基因家族鉴定及黄萎病菌胁迫下的表达分析

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作者 刘丽霞 刘正文 +12 位作者 王国宁 张艳 张松雨 柯会锋 李志坤 吴金华 杨君 阎媛媛 孙正文 吴立强 张桂寅 马峙英 王省芬 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1154-1169,共16页

已有研究证明拟南芥NHL(NDR1/HIN1-like)基因在抗病中发挥作用。本研究从海岛棉和陆地棉中分别鉴定出100个和118个NHL基因,并对其进行了生物信息学分析。海岛棉和陆地棉NHL基因家族成员几乎遍布各条染色体,并可分为3个亚组,都含有3个与... 已有研究证明拟南芥NHL(NDR1/HIN1-like)基因在抗病中发挥作用。本研究从海岛棉和陆地棉中分别鉴定出100个和118个NHL基因,并对其进行了生物信息学分析。海岛棉和陆地棉NHL基因家族成员几乎遍布各条染色体,并可分为3个亚组,都含有3个与拟南芥保守基序相似的保守结构域。利用接菌后抗病陆地棉品种的转录组数据,分析NHL基因家族各成员表达变化,发现在黄萎病菌胁迫下,有57个陆地棉NHL基因在根和茎中的表达都发生了明显的变化,其表达模式可分为3种类型:接菌前高,接菌后表达下降;接菌前较高,接菌后表达先降后升;接菌前低,接菌后表达升高。第一类基因的表达在接菌后一直受到抑制,推测其在棉花抗黄萎病反应中受到负调控;后两类基因受黄萎病菌诱导表达升高,推测其在棉花抗病中受到正调控。本研究结果为分析成员较多的NHL基因家族在棉花抗黄萎病中的作用提供了理论依据。 展开更多

关键词 海岛棉 陆地棉 ndr1/nin1-like基因 黄萎病 抗病

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薯蓣茎生珠芽发生相关的转录组和PEBP家族基因表达特性分析 被引量：1

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作者 孙玲 王月 +3 位作者 陈闽 孙小芹 杭悦宇 张艳梅 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期8-19,共12页

以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的... 以薯蓣(Dioscorea polystachya Turcz.)的具茎生珠芽品种‘铁棍山药’(‘Tiegun’)和无茎生珠芽品种‘花籽山药’(‘Huazi’)为研究对象,采集‘铁棍山药’具茎生珠芽、茎基部无茎生珠芽和茎上部无茎生珠芽的叶腋部位以及‘花籽山药’的叶腋部位4组样品进行转录组测序,并以‘铁棍山药’不同发育期茎生珠芽的叶腋部位为样品进行qRT-PCR分析,以期明确与薯蓣茎生珠芽发生相关的调控基因。结果显示:从2个品种不同部位的4组样品中共获得77981个All-unigenes,长度主要集中于300~3000 bp,占总量的99.44%;All-unigenes的平均长度为1050 bp,N50值为1764 bp,GC含量为42.66%;转录组unigenes与油棕(Elaeis guineensis Jacq.)和海枣(Phoenix dactylifera Linn.)的同源性较高。对具茎生珠芽叶腋样品与3组无茎生珠芽叶腋样品的差异unigenes进行功能注释和表达量比较。结果显示:经过GO注释分析,3组转录组分别有6098、8840和9141个差异unigenes注释在细胞组分、分子功能和生物过程3大类43个亚类中,其中,注释在代谢过程亚类的差异unigenes数分别占对应注释unigenes总数的10.6%、10.5%和10.7%;3组转录组分别有11182、13552和15918个差异unigenes注释在KEGG代谢通路,且主要集中在代谢和遗传信息处理;表达量均上调的unigenes有3531个,表达量均下调的unigenes有1084个;在具茎生珠芽叶腋部位中特异性表达的unigenes有235个,而在无茎生珠芽叶腋部位中均特异性表达的unigene仅1个。从转录组中共鉴定出11个PEBP家族成员,且在系统演化树上这些PEBP家族基因主要分布在TFL 1-like和FT-like分支上,其中位于TFL 1-like分支的Unigene40804_All与拟南芥〔Arabidopsis thaliana(Linn.)Heynh.〕中已知功能的TFL 1基因高度同源,被命名为DpTFL 1,且DpTFL 1基因仅在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位表达。qRT-PCR分析结果显示:随‘铁棍山药’茎生珠芽发育,DpTFL 1基因的表达量逐渐升高,在发育成熟期达到最高。综合分析结果表明:与淀粉合成相关的SUS等基因以及与激素和糖代谢相关的基因可能参与‘铁棍山药’茎生珠芽发育的调控;DpTFL 1基因在‘铁棍山药’具茎生珠芽的叶腋部位特异性表达,其可能与薯蓣茎生珠芽发生有关。 展开更多

关键词 薯蓣 茎生珠芽 转录组 PEBP家族基因 TFL 1-like 相对表达量

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番茄抗叶霉病相关基因片段克隆及VIGS重组载体的构建与鉴定

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作者 何姗姗 赵婷婷 +2 位作者 姜景彬 李景富 许向阳 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第1期29-32,共4页

以含有Cf-19基因的番茄抗叶霉病品种CGN18423为材料,运用RT-PCR技术克隆番茄抗叶霉病相关基因细胞色素P450 90A1-like(CYP 90A1-like)部分序列,片段长295 bp;以番茄八氢番茄红素脱氢酶(phytoene desaturase,PDS)基因作为阳性对照,片段长... 以含有Cf-19基因的番茄抗叶霉病品种CGN18423为材料,运用RT-PCR技术克隆番茄抗叶霉病相关基因细胞色素P450 90A1-like(CYP 90A1-like)部分序列,片段长295 bp;以番茄八氢番茄红素脱氢酶(phytoene desaturase,PDS)基因作为阳性对照,片段长349 bp。测序结果表明,序列与番茄同源性达100%;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示,在番茄感染叶霉病后,随时间延长CYP 90A1-like基因相对表达量呈上调趋势,说明该基因在番茄抗叶霉病过程中有重要作用;以烟草脆裂病毒(TRV2)为载体,成功构建CYP 90A1-like、PDS基因的病毒诱导基因沉默(virus induced gene silencing,VIGS)重组载体。构建的p TRV2-CYP 90A1-like、p TRV2-PDS重组载体将为下一步利用VIGS技术在番茄上研究CYP 90A1-like基因与番茄抗叶霉病的关系奠定试验基础。 展开更多

关键词 番茄 细胞色素P450 90A1-like基因 八氢番茄红素脱氢酶(PDS) 病毒诱导的基因沉默(VIGS)

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