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MutMap技术在水稻耐盐育种领域的研究进展
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作者 池颖欣 《南方农业》 2025年第15期140-144,共5页
水稻作为全球1/2以上人口的主食,其重要性不言而喻。水稻是易受盐胁迫的作物,盐胁迫会显著抑制水稻生长并降低产量,而水稻通过离子平衡调节等机制应对盐胁迫。MutMap是一种用于定位和识别与特定性状相关的基因突变的技术,广泛应用于植... 水稻作为全球1/2以上人口的主食,其重要性不言而喻。水稻是易受盐胁迫的作物,盐胁迫会显著抑制水稻生长并降低产量,而水稻通过离子平衡调节等机制应对盐胁迫。MutMap是一种用于定位和识别与特定性状相关的基因突变的技术,广泛应用于植物遗传学和育种研究。利用MutMap技术定位耐盐突变基因,可为水稻遗传改良提供参考。通过文献综述,分析盐胁迫对水稻的负面影响,介绍MutMap技术的原理,并总结其在水稻耐盐育种中的应用,以期为水稻耐盐遗传改良提供理论支持和技术参考。 展开更多
关键词 水稻 mutmap技术 耐盐育种
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基于全基因组测序的MutMap方法在正向遗传学研究中的应用 被引量:5
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作者 袁金红 李俊华 +4 位作者 袁娇娇 贾克利 李书粉 邓传良 高武军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1168-1177,共10页
在传统的正向遗传学分析过程中,基因定位需要构建复杂的后代群体,并借助大量分子标记进行遗传连锁分析和区间定位,使得这一过程成本高且耗时长。MutMap是近年来发展的基于高通量第二代测序技术的一种新的正向遗传学分析方法。该方法的... 在传统的正向遗传学分析过程中,基因定位需要构建复杂的后代群体,并借助大量分子标记进行遗传连锁分析和区间定位,使得这一过程成本高且耗时长。MutMap是近年来发展的基于高通量第二代测序技术的一种新的正向遗传学分析方法。该方法的优点是遗传定位的周期短且效率高。在此基础上扩展的新方法也不断出现,如基于自交的MutMap+、用于识别基因组缺失区间变异的MutMap-Gap、以及用于定位数量性状基因座的分析思路与MutMap类似的QTL-seq方法等。这些方法不需要建立繁琐的定位群体,甚至不依赖于遗传杂交和任何连锁信息即可进行,加快了对感兴趣表型的变异位点所在基因组区域的识别过程。本文对MutMap及其扩展方法进行了介绍,并对它们未来的应用和发展前景进行了讨论,以期为基于第二代测序技术的正向遗传学基因定位和作物遗传改良研究提供参考。 展开更多
关键词 mutmap 突变体 数量性状位点 全基因组重测序
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利用改进的MutMap方法克隆水稻雄性不育基因 被引量:15
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作者 陈竹锋 严维 +6 位作者 王娜 张文辉 谢刚 卢嘉威 简智华 刘东风 唐晓艳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期85-93,共9页
通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该... 通过对籼稻黄华占EMS(甲磺酸乙酯)诱变,筛选得到一隐性核不育的水稻雄性不育突变体osms55,遗传分析表明该突变体为单基因控制的隐性核不育,采用高通量的Illumina Infinium iSelect SNP(50 K)芯片检测技术鉴定该突变体的遗传背景,确认该突变体的遗传背景与黄华占一致。文章利用改进的MutMap方法成功克隆该雄性不育基因,突变位点与突变表型的共分离分析表明LOC_Os02g40450(MER3)是控制osms55突变体雄性不育的基因,该基因的剪切识别位点发生变异后导致剪切异常,造成第5外显子缺失15个碱基,从而产生雄性不育。改进的MutMap方法无需精确组装的野生型基因组序列作对照,而是通过将定位群体中有突变表型植株的DNA pool和野生型植株DNA的重测序结果分别与日本晴参考基因组进行比对,然后再比较突变体和野生型的差异SNP来确定候选基因,该方法大大降低了野生型基因组测序和组装成本,进一步扩大了MutMap方法的应用范围。 展开更多
关键词 水稻(Oryza SATIVA L ) 突变体 雄性不育 mutmap 剪切识别位点
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水稻窄长粒突变体nlg1的筛选及候选基因鉴定
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作者 郭念 王辰杰 +7 位作者 李钊 韩囡囡 周晨 王凯迎 黄科 潘咏清 李英洁 李云海 《遗传》 北大核心 2025年第6期672-680,共9页
籽粒大小是水稻产量的关键决定因素之一,挖掘调控水稻籽粒大小的基因并解析其分子机制,对水稻精准育种具有重要意义。本研究通过EMS诱变粳稻品种ZH11,获得一个籽粒变窄变长的突变体nlg1(narrow and long grain 1)。扫描电镜观察发现nlg... 籽粒大小是水稻产量的关键决定因素之一,挖掘调控水稻籽粒大小的基因并解析其分子机制,对水稻精准育种具有重要意义。本研究通过EMS诱变粳稻品种ZH11,获得一个籽粒变窄变长的突变体nlg1(narrow and long grain 1)。扫描电镜观察发现nlg1成熟颖壳外表皮纵向细胞数目增加,横向细胞数目减少且细胞宽度变窄,表明NLG1基因可能通过调控颖壳细胞的增殖和扩展影响籽粒大小。结合基因组重测序和MutMap分析,将候选基因定位为LOC_Os09g27590(即已报道的GS9),该基因编码一个结构域功能未知的蛋白。在nlg1突变体中,GS9基因第一个外显子插入一个碱基C,导致移码突变和蛋白翻译提前终止。遗传互补实验证实NLG1基因能够恢复nlg1突变体的表型。因此,本研究鉴定了一个新的GS9等位突变,为深入解析GS9调控籽粒大小的分子机制提供了新线索,同时为水稻分子设计育种提供了重要的基因资源和理论依据。 展开更多
关键词 水稻 籽粒大小 mutmap GS9
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谷子条纹叶突变体wsl2的鉴定及候选基因分析 被引量:9
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作者 王秋兰 王智兰 +8 位作者 韩芳 杜晓芬 连世超 韩康妮 周雪 李慧娟 张林义 王军 郭二虎 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2020年第1期214-221,共8页
谷子叶色突变体是探究叶绿体发育机制和C4光能利用率的理想材料之一。为了研究谷子叶色突变的分子机制,从谷子主推品种长农35号的甲基磺酸乙酯(EMS)诱变库中筛选鉴定到一个苗期条纹叶突变体wsl2,通过表型鉴定、遗传背景检测和遗传分析,... 谷子叶色突变体是探究叶绿体发育机制和C4光能利用率的理想材料之一。为了研究谷子叶色突变的分子机制,从谷子主推品种长农35号的甲基磺酸乙酯(EMS)诱变库中筛选鉴定到一个苗期条纹叶突变体wsl2,通过表型鉴定、遗传背景检测和遗传分析,同时利用MutMap方法快速精细定位突变基因,并根据突变位点开发共分离分子标记等方面对该突变体进行研究。结果表明,wsl2在苗期表现为条纹叶表型,但从拔节期开始恢复为正常叶片表型;wsl2与野生型遗传背景相同且wsl2受一个隐性核基因控制;MutMap精细定位的关联区间内包含9个非同义突变基因,其中,Seita.9G561800是一个编码与叶绿体相关的PsbP蛋白基因,含有6个外显子和5个内含子,在第1外显子77 bp处发生G/T碱基突变,导致一个精氨酸(R)突变成亮氨酸(L)。根据突变碱基设计了dCAPS标记MRI498-1(Cac8Ⅰ)和共分离标记MRI501-3,进一步验证了wsl2突变体的候选基因突变位点。研究鉴定了一个新的条纹叶突变体wsl2,对PsbP基因光合作用反应机制的进一步研究奠定了理论基础,丰富了谷子叶色突变体资源,同时验证了MutMap方法克隆谷子突变基因的有效性。 展开更多
关键词 谷子 条纹叶突变体wsl2 mutmap 候选基因分析
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水稻两系窄叶突变体Fz1S的表型分析与基因定位 被引量:2
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作者 冯慧 吴孝波 +3 位作者 黄强 肖梅 刘育生 杨成明 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2702-2706,共5页
【目的】通过对水稻窄叶性状的研究,使水稻株型更加接近理想株型获得更高产量。【方法】本研究通过电子束辐照诱变深08S,获得了水稻窄叶突变体,经多代自交,其窄叶性状能够稳定遗传,命名为辐窄1S(Fz1S),对其进行了表型鉴定、细胞学观察... 【目的】通过对水稻窄叶性状的研究,使水稻株型更加接近理想株型获得更高产量。【方法】本研究通过电子束辐照诱变深08S,获得了水稻窄叶突变体,经多代自交,其窄叶性状能够稳定遗传,命名为辐窄1S(Fz1S),对其进行了表型鉴定、细胞学观察、遗传分析和基因定位。【结果】与野生型深08S相比,该突变体剑叶、倒2叶叶片变窄、变短,植株变矮,穗子变短,千粒重降低,粒长、粒宽无显著变化。细胞学观察表明:叶片变窄主要是由于大、小维管束数量变少引起的。遗传分析表明:突变体辐窄1S(Fz1S)的突变性状受1对隐性基因控制。利用Mutmap测序定位突变基因,结果表明突变基因可能位于8号染色体,大致在4.9~5.3 Mb的区域。【结论】本研究结果为窄叶基因的克隆和功能分析奠定了良好基础,也为水稻株型改良提供了基因资源和育种材料。 展开更多
关键词 水稻 窄叶突变体 mutmap 离子束辐照诱变
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黄瓜叶色黄化突变基因yl-2的鉴定 被引量:6
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作者 李洋洋 薛冰 +7 位作者 周倩 王博文 陈宸 陈惠明 杨学勇 张忠华 李征 王深浩 《中国蔬菜》 北大核心 2020年第7期30-37,共8页
叶绿素的含量与叶片光合作用效率以及作物产量潜力密切相关,是作物的一个重要生理指标。通过对黄瓜株系HN3种子进行甲磺酸乙酯(EMS)诱变,筛选得到叶色黄化的突变体yl-2。以该叶色黄化突变体yl-2和野生型黄瓜HN3为亲本,构建了BC1F2分离群... 叶绿素的含量与叶片光合作用效率以及作物产量潜力密切相关,是作物的一个重要生理指标。通过对黄瓜株系HN3种子进行甲磺酸乙酯(EMS)诱变,筛选得到叶色黄化的突变体yl-2。以该叶色黄化突变体yl-2和野生型黄瓜HN3为亲本,构建了BC1F2分离群体,遗传分析表明该突变体为隐性单基因控制。通过DNA混池测序,运用MutMap的方法寻找突变基因,得到4个符合要求的SNP位点,这4个SNP位点分布在黄瓜6号染色体上13~19 Mb的物理区间内。在这4个SNP中,仅有1个SNP即SNP17451330位于基因(Csa6G385090)上,且为异义突变,其余3个SNP均位于基因间。生物信息分析发现基因Csa6G385090编码叶绿素a加氧酶CAO,SNP17451330导致的氨基酸突变位于CAO蛋白的保守结构域。根据异义突变SNP17451330设计的dCAPS标记与群体植株的叶色表型共分离,预示着基因Csa6G385090很可能是叶色黄化突变体yl-2的候选基因。 展开更多
关键词 黄瓜 叶色黄化突变体 mutmap
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水稻斑点叶突变体spl101和spl102的筛选及候选基因鉴定 被引量:2
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作者 韩晓斌 徐冉 +3 位作者 段朋根 于海跃 罗越华 李云海 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期346-353,共8页
斑点叶突变体是指植物在正常生长条件下叶片或叶鞘上自发形成、且与病原菌侵染产生的病斑类似的一类突变体,筛选并研究斑点叶突变体对揭示植物抗病反应机理具有重要意义。为了进一步研究斑点叶的形成机制,本文通过EMS诱变品种宽叶粳(KY... 斑点叶突变体是指植物在正常生长条件下叶片或叶鞘上自发形成、且与病原菌侵染产生的病斑类似的一类突变体,筛选并研究斑点叶突变体对揭示植物抗病反应机理具有重要意义。为了进一步研究斑点叶的形成机制,本文通过EMS诱变品种宽叶粳(KYJ),筛选得到两个斑点叶突变体spl101和spl102。这两个突变体在生长发育晚期(抽穗期以后)形成严重的类病斑。遗传分析表明,spl101和spl102均受隐性单基因控制。利用Mutmap方法对候选基因进行克隆,结果显示,spl101和spl102的候选基因均为OsEDR1,该基因与类病斑发生有关。在spl101中,OsEDR1基因突变发生在第6外显子和第6内含子的交接处,该突变导致第6内含子的错误识别,最终造成移码突变。在spl102中,OsEDR1基因突变发生在第10外显子上,导致一个苯丙氨酸(F)变成半胖氨酸(C)。因此,本研究鉴定了两个新的OsEDR1等位突变,对OsEDR1抗病反应机理的进一步研究及丰富水稻种质资源具有积极意义。同时验证了利用Mutmap方法克隆水稻突变基因的有效性。 展开更多
关键词 水稻斑点叶突变体 mutmap OsEDR1
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淮稻5号化学诱变突变体库的构建与基因快速定位 被引量:4
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作者 王迪 牛梅 +4 位作者 王健 程保山 李刚 徐卫军 袁彩勇 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第4期26-31,共6页
淮稻5号是江苏地区粳稻主栽品种之一,该品种具有灌浆速度快、出糙率高、千粒质量高、抗倒能力强、耐低温等特点。但由于缺少适宜的研究材料,淮稻5号中优良农艺性状的调控机制一直没有得到解析。突变体是研究基因功能最直接、最有效的途... 淮稻5号是江苏地区粳稻主栽品种之一,该品种具有灌浆速度快、出糙率高、千粒质量高、抗倒能力强、耐低温等特点。但由于缺少适宜的研究材料,淮稻5号中优良农艺性状的调控机制一直没有得到解析。突变体是研究基因功能最直接、最有效的途径之一,本研究利用N-甲基-N-亚硝脲(MNU)化学诱变构建了包含3 562个家系的淮稻5号突变体库,并从中筛选获得了512个表型稳定的突变体,包括株型、叶色、育性、抽穗期、早衰、类病斑等8种类型,利用MutMap技术完成了2个株型突变体的突变位点初步定位,该突变体库的构建及MutMap技术的应用,以期为淮稻5号优良性状的解析提供突变体资源。 展开更多
关键词 淮稻5号 MNU 突变体库 mutmap
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水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的功能研究
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作者 张超 王子瑞 +3 位作者 孙亚丽 毛馨晨 唐家琪 于恒秀 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期99-108,共10页
【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1),VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【方... 【目的】维生素B_(1)(vitamin B_(1),VB_(1))是生物所必需的微量元素,其作为多个酶的辅因子,参与重要的细胞代谢途径,而水稻中维生素B_(1)合成途径还有待深入研究。本研究旨在解析水稻维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC的生物学功能。【方法】综合运用诱变技术、色素测定、Mutmap+、基因编辑及非靶向代谢组分析等手段克隆目的基因并解析其功能。【结果】从EMS诱变的水稻突变体库中发现一个心叶白化致死突变体wll1(white leaf and lethal 1)。wll1从四叶期开始出现心叶白化表型,白化表型逐渐扩展到其他叶片并导致幼苗死亡。与野生型相比,wll1的叶绿素含量与类胡萝卜素含量显著降低。利用Mutmap+及基因编辑技术,确定目的基因为维生素B_(1)合成相关基因OsTHIC。OsTHIC在叶片具有较高表达量,OsTHIC蛋白定位于叶绿体。wll1及OsTHIC的敲除突变体中维生素B_(1)含量均显著低于野生型,外施维生素B_(1)可以恢复wll1的突变表型。外施维生素B_(1)及OsTHIC突变均会影响维生素B_(1)合成相关基因的表达。非靶向代谢组测序分析表明,野生型与wll1差异代谢物在氨基酸的生物合成、辅因子的生物合成、ABC转运器及氨酰基-tRNA的生物合成等方面显著富集。【结论】OsTHIC通过调控维生素B_(1)含量,参与氨基酸合成等代谢过程,在水稻生长发育过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 OsTHIC 维生素B_(1) 叶色 mutmap+ 水稻
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