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Genetic diversity and population structure of Gossypium arboreum L. collected in China 被引量:2
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作者 JIA Yinhua PAN Zhaoe +5 位作者 HE Shoupu GONG Wenfang GENG Xiaoli PANG Baoyin WANG Liru DU Xiongming 《Journal of Cotton Research》 2018年第3期1-8,共8页
Background: Gossypium arboreum is a diploid species cultivated in the Old World. It possesses favorable characters that are valuable for developing superior cotton cultivars.Method: A set of 197 Gossypium arboreum acc... Background: Gossypium arboreum is a diploid species cultivated in the Old World. It possesses favorable characters that are valuable for developing superior cotton cultivars.Method: A set of 197 Gossypium arboreum accessions were genotyped using 80 genome-wide SSR markers to establish patterns of the genetic diversity and population structure. These accessions were collected from three major G. arboreum growing areas in China. A total of 255 alleles across 80 markers were identified in the genetic diversity analysis.Results: Three subgroups were found using the population structure analysis, corresponding to the Yangtze River Valley, North China, and Southwest China zones of G.arboreum growing areas in China. Average genetic distance and Polymorphic information content value of G. arboreum population were 0.34 and 0.47, respectively, indicating high genetic diversity in the G. arboreum germplasm pool. The Phylogenetic analysis results concurred with the subgroups identified by Structure analysis with a few exceptions. Variations among and within three groups were observed to be 13.61% and 86.39%, respectively.Conclusion: The information regarding genetic diversity and population structure from this study is useful for genetic and genomic analysis and systematic utilization of economically important traits in G. arboreum. 展开更多
关键词 Gossypium arboreum L. population structure genetic diversity genetic differentiation Simple sequence repeat(SSR) markers
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白芷种质遗传多样性与群体结构分析
2
作者 许兰杰 安素妨 +6 位作者 余永亮 董薇 梁慧珍 谭政委 杨青 杨红旗 吴晓慧 《河南农业科学》 北大核心 2025年第7期64-71,共8页
为探明白芷亲本中材料的遗传多样性和群体结构特点,提高白芷种质的利用效率,选用28个目标起始密码子多态性(Start codon targeted polymorphism,SCoT)标记对来自5个白芷居群的78份种质进行PCR扩增,采用POPGENE 1.32、GenALEx6.502等软... 为探明白芷亲本中材料的遗传多样性和群体结构特点,提高白芷种质的利用效率,选用28个目标起始密码子多态性(Start codon targeted polymorphism,SCoT)标记对来自5个白芷居群的78份种质进行PCR扩增,采用POPGENE 1.32、GenALEx6.502等软件研究其遗传多样性和群体结构。结果表明,28个SCoT标记共扩增出192个条带,其中多态性条带159个,平均每个标记的扩增条带数和多态性条带数分别是7、6个;SCoT标记的平均多态性信息含量值(PIC)、平均Shannon’s多样性指数(I)和平均Nei’s基因多样性指数(H)分别为0.800、0.350、0.240,表现出较高的遗传多样性。5个白芷居群每个位点平均等位基因数(N_(a))、平均有效等位基因数(Ne)、平均I和平均期望杂合度(He)分别为1.514、1.293、0.265、0.174,以禹白芷居群的N_(a)、N_(e)、I、H_(e)最高。5个白芷居群遗传分化系数和基因流分别为0.135、3.195,94%遗传变异来自居群内,较大的基因流减少了居群间遗传差异。基于居群间的遗传相似系数(GS)在0.96处将5个白芷居群聚为三大类,其中禹白芷、杭白芷和川白芷居群被聚为一类;基于白芷种质的GS在0.765处将其聚为三大类,分别包含73、3、2份白芷种质。综上,5个白芷居群遗传多样性水平较低,种质间的亲缘关系较近,应加强白芷种质资源创制工作。 展开更多
关键词 白芷 种质 SCoT标记 遗传多样性 群体结构 聚类分析
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基于SSR标记的67个苜蓿品种遗传多样性及群体结构分析
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作者 赵凌平 刘佳皓 +1 位作者 杨智博 孙平 《中国草地学报》 北大核心 2025年第3期74-81,共8页
本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多... 本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多态性信息含量、Shannon′s遗传多样性信息指数和Nei′s基因多样性指数平均值为0.73、0.38和0.24,表明所选引物的多态性较高。UPGMA聚类分析将67个品种分为四大类,聚类结果与品种的地理来源无明显相关性。基于Structure软件的群体遗传结构分析将67个品种分为2个亚群和1个混合型群体,与67个苜蓿品种的主坐标分析(PCoA)结果一致,其中大多数品种(85.07%)显示出单一的遗传背景,而混合型群体表现出基因渗透现象,具有较为复杂的遗传背景。 展开更多
关键词 苜蓿 遗传多样性 群体遗传结构 SSR标记
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基于SNP分子标记的乌饭树种质遗传多样性研究
4
作者 黄婧 张敏 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期530-538,共9页
为更好地保护、开发和利用乌饭树资源,采用基因分型测序(GBS,genotyping by sequencing)技术对采集于5个地区的70份乌饭树野生种质进行了SNP分子标记开发,利用开发的标记研究了乌饭树种质的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,通过测... 为更好地保护、开发和利用乌饭树资源,采用基因分型测序(GBS,genotyping by sequencing)技术对采集于5个地区的70份乌饭树野生种质进行了SNP分子标记开发,利用开发的标记研究了乌饭树种质的遗传多样性和群体遗传结构。结果显示,通过测序数据分析共筛选得到9752个高质量SNP标记用于后续研究;乌饭树5个群体均具有丰富的遗传多样性,平均有效等位基因数为1.523,平均期望杂合度为0.219,平均观测杂合度为0.231,其中江苏溧阳群体的遗传多样性最高。分子方差分析显示整个群体的遗传变异主要来自个体间(65.45%)。群体间遗传分化系数显示5个群体间遗传分化程度高,其中江苏溧阳与江西上犹群体间的遗传分化系数最高,为0.406。系统进化树(邻接法)显示乌饭树种质聚类为3个进化分支,种质的聚集与其地理来源无确定性关系;群体结构分析将乌饭树种质分为3个亚群,主成分分析结果与群体结构的结果类似,不同地区的乌饭树种质在3个亚群中均有分布,显示了乌饭树资源存在着广泛的基因交流。本研究可为今后乌饭树良种选育和资源保护提供参考。 展开更多
关键词 乌饭树 遗传多样性 群体结构 SNP标记
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基于SRAP和ISSR标记的花椒种质资源遗传多样性及群体结构分析
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作者 李晋华 汪志燚 +4 位作者 王少铭 冷家归 侯颖辉 罗莉斯 李德文 《种子》 北大核心 2025年第1期10-18,30,共10页
为探究国内花椒种质资源遗传多样性及群体结构,本研究采用ISSR和SRAP分子标记技术对48份花椒资源进行遗传多样性、亲缘关系及群体结构分析。结果表明,利用筛选的6对SRAP、7条ISSR引物分别扩增出43条、56条多态性条带,多态性比率分别为87... 为探究国内花椒种质资源遗传多样性及群体结构,本研究采用ISSR和SRAP分子标记技术对48份花椒资源进行遗传多样性、亲缘关系及群体结构分析。结果表明,利用筛选的6对SRAP、7条ISSR引物分别扩增出43条、56条多态性条带,多态性比率分别为87.73%、88.89%;48份花椒种质材料的平均Nei's遗传多样性指数为0.4372,平均Shannon's信息指数为0.6217。根据不同来源地,对8个花椒群体进行遗传多样性分析,遗传多样性排序表现为贵州省遵义市群体>陕西省群体>四川省群体>贵州省黔西南州群体>江西省群体>贵州省铜仁市群体>贵州省黔东南州群体>贵州省贵阳市群体;分子遗传变异分析表明,在花椒种质资源总遗传变异中,92%的变异发生在种源内,只有8%的变异发生在种源间;Structure群体遗传结构和UPGMA聚类结果表明,种源间存在中等程度的基因交流现象。利用SRAP和ISSR标记可以对花椒种质资源进行较高效的多态性检出,花椒种质资源的种间遗传分化明显,而同一种类不同来源地资源的遗传分化较小。 展开更多
关键词 花椒 SRAP分子标记 ISSR分子标记 遗传多样性 群体结构分析
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北京松山国家级自然保护区野猪种群遗传结构初步分析
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作者 唐小澄 杨婧 +4 位作者 董艳民 张洪亮 沈延京 王小萌 鲍伟东 《兽类学报》 北大核心 2025年第3期345-355,共11页
随着北京市自然生态环境逐渐改善,野猪(Sus scrofa)的种群数量不断增长,造成局部危害,对野猪种群遗传结构进行监测有助于制定种群长期防控管理措施。本研究使用非损伤采样和微卫星分子标记技术,对北京松山国家级自然保护区野猪种群的性... 随着北京市自然生态环境逐渐改善,野猪(Sus scrofa)的种群数量不断增长,造成局部危害,对野猪种群遗传结构进行监测有助于制定种群长期防控管理措施。本研究使用非损伤采样和微卫星分子标记技术,对北京松山国家级自然保护区野猪种群的性别结构、遗传多样性和遗传距离进行分析,了解种群未来发展趋势。结果表明,88份疑似野猪粪便样品鉴定出42只个体,其中35只雌性、7只雄性,雌雄性比为5∶1。种群遗传多态信息含量(PIC)在0.55~0.81之间,平均为0.71,具有适中的遗传多样性。基于微卫星位点间的遗传距离构建进化树,42只个体呈现3个分支,聚类分析结果也显示出该种群个体按照3个遗传支系进行聚类的现象。总体上,松山地区的野猪群体在遗传结构方面存在一定程度的分离,但并未到达明显分化的程度,仍属于一个种群。对近交系数的分析显示,松山野猪种群总体呈现中度近交状态,将对种群发展产生一定抑制作用。本研究为了解北京地区野猪种群的遗传结构提供了基础资料,对于分析该地区野猪的种群密度变化和预测种群发展趋势有重要参考价值。 展开更多
关键词 野猪 非损伤性取样 微卫星分子标记 种群遗传多样性 保护区管理
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甜玉米自交系SNP标记遗传多样性及群体遗传结构分析
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作者 夏新然 况慧云 +5 位作者 孙萍东 卢媛 郑洪建 王慧 张中林 胡颖雄 《上海农业学报》 2025年第1期1-6,共6页
为了解甜玉米的种质遗传基础,提高甜玉米优良品种选育效率,基于重测序手段进行基因型分型,获得20648个高质量SNP位点,并基于SNP位点对167份甜玉米自交系进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果表明:167份甜玉米自交系的期望杂合度为0... 为了解甜玉米的种质遗传基础,提高甜玉米优良品种选育效率,基于重测序手段进行基因型分型,获得20648个高质量SNP位点,并基于SNP位点对167份甜玉米自交系进行了遗传多样性和群体遗传结构分析。结果表明:167份甜玉米自交系的期望杂合度为0.09—0.50,平均值0.23;观测杂合度为0.0133—0.9521,平均值0.2495。主等位基因频率的变化范围为0.50—0.95,平均值0.85。多态性信息含量的变化范围为0.095—0.500,平均值0.228。群体遗传结构分析表明:当K=3时,交叉验证错误率最低,结合系统发育树,将167份甜玉米自交系划分为3个类群,该类群划分结果与基于种质来源(热带、亚热带和温带)划分结果基本一致。供试群体中甜玉米自交系整体上遗传变异较为丰富,部分类群有较好的应用潜力。本研究可为甜玉米新品种选育和杂种优势群构建提供技术依据。 展开更多
关键词 甜玉米 重测序 SNP标记 遗传多样性 群体遗传结构
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基于微卫星标记的中国近海龙头鱼群体遗传结构分析 被引量:1
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作者 黄新芯 刘玉萍 +1 位作者 宁子君 杨天燕 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第1期90-98,共9页
开展中国近海龙头鱼群体遗传结构研究,为我国龙头鱼资源的开发利用和渔业管理单元的划分提供遗传学背景资料。基于6个微卫星标记对2018—2020年采自连云港(LYG)、南通(NT)、三门(SM)、泉州(QZ)、湛江(ZJ)、北海(BH)和三亚(SY)的7个龙头... 开展中国近海龙头鱼群体遗传结构研究,为我国龙头鱼资源的开发利用和渔业管理单元的划分提供遗传学背景资料。基于6个微卫星标记对2018—2020年采自连云港(LYG)、南通(NT)、三门(SM)、泉州(QZ)、湛江(ZJ)、北海(BH)和三亚(SY)的7个龙头鱼群体的遗传结构和遗传分化进行评估和分析,共检测到111个等位基因,7个群体平均等位基因丰富度(R_(s))为7.944~10.087,平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.721~0.807和0.621~0.785,平均多态信息含量(PIC)为0.673~0.768,呈现较高的遗传多样性水平。SY和BH群体间的遗传距离最小(0.3022),BH和LYG群体间的遗传距离最大(0.5019)。两两群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0054~0.0737,东海和南海群体(SM、QZ、ZJ、BH、SY)与黄海群体(LYG、NT)之间存在显著的遗传分化,基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的UPGMA聚类树也显示LYG和NT群体独立于其他群体。将所有群体分为1个基因池或是2个基因池进行分子方差分析,均表明绝大部分遗传变异来源于群体内个体间。三维因子对应分析和Structure分析提示龙头鱼群体可划分为2个自由交配组群,在渔业管理上应视作不同的捕捞单元进行区别管理。 展开更多
关键词 龙头鱼 微卫星标记 遗传结构
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基于SSR分子标记的泰安老茶树资源遗传多样性分析
9
作者 李相花 韩笑翀 +4 位作者 鹿英 李涵宇 侯剑 孙衍鹏 韩晓阳 《山东农业科学》 北大核心 2025年第5期69-74,共6页
为探明泰安老茶树资源遗传多样性和群体结构,明确老茶树资源之间的遗传背景,本研究以214份泰安老茶树资源为对象,基于SSR分子标记技术测定结果计算老茶树资源遗传多样性参数,利用AMOVA分析、UPGMA聚类、分析等方法分析老茶树资源的遗传... 为探明泰安老茶树资源遗传多样性和群体结构,明确老茶树资源之间的遗传背景,本研究以214份泰安老茶树资源为对象,基于SSR分子标记技术测定结果计算老茶树资源遗传多样性参数,利用AMOVA分析、UPGMA聚类、分析等方法分析老茶树资源的遗传多样性PCoA及群体结构。结果表明,18对SSR引物共检测到65个等位基因,SSR位点平均有3.611个。对遗传多样性参数的分析显示,泰安老茶树资源的Shannon’s信息指数平均值为1.263,多态性信息含量平均值为0.506。UPGMA聚类分析结果表明,214份老茶树资源聚类为3个类群。AMOVA分析结果显示,老茶树资源群体内的遗传变异高于群体间。本研究得出的关于泰安老茶树资源遗传背景和群体结构的相关结论,可为将来开展茶树种质资源评价及新品种选育提供数据支撑和科学依据。 展开更多
关键词 茶树 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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天峻牦牛分子遗传多样性及群体遗传结构分析
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作者 吴志鹏 曹萍 +4 位作者 王贵元 李瑞哲 扎西东主 郭卫兴 马志杰 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期706-715,共10页
【目的】旨在揭示青海省天峻牦牛群体的分子遗传多样性、群体结构及遗传背景。【方法】利用mtDNA D-loop区序列及6个Y染色体标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3、OFD1Y10和INRA189)对37头天峻牦牛(35♂,2♀)进行分析,探究其遗传多样性、... 【目的】旨在揭示青海省天峻牦牛群体的分子遗传多样性、群体结构及遗传背景。【方法】利用mtDNA D-loop区序列及6个Y染色体标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3、OFD1Y10和INRA189)对37头天峻牦牛(35♂,2♀)进行分析,探究其遗传多样性、群体结构及系统发育情况。【结果】(1)37头天峻牦牛mtDNA D-loop区序列(617~618 bp)比对分析共检测到29处变异位点,包括3处单一多态位点和26处简约信息位点,根据序列间核苷酸变异确定了12种单倍型。母系遗传多样性分析显示,其单倍型多样度和核苷酸多样度分别达到0.836±0.045和0.011±0.005,与野牦牛及中国17个牦牛品种(群体)相比,其母系遗传多样性水平较低。系统发育分析显示天峻牦牛由2个母系遗传支系(Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ)组成,推测其拥有2个母系起源。(2)35头天峻牦牛Y-SNP和Y-STR标记联合分型中共确定了4种Y染色体单倍型(即H1Y1、H6Y1、H9Y1和H11Y2)。父系遗传多样性分析显示,天峻牦牛Y染色体单倍型多样度为0.356±0.099,父系遗传多样性水平较低。系统发育分析显示天峻牦牛4种Y染色体单倍型聚为2个父系支系(Y1和Y2),提示其有2个父系起源。【结论】天峻牦牛遗传多样性水平较低;由2个母系支系(Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ)和2个父系支系(Y1和Y2)组成,推测其拥有2个母系起源和2个父系起源。 展开更多
关键词 天峻牦牛 mtDNA D-loop区 Y染色体标记 遗传多样性 群体结构
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基于微卫星分子标记的福建省灰茶尺蠖遗传分化分析
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作者 陈钰洁 史凡 +4 位作者 江晨楠 高晓寒 林伊缤 李文韬 陈李林 《茶叶学报》 2025年第1期55-64,共10页
【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律... 【目的】灰茶尺蠖Ectropis grisescens Warren作为茶园常见的食叶性害虫,广泛分布于福建省各产茶区并造成了一定的经济损失。开发并设计关于灰茶尺蠖微卫星位点的引物,以及对福建省不同地理种群的遗传差异进行研究,以了解其种群发生规律,为其可持续防控技术的开发提供参考。【方法】应用MISA软件检索灰茶尺蠖基因组和转录组序列,并对位点分布规律进行整理描述。再通过Primer 3和TBtools软件设计引物并进行模拟扩增,最终使用3种引物荧光标记法得到5对具有多态性的微卫星位点,并对福建省4个灰茶尺蠖地理种群的分化程度进行分析。【结果】灰茶尺蠖SSR位点数量巨大,重复类型较多,重复基元均呈现明显的AT偏向性。4个地理种群在5个位点中均有部分位点存在显著偏离哈迪-温伯格平衡现象。【结论】4个地理种群中,泉州种群分化差异最大,宁德种群有明显分化,三明种群与南平种群之间差异较小。 展开更多
关键词 灰茶尺蛾 微卫星分子标记 遗传多样性 种群分化 地理种群
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利用微卫星标记分析山西3个地方牛群体的遗传多样性和遗传分化
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作者 李超杰 蒙萌 +6 位作者 李博 靳光 王坤 车雷杰 乔晓春 张元庆 牛晓艳 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第1期226-237,共12页
[目的]研究晋南牛、平陆山地牛和“太行云牛”3个群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况,为山西地方牛品种保护提供数据支持。[方法]采用12个微卫星标记对3个群体共230个个体进行PCR扩增、测序和分型,并对各群体的等位基因数、遗传... [目的]研究晋南牛、平陆山地牛和“太行云牛”3个群体的遗传多样性、遗传结构和遗传分化情况,为山西地方牛品种保护提供数据支持。[方法]采用12个微卫星标记对3个群体共230个个体进行PCR扩增、测序和分型,并对各群体的等位基因数、遗传杂合度、多态信息含量以及群体间的遗传距离等参数进行评估。[结果]12个微卫星标记中等位基因数为2~15个。3个群体的有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量的平均值分别为3.205~4.611、0.680~0.735、0.646~0.750和0.601~0.716。Hardy-Weinberg平衡(HWE)检测结果显示,除晋南牛在HAUT27座位上显著偏离HWE外(P<0.05),其余标记均未偏离HWE(P>0.05)。F统计量结果显示,群体内近交系数(F_(IS))为―0.012,群体平均近交系数(F_(IT))为0.043,群体分化系数(F_(ST))为0.054。UPGMA系统发育树结果表明,平陆山地牛和晋南牛聚为一支,“太行云牛”则单独为一支。主坐标分析(PCoA)结果显示,晋南牛和平陆山地牛两个群体间存在较近的亲缘关系,且不同群体间存在一定的遗传交流。STRUCTURE结果进一步发现,3个群体间存在一定的群体混杂现象。[结论]山西3个地方牛群体内遗传多样性水平较高,各种群的系统发育关系相对独立,且晋南牛与平陆山地牛之间存在较多的基因交流。本研究结果有助于深入理解山西地方牛群体的遗传结构,并对品种保护方案的制订提供了重要的数据基础。 展开更多
关键词 地方牛群体 微卫星 遗传多样性 遗传分化 遗传结构
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沈阳地区驴种群结构及遗传多样性分析
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作者 马永和 《中国畜禽种业》 2025年第7期29-36,共8页
该研究依据国际动物遗传学会推荐的13个微卫星标记体系,采用多重PCR技术对沈阳地区2个驴种群(SY1、 SY2)及德州驴(DZ)、关中驴(GZ)参照种群进行基因分型分析。结果显示:13个微卫星位点中有11个呈现高度多态性(PIC>0.5);各群体平均观... 该研究依据国际动物遗传学会推荐的13个微卫星标记体系,采用多重PCR技术对沈阳地区2个驴种群(SY1、 SY2)及德州驴(DZ)、关中驴(GZ)参照种群进行基因分型分析。结果显示:13个微卫星位点中有11个呈现高度多态性(PIC>0.5);各群体平均观测杂合度(Ho)为0.6205,其中SY2群体遗传多样性最高(Ho=0.6415),显著高于GZ群体(Ho=0.5858);基于Fst值的遗传分化分析表明,13个位点整体遗传分化系数为0.0821,属中等分化水平;NJ聚类分析显示SY1与DZ、 GZ种群遗传距离较近,而SY2与后两者呈现显著遗传分化。可见,所有受试群体均维持较高遗传多样性,其中SY2群体因具备更优的杂合度水平和独特遗传结构,在种质资源创新中显示出重要育种价值。 展开更多
关键词 驴品种 微卫星标记 PCR技术 遗传距离
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利用微卫星DNA标记对晋江马群体遗传多样性的研究
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作者 李媛媛 毕晓昆 +2 位作者 阿尔弗雷多·拉米雷斯-雷维科 凌遥 赵春江 《中国畜禽种业》 2025年第6期12-23,共12页
该研究利用微卫星DNA标记对晋江马的遗传多样性和群体结构进行了分析,通过与蒙古马、百色马、那曲马、岔口驿马、哈萨克马、阿拉伯马、贝尔修伦马等其他马品种的比较,分析了晋江马与国内外马品种的遗传关系。结果表明:晋江马遗传多样性... 该研究利用微卫星DNA标记对晋江马的遗传多样性和群体结构进行了分析,通过与蒙古马、百色马、那曲马、岔口驿马、哈萨克马、阿拉伯马、贝尔修伦马等其他马品种的比较,分析了晋江马与国内外马品种的遗传关系。结果表明:晋江马遗传多样性较为丰富,但保种场内群体的家系较少;晋江马与我国马品种遗传关系较近,尤其是与百色马关系紧密,而与国外马品种遗传距离较远。根据该研究结果可以推测晋江马在长期的演化过程中保留了较多的本地遗传特征,且与国内其他品种有较为紧密的联系。同时,由于家系较少,保种和遗传多样性的保护应成为重点,以确保晋江马的可持续发展。 展开更多
关键词 晋江马 微卫星DNA标记 遗传多样性
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Identification and Genetic Diversity Analysis of Chinese Mitten Crab(Eriocheir sinensis) in the Liao River Area 被引量:3
15
作者 Wang Shi-hui Li Chi-tao +4 位作者 Shang Mei Jia Zhi-ying Hu Xue-song Ge Yan-long Shi Lian-yu 《Journal of Northeast Agricultural University(English Edition)》 CAS 2018年第2期43-53,共11页
Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) is an indigenous and ecologically and economically important species in the Liao River area, but its identification and genetic diversity remain poorly understood. To evaluat... Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) is an indigenous and ecologically and economically important species in the Liao River area, but its identification and genetic diversity remain poorly understood. To evaluate the germplasm resources of this species, samples were collected from these locations: four sub-populations from the Liao River area and one population from the Yangtze River area; one primer was used to distinguish between the Liao River and the Yangtze River crabs. Thirteen loci were used for crab genetic diversity analysis, and basic statistics showed that the collecting samples were purebred in the Liao River area. The average observed heterozygosity (H0) of the Liao River population was 0.5931, and the expected heterozygosity (He) was 0.8064. The polymorphism information content (PIC) was 0.7753, which showed that the Liao River population had high genetic diversity. The genetic differentiation index (FST) averaged 0.0342, meaning a low degree of differentiation; cluster analysis indicated that Hujia (HJ), Xinli (XL) and Chenjia (CJ) sub-populations were allocated to the same cluster, while Baqiangzi (BQZ) sub-population was isolated. In summary, these data demonstrated that the crabs in the Liao River had high genetic diversity, but low genetic differentiation. Thus, the Liao River population had the potential for breeding selection. Furthermore, this study also provided valuable genetic information for the conservation of Chinese mitten crab. 展开更多
关键词 Chinese mitten crab genetic diversity microsatellite the Liao River population
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基于九个微卫星标记的核桃举肢蛾地理种群的遗传多样性分析 被引量:3
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作者 王琦琦 孙艳 唐光辉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期90-101,共12页
【目的】核桃举肢蛾Atrijuglans hetaohei是核桃Juglans regia上的一种重要蛀果性害虫,在我国北京、山东、山西、陕西、四川等核桃种植产业区普遍发生,严重影响核桃的产量和商品价值,造成严重的经济损失。本研究旨在明确核桃举肢蛾地理... 【目的】核桃举肢蛾Atrijuglans hetaohei是核桃Juglans regia上的一种重要蛀果性害虫,在我国北京、山东、山西、陕西、四川等核桃种植产业区普遍发生,严重影响核桃的产量和商品价值,造成严重的经济损失。本研究旨在明确核桃举肢蛾地理种群遗传分化和地理分布特点,阐明其不同地理种群间的遗传结构,了解其种群扩散规律,为核桃举肢蛾的防控提供理论指导。【方法】基于核桃举肢蛾转录组测序结果,使用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳分型方法,利用筛选的多态性微卫星位点对我国8个省/市(北京、河北、河南、山东、山西、陕西、甘肃和四川)的16个地理种群共319头核桃举肢蛾样本进行种群遗传多样性分析,使用STRUCTURE和BAPS软件分析其种群遗传结构,并对影响其地理分布的因素进行探讨。【结果】核桃举肢蛾9个SSR位点具有较高的多态性,且多数位点未偏离哈迪-温伯格平衡。核桃举肢蛾各地理种群遗传多样性中等偏低(有效等位基因数Ne为1.334~1.824,期望杂合度He为0.203~0.342),种群间遗传分化较小(遗传分化系数F_(ST)<0.142),种群间基因流差异较大(Nm为1.518~23.800)。核桃举肢蛾地理种群间遗传分化程度与地理距离间有显著相关性(R^(2)=0.226)。16个核桃举肢蛾地理种群可分为两支,即东部和西部种群。AMOVA分析表明,核桃举肢蛾种群间遗传变异较小,且种群变异主要来源于种群内;种群内的遗传分化系数FCT值在0.03941~0.06449之间,表明地理阻隔和气候差异不是影响核桃举肢种群遗传结构和地理分布格局的主要因素。【结论】核桃举肢蛾地理种群遗传多样性中等偏低,不同地理种群间存在较低水平的遗传分化和差异较大的基因流。鉴于核桃举肢蛾特殊的生活史和独特的生物学特性,结合种群遗传结构分析结果,我们推测河流对核桃举肢蛾地理种群基因流的阻碍作用强于山川,而作为主要经济果树害虫,人类活动可能是干扰核桃举肢蛾种群地理分布的最主要因素。 展开更多
关键词 核桃举肢蛾 地理种群 微卫星标记 遗传多样性 种群遗传结构 基因流
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基于微卫星标记的小花老鼠簕遗传多样性研究 被引量:1
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作者 高霆炜 童立豪 +2 位作者 钟云旭 阎冰 陈思婷 《广西科学》 CAS 北大核心 2024年第4期754-762,共9页
为探究导致小花老鼠簕(Acanthus ebracteatus)濒危的原因,本研究通过荧光标记毛细管电泳检测方法,筛选出9个多态性微卫星位点对小花老鼠簕的4个群体进行遗传多样性研究。结果表明:9个多态性微卫星位点在4个群体中共检测到61个等位基因,... 为探究导致小花老鼠簕(Acanthus ebracteatus)濒危的原因,本研究通过荧光标记毛细管电泳检测方法,筛选出9个多态性微卫星位点对小花老鼠簕的4个群体进行遗传多样性研究。结果表明:9个多态性微卫星位点在4个群体中共检测到61个等位基因,平均每个位点6.778个,多态性信息含量(PIC)为0.589。群体平均等位基因为3.167,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为0.396和0.442。分子方差分析(AMOVA)结果显示,4个小花老鼠簕群体间变异为36%,群体内变异为64%,遗传变异主要来自群体内不同的个体间。聚类分析和主成分分析(Principal Co-ordinates Analysis,PCoA)结果具有一致性,4个群体被分为两大类,广东广州单独聚为一类,广东湛江、广西防城港和海南文昌聚为一类。4个群体均具有较高的遗传多样性,分类结果与各群体地理位置分布基本一致。小花老鼠簕濒危并非遗传多样性低引起,可能是人类活动、繁育以及病虫害等导致的。本研究为小花老鼠簕的保护及开发利用提供理论依据。 展开更多
关键词 小花老鼠簕 微卫星 遗传多样性 种群特征 保护策略
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利用SSR标记分析普通野生稻遗传多样性 被引量:2
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作者 董超 张斐斐 +5 位作者 汤翠凤 阿新祥 甘树仙 杨雅云 刘自单 戴陆园 《广东农业科学》 2024年第11期28-38,共11页
【目的】揭示中国云南景洪、云南元江、江西东乡、缅甸普通野生稻(OryzarufipogenGriff.)遗传多样性,以及云南景洪和元江普通野生稻原、异位保存下变异情况。【方法】利用36对SSR标记对来自云南景洪异位保护与原位保护区、云南元江异位... 【目的】揭示中国云南景洪、云南元江、江西东乡、缅甸普通野生稻(OryzarufipogenGriff.)遗传多样性,以及云南景洪和元江普通野生稻原、异位保存下变异情况。【方法】利用36对SSR标记对来自云南景洪异位保护与原位保护区、云南元江异位保护与原位保护区、江西东乡及缅甸共102份普通野生稻进行检测,开展不同地理来源及不同保存方式下普通野生稻居群遗传多样性比较与聚类分析。【结果】供试普通野生稻检测出等位变异(Na)110个,平均3.056个,变幅为1~5个;Nei's基因多样性指数(I)平均为0.448。不同地理来源Nei’s基因多样性指数大小为:缅甸(0.561)>云南景洪(0.437)>云南元江(0.236)>江西东乡(0.230),云南景洪和元江的普通野生稻Nei’s基因多样性指数均表现为异位保护区大于原位保护区(云南景洪:0.498>0.131,云南元江:0.264>0.035)。聚类与遗传分化分析显示,供试材料平均遗传相似系数为0.772,变幅0.260~1.000;在遗传相似系数0.635处可将供试材料划分为云南景洪、云南元江、江西东乡及缅甸居群。云南景洪原位保护区与缅甸的普通野生稻遗传距离较近(0.560),云南元江原位保护区与江西东乡的普通野生稻遗传距离较近(0.552);而云南元江原位保护区与景洪原位保护区的普通野生稻遗传距离为0.748,表明云南元江和景洪普通野生稻有明显的遗传分化。【结论】不同地区的普通野生稻遗传分化有明显的地域性,云南景洪和元江普通野生稻遗传多样性因原生境居群减少而下降。 展开更多
关键词 普通野生稻 SSR标记 遗传多样性 居群 原位保护 异位保护 遗传分化
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苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体微卫星遗传多样性的评估
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作者 胡玉婷 凌俊 +6 位作者 江河 汪焕 潘庭双 段国庆 周华兴 杨敏 李彤 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第6期178-187,共10页
为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖群体的遗传背景,进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据,本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示,所有群体的遗传多... 为评估奇数年江苏和安徽中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)养殖群体的遗传背景,进而为后续的遗传改良及新品种培育提供科学依据,本研究利用10对微卫星标记分析了6个中华绒螯蟹养殖群体的遗传多样性和遗传结构。结果显示,所有群体的遗传多样性水平都较高且相近(等位基因数N_(a)=16.0~18.4,有效等位基因数N_(e)=10.1~12.4,观测杂合度H_(o)=0.759~0.836,期望杂合度H_(e)=0.897~0.916,多态信息含量PIC=0.870~0.892)。群体间遗传距离D_(n)(0.154~0.277)、遗传分化系数Fst(0.001~0.011)均较小,分子方差分析(AMOVA)结果中群体间遗传变异仅占0.47%,一致表明群体间不存在显著遗传分化。群体间系统发育树显示,6个养殖群体具有共同的祖先型,高淳群体与其他群体亲缘关系最远,结合其高的遗传多样性水平,高淳群体可作为选育基础群之一。Structure遗传结构分析显示,每个养殖群体的遗传组成多样且比例近似,结合近交系数和瓶颈效应分析表明,中华绒螯蟹养殖群体存在较大程度的外源种质混杂。综上,苏皖地区中华绒螯蟹养殖群体遗传多样性仍然较高,具有潜在的开发与利用价值,但其可能存在种质混杂,在开展后续的良种选育时,需对养殖群体进行进一步的研究,提纯种质,使其种质资源得到合理的可持续性利用。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 遗传多样性 微卫星 养殖群体
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用微卫星标记分析卵形鲳鲹两个繁育群体的遗传结构
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作者 鲁翠云 罗鸣 +4 位作者 郑先虎 刘龙龙 张国庆 刘天奇 陈有铭 《水产学杂志》 2024年第5期28-36,44,共10页
为了解卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)海南省主要繁育群体的遗传组成及制订科学的繁殖配组方案,利用30个微卫星标记分析6龄、体质量10~15 kg的海南省青利水产繁殖有限公司(QL)和海南省蓝海洋水产养殖有限公司(LH)的繁育群体的遗传结构。... 为了解卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)海南省主要繁育群体的遗传组成及制订科学的繁殖配组方案,利用30个微卫星标记分析6龄、体质量10~15 kg的海南省青利水产繁殖有限公司(QL)和海南省蓝海洋水产养殖有限公司(LH)的繁育群体的遗传结构。在96个样本中共检测到275个等位基因,多态信息含量(PIC)为0.041~0.950,平均为0.570,其中19个位点高度多态(PIC≥0.5)。QL群体和LH群体的平均等位基因数(No)分别为6.433和8.600;有效等位基因数(Ne)为3.591和4.215;观测杂合度(Ho)为0.600和0.593;多态信息含量(PIC)为0.544和0.573。LH群体的No极显著高于QL群体(P<0.05),而Ne、Ho、PIC在群体间差异不显著(P>0.05)。遗传结构评估结果表明,两个群体均处于高度多态水平(PIC≥0.5),具备进一步选育优良品系、持续繁育苗种的遗传基础。等位基因频率的分子方差分析(AMOVA)结果显示,两个群体间的遗传分化系数(Fst)为0.0199,群体间遗传分化较小(Fst<0.05)。遗传组成分析结果显示,两个繁育群体主要原始亲本来源相似。本研究结果可为合理利用卵形鲳鲹苗种繁育群体提供参考。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 微卫星 繁育群体 遗传结构
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