固醇调节元件结合蛋白1及其靶基因网络 被引量：16

1

作者 汤晓丽 邓立彬 +6 位作者 林加日 张伟龙 刘双梅 魏懿 梅普明 汪雁 梁尚栋 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期607-615,共9页

固醇调节元件结合蛋白1(Sterol regulatory element-binding protein 1,SREBP-1)是重要的核转录因子之一,能调控内源性胆固醇、脂肪酸、甘油三酯和磷脂合成所需酶的表达,以维持血脂动态平衡。研究表明,SREBP-1及其靶基因网络的异常可引... 固醇调节元件结合蛋白1(Sterol regulatory element-binding protein 1,SREBP-1)是重要的核转录因子之一,能调控内源性胆固醇、脂肪酸、甘油三酯和磷脂合成所需酶的表达,以维持血脂动态平衡。研究表明,SREBP-1及其靶基因网络的异常可引起胰岛素抵抗、Ⅱ型糖尿病、心功能紊乱、血管并发症和肝脂肪变等一系列代谢性疾病。近年高通量组学技术的发展极大扩展了对SREBP-1靶基因及其转录调控模式的了解。文章对SREBP-1蛋白结构、活化过程、DNA结合位点及其调控的靶基因等方面的研究进展进行了综述,并着重介绍了基于组学数据的转录调控网络的构建,这将有助于更好的认识SREBP-1在脂类代谢中的作用,为深入探讨脂质代谢性疾病的治疗提供新线索。 展开更多

关键词 固醇调节元件结合蛋白1 靶基因 基因调控网络 脂类代谢

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miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源 被引量：7

2

作者 刘卓琦 万福生 罗达亚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期121-127,共7页

微小RNA(microRNA,miRNA)是一类广泛存在于动植物中,大小约22 nt的单链非编码小分子RNA.它通过与靶mRNA 3'末端非翻译区(untranslational region,UTR)结合,使mRNA降解或翻译抑制.大量的研究结果表明,miRNA在动植物的生长发育、细胞... 微小RNA(microRNA,miRNA)是一类广泛存在于动植物中,大小约22 nt的单链非编码小分子RNA.它通过与靶mRNA 3'末端非翻译区(untranslational region,UTR)结合,使mRNA降解或翻译抑制.大量的研究结果表明,miRNA在动植物的生长发育、细胞分化、细胞增殖与凋亡、肿瘤发生等诸多环节发挥着重要的调节作用.目前,miRNA靶基因的筛选方法主要有生物信息学筛选和实验方法两大类,且在互联网上拥有大量相关的网络共享资源.本文通过对现有miRNA靶基因的筛选方法及其相关网络资源进行整理与比较分析,以有效指导并辅助miRNA领域的研究. 展开更多

关键词 MICRORNA 靶基因 网络资源

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基于KEGG通路和基因互作网络对溃疡性结肠炎药靶基因的筛选 被引量：4

3

作者 赵秋枫 王实 +4 位作者 姜洋 李非 罗灵和 夏亮 徐平珍 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2016年第11期2681-2684,I0004,I0005,共6页

目的:筛选与溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)相关的药靶基因,利用DAVID通路数据库和基因互做网络分析目标基因的分布和功能,促进UC的研究和新药靶点开发。方法:以ulcerative colitis检索NCBI gene数据库,提取UC相关基因数据,用DAVI... 目的:筛选与溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)相关的药靶基因,利用DAVID通路数据库和基因互做网络分析目标基因的分布和功能,促进UC的研究和新药靶点开发。方法:以ulcerative colitis检索NCBI gene数据库,提取UC相关基因数据,用DAVID分析工具提取基因富集的通路数据。对103个非冗余基因所显著富集的9条KEGG通路进行了分析,同时对富集通路中的基因同HPRD人类蛋白互作网络进行匹配。建立通路中关键基因的基因互做网络。并对所建立的相关子网进行比较,筛选和UC相关的药靶基因。结果:CD40、FAS、TNF、CD86、HLA-DRA、IL2和IL10等20个UC相关基因需要完善研究,AKT1和TNFRSF1A两个基因可能是UC治疗药物间接作用的重要靶点。结论 UC发病与细胞因子-受体相互作用通路、Ig A生产肠道免疫网络等多个通路相关。其中免疫相关通路是UC发病机制中的重要信号传导通路。CD40、FAS、TNF、CD86、HLA-DRA、IL2和IL10等20个UC相关基因在病理和治疗中都占有重要的地位。通过分析疾病相关基因的代谢通路和互作网络,有助于了解疾病的分子病理基础,并为新药设计提供可靠靶点。 展开更多

关键词 溃疡性结肠炎 基因互做网络 KEGG通路 药物靶点

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基于网络药理学探究化瘀祛痰方介导hsa-miR-93的靶基因机制探究

4

作者 崔运浩 王群 +1 位作者 宋囡 贾连群 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2022年第2期39-42,I0015-I0017,共7页

目的应用网络药理学技术及miRNA挖掘技术探究化瘀祛痰方介导hsa-miR-93的靶基因作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)检索化瘀祛痰方各中药的化学成分和作用靶点。并... 目的应用网络药理学技术及miRNA挖掘技术探究化瘀祛痰方介导hsa-miR-93的靶基因作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)检索化瘀祛痰方各中药的化学成分和作用靶点。并在targetscan、miRDB、PicTar、microRNA数据库中对hsa-miR-93的靶基因进行预测。并在Cytoscape 3.7.2中构建化瘀祛痰方-有效成分-靶基因-hsa-miR-93网络图。以及String网站中构建相关的蛋白质相互作用关系图,最后在David数据库和R3.6.2中进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果预测得到化瘀祛痰方173个活性化合物,hsa-miR-93交集靶基因279个,其中38个活性化合物与16个hsa-miR-93靶基因呈现潜在作用机制,并且富集到其作用机制可能存在于酶抑制剂活性、核激素受体结合、蛋白激酶活性调节、细胞周期蛋白依赖性活性调节等生物学功能,其通路可能与细胞周期、细胞衰老、肝细胞癌、癌症中的MicroRNAs、JAK-STAT、AMPK、HIF-1等信号通路有关,并可能与ESR1、SLC2A4、CCND1、APP、ATP1A2等靶基因起着重要作用。结论通过网络药理学的方法探究了化瘀祛痰方介导hsa-miR-93的多成分-多靶点-多通路的作用机制特点,为进一步揭示化瘀祛痰方介导hsa-miR-93的靶基因作用机制提供了新思路和新方法。 展开更多

关键词 网络药理学 化瘀祛痰方 hsa-miR-93 靶基因

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基于TCGA数据库筛选与三阴型乳腺癌预后相关的miRNAs及其基因网络

5

作者 宋玥莹 高超 +3 位作者 陈文俊 邵艾彧 乔乙春 李卓林 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期392-399,共8页

目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRN... 目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,通过生存分析明确与患者预后相关的miRNAs。利用miRDB和miRWalk3.0在线数据库筛选miRNAs的靶基因,Cytoscape 3.8.2软件明确miRNA-信使核糖核酸(mRNA)调控网络,利用R软件limma数据包筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,利用R软件clusterProfiler包分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:生存分析,miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b与TNBC患者的预后有关,且上述miRNAs表达量越低,TNBC患者预后越差。筛选出受这6种miRNAs调控的靶基因224个。基因本体论(GO)功能富集分析,靶基因主要参与乳腺腺泡的发育、DNA转录的正向调控以及血管生成等功能;京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,靶基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用以及胰岛素分泌信号等通路。网络分析,miR-9、miR-17、溶质载体家族24成员2(SLC24A2)、vav鸟苷酸交换因子3(VAV3)、三部结构域含有36(TRIM36)、突触标记素1(SYT1)、富勒林和Sec7结构域含有3(PSD3)、过氧化物酶体增殖物活化受体α(PPARA)、RNA聚合酶Ⅲ亚基G(POLR3G)、多形性腺瘤基因1(PLAG1)、泛素相关和SH3结构域含有B(UBASH3B)及SH3结构域和四重肽重复2(SH3TC2)是调控网络中的关键基因,其中miR-9-SYT1、miR-9-KIF13B、miR-9-KITLG、miR-17-SLC24A2、miR-31-SLC24A2、miR-146a-SYT1、miR-146a-KIF13B、miR-188-SLC24A2和miR-188-SLC24A2的miRNA-mRNA相互作用最为密切。结论:miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b及其靶基因参与乳腺腺泡发育和血管生成等生理过程,与TNBC患者的不良预后密切相关。 展开更多

关键词 三阴型乳腺癌 微小核糖核酸 预后 调控网络 靶基因

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东方蜜蜂微孢子虫侵染过程中nce-miR-26675及其靶基因NcSec24的研究

6

作者 赵萧 荆欣 +5 位作者 冯佩林 张艺琼 任亚萍 姚雨彤 黄枳腱 郭睿 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期662-670,共9页

【目的】探明nce-miR-26675通过靶向调控蛋白转运体NcSec24基因的表达参与东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂的过程,为其侵染意大利蜜蜂工蜂的机制提供依据。【方法】联用RNAhybrid、miRanda和TargetScan软件预测nce-miR-26675的靶基... 【目的】探明nce-miR-26675通过靶向调控蛋白转运体NcSec24基因的表达参与东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂的过程,为其侵染意大利蜜蜂工蜂的机制提供依据。【方法】联用RNAhybrid、miRanda和TargetScan软件预测nce-miR-26675的靶基因,取交集作为靶基因集合。使用Blast工具将靶基因比对到基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库以获得相应的功能和通路注释。采用RT-qPCR检测东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂过程中nce-miR-26675和NcSec24的表达谱。利用Expasy网站上的相关软件预测和分析NcSec24的理化性质和分子特性。分别使用MEME和TBtools软件鉴定东方蜜蜂微孢子虫和其他物种NcSec24蛋白的保守基序和结构域。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的NcSec24蛋白进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建了基于NcSec24蛋白的系统进化树。【结果】nce-miR-26675靶向NcSec24等13个基因,其中,10个靶基因可注释到GO中的37个功能条目,6个基因注释KEGG中的23条KEGG通路。与接种后1 d相比,nce-miR-26675的表达量在接种后2 d显著上调(P<0.05),在接种后3、4 d显著下调(P<0.05),呈现先上升再下降的趋势;NcSec24的表达量在接种后2、3、4 d均显著下调(P<0.05),表现出持续下降的趋势。NcSec24的分子质量约为80.419 ku,等电点为5.60,分子式为C3671H5653N897O1067S31,平均亲水系数为-0.035;NcSec24不含典型信号肽,可同时定位于细胞核和细胞质;NcSec24含4个结构域(Sec23_trunk、Sec23_helical、zf-Sec23_Sec24和Sec23_BS)与5个保守基序(motif1、motif2、motif3、motif4和motif5);东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、颗粒病微孢子虫、泰氏康罗汉孢虫的NcSec24聚为一支。【结论】nce-miR-26675通过靶向调控NcSec24的表达参与东方蜜蜂微孢子虫侵染意大利蜜蜂工蜂的过程。NcSec24是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,东方蜜蜂微孢子虫、家蚕微孢子虫、颗粒病微孢子虫和泰氏康罗汉孢虫的Nc-Sec24同源性较高。 展开更多

关键词 蜜蜂 西方蜜蜂 东方蜜蜂微孢子虫 微小RNA 靶基因 调控网络

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基于加权基因共表达网络和癌症基因组图谱临床数据分析并鉴定肝细胞癌的Hub基因研究

7

作者 陈超 陈天翔 +5 位作者 刘钱伟 张秩 王欢欢 吴平平 高磊 于照祥 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2024年第32期4050-4059,共10页

背景 肝细胞癌(HCC)是全球常见的癌症相关死亡的第三大原因,约占所有原发性肝癌病例的90%,其复发率和死亡率较高,目前发生的分子机制仍不清楚。目的 探索HCC潜在的分子机制,发掘新的生物标志物。方法 从TCGA数据库下载RNA-seq表达数据... 背景 肝细胞癌(HCC)是全球常见的癌症相关死亡的第三大原因,约占所有原发性肝癌病例的90%,其复发率和死亡率较高,目前发生的分子机制仍不清楚。目的 探索HCC潜在的分子机制,发掘新的生物标志物。方法 从TCGA数据库下载RNA-seq表达数据和临床相关信息,通过差异基因表达分析正常肝脏组织与HCC组织的差异基因;对差异表达基因进行富集分析;基于TCGA中HCC的基因表达数据概况,使用WGCNA R包建立共表达网络,进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),选择具有临床意义的模块,并筛选候选Hub基因;进一步分析候选Hub基因在HCC组织和正常肝脏组织显著差异表达、与HCC患者总体生存期和无病生存期是否显著相关,最终确定Hub基因;通过人类蛋白质图谱数据库对Hub基因蛋白表达进行验证。结果 本研究的基因表达数据来自50个正常肝脏组织样本和373个HCC组织样本。通过差异基因表达分析发现7 230个在HCC和正常肝脏组织之间差异表达的基因(HCC中3 691个上调基因和3 539个下调基因)。富集分析表明,上调的差异表达基因主要参与细胞周期调控和有丝分裂过程;下调的差异表达基因主要参与小分子代谢和有机酸代谢等过程。WGCNA确定了19个与HCC患者临床特征相关基因模块,通过分析模块与临床特征之间的关系,筛选出青色模块和紫色模块。青色模块基因中同时与患者总生存期和无病生存期强烈相关的前两个基因为VPS45和FAM189B;紫色模块基因中同时与患者总生存期和无病生存期强烈相关的前两个基因分别为CLEC1B和FCN3,因此将VPS45、FAM189B、CLEC1B和FCN3确定为最终的Hub基因。人类蛋白质图谱数据库免疫组织化学染色显示:VPS45和FAM189B在HCC组织中的表达高于正常肝脏组织,FCN3在HCC组织中的表达低于正常肝脏组织,CLEC1B在HCC组织和正常肝脏组织中表达差异不明显。结论 初步确定VPS45、FAM189B、CLEC1B和FCN3可能是HCC的新型潜在生物标志物,这些Hub基因可能为HCC的靶向治疗提供理论基础。 展开更多

关键词 癌 肝细胞 加权基因共表达网络分析 Hub基因 分子靶向治疗

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Bta-miR-223靶基因及调控网络的生物信息学分析 被引量：1

8

作者 韩硕 王宇轩 +4 位作者 刘娟 邹紫雯 李鑫丽 罗林 沈冰蕾 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2171-2174,共4页

旨在预测奶牛microRNA-223(bta-miR-223)的候选靶基因,并对其进行蛋白质互作分析、信号通路富集分析,构建其可能参与的调控网络,为bta-miR-223参与乳腺炎抗性调控机制研究提供理论依据。利用Targetscan和miRWalk在线分析工具预测其候选... 旨在预测奶牛microRNA-223(bta-miR-223)的候选靶基因,并对其进行蛋白质互作分析、信号通路富集分析,构建其可能参与的调控网络,为bta-miR-223参与乳腺炎抗性调控机制研究提供理论依据。利用Targetscan和miRWalk在线分析工具预测其候选靶基因,利用STRING和DAVID在线分析工具分别对候选靶基因进行蛋白质互作分析以及KEGG通路分析,最后使用Cytoscape可视化软件绘制bta-miR-223候选靶基因可能重点参与的调控网络。结果表明,bta-miR-223候选靶基因FBXO30与SMURF2,FBXW7与UBA2等存在蛋白互作关系。KEGG通路富集分析结果显示,这些候选靶基因参与上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用以及PI3K-Akt、TGF-β、AMPK等信号通路。结果提示,bta-miR-223的候选靶基因FBXO30、SMURF2、FBXW7、UBA2等可能通过参与抗原加工、先天免疫系统和中性粒细胞脱颗粒反应,以及上皮细胞的细菌入侵、胞吞作用、PI3K-Akt等信号通路发挥重要作用。 展开更多

关键词 bta-miR-223 靶基因预测 蛋白质互作 信号通路 调控网络

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MicroRNA-26a及其靶基因Smad2在抑制增生性瘢痕形成中的作用

9

作者 吴杨炀 曹玲 +1 位作者 张霞 祁俊 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期148-153,共6页

目的探讨microRNA-26a(miR-26a)及靶基因Smad2(mothers against decapentaplegic homolog 2)在增生性瘢痕(hypertrophic scar,HS)中的表达情况,以及在HS形成中可能发挥的作用。方法选取20例患者(年龄17~58岁;女性13例,男性7例),均接受... 目的探讨microRNA-26a(miR-26a)及靶基因Smad2(mothers against decapentaplegic homolog 2)在增生性瘢痕(hypertrophic scar,HS)中的表达情况,以及在HS形成中可能发挥的作用。方法选取20例患者(年龄17~58岁;女性13例,男性7例),均接受过瘢痕切除及自体皮肤移植,获取的20对HS和正常皮肤组织(NS),以及人胚胎皮肤成纤维细胞(CCC-ESF-1)和人HS成纤维细胞(hHSF)等,采用RT-qPCR和Western blot检测HS和NS中miR-26a的表达,统计分析miR-26a、Smad2与HS的相关性,利用双荧光素酶报告系统验证Smad2是否为miR-26a的靶基因;通过过表达和干扰Smad2,用RT-qPCR和Western blot检测ColⅠ和ColⅢ表达的变化。结果 HS组织和hHSF中miR-26a的表达水平显著低于NS(P<0.05),在HS组织和hHSF细胞中Smad2表达显著升高(P<0.05);miR-26a能够靶向调节Smad2活性;Smad2过表达和敲低分别促进和抑制ColⅠ和ColⅢ的表达。结论 HS患者中低表达的miR-26a可能通过上调靶基因Smad2,参与HS形成。 展开更多

关键词 microrna-26a 靶基因 SMAD2 瘢痕

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基于广泛靶向代谢组学研究外源酶对夏绿茶茶汤苦涩味的影响

10

作者 陈善敏 罗红玉 +3 位作者 常睿 王奕 袁林颖 杨娟 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第13期196-203,共8页

夏季绿茶比春绿茶苦涩味重,滋味品质差,而外源酶能改善茶汤口感,但其关键化合物仍不明晰。为探明外源酶在改善夏季绿茶茶汤口感的作用及其关键代谢物,该研究采用感官审评、电子舌和广泛靶向代谢组学对经纤维素酶、单宁酶及其复合酶处理... 夏季绿茶比春绿茶苦涩味重,滋味品质差,而外源酶能改善茶汤口感,但其关键化合物仍不明晰。为探明外源酶在改善夏季绿茶茶汤口感的作用及其关键代谢物,该研究采用感官审评、电子舌和广泛靶向代谢组学对经纤维素酶、单宁酶及其复合酶处理后的茶汤中滋味特性和代谢物进行了分析。感官评价和电子舌结果表明,所有酶处理组的苦味和涩味预测浓度均显著低于对照组(P<0.05),纤维素酶-单宁酶复合(cellulase-tannase treatment,CTT)处理组在改善夏绿茶茶汤苦涩味方面效果最好。利用代谢组学共鉴定到576种代谢物,其中192种差异代谢物是参与外源酶处理的关键代谢物。对代谢物及茶汤滋味特性进行加权基因共表达网络分析,结果表明,CTT处理可能产生了4种呈甜味物质(根皮素、乳糖醇、异甘草素和阿斯巴甜)和1种呈甜香化合物(1-苯乙醇)来改善夏季绿茶茶汤苦涩味。该研究解释了外源酶可能通过增加呈甜味(香)物质的含量来改善夏季绿茶茶汤的口感,可为茶汤滋味品质改善、茶饮料滋味的精确调控和夏季鲜叶资源的合理利用提供理论依据。 展开更多

关键词 夏季绿茶茶汤 外源酶 广泛靶向代谢组学 加权基因共表达网络分析

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基于KEGG通路和基因网络对肝纤维化靶点基因的筛选 被引量：4

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作者 郑洋 刘露露 +2 位作者 王佳慧 傅品悦 赵铁建 《辽宁中医杂志》 CAS 2019年第7期1345-1347,1565-1566,共4页

目的:运用DAVID数据库得到通路和基因的相关信息,分析出重要基因的功能和分布,筛选出与肝纤维化(hepatic fibrosis,HF)相关的靶点基因,促进对HF发病机制的研究以及新药的开发。方法:用hepatic fibrosis为关键词在NCBI数据库中检索HF的... 目的:运用DAVID数据库得到通路和基因的相关信息,分析出重要基因的功能和分布,筛选出与肝纤维化(hepatic fibrosis,HF)相关的靶点基因,促进对HF发病机制的研究以及新药的开发。方法:用hepatic fibrosis为关键词在NCBI数据库中检索HF的相关基因,将得到的基因数据导入DAVID数据库,得到基因富集的通路数据。95个非冗余基因富集在16条KEGG通路进行了分析,将95个基因输入String数据库做相互作用的网络图,将富集在通路上的关键基因也做网络图,并且将这两个网络图进行比较。结果:在两张网络图中IL6、TGFB1、TNF、IL10、NFKB1、TLR4都是处于度排名靠前的基因。结论:IL6、TGFB1、TNF、IL10、NFKB1、TLR4需要我们进一步的去深入研究,通过分析与疾病相关基因的所在通路和基因之间互作的网络图,有利于我们了解疾病的发病机制,并为新药研发提供可靠的靶点。 展开更多

关键词 肝纤维化 KEGG通路 基因网络 靶点基因

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基于网络药理学和动物实验研究复元益肾方治疗阿尔茨海默病机制

12

作者 杜若飞 马慧芬 +3 位作者 王自闯 贾亚泉 张振强 宋军营 《世界中医药》 北大核心 2025年第10期1661-1671,共11页

目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观... 目的:基于网络药理学结合动物实验探讨复元益肾方治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:动物实验通过水迷宫评价携带5个转基因突变的转基因小鼠(5×FAD)小鼠学习功能,苏木精-伊红(HE)染色、免疫组织化学检测脑组织病理,透射电镜观察神经元超微结构。用超高效液相色谱-四极杆-轨道阱高分辨质谱联用技术(LC-MS)表征复元益肾方化学成分,筛选其与AD共有靶点,构建京都基因和基因组百科全书(KEGG)、基因本体(GO)富集分析。蛋白质印迹法(WB)检测哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR/mTOR)、低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、己糖激酶2(HK2)、抑癌基因P53蛋白表达情况。结果:与模型组比较,复元益肾方组可明显缩短逃避潜伏期(P<0.05),增加穿越平台次数(P<0.01)和目标象限时间(P<0.01),明显下调海马区和皮质区β-淀粉样蛋白(Aβ)表达(P<0.01),增加神经元数量,减少Aβ斑块沉积,改善神经元和小胶质细胞胞质形态。复元益肾方经LC-MS检测得到145种成分,与AD共有靶点320个;GO富集分析得到2 832条生物过程、152条细胞组分、293条分子功能;KEGG富集分析得到198条信号通路,涉及HIF-1α通路、P53通路、mTOR通路等。WB结果显示,与模型组比较,复元益肾方组p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53蛋白表达显著降低。结论:复元益肾方减少Aβ斑块沉积,改善神经元损伤和小胶质细胞形态,发挥治疗AD作用,其机制可能与调控p-mTOR/mTOR、HIF-1α、HK2、P53等蛋白表达有关。 展开更多

关键词 阿尔茨海默病 复元益肾方 网络药理学 小胶质细胞 低氧诱导因子-1Α 抑癌基因53 哺乳动物雷帕霉素靶蛋白 己糖激酶2

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槲皮素通过调控TP53基因抑制肾透明细胞癌的增殖和迁移

13

作者 高俊杰 叶开 吴竞 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第2期313-321,共9页

目的筛选槲皮素治疗肾透明细胞癌(ccRCC)的潜在分子靶点。方法运用网络药理学方法从多个数据库中筛选槲皮素的治疗靶点,运用孟德尔随机化方法从4907种血浆蛋白中筛选与ccRCC显著相关的靶点,构建药物-疾病网络模型,筛选出潜在的关键靶点... 目的筛选槲皮素治疗肾透明细胞癌(ccRCC)的潜在分子靶点。方法运用网络药理学方法从多个数据库中筛选槲皮素的治疗靶点,运用孟德尔随机化方法从4907种血浆蛋白中筛选与ccRCC显著相关的靶点,构建药物-疾病网络模型,筛选出潜在的关键靶点,运用生物信息学技术评估这些靶点的作用,培养ccRCC细胞并用不用浓度槲皮素处理,行CCK-8实验、创伤愈合实验、RT-qPCR和Western blotting对筛选靶点进行验证。结果网络药理学和孟德尔随机化综合分析筛选出了TP53(OR=3.325,95%CI:1.805-6.124,P=0.0001)、ARF4(OR=0.173,95%CI:0.065-0.456,P=0.0003)和DPP4(OR=0.463,95%CI:0.302-0.711,P=0.0004)3个槲皮素治疗ccRCC的核心靶点。生物信息学分析表明TP53在肾透明细胞癌中表达增高(P<0.001);生存分析显示高表达TP53的肾癌患者预后更差(P<0.001);分子对接显示槲皮素与TP53的结合能为-5.83 kcal/mol;CCK-8实验和创伤愈合实验显示槲皮素在体外抑制786-O细胞的增殖和迁移(P<0.05);RT-qPCR和Western blotting显示槲皮素在体外抑制TP53 mRNA和蛋白的表达(P<0.05)。结论TP53可能是槲皮素治疗ccRCC的关键靶点,为槲皮素治疗肾透明细胞癌的分子机制研究奠定了基础。 展开更多

关键词 槲皮素 肾透明细胞癌 网络药理学 孟德尔随机化 TP53基因 分子靶点

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基于随机矩阵理论分析乳腺癌基因网络 被引量：1

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作者 李蓉 郑浪 +1 位作者 任喜梅 刘超飞 《江西师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2020年第5期495-500,共6页

利用随机矩阵理论分析乳腺癌基因微阵列数据,得到乳腺癌基因共表达网络,找出乳腺癌基因共表达网络中重要的增殖模块和免疫模块,并预测基因PMSCL1与乳腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移有关,基因CCAN2与乳腺癌细胞的有丝分裂有关,基因SCYA5与... 利用随机矩阵理论分析乳腺癌基因微阵列数据,得到乳腺癌基因共表达网络,找出乳腺癌基因共表达网络中重要的增殖模块和免疫模块,并预测基因PMSCL1与乳腺癌细胞的增殖、侵袭及迁移有关,基因CCAN2与乳腺癌细胞的有丝分裂有关,基因SCYA5与乳腺癌细胞的免疫应答有关,基因PRC1、RAB31、INHBA可作为乳腺癌的靶向基因. 展开更多

关键词 随机矩阵理论 乳腺癌 基因共表达网络 模块 靶向基因

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食管鳞状细胞癌基因组芯片生物信息学分析及靶向药物预测

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作者 李倩 高境泽 +2 位作者 李云 宋堃 沈倩诚 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期194-199,共6页

目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed... 目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。对DEGs行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,获得最显著模块基因以及关键基因,并对关键基因磷酸化酶B激酶(phosphorylase B kinase,PBK)做靶向药物预测。结果·2个数据集共包含670条相同的DEGs,其中下调基因342条、上调基因328条。GO和KEGG富集分析结果显示,DEGs主要富集到细胞外结构的组织、细胞外基质的组织、p53信号通路、IL-17信号通路、细胞周期等通路。通过对PPI网络做密集度分析,共筛选出20条关键基因。其中,关键基因PBK与细胞周期相关,在2个数据集中表达量均有上调;通过变构位点探测和化合物库虚拟筛选,预测出了PBK的潜在药物Compound 1。结论·通过生物信息学的方法能够有效分析ESCC的关键基因。关键基因PBK的靶向药物预测结果可能为ESCC的靶向治疗提供一定的参考。 展开更多

关键词 食管鳞状细胞癌 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 蛋白质相互作用网络 靶向药物预测

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刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析 被引量：2

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作者 畅孟阳 李彬 +7 位作者 荣小军 王锦锦 于永翔 王印庚 廖梅杰 张正 范瑞用 刘清兵 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2023年第2期107-117,共11页

microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopusjaponicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾... microRNA参与基因的转录后调控,在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参(Apostichopusjaponicus)病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一,而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌(Vibriossplendidus)为侵染菌株,通过人工侵染实验制备患病刺参样本,采用miRNA-seq技术对侵染组(PT16S)和对照组(PT10H)各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序,通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析,筛选差异表达miRNAs (DEmiRNAs)并预测其靶基因,构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示,PT10H组平均得到5 902 588条有效序列,194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列,182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析,共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs(P≤0.05),上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因,注释到585个GO terms及24条信号通路(P≤0.05),下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因,注释到514个GOterms以及22条信号通路(P≤0.05)。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR (qRT-PCR)验证,显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络,结果显示,13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的m RNAs和109个与Notch信号通路相关的m RNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。 展开更多

关键词 刺参 microRNA 灿烂弧菌 胁迫应答 靶基因 miRNA-mRNA调控网络

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基于网络药理学的雷公藤干预IgAN潜在靶点预测及作用机制分析 被引量：4

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作者 熊冲 方桂玉 +5 位作者 龚彩弟 陈虹彤 赵辉 王梓霞 陈萍 钟建 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第11期2375-2385,共11页

目的基于网络药理学的理念,运用网络分析的技术,拟探讨雷公藤干预IgAN(immunoglobulin Anephropathy)的潜在靶点预测及其作用机制。方法利用TCMSP平台收集雷公藤的重要活性成分及潜在相关靶点信息,分别从GeneCards数据库、OMIM数据库中... 目的基于网络药理学的理念,运用网络分析的技术,拟探讨雷公藤干预IgAN(immunoglobulin Anephropathy)的潜在靶点预测及其作用机制。方法利用TCMSP平台收集雷公藤的重要活性成分及潜在相关靶点信息,分别从GeneCards数据库、OMIM数据库中获取与IgAN相关联的靶点;采用STRING平台构建PPI作用网络,使用Cytoscape 3.7.0对药物-活性成分-潜在靶点-疾病网络进行构建;通过DAVID数据库对相关疾病-药物靶点基因进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通路分析。结果检索出雷公藤成分共144个,筛选获得重要活性成分共29个;收集到潜在作用靶点基因122个。检索出IgAN相关靶点333个,基因功能GO富集分析及KEGG代谢通路富集结果显示,雷公藤中的9个有效成分干预26个疾病靶点,通过对20个生物过程、12个分子功能、13个细胞成分产生作用。得到通路共50条,通过可视化分析,取靠前的30条通路,其中6条通路可能与IgAN发生及发展密切相关。结论该研究基于网络药理学方法,表明了雷公藤中药多成分、多靶点、多功能、多通路干预IgAN的作用,为后续临床及研究开展相应工作提供了较为可观的信息和理论依据。 展开更多

关键词 雷公藤 IGAN 网络药理学 生物信息学 活性成分 靶点基因

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基于Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络优化吡咯喹啉醌合成 被引量：4

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作者 寇航 王艳梅 +4 位作者 李彤 薄明井 张惟材 熊向华 黎明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期173-183,共11页

通过构建Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络模型(genome scale of metabolic network model,GSMM),发掘能够提升吡咯喹啉醌(pyrroloquinoline quinone,PQQ)产量的发酵策略和相关靶基因。基于其注释的基因组和生化信息,构建J1-1的G... 通过构建Methylovorus sp.J1-1基因组尺度代谢网络模型(genome scale of metabolic network model,GSMM),发掘能够提升吡咯喹啉醌(pyrroloquinoline quinone,PQQ)产量的发酵策略和相关靶基因。基于其注释的基因组和生化信息,构建J1-1的GSMM。再通过COBRApy预测可能使PQQ产量提高的氨基酸和潜在的靶基因并进行验证。构建了Methylovorus sp.J1-1的GSMM模型iKH584,共有584个基因,779个生化反应,121个交换反应与765个代谢产物,且可以用于后续模拟。根据iKH584模拟,外源添加谷氨酸、谷氨酰胺和脯氨酸、过表达glyA与hps1以及敲除hps2基因,均具有促进PQQ合成效果。结果表明:添加谷氨酸与脯氨酸时,PQQ的产量分别提高了10.4%与22.9%;过表达基因glyA与hps1,PQQ产量分别提高20.6%与14.6%;敲除基因hps2,PQQ产量最高可达140.84 mg/L,提高了8.0%,这与模拟结果基本一致,表明构建的模型基本正确。最后,在5 L发酵罐进行J1-1△hps2的分批补料发酵,PQQ的产量为812.64 mg/L,比亲本菌株提高了11.1%。建立的模型可以用来指导J1-1的发酵和菌株改造,提高PQQ产量。 展开更多

关键词 Methylovorus sp.J1-1 基因组尺度代谢网络模型 吡咯喹啉醌 氨基酸 靶基因预测

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参苓白术散治疗结直肠癌的网络药理学机制及分子靶点探讨 被引量：6

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作者 田婷婷 刘璇 +4 位作者 叶涛 杨柱 龙奉玺 吴文宇 唐东昕 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第8期1401-1414,共14页

为探究参苓白术散(Shenling Baizhu powder,SLBZP)治疗结直肠癌的作用机制。运用网络药理学的方法,通过TCMSP数据库收集、筛选SLBZP的活性成分并获得作用靶点,GEO数据库筛选获得CRC患者与健康个体之间的差异表达基因作为CRC的相关靶点... 为探究参苓白术散(Shenling Baizhu powder,SLBZP)治疗结直肠癌的作用机制。运用网络药理学的方法,通过TCMSP数据库收集、筛选SLBZP的活性成分并获得作用靶点,GEO数据库筛选获得CRC患者与健康个体之间的差异表达基因作为CRC的相关靶点。借助Cytoscape软件构建药物成分、疾病靶点网络,Bisogenet构建蛋白质相互作用(PPI)网络,以识别SLBZP作用于CRC的候选靶点。通过基因本体(GO)功能富集京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析核心基因的生物学功能及通路富集情况。Cytoscape软件构建了靶点-途径网络,根据Degree筛选关键靶基因。通过分析得到SLBZP治疗CRC的核心靶点165个,发现核心靶点功能注释与转录因子的活性、蛋白质稳定性调节、泛素蛋白连接酶结合等有关。PI3K-Akt信号通路,PD-L1/PD-1途径,病毒致癌等二十个途径均得到显著的富集。AKT1、TP53、PIK3R1为核心基因,MAPK3、NFKB1、CCND1、MAPK1、RELA、CDKN1A、MYC、STAT3、MDM2、JUN、RB1等是SLBZP网络途径中治疗CRC的关键基因。综上SLBZP对CRC的治疗作用可能与特定的生物学过程及相关途径调节炎性反应、优化肠道菌群结构发挥治疗作用。通过网络药理学分析评估,SLBZP复杂的作用机理及作用靶标得到了进一步的揭示,对CRC治疗意义重大。 展开更多

关键词 参苓白术散 结直肠癌 网络药理 作用机制 靶基因 信号途径

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越冬初期和中期西方蜜蜂四个亚种的miRNA及其靶mRNA的比较分析

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作者 蒋海宾 杜亚丽 +8 位作者 冀全枝 何金明 孙智禹 吴鹰 王志 兰凤明 牛庆生 刘玉玲 徐凯 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期622-633,共12页

【目的】明确西方蜜蜂Apis mellifera微小RNA(microRNA,miRNA)在越冬期间的表达量变化,揭示miRNA及其靶mRNA与抗寒性的潜在关系,在miRNA组学层面进一步揭示西方蜜蜂抗寒性的分子机理。【方法】利用sRNA-seq技术鉴定西方蜜蜂4个亚种意大... 【目的】明确西方蜜蜂Apis mellifera微小RNA(microRNA,miRNA)在越冬期间的表达量变化,揭示miRNA及其靶mRNA与抗寒性的潜在关系,在miRNA组学层面进一步揭示西方蜜蜂抗寒性的分子机理。【方法】利用sRNA-seq技术鉴定西方蜜蜂4个亚种意大利蜜蜂A.m.ligustica、欧洲黑蜂A.m.mellifera、高加索蜂A.m.caucasica和卡尼鄂拉蜂A.m.carnica在越冬期初期和越冬中期的miRNA;根据P≤0.05且|log 2fold change|≥1标准筛选4个亚种在越冬不同时期的差异表达miRNA(differentially expressed miRNAs,DEmiRNAs)。利用相关生物信息学软件对筛选出的miRNA的靶mRNA进行预测,并对靶mRNA进行GO及KEGG数据库注释。根据靶向结合关系构建DEmiRNA和靶mRNA的调控网络,并利用Cytoscape进行可视化。随机选取ame-miR-263a-5p,ame-miR-184-3p,ame-miR-263b-5p,ame-miR-190-5p,ame-miR-6052-5p,ame-miR-9a-5p,ame-miR-100-5p和ame-miR-306-5p等8个DEmiRNA进行RT-qPCR验证。【结果】鉴定获得越冬期西方蜜蜂4个亚种210个miRNA,包括178个保守的miRNA和32个新的miRNA,长度介于18~30 nt,分布数量最多的长度为22和23 nt,首位碱基为U的miRNA数量最多。西方蜜蜂4个亚种在越冬初期和越冬中期表达量最高的DEmiRNAs为ame-miR-1-3p,ame-miR-276-3p和ame-miR-184-3p。意大利蜜蜂越冬初期vs越冬中期共筛选出22个DEmiRNA,可靶向调控394条mRNA,这些mRNA分别注释到161个GO功能条目和16条KEGG通路上;欧洲黑蜂越冬初期vs越冬中期共筛选出28个DEmiRNA,可靶向调控415条mRNA,这些mRNA分别注释到147个GO功能条目和15条KEGG通路上;高加索蜂越冬初期vs越冬中期共筛选67个DEmiRNA,可靶向调控1021条mRNA,这些mRNA分别注释到171个GO功能条目和21条KEGG通路上;卡尼鄂拉蜂越冬初期vs越冬中期共筛选18个DEmiRNA,可靶向调控330条mRNA,这些mRNA分别注释到147个GO功能条目和13条KEGG通路上。西方蜜蜂4个亚种DEmiRNA与靶mRNA之间形成较为复杂的调控网络。RT-qPCR结果显示8个DEmiRNA的表达趋势与测序数据一致,证实了本研究中测序数据的可靠性。【结论】本研究明确西方蜜蜂4个亚种越冬不同时期的miRNA表达量变化,筛选出多个潜在调控西方蜜蜂越冬期抗寒性的分子候选靶标miRNA,其中ame-miR-14-3p和ame-miR-3786-5p在欧洲黑蜂、高加索蜂和卡尼鄂拉蜂中负调控多个mRNA的表达,在意大利蜜蜂中并没有参与;miRNA通过调控靶基因的表达参与甘油磷酸脂代谢、MAPK信号通路和mTOR等关键信号通路参与西方蜜蜂的抗寒性。 展开更多

关键词 西方蜜蜂 微小RNA 靶基因 越冬 抗寒 调控网络

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