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DNA条形码与实时荧光定量PCR技术在铁皮石斛鉴定中的应用 被引量：5
1
作者 陈雪燕 刘艳艳 +5 位作者 谭晴晴 任金瑞 姜欣欣 姜秀梅 刘中华 张全芳 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1655-1665,共11页
为建立铁皮石斛准确、高效的鉴定体系,本研究以101份石斛属和蝴蝶兰属植物样品为试验材料,通过对比ITS、psbA-trnH、matK及rbcL基因在石斛属植物中的鉴定能力,筛选出ITS作为本研究最理想的DNA条形码。以ITS序列作为靶基因,设计铁皮石斛... 为建立铁皮石斛准确、高效的鉴定体系,本研究以101份石斛属和蝴蝶兰属植物样品为试验材料,通过对比ITS、psbA-trnH、matK及rbcL基因在石斛属植物中的鉴定能力,筛选出ITS作为本研究最理想的DNA条形码。以ITS序列作为靶基因,设计铁皮石斛特异引物和特异探针,以及石斛属通用引物和探针,利用实时荧光定量PCR(TaqMan)技术,建立铁皮石斛多重实时荧光PCR检测新体系,通过特异性、灵敏度和实际样本验证,发现参试样品中的25份铁皮石斛均可被有效鉴定,与其他鉴定方法相比,该方法具有特异性强、灵敏度高(高出普通PCR 100倍)、重复性好且高效经济的优势。本研究结果对铁皮石斛的资源保护与利用起到了积极作用。 展开更多
关键词 铁皮石斛 多重荧光pcr 探针 鉴定
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致牛腹泻4种细菌多重荧光定量PCR检测方法的建立及应用 被引量：3
2
作者 高睿 徐伟 +4 位作者 罗艳 谢晓刚 李梦磊 张琪 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2023年第6期21-27,共7页
随着规模化和集约化养牛业的不断发展,多种致病菌混合感染造成牛腹泻严重制约了养牛业的快速发展,对腹泻病原进行快速准确鉴别诊断对疫病防控至关重要。根据沙门氏菌的ivnA基因、大肠埃希氏菌的23S rRNA基因、产气荚膜梭菌的plc基因以... 随着规模化和集约化养牛业的不断发展,多种致病菌混合感染造成牛腹泻严重制约了养牛业的快速发展,对腹泻病原进行快速准确鉴别诊断对疫病防控至关重要。根据沙门氏菌的ivnA基因、大肠埃希氏菌的23S rRNA基因、产气荚膜梭菌的plc基因以及志贺氏菌的ipaH基因的保守区域建立了可同时检测这4种细菌的多重荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性和重复性进行了研究。结果显示,建立的标准曲线线性关系良好;优化后的检测方法仅可特异性扩增出4种目标细菌;对大肠埃希氏菌、沙门氏菌、志贺氏菌和产气荚膜梭菌的最低检出限分别为9.4×10~1copies/μL、1.2×10~2copies/μL、9.1×10~1copies/μL和1.4×10~3copies/μL,该方法的灵敏性高于普通单项PCR检测方法10倍;批内、批间差异均小于5%。用此方法检测人工感染病料,每份病料均检测出对应攻毒细菌的荧光信号。以上结果表明,所建立的多重荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于致牛腹泻细菌的实验室检测。 展开更多
关键词 大肠埃希氏菌 沙门氏菌 志贺氏菌 产气荚膜梭菌 多重荧光定量pcr
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多重TaqMan荧光定量PCR检测仔猪先天性震颤相关病毒方法的建立与应用 被引量：2
3
作者 杨晓宇 陈世界 +3 位作者 林华 张婧 安微 朱玲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期971-977,共7页
旨在研究能够快速、准确、灵敏地鉴别、诊断引起仔猪先天性震颤的猪非典型瘟病毒(Atypical porcine pestivirus,APPV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒3型(Porcine circoviruses type 3,PCV-3)及猪捷申病毒1型... 旨在研究能够快速、准确、灵敏地鉴别、诊断引起仔猪先天性震颤的猪非典型瘟病毒(Atypical porcine pestivirus,APPV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒3型(Porcine circoviruses type 3,PCV-3)及猪捷申病毒1型(Porcine teschovirus 1,PTV-1)的方法。通过对GenBank中登录的APPV的NS3基因序列、CSFV的E2基因序列、PCV-3的ORF2基因序列和PTV-1的VP1基因序列进行分析,设计针对4种病毒的特异性引物和TaqMan水解探针。通过对反应条件和反应程序进行优化,拟建立针对仔猪先天性震颤相关病毒的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法。结果显示,研究得到的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法能够特异性检测APPV、CSFV、PCV-3和PTV-1,而与其他病原无交叉反应;该研究方法对APPV、CSFV、PCV-3和PTV-1的最低检测量分别为1μl 9.2×10^2拷贝、48拷贝、56拷贝和17拷贝。重复性试验结果显示,组内、组间变异系数均小于2.10%,重复性和稳定性较为突出。用该方法对273份临床样品进行检测,结果显示,APPV、CSFV、PTV-1和PCV-3的阳性率分别为20.5%、2.9%、1.5%和10.6%,其中APPV、CSFV二者共同感染的检出率为1.5%,APPV、PCV-3二者共同感染的检出率为4.4%,APPV、PTV-1二者共同感染的检出率为1.5%,APPV、CSFV、PCV-3共同感染的检出率为1.1%。该检测方法操作简单、耗时短、不易对环境造成污染,检测结果灵敏、准确,基于该方法对四川地区仔猪先天性震颤相关病毒共感染情况进行的流行病学调查,可以为后期研究提供重要的数据基础。 展开更多
关键词 猪先天性震颤 猪非典型瘟病毒 猪瘟病毒 猪圆环病毒3型 猪捷申病毒1型 多重TaqMan荧光定量pcr检测
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牛呼吸疾病综合征七病原联合检测多重qPCR方法的建立 被引量：8
4
作者 徐恩红 祁明普 +5 位作者 项志杰 胡长敏 陈颖钰 陈建国 陈曦 郭爱珍 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期38-47,共10页
为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病... 为了提高牛呼吸疾病综合征多病原混合感染的临床诊断效率,以牛支原体(Mycoplasma bovis,M.b)oppD/F基因、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,P.m)ompH基因、溶血性曼氏杆菌(Mannheimia haemolytica,M.h)gcp基因、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)gB基因、牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)以及牛副流感病毒(bovine parainfluenza virus type,BPIV) 3型a和c基因型(BPIV-3a,-3c)的N基因等为检测靶标,分别设计特异性引物和Taqman探针,通过优化反应条件,采用3管7联的组合方式建立了7种病原体的多联实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法仅对本试验的7种病原有特异性反应,与其他常见病原无交叉反应。对M.b、P.m、M.h、IBRV、BRSV、BPIV-3a和BPIV-3c质粒标准品的最低检测限分别为102、102、101、102、102、102和101拷贝/μL。组内变异系数小于2.5%,组间变异系数小于5.5%。平行应用该方法和常规PCR方法对临床采集的115份有呼吸道症状牛的鼻拭子进行检测,P.m阳性率36.65%,M.b阳性率27.83%,M.h阳性率25.22%,IBRV阳性率11.30%,BPIV-3c阳性率8.57%,BRSV阳性率0.95%;其中混合感染率为26.1%。共检测到11种混合感染模式,主要由M.b与其他病原体的混合感染,占72.7%(8/11);M.b/P.m混合感染的检出率最高,占60%(18/30);M.b、P.m、M.h在混合感染中出现率排前三,其占比分别为73.3%(22/30)、73.3%(22/30)和43.3%(13/30);其次为IBRV,占26.7%(8/30);BPIV-3c占13.3%(4/30)。以上结果表明,该方法具有较高的分析敏感性和特异性,可用于牛呼吸疾病综合征多病原感染的联合检测。 展开更多
关键词 多联实时荧光定量pcr方法 牛呼吸疾病综合征 混合感染 牛支原体 多杀性巴氏杆菌 牛溶血性曼氏杆菌 多病原联合检测
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基于实时荧光定量PCR的番木瓜多重PCR高效检测方法 被引量：1
5
作者 张玉山 陈洁彬 +3 位作者 吴亮君 朱璇 欧阳淑芬 沈志华 《湖北农业科学》 2023年第9期170-174,共5页
以pCaMV35S基因核酸检测试剂盒反应体系为基础,添加多重PCR反应所需的目标基因引物和番木瓜(Carica papaya L.)DNA,进行多重PCR反应,同时考察不合成荧光探针的情况下对目标基因进行实时荧光定量检测。结果表明,在实时荧光定量PCR反应体... 以pCaMV35S基因核酸检测试剂盒反应体系为基础,添加多重PCR反应所需的目标基因引物和番木瓜(Carica papaya L.)DNA,进行多重PCR反应,同时考察不合成荧光探针的情况下对目标基因进行实时荧光定量检测。结果表明,在实时荧光定量PCR反应体系中,多重PCR扩增的基因条带比常规PCR扩增的基因条带更亮,在不合成荧光探针的情况下实现目标基因的实时荧光定量PCR反应,以期建立一种基于实时荧光定量PCR的多重PCR检测方法。 展开更多
关键词 转基因番木瓜(Carica papaya L.) 多重pcr反应 实时荧光定量pcr 荧光探针 pCaMV35S基因核酸检测试剂盒(pcr-荧光探针法)
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枸杞果汁发酵过程复合乳酸菌的实时定量检测
6
作者 王家东 李暄 +4 位作者 肖云 曹珊 余君伟 夏婷 郑宇 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第8期32-37,共6页
利用植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、发酵粘液乳杆菌(Limosilactobacillus fermentum)和瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)混合菌种进行枸杞果汁发酵。该研究对乳酸菌亚致死修复液的组成和修复温度进行优化,分别针对... 利用植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)、发酵粘液乳杆菌(Limosilactobacillus fermentum)和瑞士乳杆菌(Lactobacillus helveticus)混合菌种进行枸杞果汁发酵。该研究对乳酸菌亚致死修复液的组成和修复温度进行优化,分别针对3株乳酸菌设计特异性引物,利用叠氮溴化丙锭(PMA)-荧光定量聚合酶链式反应(fq PCR)的方法,实时荧光定量检测枸杞果汁发酵过程中乳酸菌活菌数。结果表明,优化修复液的组成为蛋白胨1 g/L、牛肉浸出粉0.3 g/L、氯化钠0.5 g/L、吐温80 0.10 g/L、丙酮酸钠0.09 g/L、过氧化氢酶0.04 g/L、Mg Cl_(2)3 mmol/L、Na_(2)HPO_(4)1 mmol/L、MnCl_(2)2 mmol/L和Fe Cl_(2)2 mmol/L。在27℃条件下培养15 min,乳酸菌亚致死细胞修复率达到97%。利用该方法实现了枸杞果汁发酵过程不同乳酸菌的实时定量检测,为今后枸杞果汁发酵生产过程中的微生物动态监测提供了方法。 展开更多
关键词 枸杞 荧光定量pcr 乳酸菌 多菌种发酵 叠氮溴化丙锭
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SOX17过表达慢病毒载体和稳定转染细胞系的构建
7
作者 黄少婷 李友 +3 位作者 吴钊淳 何嘉文 廖科棋 李胜男 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1424-1430,共7页
目的:构建性别决定区Y盒17 (SOX17)过表达慢病毒载体,使用SOX17过表达慢病毒感染PC12细胞并建立稳定过表达SOX17的细胞系。方法:在NCBI数据库中查找、设计并合成SOX17过表达序列,将其与经Bam HⅠ和AgeⅠ双酶切的慢病毒GV492载体连接,构... 目的:构建性别决定区Y盒17 (SOX17)过表达慢病毒载体,使用SOX17过表达慢病毒感染PC12细胞并建立稳定过表达SOX17的细胞系。方法:在NCBI数据库中查找、设计并合成SOX17过表达序列,将其与经Bam HⅠ和AgeⅠ双酶切的慢病毒GV492载体连接,构建GV492-SOX17过表达重组质粒。琼脂糖凝胶电泳鉴定PCR产物,筛选携带GV492-SOX17过表达重组质粒的阳性菌,克隆后测序。将GV492空载质粒和GV492-SOX17过表达重组质粒分别转染至人胚肾HEK 293T细胞中,转染48 h后收集GV492对照慢病毒和GV492-SOX17过表达慢病毒进行包装并测定病毒滴度。将PC12细胞分为空白组、GV492对照组和GV492-SOX17组,空白组不作处理,GV492对照组和GV492-SOX17组分别采用相应慢病毒感染细胞(感染复数=100),10 mg·L^(-1)嘌呤霉素筛选成功感染慢病毒的PC12细胞,荧光显微镜观察各组PC12细胞生长状态及绿色荧光表达情况。采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)法检测各组PC12细胞中SOX17 mRNA表达水平,Western blotting法检测各组PC12细胞中SOX17蛋白表达水平。结果:GV492-SOX17过表达重组质粒的基因片段长度约为744 bp,GV492-SOX17过表达重组质粒基因序列与设计合成的SOX17过表达序列一致。GV492对照慢病毒和GV492-SOX17过表达慢病毒滴度均为2.5×108TU·mL^(-1)。各组PC12细胞生长状态良好且有绿色荧光表达。RT-qPCR法检测,与空白组和GV492对照组比较,GV492-SOX17组PC12细胞中SOX17 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。Western blotting法检测,各组细胞在相对分子质量44 000处出现特异性条带,提示PC12细胞中SOX17蛋白表达成功;与空白组和GV492对照组比较,GV492-SOX17组PC12细胞中SOX17蛋白表达水平升高(P<0.05)。结论:成功构建了GV492-SOX17慢病毒表达载体,建立了稳定过表达GV492-SOX17的PC12细胞系。 展开更多
关键词 性别决定区Y盒17 慢病毒载体 PC12细胞 实时荧光定量pcr 感染复数
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