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亚麻NBS类抗病基因家族全基因组分析
被引量:
7
1
作者
谢冬微
路颖
+3 位作者
赵德宝
杨学
粟建光
孙健
《中国麻业科学》
2015年第3期113-119,125,共8页
亚麻基因组测序完成为全基因组水平分析抗病基因提供了前提条件,而NBS类抗病基因是植物中最大的抗病基因家族之一。本研究利用生物信息学方法对亚麻全基因组中NBS类抗病基因进行了鉴定,对NBS类抗病蛋白的理化性质、基因结构、保守基...
亚麻基因组测序完成为全基因组水平分析抗病基因提供了前提条件,而NBS类抗病基因是植物中最大的抗病基因家族之一。本研究利用生物信息学方法对亚麻全基因组中NBS类抗病基因进行了鉴定,对NBS类抗病蛋白的理化性质、基因结构、保守基序及其系统发生荚系进行了分析。结果表明:在亚麻全基因组中共找到137个NBS类抗病基因,其中分子量大于100kDa序列比例在50%以上,等电点值在5~8的范围内比例为70.07%。系统进化树将NBS类基因分成7个亚组,且同一亚组内基因的结构和保守基序保持着较高的一致性。本研究的结果将为亚麻NBS类抗病基因家族的基因定位以及相关抗病基因克隆等深入研究提供参考。
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关键词
亚麻
nbs类抗病基因
全
基因
组
生物信息学
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职称材料
植物NBS类抗病基因的进化
被引量:
6
2
作者
罗莎
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期1219-1225,共7页
NBS(Nucleotide-binding site)类抗病基因是植物中最重要的一类抗病基因,其进化模式、结构特点和功能调控一直是抗病基因研究领域的热点。这类基因具有保守的结构域,广泛存在于植物基因组中,在不同植物基因组中数目差异较大且具有较低...
NBS(Nucleotide-binding site)类抗病基因是植物中最重要的一类抗病基因,其进化模式、结构特点和功能调控一直是抗病基因研究领域的热点。这类基因具有保守的结构域,广泛存在于植物基因组中,在不同植物基因组中数目差异较大且具有较低的表达量。此外,同源NBS类抗病基因之间通过频繁的序列交换产生广泛的序列多样性,且抗病基因位点具有较差的线性。依据基因之间序列交换的频率,抗病基因可分为TypeⅠ和TypeⅡ两类。文章从抗病基因的结构、数量、分布、序列多样性、进化模式以及表达调控等方面进行了综述,旨在为后续NBS类抗病基因的相关研究提供参考。
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关键词
nbs类抗病基因
进化模式
序列多样性
线性关系
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职称材料
樟树NBS-LRR类抗病基因家族分析与CcRNL基因克隆
被引量:
7
3
作者
郑永杰
伍艳芳
+2 位作者
李江
章挺
汪信东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期142-149,共8页
樟树(Cinnamomum camphora L.Presl.)是自然界中较少受病原体侵害的优良抗性种质资源。利用生物信息的方法对樟树叶组织转录组数据中NBS类抗病基因进行了鉴定,对其编码的假定蛋白的理化性质、保守基序及系统发生关系等进行分析。结果表...
樟树(Cinnamomum camphora L.Presl.)是自然界中较少受病原体侵害的优良抗性种质资源。利用生物信息的方法对樟树叶组织转录组数据中NBS类抗病基因进行了鉴定,对其编码的假定蛋白的理化性质、保守基序及系统发生关系等进行分析。结果表明,在樟树叶组织转录组中共找到28个具有完整编码框的NBS类抗病基因,大小在2 118-3 378 bp之间,编码蛋白等电点在5.35-9.03之间;在NBS区域内鉴定获得8个保守motifs,系统发育树将28个成员分为5个亚组。通过PCR法克隆获得2个RNL类抗病基因全长,分别命名为CcRNL1和CcRNL2,在氨基酸序列水平二者相似性为71%,在多肽N端都具有RPW8-like保守序列,暗示它们可能具有拟南芥RPW8基因所具有的广谱抗白粉病功能。采集感白粉病和正常樟树幼叶进行表达分析,结果显示CcRNL1可被樟树白粉病菌诱导表达,推测其可能参与了响应白粉病菌胁迫反应过程。
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关键词
樟树
nbs类抗病基因
樟树白粉病
诱导表达
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职称材料
题名
亚麻NBS类抗病基因家族全基因组分析
被引量:
7
1
作者
谢冬微
路颖
赵德宝
杨学
粟建光
孙健
机构
黑龙江省农业科学院经济作物研究所
中国农业科学院麻类研究所
东北农业大学农学院
出处
《中国麻业科学》
2015年第3期113-119,125,共8页
基金
黑龙江省农业科技创新工程项目(QN012)
国家科技支撑计划"经济作物种质资源发掘与创新利用"
+2 种基金
2013BAD01B03
黑龙江省自然科学基金面上项目(C2015031)
国家自然基因面上项目(31471546)
文摘
亚麻基因组测序完成为全基因组水平分析抗病基因提供了前提条件,而NBS类抗病基因是植物中最大的抗病基因家族之一。本研究利用生物信息学方法对亚麻全基因组中NBS类抗病基因进行了鉴定,对NBS类抗病蛋白的理化性质、基因结构、保守基序及其系统发生荚系进行了分析。结果表明:在亚麻全基因组中共找到137个NBS类抗病基因,其中分子量大于100kDa序列比例在50%以上,等电点值在5~8的范围内比例为70.07%。系统进化树将NBS类基因分成7个亚组,且同一亚组内基因的结构和保守基序保持着较高的一致性。本研究的结果将为亚麻NBS类抗病基因家族的基因定位以及相关抗病基因克隆等深入研究提供参考。
关键词
亚麻
nbs类抗病基因
全
基因
组
生物信息学
Keywords
flax
nbs
type disease - resistant gene
Genome - wide
Bioinformatics
分类号
S563.2 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
植物NBS类抗病基因的进化
被引量:
6
2
作者
罗莎
机构
江西农业大学农学院园艺系
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期1219-1225,共7页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31360050)资助
文摘
NBS(Nucleotide-binding site)类抗病基因是植物中最重要的一类抗病基因,其进化模式、结构特点和功能调控一直是抗病基因研究领域的热点。这类基因具有保守的结构域,广泛存在于植物基因组中,在不同植物基因组中数目差异较大且具有较低的表达量。此外,同源NBS类抗病基因之间通过频繁的序列交换产生广泛的序列多样性,且抗病基因位点具有较差的线性。依据基因之间序列交换的频率,抗病基因可分为TypeⅠ和TypeⅡ两类。文章从抗病基因的结构、数量、分布、序列多样性、进化模式以及表达调控等方面进行了综述,旨在为后续NBS类抗病基因的相关研究提供参考。
关键词
nbs类抗病基因
进化模式
序列多样性
线性关系
Keywords
nbs
encoding gene
evolutionary pattern
sequence diversity
synteny
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
樟树NBS-LRR类抗病基因家族分析与CcRNL基因克隆
被引量:
7
3
作者
郑永杰
伍艳芳
李江
章挺
汪信东
机构
江西省林业科学院国家林业局樟树工程技术研究中心
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期142-149,共8页
基金
江西省科技计划项目(20143ACF60014)
江西省林业科学院博士启动项目
文摘
樟树(Cinnamomum camphora L.Presl.)是自然界中较少受病原体侵害的优良抗性种质资源。利用生物信息的方法对樟树叶组织转录组数据中NBS类抗病基因进行了鉴定,对其编码的假定蛋白的理化性质、保守基序及系统发生关系等进行分析。结果表明,在樟树叶组织转录组中共找到28个具有完整编码框的NBS类抗病基因,大小在2 118-3 378 bp之间,编码蛋白等电点在5.35-9.03之间;在NBS区域内鉴定获得8个保守motifs,系统发育树将28个成员分为5个亚组。通过PCR法克隆获得2个RNL类抗病基因全长,分别命名为CcRNL1和CcRNL2,在氨基酸序列水平二者相似性为71%,在多肽N端都具有RPW8-like保守序列,暗示它们可能具有拟南芥RPW8基因所具有的广谱抗白粉病功能。采集感白粉病和正常樟树幼叶进行表达分析,结果显示CcRNL1可被樟树白粉病菌诱导表达,推测其可能参与了响应白粉病菌胁迫反应过程。
关键词
樟树
nbs类抗病基因
樟树白粉病
诱导表达
Keywords
Cinnamomum camphora
nbs
-like disease-resistant gene
powdery mildew
expression analysis
分类号
S763.7 [农业科学—森林保护学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
亚麻NBS类抗病基因家族全基因组分析
谢冬微
路颖
赵德宝
杨学
粟建光
孙健
《中国麻业科学》
2015
7
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
植物NBS类抗病基因的进化
罗莎
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
樟树NBS-LRR类抗病基因家族分析与CcRNL基因克隆
郑永杰
伍艳芳
李江
章挺
汪信东
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
7
在线阅读
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职称材料
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