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基于转录组的芒果MYB家族基因的鉴定及分析 被引量:7
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作者 郑斌 武红霞 +4 位作者 王松标 马小卫 许文天 罗纯 姚全胜 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1285-1294,共10页
MYB家族作为植物中较大的转录因子家族之一,参与调控植物的多种生理活动。本研究基于芒果果实转录组测序结果,鉴定出71个MYB家族蛋白,其中包含1个4R-MYB蛋白、3个R1R2R3-MYB蛋白、60个R2R3-MYB蛋白和7个MYB相关蛋白。进化树及基序分析表... MYB家族作为植物中较大的转录因子家族之一,参与调控植物的多种生理活动。本研究基于芒果果实转录组测序结果,鉴定出71个MYB家族蛋白,其中包含1个4R-MYB蛋白、3个R1R2R3-MYB蛋白、60个R2R3-MYB蛋白和7个MYB相关蛋白。进化树及基序分析表明:除个别蛋白外,相同类型的MYB蛋白均聚在一起,且相近分支的MYB蛋白具有相同或相似的基序。60个全长MYB家族蛋白中,大部分为不稳定蛋白,且均为不含跨膜结构和信号肽的亲水性蛋白,亚细胞定位分析均定位于细胞核。进化树分析发现芒果R2R3-MYB蛋白与拟南芥有较高的保守性。R2R3-MYB蛋白保守域分析发现,R2和R3结构域均有多个氨基酸保守不变。GO分析发现芒果R2R3-MYB蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的15个亚类。 展开更多
关键词 芒果 myb家族基因 R2R3-myb 生物信息学
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白桦MYB家族基因序列及表达分析 被引量:3
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作者 刘慧子 孙丹 +2 位作者 于颖 张楠 王超 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期252-257,共6页
MYB转录因子家族是植物重要的转录因子家族之一,其成员在植物的生长、发育、细胞壁形成及胁迫反应等多方面发挥重要作用。从白桦(Betula platyphylla Suk.)中鉴定了17条MYB家族基因,与拟南芥家族基因进行系统进化分析结果表明,17个白桦... MYB转录因子家族是植物重要的转录因子家族之一,其成员在植物的生长、发育、细胞壁形成及胁迫反应等多方面发挥重要作用。从白桦(Betula platyphylla Suk.)中鉴定了17条MYB家族基因,与拟南芥家族基因进行系统进化分析结果表明,17个白桦MYB基因分属不同亚家族的不同亚类,其中10条属于1R/4R型亚家族,其余7条属于2R型亚家族。BplMYB13与已知的次生细胞壁合成相关基因At MYB46聚为一组,BplMYB15和BplMYB26分别与胁迫响应和非生物胁迫应答相关MYB聚为一组,BplMYB23与硫代葡萄糖苷合成相关MYB聚为一组,BplMYB9、21和22与苯丙烷生物合成相关MYB聚为一组。利用Real time RT-PCR分析白桦MYB家族基因在白桦形成层和木质部组织一个生长季不同发育时期及人工弯曲处理6 h的表达模式。结果显示17个MYB基因在5月中旬至7月中旬白桦形成层活动旺盛,木质部迅速形成期表达量较高,其中Bp MYB13在全生长季形成层和新生木质部中都有较高的表达水平,推测该基因与次生细胞壁的形成相关;在白桦茎干人工弯曲处理6 h时,与直立木和对应木相比,14条基因在应拉木中上调表达;与直立木相比,7条基因在对应木中上调表达。说明这些基因对人工弯曲处理和重力刺激具有应答反应,可能在白桦木质部发育和响应外力刺激等过程的生理变化中起重要作用。 展开更多
关键词 白桦 myb基因家族 序列分析 表达分析
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MYB基因家族研究进展 被引量:5
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作者 黄倩茹 刘晓慧 +4 位作者 张爱冬 谭枫 查丁石 杨银娟 郁勤飞 《江西农业学报》 CAS 2022年第2期146-153,159,共9页
MYB转录因子家族是植物中组大的转录因子家族之一,在调控植物的蜡质合成、生长发育、非生物和生物胁迫方面都起着重要的作用。综述了在植物MYB转录因子家族方面的研究进展,主要为其分布特征、结构特征、对生物和非生物的胁迫应答,尤其... MYB转录因子家族是植物中组大的转录因子家族之一,在调控植物的蜡质合成、生长发育、非生物和生物胁迫方面都起着重要的作用。综述了在植物MYB转录因子家族方面的研究进展,主要为其分布特征、结构特征、对生物和非生物的胁迫应答,尤其是在蜡质方面的作用、与植物花青素合成、在茄子中的作用等,以期为植物抗逆性、花色及果色变化与植物MYB转录因子家族关系方面的研究提供一定的参考。 展开更多
关键词 植物 myb基因家族 研究进展 功能
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球等鞭金藻MYB基因家族成员全基因组鉴定和特性分析 被引量:1
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作者 韩玉莹 陈璐瑶 +2 位作者 陈由强 陈多 陈建楠 《福建农业科技》 CAS 2023年第4期22-35,共14页
为了深入理解球等鞭金藻MYB基因家族在基因调控网络中的作用机制,使用MYB_DNA-binding保守结构域在球等鞭金藻蛋白序列中筛选出60个MYB基因家族成员,并对这些基因家族成员的蛋白(一、二、三级)结构预测和分析、亚细胞结构定位、基因结... 为了深入理解球等鞭金藻MYB基因家族在基因调控网络中的作用机制,使用MYB_DNA-binding保守结构域在球等鞭金藻蛋白序列中筛选出60个MYB基因家族成员,并对这些基因家族成员的蛋白(一、二、三级)结构预测和分析、亚细胞结构定位、基因结构及保守结构域等方面进行了分析。结果表明:这些MYB基因家族成员可分为3个cluster,其中R2-MYB和R3-MYB主要集中在cluster 3中,R2R3-MYB则含有大部分家族成员,表明这些基因在球等鞭金藻中起着重要的生物学功能。不同分支的亲缘关系较远,同一分支的关系较近,这表明球等鞭金藻MYB基因家族在演化过程中形成了一些适应性的变化。通过基因组内共线性分析,研究发现球等鞭金藻全基因组内有177对片段复制基因和46对串联复制基因,其中MYB基因家族有2对复制基因,包括串联重复基因对IZ004267和IZ007345以及片段重复基因对IZ006462和IZ006102。结合染色体定位分析,IZ006462和IZ006102位于9号染色体,这也支持上述片段重复的判断。这些重复基因对的K a/K s值小于1,表明这些基因在扩张过程中受到了基因纯化选择,功能相当保守。 展开更多
关键词 球等鞭金藻 myb基因家族 基因 光质 表达分析
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棉花黄萎病相关基因GhMYB6的克隆与功能分析 被引量:1
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作者 代培红 胡子曜 +4 位作者 李秀青 雷建峰 刘超 刘晓东 李月 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3020-3027,共8页
【目的】克隆陆地棉MYB家族基因GhMYB6,并对其在棉花抗黄萎病反应中的功能进行初步探究,为挖掘棉花抗病相关基因及棉花抗病育种提供参考。【方法】基于棉花转录组测序数据,筛选并克隆了响应黄萎病菌侵染的基因GhMYB6,对其序列进行生物... 【目的】克隆陆地棉MYB家族基因GhMYB6,并对其在棉花抗黄萎病反应中的功能进行初步探究,为挖掘棉花抗病相关基因及棉花抗病育种提供参考。【方法】基于棉花转录组测序数据,筛选并克隆了响应黄萎病菌侵染的基因GhMYB6,对其序列进行生物信息学分析,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其在黄萎病诱导下的表达模式,并利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术初步验证棉花抗黄萎病中的生物学功能。【结果】克隆获得的GhMYB6基因开放阅读框(ORF)为258 bp,编码85个氨基酸残基,理论等电点(pI)为9.34,脂肪系数为73.41,平均疏水性为-0.793,相对分子质量为9.86 kD,不稳定指数为73.41,为亲水性、碱性的非跨膜蛋白,无信号肽,定位于细胞核,在第11~63氨基酸处含有1个SANT结构域。GhMYB6蛋白与雷蒙德氏棉GrMYB6聚在同一小分支上,说明二者的亲缘关系较近。GhMYB6基因在V991侵染后6和12 h时相对表达量较对照(未侵染处理,CK)极显著下调(P<0.01),72 h时显著上调(P<0.05,下同),24和48 h时与CK无显著差异(P>0.05)。与阴性对照植株TRV:00相比,GhMYB6基因沉默植株萎蔫程度和叶片黄化更严重,病情指数显著升高,茎秆的褐变程度更严重,且茎段在培养基上生长的真菌菌丝数量明显增多。【结论】GhMYB6基因响应黄萎病菌V991侵染,当抑制GhMYB6基因表达后,棉花对黄萎病菌的敏感性增强,抗性明显降低,推测GhMYB6是棉花抗黄萎病防御的一个正向调节因子。 展开更多
关键词 棉花黄萎病 myb家族基因 基因克隆 病毒诱导的基因沉默(VIGS) 功能验证
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烟草Myb转录因子NtBL1基因的克隆及其表达分析 被引量:5
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作者 刘雅洁 薛翀 +3 位作者 邱诗蕊 李想 唐丽雯 曾淑华 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期26-32,共7页
为揭示Blind基因在普通烟草中的功能,通过同源克隆的方法从普通烟草K326的基因组中克隆得到1个Blind-like基因,即NtBL1,用PROSITE(ExPASy)、Sopma和Swissmodel等软件对NtBL1进行蛋白质结构域分析和高级结构预测,用Mega 7.0和MEME软件对N... 为揭示Blind基因在普通烟草中的功能,通过同源克隆的方法从普通烟草K326的基因组中克隆得到1个Blind-like基因,即NtBL1,用PROSITE(ExPASy)、Sopma和Swissmodel等软件对NtBL1进行蛋白质结构域分析和高级结构预测,用Mega 7.0和MEME软件对NtBL1及其同源蛋白进行了进化树构建和结构分析,用半定量PCR分析了NtBL1基因在花、叶、根、茎、苗中的表达模式,用qRT-PCR技术分析了ABA、NaCl和PEG处理下NtBL1基因的表达模式。结果表明,NtBL1的开放阅读框长度为1 014 bp,编码337个氨基酸。半定量PCR结果表明,NtBL1在烟草的大部分组织和各时期普遍表达,但是根中的表达量最高。蛋白质结构域分析显示NtBL1是典型的R2R3 Myb家族蛋白,含有2个Myb-type HTH类型的DNA结构域。蛋白质高级结构预测表明,NtBL1蛋白高级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。进化和结构分析结果表明,NtBL1基因与番茄Blind等基因的进化距离较近,且具有相似的模体结构。qRT-PCR的结果显示NtBL1基因的表达受ABA的诱导,在处理24 h达到最高表达量;NtBL1基因的表达受NaCl处理的抑制,在24 h出现最低表达量。因此,NtBL1基因可能参与激素和盐胁迫调控下的侧生分生组织的发育。 展开更多
关键词 烟草 NtBL1 myb基因家族 基因表达
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