中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析 被引量：60

1

作者 高焕 刘萍 +2 位作者 孟宪红 王伟继 孔杰 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期424-431,共8页

对中国对虾基因组随机测序 ,获得了总长度约为 641 0 0 0个碱基的基因组DNA序列 ,从中找到 1 362个重复序列。其中 ,两碱基重复类型的重复数目最多 ( 985个 ) ,占重复序列总数目的 72 .32 % ;其次是三碱基 ( 1 49个 )和四碱基 ( 1 0 2个... 对中国对虾基因组随机测序 ,获得了总长度约为 641 0 0 0个碱基的基因组DNA序列 ,从中找到 1 362个重复序列。其中 ,两碱基重复类型的重复数目最多 ( 985个 ) ,占重复序列总数目的 72 .32 % ;其次是三碱基 ( 1 49个 )和四碱基 ( 1 0 2个 ) ,分别占重复序列总数目的 1 0 .94%和7.49%。另外 ,六碱基重复 34个 ,单碱基重复 5 0个 ,五碱基重复 5个 ,分别占重复序列总数目的 2 .5 0 %、3.67%、0 .37%。在单碱基重复类型中 ,重复拷贝类别为A的重复数目最多 ;两碱基重复类型中 ,AT重复数目最多 ,其次是AC和AG ;三碱基重复类型中以AAT重复拷贝类别最多 ,其次是AAG和ATC ;四碱基重复类型中 ,AGAT重复数目最多 ;五碱基重复类型只发现了AGAGA、GAGGC、TCTTC和TTTCT四种重复拷贝类别 ;六碱基重复中以ATTATC重复数目最多。其中一些序列已经提交GeneBank注册 ,注册号为AY5 4 5 898 AY5 4 5 91 3。中国对虾基因组二碱基重复类型中以不完全 (Imperfect)形式的微卫星序列为主 ,其中GC重复拷贝类别的重复数目很少。利用 8对微卫星引物对 60个个体遗传多样性分析 ,共获得了 60个等位基因 ,因此认为微卫星技术在中国对虾基因组研究中具有较好的应用前景。 展开更多

关键词 微卫星 中国对虾 基因组

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中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育群体不同世代的微卫星分析 被引量：49

2

作者 张天时 王清印 +2 位作者 刘萍 李健 孔杰 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期72-80,共9页

采用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育快速生长基础群体和4个连续世代共计100个个体进行了遗传分析。对8个基因位点进行了扩增,共得到71个等位基因。每个位点的等位基因数从6到16不等,其大小在159—600bp之间,PIC(PolymorphismInformati... 采用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育快速生长基础群体和4个连续世代共计100个个体进行了遗传分析。对8个基因位点进行了扩增,共得到71个等位基因。每个位点的等位基因数从6到16不等,其大小在159—600bp之间,PIC(PolymorphismInformationContent)值为0.6628—0.9051,基因型数为17—67。5个世代群体的平均杂合度分别为0.7188、0.5687、0.6188、0.6438、0.66937。从F检验的数据来看,配对比较Fst值表明5个世代群体间的遗传分化程度较弱。Fis值的计算结果表明,有5个群体位点杂合度处于过剩状态,但对整个群体而言,5个世代群体均表现为一定程度的杂合子缺失。通过计算每个位点的等位基因数(na)、有效等位基因数(αe)、基因型数目(G)、最高频率等位基因的频率(F),以及基于基因型的P值,比较了5个群体的遗传变化。另外,5个世代群体间的相似性系数以及彼此间的遗传距离,体现出人工选育群体间的遗传分化程度较低,说明5个世代群体间的遗传分化程度较低,还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传响应。 展开更多

关键词 中国对虾 微卫星 遗传变异 选择育种

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中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)黄、渤海3个野生地理群遗传多样性的微卫星DNA分析 被引量：16

3

作者 刘萍 孟宪红 +3 位作者 何玉英 孔杰 李健 王清印 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期252-257,共6页

运用微卫星DNA技术 ,以中国对虾渤海湾群体 (BH)、辽东湾群体 (LD)和海州湾群体(HZ)的 3个野生群共计 60个个体为实验材料 ,进行了 7个基因位点的遗传参数分析。同时对7对微卫星引物的多态性信息含量 (PIC)进行了评估 ,EN0 0 2 1位点提... 运用微卫星DNA技术 ,以中国对虾渤海湾群体 (BH)、辽东湾群体 (LD)和海州湾群体(HZ)的 3个野生群共计 60个个体为实验材料 ,进行了 7个基因位点的遗传参数分析。同时对7对微卫星引物的多态性信息含量 (PIC)进行了评估 ,EN0 0 2 1位点提供的信息含量低于 0 5 ,其他 6对微卫星引物的PIC值均在 0 5以上 ,适于应用于中国对虾的群体分析。结果表明 ,这7个微卫星位点在中国对虾 3个地理群 60个样品的分析中共获得了 5 6个等位基因 ,对 3个野生群体的 7个基因位点共计 2 1个群体位点进行了杂合度观测值 (Ho)和杂合度期望值 (He)计算 ;在Hardy Weinberg平衡条件下 ,进行了P检验 ,发现BH和HZ各有 1个群体位点发生平衡偏离 ,而LD有 1个群体位点发生平衡偏离 ,还有 2个群体位点已发生显著平衡偏离。但除此之外 ,对 3个地理群间的遗传分化指数Fst值进行的计算结果表明 ,BH和LD之间遗传分化较弱 ,HZ与另 2个地理群间则产生了中等程度的分化。从变异贡献率来看 ,有 92 83%的遗传变异来自个体之间 ,只有 7 1 7%的遗传变异来自群体之间。经过UPGMA聚类 ,发现BH群体和LD群体的亲缘关系较近 ,而HZ群体与前两者亲缘关系较远。 展开更多

关键词 中国对虾 地理群体 微卫星DNA 多态性分析

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中国明对虾基因组微卫星重复单元类型与其多态性关系 被引量：11

4

作者 高焕 于飞 +3 位作者 栾生 孟宪红 蔡生力 孔杰 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期94-102,共9页

利用超声波粉碎中国明对虾Fenneropenaeus chinensis基因组后建立随机基因组文库,对其测序后获得了1996个克隆序列,经Seqm anⅡ(DNAstar)拼装后获得独立克隆数目为1900个,每个序列长度从400—700bp不等。利用重复序列分析软件对这些序... 利用超声波粉碎中国明对虾Fenneropenaeus chinensis基因组后建立随机基因组文库,对其测序后获得了1996个克隆序列,经Seqm anⅡ(DNAstar)拼装后获得独立克隆数目为1900个,每个序列长度从400—700bp不等。利用重复序列分析软件对这些序列中含有微卫星重复序列的序列进行分析,共找到136个包含完整侧翼序列的重复序列。利用引物设计软件从以上重复序列中设计出34对引物,合成引物后,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法获得了各个微卫星位点的等位基因数目。34对引物中,除4个没有扩增出产物外,其他都有较好的扩增结果,可以分辨出多态性信息情况,并据此分析了不同微卫星重复序列类型与其对应的位点多态性之间的关系。结果表明,两碱基重复类型具有较高的遗传多态性,而三碱基和四碱基以及复合型重复类型的平均多态性不高;两碱基重复序列类型各拷贝类别间的多态性信息没有明显的差异。进一步对两碱基的重复拷贝数目与多态性信息(等位基因数目)的相关关系进行分析,以考察拷贝数多少与等位基因数目之间的关系。利用SPSS软件进行相关分析,结果表明重复拷贝数目和等位基因数目呈一定相关(相关系数0.121),但相关性不显著(P=0.621)。 展开更多

关键词 中国明对虾 微卫星 微卫星重复单元 多态性

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中国对虾微卫星家系鉴定的模拟分析与应用 被引量：20

5

作者 董世瑞 孔杰 +2 位作者 张天时 孟宪红 王如才 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期96-101,共6页

本研究基于中国对虾群体所获的微卫星标记等位基因频率进行了计算机模拟分析,并选择5个微卫星标记,就单独养殖家系群体微卫星标记家系鉴定的准确性及混养家系群体微卫星标记家系鉴定的应用价值做了研究。模拟分析表明4个微卫星标记可以... 本研究基于中国对虾群体所获的微卫星标记等位基因频率进行了计算机模拟分析,并选择5个微卫星标记,就单独养殖家系群体微卫星标记家系鉴定的准确性及混养家系群体微卫星标记家系鉴定的应用价值做了研究。模拟分析表明4个微卫星标记可以鉴定95%的后裔。而单独养殖的家系鉴定准确率达到92.9%,在30个可能的父母对,215尾中国对虾组成的混养家系群体中,90.7%的后裔可以鉴定其父母。本研究结果表明微卫星分子标记可以应用于中国对虾的家系鉴定。模拟分析与实际应用的差异及父母与子代间的错配部分原因是由于无效等位基因的出现,基因分型错误也是一个重要原因。基于父母LOD值的分析可以降低错配的几率。 展开更多

关键词 中国对虾 微卫星 家系鉴定 模拟分析

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微卫星分型方法进行中国明对虾家系系谱鉴定 被引量：10

6

作者 董世瑞 孔杰 +3 位作者 张庆文 刘萍 孟宪红 王如才 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期157-161,共5页

关键词 中国明对虾 微卫星 家系 基因分型

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应用微卫星标记分析野生中国明对虾的亲权关系 被引量：14

7

作者 王鸿霞 张晓军 +1 位作者 李富花 相建海 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期42-46,共5页

利用5个高度多态性的微卫星座位(Fc04、Fc06、Fc18、Fc24、Fc27),分析了不同年份中建立的10个野生中国明对虾家系中的雌性亲虾及其后代基因型分离的情况,表明每个家系中只有一个雄性野生中国明对虾对子代的遗传有贡献。从其中3个家系的... 利用5个高度多态性的微卫星座位(Fc04、Fc06、Fc18、Fc24、Fc27),分析了不同年份中建立的10个野生中国明对虾家系中的雌性亲虾及其后代基因型分离的情况,表明每个家系中只有一个雄性野生中国明对虾对子代的遗传有贡献。从其中3个家系的雌性亲虾纳精囊中提取了雄虾精子DNA,微卫星标记显示各家系的子代个体均有一个等位基因与雄性亲虾的基因型相符,且符合孟德尔遗传规律,这为野生中国明对虾雌虾在繁殖季节一对一的繁殖行为提供了遗传学的证据。用UPMGA的方法随机对3个家系的40尾子代个体进行聚类分析,每个家系都能被单独聚成一类。上述工作表明微卫星标记在对虾育种中作为一种有效的亲子关系分析工具,在种群的遗传结构、亲缘关系、繁殖行为等方面具有广阔的应用前景。 展开更多

关键词 微卫星 中国明对虾(fenneropenaeus chinensis) 亲权分析

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中国明对虾人工选育群体与野生群体遗传多样性的SSR分析 被引量：15

8

作者 王军 王清印 +5 位作者 孔杰 孟宪红 曹家旺 王明珠 冯亚萍 吕丁 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2018年第2期104-111,共8页

利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和"黄海2号"第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显... 利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和"黄海2号"第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(N_a)和有效等位基因数(N_e)分别为3~44个和2~29个,多态信息含量(PIC)为0.518~0.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810,15个微卫星位点的等位基因频率在2个群体发生了显著的变化。通过计算P值确定位点Hardy-Weinberg平衡偏离情况,Fis结果显示,共有11个群体位点表现为杂合子过剩,Shannon指数(H)分别为2.786和2.399。2个群体的N_ei′s无偏遗传距离(u D)和无偏遗传相似度(u I)分别为0.177和0.838,遗传分化指数为0.017(P=0.001),表明群体发生了弱遗传分化。遗传变异来源分析显示,只有7.50%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。结果表明,人工选育的中国明对虾"黄海2号"第10代群体具有较高的遗传多样性,仍具有很大的选育潜力,可以继续作为选育材料。 展开更多

关键词 中国明对虾“黄海2号” 野生群体 微卫星 遗传多样性

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微卫星DNA标记用于中国对虾亲子关系的鉴定 被引量：18

9

作者 孙昭宁 刘萍 +2 位作者 李健 何玉英 张秀梅 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第3期8-14,共7页

在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫... 在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫星标记EN0033和RS062在中国对虾家系鉴别中的应用。结果表明,利用两对微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分中国对虾4个家系。根据微卫星数据计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA图,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性。EN0033和RS062两对微卫星标记的累积个体识别率高达0.989,属于高识别力的遗传标记系统,可以利用它们进行中国对虾的亲缘关系鉴定。 展开更多

关键词 中国对虾(fenneropenaeus chinensis) 微卫星标记 家系 亲缘关系

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中国对虾与生长性状相关微卫星DNA分子标记的初步研究 被引量：24

10

作者 张天时 刘萍 +2 位作者 李健 孔杰 王清印 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2006年第5期34-38,共5页

利用分群分离分析法对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育生长快的第6代群体生长性状发生分离的群体进行了微卫星DNA的遗传分析。7个多态性微卫星位点对分离群的大个体组和小个体组扩增时产生7个片段表现差异,扩增片段大小为0.... 利用分群分离分析法对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育生长快的第6代群体生长性状发生分离的群体进行了微卫星DNA的遗传分析。7个多态性微卫星位点对分离群的大个体组和小个体组扩增时产生7个片段表现差异,扩增片段大小为0.1～1.0kb之间。同时对中国对虾人工选育的生长快群体4个连续世代进行了验证,扩增的结果显示,7个微卫星位点在4个连续世代中大部分的扩增带出现的频率相近,但是有一些扩增片段的基因频率出现差异,这些等位基因频率或增或减,这是否可作为具有良好生长特性的人工定向选育群体的遗传标记尚有待进一步研究。 展开更多

关键词 中国对虾 分群分离分析法 微卫星 选育群体 遗传标记 生长性状

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人工控制自然交尾条件下中国对虾父本的微卫星识别 被引量：9

11

作者 高焕 孔杰 +5 位作者 于飞 王伟继 罗坤 孟宪红 刘萍 张天时 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第1期1-5,共5页

人工控制自然交尾条件下,在保持中国对虾雌、雄5∶1的交配比率下,获得了两尾交尾并产生子代的雌虾,同时有4个疑似父本需要识别。利用3个微卫星引物及其组成的三重PCR技术对4个疑似父本进行了鉴别,准确的找到了相应的与雌虾交尾的雄虾。... 人工控制自然交尾条件下,在保持中国对虾雌、雄5∶1的交配比率下,获得了两尾交尾并产生子代的雌虾,同时有4个疑似父本需要识别。利用3个微卫星引物及其组成的三重PCR技术对4个疑似父本进行了鉴别,准确的找到了相应的与雌虾交尾的雄虾。这为建立半同胞家系提供了一种新的技术和思路。 展开更多

关键词 中国对虾 亲子鉴定 微卫星

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中国对虾微卫星四重PCR技术的建立及其在模拟放流效果评估方面的应用 被引量：6

12

作者 李伟亚 王伟继 +3 位作者 孔杰 金显仕 阮晓红 罗坤 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期213-220,共8页

1引言 在中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）选择育种过程中,需要建立家系进行育种参数评估。家系的混养有利于消除家系单独养殖情况下环境差异对遗传参数估计的影响,因此育种实践中常采用物理荧光标记实现家系的区分。但这种方法... 1引言 在中国对虾（Fenneropenaeus chinensis）选择育种过程中,需要建立家系进行育种参数评估。家系的混养有利于消除家系单独养殖情况下环境差异对遗传参数估计的影响,因此育种实践中常采用物理荧光标记实现家系的区分。但这种方法易对个体造成伤害,不易于大规模操作,且养殖过程中会有标记丢失现象，在一定程度上影响了育种参数的精确估算。 展开更多

关键词 中国对虾 微卫星 多重PCR 家系识别

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微卫星技术对黄、渤海海域7个不同地理群体中国对虾的遗传结构和遗传分化研究 被引量：12

13

作者 孟宪红 孔杰 +1 位作者 王清印 刘萍 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2008年第5期1-10,共10页

采用微卫星DNA技术对黄、渤海海域7个不同地理群体的中国对虾进行了遗传结构和遗传分化研究。7个地理群体分别来自辽东湾（LD）、渤海湾（BH）、海州湾（HZ）、乳山湾（RS）、海洋岛（HYD）、朝鲜半岛西海岸（KW）以及朝鲜半岛南海岸（K... 采用微卫星DNA技术对黄、渤海海域7个不同地理群体的中国对虾进行了遗传结构和遗传分化研究。7个地理群体分别来自辽东湾（LD）、渤海湾（BH）、海州湾（HZ）、乳山湾（RS）、海洋岛（HYD）、朝鲜半岛西海岸（KW）以及朝鲜半岛南海岸（KS）。7对多态性良好的微卫星引物共检测到109个等位基因，群体平均期望杂合度（He）范围为0．810～0．864。49个群体位点中，只有15个符合Hardy—Weinberg平衡。UPGMA聚类分析显示，各地理群体亲缘关系与地理位置关系密切。根据各地理群体间遗传距离及AMOVA遗传分化检验结果，可将中国对虾分为3个独立种群，分别为中国沿岸黄、渤海群体、朝鲜半岛西海岸群体及朝鲜半岛南海群体；其中中国沿岸黄、渤海群体内部也发生了一定程度的遗传分化，但是否达到种群水平还有待于进一步验证。 展开更多

关键词 中国对虾 地理群体 遗传分化 微卫星DNA

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中国对虾微卫星引物筛选及反应条件优化 被引量：3

14

作者 孟宪红 孔杰 +1 位作者 刘萍 高焕 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2006年第1期35-39,共5页

对33对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物进行筛选,确定了其中11对引物的最优PCR反应条件,包括各对引物的退火温度、反应体系中引物、Mg2+、dNTPs含量等,为建立微卫星多重PCR技术、最终使微卫星标记成为中国对虾家系识别的... 对33对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物进行筛选,确定了其中11对引物的最优PCR反应条件,包括各对引物的退火温度、反应体系中引物、Mg2+、dNTPs含量等,为建立微卫星多重PCR技术、最终使微卫星标记成为中国对虾家系识别的有效工具奠定了基础。 展开更多

关键词 中国对虾(fenneropenaeus chinensis) 微卫星DNA 家系识别 引物 聚合酶链式反应

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基于SAMPL的一种微卫星筛选方法在中国明对虾中的尝试

15

作者 张留所 孔晓瑜 +2 位作者 喻子牛 孔杰 相建海 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期1-4,共4页

微卫星的发展主要受限于微卫星及其旁侧特异引物区的分离,在中国明对虾(Fenner-openaeus chinensis)中建立了选择性扩增多态微卫星位点(SAMPL,selective amplified mic-rosatellite polymorphic loci)技术体系,并初步尝试了基于SAMPL的... 微卫星的发展主要受限于微卫星及其旁侧特异引物区的分离,在中国明对虾(Fenner-openaeus chinensis)中建立了选择性扩增多态微卫星位点(SAMPL,selective amplified mic-rosatellite polymorphic loci)技术体系,并初步尝试了基于SAMPL的一种微卫星筛选方法。通过5′端锚定引物引入微卫星序列,对传统SAMPL技术加以改进并以期富集简单重复序列。从测序胶上随机选择5条SAMPL条带(分别命名为S11,S13,S14,S22,S24)克隆测序,大小分别为161,157,147,152,298。其中S11,S13,S14,S22四个片段两端引物分别为AFLP选择性引物和SAMPL引物,S13和S22含微卫星序列重复,S24两端引物均为传统的AFLP引物,在此片断中有一(AG)39重复。 展开更多

关键词 选择性扩增多态微卫星位点(SAMPL) 中国明对虾(fenneropenaeus chinensis) 微卫星

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柽柳核基因组微卫星反应体系的建立和优化

16

作者 曹建波 张如华 《湖北农业科学》 2018年第7期122-124,共3页

柽柳(Tamarix chinensis Lour.)是耐盐碱的灌木或小乔木,多散生于河漫滩或在沿海滩涂形成大规模群体。对由Illumina测序开发的柽柳微卫星标记反应体系进行了正交试验设计,确定10μL SSR-PCR反应体系的各反应物浓度为Mg2+0.8 mmol/L、d N... 柽柳(Tamarix chinensis Lour.)是耐盐碱的灌木或小乔木,多散生于河漫滩或在沿海滩涂形成大规模群体。对由Illumina测序开发的柽柳微卫星标记反应体系进行了正交试验设计,确定10μL SSR-PCR反应体系的各反应物浓度为Mg2+0.8 mmol/L、d NTPs 0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、引物0.5μmol/L、模板DNA 20 ng。 展开更多

关键词 柽柳(TamarixchinensisLour.) 基因组微卫星 PCR反应体系 正交试验

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